View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14156_high_1 (Length: 578)

Name: NF14156_high_1
Description: NF14156
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14156_high_1
NF14156_high_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (20-563)||(46359100-46359642)
[»] chr8 (6 HSPs)
chr8 (20-527)||(44460230-44460736)
chr8 (20-527)||(44467763-44468269)
chr8 (20-466)||(34502006-34502446)
chr8 (524-563)||(34501841-34501880)
chr8 (524-563)||(44460804-44460843)
chr8 (524-563)||(44468337-44468376)
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (18-356)||(38604846-38605186)
chr5 (84-356)||(40180344-40180615)
chr5 (84-134)||(41885933-41885983)
chr5 (63-151)||(40181263-40181351)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (179-249)||(411026-411096)
chr6 (81-133)||(410925-410977)
chr6 (81-134)||(9161370-9161423)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 469; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 469; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 563
Target Start/End: Original strand, 46359100 - 46359642
Alignment:
Q  20 gattctcaatcaactcctacactcctttggattgatgttgtgccaaggaaagaccggactcgaagtttttcataaatttgaggcatttcaatgcgtgccg 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46359100 gattctcaatcaactcctacactcctttggattgatgttgtgccaaggaaagaccggactcgaagtttttcataaatttgaggcatttcaatgcgtgccg 46359199  T
Q  120 aatcaagatacatatatccatacgctgcaagcnnnnnnngaccacaaagtgtaccactgatatgatccaccaagccgcttctatgtgtcaaaagatgctg 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46359200 aatcaagatacatatatccatacgctgcaagctttttt-gaccacaaagtgtaccactgatatgatccaccaagccgcttctatgtgtcaaaagatgctg 46359298  T
Q  220 cttcatccagaaaccatccttcctgatgacggcgagatacttggtgacattttatattgcttttttaaaagaaatatgattaaagaagcctatgctctct 319  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46359299 cttcatccagaaaccatccttcctgatgacggcgagatacttggggacgtgttgtattgcttttttaaaagaaatatgattaaagaagcctatgctctct 46359398  T
Q  320 ttctggctgcaaatgagagacgcaaaacaaacccaaattggccgctgaagttaagaatgttgttaccacttaatatgatcaaaatgctatgtttnnnnnn 419  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          
T  46359399 ttctggctgcaaatgagagacgctaaacaaacccaaattggccgctgaagttaagaatgttgttaccacttaatatgatcaaaatgctatgtttaaaaaa 46359498  T
Q  420 ngaaactgtacatttggctttcaagatgttgaatgatatccctgaggaagtggacgaccgggaaaaattgtttaaactcatgctctttacacatgttttc 519  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46359499 agaaactgtacatttggctttcaagatgttgaatgatatccccgaggaggtggacgaccgggaaaaattgtttaaactcatgctctttacacatgttttc 46359598  T
Q  520 ggagccttcaatatacgatatcagtataattattactgcctatg 563  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46359599 ggagccttcaatatacgatatcagtataattattactgcctatg 46359642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 429; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 429; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 527
Target Start/End: Original strand, 44460230 - 44460736
Alignment:
Q  20 gattctcaatcaactcctacactcctttggattgatgttgtgccaaggaaagaccggactcgaagtttttcataaatttgaggcatttcaatgcgtgccg 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44460230 gattctcaatcaactcctacactcctttggattgatgttgtgccaaggaaagaccggactcgaagtttttcataaatttgaggcatttcaatgcgtgccg 44460329  T
Q  120 aatcaagatacatatatccatacgctgcaagcnnnnnnngaccacaaagtgtaccactgatatgatccaccaagccgcttctatgtgtcaaaagatgctg 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44460330 aatcaagatacatatatccatacgctgcaagctttttt-gaccacaaagtgtaccactgatatgatccaccaagccgcttctatgtgtcaaaagatgctg 44460428  T
Q  220 cttcatccagaaaccatccttcctgatgacggcgagatacttggtgacattttatattgcttttttaaaagaaatatgattaaagaagcctatgctctct 319  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44460429 cttcatccagaaaccatccttcctgatgacggcgagatacttggggacgtgttgtattgcttttttaaaagaaatatgattaaagaagcctatgctctct 44460528  T
Q  320 ttctggctgcaaatgagagacgcaaaacaaacccaaattggccgctgaagttaagaatgttgttaccacttaatatgatcaaaatgctatgtttnnnnnn 419  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||          
T  44460529 ttctggctgcaaatgagagacgcaaaacaaacccaaactggccgctgaagttaagaatgttgttaccacttaatatgatccaaatgctatgtttaaaaaa 44460628  T
Q  420 ngaaactgtacatttggctttcaagatgttgaatgatatccctgaggaagtggacgaccgggaaaaattgtttaaactcatgctctttacacatgttttc 519  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44460629 agaaactgtacatttggctttcaagatgttgaatgatatccccgaggaggtggacgaccgggaaaaattgtttaaactcatgctctttacacatgttttc 44460728  T
Q  520 ggagcctt 527  Q
    ||||||||    
T  44460729 ggagcctt 44460736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 429; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 527
Target Start/End: Original strand, 44467763 - 44468269
Alignment:
Q  20 gattctcaatcaactcctacactcctttggattgatgttgtgccaaggaaagaccggactcgaagtttttcataaatttgaggcatttcaatgcgtgccg 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44467763 gattctcaatcaactcctacactcctttggattgatgttgtgccaaggaaagaccggactcgaagtttttcataaatttgaggcatttcaatgcgtgccg 44467862  T
Q  120 aatcaagatacatatatccatacgctgcaagcnnnnnnngaccacaaagtgtaccactgatatgatccaccaagccgcttctatgtgtcaaaagatgctg 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44467863 aatcaagatacatatatccatacgctgcaagctttttt-gaccacaaagtgtaccactgatatgatccaccaagccgcttctatgtgtcaaaagatgctg 44467961  T
Q  220 cttcatccagaaaccatccttcctgatgacggcgagatacttggtgacattttatattgcttttttaaaagaaatatgattaaagaagcctatgctctct 319  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44467962 cttcatccagaaaccatccttcctgatgacggcgagatacttggggacgtgttgtattgcttttttaaaagaaatatgattaaagaagcctatgctctct 44468061  T
Q  320 ttctggctgcaaatgagagacgcaaaacaaacccaaattggccgctgaagttaagaatgttgttaccacttaatatgatcaaaatgctatgtttnnnnnn 419  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||          
T  44468062 ttctggctgcaaatgagagacgcaaaacaaacccaaactggccgctgaagttaagaatgttgttaccacttaatatgatccaaatgctatgtttaaaaaa 44468161  T
Q  420 ngaaactgtacatttggctttcaagatgttgaatgatatccctgaggaagtggacgaccgggaaaaattgtttaaactcatgctctttacacatgttttc 519  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44468162 agaaactgtacatttggctttcaagatgttgaatgatatccccgaggaggtggacgaccgggaaaaattgtttaaactcatgctctttacacatgttttc 44468261  T
Q  520 ggagcctt 527  Q
    ||||||||    
T  44468262 ggagcctt 44468269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 160; E-Value: 5e-85
Query Start/End: Original strand, 20 - 466
Target Start/End: Complemental strand, 34502446 - 34502006
Alignment:
Q  20 gattctcaatcaactcctacactcctttggattgatgttgtgccaaggaaagaccggactcgaagtttttcataaatttgaggcatttcaatgcgtgccg 119  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||| ||| ||| ||||||  |||||||||||  | || ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  34502446 gattctctatcaactcctacattcccttgcatttatgttggaccaaggaaagattgcacccgaagtttttcataaatttgaggcatttcaatgtgtgccg 34502347  T
Q  120 aatcaagatacatatatccatacgctgcaagcnnnnnnngaccacaaagtgtaccactgatatgatccaccaagccgcttctatgtgtcaaaagatgctg 219  Q
    |||| ||||||||| | |  ||| ||| ||||       || |||||  |||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  34502346 aatcgagatacatacacctttacactgaaagctctttt-gatcacaagatgtatcactgatatgacccaccaagccgcttctatctgtcaaaagatgctg 34502248  T
Q  220 cttcatccagaaaccatccttcctgatgacggcgagatacttggtgacattttatattgcttttttaaaagaaatatgattaaagaagcctatgctctct 319  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| |||| || ||| ||||  || | |||  || ||      ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  34502247 cttcatccagaaaccgtccttcctgataacggtgacataattggccacttgttaagtttctc-----aaaaaaatatgattaaagaagcctatgctctct 34502153  T
Q  320 ttctggctgcaaatgagagacgcaaaacaaacccaaattggccgctgaagttaagaatgttgttaccacttaatatgatcaaaatgctatgtttnnnnnn 419  Q
     | ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||| |||||| | |||| ||||||||| || |||||          
T  34502152 atatggctgcaaatgagaaacgcaaaacaaacccaaactggtcgctgaagttaaaaatgttattaccattgaatacgatcaaaatactttgtttaagaaa 34502053  T
Q  420 ngaaactgtacatttggctttcaagatgttgaatgatatccctgagg 466  Q
     ||||| |||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  34502052 ggaaacggtacatctggctttggagatgttgaatgatatccctgagg 34502006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 524 - 563
Target Start/End: Complemental strand, 34501880 - 34501841
Alignment:
Q  524 ccttcaatatacgatatcagtataattattactgcctatg 563  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  34501880 ccttcaatatatgatatcagtataattattactgcctatg 34501841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 524 - 563
Target Start/End: Original strand, 44460804 - 44460843
Alignment:
Q  524 ccttcaatatacgatatcagtataattattactgcctatg 563  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  44460804 ccttcaatatatgatatcagtataattattactgcctatg 44460843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 524 - 563
Target Start/End: Original strand, 44468337 - 44468376
Alignment:
Q  524 ccttcaatatacgatatcagtataattattactgcctatg 563  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  44468337 ccttcaatatatgatatcagtataattattactgcctatg 44468376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 81; Significance: 8e-38; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 81; E-Value: 8e-38
Query Start/End: Original strand, 18 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 38605186 - 38604846
Alignment:
Q  18 cagattctcaatcaactcctacactcctttggattgatgttgtgccaaggaaagaccggactcgaagtttttcataaatttgaggcatttcaatgcgtgc 117  Q
    ||||||||||||||||||||| | || |||||||   ||| |  |||||| ||||| | |||| |||||||||||||||||||||  ||||| || ||||    
T  38605186 cagattctcaatcaactcctagattcatttggatatgtgtgggaccaaggtaagactgcactccaagtttttcataaatttgaggtctttcagtgtgtgc 38605087  T
Q  118 cgaatcaagatacatatatccatacgctgcaagcnnnnnnn--gaccacaaagtgtaccactgatatgatccaccaagccgcttctatgtgtcaaaagat 215  Q
    | ||||||||| ||||||||  ||| ||| ||||         ||| ||||  || |   |||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  38605086 ctaatcaagattcatatatctttacactggaagctctttttaagacaacaagttgcagtgctgatatgctccagcaagccgcttctatctgtcaaaagat 38604987  T
Q  216 gctgcttcatccagaaaccatccttcctgatgacggcgagatacttggtgacattttatattgcttttttaaaagaaatatgattaaagaagcctatgct 315  Q
      ||||||||||||||||| ||||||||||||| || || ||| |||||| | | |||  ||| | || |||||  ||||||||||||||||| ||||||    
T  38604986 tgtgcttcatccagaaaccctccttcctgatgatggtgaaataattggtgtcttgttagtttggtcttctaaaaataatatgattaaagaagcatatgct 38604887  T
Q  316 ctctttctggctgcaaatgagagacgcaaaacaaacccaaa 356  Q
     ||| |||||||||||| |||| ||| |||||||| |||||    
T  38604886 atctatctggctgcaaaggagaaacggaaaacaaatccaaa 38604846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 84 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 40180615 - 40180344
Alignment:
Q  84 gtttttcataaatttgaggcatttcaatgcgtgccgaatcaagatacatatatccatacgctgcaagcnnnnnnngaccacaaagtgtaccactgatatg 183  Q
    |||||||||||||||||||  |||||||| ||||| ||||||||||||||||||  ||| ||||||||       |  || | | |  |  |||||| |     
T  40180615 gtttttcataaatttgaggtctttcaatgtgtgccaaatcaagatacatatatctttacactgcaagctatttgtg-gcatagattacagtactgatgta 40180517  T
Q  184 atccaccaagccgcttctatgtgtcaaaagatgctgcttcatccagaaaccatccttcctgatgacggcgagatacttggtgacattttatattgctttt 283  Q
     |||| ||||||||||| || |||||||||||| ||||||| ||||| ||  ||||||||||||| ||  |||||||||||  | | |||  ||| ||||    
T  40180516 ctccagcaagccgcttccatatgtcaaaagatggtgcttcaaccagatactctccttcctgatgatggtaagatacttggtcgcttgttaacttggtttt 40180417  T
Q  284 ttaaaagaaatatgattaaagaagcctatgctctctttctggctgcaaatgagagacgcaaaacaaacccaaa 356  Q
     |||||  |||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||| ||| |||| |||||||||    
T  40180416 ctaaaaataatatgattaaagaagcctatgctctctatcgggcagcaaatgagaaacggaaaagaaacccaaa 40180344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 84 - 134
Target Start/End: Original strand, 41885933 - 41885983
Alignment:
Q  84 gtttttcataaatttgaggcatttcaatgcgtgccgaatcaagatacatat 134  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| | ||| |||||||||||||||    
T  41885933 gtttttcataaatttgaggcttttcaatgtgagccaaatcaagatacatat 41885983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 63 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 40181351 - 40181263
Alignment:
Q  63 caaggaaagaccggactcgaagtttttcataaatttgaggcatttcaatgcgtgccgaatcaagatacatatatccatacgctgcaagc 151  Q
    ||||||||| | | ||| || ||||||||||| ||||| | ||||||||| ||||| |||||||||||||||  | |||| ||||||||    
T  40181351 caaggaaaggcagcacttgatgtttttcataattttgacgtatttcaatgtgtgccaaatcaagatacatattactatacactgcaagc 40181263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 47; Significance: 1e-17; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 179 - 249
Target Start/End: Original strand, 411026 - 411096
Alignment:
Q  179 atatgatccaccaagccgcttctatgtgtcaaaagatgctgcttcatccagaaaccatccttcctgatgac 249  Q
    ||||| |||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  411026 atatgctccagcaagcggcttctatctgtcaaaagatgctgcttcatccagaaaccctccttcccgatgac 411096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 81 - 133
Target Start/End: Original strand, 410925 - 410977
Alignment:
Q  81 gaagtttttcataaatttgaggcatttcaatgcgtgccgaatcaagatacata 133  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| || || ||||||||||||||    
T  410925 gaagtttttcataaatttgaggtatttcaatgtgttccaaatcaagatacata 410977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 81 - 134
Target Start/End: Original strand, 9161370 - 9161423
Alignment:
Q  81 gaagtttttcataaatttgaggcatttcaatgcgtgccgaatcaagatacatat 134  Q
    |||||||||||| |||||||||  |||||||| || ||||||||||| ||||||    
T  9161370 gaagtttttcattaatttgaggtctttcaatgtgttccgaatcaagagacatat 9161423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University