View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF14164_high_14 (Length: 415)
Name: NF14164_high_14
Description: NF14164
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF14164_high_14 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 378; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 378; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 413
Target Start/End: Original strand, 43167963 - 43168372
Alignment:
| Q |
5 |
gatattagctatgcaactaaagctttggatactgcaatggcttgtgtagcacaatcttccatgaatagaccaaccatgaggaatgtagttatggaactga |
104 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
43167963 |
gatattaactatgcaactaaagctttggatactgcaatggcttgtgtagcacaatcttccatgaatagaccaaccatgaggaatgtagttatggaactga |
43168062 |
T |
|
| Q |
105 |
aacaatgtttggaaaacaagatcacttatctgtctgactctagatacacttatgagagttttcctggtacattatattctgtctcctttgatagaattag |
204 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
43168063 |
aacaatgtttggaaaacaagatcacttatctgtctgactctagatacacttatgagagttttcctggtacattatattctgtctcctttgatagaattag |
43168162 |
T |
|
| Q |
205 |
tggcgaaagctctctagcgaggtagtaattttattaaaactagaatgagatacgcgcgttgcatgggtgaaagaatttttgtatgttattatatattcaa |
304 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
43168163 |
tggcgaaagctctctagcgaggtagtaattttattaaaactagaatgagatacgcgcgttgcattggggaaagaatttttgtacgttattatatattcaa |
43168262 |
T |
|
| Q |
305 |
aagtggtctaatatgcgctgtaaatataagtcacatataatttaaaactatagagccctgtaaatat-actacttttaaccacatttaaaattcttatac |
403 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
43168263 |
aagtgatctaatatgcgctgtaaatataagtcacatataatttaaaactatagagccctgtaaatataactacttttaaccacatttaaaattcttatac |
43168362 |
T |
|
| Q |
404 |
gtctgtattt |
413 |
Q |
| |
|
||||||||| |
|
|
| T |
43168363 |
atctgtattt |
43168372 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 343; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 43220214 - 43219800
Alignment:
| Q |
1 |
ctttgatattagctatgcaactaaagctttggatactgcaatggcttgtgtagcacaatcttccatgaatagaccaaccatgaggaatgtagttatggaa |
100 |
Q |
| |
|
|||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
43220214 |
ctttgatactaactatgcaactaaaactttggatactgcaatggcttgtgtagcacaatcttccatcaatagaccaaccatgaggcatgtagttatggaa |
43220115 |
T |
|
| Q |
101 |
ctgaaacaatgtttggaaaacaagatcacttatctgtctgactctagatacacttatgagagttttcctggtacattatattctgtctcctttgatagaa |
200 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
43220114 |
ctgaaacaatgtttggaaaacaagatcacttatccgtctgactctagatacacttacgagagttttcctggtacattatattctgtctcctttgatagaa |
43220015 |
T |
|
| Q |
201 |
ttagtggcgaaagctctctagcgaggtagtaattttattaaaactagaatgagatacgcgcgttgcatgggtgaaagaatttttgtatgttattatatat |
300 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
43220014 |
ttagtggtgaaagctctatagcgaggtagtaattttattaaaactagaatgagattcgcgcgttgcatgggtgaaagaatttttgtatgttattatatat |
43219915 |
T |
|
| Q |
301 |
tcaaaagtggtctaatatgcgctgtaaatataagtcacatataatttaaaactatagagccctgtaaatat-actacttttaaccacatttaaaattctt |
399 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
43219914 |
tcaaaagcggtctaatatgcactgtaaatataagtcgcatataatttaaatctatagagccatgtaaatataactacttttaaccacatttaaaattcgt |
43219815 |
T |
|
| Q |
400 |
atacgtctgtatttt |
414 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| |
|
|
| T |
43219814 |
atacgtctgtatttt |
43219800 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University