View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14177_low_1 (Length: 958)

Name: NF14177_low_1
Description: NF14177
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14177_low_1
NF14177_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (10-942)||(50594687-50595619)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 905; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 905; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 942
Target Start/End: Original strand, 50594687 - 50595619
Alignment:
Q  10 aagaatatcaataaggcaaccgtaatgctcaatttctggttctatatgataactcgcactcataacatcaaaatatttcaacccctcatcccacaagcca 109  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50594687 aagaagatcaataaggcaaccgtaatgctcaatttctggttctatatgataactcgcactcataacatcaaaatatttcaacccctcatcccacaagcca 50594786  T
Q  110 gtatgagagcaagccagcaaaacaccaagaaaggttatctcattaggagctactcgcaccttacacatttcttcaaagagttgaattgcctcataacctt 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50594787 gtatgagagcaagccagcaaaacaccaagaaaggttatctcattaggagctactcgcaccttacacatttcttcaaagagttgaattgcctcataacctt 50594886  T
Q  210 tcccatgattagccagccctccaatcatggtactccaagaaatcacatccttctcaaccaactgatcaaacaagttccatgcttcatcaatgcaaccaca 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  50594887 tcccatgattagccagccctccaatcatggtactccaagaaatcacatccttctcaaccaactgatcaaacaagttccaagcttcatcaatgcaaccaca 50594986  T
Q  310 cttggcatacatttcaatcaacgcattgcatataccagtcttccgcaaaaacccatttttgtcagcatacatatgaatccatttcccaacctcaagagct 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50594987 cttggcatacatttcaatcaacgcattgcatataccagtcttccgcaaaaacccatttttgtcagcatacatatgaatccatttcccaacctcaagagct 50595086  T
Q  410 ccaagctgtgcacatgctggcaaaacagctataatactaatctcatccggttcaatacccaccatttgcatctcccgaaaaacatccaatgcatcaccat 509  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  50595087 ccaagctgtgcacatgctggcaaaacagctataatactaatctcatccggttcaatacccaccatttgcatttcccgaaaaacatccaatgcatcaccat 50595186  T
Q  510 aacaacccattctcccatacccagttatcatagtcgtccaagacacaattgtcctaacaggcatgtcatcaaacagttcccttgccctattcatctgccc 609  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  50595187 aacaacccattctcccatacccagttatcatagtcgtccaagacacaattgtcctaacaggcatgtcatcaaacagttcccttgcactattcatctgccc 50595286  T
Q  610 caatttcacatacccaaatatcaaactattccaagaaatcacatctctatgactcatttcctcaaataccttgcacgcattggttaaatccccaaatttt 709  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50595287 caatttcacatacccaaatatcaaactattccaagaaatcacatctctatgactcatttcctcaaataccttgcacgcattggttaaatccccaaatttt 50595386  T
Q  710 gtatacatatcaatcaacgcattctcggttatacagtgagaatcagctccaaatttgtaaactagcccatgaacctgcataccaagccggtgacacagaa 809  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50595387 gtatacatatcaatcaacgcattctcggttatacagtgaaaatcagctccaaatttgtaaactagcccatgaacctgcataccaagccggtgacacagaa 50595486  T
Q  810 ttcccgtgcatgatttaatcacaaaagggaacgtgaatttgtctggaaaaactgaatttgttgaatgtgtgagcatttgaatgaagacagagattgccga 909  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||    
T  50595487 ttcccgtgcatgatttaatcacaaaagggaacgtgaatttgtctggaaaaactgaatttgttgaatgtgtgagcatttgaacgaagacagagattgctga 50595586  T
Q  910 agaatggtggcgattgtgagcgtaggttctgat 942  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50595587 agaatggtggcgattgtgagcgtaggttctgat 50595619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University