View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14177_low_69 (Length: 247)

Name: NF14177_low_69
Description: NF14177
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14177_low_69
NF14177_low_69
[»] chr4 (14 HSPs)
chr4 (1-219)||(5885840-5886058)
chr4 (1-194)||(5613627-5613820)
chr4 (1-213)||(5847625-5847837)
chr4 (9-206)||(3749461-3749658)
chr4 (1-205)||(5894685-5894889)
chr4 (1-206)||(5553718-5553923)
chr4 (47-219)||(5565296-5565468)
chr4 (1-206)||(5852499-5852704)
chr4 (1-206)||(5858573-5858778)
chr4 (1-206)||(5570616-5570821)
chr4 (1-206)||(5582823-5583028)
chr4 (1-206)||(5559518-5559723)
chr4 (47-206)||(5605627-5605786)
chr4 (81-142)||(251993-252054)
[»] scaffold0454 (1 HSPs)
scaffold0454 (81-206)||(945-1070)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (81-206)||(1485763-1485888)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 211; Significance: 1e-116; HSPs: 14)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 211; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Original strand, 5885840 - 5886058
Alignment:
Q  1 aaatctacaaaagcttatccaaaatcttaccaatattaggcaactgtatctagatggtataagtataacatctccgggatatgaatggagtaatgctttg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5885840 aaatctacaaaagcttatccaaaatcttaccaatattaggcaactgtatctagatggtataagtataacatctccgggatatgaatggagtaatgctttg 5885939  T
Q  101 ttaccgctgcgtgacttgcaagagttgagcatgtataactgtagtctatcaggaccccttgattcctccctttcaaaactagagaacctatcagtcatta 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  5885940 ttaccgctgcgtgacttgcaagagttgagcatgtataactgtagtctatcaggaccccttgattcctccctttcaaaactagagaacctatcggtcatta 5886039  T
Q  201 ttcttggcgagaataattt 219  Q
    ||||||||||||| |||||    
T  5886040 ttcttggcgagaacaattt 5886058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 1 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 5613820 - 5613627
Alignment:
Q  1 aaatctacaaaagcttatccaaaatcttaccaatattaggcaactgtatctagatggtataagtataacatctccgggatatgaatggagtaatgctttg 100  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||  |||||||||    
T  5613820 aaatttacaaaagcttatccaaaatctcaccaatatgaggcaactgtatctagatggtataagtataacatctcagggacatgaatggatcaatgctttg 5613721  T
Q  101 ttaccgctgcgtgacttgcaagagttgagcatgtataactgtagtctatcaggaccccttgattcctccctttcaaaactagagaacctatcag 194  Q
    || ||  || | ||| | |||||  ||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  5613720 ttgcctttgagcgacctacaagaactgagcatgtctaactgtaatctatcaggacctcttgattcttccctttcaaaactagagaacctatcag 5613627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 1 - 213
Target Start/End: Original strand, 5847625 - 5847837
Alignment:
Q  1 aaatctacaaaagcttatccaaaatcttaccaatattaggcaactgtatctagatggtataagtataacatctccgggatatgaatggagtaatgctttg 100  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||||    
T  5847625 aaatctacaaaagtttatccaaaatctcaccaatattaggcaaatgtatctagatggtataagtataacatctcggggacatgaatggagcaatgctttg 5847724  T
Q  101 ttaccgctgcgtgacttgcaagagttgagcatgtataactgtagtctatcaggaccccttgattcctccctttcaaaactagagaacctatcagtcatta 200  Q
    || ||  |||||||| ||||| |||||||||||| | | |||  ||||||||||||||||||||| |||||  ||| ||||||||||||  | ||||||     
T  5847725 ttgcctttgcgtgacctgcaaaagttgagcatgtctgattgtgatctatcaggaccccttgattcttccctaacaagactagagaacctgacggtcattg 5847824  T
Q  201 ttcttggcgagaa 213  Q
    ||||||| |||||    
T  5847825 ttcttggtgagaa 5847837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 9 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 3749658 - 3749461
Alignment:
Q  9 aaaagcttatccaaaatcttaccaatattaggcaactgtatctagatggtataagtataacatctccgggatatgaatggagtaatgctttgttaccgct 108  Q
    |||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||  ||| |||||| ||| ||||||||||| ||| |    
T  3749658 aaaatcttgtccaaaatctcaccaatattaggcaactatatctagatgggataagtataacatctcgaggacatgaattgagcaatgctttgttgccgtt 3749559  T
Q  109 gcgtgacttgcaagagttgagcatgtataactgtagtctatcaggaccccttgattcctccctttcaaaactagagaacctatcagtcattattcttg 206  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| | |||||  | ||||||||||||||||||| |||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  3749558 gcgtgacttgcaagaattgagcatgtcttactgtgatttatcaggaccccttgattcttccctaacaagactagagaacctatcagtcattattcttg 3749461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 97; E-Value: 9e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 205
Target Start/End: Original strand, 5894685 - 5894889
Alignment:
Q  1 aaatctacaaaagcttatccaaaatcttaccaatattaggcaactgtatctagatggtataagtataacatctccgggatatgaatggagtaatgctttg 100  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | || || ||||||| |||||||||    
T  5894685 aaatttacaaaagtttatccaaaatctcaccaatattaggcaactgtatctagatggtataactataacatctcagagacataaatggagcaatgctttg 5894784  T
Q  101 ttaccgctgcgtgacttgcaagagttgagcatgtataactgtagtctatcaggaccccttgattcctccctttcaaaactagagaacctatcagtcatta 200  Q
     ||||  |||||||| | ||||| |||||||||| ||| |||  | | |||||| |||||||||| ||||| |||| |||| ||||||| ||||||||||    
T  5894785 atacctttgcgtgacctacaagaattgagcatgtctaattgtgatttgtcaggatcccttgattcttccctatcaagactacagaacctgtcagtcatta 5894884  T
Q  201 ttctt 205  Q
    |||||    
T  5894885 ttctt 5894889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 5553923 - 5553718
Alignment:
Q  1 aaatctacaaaagcttatccaaaatcttaccaatattaggcaactgtatctagatggtataagtataacatctccgggatatgaatggagtaatgctttg 100  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||| | ||||||||  ||||  ||||||||| |||||||||    
T  5553923 aaatctacaaaagtttgtccaaaatcttaccaagattaggcaactgtatttagaaggtataactctaacatctgagggacctgaatggagcaatgctttg 5553824  T
Q  101 ttaccgctgcgtgacttgcaagagttgagcatgtataactgtagtctatcaggaccccttgattcctccctttcaaaactagagaacctatcagtcatta 200  Q
    || |||||| ||||  | ||||||||||||||||||||||||  |||| |||| || || ||||| ||||| ||||||||| | |||||||| |||||||    
T  5553823 ttgccgctgtgtgaactacaagagttgagcatgtataactgtgatctagcagggccactagattcttccctatcaaaactaaaaaacctatcggtcatta 5553724  T
Q  201 ttcttg 206  Q
    ||||||    
T  5553723 ttcttg 5553718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 47 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 5565468 - 5565296
Alignment:
Q  47 tatctagatggtataagtataacatctccgggatatgaatggagtaatgctttgttaccgctgcgtgacttgcaagagttgagcatgtataactgtagtc 146  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||| | |  |||||| ||| | |||||| | ||||| ||  ||||||  | |||| |||    
T  5565468 tatctagatggtataagtataccatctcaaggatatgaatggagcagtcttttgttgccgttccgtgacctacaagaattaggcatgtcaagctgtggtc 5565369  T
Q  147 tatcaggaccccttgattcctccctttcaaaactagagaacctatcagtcattattcttggcgagaataattt 219  Q
    | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  5565368 tttcaggaccccttgattcttccctttcaaaactagagaacctatcagtcattattcttggtgacaataattt 5565296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 1 - 206
Target Start/End: Original strand, 5852499 - 5852704
Alignment:
Q  1 aaatctacaaaagcttatccaaaatcttaccaatattaggcaactgtatctagatggtataagtataacatctccgggatatgaatggagtaatgctttg 100  Q
    ||||||||||||| || |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| | ||||| | ||||||||  |||  | |||||||| |||||||||    
T  5852499 aaatctacaaaagtttgtccaaaatctgaccaagattaggcaactgtatctagaagatataactctaacatctgaggggcaggaatggagcaatgctttg 5852598  T
Q  101 ttaccgctgcgtgacttgcaagagttgagcatgtataactgtagtctatcaggaccccttgattcctccctttcaaaactagagaacctatcagtcatta 200  Q
    || || ||||||||  | |||  ||||||| ||||||| |||  |||| |||| || |||||||| ||||| |||||||||  |||||||||||||||||    
T  5852599 ttgccactgcgtgaactacaaatgttgagcttgtataaatgtgatctagcagggccacttgattcttccctatcaaaactaaggaacctatcagtcatta 5852698  T
Q  201 ttcttg 206  Q
    ||||||    
T  5852699 ttcttg 5852704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 1 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 5858778 - 5858573
Alignment:
Q  1 aaatctacaaaagcttatccaaaatcttaccaatattaggcaactgtatctagatggtataagtataacatctccgggatatgaatggagtaatgctttg 100  Q
    |||||||||||||||| | |||||||| || ||  | |||||| ||||||||||| || |||||||| || ||  |||| |||||||||  |||||||||    
T  5858778 aaatctacaaaagcttgtgcaaaatctgacaaaactaaggcaattgtatctagatagtgtaagtatatcagctaagggacatgaatggatcaatgctttg 5858679  T
Q  101 ttaccgctgcgtgacttgcaagagttgagcatgtataactgtagtctatcaggaccccttgattcctccctttcaaaactagagaacctatcagtcatta 200  Q
    || ||| ||||  || | ||||| |||||||||| |  |||| |||||| ||| ||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  5858678 ttgccgttgcgaaacctacaagaattgagcatgtcttcctgtggtctattaggtccccttgattcttccctaacaaaactagagaacctatcagtcatta 5858579  T
Q  201 ttcttg 206  Q
    ||||||    
T  5858578 ttcttg 5858573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 62; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 1 - 206
Target Start/End: Original strand, 5570616 - 5570821
Alignment:
Q  1 aaatctacaaaagcttatccaaaatcttaccaatattaggcaactgtatctagatggtataagtataacatctccgggatatgaatggagtaatgctttg 100  Q
    ||||||||| ||  || |||||||||| |||| | ||||| | ||||||||||||||| ||||| ||| | ||| |||| | ||||||||| ||||||||    
T  5570616 aaatctacagaaatttgtccaaaatctgaccagtcttaggaagctgtatctagatggtgtaagtttaaaagctcagggacaagaatggagtgatgctttg 5570715  T
Q  101 ttaccgctgcgtgacttgcaagagttgagcatgtataactgtagtctatcaggaccccttgattcctccctttcaaaactagagaacctatcagtcatta 200  Q
    || ||||||||| || | ||||  ||||| |||| | | |||  ||||||||||||||||  ||| |||||  ||| |||| ||||||||||||||||||    
T  5570716 tttccgctgcgtaacctccaagtattgagtatgtcttattgtgatctatcaggacccctttcttcttccctaacaagactaaagaacctatcagtcatta 5570815  T
Q  201 ttcttg 206  Q
    ||||||    
T  5570816 ttcttg 5570821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 62; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 1 - 206
Target Start/End: Original strand, 5582823 - 5583028
Alignment:
Q  1 aaatctacaaaagcttatccaaaatcttaccaatattaggcaactgtatctagatggtataagtataacatctccgggatatgaatggagtaatgctttg 100  Q
    ||||||||| ||  || |||||||||| |||| | ||||| | ||||||||||||||| ||||||||| | ||| |||| | |||||||| |||||||||    
T  5582823 aaatctacagaaatttgtccaaaatctgaccagtcttaggaagctgtatctagatggtgtaagtataaaagctcagggacaagaatggaggaatgctttg 5582922  T
Q  101 ttaccgctgcgtgacttgcaagagttgagcatgtataactgtagtctatcaggaccccttgattcctccctttcaaaactagagaacctatcagtcatta 200  Q
    || || |||| | || | ||||  ||||| |||| | | |||  ||||||||| ||||||||||| |||||  ||| |||| ||||||||||||||||||    
T  5582923 ttgcccctgcctaacctccaagtattgagtatgtcttattgtgatctatcaggtccccttgattcttccctaacaagactaaagaacctatcagtcatta 5583022  T
Q  201 ttcttg 206  Q
    ||||||    
T  5583023 ttcttg 5583028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 5559723 - 5559518
Alignment:
Q  1 aaatctacaaaagcttatccaaaatcttaccaatattaggcaactgtatctagatggtataagtataacatctccgggatatgaatggagtaatgctttg 100  Q
    |||||||||||| ||| ||| |||| |||||| |||||||||  ||||||| |||||| ||| ||||||| |    ||  |||||||||| |||||||||    
T  5559723 aaatctacaaaaccttgtccgaaattttaccagtattaggcagttgtatctggatggtgtaattataacagcaaaagggcatgaatggagcaatgctttg 5559624  T
Q  101 ttaccgctgcgtgacttgcaagagttgagcatgtataactgtagtctatcaggaccccttgattcctccctttcaaaactagagaacctatcagtcatta 200  Q
    || ||| ||||||   |  ||||  ||| ||||| |||||| | | || |||||||||||||||| || || |||| |||| ||||  ||||  ||||||    
T  5559623 ttgccgttgcgtggtctagaagaactgaccatgtctaactgcaatttaacaggaccccttgattcatctctgtcaagactaaagaatttatcgatcatta 5559524  T
Q  201 ttcttg 206  Q
    ||||||    
T  5559523 ttcttg 5559518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 47 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 5605786 - 5605627
Alignment:
Q  47 tatctagatggtataagtataacatctccgggatatgaatggagtaatgctttgttaccgctgcgtgacttgcaagagttgagcatgtataactgtagtc 146  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||  |||||||||||||| | |  |||||| ||||| |||||| | ||||| ||  | ||||   ||||| ||     
T  5605786 tatctagatggtataagtataccagctcaaggatatgaatggagcagtcttttgttgccgctccgtgacctacaagaattaggtatgtcagactgtggtt 5605687  T
Q  147 tatcaggaccccttgattcctccctttcaaaactagagaacctatcagtcattattcttg 206  Q
    | ||||||||||||||||| |||||  |||   |||||||| |||| |||||| ||||||    
T  5605686 tttcaggaccccttgattcttccctagcaaggttagagaacttatctgtcattcttcttg 5605627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 81 - 142
Target Start/End: Original strand, 251993 - 252054
Alignment:
Q  81 atgaatggagtaatgctttgttaccgctgcgtgacttgcaagagttgagcatgtataactgt 142  Q
    |||||||| | ||||||||||| |||||| ||||  |||||||||||||||||| |||||||    
T  251993 atgaatggggcaatgctttgttgccgctgtgtgatctgcaagagttgagcatgtctaactgt 252054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0454 (Bit Score: 70; Significance: 1e-31; HSPs: 1)
Name: scaffold0454
Description:

Target: scaffold0454; HSP #1
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 81 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 1070 - 945
Alignment:
Q  81 atgaatggagtaatgctttgttaccgctgcgtgacttgcaagagttgagcatgtataactgtagtctatcaggaccccttgattcctccctttcaaaact 180  Q
    |||||||||| ||||| ||||| |||||||||||  |||||| ||||||||||   || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  1070 atgaatggagcaatgccttgttgccgctgcgtgagctgcaagtgttgagcatgagcaattgtagtctatcaggacccgttgattcctccctttcaaaact 971  T
Q  181 agagaacctatcagtcattattcttg 206  Q
    |||||||||| |  ||||||||||||    
T  970 agagaacctaaccatcattattcttg 945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 70; Significance: 1e-31; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 81 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 1485888 - 1485763
Alignment:
Q  81 atgaatggagtaatgctttgttaccgctgcgtgacttgcaagagttgagcatgtataactgtagtctatcaggaccccttgattcctccctttcaaaact 180  Q
    |||||||||| ||||| ||||| |||||||||||  |||||| ||||||||||   || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  1485888 atgaatggagcaatgccttgttgccgctgcgtgagctgcaagtgttgagcatgagcaattgtagtctatcaggacccgttgattcctccctttcaaaact 1485789  T
Q  181 agagaacctatcagtcattattcttg 206  Q
    |||||||||| |  ||||||||||||    
T  1485788 agagaacctaaccatcattattcttg 1485763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University