View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14185_high_16 (Length: 232)

Name: NF14185_high_16
Description: NF14185
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14185_high_16
NF14185_high_16
[»] chr3 (13 HSPs)
chr3 (1-220)||(23468114-23468335)
chr3 (29-220)||(23439084-23439277)
chr3 (44-217)||(23351185-23351360)
chr3 (29-220)||(23401398-23401591)
chr3 (29-220)||(23446485-23446678)
chr3 (29-220)||(23477785-23477978)
chr3 (29-220)||(23498234-23498427)
chr3 (39-220)||(23382747-23382930)
chr3 (29-220)||(23453261-23453454)
chr3 (36-220)||(23471620-23471806)
chr3 (39-220)||(23462510-23462693)
chr3 (39-118)||(23385624-23385703)
chr3 (39-220)||(23403891-23404074)
[»] scaffold0201 (1 HSPs)
scaffold0201 (39-220)||(10655-10838)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (43-86)||(12897625-12897668)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 211; Significance: 1e-116; HSPs: 13)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 211; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 23468335 - 23468114
Alignment:
Q  1 cctaaaaaccaattttcattcaaaatctctcttagttgatggttgttcatccctcatggaattttcggtgacatcagaggaaatgacagagttatcctta 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23468335 cctaaaaaccaattttcattcaaaatctctcttagttgatggttgttcatccctcatggaattttcggtgacatcagaggaaatgacagagttatcctta 23468236  T
Q  101 catggcactgctatacgtgaattatctttatcgatttggcgtaattgc--acttacttctcttggtctaactgagtgtaacaagctcaacactgttggga 198  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23468235 catggcactgctatacgtgaattatctttatcgatttggcgtaattgcaaacttacttctcttggtctaactgagtgtaacaagctcaacactgttggga 23468136  T
Q  199 agaagttatcagatgatcatgg 220  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  23468135 agaagttatcagatgatcatgg 23468114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 87; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 29 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 23439277 - 23439084
Alignment:
Q  29 ctcttagttgatggttgttcatccctcatggaattttcggtgacatcagaggaaatgacagagttatccttacatggcactgctatacgtgaattatctt 128  Q
    |||||| | |||||||||||||| ||||  ||||||||||| ||||  |||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| || ||||    
T  23439277 ctcttactggatggttgttcatctctcacagaattttcggttacattggaggaaattacagagttattcttacgtggcactgctatacgtgagttgtctt 23439178  T
Q  129 tatcgatttggcgtaattgc--acttacttctcttggtctaactgagtgtaacaagctcaacactgttgggaagaagttatcagatgatcatgg 220  Q
     ||||||||||||||||  |  |||||||||||||    ||||| ||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  23439177 catcgatttggcgtaataccaaacttacttctctttccataactaagtgtaacaagcttaacattgttgggaataagttatcagatgatcatgg 23439084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 44 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 23351360 - 23351185
Alignment:
Q  44 tgttcatccctcatggaattttcggtgacatcagaggaaatgacagagttatccttacatggcactgctatacgtgaattatctttatcgatttggcgta 143  Q
    |||||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||    
T  23351360 tgttcatctctcatcgaattttcagtgacatcggaggaaatgacaaagttaaccttacatggcactgctatacgtgaattgtcctcatcgatttggcgta 23351261  T
Q  144 attg--cacttacttctcttggtctaactgagtgtaacaagctcaacactgttgggaagaagttatcagatgatca 217  Q
    || |   ||||||||||||||| ||||||||||| || || || |||  ||||||||| ||||||||| |||||||    
T  23351260 atagaaaacttacttctcttggcctaactgagtgcaaaaatcttaactttgttgggaataagttatcaaatgatca 23351185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 29 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 23401591 - 23401398
Alignment:
Q  29 ctcttagttgatggttgttcatccctcatggaattttcggtgacatcagaggaaatgacagagttatccttacatggcactgctatacgtgaattatctt 128  Q
    |||||| ||||||| |||||||| ||||| |||||||| || ||||||||| |||||| | | || |||||||||||||||||||||| ||||||  |||    
T  23401591 ctcttacttgatggctgttcatctctcattgaattttcagtaacatcagagaaaatgatacatttgtccttacatggcactgctatacatgaattgcctt 23401492  T
Q  129 tatcgatttggcgtaattgc--acttacttctcttggtctaactgagtgtaacaagctcaacactgttgggaagaagttatcagatgatcatgg 220  Q
     |||||||||||||||| ||  |||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||| |||| || |||||| ||||||||  ||||||||||    
T  23401491 catcgatttggcgtaatagcaaacttacttttcttgatctaactgaatgtaacaagctgaacaatgctgggaataagttatccaatgatcatgg 23401398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 29 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 23446678 - 23446485
Alignment:
Q  29 ctcttagttgatggttgttcatccctcatggaattttcggtgacatcagaggaaatgacagagttatccttacatggcactgctatacgtgaattatctt 128  Q
    |||||| | ||||||||| |||| ||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||  ||||||||||||||||||||| ||||    
T  23446678 ctcttactcgatggttgtgcatctctcacagaattttcggtgacatcagatgaaatgacagagttgaccttaggtggcactgctatacgtgaattgtctt 23446579  T
Q  129 tatcgatttggcgtaattg--cacttacttctcttggtctaactgagtgtaacaagctcaacactgttgggaagaagttatcagatgatcatgg 220  Q
     |||||||||||||||  |   ||||||||| ||||| ||| | |||||||||||||| |||| ||||||||| |||||| || ||||||||||    
T  23446578 catcgatttggcgtaacagaaaacttacttcgcttggcctatccgagtgtaacaagcttaacattgttgggaataagttaacaaatgatcatgg 23446485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 29 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 23477978 - 23477785
Alignment:
Q  29 ctcttagttgatggttgttcatccctcatggaattttcggtgacatcagaggaaatgacagagttatccttacatggcactgctatacgtgaattatctt 128  Q
    |||||| ||||||||||||  || ||||  |||||||| |||||||| || ||||||||||||||  |||||  ||||||||||||||||||||| ||||    
T  23477978 ctcttacttgatggttgttattctctcacagaattttcagtgacatcggatgaaatgacagagttgaccttaggtggcactgctatacgtgaattgtctt 23477879  T
Q  129 tatcgatttggcgtaattg--cacttacttctcttggtctaactgagtgtaacaagctcaacactgttgggaagaagttatcagatgatcatgg 220  Q
     |||||||||||||||| |   ||||||||| ||||| ||| |  ||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  23477878 catcgatttggcgtaatagaaaacttacttcgcttggcctatccaagtgtaacaagcttaacattgttgggaataagttatcagatgatcatgg 23477785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 29 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 23498427 - 23498234
Alignment:
Q  29 ctcttagttgatggttgttcatccctcatggaattttcggtgacatcagaggaaatgacagagttatccttacatggcactgctatacgtgaattatctt 128  Q
    |||||| | ||||||||||| || ||||  ||||| || |||||||| || ||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  23498427 ctcttactcgatggttgttcttctctcacagaattctcagtgacatcggatgaaatgacagagttgaccttagatggcactgctatacgtgaattgtctt 23498328  T
Q  129 tatcgatttggcgtaattg--cacttacttctcttggtctaactgagtgtaacaagctcaacactgttgggaagaagttatcagatgatcatgg 220  Q
     |||||||||||||||  |   |||||||||||||   ||||| |||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  23498327 catcgatttggcgtaacagaaaacttacttctctttccctaaccgagtgtaacaagcttaacattgttgggaataagttatcagatgatcatgg 23498234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 39 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 23382930 - 23382747
Alignment:
Q  39 atggttgttcatccctcatggaattttcggtgacatcagaggaaatgacagagttatccttacatggcactgctatacgtgaattatctttatcgatttg 138  Q
    ||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||| || |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||    
T  23382930 atggttgttcatctctcacagaattttcggtgacatcggaagaaatgacagagttattcttagatggcactgctatacgtgaattgtcttcatcgttttg 23382831  T
Q  139 gcgtaattgc--acttacttctcttggtctaactgagtgtaacaagctcaacactgttgggaagaagttatcagatgatcatgg 220  Q
    | |||||  |  |||||||  |||||  |||| ||  ||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  23382830 gtgtaataccaaacttactgttcttgacctaattggatgtaacaagcttaacattgttgggaaaaagttatcagatgatcatgg 23382747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 29 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 23453454 - 23453261
Alignment:
Q  29 ctcttagttgatggttgttcatccctcatggaattttcggtgacatcagaggaaatgacagagttatccttacatggcactgctatacgtgaattatctt 128  Q
    |||||| | |||||||||||| | ||||  ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||  |||||   |||||||||||||||||||| ||||    
T  23453454 ctcttactcgatggttgttcaactctcacagaatttttggtgacatcggaggaaatgacagagttgaccttaggcggcactgctatacgtgaattgtctt 23453355  T
Q  129 tatcgatttggcgtaattgc--acttacttctcttggtctaactgagtgtaacaagctcaacactgttgggaagaagttatcagatgatcatgg 220  Q
     |||||||||||| ||| ||  ||||||||  ||||| ||| |||||||||||||||| || | ||||||||| ||||||  ||||||||||||    
T  23453354 catcgatttggcgcaatagcaaacttacttggcttggcctatctgagtgtaacaagcttaaaattgttgggaataagttaagagatgatcatgg 23453261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 36 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 23471806 - 23471620
Alignment:
Q  36 ttgatggttgttcatccctcatggaattttcggtgacatcagaggaaatgacagagttatccttacatggcactgctatacgtgaattatctttatcgat 135  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||| | |||| |||| ||| ||    
T  23471806 ttgatggttgttcatctctcatggaattttcagtgacatcggaggaaatgacagagttatccttatgtggcactgatatacatcaattgtcttcatcaat 23471707  T
Q  136 ttggcgtaattgc--acttacttctcttggtctaactgagtgtaacaagctcaacactgttgggaagaagttatcagatgatcatgg 220  Q
    ||||||||||  |  | | |||  | ||   |||||||  ||||||||||| |||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  23471706 ttggcgtaataccaaaatgactgttattaacctaactggatgtaacaagcttaacattgtcgggaataagttatcagatgatcatgg 23471620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 53; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 39 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 23462693 - 23462510
Alignment:
Q  39 atggttgttcatccctcatggaattttcggtgacatcagaggaaatgacagagttatccttacatggcactgctatacgtgaattatctttatcgatttg 138  Q
    ||||||||||||| ||||  |||||||| |||||||| |||||||||||| | |||||||||| || |||| |||||| ||||||  ||| |||||||||    
T  23462693 atggttgttcatctctcacagaattttcagtgacatcggaggaaatgacaaaattatccttacgtgacacttctatacatgaattgacttcatcgatttg 23462594  T
Q  139 gcgtaattgc--acttacttctcttggtctaactgagtgtaacaagctcaacactgttgggaagaagttatcagatgatcatgg 220  Q
    || ||||  |  |||||||  |||||  ||| |||  ||||||||||| |  | ||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  23462593 gcataataccaaacttactgttcttgacctagctggatgtaacaagcttactattgttgggaataagttaacagatgatcatgg 23462510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 39 - 118
Target Start/End: Complemental strand, 23385703 - 23385624
Alignment:
Q  39 atggttgttcatccctcatggaattttcggtgacatcagaggaaatgacagagttatccttacatggcactgctatacgt 118  Q
    ||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||| || |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  23385703 atggttgttcatctctcacagaattttcggtgacatcggaagaaatgacagagttattcttagatggcactgctatacgt 23385624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 39 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 23404074 - 23403891
Alignment:
Q  39 atggttgttcatccctcatggaattttcggtgacatcagaggaaatgacagagttatccttacatggcactgctatacgtgaattatctttatcgatttg 138  Q
    ||||||||||||| ||||  ||||||||  ||||||| |||||||||||| | |||||||||  || |||| |||||| ||||||  ||| |||||||||    
T  23404074 atggttgttcatctctcacagaattttcaatgacatcggaggaaatgacaaaattatccttatgtgacacttctatacatgaattgacttcatcgatttg 23403975  T
Q  139 gcgtaattgc--acttacttctcttggtctaactgagtgtaacaagctcaacactgttgggaagaagttatcagatgatcatgg 220  Q
    || ||||  |  |||||||  |||||  ||| |||  ||||||||||| |  | ||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  23403974 gcataataccaaacttactgttcttgacctagctggatgtaacaagcttactattgttgggaataagttaacagatgatcatgg 23403891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0201 (Bit Score: 81; Significance: 3e-38; HSPs: 1)
Name: scaffold0201
Description:

Target: scaffold0201; HSP #1
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 39 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 10838 - 10655
Alignment:
Q  39 atggttgttcatccctcatggaattttcggtgacatcagaggaaatgacagagttatccttacatggcactgctatacgtgaattatctttatcgatttg 138  Q
    ||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||| || |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||    
T  10838 atggttgttcatctctcacagaattttcggtgacatcggaagaaatgacagagttattcttagatggcactgctatacgtgaattgtcttcatcgttttg 10739  T
Q  139 gcgtaattgc--acttacttctcttggtctaactgagtgtaacaagctcaacactgttgggaagaagttatcagatgatcatgg 220  Q
    | |||||  |  |||||||  |||||  |||| ||  ||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  10738 gtgtaataccaaacttactgttcttgacctaattggatgtaacaagcttaacattgttgggaaaaagttatcagatgatcatgg 10655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 32; Significance: 0.000000005; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 43 - 86
Target Start/End: Original strand, 12897625 - 12897668
Alignment:
Q  43 ttgttcatccctcatggaattttcggtgacatcagaggaaatga 86  Q
    ||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  12897625 ttgttcatctctcaaggagttttcggtgacatcagaggaaatga 12897668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University