View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14188_low_4 (Length: 473)

Name: NF14188_low_4
Description: NF14188
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14188_low_4
NF14188_low_4
[»] chr1 (6 HSPs)
chr1 (15-465)||(36526247-36526678)
chr1 (15-464)||(37923585-37924032)
chr1 (12-412)||(37871803-37872202)
chr1 (26-228)||(35051638-35051840)
chr1 (16-134)||(8237318-8237434)
chr1 (75-111)||(19023346-19023382)
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (109-456)||(4430469-4430817)
chr5 (15-463)||(23269729-23270176)
chr5 (27-197)||(14964904-14965074)
chr5 (15-226)||(26917294-26917505)
chr5 (32-107)||(4431011-4431086)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (15-446)||(29468318-29468749)
[»] chr2 (9 HSPs)
chr2 (28-311)||(9252262-9252544)
chr2 (167-428)||(40728311-40728566)
chr2 (257-429)||(10785850-10786022)
chr2 (32-400)||(37490630-37490999)
chr2 (72-377)||(13018965-13019258)
chr2 (30-228)||(24588542-24588736)
chr2 (67-272)||(8294968-8295173)
chr2 (26-138)||(19920791-19920903)
chr2 (75-113)||(13923026-13923064)
[»] scaffold0305 (1 HSPs)
scaffold0305 (15-413)||(18608-18998)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (35-284)||(28283782-28284031)
chr7 (30-171)||(5460873-5461014)
chr7 (35-121)||(29443757-29443842)
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (15-137)||(43000432-43000554)
chr4 (190-227)||(43381799-43381836)
chr4 (29-90)||(43381919-43381980)
chr4 (68-107)||(29135150-29135189)
chr4 (69-129)||(35762788-35762849)
[»] chr3 (8 HSPs)
chr3 (28-113)||(9738634-9738720)
chr3 (27-105)||(46107349-46107427)
chr3 (57-112)||(21330778-21330833)
chr3 (70-114)||(43059104-43059148)
chr3 (29-112)||(35529008-35529090)
chr3 (71-113)||(47798396-47798438)
chr3 (157-270)||(17571196-17571309)
chr3 (26-115)||(46016235-46016324)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 361; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 361; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 465
Target Start/End: Original strand, 36526247 - 36526678
Alignment:
Q  15 atcatgaactcgggaactagcataagataatgacgccctagataacaagtgggcaacattatttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaagttttga 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36526247 atcatgaactcgggaactagcataagataatgacgcccgagctaacaagtgggcaacattatttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaagttttga 36526346  T
Q  115 tgattcataagtgaagttttgcaagtattgagaatcgcgccaaacatggaattggtgctgaagttgctagagatgccgtcaaccacttgcttgcaatcaa 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36526347 tgattcataagtgaagttttgcaagtattgagaatcgcgccaaacatggaattggtgctgaagttgctagagatgccgtcaaccacttgcttgcaatcaa 36526446  T
Q  215 gttcgatagacaccctggaaaacctcatagtaccaagccacattatcgcttcttttagacctcttgcttctgcttctttgggttgtgggagacctttgta 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||                   | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36526447 gttcgatagacaccctggaaaacctc-------------------tagcttcttttagacctctagcttctgcttctttgggttgtgggagacctttgta 36526527  T
Q  315 ccacgctgtctttgctttaatgaactcccatcgatcacctcttagacacataccgaccccataacatccttaatccttaaaaattgctgcatcgacattg 414  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  36526528 ccacgctgtcttcgctttaatgaactcccatcgatcacctcttagacacataccgaccccataacatccttaatccttaaaaattgctgcgtcgacattg 36526627  T
Q  415 cacttcacttccccagctactggtctaatccaattctcttgtctgtgatcc 465  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  36526628 cacttcacttccccagctactggtctaatccacttctcttgtctgtgatcc 36526678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 275; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 15 - 464
Target Start/End: Original strand, 37923585 - 37924032
Alignment:
Q  15 atcatgaactcgggaactagcataagataatgacgccctagataacaagtgggcaacattatttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaagttttga 114  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37923585 atcatgatcttgggaactagcataagataatgacgccctaactaacaagtgggcaacattatttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaagttttga 37923684  T
Q  115 tgattcataagtgaagttttgcaagtattgagaatcgcgccaaacatggaattggtgctgaagttgctagagatgccgtcaaccacttgcttgcaatcaa 214  Q
    |||||||||||||||  |||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||  ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  37923685 tgattcataagtgaaactttgcaagtattcagaattgcgccgaacatggaattggtgctgagattgcttgagatgccatcaaccacttgcttgcaatcaa 37923784  T
Q  215 gttcgatagacaccctggaaaacctcatagtaccaagccacattatcgcttcttttagacctcttgcttctgcttctttgggttgtgggagacctttgta 314  Q
    |||| |||||||||   | ||||||||  |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37923785 gttctatagacaccgaaggaaacctcaaggtaccaagccattttatcgcttcttttagacctcttgcttctgcttctttgggttgtgggagacctttgta 37923884  T
Q  315 ccacgctgtctttgctttaatgaactcccatcgatcacctcttagacacataccgaccccataacatccttaatccttaaaaattgctgcatcgacattg 414  Q
    | | | ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |  ||||| ||||  ||||||||||||| |||||| ||||||    
T  37923885 ctatgttgtctttgctttaatgaactcccctcgatcccctcttagacacataccgactc--taacaaccttgttccttaaaaattgttgcatcaacattg 37923982  T
Q  415 cacttcacttccccagctactggtctaatccaattctcttgtctgtgatc 464  Q
    ||||||||||||||  |||| ||| || |||| | || ||||||||||||    
T  37923983 cacttcacttccccgactaccggtttagtccactccttttgtctgtgatc 37924032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 12 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 37872202 - 37871803
Alignment:
Q  12 atcatcatgaactcgggaactagcataagataatgacgccctagataacaagtgggcaacattatttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaagttt 111  Q
    |||||||||||||  ||||||| |||||||||| |   | ||   ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  37872202 atcatcatgaactttggaactaccataagataacgcaactctgactaataagtgggaaacattatttgtttgtctcctaataaaacttatcttaaagttt 37872103  T
Q  112 tgatgattcataagtgaagttttgcaagtattgagaatcgcgccaaacatggaattggtgctgaagttgctagagatgccgtcaaccacttgcttgcaat 211  Q
    |||| ||||| |||||||| |||||||  | | |||||  |  | | |||||||||| || |||  |||||||||||| ||| |||||||||||| ||||    
T  37872102 tgattattcagaagtgaagctttgcaaccaatcagaat-accacgagcatggaattgatgttgagattgctagagatgtcgtaaaccacttgcttacaat 37872004  T
Q  212 caagttcgatagacaccctggaaaacctcatagtaccaagccacattatcgcttcttttagacctcttgcttctgcttctttgggttgtgggagaccttt 311  Q
    ||| |||||| |||||    | |||||| |   ||||||| || ||| |||||||||||| ||||||||||||  | |  |||||||||||||| |||||    
T  37872003 caatttcgatggacacagaaggaaaccttaatttaccaagtcagattgtcgcttcttttaaacctcttgcttccaccttgttgggttgtgggaggccttt 37871904  T
Q  312 gtaccacgctgtctttgctttaatgaactcccatcgatcacctcttagacacataccgaccccataacatccttaatccttaaaaattgctgcatcgaca 411  Q
      |||| | | ||||  |  ||||| |||||| | |||| ||||| |||||||| | ||||||||||||| |||  ||||| ||| |||| ||||| |||    
T  37871903 aaaccaagatttcttctccctaatgtactccccttgatcccctctaagacacatgctgaccccataacatacttgctccttgaaatttgccgcatcaaca 37871804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 26 - 228
Target Start/End: Original strand, 35051638 - 35051840
Alignment:
Q  26 gggaactagcataagataatgacgccctagataacaagtgggcaacattatttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaagttttgat-gattcataa 124  Q
    |||||||||||||| ||||||||| | | | |||||| ||| ||| |||||||  |||||| |||||||||||| ||||||||||||| | | ||| |||    
T  35051638 gggaactagcataaaataatgacgtcattgctaacaaatggccaatattattttcttgtcttctaatgaaacttttcttaaagttttggtaggttc-taa 35051736  T
Q  125 gtgaagttttgcaagtattgagaatcgcgccaaacatggaattggtgctgaagttgctagagatgccgtcaaccacttgcttgcaatcaagttcgataga 224  Q
     ||||||||| ||| |||  | ||| ||| ||||| || |||||||| |||   | ||||  |||  |||||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  35051737 ctgaagtttttcaaatatcaataattgcgtcaaacttgaaattggtgttgagtctcctagttatgttgtcaaccacttgcttgtaatcaagtttgataga 35051836  T
Q  225 cacc 228  Q
    ||||    
T  35051837 cacc 35051840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 16 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 8237434 - 8237318
Alignment:
Q  16 tcatgaactcgggaactagcataagataatgacgccctagataacaagtgggcaacattatttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaagttttgat 115  Q
    ||||||||  |||||| | ||||||||| || || ||||| |||||||| ||||| |||||||| |||||  |||||||||||||||||||| ||||| |    
T  8237434 tcatgaacatgggaaccaacataagatattgtcgtcctagctaacaagtcggcaatattatttgcttgtc--ctaatgaaacttatcttaaaattttggt 8237337  T
Q  116 gattcataagtgaagtttt 134  Q
     | |  |||||||||||||    
T  8237336 aaattctaagtgaagtttt 8237318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 75 - 111
Target Start/End: Original strand, 19023346 - 19023382
Alignment:
Q  75 atttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaagttt 111  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  19023346 atttgtttgtctcctaacaaaacttatcttaaagttt 19023382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 217; Significance: 1e-119; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 109 - 456
Target Start/End: Complemental strand, 4430817 - 4430469
Alignment:
Q  109 ttttgatgattcataagtgaagttttgcaagtattgagaatcgcgccaaacatggaattggtgctgaagttgctagagatgccgtcaaccacttgcttgc 208  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  4430817 ttttgatgattcacaagtgaagttttgcaagtattcataatcgcgccaaacatgaaattggtgctgaagttgctagaaatgccgtcaaccacttacttgc 4430718  T
Q  209 aatcaagttcgatagacaccctggaaaacctcatagtaccaagccacattatcgcttcttttagacctcttgcttctgcttctttgggttgtgggagacc 308  Q
    |||  ||||||||||||||  || ||| |||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||     
T  4430717 aattcagttcgatagacactttgaaaatcctcatagtatcaagccatattatcgcttattttagaccttctgcttatgcttctttgggttgtgggagact 4430618  T
Q  309 tttgtaccacgctgtctttgctttaatgaactcccatcgat-cacctcttagacacataccgaccccataacatccttaatccttaaaaattgctgcatc 407  Q
    ||||||||| | ||| ||||||| ||||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||    
T  4430617 tttgtaccatgatgtatttgcttaaatgaactcctctcgatacacctcttagacacataccgaccccataacatccttgatccttaaaaattgtcgcatc 4430518  T
Q  408 gacattgcacttcacttccccagctactggtctaatccaattctcttgt 456  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  4430517 aacattgcacttcacttccccagctactggtctaatccacctctcttgt 4430469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 15 - 463
Target Start/End: Complemental strand, 23270176 - 23269729
Alignment:
Q  15 atcatgaactcgggaactagcataagataatgacgccctagataacaagtgggcaacattatttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaagttttga 114  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  23270176 atcatgaacttgggaactagcataagataatgactccctagctaacaagtgagcaacattatttgcttgtcttctaatgaaacttatcttaaagttttga 23270077  T
Q  115 tgattcataagtgaagttttgcaagtattgagaatcgcgccaaacatggaattggtgctgaagttgctagagatgccgtcaaccacttgcttgcaatcaa 214  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| || ||||| ||| | ||| |||| |||||| |||  |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  23270076 tgattcataagtgaagctttgcaagtgttcagaatagcgtcgaacgtggatttggtgttgagattgctagagatgtcgtcaacca-ttgcttgcaatcaa 23269978  T
Q  215 gttcgatagacaccctggaaaacctcatagtaccaagccacattatcgcttcttttagacctcttgcttctgcttctttgggttgtgggagacctttgta 314  Q
    ||||||||||||||   | | | || | ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| || || |||||||| | ||||||| ||||    
T  23269977 gttcgatagacaccgatgtatatcttaaagtaccaagccactttctcgcttcttttagacctcttgcttccgcctcattgggttgagagagacctctgta 23269878  T
Q  315 ccacgctgtctttgctttaatgaactcccatcgatcacctcttagacacataccgaccccataacatccttaatccttaaaaattgctgcatcgacattg 414  Q
    ||| |||||||| ||| | |||||||||| |||||| ||| | |  |||||| | | ||||||||| |||| ||||||||| ||||  || ||||||||     
T  23269877 ccaagctgtcttcgctctcatgaactcccctcgatcccctgtcaagcacatatcaatcccataacaaccttgatccttaaagattgtcgcgtcgacatta 23269778  T
Q  415 cacttcacttccccagctactggtctaatccaattctcttgtctgtgat 463  Q
    |||||||||||| ||||||  | |||||||||   ||||||||| ||||    
T  23269777 cacttcacttccgcagctaacgatctaatccacccctcttgtctttgat 23269729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 27 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 14965074 - 14964904
Alignment:
Q  27 ggaactagcataagataatgacgccctagataacaagtgggcaacattatttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaagttttgatgattcataagt 126  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||  ||| ||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  14965074 ggaactagtataagataatggcgccctaactaataagtgggcaacattatttgattgtctcttgatgaaacttatcttaaagttttgatgattcataaat 14964975  T
Q  127 gaagttttgcaagtattgagaatcgcgccaaacatggaattggtgctgaagttgctagagatgccgtcaac 197  Q
     || |||||||||| || | |||| ||   || ||  ||||||||||||| ||| |||||||| |||||||    
T  14964974 taaattttgcaagtgtttaaaatctcgttgaatataaaattggtgctgaaattgttagagatgtcgtcaac 14964904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 15 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 26917505 - 26917294
Alignment:
Q  15 atcatgaactcgggaactagcataagataatgacgccctagataacaagtgggcaacattatttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaag-ttttg 113  Q
    |||||||||  ||| || ||||||||||||||||||||| | ||  |  ||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  26917505 atcatgaacatggggacaagcataagataatgacgcccttgctagtagatgggcaacactatttgcttgtctcctaataaaacttatcttaaagtttttg 26917406  T
Q  114 atgattcataagtgaagttttgcaagtattgagaatcgcgccaaacatggaattggtgctgaagttgctagagatgccgtcaaccacttgcttgcaatca 213  Q
      ||||| ||||||||| ||||||| |||  ||||| ||| ||||||| |||||| || |||     ||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  26917405 tagattc-taagtgaagctttgcaaatatcaagaatagcgtcaaacattgaattgttgttgagtcccctagctatgccgtcaaccacttgcttgcaatca 26917307  T
Q  214 agttcgatagaca 226  Q
    |||||||||||||    
T  26917306 agttcgatagaca 26917294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 32 - 107
Target Start/End: Complemental strand, 4431086 - 4431011
Alignment:
Q  32 tagcataagataatgacgccctagataacaagtgggcaacattatttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaa 107  Q
    ||||||||||||||  |||||||| ||||||||||| ||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||    
T  4431086 tagcataagataattccgccctagctaacaagtgggaaacattatttgcttctctcctaataaaacttatcttaaa 4431011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 181; Significance: 1e-97; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 15 - 446
Target Start/End: Original strand, 29468318 - 29468749
Alignment:
Q  15 atcatgaactcgggaactagcataagataatgacgccctagataacaagtgggcaacattatttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaagttttga 114  Q
    |||||||||| | |||||||||||| ||||||||  ||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  29468318 atcatgaacttgagaactagcataacataatgacatcctagctaacaagtatgcaacattatttgtttgtctcataatgaaacttatcttaaagttttga 29468417  T
Q  115 tgattcataagtgaagttttgcaagtattgagaatcgcgccaaacatggaattggtgctgaagttgctagagatgccgtcaaccacttgcttgcaatcaa 214  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||| || || ||||| ||||||||  ||||||| ||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||    
T  29468418 tgattcataagtgaagctttgcaaatattcaggattgcgccgaacatggacctggtgctaaagttgctagagatgcaatcaactacttgcttgcaatcaa 29468517  T
Q  215 gttcgatagacaccctggaaaacctcatagtaccaagccacattatcgcttcttttagacctcttgcttctgcttctttgggttgtgggagacctttgta 314  Q
    |||||||||| |||   | |||||||| ||||||||||||| ||||  ||| ||||||||||| |||||  |||||||| ||||||||||||||||| ||    
T  29468518 gttcgatagataccgaaggaaacctcaaagtaccaagccactttatttctttttttagacctcgtgctttcgcttctttaggttgtgggagacctttata 29468617  T
Q  315 ccacgctgtctttgctttaatgaactcccatcgatcacctcttagacacataccgaccccataacatccttaatcctt-aaaaattgctgcatcgacatt 413  Q
    ||| | |||||| |||  ||||||||||| |||  | |||||||| ||||| | || ||||||||||| || |||||| ||||||| |||| ||||||||    
T  29468618 ccaagttgtcttcgctccaatgaactcccctcgcacccctcttaggcacattctga-cccataacatcattgatccttaaaaaattactgcgtcgacatt 29468716  T
Q  414 gcacttcacttccccagctactggtctaatcca 446  Q
    ||| | ||| || |  ||||| |||||||||||    
T  29468717 gcaatccacctcactggctaccggtctaatcca 29468749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 100; Significance: 3e-49; HSPs: 9)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 28 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 9252544 - 9252262
Alignment:
Q  28 gaactagcataagataatgacgccctagataacaagtgggcaacattatttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaagttttgatgattcataagtg 127  Q
    ||||||| |||||||||| ||| ||  | |||||| |||| ||||||||| ||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  9252544 gaactaggataagataataacgtccaggctaacaaatgggtaacattattcgtttgtcttttaatgaaacttatgttaaagttttgatgattcaaaagtg 9252445  T
Q  128 aagttttgcaagtattgagaatcgcgccaaacatggaattggtgctgaagttgctagagatgccgtcaaccacttgcttgcaatcaagttcgatagacac 227  Q
    ||| ||||| |  ||| ||||| ||||  |||||| |||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||     
T  9252444 aagctttgccaccattcagaatagcgctgaacatgaaattggtgcttagattgctagagatgccgtcaaccacttgcttacaatcaagtttgatagaca- 9252346  T
Q  228 cctggaaaacctcatagtaccaagccacattatcgcttcttttagacctcttgcttctgcttctttgggttgtgggagaccttt 311  Q
    |   |||||||||| | || ||| |||  ||||||||||||||| | ||||||||||  | || |||| |||||||| ||||||    
T  9252345 cgaagaaaacctcaaattatcaaaccaatttatcgcttcttttaaatctcttgcttccacctcgttggattgtgggataccttt 9252262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 167 - 428
Target Start/End: Original strand, 40728311 - 40728566
Alignment:
Q  167 tggtgctgaagttgctagagatgccgtcaaccacttgcttgcaatcaagttcgatagacaccctggaaaacctcatagtaccaagccacattatcgcttc 266  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |   | |||||||| |||||||| |||  || |||||||    
T  40728311 tggtgctgaagttgctagagatgtcgtcaaatacttgcttgcaatcaagttcgatagacaacgaagtaaacctcaaagtaccaaaccattttgtcgcttc 40728410  T
Q  267 ttttagacctcttgcttctgcttctttgggttgtgggagacctttgtaccacgctgtctttgctttaatgaactcccatcgatcacctcttagacacata 366  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| | ||||| | |||||| ||| |||||||||   ||      |||||||| |||||     
T  40728411 ctttagacctcttgcttctgcttctttgggttattggagacctgtataccaagatgtcttggctctaatgaact---at------cctcttaggcacatt 40728501  T
Q  367 ccgaccccataa---catccttaatccttaaaaattgctgcatcgacattgcacttcacttcccc 428  Q
    ||||||||||||   | ||||| |||||||||||||| |||||| |||||| ||||||| |||||    
T  40728502 ccgaccccataaccgcctccttgatccttaaaaattgttgcatctacattgtacttcacctcccc 40728566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 257 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 10786022 - 10785850
Alignment:
Q  257 ttatcgcttcttttagacctcttgcttctgcttctttgggttgtgggagacctttgtaccacgctgtctttgctttaatgaactcccatcgatcacctct 356  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||  ||||||||||| | |||||| ||| |||||||||||| |||||| |||||    
T  10786022 ttatcgtttcttttagacctcttgcttttacttctttgggttgtgggatgcctttgtaccaagttgtcttcgctctaatgaactcccctcgatcccctct 10785923  T
Q  357 tagacacataccgaccccataacatccttaatccttaaaaattgctgcatcgacattgcacttcacttcccca 429  Q
     | ||||||||||| ||||||||| ||||  ||||||||||||| || ||| ||||| |||||||||||||||    
T  10785922 caaacacataccgatcccataacaaccttgttccttaaaaattgttgtatcaacattacacttcacttcccca 10785850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 32 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 37490999 - 37490630
Alignment:
Q  32 tagcataagataatgacgccctagataacaagtgggcaacattatttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaagttttgatgattcataagtgaagt 131  Q
    |||||| ||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||  |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||     
T  37490999 tagcatgagataatgacgtcctagctaacaagtggacaacattatttacttgtcttctaatgaaacttatctgaaagttttgatgattcagtagtgaagc 37490900  T
Q  132 tttgcaagtattgagaatcgcgccaa-acatggaattggtgctgaagttgctagagatgccgtcaaccacttgcttgcaatcaagttcgatagacaccct 230  Q
    |||||||  ||| | |||   | ||| ||||| |||||||  |||  |||||||||||| ||||||| | |||||| |||||||||| |||||||| |      
T  37490899 tttgcaatcattcaaaataatgtcaacacatgaaattggtattgagattgctagagatgtcgtcaacgatttgcttacaatcaagtttgatagacaacga 37490800  T
Q  231 ggaaaacctcatagtaccaagccacattatcgcttcttttagacctcttgcttctgcttctttgggttgtgggagacctttgtaccacgctgtctttgct 330  Q
     | |||||||| | ||||||| ||  ||||||||||||||| |||| |||||||  |  | |||| |||||| || |||||  || | | |||||| |||    
T  37490799 aggaaacctcaaattaccaagacaatttatcgcttcttttaaaccttttgcttcctccacgttggattgtggaaggcctttaaacgaagttgtcttcgct 37490700  T
Q  331 ttaatgaactcccatcgatcacctcttagacacataccgaccccataacatccttaatccttaaaaattg 400  Q
      |||| |||||| ||||||| | || |||| |||   || ||||||||||||||| || ||||||||||    
T  37490699 ccaatgtactcccctcgatcatcgctaagacccatgttgatcccataacatccttactctttaaaaattg 37490630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 72 - 377
Target Start/End: Original strand, 13018965 - 13019258
Alignment:
Q  72 attatttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaagttttgatgattcataagtgaagttttgcaagtattgagaatcgcgccaaacatggaattggtg 171  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||| |||  ||  ||| ||||| |||||||||||||||| |       
T  13018965 attatttgattgtctcctaatgaaacttatcttaaaattttgatgattcagatgtgaagctttataaccattaagaatagcgccaaacatggaatgg--- 13019061  T
Q  172 ctgaagttgctagagatgccgtcaaccacttgcttgcaatcaagttcgatagacaccctggaaaacctcatagtaccaagccacattatcgcttctttta 271  Q
         ||||||||||||| | |||||||    ||| |||| ||||||||||||||||   ||||| |||  | | |||| | |  |||||||||||||||    
T  13019062 -----gttgctagagatggcatcaacca----cttacaattaagttcgatagacaccgaagaaaatctcgaattgccaaacgaatttatcgcttctttta 13019152  T
Q  272 gacctcttgcttctgcttctttgggttgtgggagacctttgtaccacgctgtctttgctttaatgaactcccatcgatcacctcttagacacataccgac 371  Q
     ||| ||||||||||| || |||| ||||||||| |||||  |||| | |||||| ||  |||||||||||| || ||| ||||| |||| ||| |||||    
T  13019153 aaccacttgcttctgcctcgttggattgtgggaggcctttaaaccaagttgtcttcgccctaatgaactcccctcaatcccctctaagacgcatgccgac 13019252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 51; E-Value: 5e-20
Query Start/End: Original strand, 30 - 228
Target Start/End: Original strand, 24588542 - 24588736
Alignment:
Q  30 actagcataagataatgacgccctagataacaagtgggcaacattatttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaagttttgat-gattcataagtga 128  Q
    ||||||||||||||||||||||||   ||   | ||||||||| |||||| |||| | ||||| |||||||     |||||||| | ||||| |||||||    
T  24588542 actagcataagataatgacgccctttctagtgaatgggcaacactatttgattgtgttctaataaaacttac----aagttttgttagattc-taagtga 24588636  T
Q  129 agttttgcaagtattgagaatcgcgccaaacatggaattggtgctgaagttgctagagatgccgtcaaccacttgcttgcaatcaagttcgatagacacc 228  Q
    || ||| ||| |||  ||||| ||||||||||||||||||||| |||     ||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24588637 agctttacaaatatcaagaatagcgccaaacatggaattggtgttgagtcccctagttatgtcgtcaaccacttgcttgcaatcaagttcgatagacacc 24588736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 67 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 8295173 - 8294968
Alignment:
Q  67 gcaacattatttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaagttttgat-gattcataagtgaagttttgcaagtattgagaatcgcgccaaacatggaa 165  Q
    |||||| ||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||   ||||| ||||||||| ||||||| |||  ||||   ||||||||||| ||    
T  8295173 gcaacactatttatttgtctcttaataaaacttatcttaaagttttggcagattc-taagtgaagctttgcaaatatcaagaacaacgccaaacatgaaa 8295075  T
Q  166 ttggtgctgaagttgctagagatgccgtcaaccacttgcttgcaatcaagttcgatagacaccctggaaaacctcatagtaccaagccacattatcgctt 265  Q
    ||| || |||     | ||  ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| | || |  |||||| | ||||||||  ||||||| |    
T  8295074 ttgatgttgagtccccaagctatgccgtaaatcacttgcttgcaatcaagttcgatagacaccttagatagactcatacttccaagccattttatcgcct 8294975  T
Q  266 cttttag 272  Q
    |||||||    
T  8294974 cttttag 8294968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 26 - 138
Target Start/End: Complemental strand, 19920903 - 19920791
Alignment:
Q  26 gggaactagcataagataatgacgccctagataacaagtgggcaacattatttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaagttttgat-gattcataa 124  Q
    ||||||| | |||||||||||||| ||| | |||||| |||  |||| |||||| |||| |||||||||||| || |||||||||||||| ||||| |||    
T  19920903 gggaactggtataagataatgacgtccttgctaacaaatggcaaacactatttgcttgtttcctaatgaaacctagcttaaagttttgatagattc-taa 19920805  T
Q  125 gtgaagttttgcaa 138  Q
    |||| |||||||||    
T  19920804 gtgatgttttgcaa 19920791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 75 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 13923064 - 13923026
Alignment:
Q  75 atttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaagttttg 113  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  13923064 atttgcttgtttcctaatgaaacttatcttaaagttttg 13923026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0305 (Bit Score: 78; Significance: 4e-36; HSPs: 1)
Name: scaffold0305
Description:

Target: scaffold0305; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 15 - 413
Target Start/End: Original strand, 18608 - 18998
Alignment:
Q  15 atcatgaactcgggaactagcataagataatgacgccctagataacaagtgggcaacattatttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaagttttga 114  Q
    ||||||||||  ||| ||||||| || |||||||  | | | |||||||||||||| ||||||| ||| | || ||||||||||| |||| || ||||||    
T  18608 atcatgaactttggagctagcatgaggtaatgacaacttggctaacaagtgggcaaaattatttctttttttcttaatgaaacttgtcttcaaattttga 18707  T
Q  115 tgattcataagtgaagttttgcaagtattgagaatcgcgccaaacatggaattggtgctgaagttgctagagatgccgtcaaccacttgcttgcaatcaa 214  Q
    ||||||| |||||||| |||||||  ||| | ||| ||   |||| ||||||||||| |||  || ||||| ||| ||||||||||||| || |||||||    
T  18708 tgattcagaagtgaagctttgcaaccattcaaaatagc-ataaacgtggaattggtgttgagatttctagatatgtcgtcaaccacttgtttacaatcaa 18806  T
Q  215 gttcgatagacaccctggaaaacctcatagtaccaagccacattatcgcttcttttagacctcttgcttctgcttctttgggttgtgggagacctttgta 314  Q
    |||| |||||||||   | |||||| | | |||||||||       ||||||||||| |||||||||||  || || ||||||||||||||||||||  |    
T  18807 gttcaatagacaccgacggaaaccttaaattaccaagcc-------cgcttcttttaaacctcttgcttacgcctcattgggttgtgggagacctttaaa 18899  T
Q  315 ccacgctgtctttgct-ttaatgaactcccatcgatcacctcttagacacataccgaccccataacatccttaatccttaaaaattgctgcatcgacatt 413  Q
    ||| | |||||| |||   |||| |||||| | |||| ||||| ||||||||  |||||| | |||||||||| ||||| ||||||| || |||||||||    
T  18900 ccaagttgtcttcgctcccaatgtactccccttgatcccctctaagacacatgtcgacccaacaacatccttactcctt-aaaattgttgtatcgacatt 18998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 66; Significance: 5e-29; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 35 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 28284031 - 28283782
Alignment:
Q  35 cataagataatgacgccctagataacaagtgggcaacattatttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaagttttgatgattcataagtgaagtttt 134  Q
    |||||||||||||| ||||   |||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||     
T  28284031 cataagataatgacaccctgactaacaagtgaacatcattatttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaagttttgatgattcagaagtgaagctta 28283932  T
Q  135 gcaagtattgagaatcgcgccaaacatggaattggtgctgaagttgctagagatgccgtcaaccacttgcttgcaatcaagttcgatagacaccctggaa 234  Q
    |||   ||| ||||| | |   ||||| ||||  ||| |||  |||||||||||| | |||  ||||||||| | ||||||||| ||||||||    | |    
T  28283931 gcagccattcagaatagtgttgaacatagaatcagtgttgagattgctagagatgtcatcaggcacttgcttacgatcaagttcaatagacacagaagga 28283832  T
Q  235 aacctcatagtaccaagccacattatcgcttcttttagacctcttgcttc 284  Q
    ||||||| | ||| ||||||  |||| |||||||||| | | ||||||||    
T  28283831 aacctcaaattactaagccaatttattgcttcttttaaaacccttgcttc 28283782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 30 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 5461014 - 5460873
Alignment:
Q  30 actagcataagataatgacgccctagataacaagtgggcaacattatttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaagttttgat-gattcataagtga 128  Q
    |||||||||||||||||| |  |||| ||||||||  |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||  ||| ||    
T  5461014 actagcataagataatgatgttctagctaacaagtcagcaacaatatttgcttgtctcctaatgaaacttatcttaaagttttggtaaattctcaag-ga 5460916  T
Q  129 agttttgcaagtattgagaatcgcgccaaacatggaattggtg 171  Q
    || ||||||||| |  ||||| ||||| |||||||||||||||    
T  5460915 agctttgcaagtctctagaatagcgccgaacatggaattggtg 5460873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 35 - 121
Target Start/End: Complemental strand, 29443842 - 29443757
Alignment:
Q  35 cataagataatgacgccctagataacaagtgggcaacattatttgtttgtctcctaatgaaa-cttatcttaaagttttgatgattca 121  Q
    ||||||||||| | ||||| | |||||||||  |||  ||||||| ||||||   ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  29443842 cataagataataatgcccttgctaacaagtgaacaaatttatttgcttgtcta--aatgaaaacttatcttaaagttttgatgattca 29443757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000003; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 15 - 137
Target Start/End: Original strand, 43000432 - 43000554
Alignment:
Q  15 atcatgaactcgggaactagcataagataatgacgccctagataacaagtgggcaacattatttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaagttttga 114  Q
    |||||||||| || || ||||||||||||||||| || |||  ||||| || | || ||| |||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  43000432 atcatgaacttggaaattagcataagataatgacaccttagcaaacaaatgagtaatattgtttgcttgtctcctaataaaacttatattaaagttttga 43000531  T
Q  115 tgattcataagtgaagttttgca 137  Q
    |  ||  ||||||||| ||||||    
T  43000532 ttttttttaagtgaagctttgca 43000554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 190 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 43381836 - 43381799
Alignment:
Q  190 ccgtcaaccacttgcttgcaatcaagttcgatagacac 227  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43381836 ccgtcaaccacttgcttgcaatcaagttcgatagacac 43381799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 29 - 90
Target Start/End: Complemental strand, 43381980 - 43381919
Alignment:
Q  29 aactagcataagataatgacgccctagataacaagtgggcaacattatttgtttgtctccta 90  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| | |||||| || |||||| |||||||||||||||||    
T  43381980 aactagcataagataatgacgtccttgttaacaaatgagcaacactatttgtttgtctccta 43381919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 68 - 107
Target Start/End: Complemental strand, 29135189 - 29135150
Alignment:
Q  68 caacattatttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaa 107  Q
    ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||    
T  29135189 caacattatttatttgtctcctaacgaaacttatcttaaa 29135150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 69 - 129
Target Start/End: Complemental strand, 35762849 - 35762788
Alignment:
Q  69 aacattatttgtttgtctcctaatgaaactta-tcttaaagttttgatgattcataagtgaa 129  Q
    ||||||||||||||||| | |||| ||| ||| | ||||||||||||||||||| |||||||    
T  35762849 aacattatttgtttgtcccataataaaatttaatattaaagttttgatgattcacaagtgaa 35762788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000003; HSPs: 8)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 28 - 113
Target Start/End: Original strand, 9738634 - 9738720
Alignment:
Q  28 gaactagcataagataatgacgccctagataacaagtgggcaacattatttgtttgtctcctaatg-aaacttatcttaaagttttg 113  Q
    |||||| |||||||||||||||| |||| |||||| || ||||||||||||| ||||| ||||||| |||  |||||||||||||||    
T  9738634 gaactaacataagataatgacgctctagctaacaaatgagcaacattatttggttgtcacctaatgaaaaaatatcttaaagttttg 9738720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 27 - 105
Target Start/End: Complemental strand, 46107427 - 46107349
Alignment:
Q  27 ggaactagcataagataatgacgccctagataacaagtgggcaacattatttgtttgtctcctaatgaaacttatctta 105  Q
    ||||||| ||||| |||||||||| |||| |||||| || ||||||||||||  ||||| ||||||||||| |||||||    
T  46107427 ggaactaacataatataatgacgctctagctaacaaatgagcaacattatttacttgtcacctaatgaaacgtatctta 46107349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 57 - 112
Target Start/End: Original strand, 21330778 - 21330833
Alignment:
Q  57 taacaagtgggcaacattatttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaagtttt 112  Q
    |||||| || |||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  21330778 taacaaatgagcaacattatttatttgtctccgaataaaacttatcttaaagtttt 21330833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 70 - 114
Target Start/End: Complemental strand, 43059148 - 43059104
Alignment:
Q  70 acattatttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaagttttga 114  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||    
T  43059148 acattatttgtttgtcttataatgaaacttatcttaaaattttga 43059104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 29 - 112
Target Start/End: Original strand, 35529008 - 35529090
Alignment:
Q  29 aactagcataagataatgacgccctagataacaagtgggcaacattatttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaagtttt 112  Q
    ||||| ||||||||||||||   |||| |||||| || ||||||| ||||||||||| | ||||||||||||| ||||| ||||    
T  35529008 aactaacataagataatgacattctagctaacaa-tgagcaacatcatttgtttgtcgcttaatgaaacttattttaaaatttt 35529090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 71 - 113
Target Start/End: Original strand, 47798396 - 47798438
Alignment:
Q  71 cattatttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaagttttg 113  Q
    |||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  47798396 cattatttatttgtctcttaataaaacttatcttaaagttttg 47798438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 157 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 17571309 - 17571196
Alignment:
Q  157 aacatggaattggtgctgaagttgctagagatgccgtcaaccacttgcttgcaatcaagttcgatagacaccctggaaaacctcatagtaccaagccaca 256  Q
    |||||| |||||||| |||  |||||||||||| |||||||||| | ||| || | |||||||||||| |||   |||||||||| | ||| |||  |      
T  17571309 aacatgtaattggtgttgagattgctagagatgtcgtcaaccacatacttacagttaagttcgatagagaccgaagaaaacctcaaattactaagttagt 17571210  T
Q  257 ttatcgcttctttt 270  Q
    ||||||||||||||    
T  17571209 ttatcgcttctttt 17571196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 26 - 115
Target Start/End: Original strand, 46016235 - 46016324
Alignment:
Q  26 gggaactagcataagataatgacgccctagataacaagtgggcaacattatttgtttgtctcctaatgaaacttatcttaaagttttgat 115  Q
    |||||| | ||||||||||||| || |||  |||||| || |||||||| |||| |||||  | |||||||||||| ||| |||||||||    
T  46016235 gggaacaaacataagataatgatgctctaactaacaaatgagcaacattgtttgattgtcctcaaatgaaacttatattatagttttgat 46016324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University