View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
	Query
	Query hiting target	Query hiting target's complemental strand
	Query's complemental strand hiting target	Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14200_high_21 (Length: 403)

Name: NF14200_high_21

Description: NF14200

Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]

Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)

[»] NF14200_high_21

[»] chr8 (6 HSPs)

[»] chr7 (8 HSPs)

[»] chr2 (2 HSPs)

[»] chr5 (10 HSPs)

[»] chr3 (8 HSPs)

[»] scaffold0197 (1 HSPs)

[»] chr4 (4 HSPs)

[»] chr6 (5 HSPs)

[»] chr1 (3 HSPs)

[»] scaffold0006 (2 HSPs)

[»] scaffold0078 (1 HSPs)

Alignment Details

Target: chr8 (Bit Score: 314; Significance: 1e-177; HSPs: 6)

Name: chr8

Description:

Target: chr8; HSP #1

Raw Score: 314; E-Value: 1e-177

Query Start/End: Original strand, 1 - 386

Target Start/End: Original strand, 454267 - 454652

Alignment:

Q	1	actgtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaat	100	Q
		\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|
T	454267	actgtgagttccttttaaggcatgtgacatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaattcccattaacatgtttgataatctaagttattgcactaaaat	454366	T

Q	101	tgtgcatgagatgtgtaaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatc	200	Q
		\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|
T	454367	tgtatatgagatgtgtaaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttattgtaattgatc	454466	T

Q	201	atgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaaca	300	Q
		\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|
T	454467	atgtatcgttagctagtgcagcatctcataataaatttgaattgtggcatttaaggtgacaacatgttagtgaaagaggtttagtagaactagccaaaca	454566	T

Q	301	agattttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaataacatagagtgaagtttgaaa	386	Q
		\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|
T	454567	aggttttttaggaagagaaaatttggataagctagaatttcgcaatcattgcatactagacaaacaacatagagtgaagtttgaaa	454652	T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2

Raw Score: 81; E-Value: 5e-38

Query Start/End: Original strand, 4 - 383

Target Start/End: Original strand, 10685610 - 10685990

Alignment:

Q	4	gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt	103	Q
		\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \| \|\|\|\| \|\|\| \|\|\|\| \|\| \|\| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\| \|
T	10685610	gtgaattccttttaagggatgtgaggtatgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccataagcatgtttgataatctaggttattgcactagaataga	10685709	T

Q	104	gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat	202	Q
		\|\|\|\|\| \| \| \|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \| \|\| \| \| \|\| \|\|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\| \| \|\|
T	10685710	gcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggtaaaggggtctagaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaat	10685809	T

Q	203	gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaag	302	Q
		\| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\| \| \|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|
T	10685810	gcatcggtagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggcatgttagtgagaggggtttagttgaactagctaaacaag	10685909	T

Q	303	attttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaataacatagagtgaagtttg	383	Q
		\|\|\| \|\|\|\| \| \|\|\| \|\| \|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|
T	10685910	gtttgctagggaaagataaattggacaagctagaattttgtgaacattgcatactaggcaaacaacatagggtgaagtttg	10685990	T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3

Raw Score: 81; E-Value: 5e-38

Query Start/End: Original strand, 4 - 383

Target Start/End: Complemental strand, 35744130 - 35743750

Alignment:

Q	4	gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt	103	Q
		\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \| \| \|\| \|\|\| \|\|\|\| \|\| \|\| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\| \|
T	35744130	gtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccataagcatgtttgataatctaggttattgcactagaataga	35744031	T

Q	104	gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat	202	Q
		\|\|\|\|\| \| \| \|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \|\|\|\| \| \| \|\| \|\|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\| \| \|\|
T	35744030	gcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacgattaaggggtctagaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaat	35743931	T

Q	203	gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaag	302	Q
		\| \|\|\|\| \|\|\|\| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\| \| \|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|
T	35743930	gcatcggtagcaagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggcatgttagtgagaggggtttagttgaactagctaaacaag	35743831	T

Q	303	attttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaataacatagagtgaagtttg	383	Q
		\|\|\| \|\|\|\| \| \|\|\| \|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|
T	35743830	gtttgctagggaaagataaattggataagctagaattttgtgaacattgcatactaggcaaacaacatagggtgaagtttg	35743750	T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4

Raw Score: 77; E-Value: 1e-35

Query Start/End: Original strand, 4 - 383

Target Start/End: Original strand, 18867016 - 18867396

Alignment:

Q	4	gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt	103	Q
		\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \| \| \|\| \|\|\| \|\|\|\| \|\| \|\| \|\|\| \|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|
T	18867016	gtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgtaatttaatttccctaagcatgtttgataatctaggttattgcactagaattga	18867115	T

Q	104	gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat	202	Q
		\|\|\|\|\| \| \| \|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \|\|\|\| \| \| \|\| \|\|\| \|\| \|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\| \| \|\|
T	18867116	gcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggttaaggggtctagaatgaatggtttatatattttagatggttccatagtaattggtaat	18867215	T

Q	203	gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaag	302	Q
		\| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\| \|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|
T	18867216	gcatcggtagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgaggttggggcatgttagtgaaaggggtttagttgaactagctaaacaag	18867315	T

Q	303	attttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaataacatagagtgaagtttg	383	Q
		\|\|\| \|\|\|\| \| \|\|\| \|\| \|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\| \|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|
T	18867316	gtttgctagggaaagataaattggacaagctagaattttgtgagcattgcatactaggaaaacaacatagggtgaagtttg	18867396	T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5

Raw Score: 49; E-Value: 6e-19

Query Start/End: Original strand, 4 - 251

Target Start/End: Complemental strand, 26300091 - 26299843

Alignment:

Q	4	gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt	103	Q
		\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \| \| \|\| \|\|\| \|\|\|\| \|\| \|\| \|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|
T	26300091	gtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgtaatttaatttccataaccatgtttgatagtctaggttattgcactagaattga	26299992	T

Q	104	gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat	202	Q
		\|\|\|\| \| \| \|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \|\|\|\| \| \| \|\|\| \|\|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\| \| \|\|
T	26299991	acatggggtttgtaaaatttcgtatggtgcattgattacggttaaggggtctaaaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaat	26299892	T

Q	203	gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcatt	251	Q
		\| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\| \| \| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|
T	26299891	gcatcgatagctagcgttgtacctcataataattctgaattgtggcatt	26299843	T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6

Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002

Query Start/End: Original strand, 4 - 234

Target Start/End: Original strand, 18856621 - 18856852

Alignment:

Q	4	gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt	103	Q
		\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \| \| \|\| \|\|\| \|\|\|\| \|\| \|\| \|\|\| \|\|\|\|\|\|\| \| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|
T	18856621	gtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgtaatttaatttccctatgtatgtttgataatctaggttattgcactagaattga	18856720	T

Q	104	gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat	202	Q
		\|\|\|\|\| \| \| \|\|\| \|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \|\|\|\| \| \| \|\| \|\|\| \|\| \|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\| \| \|\|
T	18856721	gcatggggtttgtaaaattttgcatggtgcattgattacggttaaggggtctagaatgaatggtttatatattttagatggttccatagtaattggtaat	18856820	T

Q	203	gtatcgttagctagtgaagcatctcataataa	234	Q
		\| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|
T	18856821	gcatcggtagctagtgttgcatctcataataa	18856852	T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 87; Significance: 1e-41; HSPs: 8)

Name: chr7

Description:

Target: chr7; HSP #1

Raw Score: 87; E-Value: 1e-41

Query Start/End: Original strand, 2 - 383

Target Start/End: Complemental strand, 49090431 - 49090049

Alignment:

Q	2	ctgtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaatt	101	Q
		\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \| \| \|\| \|\|\| \|\|\|\| \|\| \|\| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|
T	49090431	ctgtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccttaagcatgtttgatagtctaggttattgcactagaatt	49090332	T

Q	102	gtgcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatc	200	Q
		\|\|\|\|\| \| \| \|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \| \| \|\|\| \|\|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\| \|
T	49090331	aagcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggttaaagggtctaaaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggta	49090232	T

Q	201	atgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaaca	300	Q
		\|\|\| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\| \| \| \|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|
T	49090231	atgcatcggtagctagtgttgtacctcataataattctgaattgtggcatttgagattggagcatgttagtgaaagaggtttagttgaactaactaaaca	49090132	T

Q	301	agattttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaataacatagagtgaagtttg	383	Q
		\|\| \|\|\| \|\|\|\|\|\| \|\|\| \|\| \|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|
T	49090131	aggtttgctaggaaaagataaattggacaagctagaattttgtaagcattgcatactaggcaagcaacatagagtaaagtttg	49090049	T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2

Raw Score: 85; E-Value: 2e-40

Query Start/End: Original strand, 4 - 383

Target Start/End: Complemental strand, 16883668 - 16883288

Alignment:

Q	4	gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt	103	Q
		\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \| \|\|\|\| \|\|\| \|\|\|\| \|\| \|\| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\| \|
T	16883668	gtgaattccttttaagggatgtgaggtatgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccataagcatgtttgataatctaggttattgcactagaataga	16883569	T

Q	104	gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat	202	Q
		\|\|\|\|\| \| \| \|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \| \|\| \| \| \|\| \|\|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\| \| \|\|
T	16883568	gcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggtaaaggggtctagaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaat	16883469	T

Q	203	gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaag	302	Q
		\| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\| \| \|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|
T	16883468	gcatcggtagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggcatgttagtgagaggggtttagttgaactagctaaacaag	16883369	T

Q	303	attttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaataacatagagtgaagtttg	383	Q
		\|\|\| \|\|\|\| \| \|\|\| \|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|
T	16883368	gtttgctagggaaagataaattggataagctagaattttgtgaacattgcatactaggcaaacaacatagggtgaagtttg	16883288	T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3

Raw Score: 81; E-Value: 5e-38

Query Start/End: Original strand, 4 - 383

Target Start/End: Complemental strand, 18412399 - 18412019

Alignment:

Q	4	gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt	103	Q
		\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \| \| \|\| \|\|\| \|\|\|\| \|\| \|\| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|
T	18412399	gtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccctaagcatgtttgatggtctaggttattgcactagaattga	18412300	T

Q	104	gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat	202	Q
		\|\|\|\|\| \| \| \|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \|\|\|\| \| \| \|\|\| \|\|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\| \| \|\|
T	18412299	gcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggttaaggggtctaaaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaat	18412200	T

Q	203	gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaag	302	Q
		\| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\| \|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|
T	18412199	gcatcggtagctagtgttgtacctcataataattctgaattgtggcatttgaggttggggcatgttagtgaaagaggtttagttgaactagctaaacaag	18412100	T

Q	303	attttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaataacatagagtgaagtttg	383	Q
		\|\|\| \|\|\|\|\|\| \|\|\| \|\| \|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|
T	18412099	gtttgctaggaaaagataaattggacaagctagaattttgtgagcattgcatactaggcaagcaacatagagtaaagtttg	18412019	T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4

Raw Score: 81; E-Value: 5e-38

Query Start/End: Original strand, 4 - 383

Target Start/End: Original strand, 24262669 - 24263049

Alignment:

Q	4	gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt	103	Q
		\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \| \|\|\|\| \|\|\| \|\|\|\| \|\| \|\| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\| \|
T	24262669	gtgaattccttttaagggatgtgaggtatgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccataagcatgtttgataatctaggttattgcactagaataga	24262768	T

Q	104	gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat	202	Q
		\|\|\|\|\| \| \| \|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \| \|\| \| \| \|\| \|\|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\| \| \|\|
T	24262769	gcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggtaaaggggtctagaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaat	24262868	T

Q	203	gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaag	302	Q
		\| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\| \| \|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|
T	24262869	gcatcggtagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggcatgttagtgagaggggtttagttgaactagctaaacaag	24262968	T

Q	303	attttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaataacatagagtgaagtttg	383	Q
		\|\|\| \|\|\|\| \| \|\|\| \|\| \|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|
T	24262969	gtttgctagggaaagataaattggacaagctagaattttgtgaacattgcatactaggcaaacaacatagggtgaagtttg	24263049	T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5

Raw Score: 77; E-Value: 1e-35

Query Start/End: Original strand, 4 - 383

Target Start/End: Complemental strand, 21644778 - 21644398

Alignment:

Q	4	gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt	103	Q
		\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \| \| \|\| \|\|\| \|\|\|\| \|\| \|\| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|
T	21644778	gtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccctaagcatgtttgatagtctaggttattgcactagaattga	21644679	T

Q	104	gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat	202	Q
		\|\|\|\|\| \| \| \|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \|\| \| \| \| \|\|\| \|\|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\| \| \|\|
T	21644678	gcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggttgaggggtctaaaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaat	21644579	T

Q	203	gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaag	302	Q
		\| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\| \|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|
T	21644578	gcatcggtagctaatgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgaggttggggcatgttagtgaaagagatttagttgaactagctaaacaag	21644479	T

Q	303	attttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaataacatagagtgaagtttg	383	Q
		\|\|\|\| \|\|\|\| \| \|\|\| \|\| \|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \| \|\| \| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\| \|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|
T	21644478	atttgctagggaaagataaattggacaagctagaattttgtgagcaatgcatactaggcaagcaacatatagtgaagtttg	21644398	T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6

Raw Score: 73; E-Value: 3e-33

Query Start/End: Original strand, 56 - 383

Target Start/End: Original strand, 9186543 - 9186871

Alignment:

Q	56	aatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgtgcatgagatgtgtaaa-tttcgaatggtgcattaattactcttaaatgtttt	154	Q
		\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \| \| \|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \| \| \|
T	9186543	aatttccctaagcatgtttgatagtataggttattgcactagaattgagcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggttaaagggtct	9186642	T

Q	155	aagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcatgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaa	254	Q
		\|\| \|\|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\| \|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\| \| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|
T	9186643	aaaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcgtttgctagtgttgtacctcataataattctgaattgtggcatttga	9186742	T

Q	255	ggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaagattttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacat	354	Q
		\| \| \|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\| \|\|\| \|\| \|\|\| \|\| \|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \| \|\|\|\| \|\|\|
T	9186743	gtttggggcatgttagtgaaagaggtttagttgaactagctaaacaaggttttctagtaaaagataaattggacaagctagaattttgtgagcattgcat	9186842	T

Q	355	actagacaaataacatagagtgaagtttg	383	Q
		\|\|\|\|\| \|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|
T	9186843	actaggcaagcaacatagagtaaagtttg	9186871	T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7

Raw Score: 64; E-Value: 7e-28

Query Start/End: Original strand, 4 - 382

Target Start/End: Complemental strand, 21987661 - 21987282

Alignment:

Q	4	gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt	103	Q
		\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \| \| \|\| \|\|\| \|\|\|\| \|\| \| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\| \| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|
T	21987661	gtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaaacgaaatttaatttccctaagaatgtttgatagtctaggttattgcactagaattga	21987562	T

Q	104	gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat	202	Q
		\|\|\|\|\| \| \| \|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \| \| \|\|\| \|\|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\| \| \|\|
T	21987561	gcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggttaaaggatctaaaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaat	21987462	T

Q	203	gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaag	302	Q
		\| \|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\| \| \|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|
T	21987461	gcatcggtggctagtgttatacctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggcatgttagtgaaagaggtttagttaaactagctaaacaag	21987362	T

Q	303	attttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaataacatagagtgaagttt	382	Q
		\|\|\| \|\|\|\|\|\| \|\|\| \| \|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\| \|\|\| \|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|
T	21987361	gtttgctaggaaaagatacattggacaagctagaattttgtaagcattgcatactaggcaaacaacgtagagtaaagttt	21987282	T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8

Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001

Query Start/End: Original strand, 66 - 182

Target Start/End: Original strand, 5818593 - 5818710

Alignment:

Q	66	agcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgtgcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttg	164	Q
		\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \| \|\|\| \|\|\|\|\|\| \| \|\|\| \|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \| \| \|\|\|\|\|\|\| \|\|
T	5818593	agcatgttagatagtataggttattgcactaaaattgagcatggagtttgtcaaattttgcatgatgcattcattacagttaaagggtctaagatgaatg	5818692	T

Q	165	atttatacattttagatg	182	Q
		\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|
T	5818693	gtttatacattttagatg	5818710	T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 85; Significance: 2e-40; HSPs: 2)

Name: chr2

Description:

Target: chr2; HSP #1

Raw Score: 85; E-Value: 2e-40

Query Start/End: Original strand, 4 - 383

Target Start/End: Complemental strand, 19348019 - 19347639

Alignment:

Q	4	gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt	103	Q
		\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \| \| \|\| \|\|\| \|\|\|\| \|\| \|\| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\| \|
T	19348019	gtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccataagcatgtttgataatctaggttattgcactagaataga	19347920	T

Q	104	gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat	202	Q
		\|\|\|\|\| \| \| \|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \|\|\|\| \| \| \|\| \|\|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\| \| \|\|
T	19347919	gcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacgattaaggggtctagaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaat	19347820	T

Q	203	gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaag	302	Q
		\| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\| \| \|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|
T	19347819	gcatcggtagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggcatgttagtgagaggggtttagttgaactagctaaacaag	19347720	T

Q	303	attttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaataacatagagtgaagtttg	383	Q
		\|\|\| \|\|\|\| \| \|\|\| \|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|
T	19347719	gtttgctagggaaagataaattggataagctagaattttgtgaacattgcatactaggcaaacaacatagggtgaagtttg	19347639	T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2

Raw Score: 57; E-Value: 1e-23

Query Start/End: Original strand, 56 - 383

Target Start/End: Complemental strand, 25394575 - 25394247

Alignment:

Q	56	aatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgtgcatgagatgtgtaaa-tttcgaatggtgcattaattactcttaaatgtttt	154	Q
		\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \|\|\| \| \| \| \|\|\|\|\|\| \|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \|\|\|\| \| \| \|
T	25394575	aatttccctaagcatgtttgatagtctaggttattgcactagaattgagcacggggtttgtaaaattttgcatggtgcattgattacggttaaggggtct	25394476	T

Q	155	aagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcatgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaa	254	Q
		\| \|\|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\| \|\|\|\| \|\| \|\|\|\|\|\| \| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|
T	25394475	taaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcggtaactagtgttgtacctcataataattctgaattgtggcatttga	25394376	T

Q	255	ggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaagattttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacat	354	Q
		\| \| \|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\| \|\|\| \|\|\|\|\|\| \|\|\| \|\| \|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\| \| \|\|\|\| \|\|\|
T	25394375	gattggggcatgttagtgaaagaggtttagttgaactagctaaacaaggtttgctaggaaaagataaattggacaagctagaattttgcgagcattgcat	25394276	T

Q	355	actagacaaataacatagagtgaagtttg	383	Q
		\|\|\|\| \|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|
T	25394275	gctaggcaagcaacatagagtaaagtttg	25394247	T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 81; Significance: 5e-38; HSPs: 10)

Name: chr5

Description:

Target: chr5; HSP #1

Raw Score: 81; E-Value: 5e-38

Query Start/End: Original strand, 4 - 383

Target Start/End: Original strand, 31398338 - 31398718

Alignment:

Q	4	gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt	103	Q
		\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \| \|\|\|\| \|\|\| \|\|\|\| \|\| \|\| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\| \|\|\| \|
T	31398338	gtgaattccttttaagggatgtgaggtatgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccataagcatgtttgataatctaggttattgcagtagaataga	31398437	T

Q	104	gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat	202	Q
		\|\|\|\|\| \| \| \|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \| \|\| \| \| \|\| \|\|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\| \| \|\|
T	31398438	gcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggtaaaggggtctagaatgaatggtttatacattttagatggttctatagtaattggtaat	31398537	T

Q	203	gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaag	302	Q
		\| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\| \| \|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|
T	31398538	gcatcggtagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggcatgttagtgagaggggtttagttgaactagctaaacaag	31398637	T

Q	303	attttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaataacatagagtgaagtttg	383	Q
		\|\|\| \|\|\|\| \| \|\|\| \|\| \|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|
T	31398638	gtttgctagggaaagataaattggacaagctagaattttgtgaacattgcatactaggcaaacaacatagggtgaagtttg	31398718	T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2

Raw Score: 73; E-Value: 3e-33

Query Start/End: Original strand, 4 - 251

Target Start/End: Original strand, 37557970 - 37558218

Alignment:

Q	4	gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt	103	Q
		\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \| \| \|\| \|\|\| \|\|\|\| \|\| \|\| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\| \|
T	37557970	gtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccataagcatgtttgataatctaggttattgcactagaataga	37558069	T

Q	104	gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat	202	Q
		\|\|\|\|\| \| \| \|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\| \|\|\|\| \| \| \|\| \|\|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\| \| \|\|
T	37558070	gcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattactattaaggggtctagaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaat	37558169	T

Q	203	gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcatt	251	Q
		\| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|
T	37558170	gcatcggtagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatt	37558218	T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3

Raw Score: 72; E-Value: 1e-32

Query Start/End: Original strand, 4 - 302

Target Start/End: Complemental strand, 28837033 - 28836734

Alignment:

Q	4	gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt	103	Q
		\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\| \|\|\| \|\| \|\|\| \|\|\|\| \|\| \|\| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|
T	28837033	gtgaattccttttaaaggatgtgagatttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccctaagcatgtttgatagtctaggttattgcactagaattga	28836934	T

Q	104	gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat	202	Q
		\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \| \| \|\|\| \|\|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\| \| \|\|
T	28836933	gcatgaggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggttaaagggtctaaaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaat	28836834	T

Q	203	gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaag	302	Q
		\| \| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\| \| \| \|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|
T	28836833	gcaccggtagctagtgttgtacctcataataattctgaattgtggcatttgagattggagcatgttagtgaaagaggtttagttgaactagttaaacaag	28836734	T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4

Raw Score: 69; E-Value: 7e-31

Query Start/End: Original strand, 4 - 383

Target Start/End: Complemental strand, 27448563 - 27448184

Alignment:

Q	4	gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt	103	Q
		\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \| \| \|\| \|\|\| \|\|\|\| \|\| \|\| \|\|\| \|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\| \|
T	27448563	gtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgtaatttaatttccctaagcatgtttgataatctaggttattgcactagaataga	27448464	T

Q	104	gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat	202	Q
		\|\|\|\|\| \| \| \|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \|\|\|\| \| \| \|\| \|\|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\| \| \|\|
T	27448463	gcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggttaaggggtatagaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaat	27448364	T

Q	203	gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaag	302	Q
		\| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\| \| \|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|
T	27448363	gcatcggtagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagat-tgggcatgttagtgagaggggtttagttgaactagctaaacaag	27448265	T

Q	303	attttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaataacatagagtgaagtttg	383	Q
		\|\|\| \|\|\|\| \| \|\|\| \|\| \|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|
T	27448264	gtttgctagggaaagataaattggacaagctagaattttgtgagcattgcatactaggcaaacaacatagggtgaagtttg	27448184	T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5

Raw Score: 66; E-Value: 5e-29

Query Start/End: Original strand, 4 - 340

Target Start/End: Original strand, 24556930 - 24557267

Alignment:

Q	4	gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt	103	Q
		\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\| \| \| \|\| \|\|\| \|\|\|\| \|\| \|\| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|
T	24556930	gtgaattccttttaaaggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttcccttagcatgtttgatagtttaggatattgcactagaattga	24557029	T

Q	104	gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat	202	Q
		\|\|\|\|\| \| \| \|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \| \| \|\|\| \|\|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\| \| \|\|
T	24557030	gcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggttaaagggtctaaaatgaatggtttatacatttcagatggttccatagtaattggtaat	24557129	T

Q	203	gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaag	302	Q
		\| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\| \| \|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|
T	24557130	gcatcggtagctagtgttgtacctcataataattatgaattgtggcatttgagattggggcatgttagtgaaagagatttagttgaactagctaaacaag	24557229	T

Q	303	attttttaggaagagaaaatttagataagctagaattt	340	Q
		\|\|\| \|\|\|\|\|\| \|\|\| \|\| \|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|
T	24557230	gtttgctaggaaaagataaattagacaagctagaattt	24557267	T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6

Raw Score: 66; E-Value: 5e-29

Query Start/End: Original strand, 4 - 340

Target Start/End: Original strand, 24597962 - 24598299

Alignment:

Q	4	gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt	103	Q
		\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\| \| \| \|\| \|\|\| \|\|\|\| \|\| \|\| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|
T	24597962	gtgaattccttttaaaggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttcccttagcatgtttgatagtttaggatattgcactagaattga	24598061	T

Q	104	gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat	202	Q
		\|\|\|\|\| \| \| \|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \| \| \|\|\| \|\|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\| \| \|\|
T	24598062	gcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggttaaagggtctaaaatgaatggtttatacatttcagatggttccatagtaattggtaat	24598161	T

Q	203	gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaag	302	Q
		\| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\| \| \|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|
T	24598162	gcatcggtagctagtgttgtacctcataataattatgaattgtggcatttgagattggggcatgttagtgaaagagatttagttgaactagctaaacaag	24598261	T

Q	303	attttttaggaagagaaaatttagataagctagaattt	340	Q
		\|\|\| \|\|\|\|\|\| \|\|\| \|\| \|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|
T	24598262	gtttgctaggaaaagataaattagacaagctagaattt	24598299	T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7

Raw Score: 58; E-Value: 3e-24

Query Start/End: Original strand, 166 - 383

Target Start/End: Complemental strand, 33789934 - 33789717

Alignment:

Q	166	tttatacattttagatggttttactgtaattgatcatgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacat	265	Q
		\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\| \| \|\|\|
T	33789934	tttatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcggtagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggcat	33789835	T

Q	266	gtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaagattttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaat	365	Q
		\|\| \|\|\|\|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\| \|\|\| \|\|\|\| \| \|\|\| \|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|
T	33789834	gttagtgagaggggtttagttgaactagctaaacaaggtttgctagggaaagataaattggataagctagaattttgtaaacattgcatactaggcaaac	33789735	T

Q	366	aacatagagtgaagtttg	383	Q
		\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|
T	33789734	aacatagggtgaagtttg	33789717	T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8

Raw Score: 57; E-Value: 1e-23

Query Start/End: Original strand, 56 - 383

Target Start/End: Complemental strand, 43595810 - 43595482

Alignment:

Q	56	aatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgtgcatgagatgtgtaaa-tttcgaatggtgcattaattactcttaaatgtttt	154	Q
		\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\| \| \|\|\|\|\| \| \| \|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\| \|\|\|\| \| \| \|
T	43595810	aatttccctaagcatgtttgataatctaggttattgcactagaatagagcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcactgattacggttaaggggtct	43595711	T

Q	155	aagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcatgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaa	254	Q
		\| \|\|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|
T	43595710	agaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcggtagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttga	43595611	T

Q	255	ggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaagattttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacat	354	Q
		\| \| \|\|\|\|\| \|\|\|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\| \|\|\| \|\|\|\| \| \|\|\| \|\| \|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \| \|\|\|\| \|\|\|
T	43595610	gattggggcatgttcgtgagaggggtttagttgaactagctaaacaaggtttgctagggaaagataaattggacaagctagaattttgtgagcattgcat	43595511	T

Q	355	actagacaaataacatagagtgaagtttg	383	Q
		\|\|\|\| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|
T	43595510	actaagcaaacaacatagggtgaagtttg	43595482	T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9

Raw Score: 57; E-Value: 1e-23

Query Start/End: Original strand, 56 - 383

Target Start/End: Complemental strand, 43628604 - 43628276

Alignment:

Q	56	aatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgtgcatgagatgtgtaaa-tttcgaatggtgcattaattactcttaaatgtttt	154	Q
		\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\| \| \|\|\|\|\| \| \| \|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\| \|\|\|\| \| \| \|
T	43628604	aatttccctaagcatgtttgataatctaggttattgcactagaatagagcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcactgattacggttaaggggtct	43628505	T

Q	155	aagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcatgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaa	254	Q
		\| \|\|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|
T	43628504	agaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcggtagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttga	43628405	T

Q	255	ggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaagattttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacat	354	Q
		\| \| \|\|\|\|\| \|\|\|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\| \|\|\| \|\|\|\| \| \|\|\| \|\| \|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \| \|\|\|\| \|\|\|
T	43628404	gattggggcatgttcgtgagaggggtttagttgaactagctaaacaaggtttgctagggaaagataaattggacaagctagaattttgtgagcattgcat	43628305	T

Q	355	actagacaaataacatagagtgaagtttg	383	Q
		\|\|\|\| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|
T	43628304	actaagcaaacaacatagggtgaagtttg	43628276	T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10

Raw Score: 45; E-Value: 2e-16

Query Start/End: Original strand, 4 - 96

Target Start/End: Complemental strand, 33790056 - 33789964

Alignment:

Q	4	gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcacta	96	Q
		\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \| \| \|\| \|\|\| \|\|\|\| \|\| \|\| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|
T	33790056	gtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccataagcatgtttgataatctaggttattgcacta	33789964	T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 81; Significance: 5e-38; HSPs: 8)

Name: chr3

Description:

Target: chr3; HSP #1

Raw Score: 81; E-Value: 5e-38

Query Start/End: Original strand, 4 - 383

Target Start/End: Complemental strand, 8515835 - 8515455

Alignment:

Q	4	gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt	103	Q
		\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \| \|\|\|\| \|\|\| \|\|\|\| \|\| \|\| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\| \|
T	8515835	gtgaattccttttaagggatgtgaggtatgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccataagcatgtttgataatctaggttattgcactagaataga	8515736	T

Q	104	gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat	202	Q
		\|\|\|\|\| \| \| \|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \| \|\| \| \| \|\| \|\|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\| \| \|\|
T	8515735	gcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggtaaaggggtctagaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaat	8515636	T

Q	203	gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaag	302	Q
		\| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\| \| \|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|
T	8515635	gcatcggtagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggcatgttagtgagaggggtttagttgaactagctaaacaag	8515536	T

Q	303	attttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaataacatagagtgaagtttg	383	Q
		\|\|\| \|\|\|\| \| \|\|\| \|\| \|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|
T	8515535	gtttgctagggaaagataaattggacaagctagaattttgtgaacattgcatactaggcaaacaacatagggtgaagtttg	8515455	T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2

Raw Score: 81; E-Value: 5e-38

Query Start/End: Original strand, 4 - 383

Target Start/End: Complemental strand, 32479081 - 32478701

Alignment:

Q	4	gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt	103	Q
		\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \| \|\|\|\| \|\|\| \|\|\|\| \|\| \|\| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\| \|
T	32479081	gtgaattccttttaagggatgtgaggtatgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccataagcatgtttgataatctaggttattgcactagaataga	32478982	T

Q	104	gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat	202	Q
		\|\|\|\|\| \| \| \|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \| \|\| \| \| \|\| \|\|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\| \| \|\|
T	32478981	gcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggtaaaggggtctagaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaat	32478882	T

Q	203	gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaag	302	Q
		\| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\| \| \|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|
T	32478881	gcatcggtagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggcatgttagtgagaggggtttagttgaactagctaaacaag	32478782	T

Q	303	attttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaataacatagagtgaagtttg	383	Q
		\|\|\| \|\|\|\| \| \|\|\| \|\| \|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|
T	32478781	gtttgctagggaaagataaattggacaagctagaattttgtgaacattgcatactaggcaaacaacatagggtgaagtttg	32478701	T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3

Raw Score: 77; E-Value: 1e-35

Query Start/End: Original strand, 4 - 383

Target Start/End: Complemental strand, 1309612 - 1309232

Alignment:

Q	4	gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt	103	Q
		\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \| \| \|\| \|\|\| \|\|\|\| \|\| \|\| \|\|\| \|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|
T	1309612	gtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgtaatttaatttccctaagcatgtttgatagcctaggttattgcactagaattga	1309513	T

Q	104	gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat	202	Q
		\|\|\|\|\| \|\|\| \|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \|\|\|\| \| \| \|\|\| \|\|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\| \| \|\|
T	1309512	gcatgggatttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggttaagggatctaaaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaat	1309413	T

Q	203	gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaag	302	Q
		\| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\| \|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|
T	1309412	gcatcggtagctagtgttgtacctcataataattctgaattgtggcatttgaggttgaggcatgttagtgaaagaggtttagttgaactagctaaacaag	1309313	T

Q	303	attttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaataacatagagtgaagtttg	383	Q
		\|\|\| \|\|\|\|\|\| \|\|\| \|\| \|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|
T	1309312	gtttgctaggaaaagataaattggacaagctagaattttgtgagcattgcatactaggaaagcaacatagagtaaagtttg	1309232	T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4

Raw Score: 73; E-Value: 3e-33

Query Start/End: Original strand, 4 - 383

Target Start/End: Original strand, 2673566 - 2673946

Alignment:

Q	4	gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt	103	Q
		\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \| \| \| \|\|\| \|\|\|\| \|\| \|\| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\| \|
T	2673566	gtgaattccttttaagggatgtgaggttttttcccgaacttaagcgaaatttaatttccataagcatgtttgataatctaggttattgcactagaataga	2673665	T

Q	104	gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat	202	Q
		\|\|\|\|\| \| \| \|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \| \|\| \| \| \|\| \|\|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\| \| \|\|
T	2673666	gcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggtaaaggggtctagaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaat	2673765	T

Q	203	gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaag	302	Q
		\| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\| \| \|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|
T	2673766	gcatcggtagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggcatgttagtgagaggggtttagttgaactagctaaacaag	2673865	T

Q	303	attttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaataacatagagtgaagtttg	383	Q
		\|\|\| \|\|\|\| \| \|\|\| \|\| \|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|
T	2673866	gtttgctagggaaagataaattggacaagctagaattttgtgaacattgcatactaggcaaacaacatagggtgaagtttg	2673946	T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5

Raw Score: 73; E-Value: 3e-33

Query Start/End: Original strand, 4 - 383

Target Start/End: Complemental strand, 16263103 - 16262723

Alignment:

Q	4	gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt	103	Q
		\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \| \| \|\| \|\|\| \|\|\|\| \|\| \|\| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|
T	16263103	gtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccctaagcatgtttgatagtctaggttattgcactaaaatttg	16263004	T

Q	104	gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat	202	Q
		\|\|\|\|\| \| \| \|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\| \|\| \|\|\|\|\| \| \| \|\|\| \|\|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\| \| \|\|
T	16263003	gcatggggtttgtaaaatttcgaatggtgcattgataacgattaaagggtctaaaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaat	16262904	T

Q	203	gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaag	302	Q
		\| \|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\| \| \|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|
T	16262903	gcatcagtagctagtgttgtacctcataatagttctgaattgtggcatttgagattggggcatgttagtgaaagaggtttagttgaactagccaaacaag	16262804	T

Q	303	attttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaataacatagagtgaagtttg	383	Q
		\|\|\|\| \|\|\|\|\|\| \| \| \|\| \|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|
T	16262803	gttttctaggaaaaaataaattggacaagctagaattttgtgagcattgcatactaggcaggcaacatagagtaaagtttg	16262723	T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6

Raw Score: 64; E-Value: 7e-28

Query Start/End: Original strand, 4 - 383

Target Start/End: Original strand, 3324882 - 3325264

Alignment:

Q	4	gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt	103	Q
		\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\| \| \| \|\| \|\|\| \|\|\|\| \|\| \|\| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\| \|\|\|\|\|
T	3324882	gtgaattccttttaaaggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccctaagcatgtttgatagtataggttattgtactagaattga	3324981	T

Q	104	gcatgagatgtgtaaatt-tcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat	202	Q
		\|\|\|\|\| \| \| \|\|\|\|\|\| \| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \| \| \|\|\| \|\|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\| \| \|\|
T	3324982	gcatggggtttgtaaaatctcacatggtgcattgattacggttaaagggtctaaaatgaatggtttatacattttagatggttctatagtaattggtaat	3325081	T

Q	203	gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtt--tagtagaactagcaaaaca	300	Q
		\| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\| \| \|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|
T	3325082	gcatcggtagctagtgttgtacctcataataattctaaattgtggcatttgagattggggcatgttagtgaaagaggtttatagttgaactagctaaaca	3325181	T

Q	301	agattttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaataacatagagtgaagtttg	383	Q
		\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\| \|\|\| \|\| \|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|
T	3325182	agatttgttaggaaaagataaattggacaagctagaattttgtgagcattgcatactaggcaagcaacatagagtaaagtttg	3325264	T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7

Raw Score: 57; E-Value: 1e-23

Query Start/End: Original strand, 56 - 383

Target Start/End: Original strand, 28490571 - 28490899

Alignment:

Q	56	aatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgtgcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgtttt	154	Q
		\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\| \| \|\|\|\|\| \| \| \|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \|\|\|\| \| \| \|
T	28490571	aatttccctaagcatgtttgataatctaggttattgcactagaatagagcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggttaaggggtct	28490670	T

Q	155	aagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcatgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaa	254	Q
		\| \|\|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|
T	28490671	agaatgaatggtttatacattttagatggttccttagtaattggtaatgcatcggtagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttga	28490770	T

Q	255	ggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaagattttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacat	354	Q
		\| \| \|\|\|\| \|\|\|\|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\| \|\|\| \|\|\|\| \| \|\|\| \|\| \|\| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \| \|\|\|\| \|\|\|
T	28490771	gattggggtatgttagtgagaggggtttagttgaactagctaaacaaggtttgctagggaaagataaattgtacaagctagaattttgtgagcattgcat	28490870	T

Q	355	actagacaaataacatagagtgaagtttg	383	Q
		\|\|\|\|\| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|
T	28490871	actaggcaaacaacatagggtgaagtttg	28490899	T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8

Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006

Query Start/End: Original strand, 56 - 140

Target Start/End: Original strand, 9603245 - 9603330

Alignment:

Q	56	aatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgtgcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaatta	140	Q
		\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \| \| \|\|\| \|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|
T	9603245	aatttccctaagcatgtttgatagtctaggttattgcactagaattgagcatggggtttgtaaaatttcacatggtgcattgatta	9603330	T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0197 (Bit Score: 77; Significance: 1e-35; HSPs: 1)

Name: scaffold0197

Description:

Target: scaffold0197; HSP #1

Raw Score: 77; E-Value: 1e-35

Query Start/End: Original strand, 4 - 383

Target Start/End: Original strand, 15655 - 16035

Alignment:

Q	4	gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt	103	Q
		\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \| \| \|\| \|\|\| \|\|\|\| \|\| \|\| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\| \|
T	15655	gtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccataagcatgtttgataatctaggttattgcactagaataga	15754	T

Q	104	gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat	202	Q
		\|\|\|\|\| \| \| \|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \| \|\| \| \| \|\| \|\|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\| \| \|\|
T	15755	gcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggtaaaggggtctagaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaat	15854	T

Q	203	gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaag	302	Q
		\| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\| \| \|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|
T	15855	gcatcggtagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggcatgttagtgagaggggtttagttgaactagctaaacaag	15954	T

Q	303	attttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaataacatagagtgaagtttg	383	Q
		\|\|\| \|\|\|\| \| \|\|\| \|\| \|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|
T	15955	gtttgctagggaaagataaattggacaagctagaattttgtgaacattgcatactaggcaaacaacatagggtgaagtttg	16035	T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 77; Significance: 1e-35; HSPs: 4)

Name: chr4

Description:

Target: chr4; HSP #1

Raw Score: 77; E-Value: 1e-35

Query Start/End: Original strand, 56 - 383

Target Start/End: Original strand, 16625391 - 16625719

Alignment:

Q	56	aatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgtgcatgagatgtgtaaa-tttcgaatggtgcattaattactcttaaatgtttt	154	Q
		\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \| \|
T	16625391	aatttccctaagcatgtttgatagtctaggttattgcactagaattgagcatgaggtttgtaaagtttcgcatggtgcattgattacgattaaagagtct	16625490	T

Q	155	aagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcatgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaa	254	Q
		\|\| \|\|\| \|\| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\| \| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|
T	16625491	aaaatgaatggtctatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcaacggtagctagtgttgtacctcataataattttgaattgtggcatttaa	16625590	T

Q	255	ggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaagattttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacat	354	Q
		\| \| \|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\| \|\|\| \|\|\|\|\|\| \|\|\| \|\| \|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \| \|\|\|\| \|\|\|
T	16625591	gattggggcatgttagtgaaagaggtttagttgaactagctaaacaaggtttgctaggaaaagataaattggacaagctagaattttgtgagcattgcat	16625690	T

Q	355	actagacaaataacatagagtgaagtttg	383	Q
		\|\|\|\|\| \|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|
T	16625691	actaggcaagcaacatagagtaaagtttg	16625719	T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2

Raw Score: 69; E-Value: 7e-31

Query Start/End: Original strand, 4 - 383

Target Start/End: Original strand, 9225750 - 9226130

Alignment:

Q	4	gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt	103	Q
		\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \| \| \|\| \|\|\| \|\|\|\| \|\| \|\| \|\|\| \|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\| \|
T	9225750	gtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgtaatttaatttccctaagcatgtttgataatctaggttattgcactagaataga	9225849	T

Q	104	gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat	202	Q
		\|\|\|\|\| \| \| \|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \|\|\|\| \| \| \|\| \|\|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\| \| \|\|
T	9225850	gcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggttaaggggtctagaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaat	9225949	T

Q	203	gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaag	302	Q
		\| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\| \| \|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|
T	9225950	gcatcggtagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggcatgttagtgagaggggtttagttgaactagctaaacaag	9226049	T

Q	303	attttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaataacatagagtgaagtttg	383	Q
		\|\|\| \|\|\|\| \| \|\|\| \|\| \|\| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|
T	9226050	gtttgctagggaaagataaattgaacaagctagaattttgtgagcattgcatactaggcaaacaacatagggtgaagtttg	9226130	T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3

Raw Score: 50; E-Value: 2e-19

Query Start/End: Original strand, 166 - 383

Target Start/End: Complemental strand, 18860350 - 18860133

Alignment:

Q	166	tttatacattttagatggttttactgtaattgatcatgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacat	265	Q
		\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\| \| \|\|\|
T	18860350	tttatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcggtagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggcat	18860251	T

Q	266	gtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaagattttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaat	365	Q
		\|\| \|\|\|\|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\| \|\|\| \|\|\|\| \| \|\|\| \|\| \|\| \|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|
T	18860250	gttagtgagaggggtttagttgaactagccaaacaaggtttgctagggaaagataaattggataaactagaattttgtgagcattgcatactaggcaaac	18860151	T

Q	366	aacatagagtgaagtttg	383	Q
		\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|
T	18860150	aacatagggtgaagtttg	18860133	T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4

Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004

Query Start/End: Original strand, 47 - 383

Target Start/End: Complemental strand, 5146602 - 5146269

Alignment:

Q	47	gcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgtgcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactctt	145	Q
		\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \| \| \|\|\| \|\|\|\|\| \| \|\|\| \|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \|\|
T	5146602	gcaaaatttaatttccctaagcatgtttgatagtctaggttattgcactagaattgagcatggggtttgtaaaattgagcatgatgcattgattacggtt	5146503	T

Q	146	aaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcatgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgt	245	Q
		\| \| \| \|\|\| \|\|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\| \|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\|\|
T	5146502	--agggtctaaaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcggtggctagtgttgtatctc--aataattctgaattgt	5146407	T

Q	246	ggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaagattttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaa	345	Q
		\|\|\|\|\|\| \|\| \| \|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\| \|\| \|\|\| \|\| \|\| \|\| \|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \| \|
T	5146406	ggcatttgagattggggcatgttagtgaaagaggtttagttgaactagctaaacaagatttgctaaaaaaagataaattggacaagttagaattttgtga	5146307	T

Q	346	tcattacatactagacaaataacatagagtgaagtttg	383	Q
		\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|
T	5146306	gcattgcatactaggcaagcaacatagagtaaagtttg	5146269	T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 69; Significance: 7e-31; HSPs: 5)

Name: chr6

Description:

Target: chr6; HSP #1

Raw Score: 69; E-Value: 7e-31

Query Start/End: Original strand, 4 - 383

Target Start/End: Original strand, 14738918 - 14739298

Alignment:

Q	4	gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt	103	Q
		\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \| \| \|\| \|\|\| \|\|\|\| \|\| \|\| \|\|\| \|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\| \|
T	14738918	gtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgtaatttaatttccctaagcatgtttgataatctaggttattgcactagaataga	14739017	T

Q	104	gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat	202	Q
		\|\|\|\|\| \| \| \|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \| \|\| \| \| \|\| \|\|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\| \| \|\|
T	14739018	gcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggtaaaggggtctagaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaat	14739117	T

Q	203	gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaag	302	Q
		\| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\| \| \|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|
T	14739118	gcatcggtagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggcatgttagtgagaggggtttagttgaactagctaaacaag	14739217	T

Q	303	attttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaataacatagagtgaagtttg	383	Q
		\|\|\| \|\|\|\| \| \|\|\| \|\| \|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|
T	14739218	gtttgctagggaaagataaattggacaagctagaattttgtgagcattgcatactaggcaaacaacatagggtgaagtttg	14739298	T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2

Raw Score: 69; E-Value: 7e-31

Query Start/End: Original strand, 4 - 383

Target Start/End: Original strand, 33332422 - 33332802

Alignment:

Q	4	gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt	103	Q
		\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \| \| \|\| \|\|\| \|\|\|\| \|\| \|\| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\| \|
T	33332422	gtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccataagcatgtttgataatctaggttattgcactagaataga	33332521	T

Q	104	gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat	202	Q
		\|\|\|\|\| \| \| \|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \| \|\| \| \| \|\| \|\|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\| \| \|\|
T	33332522	gcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggtaaaggggtctagaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaat	33332621	T

Q	203	gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaag	302	Q
		\| \|\|\|\| \|\|\|\| \|\|\|\| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\| \|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|
T	33332622	gcatcggtagccagtgttgcatatcataataattctgaattgtggcatttgaggttggggcatgttagtgagaggggtttagttgaactagctaaacaag	33332721	T

Q	303	attttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaataacatagagtgaagtttg	383	Q
		\|\|\| \|\|\|\| \| \|\|\| \|\| \|\| \|\| \|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\| \| \| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|
T	33332722	gtttgctagggaaagataaattggacaagcttgaattttgtgaacattgcatactaggcaaacaacatagggtgaagtttg	33332802	T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3

Raw Score: 57; E-Value: 1e-23

Query Start/End: Original strand, 4 - 251

Target Start/End: Original strand, 24432667 - 24432915

Alignment:

Q	4	gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt	103	Q
		\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \| \| \|\| \|\|\| \|\|\|\| \|\| \|\| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\| \|\|\|\|\|
T	24432667	gtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccataagcatatttgatagtctaggttattgtactagaattga	24432766	T

Q	104	gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat	202	Q
		\|\|\|\|\| \| \| \|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \| \| \|\|\| \|\|\| \|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\| \| \|\|
T	24432767	gcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggttaaagggtctaaaatgattggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaat	24432866	T

Q	203	gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcatt	251	Q
		\| \|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|
T	24432867	gcatcagtagctagtgtagtacctcataataattccaaattgtggcatt	24432915	T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4

Raw Score: 46; E-Value: 4e-17

Query Start/End: Original strand, 56 - 383

Target Start/End: Complemental strand, 24077619 - 24077286

Alignment:

Q	56	aatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgtgcatgagatgtgtaaatttc--gaatggtgcattaattactct----taaat	149	Q
		\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|
T	24077619	aatttccataagcatgtttgatagtctaggttattgtactaggattgagcatgaggtttgtaaattttttgcatggtacattaattaggttattgtaaaa	24077520	T

Q	150	gttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcatgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggca	249	Q
		\| \| \|\|\|\|\|\|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \|\|\| \|\|\| \|\|\| \|\| \|\|\|\|\|\| \|\|\|\| \|\| \| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|
T	24077519	ggtctaagatgaatggtttatacattttagatggttccattgtaattggtcatgcatcattaactactgtagcatcacatacaaattctaaattgtggca	24077420	T

Q	250	ttcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaagattttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcat	349	Q
		\|\| \|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\| \|\| \|\|\| \|\|\|\|\|\|\| \|\|\| \|\|\|\|\| \|\|\| \|\| \|\| \|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|
T	24077419	tttaaggttagggaatgtcggtgaacgaggtttaatataatgagctaaacaaggtttgcaaggaaaagataaattggataagttagaattttgtgatcat	24077320	T

Q	350	tacatactagacaaataacatagagtgaagtttg	383	Q
		\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\| \|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|
T	24077319	tgcatactaggtaaacaacataaagtgaagtttg	24077286	T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5

Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002

Query Start/End: Original strand, 4 - 141

Target Start/End: Complemental strand, 29485328 - 29485190

Alignment:

Q	4	gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt	103	Q
		\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \| \| \|\| \|\|\| \|\|\|\| \|\| \|\| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|
T	29485328	gtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccctaagcatgtttaatagtctaggttattgcactagaattga	29485229	T

Q	104	gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattac	141	Q
		\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|
T	29485228	gcatgaggtttgtaaaatttcgcagggtgcattgattac	29485190	T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 69; Significance: 7e-31; HSPs: 3)

Name: chr1

Description:

Target: chr1; HSP #1

Raw Score: 69; E-Value: 7e-31

Query Start/End: Original strand, 4 - 383

Target Start/End: Complemental strand, 41396980 - 41396600

Alignment:

Q	4	gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt	103	Q
		\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \| \| \|\| \|\|\| \|\|\|\| \|\| \|\| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\| \|
T	41396980	gtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccataagcatgtttgacaatctaggttattgcactagaataga	41396881	T

Q	104	gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat	202	Q
		\|\|\|\|\| \| \| \|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \| \|\| \| \| \|\| \|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\| \| \|\|
T	41396880	gcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggtaaaggggtctagaatgaacggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaat	41396781	T

Q	203	gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaag	302	Q
		\| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\| \| \|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|
T	41396780	gcatcgatagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggcatgttagtgagaggggtttagttgaactagctaaacaag	41396681	T

Q	303	attttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaataacatagagtgaagtttg	383	Q
		\|\|\| \|\|\|\| \| \|\|\| \|\| \|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|
T	41396680	gtttgctagggaaagataaattggacaagctagaattttgtgagcattgcatactaggcaaacaacatagggtgaagtttg	41396600	T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2

Raw Score: 65; E-Value: 2e-28

Query Start/End: Original strand, 56 - 383

Target Start/End: Original strand, 47100216 - 47100544

Alignment:

Q	56	aatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgtgcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgtttt	154	Q
		\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \| \| \|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\| \|\|\| \|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \| \| \|
T	47100216	aatttccctaagcatgtttgatagtctaggttattgcactagaattgagcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgtattgattacgattaaagggtct	47100315	T

Q	155	aagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcatgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaa	254	Q
		\|\| \|\|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|
T	47100316	aaaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcggtagctagtgttgtacctcataataattctaaattgtggcatttga	47100415	T

Q	255	ggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaagattttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacat	354	Q
		\| \| \|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\| \|\|\| \|\|\|\|\|\| \|\|\| \|\| \|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \| \|\|\|\| \|\|\|
T	47100416	gattggggcatgttagtgaaagaggtttagttgaactagctaaacaaggtttgctaggaaaagataaattggacaagctagaattttgtgaacattgcat	47100515	T

Q	355	actagacaaataacatagagtgaagtttg	383	Q
		\| \|\|\| \|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|
T	47100516	attaggcaagcaacatagagtaaagtttg	47100544	T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3

Raw Score: 54; E-Value: 7e-22

Query Start/End: Original strand, 3 - 251

Target Start/End: Original strand, 9025143 - 9025392

Alignment:

Q	3	tgtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattg	102	Q
		\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \| \| \|\| \|\|\| \|\|\|\| \|\|\|\|\| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\| \| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\| \|\|\|\|\|
T	9025143	tgtgaattccttctaaggtatgtgaggtttgttcccgaacttatgcgaaatttaatttccctaaacatgtttgatagtctagattattgcattagaattg	9025242	T

Q	103	tgcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatca	201	Q
		\|\|\| \| \| \| \| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \| \|\|\| \|\|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\| \| \|
T	9025243	aatatggggtttatgaaatttcgcatggtgctttaattactcttaaagggtctaaaatgaatggtttatacattttagatggttctatagtaattggtaa	9025342	T

Q	202	tgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcatt	251	Q
		\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|
T	9025343	tgtatcggcagctagtgtagtacctcataataattctgaattatggcatt	9025392	T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 64; Significance: 7e-28; HSPs: 2)

Name: scaffold0006

Description:

Target: scaffold0006; HSP #1

Raw Score: 64; E-Value: 7e-28

Query Start/End: Original strand, 5 - 383

Target Start/End: Complemental strand, 1247 - 869

Alignment:

Q	5	tgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgtg	104	Q
		\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \| \| \|\| \|\|\| \|\|\|\| \|\| \|\| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \|
T	1247	tgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccctaagcatgtttgatagtctaggttattgcactagaattgag	1148	T

Q	105	catgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcatg	203	Q
		\|\|\|\| \| \| \|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \| \| \|\|\| \|\|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|
T	1147	catgcggt-tgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggttaaagggtctaaaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaatg	1049	T

Q	204	tatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaaga	303	Q
		\|\|\|\| \| \|\|\|\|\| \| \| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\| \| \|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \|
T	1048	catcggtggctagcgttgtacctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggcatgttagtgaaagaggtttagttgaactagctaaacaggg	949	T

Q	304	ttttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaataacatagagtgaagtttg	383	Q
		\|\|\| \|\|\|\|\|\| \|\|\| \|\| \|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\| \|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|
T	948	tttgctaggaaaagataaattggacaagctagaattttgtgagcattgcatactaagcaagaaacatagagtaaagtttg	869	T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #2

Raw Score: 57; E-Value: 1e-23

Query Start/End: Original strand, 56 - 383

Target Start/End: Complemental strand, 9352 - 9025

Alignment:

Q	56	aatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgtgcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgtttt	154	Q
		\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \| \| \|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \| \| \|
T	9352	aatttccctaagcatgtttgatagtctaggttattgcactagaattgagcatgcggt-tgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggttaaagggtct	9254	T

Q	155	aagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcatgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaa	254	Q
		\|\| \|\|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\| \| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|
T	9253	aaaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcggtagctagagttaaaactcataataattctgaattgtggcatttga	9154	T

Q	255	ggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaagattttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacat	354	Q
		\| \| \|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \| \|\|\| \|\|\|\|\|\| \|\|\| \|\| \|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \| \| \|\|\|\| \|\|\|
T	9153	gattggggcatgttagtgaaagaggtttagttgaactagctaaacagggtttgctaggaaaagataaattggacaagctagaattttgtgagcattgcat	9054	T

Q	355	actagacaaataacatagagtgaagtttg	383	Q
		\|\|\|\| \|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|
T	9053	actaagcaagaaacatagagtaaagtttg	9025	T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0078 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000002; HSPs: 1)

Name: scaffold0078

Description:

Target: scaffold0078; HSP #1

Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002

Query Start/End: Original strand, 56 - 340

Target Start/End: Complemental strand, 35699 - 35414

Alignment:

Q	56	aatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgtgcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgtttt	154	Q
		\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \|\|\|\|\| \| \| \|\|\| \|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\| \| \| \| \|
T	35699	aatttccagaagcatgttttataggctaggttattgcactataattgagcatggggtttgtaaaattttgcatggtgcattaattacagttataaggtct	35600	T

Q	155	aagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcatgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaa	254	Q
		\|\| \|\| \|\| \|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\| \|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\| \|\|\|\| \|\|\| \|\|\|\|\| \|\|\|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\| \| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|
T	35599	aaaattaatggtttatatattttaaatggttccatagtaattggtaatgcatcggtaggtagtgtagcaccttataataattatgaattgtggcatttga	35500	T

Q	255	ggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaagattttttaggaagagaaaatttagataagctagaattt	340	Q
		\| \| \| \|\|\|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\| \|\|\|\| \|\|\| \|\|\|\|\| \| \|\|\| \|\|\|\|\|\| \|\|\| \|\| \|\| \|\| \|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|\|
T	35499	gattgggaaatgttagtgaaagaggtttagttgaacaagctaaacacggtttgctaggaaaagataaattggacaagctagaattt	35414	T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]