View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14200_low_1 (Length: 1013)

Name: NF14200_low_1
Description: NF14200
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14200_low_1
NF14200_low_1
[»] chr2 (5 HSPs)
chr2 (71-1004)||(13715194-13716125)
chr2 (663-987)||(4848480-4848802)
chr2 (418-574)||(11511160-11511316)
chr2 (663-814)||(14659002-14659154)
chr2 (433-575)||(7068492-7068635)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (663-1003)||(45907960-45908296)
chr3 (419-589)||(54103189-54103359)
chr3 (448-521)||(40283671-40283744)
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (837-1004)||(22917219-22917379)
chr8 (670-823)||(4784994-4785148)
chr8 (869-1004)||(4784136-4784274)
chr8 (662-823)||(22917026-22917186)
chr8 (937-972)||(5320150-5320185)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (666-823)||(39773695-39773853)
chr5 (892-986)||(39773556-39773650)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (417-588)||(26353346-26353504)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (663-814)||(6127068-6127220)
chr4 (718-812)||(44398274-44398368)
chr4 (668-803)||(43810833-43810969)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (426-520)||(36686618-36686712)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 740; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 740; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 71 - 1004
Target Start/End: Complemental strand, 13716125 - 13715194
Alignment:
Q  71 caagatcaatttgaatggnnnnnnntggttgaacatccacttgctcaaaaataggaatgtggacaacatgagtaaatgctagccaagcactcagtcgtac 170  Q
    ||||||||||||||||||       |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13716125 caagatcaatttgaatggaaaaaaatggtcgaacatccacttgctcaaaaataggaatgtggacaacatgagtaaatgctagccaagcactcagtcgtac 13716026  T
Q  171 aagtacaagtttgccctcaactcagctgtatgagtaagatatcagccgactaagtccagaactaaaggtgatggaggacatggaaagattatacaccccg 270  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  13716025 aagtacaagtttgccctcaactcagctgtatgagtaagatatcagccgactaagtccagaactaaaggtgatggaagacatggaaagattatacaccccg 13715926  T
Q  271 acaacaaagtggttttaggctataactgtgtttacgggtgcttacttacattagtgattttaatcattacttgatatgatgtaatatggtagaaagtgag 370  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13715925 acaacaaagtggttttaggctataactctgtttacgggtgcttacttacattagtgattttaatcattacttgatatgatgtaatatggtagaaagtgag 13715826  T
Q  371 gcaaaaacattgcaaacaatgttggtgtactgttcttagttattctaagcatgtttttgggatagagttaagaataccaaaagcatggctggcgtggtta 470  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13715825 gcaaaaacgttgcaaacaatgttagtgtacggttcttagttattctaagcatgtttttggcatagagtttagaataccaaaagcatggctggcgtggtta 13715726  T
Q  471 ccaaagcaaatctgccgtgactttattaaactaccatttggagcttttgtgtaaacgtgatacattaccgtagttttctatagaacgtggtttgtcaaag 570  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||     
T  13715725 ccaaagcaaatctgccgtgactttattaagctaccatttggagcttttgtgtaaacgcgatacattaccgtggttttctatagaacgtggtttgtcaaac 13715626  T
Q  571 gcaatgacaaacatgctataagtctataaaaacctcattgtaaatattattcagcacacatcaaattgaacaaatctttatatatctttttgggtggcat 670  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13715625 gcaatggcaaacatgctataagtttataaaaacctcattgtaaatattattcaacacacatcaaattgaacaaatctttatatatctttttgggtggcat 13715526  T
Q  671 ttagcttggacgagttgaagaattgg-ccatgatggaccaannnnnnnaatgtttagattagacaatccaccaaatcttatcatactctacccacacctt 769  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||| |||||||| |||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  13715525 ttagcttggacgagtagaagaaatggtccatgatgcaccaatttttttaatgtttagattagacaatccaccaaatcttatcatactctacccacaccct 13715426  T
Q  770 atctaagccatcaccaactctatctccttcattgctctttctctctcttggtacnnnnnnnnnnnnnatatcaatactattcaacaactcccctacagta 869  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||             |||||||||||||||||||||||||||||   |    
T  13715425 atctaagccatcaccaactctatctccttcattgctctttctctctcttggtacttttttcatttttatatcaatactattcaacaactcccctac---a 13715329  T
Q  870 gttccattgaaatggtgatggtttcaaataagtagtcataccaatatatagctaaatcacataattattatggtcattgattgaaactgatcttaagcac 969  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  13715328 gttccattgaaatggtgatggttttaaataagtagtcataccaatatatagctaaatcacataattattatggtcattgattgaaactgatcttaagtac 13715229  T
Q  970 atacataagaacttttttatagattattcatctca 1004  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  13715228 atacacaagaacttttttatggattattcatctca 13715194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 184; E-Value: 5e-99
Query Start/End: Original strand, 663 - 987
Target Start/End: Original strand, 4848480 - 4848802
Alignment:
Q  663 ggtggcatttagcttggacgagttgaagaattggcc-atgatggaccaannnnnnnaatgtttagattagacaatccaccaaatcttatcatactctacc 761  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||||||||   |||||||| |||       |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  4848480 ggtggcatttagtttggactagttgaagaattggtgtatgatggatcaatttttttaatgtttagattaggcaatccatcaaatcttatcatactctacc 4848579  T
Q  762 cacaccttatctaagccatcaccaactctatctccttcattgctctttctctctcttggtacnnnnnnnnnnnnnatatcaatactattcaacaactccc 861  Q
    || ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||             ||||||||| |||||||||||||||    
T  4848580 cagactctatctaagccatcaccaactctatctccttcattgctctttctctctcttggtactttttttatttttatatcaatattattcaacaactccc 4848679  T
Q  862 ctacagtagttccattgaaatggtgatggtttcaaataagtagtcataccaatatatagctaaatcacataattattatggtcattgattgaaactgatc 961  Q
    || |||| |   |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4848680 ctgcagttg---cattgaaatggtgatggtttcaaataagcagtcataccaatatatagctaaatcacataattattatggtcattgattgaaactgatc 4848776  T
Q  962 ttaagcacatacataagaactttttt 987  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||    
T  4848777 ttaagcacatacacaagaactttttt 4848802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 57; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 418 - 574
Target Start/End: Complemental strand, 11511316 - 11511160
Alignment:
Q  418 agcatgtttttgggatagagttaagaataccaaaagcatggctggcgtggttaccaaagcaaatctgccgtgactttattaaactaccatttggagcttt 517  Q
    ||||||| |||||  ||||||| | || |||||||||| ||||||| || ||| ||||||||| ||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||    
T  11511316 agcatgtgtttggtgtagagtttacaacaccaaaagcacggctggcatgattatcaaagcaaaactgccgtgattttattaagctagcatttggagcttt 11511217  T
Q  518 tgtgtaaacgtgatacattaccgtagttttctatagaacgtggtttgtcaaaggcaa 574  Q
    || |  ||||||||| ||| |||| |||||| ||| || |||||||| |||| ||||    
T  11511216 tgcgccaacgtgataaattgccgtggttttccataaaatgtggtttgacaaacgcaa 11511160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 56; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 663 - 814
Target Start/End: Original strand, 14659002 - 14659154
Alignment:
Q  663 ggtggcatttagcttggacgagttgaagaattgg-ccatgatggaccaannnnnnnaatgtttagattagacaatccaccaaatcttatcatactctacc 761  Q
    |||| |||||||||||||  | |||||||||||| |||||||||| |||       |||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||| |    
T  14659002 ggtgccatttagcttggatcaattgaagaattggtccatgatggatcaatttttttaatgtttagattagactatccatgaaatcttatcatactctatc 14659101  T
Q  762 cacaccttatctaagccatcaccaactctatctccttcattgctctttctctc 814  Q
    |||||   |||| |||||||| |||||||||||| ||||||| ||| ||||||    
T  14659102 cacactaaatcttagccatcatcaactctatctctttcattgttctctctctc 14659154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 48; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 433 - 575
Target Start/End: Complemental strand, 7068635 - 7068492
Alignment:
Q  433 tagagttaagaataccaaaagcatggctggcgtggttaccaaagcaaatctgccgtgactttattaaact-accatttggagcttttgtgtaaacgtgat 531  Q
    ||||||| | || |||||||||| || ||  ||| ||| ||||||||| |||  ||||||||||||| || | ||||| |||||||||||  ||||||||    
T  7068635 tagagtttacaacaccaaaagcacggttgatgtgattatcaaagcaaaactgttgtgactttattaagcttaacatttagagcttttgtgccaacgtgat 7068536  T
Q  532 acattaccgtagttttctatagaacgtggtttgtcaaaggcaat 575  Q
      ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||    
T  7068535 gaattaccgtagttttctataaaacgtggtttgacaaacgcaat 7068492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 209; Significance: 1e-114; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 663 - 1003
Target Start/End: Complemental strand, 45908296 - 45907960
Alignment:
Q  663 ggtggcatttagcttggacgagttgaagaattgg-ccatgatggaccaannnnnnnaatgtttagattagacaatccaccaaatcttatcatactctacc 761  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||| |||| | ||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45908296 ggtggtatttagcttggaccagttgaaaaatttgtccatgatggaccaatttttttaatgtttagattagacaatccaccaaatcttatcatactctacc 45908197  T
Q  762 cacaccttatctaagccatcaccaactctatctccttcattgctctttctctctcttggtacnnnnnnnnnnnnnatatcaatactattcaacaactccc 861  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||             |||||||||||||||||||||||||    
T  45908196 cacaccctatctaagccatcaccaactctatc--cttcattgctctttctctctcttggtacttttttcatttttatatcaatactattcaacaactccc 45908099  T
Q  862 ctacagtagttccattgaaatggtgatggtttcaaataagtagtcataccaatatatagctaaatcacataattattatggtcattgattgaaactgatc 961  Q
    || ||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45908098 ctgcagt---tccattgaaatggtgatggtttcaaataagtagtcataccaatatatagctaaatcacataattattatggtcattgattgaaactgatc 45908002  T
Q  962 ttaagcacatacataagaacttttttatagattattcatctc 1003  Q
    |||||||||| || |||||||||||||| |||||||| ||||    
T  45908001 ttaagcacattcacaagaacttttttatggattattcctctc 45907960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 95; E-Value: 6e-46
Query Start/End: Original strand, 419 - 589
Target Start/End: Original strand, 54103189 - 54103359
Alignment:
Q  419 gcatgtttttgggatagagttaagaataccaaaagcatggctggcgtggttaccaaagcaaatctgccgtgactttattaaactaccatttggagctttt 518  Q
    |||||| ||||| |||||||| | || |||||||||| ||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  54103189 gcatgtgtttggtatagagtttacaacaccaaaagcacggctgacgtggttatcaaagcaaaactgccgtgactttattaagctaccatttggagctttt 54103288  T
Q  519 gtgtaaacgtgatacattaccgtagttttctatagaacgtggtttgtcaaaggcaatgacaaacatgctat 589  Q
    | |  ||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||    
T  54103289 gcgccaacgtgatacattgccgttgttttctataaaacgtggtttgacaaacgcaatggcaaacatgctat 54103359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 448 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 40283744 - 40283671
Alignment:
Q  448 caaaagcatggctggcgtggttaccaaagcaaatctgccgtgactttattaaactaccatttggagcttttgtg 521  Q
    |||||||| |||| ||||| ||| ||||||||| ||  ||||||||||| || ||| | |||||||||||||||    
T  40283744 caaaagcacggcttgcgtgattatcaaagcaaaactatcgtgactttatgaagctagcctttggagcttttgtg 40283671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 121; Significance: 2e-61; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 121; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 837 - 1004
Target Start/End: Original strand, 22917219 - 22917379
Alignment:
Q  837 atatcaatactattcaacaactcccctacagtagttccattgaaatggtgatggtttcaaataagtagtcataccaatatatagctaaatcacataatta 936  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |   ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22917219 atatcaatactattcaacaactcccat---gtagttccattgaaagggtgatggtttcaaataagtagtcataccaatatatagctaaatcacataatta 22917315  T
Q  937 ttatggtcattgattgaaactgatcttaagcacatacataagaacttttttatagattattcatctca 1004  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  22917316 ttatggtcattgattgaaactgatcttaagc----acataagaacttttttatggattattcctctca 22917379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 110; E-Value: 7e-55
Query Start/End: Original strand, 670 - 823
Target Start/End: Complemental strand, 4785148 - 4784994
Alignment:
Q  670 tttagcttggacgagttgaagaattgg-ccatgatggaccaannnnnnnaatgtttagattagacaatccaccaaatcttatcatactctacccacacct 768  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||       ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  4785148 tttagcttggaccagttgaagaattggtccatgatggaccaatttttttaatgtgtagattagacaatccaccaaatcttatcatactctacccacactc 4785049  T
Q  769 tatctaagccatcaccaactctatctccttcattgctctttctctctcttggtac 823  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4785048 tatctaagccatcaccaactctatctccttcattgctctttctctctcttggtac 4784994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 105; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 869 - 1004
Target Start/End: Complemental strand, 4784274 - 4784136
Alignment:
Q  869 agttccattgaaatggtgatggtttcaaataagta---gtcataccaatatatagctaaatcacataattattatggtcattgattgaaactgatcttaa 965  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4784274 agttccattgaaatggtgatggtttcaaacaagtactagtcataccaatatatagctaaatcacataattattatggtcattgattgaaactgatcttaa 4784175  T
Q  966 gcacatacataagaacttttttatagattattcatctca 1004  Q
    |||||||||  ||||||||||||| |||||||| |||||    
T  4784174 gcacatacacgagaacttttttatggattattcctctca 4784136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 81; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 662 - 823
Target Start/End: Original strand, 22917026 - 22917186
Alignment:
Q  662 gggtggcatttagcttggacgagttgaagaattggccatgatggaccaannnnnnnaatgtttagattagacaatccaccaaatcttat-------cata 754  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||        ||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||    
T  22917026 gggtggcatttagcttggaccagttgaagaattgg--------gaccaatttttttaatgtttagattagacaatccaccaaatcttatcagttatcata 22917117  T
Q  755 ctctacccacaccttatctaagccatcaccaactctatctccttcattgctctttctctctcttggtac 823  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  22917118 ctctacccacaccctatctaagccatcaccaactctatctccttccttgctctttctctctcttggtac 22917186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 937 - 972
Target Start/End: Complemental strand, 5320185 - 5320150
Alignment:
Q  937 ttatggtcattgattgaaactgatcttaagcacata 972  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  5320185 ttatggtcattgattgaaactgatctcaagcacata 5320150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 110; Significance: 7e-55; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 110; E-Value: 7e-55
Query Start/End: Original strand, 666 - 823
Target Start/End: Complemental strand, 39773853 - 39773695
Alignment:
Q  666 ggcatttagcttggacgagttgaagaattgg-ccatgatggaccaannnnnnnaatgtttagattagacaatccaccaaatcttatcatactctacccac 764  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||       ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  39773853 ggcatttagcttggaccagttgaagaattggtccatgatgggccaatttttttaatgtttagattagacaatccaccaaatcatatcatactctacccac 39773754  T
Q  765 accttatctaagccatcaccaactctatctccttcattgctctttctctctcttggtac 823  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  39773753 accctatctaagccatcaccaactctatctccttcattgctctttttctctcttggtac 39773695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 892 - 986
Target Start/End: Complemental strand, 39773650 - 39773556
Alignment:
Q  892 ttcaaataagtagtcataccaatatatagctaaatcacataattattatggtcattgattgaaactgatcttaagcacatacataagaacttttt 986  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  39773650 ttcaaataagtagtcataccaatatatagctaaatcacataattattatggtcattgattgaaactgatcttaagcacatacacaagaacttttt 39773556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 80; Significance: 5e-37; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 417 - 588
Target Start/End: Complemental strand, 26353504 - 26353346
Alignment:
Q  417 aagcatgtttttgggatagagttaagaataccaaaagcatggctggcgtggttaccaaagcaaatctgccgtgactttattaaactaccatttggagctt 516  Q
    |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||             ||||     
T  26353504 aagcatgtgtttggcatagagtttagaataccaaaagcacggctggcgtggttaccaaagcaaatctgtcgtgactttatta-------------agcta 26353418  T
Q  517 ttgtgtaaacgtgatacattaccgtagttttctatagaacgtggtttgtcaaaggcaatgacaaacatgcta 588  Q
     ||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  26353417 atgtctaaacctgatatattaccgtggttttctatagaacgtggtttgtcaaacgcaatgacaaacatgcta 26353346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 56; Significance: 1e-22; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 663 - 814
Target Start/End: Original strand, 6127068 - 6127220
Alignment:
Q  663 ggtggcatttagcttggacgagttgaagaattgg-ccatgatggaccaannnnnnnaatgtttagattagacaatccaccaaatcttatcatactctacc 761  Q
    |||| |||||||||| ||  | |||||||||||| ||||||||||||||       |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||| |    
T  6127068 ggtgtcatttagcttagatcaattgaagaattggtccatgatggaccaatttttttaatgtttagattagactatccatcaaatcttatcatattctatc 6127167  T
Q  762 cacaccttatctaagccatcaccaactctatctccttcattgctctttctctc 814  Q
    |||||   |||| |||||||| |||||||||||| ||||||| ||| ||||||    
T  6127168 cacactaaatcttagccatcatcaactctatctctttcattgttctctctctc 6127220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 718 - 812
Target Start/End: Original strand, 44398274 - 44398368
Alignment:
Q  718 aatgtttagattagacaatccaccaaatcttatcatactctacccacaccttatctaagccatcaccaactctatctccttcattgctctttctc 812  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||   |||| |||||| |||||||||||||| ||||||| ||| ||||    
T  44398274 aatgtttagattagactatccatcaaatcttatcatactctatccacactaaatcttagccattaccaactctatctctttcattgttctctctc 44398368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 668 - 803
Target Start/End: Original strand, 43810833 - 43810969
Alignment:
Q  668 catttagcttggacgagttgaagaattggcc-atgatggaccaannnnnnnaatgtttagattagacaatccaccaaatcttatcatactctacccacac 766  Q
    |||||||||||||| | ||||| ||||||   ||||||||||||       ||| |||||||||||| ||||| |||||||||||  |||||| ||||||    
T  43810833 catttagcttggaccaattgaataattggtttatgatggaccaatttttttaatatttagattagactatccatcaaatcttatcgaactctatccacac 43810932  T
Q  767 cttatctaagccatcaccaactctatctccttcattg 803  Q
       |||| ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  43810933 taaatcttagccatcaccaactctatctctttcattg 43810969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000009; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 426 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 36686712 - 36686618
Alignment:
Q  426 tttgggatagagttaagaataccaaaagcatggctggcgtggttaccaaagcaaatctgccgtgactttattaaactaccatttggagcttttgt 520  Q
    ||||| |||||||| | ||| |||||||||||| ||||||| ||| ||||||||| || |  ||||||||| || ||| | ||| ||||||||||    
T  36686712 tttggtatagagtttacaatcccaaaagcatggttggcgtgattatcaaagcaaaactacaatgactttatgaagctaacctttagagcttttgt 36686618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University