View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14200_low_21 (Length: 403)

Name: NF14200_low_21
Description: NF14200
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14200_low_21
NF14200_low_21
[»] chr8 (6 HSPs)
chr8 (1-386)||(454267-454652)
chr8 (4-383)||(10685610-10685990)
chr8 (4-383)||(35743750-35744130)
chr8 (4-383)||(18867016-18867396)
chr8 (4-251)||(26299843-26300091)
chr8 (4-234)||(18856621-18856852)
[»] chr7 (8 HSPs)
chr7 (2-383)||(49090049-49090431)
chr7 (4-383)||(16883288-16883668)
chr7 (4-383)||(18412019-18412399)
chr7 (4-383)||(24262669-24263049)
chr7 (4-383)||(21644398-21644778)
chr7 (56-383)||(9186543-9186871)
chr7 (4-382)||(21987282-21987661)
chr7 (66-182)||(5818593-5818710)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (4-383)||(19347639-19348019)
chr2 (56-383)||(25394247-25394575)
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (4-383)||(31398338-31398718)
chr5 (4-251)||(37557970-37558218)
chr5 (4-302)||(28836734-28837033)
chr5 (4-383)||(27448184-27448563)
chr5 (4-340)||(24556930-24557267)
chr5 (4-340)||(24597962-24598299)
chr5 (166-383)||(33789717-33789934)
chr5 (56-383)||(43595482-43595810)
chr5 (56-383)||(43628276-43628604)
chr5 (4-96)||(33789964-33790056)
[»] chr3 (8 HSPs)
chr3 (4-383)||(8515455-8515835)
chr3 (4-383)||(32478701-32479081)
chr3 (4-383)||(1309232-1309612)
chr3 (4-383)||(2673566-2673946)
chr3 (4-383)||(16262723-16263103)
chr3 (4-383)||(3324882-3325264)
chr3 (56-383)||(28490571-28490899)
chr3 (56-140)||(9603245-9603330)
[»] scaffold0197 (1 HSPs)
scaffold0197 (4-383)||(15655-16035)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (56-383)||(16625391-16625719)
chr4 (4-383)||(9225750-9226130)
chr4 (166-383)||(18860133-18860350)
chr4 (47-383)||(5146269-5146602)
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (4-383)||(14738918-14739298)
chr6 (4-383)||(33332422-33332802)
chr6 (4-251)||(24432667-24432915)
chr6 (56-383)||(24077286-24077619)
chr6 (4-141)||(29485190-29485328)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (4-383)||(41396600-41396980)
chr1 (56-383)||(47100216-47100544)
chr1 (3-251)||(9025143-9025392)
[»] scaffold0006 (2 HSPs)
scaffold0006 (5-383)||(869-1247)
scaffold0006 (56-383)||(9025-9352)
[»] scaffold0078 (1 HSPs)
scaffold0078 (56-340)||(35414-35699)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 314; Significance: 1e-177; HSPs: 6)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 314; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 1 - 386
Target Start/End: Original strand, 454267 - 454652
Alignment:
Q  1 actgtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaat 100  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  454267 actgtgagttccttttaaggcatgtgacatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaattcccattaacatgtttgataatctaagttattgcactaaaat 454366  T
Q  101 tgtgcatgagatgtgtaaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatc 200  Q
    |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  454367 tgtatatgagatgtgtaaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttattgtaattgatc 454466  T
Q  201 atgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaaca 300  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  454467 atgtatcgttagctagtgcagcatctcataataaatttgaattgtggcatttaaggtgacaacatgttagtgaaagaggtttagtagaactagccaaaca 454566  T
Q  301 agattttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaataacatagagtgaagtttgaaa 386  Q
    || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  454567 aggttttttaggaagagaaaatttggataagctagaatttcgcaatcattgcatactagacaaacaacatagagtgaagtttgaaa 454652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 4 - 383
Target Start/End: Original strand, 10685610 - 10685990
Alignment:
Q  4 gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt 103  Q
    ||||||||||||||||| ||||| | |||| ||| |||| || || ||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |     
T  10685610 gtgaattccttttaagggatgtgaggtatgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccataagcatgtttgataatctaggttattgcactagaataga 10685709  T
Q  104 gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat 202  Q
    ||||| | | ||| |||||||| |||||||||| |||||  | ||  | | ||  |||  || ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||    
T  10685710 gcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggtaaaggggtctagaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaat 10685809  T
Q  203 gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaag 302  Q
    | |||| |||||||||  |||||||||||||| | ||||||||||||||  || |     ||||| ||||| || |||||||| |||||||| |||||||    
T  10685810 gcatcggtagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggcatgttagtgagaggggtttagttgaactagctaaacaag 10685909  T
Q  303 attttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaataacatagagtgaagtttg 383  Q
     |||  |||| | ||| || || || |||||||||||| |  | |||| |||||||| |||| ||||||| ||||||||||    
T  10685910 gtttgctagggaaagataaattggacaagctagaattttgtgaacattgcatactaggcaaacaacatagggtgaagtttg 10685990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 4 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 35744130 - 35743750
Alignment:
Q  4 gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt 103  Q
    ||||||||||||||||| ||||| | | || ||| |||| || || ||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |     
T  35744130 gtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccataagcatgtttgataatctaggttattgcactagaataga 35744031  T
Q  104 gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat 202  Q
    ||||| | | ||| |||||||| |||||||||| |||||  ||||  | | ||  |||  || ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||    
T  35744030 gcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacgattaaggggtctagaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaat 35743931  T
Q  203 gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaag 302  Q
    | |||| |||| ||||  |||||||||||||| | ||||||||||||||  || |     ||||| ||||| || |||||||| |||||||| |||||||    
T  35743930 gcatcggtagcaagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggcatgttagtgagaggggtttagttgaactagctaaacaag 35743831  T
Q  303 attttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaataacatagagtgaagtttg 383  Q
     |||  |||| | ||| || || ||||||||||||||| |  | |||| |||||||| |||| ||||||| ||||||||||    
T  35743830 gtttgctagggaaagataaattggataagctagaattttgtgaacattgcatactaggcaaacaacatagggtgaagtttg 35743750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 4 - 383
Target Start/End: Original strand, 18867016 - 18867396
Alignment:
Q  4 gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt 103  Q
    ||||||||||||||||| ||||| | | || ||| |||| || ||  |||  ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||     
T  18867016 gtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgtaatttaatttccctaagcatgtttgataatctaggttattgcactagaattga 18867115  T
Q  104 gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat 202  Q
    ||||| | | ||| |||||||| |||||||||| |||||  ||||  | | ||  |||  || |||||| |||||||||||||  |  ||||||| | ||    
T  18867116 gcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggttaaggggtctagaatgaatggtttatatattttagatggttccatagtaattggtaat 18867215  T
Q  203 gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaag 302  Q
    | |||| |||||||||  |||||||||||||| | ||||||||||||||  ||||     ||||| |||||||| |||||||| |||||||| |||||||    
T  18867216 gcatcggtagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgaggttggggcatgttagtgaaaggggtttagttgaactagctaaacaag 18867315  T
Q  303 attttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaataacatagagtgaagtttg 383  Q
     |||  |||| | ||| || || || |||||||||||| |  | |||| ||||||||  ||| ||||||| ||||||||||    
T  18867316 gtttgctagggaaagataaattggacaagctagaattttgtgagcattgcatactaggaaaacaacatagggtgaagtttg 18867396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 4 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 26300091 - 26299843
Alignment:
Q  4 gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt 103  Q
    ||||||||||||||||| ||||| | | || ||| |||| || ||  |||  ||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||     
T  26300091 gtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgtaatttaatttccataaccatgtttgatagtctaggttattgcactagaattga 26299992  T
Q  104 gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat 202  Q
     |||| | | ||| |||||||| |||||||||| |||||  ||||  | | ||| |||  || ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||    
T  26299991 acatggggtttgtaaaatttcgtatggtgcattgattacggttaaggggtctaaaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaat 26299892  T
Q  203 gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcatt 251  Q
    | |||| ||||||| |  | | |||||||||| | ||||||||||||||    
T  26299891 gcatcgatagctagcgttgtacctcataataattctgaattgtggcatt 26299843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 4 - 234
Target Start/End: Original strand, 18856621 - 18856852
Alignment:
Q  4 gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt 103  Q
    ||||||||||||||||| ||||| | | || ||| |||| || ||  |||  ||||||| |  | |||||||||||||||||||||||||||| |||||     
T  18856621 gtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgtaatttaatttccctatgtatgtttgataatctaggttattgcactagaattga 18856720  T
Q  104 gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat 202  Q
    ||||| | | ||| |||||| | |||||||||| |||||  ||||  | | ||  |||  || |||||| |||||||||||||  |  ||||||| | ||    
T  18856721 gcatggggtttgtaaaattttgcatggtgcattgattacggttaaggggtctagaatgaatggtttatatattttagatggttccatagtaattggtaat 18856820  T
Q  203 gtatcgttagctagtgaagcatctcataataa 234  Q
    | |||| |||||||||  ||||||||||||||    
T  18856821 gcatcggtagctagtgttgcatctcataataa 18856852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 87; Significance: 1e-41; HSPs: 8)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 2 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 49090431 - 49090049
Alignment:
Q  2 ctgtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaatt 101  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| | | || ||| |||| || || ||||  ||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  49090431 ctgtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccttaagcatgtttgatagtctaggttattgcactagaatt 49090332  T
Q  102 gtgcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatc 200  Q
      ||||| | | ||| |||||||| |||||||||| |||||  ||||| | | ||| |||  || ||||||||||||||||||||  |  ||||||| |     
T  49090331 aagcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggttaaagggtctaaaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggta 49090232  T
Q  201 atgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaaca 300  Q
    ||| |||| |||||||||  | | |||||||||| | ||||||||||||||  || |   | ||||| ||||||||||||||||| |||||| | |||||    
T  49090231 atgcatcggtagctagtgttgtacctcataataattctgaattgtggcatttgagattggagcatgttagtgaaagaggtttagttgaactaactaaaca 49090132  T
Q  301 agattttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaataacatagagtgaagtttg 383  Q
    || |||  |||||| ||| || || || |||||||||||| | || |||| |||||||| |||  |||||||||| |||||||    
T  49090131 aggtttgctaggaaaagataaattggacaagctagaattttgtaagcattgcatactaggcaagcaacatagagtaaagtttg 49090049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 4 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 16883668 - 16883288
Alignment:
Q  4 gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt 103  Q
    ||||||||||||||||| ||||| | |||| ||| |||| || || ||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |     
T  16883668 gtgaattccttttaagggatgtgaggtatgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccataagcatgtttgataatctaggttattgcactagaataga 16883569  T
Q  104 gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat 202  Q
    ||||| | | ||| |||||||| |||||||||| |||||  | ||  | | ||  |||  || ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||    
T  16883568 gcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggtaaaggggtctagaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaat 16883469  T
Q  203 gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaag 302  Q
    | |||| |||||||||  |||||||||||||| | ||||||||||||||  || |     ||||| ||||| || |||||||| |||||||| |||||||    
T  16883468 gcatcggtagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggcatgttagtgagaggggtttagttgaactagctaaacaag 16883369  T
Q  303 attttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaataacatagagtgaagtttg 383  Q
     |||  |||| | ||| || || ||||||||||||||| |  | |||| |||||||| |||| ||||||| ||||||||||    
T  16883368 gtttgctagggaaagataaattggataagctagaattttgtgaacattgcatactaggcaaacaacatagggtgaagtttg 16883288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 4 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 18412399 - 18412019
Alignment:
Q  4 gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt 103  Q
    ||||||||||||||||| ||||| | | || ||| |||| || || ||||  ||||||| | ||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||     
T  18412399 gtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccctaagcatgtttgatggtctaggttattgcactagaattga 18412300  T
Q  104 gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat 202  Q
    ||||| | | ||| |||||||| |||||||||| |||||  ||||  | | ||| |||  || ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||    
T  18412299 gcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggttaaggggtctaaaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaat 18412200  T
Q  203 gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaag 302  Q
    | |||| |||||||||  | | |||||||||| | ||||||||||||||  ||||     ||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  18412199 gcatcggtagctagtgttgtacctcataataattctgaattgtggcatttgaggttggggcatgttagtgaaagaggtttagttgaactagctaaacaag 18412100  T
Q  303 attttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaataacatagagtgaagtttg 383  Q
     |||  |||||| ||| || || || |||||||||||| |  | |||| |||||||| |||  |||||||||| |||||||    
T  18412099 gtttgctaggaaaagataaattggacaagctagaattttgtgagcattgcatactaggcaagcaacatagagtaaagtttg 18412019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 4 - 383
Target Start/End: Original strand, 24262669 - 24263049
Alignment:
Q  4 gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt 103  Q
    ||||||||||||||||| ||||| | |||| ||| |||| || || ||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |     
T  24262669 gtgaattccttttaagggatgtgaggtatgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccataagcatgtttgataatctaggttattgcactagaataga 24262768  T
Q  104 gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat 202  Q
    ||||| | | ||| |||||||| |||||||||| |||||  | ||  | | ||  |||  || ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||    
T  24262769 gcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggtaaaggggtctagaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaat 24262868  T
Q  203 gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaag 302  Q
    | |||| |||||||||  |||||||||||||| | ||||||||||||||  || |     ||||| ||||| || |||||||| |||||||| |||||||    
T  24262869 gcatcggtagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggcatgttagtgagaggggtttagttgaactagctaaacaag 24262968  T
Q  303 attttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaataacatagagtgaagtttg 383  Q
     |||  |||| | ||| || || || |||||||||||| |  | |||| |||||||| |||| ||||||| ||||||||||    
T  24262969 gtttgctagggaaagataaattggacaagctagaattttgtgaacattgcatactaggcaaacaacatagggtgaagtttg 24263049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 4 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 21644778 - 21644398
Alignment:
Q  4 gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt 103  Q
    ||||||||||||||||| ||||| | | || ||| |||| || || ||||  ||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||     
T  21644778 gtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccctaagcatgtttgatagtctaggttattgcactagaattga 21644679  T
Q  104 gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat 202  Q
    ||||| | | ||| |||||||| |||||||||| |||||  || |  | | ||| |||  || ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||    
T  21644678 gcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggttgaggggtctaaaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaat 21644579  T
Q  203 gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaag 302  Q
    | |||| |||||| ||  |||||||||||||| | ||||||||||||||  ||||     ||||| |||||||||| |||||| |||||||| |||||||    
T  21644578 gcatcggtagctaatgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgaggttggggcatgttagtgaaagagatttagttgaactagctaaacaag 21644479  T
Q  303 attttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaataacatagagtgaagtttg 383  Q
    ||||  |||| | ||| || || || |||||||||||| |  | || | |||||||| |||  |||||| |||||||||||    
T  21644478 atttgctagggaaagataaattggacaagctagaattttgtgagcaatgcatactaggcaagcaacatatagtgaagtttg 21644398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 56 - 383
Target Start/End: Original strand, 9186543 - 9186871
Alignment:
Q  56 aatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgtgcatgagatgtgtaaa-tttcgaatggtgcattaattactcttaaatgtttt 154  Q
    ||||||| | ||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||| ||||| | | |||||| ||||| |||||||||| |||||  ||||| | | |    
T  9186543 aatttccctaagcatgtttgatagtataggttattgcactagaattgagcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggttaaagggtct 9186642  T
Q  155 aagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcatgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaa 254  Q
    || |||  || ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||| |||||| |||||||  | | |||||||||| | ||||||||||||||  |    
T  9186643 aaaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcgtttgctagtgttgtacctcataataattctgaattgtggcatttga 9186742  T
Q  255 ggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaagattttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacat 354  Q
    | |     ||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||| ||| || ||| || || || |||||||||||| |  | |||| |||    
T  9186743 gtttggggcatgttagtgaaagaggtttagttgaactagctaaacaaggttttctagtaaaagataaattggacaagctagaattttgtgagcattgcat 9186842  T
Q  355 actagacaaataacatagagtgaagtttg 383  Q
    ||||| |||  |||||||||| |||||||    
T  9186843 actaggcaagcaacatagagtaaagtttg 9186871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 4 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 21987661 - 21987282
Alignment:
Q  4 gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt 103  Q
    ||||||||||||||||| ||||| | | || ||| |||| ||  | ||||  ||||||| | || |||||||||| ||||||||||||||||| |||||     
T  21987661 gtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaaacgaaatttaatttccctaagaatgtttgatagtctaggttattgcactagaattga 21987562  T
Q  104 gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat 202  Q
    ||||| | | ||| |||||||| |||||||||| |||||  ||||| | | ||| |||  || ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||    
T  21987561 gcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggttaaaggatctaaaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaat 21987462  T
Q  203 gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaag 302  Q
    | |||| | |||||||    | |||||||||| | ||||||||||||||  || |     ||||| |||||||||||||||||  ||||||| |||||||    
T  21987461 gcatcggtggctagtgttatacctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggcatgttagtgaaagaggtttagttaaactagctaaacaag 21987362  T
Q  303 attttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaataacatagagtgaagttt 382  Q
     |||  |||||| ||| |  || || |||||||||||| | || |||| |||||||| |||| ||| |||||| ||||||    
T  21987361 gtttgctaggaaaagatacattggacaagctagaattttgtaagcattgcatactaggcaaacaacgtagagtaaagttt 21987282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 66 - 182
Target Start/End: Original strand, 5818593 - 5818710
Alignment:
Q  66 agcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgtgcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttg 164  Q
    |||||||| |||| | ||||||||||||||||||||| |||||   | ||| |||||| | ||| |||||| |||||  ||||| | | |||||||  ||    
T  5818593 agcatgttagatagtataggttattgcactaaaattgagcatggagtttgtcaaattttgcatgatgcattcattacagttaaagggtctaagatgaatg 5818692  T
Q  165 atttatacattttagatg 182  Q
     |||||||||||||||||    
T  5818693 gtttatacattttagatg 5818710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 85; Significance: 2e-40; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 4 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 19348019 - 19347639
Alignment:
Q  4 gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt 103  Q
    ||||||||||||||||| ||||| | | || ||| |||| || || ||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |     
T  19348019 gtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccataagcatgtttgataatctaggttattgcactagaataga 19347920  T
Q  104 gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat 202  Q
    ||||| | | ||| |||||||| |||||||||| |||||  ||||  | | ||  |||  || ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||    
T  19347919 gcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacgattaaggggtctagaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaat 19347820  T
Q  203 gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaag 302  Q
    | |||| |||||||||  |||||||||||||| | ||||||||||||||  || |     ||||| ||||| || |||||||| |||||||| |||||||    
T  19347819 gcatcggtagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggcatgttagtgagaggggtttagttgaactagctaaacaag 19347720  T
Q  303 attttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaataacatagagtgaagtttg 383  Q
     |||  |||| | ||| || || ||||||||||||||| |  | |||| |||||||| |||| ||||||| ||||||||||    
T  19347719 gtttgctagggaaagataaattggataagctagaattttgtgaacattgcatactaggcaaacaacatagggtgaagtttg 19347639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 56 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 25394575 - 25394247
Alignment:
Q  56 aatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgtgcatgagatgtgtaaa-tttcgaatggtgcattaattactcttaaatgtttt 154  Q
    ||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||| | | | |||||| ||| | |||||||||| |||||  ||||  | | |    
T  25394575 aatttccctaagcatgtttgatagtctaggttattgcactagaattgagcacggggtttgtaaaattttgcatggtgcattgattacggttaaggggtct 25394476  T
Q  155 aagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcatgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaa 254  Q
     | |||  || ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||| |||| || ||||||  | | |||||||||| | ||||||||||||||  |    
T  25394475 taaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcggtaactagtgttgtacctcataataattctgaattgtggcatttga 25394376  T
Q  255 ggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaagattttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacat 354  Q
    | |     ||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||  |||||| ||| || || || |||||||||||| || | |||| |||    
T  25394375 gattggggcatgttagtgaaagaggtttagttgaactagctaaacaaggtttgctaggaaaagataaattggacaagctagaattttgcgagcattgcat 25394276  T
Q  355 actagacaaataacatagagtgaagtttg 383  Q
     |||| |||  |||||||||| |||||||    
T  25394275 gctaggcaagcaacatagagtaaagtttg 25394247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 81; Significance: 5e-38; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 4 - 383
Target Start/End: Original strand, 31398338 - 31398718
Alignment:
Q  4 gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt 103  Q
    ||||||||||||||||| ||||| | |||| ||| |||| || || ||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||| |     
T  31398338 gtgaattccttttaagggatgtgaggtatgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccataagcatgtttgataatctaggttattgcagtagaataga 31398437  T
Q  104 gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat 202  Q
    ||||| | | ||| |||||||| |||||||||| |||||  | ||  | | ||  |||  || |||||||||||||||||||| ||  ||||||| | ||    
T  31398438 gcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggtaaaggggtctagaatgaatggtttatacattttagatggttctatagtaattggtaat 31398537  T
Q  203 gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaag 302  Q
    | |||| |||||||||  |||||||||||||| | ||||||||||||||  || |     ||||| ||||| || |||||||| |||||||| |||||||    
T  31398538 gcatcggtagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggcatgttagtgagaggggtttagttgaactagctaaacaag 31398637  T
Q  303 attttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaataacatagagtgaagtttg 383  Q
     |||  |||| | ||| || || || |||||||||||| |  | |||| |||||||| |||| ||||||| ||||||||||    
T  31398638 gtttgctagggaaagataaattggacaagctagaattttgtgaacattgcatactaggcaaacaacatagggtgaagtttg 31398718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 4 - 251
Target Start/End: Original strand, 37557970 - 37558218
Alignment:
Q  4 gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt 103  Q
    ||||||||||||||||| ||||| | | || ||| |||| || || ||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |     
T  37557970 gtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccataagcatgtttgataatctaggttattgcactagaataga 37558069  T
Q  104 gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat 202  Q
    ||||| | | ||| |||||||| |||||||||| |||||| ||||  | | ||  |||  || ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||    
T  37558070 gcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattactattaaggggtctagaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaat 37558169  T
Q  203 gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcatt 251  Q
    | |||| |||||||||  |||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  37558170 gcatcggtagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatt 37558218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 4 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 28837033 - 28836734
Alignment:
Q  4 gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt 103  Q
    ||||||||||||||| | ||||| ||| || ||| |||| || || ||||  ||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||     
T  28837033 gtgaattccttttaaaggatgtgagatttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccctaagcatgtttgatagtctaggttattgcactagaattga 28836934  T
Q  104 gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat 202  Q
    ||||||| | ||| |||||||| |||||||||| |||||  ||||| | | ||| |||  || ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||    
T  28836933 gcatgaggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggttaaagggtctaaaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaat 28836834  T
Q  203 gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaag 302  Q
    | | || |||||||||  | | |||||||||| | ||||||||||||||  || |   | ||||| ||||||||||||||||| |||||||  |||||||    
T  28836833 gcaccggtagctagtgttgtacctcataataattctgaattgtggcatttgagattggagcatgttagtgaaagaggtttagttgaactagttaaacaag 28836734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 4 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 27448563 - 27448184
Alignment:
Q  4 gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt 103  Q
    ||||||||||||||||| ||||| | | || ||| |||| || ||  |||  ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |     
T  27448563 gtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgtaatttaatttccctaagcatgtttgataatctaggttattgcactagaataga 27448464  T
Q  104 gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat 202  Q
    ||||| | | ||| |||||||| |||||||||| |||||  ||||  | | ||  |||  || ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||    
T  27448463 gcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggttaaggggtatagaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaat 27448364  T
Q  203 gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaag 302  Q
    | |||| |||||||||  |||||||||||||| | ||||||||||||||  || |     ||||| ||||| || |||||||| |||||||| |||||||    
T  27448363 gcatcggtagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagat-tgggcatgttagtgagaggggtttagttgaactagctaaacaag 27448265  T
Q  303 attttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaataacatagagtgaagtttg 383  Q
     |||  |||| | ||| || || || |||||||||||| |  | |||| |||||||| |||| ||||||| ||||||||||    
T  27448264 gtttgctagggaaagataaattggacaagctagaattttgtgagcattgcatactaggcaaacaacatagggtgaagtttg 27448184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 4 - 340
Target Start/End: Original strand, 24556930 - 24557267
Alignment:
Q  4 gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt 103  Q
    ||||||||||||||| | ||||| | | || ||| |||| || || ||||  ||||||| ||||||||||||||| | |||| |||||||||| |||||     
T  24556930 gtgaattccttttaaaggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttcccttagcatgtttgatagtttaggatattgcactagaattga 24557029  T
Q  104 gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat 202  Q
    ||||| | | ||| |||||||| |||||||||| |||||  ||||| | | ||| |||  || ||||||||||| ||||||||  |  ||||||| | ||    
T  24557030 gcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggttaaagggtctaaaatgaatggtttatacatttcagatggttccatagtaattggtaat 24557129  T
Q  203 gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaag 302  Q
    | |||| |||||||||  | | |||||||||| | ||||||||||||||  || |     ||||| |||||||||| |||||| |||||||| |||||||    
T  24557130 gcatcggtagctagtgttgtacctcataataattatgaattgtggcatttgagattggggcatgttagtgaaagagatttagttgaactagctaaacaag 24557229  T
Q  303 attttttaggaagagaaaatttagataagctagaattt 340  Q
     |||  |||||| ||| || ||||| ||||||||||||    
T  24557230 gtttgctaggaaaagataaattagacaagctagaattt 24557267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 4 - 340
Target Start/End: Original strand, 24597962 - 24598299
Alignment:
Q  4 gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt 103  Q
    ||||||||||||||| | ||||| | | || ||| |||| || || ||||  ||||||| ||||||||||||||| | |||| |||||||||| |||||     
T  24597962 gtgaattccttttaaaggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttcccttagcatgtttgatagtttaggatattgcactagaattga 24598061  T
Q  104 gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat 202  Q
    ||||| | | ||| |||||||| |||||||||| |||||  ||||| | | ||| |||  || ||||||||||| ||||||||  |  ||||||| | ||    
T  24598062 gcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggttaaagggtctaaaatgaatggtttatacatttcagatggttccatagtaattggtaat 24598161  T
Q  203 gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaag 302  Q
    | |||| |||||||||  | | |||||||||| | ||||||||||||||  || |     ||||| |||||||||| |||||| |||||||| |||||||    
T  24598162 gcatcggtagctagtgttgtacctcataataattatgaattgtggcatttgagattggggcatgttagtgaaagagatttagttgaactagctaaacaag 24598261  T
Q  303 attttttaggaagagaaaatttagataagctagaattt 340  Q
     |||  |||||| ||| || ||||| ||||||||||||    
T  24598262 gtttgctaggaaaagataaattagacaagctagaattt 24598299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 166 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 33789934 - 33789717
Alignment:
Q  166 tttatacattttagatggttttactgtaattgatcatgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacat 265  Q
    ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||| |||| |||||||||  |||||||||||||| | ||||||||||||||  || |     |||    
T  33789934 tttatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcggtagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggcat 33789835  T
Q  266 gtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaagattttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaat 365  Q
    || ||||| || |||||||| |||||||| ||||||| |||  |||| | ||| || || ||||||||||||||| | || |||| |||||||| ||||     
T  33789834 gttagtgagaggggtttagttgaactagctaaacaaggtttgctagggaaagataaattggataagctagaattttgtaaacattgcatactaggcaaac 33789735  T
Q  366 aacatagagtgaagtttg 383  Q
    ||||||| ||||||||||    
T  33789734 aacatagggtgaagtttg 33789717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 56 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 43595810 - 43595482
Alignment:
Q  56 aatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgtgcatgagatgtgtaaa-tttcgaatggtgcattaattactcttaaatgtttt 154  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| | | |||||| ||||| |||||||| | |||||  ||||  | | |    
T  43595810 aatttccctaagcatgtttgataatctaggttattgcactagaatagagcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcactgattacggttaaggggtct 43595711  T
Q  155 aagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcatgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaa 254  Q
    |  |||  || ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||| |||| |||||||||  |||||||||||||| | ||||||||||||||  |    
T  43595710 agaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcggtagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttga 43595611  T
Q  255 ggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaagattttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacat 354  Q
    | |     |||||  |||| || |||||||| |||||||| ||||||| |||  |||| | ||| || || || |||||||||||| |  | |||| |||    
T  43595610 gattggggcatgttcgtgagaggggtttagttgaactagctaaacaaggtttgctagggaaagataaattggacaagctagaattttgtgagcattgcat 43595511  T
Q  355 actagacaaataacatagagtgaagtttg 383  Q
    ||||  |||| ||||||| ||||||||||    
T  43595510 actaagcaaacaacatagggtgaagtttg 43595482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 56 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 43628604 - 43628276
Alignment:
Q  56 aatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgtgcatgagatgtgtaaa-tttcgaatggtgcattaattactcttaaatgtttt 154  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| | | |||||| ||||| |||||||| | |||||  ||||  | | |    
T  43628604 aatttccctaagcatgtttgataatctaggttattgcactagaatagagcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcactgattacggttaaggggtct 43628505  T
Q  155 aagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcatgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaa 254  Q
    |  |||  || ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||| |||| |||||||||  |||||||||||||| | ||||||||||||||  |    
T  43628504 agaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcggtagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttga 43628405  T
Q  255 ggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaagattttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacat 354  Q
    | |     |||||  |||| || |||||||| |||||||| ||||||| |||  |||| | ||| || || || |||||||||||| |  | |||| |||    
T  43628404 gattggggcatgttcgtgagaggggtttagttgaactagctaaacaaggtttgctagggaaagataaattggacaagctagaattttgtgagcattgcat 43628305  T
Q  355 actagacaaataacatagagtgaagtttg 383  Q
    ||||  |||| ||||||| ||||||||||    
T  43628304 actaagcaaacaacatagggtgaagtttg 43628276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 4 - 96
Target Start/End: Complemental strand, 33790056 - 33789964
Alignment:
Q  4 gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcacta 96  Q
    ||||||||||||||||| ||||| | | || ||| |||| || || ||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33790056 gtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccataagcatgtttgataatctaggttattgcacta 33789964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 81; Significance: 5e-38; HSPs: 8)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 4 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 8515835 - 8515455
Alignment:
Q  4 gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt 103  Q
    ||||||||||||||||| ||||| | |||| ||| |||| || || ||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |     
T  8515835 gtgaattccttttaagggatgtgaggtatgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccataagcatgtttgataatctaggttattgcactagaataga 8515736  T
Q  104 gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat 202  Q
    ||||| | | ||| |||||||| |||||||||| |||||  | ||  | | ||  |||  || ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||    
T  8515735 gcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggtaaaggggtctagaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaat 8515636  T
Q  203 gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaag 302  Q
    | |||| |||||||||  |||||||||||||| | ||||||||||||||  || |     ||||| ||||| || |||||||| |||||||| |||||||    
T  8515635 gcatcggtagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggcatgttagtgagaggggtttagttgaactagctaaacaag 8515536  T
Q  303 attttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaataacatagagtgaagtttg 383  Q
     |||  |||| | ||| || || || |||||||||||| |  | |||| |||||||| |||| ||||||| ||||||||||    
T  8515535 gtttgctagggaaagataaattggacaagctagaattttgtgaacattgcatactaggcaaacaacatagggtgaagtttg 8515455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 4 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 32479081 - 32478701
Alignment:
Q  4 gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt 103  Q
    ||||||||||||||||| ||||| | |||| ||| |||| || || ||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |     
T  32479081 gtgaattccttttaagggatgtgaggtatgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccataagcatgtttgataatctaggttattgcactagaataga 32478982  T
Q  104 gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat 202  Q
    ||||| | | ||| |||||||| |||||||||| |||||  | ||  | | ||  |||  || ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||    
T  32478981 gcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggtaaaggggtctagaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaat 32478882  T
Q  203 gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaag 302  Q
    | |||| |||||||||  |||||||||||||| | ||||||||||||||  || |     ||||| ||||| || |||||||| |||||||| |||||||    
T  32478881 gcatcggtagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggcatgttagtgagaggggtttagttgaactagctaaacaag 32478782  T
Q  303 attttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaataacatagagtgaagtttg 383  Q
     |||  |||| | ||| || || || |||||||||||| |  | |||| |||||||| |||| ||||||| ||||||||||    
T  32478781 gtttgctagggaaagataaattggacaagctagaattttgtgaacattgcatactaggcaaacaacatagggtgaagtttg 32478701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 4 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 1309612 - 1309232
Alignment:
Q  4 gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt 103  Q
    ||||||||||||||||| ||||| | | || ||| |||| || ||  |||  ||||||| | |||||||||||||  |||||||||||||||| |||||     
T  1309612 gtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgtaatttaatttccctaagcatgtttgatagcctaggttattgcactagaattga 1309513  T
Q  104 gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat 202  Q
    ||||| ||| ||| |||||||| |||||||||| |||||  ||||  | | ||| |||  || ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||    
T  1309512 gcatgggatttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggttaagggatctaaaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaat 1309413  T
Q  203 gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaag 302  Q
    | |||| |||||||||  | | |||||||||| | ||||||||||||||  ||||     ||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  1309412 gcatcggtagctagtgttgtacctcataataattctgaattgtggcatttgaggttgaggcatgttagtgaaagaggtttagttgaactagctaaacaag 1309313  T
Q  303 attttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaataacatagagtgaagtttg 383  Q
     |||  |||||| ||| || || || |||||||||||| |  | |||| ||||||||  ||  |||||||||| |||||||    
T  1309312 gtttgctaggaaaagataaattggacaagctagaattttgtgagcattgcatactaggaaagcaacatagagtaaagtttg 1309232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 4 - 383
Target Start/End: Original strand, 2673566 - 2673946
Alignment:
Q  4 gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt 103  Q
    ||||||||||||||||| ||||| | | |  ||| |||| || || ||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |     
T  2673566 gtgaattccttttaagggatgtgaggttttttcccgaacttaagcgaaatttaatttccataagcatgtttgataatctaggttattgcactagaataga 2673665  T
Q  104 gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat 202  Q
    ||||| | | ||| |||||||| |||||||||| |||||  | ||  | | ||  |||  || ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||    
T  2673666 gcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggtaaaggggtctagaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaat 2673765  T
Q  203 gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaag 302  Q
    | |||| |||||||||  |||||||||||||| | ||||||||||||||  || |     ||||| ||||| || |||||||| |||||||| |||||||    
T  2673766 gcatcggtagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggcatgttagtgagaggggtttagttgaactagctaaacaag 2673865  T
Q  303 attttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaataacatagagtgaagtttg 383  Q
     |||  |||| | ||| || || || |||||||||||| |  | |||| |||||||| |||| ||||||| ||||||||||    
T  2673866 gtttgctagggaaagataaattggacaagctagaattttgtgaacattgcatactaggcaaacaacatagggtgaagtttg 2673946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 4 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 16263103 - 16262723
Alignment:
Q  4 gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt 103  Q
    ||||||||||||||||| ||||| | | || ||| |||| || || ||||  ||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||      
T  16263103 gtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccctaagcatgtttgatagtctaggttattgcactaaaatttg 16263004  T
Q  104 gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat 202  Q
    ||||| | | ||| ||||||||||||||||||| || ||  ||||| | | ||| |||  || ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||    
T  16263003 gcatggggtttgtaaaatttcgaatggtgcattgataacgattaaagggtctaaaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaat 16262904  T
Q  203 gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaag 302  Q
    | |||  |||||||||  | | |||||||||  | ||||||||||||||  || |     ||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  16262903 gcatcagtagctagtgttgtacctcataatagttctgaattgtggcatttgagattggggcatgttagtgaaagaggtttagttgaactagccaaacaag 16262804  T
Q  303 attttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaataacatagagtgaagtttg 383  Q
     |||| |||||| | | || || || |||||||||||| |  | |||| |||||||| ||   |||||||||| |||||||    
T  16262803 gttttctaggaaaaaataaattggacaagctagaattttgtgagcattgcatactaggcaggcaacatagagtaaagtttg 16262723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 4 - 383
Target Start/End: Original strand, 3324882 - 3325264
Alignment:
Q  4 gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt 103  Q
    ||||||||||||||| | ||||| | | || ||| |||| || || ||||  ||||||| | ||||||||||||| | |||||||||| |||| |||||     
T  3324882 gtgaattccttttaaaggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccctaagcatgtttgatagtataggttattgtactagaattga 3324981  T
Q  104 gcatgagatgtgtaaatt-tcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat 202  Q
    ||||| | | |||||| | ||  |||||||||| |||||  ||||| | | ||| |||  || |||||||||||||||||||| ||  ||||||| | ||    
T  3324982 gcatggggtttgtaaaatctcacatggtgcattgattacggttaaagggtctaaaatgaatggtttatacattttagatggttctatagtaattggtaat 3325081  T
Q  203 gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtt--tagtagaactagcaaaaca 300  Q
    | |||| |||||||||  | | |||||||||| | | ||||||||||||  || |     ||||| |||||||||||||  |||| |||||||| |||||    
T  3325082 gcatcggtagctagtgttgtacctcataataattctaaattgtggcatttgagattggggcatgttagtgaaagaggtttatagttgaactagctaaaca 3325181  T
Q  301 agattttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaataacatagagtgaagtttg 383  Q
    |||||| ||||||| ||| || || || |||||||||||| |  | |||| |||||||| |||  |||||||||| |||||||    
T  3325182 agatttgttaggaaaagataaattggacaagctagaattttgtgagcattgcatactaggcaagcaacatagagtaaagtttg 3325264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 56 - 383
Target Start/End: Original strand, 28490571 - 28490899
Alignment:
Q  56 aatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgtgcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgtttt 154  Q
    ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| | | ||| |||||||| |||||||||| |||||  ||||  | | |    
T  28490571 aatttccctaagcatgtttgataatctaggttattgcactagaatagagcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggttaaggggtct 28490670  T
Q  155 aagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcatgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaa 254  Q
    |  |||  || ||||||||||||||||||||     ||||||| | ||| |||| |||||||||  |||||||||||||| | ||||||||||||||  |    
T  28490671 agaatgaatggtttatacattttagatggttccttagtaattggtaatgcatcggtagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttga 28490770  T
Q  255 ggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaagattttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacat 354  Q
    | |      |||| ||||| || |||||||| |||||||| ||||||| |||  |||| | ||| || ||  | |||||||||||| |  | |||| |||    
T  28490771 gattggggtatgttagtgagaggggtttagttgaactagctaaacaaggtttgctagggaaagataaattgtacaagctagaattttgtgagcattgcat 28490870  T
Q  355 actagacaaataacatagagtgaagtttg 383  Q
    ||||| |||| ||||||| ||||||||||    
T  28490871 actaggcaaacaacatagggtgaagtttg 28490899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 56 - 140
Target Start/End: Original strand, 9603245 - 9603330
Alignment:
Q  56 aatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgtgcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaatta 140  Q
    ||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| | | ||| |||||||  |||||||||| ||||    
T  9603245 aatttccctaagcatgtttgatagtctaggttattgcactagaattgagcatggggtttgtaaaatttcacatggtgcattgatta 9603330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0197 (Bit Score: 77; Significance: 1e-35; HSPs: 1)
Name: scaffold0197
Description:

Target: scaffold0197; HSP #1
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 4 - 383
Target Start/End: Original strand, 15655 - 16035
Alignment:
Q  4 gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt 103  Q
    ||||||||||||||||| ||||| | | || ||| |||| || || ||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |     
T  15655 gtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccataagcatgtttgataatctaggttattgcactagaataga 15754  T
Q  104 gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat 202  Q
    ||||| | | ||| |||||||| |||||||||| |||||  | ||  | | ||  |||  || ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||    
T  15755 gcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggtaaaggggtctagaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaat 15854  T
Q  203 gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaag 302  Q
    | |||| |||||||||  |||||||||||||| | ||||||||||||||  || |     ||||| ||||| || |||||||| |||||||| |||||||    
T  15855 gcatcggtagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggcatgttagtgagaggggtttagttgaactagctaaacaag 15954  T
Q  303 attttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaataacatagagtgaagtttg 383  Q
     |||  |||| | ||| || || || |||||||||||| |  | |||| |||||||| |||| ||||||| ||||||||||    
T  15955 gtttgctagggaaagataaattggacaagctagaattttgtgaacattgcatactaggcaaacaacatagggtgaagtttg 16035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 77; Significance: 1e-35; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 56 - 383
Target Start/End: Original strand, 16625391 - 16625719
Alignment:
Q  56 aatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgtgcatgagatgtgtaaa-tttcgaatggtgcattaattactcttaaatgtttt 154  Q
    ||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||| | |||||| ||||| |||||||||| |||||  |||||   | |    
T  16625391 aatttccctaagcatgtttgatagtctaggttattgcactagaattgagcatgaggtttgtaaagtttcgcatggtgcattgattacgattaaagagtct 16625490  T
Q  155 aagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcatgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaa 254  Q
    || |||  || | ||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||| | || |||||||||  | | |||||||||| |||||||||||||||| ||    
T  16625491 aaaatgaatggtctatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcaacggtagctagtgttgtacctcataataattttgaattgtggcatttaa 16625590  T
Q  255 ggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaagattttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacat 354  Q
    | |     ||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||  |||||| ||| || || || |||||||||||| |  | |||| |||    
T  16625591 gattggggcatgttagtgaaagaggtttagttgaactagctaaacaaggtttgctaggaaaagataaattggacaagctagaattttgtgagcattgcat 16625690  T
Q  355 actagacaaataacatagagtgaagtttg 383  Q
    ||||| |||  |||||||||| |||||||    
T  16625691 actaggcaagcaacatagagtaaagtttg 16625719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 4 - 383
Target Start/End: Original strand, 9225750 - 9226130
Alignment:
Q  4 gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt 103  Q
    ||||||||||||||||| ||||| | | || ||| |||| || ||  |||  ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |     
T  9225750 gtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgtaatttaatttccctaagcatgtttgataatctaggttattgcactagaataga 9225849  T
Q  104 gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat 202  Q
    ||||| | | ||| |||||||| |||||||||| |||||  ||||  | | ||  |||  || ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||    
T  9225850 gcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggttaaggggtctagaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaat 9225949  T
Q  203 gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaag 302  Q
    | |||| |||||||||  |||||||||||||| | ||||||||||||||  || |     ||||| ||||| || |||||||| |||||||| |||||||    
T  9225950 gcatcggtagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggcatgttagtgagaggggtttagttgaactagctaaacaag 9226049  T
Q  303 attttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaataacatagagtgaagtttg 383  Q
     |||  |||| | ||| || ||  | |||||||||||| |  | |||| |||||||| |||| ||||||| ||||||||||    
T  9226050 gtttgctagggaaagataaattgaacaagctagaattttgtgagcattgcatactaggcaaacaacatagggtgaagtttg 9226130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 166 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 18860350 - 18860133
Alignment:
Q  166 tttatacattttagatggttttactgtaattgatcatgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacat 265  Q
    ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||| |||| |||||||||  |||||||||||||| | ||||||||||||||  || |     |||    
T  18860350 tttatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcggtagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggcat 18860251  T
Q  266 gtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaagattttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaat 365  Q
    || ||||| || |||||||| |||||||| ||||||| |||  |||| | ||| || || ||||| ||||||||| |  | |||| |||||||| ||||     
T  18860250 gttagtgagaggggtttagttgaactagccaaacaaggtttgctagggaaagataaattggataaactagaattttgtgagcattgcatactaggcaaac 18860151  T
Q  366 aacatagagtgaagtttg 383  Q
    ||||||| ||||||||||    
T  18860150 aacatagggtgaagtttg 18860133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 47 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 5146602 - 5146269
Alignment:
Q  47 gcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgtgcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactctt 145  Q
    |||||||  ||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| | | ||| |||||  | ||| |||||| |||||  ||    
T  5146602 gcaaaatttaatttccctaagcatgtttgatagtctaggttattgcactagaattgagcatggggtttgtaaaattgagcatgatgcattgattacggtt 5146503  T
Q  146 aaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcatgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgt 245  Q
      | | | ||| |||  || ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||| |||| | |||||||  | |||||  ||||| | ||||||||    
T  5146502 --agggtctaaaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcggtggctagtgttgtatctc--aataattctgaattgt 5146407  T
Q  246 ggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaagattttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaa 345  Q
    ||||||  || |     ||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||  ||  || ||| || || || ||| |||||||| |  |    
T  5146406 ggcatttgagattggggcatgttagtgaaagaggtttagttgaactagctaaacaagatttgctaaaaaaagataaattggacaagttagaattttgtga 5146307  T
Q  346 tcattacatactagacaaataacatagagtgaagtttg 383  Q
     |||| |||||||| |||  |||||||||| |||||||    
T  5146306 gcattgcatactaggcaagcaacatagagtaaagtttg 5146269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 69; Significance: 7e-31; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 4 - 383
Target Start/End: Original strand, 14738918 - 14739298
Alignment:
Q  4 gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt 103  Q
    ||||||||||||||||| ||||| | | || ||| |||| || ||  |||  ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |     
T  14738918 gtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgtaatttaatttccctaagcatgtttgataatctaggttattgcactagaataga 14739017  T
Q  104 gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat 202  Q
    ||||| | | ||| |||||||| |||||||||| |||||  | ||  | | ||  |||  || ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||    
T  14739018 gcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggtaaaggggtctagaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaat 14739117  T
Q  203 gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaag 302  Q
    | |||| |||||||||  |||||||||||||| | ||||||||||||||  || |     ||||| ||||| || |||||||| |||||||| |||||||    
T  14739118 gcatcggtagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggcatgttagtgagaggggtttagttgaactagctaaacaag 14739217  T
Q  303 attttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaataacatagagtgaagtttg 383  Q
     |||  |||| | ||| || || || |||||||||||| |  | |||| |||||||| |||| ||||||| ||||||||||    
T  14739218 gtttgctagggaaagataaattggacaagctagaattttgtgagcattgcatactaggcaaacaacatagggtgaagtttg 14739298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 4 - 383
Target Start/End: Original strand, 33332422 - 33332802
Alignment:
Q  4 gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt 103  Q
    ||||||||||||||||| ||||| | | || ||| |||| || || ||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |     
T  33332422 gtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccataagcatgtttgataatctaggttattgcactagaataga 33332521  T
Q  104 gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat 202  Q
    ||||| | | ||| |||||||| |||||||||| |||||  | ||  | | ||  |||  || ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||    
T  33332522 gcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggtaaaggggtctagaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaat 33332621  T
Q  203 gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaag 302  Q
    | |||| |||| ||||  |||| ||||||||| | ||||||||||||||  ||||     ||||| ||||| || |||||||| |||||||| |||||||    
T  33332622 gcatcggtagccagtgttgcatatcataataattctgaattgtggcatttgaggttggggcatgttagtgagaggggtttagttgaactagctaaacaag 33332721  T
Q  303 attttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaataacatagagtgaagtttg 383  Q
     |||  |||| | ||| || || || ||||| |||||| |  | |||| |||||||| |||| ||||||| ||||||||||    
T  33332722 gtttgctagggaaagataaattggacaagcttgaattttgtgaacattgcatactaggcaaacaacatagggtgaagtttg 33332802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 4 - 251
Target Start/End: Original strand, 24432667 - 24432915
Alignment:
Q  4 gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt 103  Q
    ||||||||||||||||| ||||| | | || ||| |||| || || ||||  ||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||| |||| |||||     
T  24432667 gtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccataagcatatttgatagtctaggttattgtactagaattga 24432766  T
Q  104 gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat 202  Q
    ||||| | | ||| |||||||| |||||||||| |||||  ||||| | | ||| ||| ||| ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||    
T  24432767 gcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggttaaagggtctaaaatgattggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaat 24432866  T
Q  203 gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcatt 251  Q
    | |||  ||||||||| || | |||||||||| |   ||||||||||||    
T  24432867 gcatcagtagctagtgtagtacctcataataattccaaattgtggcatt 24432915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 56 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 24077619 - 24077286
Alignment:
Q  56 aatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgtgcatgagatgtgtaaatttc--gaatggtgcattaattactct----taaat 149  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||  |||| ||||||| | |||||||||   | ||||| |||||||||   |    ||||     
T  24077619 aatttccataagcatgtttgatagtctaggttattgtactaggattgagcatgaggtttgtaaattttttgcatggtacattaattaggttattgtaaaa 24077520  T
Q  150 gttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcatgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggca 249  Q
    | | |||||||  || ||||||||||||||||||||  | |||||||| ||||| ||| ||| ||| || |||||| ||||  || | | ||||||||||    
T  24077519 ggtctaagatgaatggtttatacattttagatggttccattgtaattggtcatgcatcattaactactgtagcatcacatacaaattctaaattgtggca 24077420  T
Q  250 ttcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaagattttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcat 349  Q
    || ||||| |    ||||| ||||| |||||||| || ||  ||| ||||||| |||   ||||| ||| || || |||||| |||||||| |  |||||    
T  24077419 tttaaggttagggaatgtcggtgaacgaggtttaatataatgagctaaacaaggtttgcaaggaaaagataaattggataagttagaattttgtgatcat 24077320  T
Q  350 tacatactagacaaataacatagagtgaagtttg 383  Q
    | ||||||||  ||| |||||| |||||||||||    
T  24077319 tgcatactaggtaaacaacataaagtgaagtttg 24077286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 4 - 141
Target Start/End: Complemental strand, 29485328 - 29485190
Alignment:
Q  4 gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt 103  Q
    ||||||||||||||||| ||||| | | || ||| |||| || || ||||  ||||||| | ||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||     
T  29485328 gtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccctaagcatgtttaatagtctaggttattgcactagaattga 29485229  T
Q  104 gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattac 141  Q
    ||||||| | ||| |||||||| | |||||||| |||||    
T  29485228 gcatgaggtttgtaaaatttcgcagggtgcattgattac 29485190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 69; Significance: 7e-31; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 4 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 41396980 - 41396600
Alignment:
Q  4 gtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgt 103  Q
    ||||||||||||||||| ||||| | | || ||| |||| || || ||||  ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |     
T  41396980 gtgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccataagcatgtttgacaatctaggttattgcactagaataga 41396881  T
Q  104 gcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcat 202  Q
    ||||| | | ||| |||||||| |||||||||| |||||  | ||  | | ||  |||   | ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||    
T  41396880 gcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggtaaaggggtctagaatgaacggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaat 41396781  T
Q  203 gtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaag 302  Q
    | |||| |||||||||  |||||||||||||| | ||||||||||||||  || |     ||||| ||||| || |||||||| |||||||| |||||||    
T  41396780 gcatcgatagctagtgttgcatctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggcatgttagtgagaggggtttagttgaactagctaaacaag 41396681  T
Q  303 attttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaataacatagagtgaagtttg 383  Q
     |||  |||| | ||| || || || |||||||||||| |  | |||| |||||||| |||| ||||||| ||||||||||    
T  41396680 gtttgctagggaaagataaattggacaagctagaattttgtgagcattgcatactaggcaaacaacatagggtgaagtttg 41396600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 56 - 383
Target Start/End: Original strand, 47100216 - 47100544
Alignment:
Q  56 aatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgtgcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgtttt 154  Q
    ||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| | | ||| |||||||| |||||| ||| |||||  ||||| | | |    
T  47100216 aatttccctaagcatgtttgatagtctaggttattgcactagaattgagcatggggtttgtaaaatttcgcatggtgtattgattacgattaaagggtct 47100315  T
Q  155 aagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcatgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaa 254  Q
    || |||  || ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||| |||| |||||||||  | | |||||||||| | | ||||||||||||  |    
T  47100316 aaaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcggtagctagtgttgtacctcataataattctaaattgtggcatttga 47100415  T
Q  255 ggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaagattttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacat 354  Q
    | |     ||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||  |||||| ||| || || || |||||||||||| |  | |||| |||    
T  47100416 gattggggcatgttagtgaaagaggtttagttgaactagctaaacaaggtttgctaggaaaagataaattggacaagctagaattttgtgaacattgcat 47100515  T
Q  355 actagacaaataacatagagtgaagtttg 383  Q
    | ||| |||  |||||||||| |||||||    
T  47100516 attaggcaagcaacatagagtaaagtttg 47100544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 3 - 251
Target Start/End: Original strand, 9025143 - 9025392
Alignment:
Q  3 tgtgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattg 102  Q
    |||||||||||| ||||| ||||| | | || ||| |||| ||||| ||||  ||||||| | | ||||||||||| ||||| |||||||| || |||||    
T  9025143 tgtgaattccttctaaggtatgtgaggtttgttcccgaacttatgcgaaatttaatttccctaaacatgtttgatagtctagattattgcattagaattg 9025242  T
Q  103 tgcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatca 201  Q
       ||| | | | | |||||||| ||||||| ||||||||||||||| | | ||| |||  || |||||||||||||||||||| ||  ||||||| | |    
T  9025243 aatatggggtttatgaaatttcgcatggtgctttaattactcttaaagggtctaaaatgaatggtttatacattttagatggttctatagtaattggtaa 9025342  T
Q  202 tgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcatt 251  Q
    |||||||  |||||||| || | |||||||||| | |||||| |||||||    
T  9025343 tgtatcggcagctagtgtagtacctcataataattctgaattatggcatt 9025392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 64; Significance: 7e-28; HSPs: 2)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 5 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 1247 - 869
Alignment:
Q  5 tgaattccttttaaggcatgtgtgatatgatcctgaacctatgcaaaatgcaatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgtg 104  Q
    |||||||||||||||| ||||| | | || ||| |||| || || ||||  ||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |    
T  1247 tgaattccttttaagggatgtgaggtttgttcccgaacttaagcgaaatttaatttccctaagcatgtttgatagtctaggttattgcactagaattgag 1148  T
Q  105 catgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgttttaagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcatg 203  Q
    |||| | | ||| |||||||| |||||||||| |||||  ||||| | | ||| |||  || ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | |||    
T  1147 catgcggt-tgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggttaaagggtctaaaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaatg 1049  T
Q  204 tatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaaggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaaga 303  Q
     |||| | ||||| |  | | |||||||||| | ||||||||||||||  || |     ||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||| |     
T  1048 catcggtggctagcgttgtacctcataataattctgaattgtggcatttgagattggggcatgttagtgaaagaggtttagttgaactagctaaacaggg 949  T
Q  304 ttttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacatactagacaaataacatagagtgaagtttg 383  Q
    |||  |||||| ||| || || || |||||||||||| |  | |||| |||||||  |||  |||||||||| |||||||    
T  948 tttgctaggaaaagataaattggacaagctagaattttgtgagcattgcatactaagcaagaaacatagagtaaagtttg 869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #2
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 56 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 9352 - 9025
Alignment:
Q  56 aatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgtgcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgtttt 154  Q
    ||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| | | ||| |||||||| |||||||||| |||||  ||||| | | |    
T  9352 aatttccctaagcatgtttgatagtctaggttattgcactagaattgagcatgcggt-tgtaaaatttcgcatggtgcattgattacggttaaagggtct 9254  T
Q  155 aagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcatgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaa 254  Q
    || |||  || ||||||||||||||||||||  |  ||||||| | ||| |||| ||||||| |    | |||||||||| | ||||||||||||||  |    
T  9253 aaaatgaatggtttatacattttagatggttccatagtaattggtaatgcatcggtagctagagttaaaactcataataattctgaattgtggcatttga 9154  T
Q  255 ggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaagattttttaggaagagaaaatttagataagctagaatttagcaatcattacat 354  Q
    | |     ||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||| | |||  |||||| ||| || || || |||||||||||| |  | |||| |||    
T  9153 gattggggcatgttagtgaaagaggtttagttgaactagctaaacagggtttgctaggaaaagataaattggacaagctagaattttgtgagcattgcat 9054  T
Q  355 actagacaaataacatagagtgaagtttg 383  Q
    ||||  |||  |||||||||| |||||||    
T  9053 actaagcaagaaacatagagtaaagtttg 9025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0078 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0078
Description:

Target: scaffold0078; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 56 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 35699 - 35414
Alignment:
Q  56 aatttccattagcatgtttgataatctaggttattgcactaaaattgtgcatgagatgtgt-aaatttcgaatggtgcattaattactcttaaatgtttt 154  Q
    ||||||||  ||||||||| |||  |||||||||||||||| ||||| ||||| | | ||| |||||| | ||||||||||||||||  ||| | | | |    
T  35699 aatttccagaagcatgttttataggctaggttattgcactataattgagcatggggtttgtaaaattttgcatggtgcattaattacagttataaggtct 35600  T
Q  155 aagatgtttgatttatacattttagatggttttactgtaattgatcatgtatcgttagctagtgaagcatctcataataaatttgaattgtggcattcaa 254  Q
    || ||   || |||||| |||||| ||||||  |  ||||||| | ||| |||| ||| ||||| |||| || ||||||| | ||||||||||||||  |    
T  35599 aaaattaatggtttatatattttaaatggttccatagtaattggtaatgcatcggtaggtagtgtagcaccttataataattatgaattgtggcatttga 35500  T
Q  255 ggtgacaacatgtcagtgaaagaggtttagtagaactagcaaaacaagattttttaggaagagaaaatttagataagctagaattt 340  Q
    | |    | |||| ||||||||||||||||| |||| ||| ||||| | |||  |||||| ||| || || || ||||||||||||    
T  35499 gattgggaaatgttagtgaaagaggtttagttgaacaagctaaacacggtttgctaggaaaagataaattggacaagctagaattt 35414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University