View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14209_high_11 (Length: 318)

Name: NF14209_high_11
Description: NF14209
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14209_high_11
NF14209_high_11
[»] chr7 (18 HSPs)
chr7 (4-318)||(8017036-8017350)
chr7 (4-318)||(8102898-8103212)
chr7 (4-315)||(39985880-39986191)
chr7 (20-242)||(8635982-8636204)
chr7 (104-252)||(10494097-10494245)
chr7 (104-303)||(17268185-17268384)
chr7 (67-216)||(8667752-8667901)
chr7 (89-216)||(8671338-8671465)
chr7 (104-216)||(13333179-13333291)
chr7 (168-242)||(7877520-7877594)
chr7 (67-261)||(8590926-8591120)
chr7 (176-312)||(6789749-6789885)
chr7 (67-303)||(8602220-8602456)
chr7 (104-252)||(17260538-17260686)
chr7 (53-150)||(6789911-6790008)
chr7 (89-242)||(8654757-8654910)
chr7 (168-252)||(3147569-3147653)
chr7 (168-216)||(8659696-8659744)
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (11-300)||(54396672-54396961)
chr4 (20-312)||(23596224-23596516)
chr4 (140-312)||(23587492-23587664)
chr4 (164-253)||(35132744-35132833)
chr4 (67-216)||(9335577-9335726)
chr4 (188-312)||(30775489-30775613)
[»] chr2 (12 HSPs)
chr2 (4-314)||(17716316-17716626)
chr2 (6-216)||(17717579-17717789)
chr2 (168-315)||(16657304-16657451)
chr2 (4-204)||(17647658-17647858)
chr2 (173-252)||(12234986-12235065)
chr2 (4-102)||(17703672-17703770)
chr2 (116-240)||(12245141-12245265)
chr2 (116-242)||(7542533-7542659)
chr2 (4-97)||(17666312-17666405)
chr2 (175-251)||(17703843-17703919)
chr2 (49-96)||(17719774-17719821)
chr2 (175-216)||(17621745-17621786)
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (95-315)||(11133228-11133448)
chr6 (59-314)||(11196958-11197213)
chr6 (59-314)||(11156505-11156760)
chr6 (59-314)||(11200123-11200382)
chr6 (59-184)||(11161514-11161639)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (168-242)||(4678345-4678419)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 191; Significance: 1e-104; HSPs: 18)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 191; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 4 - 318
Target Start/End: Original strand, 8017036 - 8017350
Alignment:
Q  4 gagtgagatgaagctatggccttttaaggtcattgctggtcctggtgaaaagccaatgattggtgttaactataagggtgaggacaagcaatttgctgct 103  Q
    |||||| |||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  8017036 gagtgacatgaagttgtggccttttaaggttattgctggtcctggtgaaaagccaatgattggtgttaactacaagggtgaggacaagcaatttgctgct 8017135  T
Q  104 gaggaaatttcgtctatggtgctaataaagatgcgagagattgctgaagcttatctcggttcaactgtgaagaatgctgttgttactgtccctgcttact 203  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| || || |||||||    
T  8017136 gaggaaatttcgtctatggtactcataaagatgcgtgagattgctgaagcttacctcggttcaactgtgaagaatgccgttgttacagttccagcttact 8017235  T
Q  204 tcaacgattctcaacgtcaagcaactaaagatgctggtgttatcgctggtttgaatgttttgagaattattaacgagccaactgctgctgctattgcata 303  Q
    |||| ||||| || |||||||| || || ||||| ||||| || || ||  | ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||    
T  8017236 tcaatgattcgcagcgtcaagccacaaaggatgccggtgtcattgcaggactcaatgttttgagaattatcaacgagccaacagctgcagctattgcgta 8017335  T
Q  304 cggtcttgacaaaaa 318  Q
    ||| |||||||||||    
T  8017336 cggacttgacaaaaa 8017350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 171; E-Value: 8e-92
Query Start/End: Original strand, 4 - 318
Target Start/End: Complemental strand, 8103212 - 8102898
Alignment:
Q  4 gagtgagatgaagctatggccttttaaggtcattgctggtcctggtgaaaagccaatgattggtgttaactataagggtgaggacaagcaatttgctgct 103  Q
    |||||| |||||| | |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |  |||||  ||    
T  8103212 gagtgacatgaagttgtggccttttaaggttattgcgggtcctggtgaaaagccaatgattggtgttaactacaagggtgaggaaaaactgtttgcgtct 8103113  T
Q  104 gaggaaatttcgtctatggtgctaataaagatgcgagagattgctgaagcttatctcggttcaactgtgaagaatgctgttgttactgtccctgcttact 203  Q
    |||||||| || || |||||  | || |||||||| |||||||| ||||||||||| |||   ||  | |||||||| || || ||||||||||||||||    
T  8103112 gaggaaatctcatccatggttttgattaagatgcgtgagattgccgaagcttatcttggtgtcaccattaagaatgccgtcgtcactgtccctgcttact 8103013  T
Q  204 tcaacgattctcaacgtcaagcaactaaagatgctggtgttatcgctggtttgaatgttttgagaattattaacgagccaactgctgctgctattgcata 303  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  8103012 tcaatgattctcagcgtcaagcaactaaagatgctggtgttatcgctggtttaaatgttttgagaattattaatgagccaactgctgctgctattgccta 8102913  T
Q  304 cggtcttgacaaaaa 318  Q
    |||||||||||||||    
T  8102912 cggtcttgacaaaaa 8102898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 4 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 39986191 - 39985880
Alignment:
Q  4 gagtgagatgaagctatggccttttaaggtcattgctggtcctggtgaaaagccaatgattggtgttaactataagggtgaggacaagcaatttgctgct 103  Q
    |||||| |||||| | |||||||||||| | ||| |||| || | |||||||||| | |||||||||||||| || ||||| || ||| ||||||||||     
T  39986191 gagtgacatgaagttgtggccttttaagattatttctgggccagctgaaaagccacttattggtgttaactacaaaggtgaagataaggaatttgctgcc 39986092  T
Q  104 gaggaaatttcgtctatggtgctaataaagatgcgagagattgctgaagcttatctcggttcaactgtgaagaatgctgttgttactgtccctgcttact 203  Q
    || || || || || ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| || || |||||  |  | |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39986091 gaagagatctcttccatggtgctaatgaagatgcgtgagattgccgaagcgtaccttggttctgccattaagaatgctgttgttactgtccctgcttact 39985992  T
Q  204 tcaacgattctcaacgtcaagcaactaaagatgctggtgttatcgctggtttgaatgttttgagaattattaacgagccaactgctgctgctattgcata 303  Q
    | || || || || |||||||| || || |||||||| ||||| || ||| | |||||  || ||||||| || ||||| ||||||||||| ||||| ||    
T  39985991 ttaatgactcccagcgtcaagctaccaaggatgctggagttattgccggtcttaatgtcatgcgaattatcaatgagcccactgctgctgccattgctta 39985892  T
Q  304 cggtcttgacaa 315  Q
     |||||||||||    
T  39985891 tggtcttgacaa 39985880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 20 - 242
Target Start/End: Original strand, 8635982 - 8636204
Alignment:
Q  20 tggccttttaaggtcattgctggtcctggtgaaaagccaatgattggtgttaactataagggtgaggacaagcaatttgctgctgaggaaatttcgtcta 119  Q
    ||||| |||||||| |||||||||| || ||| || || ||||||| ||| || || ||||||||  | |||||| ||  | |||||||||| |||||||    
T  8635982 tggccctttaaggtaattgctggtcgtgatgacaaacccatgattgttgtgaaatacaagggtgaacaaaagcaactttttcctgaggaaatatcgtcta 8636081  T
Q  120 tggtgctaataaagatgcgagagattgctgaagcttatctcggttcaactgtgaagaatgctgttgttactgtccctgcttacttcaacgattctcaacg 219  Q
    |||| || | ||||||||||||||||||||| || ||||| |  ||| |||| |||||||| ||  ||||||| || ||||| ||||| |||||||| ||    
T  8636082 tggtcctgacaaagatgcgagagattgctgaggcatatctggaatcatctgtcaagaatgcagtcattactgtgcccgcttatttcaatgattctcagcg 8636181  T
Q  220 tcaagcaactaaagatgctggtg 242  Q
    | || | || |||||||||||||    
T  8636182 taaatccaccaaagatgctggtg 8636204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 104 - 252
Target Start/End: Original strand, 10494097 - 10494245
Alignment:
Q  104 gaggaaatttcgtctatggtgctaataaagatgcgagagattgctgaagcttatctcggttcaactgtgaagaatgctgttgttactgtccctgcttact 203  Q
    |||||||| || |||||||| || ||||||||||||||| |||| || || ||| | || ||| | || |||||||||||||||||||| || |||||||    
T  10494097 gaggaaatatcatctatggtccttataaagatgcgagaggttgcagaggcatatttggggtcaccagtcaagaatgctgttgttactgtgccggcttact 10494196  T
Q  204 tcaacgattctcaacgtcaagcaactaaagatgctggtgttatcgctgg 252  Q
    ||||||||||||||||  | || ||||  |||||||||| ||| |||||    
T  10494197 tcaacgattctcaacgaaaggctactattgatgctggtgctattgctgg 10494245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 52; E-Value: 8e-21
Query Start/End: Original strand, 104 - 303
Target Start/End: Complemental strand, 17268384 - 17268185
Alignment:
Q  104 gaggaaatttcgtctatggtgctaataaagatgcgagagattgctgaagcttatctcggttcaactgtgaagaatgctgttgttactgtccctgcttact 203  Q
    |||||||||||||||||||| || | ||||||||| ||||||||||| |  ||||| |  ||| | || | |||||||||  |||||||||| |||||||    
T  17268384 gaggaaatttcgtctatggtactcacaaagatgcgggagattgctgaggaatatctagaatcatcggttatgaatgctgtcattactgtcccggcttact 17268285  T
Q  204 tcaacgattctcaacgtcaagcaactaaagatgctggtgttatcgctggtttgaatgttttgagaattattaacgagccaactgctgctgctattgcata 303  Q
    ||||||||||||| ||  |||| || | |||||||||||| || |||||  | ||||| ||||   | || || || ||||||||||| |||||||||||    
T  17268284 tcaacgattctcagcgaaaagccaccatagatgctggtgtcattgctggccttaatgtattgaaggtaatcaatgaaccaactgctgcagctattgcata 17268185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 67 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 8667901 - 8667752
Alignment:
Q  67 tgttaactataagggtgaggacaagcaatttgctgctgaggaaatttcgtctatggtgctaataaagatgcgagagattgctgaagcttatctcggttca 166  Q
    |||||| || |||||| | || ||||| |||  |||||||||||| || ||||||||||| | ||||||||||||| |||| || || ||||| || ||     
T  8667901 tgttaagtacaagggtcaagagaagcacttttgtgctgaggaaatatcttctatggtgcttacaaagatgcgagaggttgcggaggcatatctggggtcg 8667802  T
Q  167 actgtgaagaatgctgttgttactgtccctgcttacttcaacgattctca 216  Q
     | || |||||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||||||    
T  8667801 ccggtcaagaatgccgttgttactgtgccagcttacttcaatgattctca 8667752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 89 - 216
Target Start/End: Original strand, 8671338 - 8671465
Alignment:
Q  89 aagcaatttgctgctgaggaaatttcgtctatggtgctaataaagatgcgagagattgctgaagcttatctcggttcaactgtgaagaatgctgttgtta 188  Q
    |||||||||  |||||||||||| || ||||||||||| | ||||||||||||| |||| || || ||||| |  ||| | || |||||||| |||||||    
T  8671338 aagcaattttgtgctgaggaaatatcttctatggtgcttacaaagatgcgagaggttgcggaggcatatctggagtcaccggtcaagaatgccgttgtta 8671437  T
Q  189 ctgtccctgcttacttcaacgattctca 216  Q
    | || || ||||||||||| ||||||||    
T  8671438 ccgtgccagcttacttcaatgattctca 8671465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 104 - 216
Target Start/End: Original strand, 13333179 - 13333291
Alignment:
Q  104 gaggaaatttcgtctatggtgctaataaagatgcgagagattgctgaagcttatctcggttcaactgtgaagaatgctgttgttactgtccctgcttact 203  Q
    |||||||| || |||||||| || | ||||||||||||| |||| || || ||| | || ||| | || |||||||| ||||||||||| || |||||||    
T  13333179 gaggaaatatcatctatggtccttacaaagatgcgagaggttgcagaggcatatatggggtcaccagtcaagaatgccgttgttactgtgccggcttact 13333278  T
Q  204 tcaacgattctca 216  Q
    |||| ||||||||    
T  13333279 tcaatgattctca 13333291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 168 - 242
Target Start/End: Original strand, 7877520 - 7877594
Alignment:
Q  168 ctgtgaagaatgctgttgttactgtccctgcttacttcaacgattctcaacgtcaagcaactaaagatgctggtg 242  Q
    |||| |||||||| ||||||||||| || ||||| ||||| |||||||||||  |||| || |||||||||||||    
T  7877520 ctgtcaagaatgcagttgttactgtgccggcttatttcaatgattctcaacgaaaagccacaaaagatgctggtg 7877594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 67 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 8591120 - 8590926
Alignment:
Q  67 tgttaactataagggtgaggacaagcaatttgctgctgaggaaatttcgtctatggtgctaataaagatgcgagagattgctgaagcttatctcggttca 166  Q
    |||||| || ||||||||||| ||||   ||  ||| |||||||| || || ||||| || | ||||||||||||||||||||||   | | | |  |||    
T  8591120 tgttaagtacaagggtgaggaaaagcgtctttgtgcggaggaaatctcatccatggttctcacaaagatgcgagagattgctgaaaagtttttggagtca 8591021  T
Q  167 actgtgaagaatgctgttgttactgtccctgcttacttcaacgattctcaacgtcaagcaactaaagatgctggtgttatcgctggtttgaatgt 261  Q
     |||| |||||||| ||||||||||| || ||||| || || ||||||||  |  |||| || |||||||||||||| || ||||| ||||||||    
T  8591020 cctgtcaagaatgcagttgttactgtgccagcttattttaatgattctcagaggaaagctaccaaagatgctggtgtcattgctggcttgaatgt 8590926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 176 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 6789885 - 6789749
Alignment:
Q  176 aatgctgttgttactgtccctgcttacttcaacgattctcaacgtcaagcaactaaagatgctggtgttatcgctggtttgaatgttttgagaattatta 275  Q
    ||||| ||| ||||||| |||||||| ||||| |||||||||||  |||| |||  |||||||||||  || |||||| | |||||| |  |||| || |    
T  6789885 aatgcagttattactgtgcctgcttatttcaatgattctcaacggaaagccactttagatgctggtgccattgctggtcttaatgttatacgaataatca 6789786  T
Q  276 acgagccaactgctgctgctattgcatacggtcttga 312  Q
    | || ||||| ||||||||| ||||||| || |||||    
T  6789785 atgaaccaacagctgctgctcttgcatatggccttga 6789749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 67 - 303
Target Start/End: Complemental strand, 8602456 - 8602220
Alignment:
Q  67 tgttaactataagggtgaggacaagcaatttgctgctgaggaaatttcgtctatggtgctaataaagatgcgagagattgctgaagcttatctcggttca 166  Q
    |||||| |||||||||| ||| ||||| ||   |||||||||||| || || ||||| || | ||||||||| || ||||| ||    | ||| |  |||    
T  8602456 tgttaagtataagggtggggaaaagcacttctgtgctgaggaaatctcatcaatggtccttacaaagatgcgtgaaattgcagagaagtttctggagtca 8602357  T
Q  167 actgtgaagaatgctgttgttactgtccctgcttacttcaacgattctcaacgtcaagcaactaaagatgctggtgttatcgctggtttgaatgttttga 266  Q
     |||| |||||||| ||||||||||| || ||||| || || |||||||| ||  |||| || |||||||||||||  || |||||| | |||||  ||     
T  8602356 cctgtcaagaatgcagttgttactgtgccggcttattttaatgattctcagcgaaaagccacaaaagatgctggtgccattgctggtctcaatgtaatgc 8602257  T
Q  267 gaattattaacgagccaactgctgctgctattgcata 303  Q
    | || || || ||||||||||| |||||| |||||||    
T  8602256 ggataatcaatgagccaactgcagctgctcttgcata 8602220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 104 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 17260686 - 17260538
Alignment:
Q  104 gaggaaatttcgtctatggtgctaataaagatgcgagagattgctgaagcttatctcggttcaactgtgaagaatgctgttgttactgtccctgcttact 203  Q
    |||||||| ||||||||||| ||  | |||||||| ||||||||||| |  ||||| |  ||| | || |  |||| |||| ||||||| |||||||| |    
T  17260686 gaggaaatctcgtctatggtacttgtgaagatgcgggagattgctgaggtatatcttgaatcatcggttattaatgttgttattactgttcctgcttatt 17260587  T
Q  204 tcaacgattctcaacgtcaagcaactaaagatgctggtgttatcgctgg 252  Q
    |||| |||||||| ||  |||| || | ||||||||||||||| |||||    
T  17260586 tcaatgattctcagcgaaaagccaccatagatgctggtgttattgctgg 17260538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 53 - 150
Target Start/End: Complemental strand, 6790008 - 6789911
Alignment:
Q  53 aagccaatgattggtgttaactataagggtgaggacaagcaatttgctgctgaggaaatttcgtctatggtgctaataaagatgcgagagattgctga 150  Q
    ||||| ||||||| |||| | |||||||||||||| |||||| |   || ||||||| ||||||||||| | || |  |||||||| |||||||||||    
T  6790008 aagcccatgattgttgttgagtataagggtgaggagaagcaactatgtgttgaggaagtttcgtctatgatcctcaccaagatgcgggagattgctga 6789911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 89 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 8654910 - 8654757
Alignment:
Q  89 aagcaatttgctgctgaggaaatttcgtctatggtgctaataaagatgcgagagattgctgaagcttatctcggttcaactgtgaagaatgctgttgtta 188  Q
    |||||||||  |||||||||||| || |||  ||| || | |||||||||||||||||| || || || || || ||| | || || ||||  |||||||    
T  8654910 aagcaattttgtgctgaggaaatatcatctgcggttcttacaaagatgcgagagattgcagaggcataccttggatcacccgtcaaaaatgtcgttgtta 8654811  T
Q  189 ctgtccctgcttacttcaacgattctcaacgtcaagcaactaaagatgctggtg 242  Q
    |||| || || |||||||| || ||||| ||  ||||||| | |||||||||||    
T  8654810 ctgtgccggcatacttcaatgactctcagcgaaaagcaaccatagatgctggtg 8654757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 168 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 3147653 - 3147569
Alignment:
Q  168 ctgtgaagaatgctgttgttactgtccctgcttacttcaacgattctcaacgtcaagcaactaaagatgctggtgttatcgctgg 252  Q
    |||| |||||||| |||||||| || |||||||| ||||| ||| |||| ||  |||| || | ||||||||||||||| |||||    
T  3147653 ctgtcaagaatgcagttgttaccgtacctgcttatttcaatgatgctcagcggaaagcgacaatagatgctggtgttattgctgg 3147569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 168 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 8659744 - 8659696
Alignment:
Q  168 ctgtgaagaatgctgttgttactgtccctgcttacttcaacgattctca 216  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||||| || ||||| ||||||||    
T  8659744 ctgtgaagaatgctgttgttacagtgcctgcatagttcaatgattctca 8659696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 94; Significance: 7e-46; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 94; E-Value: 7e-46
Query Start/End: Original strand, 11 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 54396961 - 54396672
Alignment:
Q  11 atgaagctatggccttttaaggtcattgctggtcctggtgaaaagccaatgattggtgttaactataagggtgaggacaagcaatttgctgctgaggaaa 110  Q
    ||||| |||||||| ||||| ||| || | ||||| | |||||| || ||||| | |||||| || || ||||| || ||| ||||||| || |||||||    
T  54396961 atgaaactatggccgtttaaagtcgttccaggtcccgctgaaaaacctatgatcgttgttaattacaaaggtgaagagaagaaatttgcagcagaggaaa 54396862  T
Q  111 tttcgtctatggtgctaataaagatgcgagagattgctgaagcttatctcggttcaactgtgaagaatgctgttgttactgtccctgcttacttcaacga 210  Q
    |||| || |||||| | || |||||| ||||  |||||||||||| ||| |||    | ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||    
T  54396861 tttcttcaatggtgttgatcaagatgagagaagttgctgaagcttttcttggtcatccagtgaagaatgctgttgttactgttcctgcttatttcaatga 54396762  T
Q  211 ttctcaacgtcaagcaactaaagatgctggtgttatcgctggtttgaatgttttgagaattattaacgagccaactgctgctgctattgc 300  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||||| |||  | ||||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||||| |||||    
T  54396761 ttctcaacgtcaagctacgaaagatgctggtgctatttcgggtttgaatgtgttgaggattattaatgagcctactgctgctgcaattgc 54396672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 69; E-Value: 6e-31
Query Start/End: Original strand, 20 - 312
Target Start/End: Original strand, 23596224 - 23596516
Alignment:
Q  20 tggccttttaaggtcattgctggtcctggtgaaaagccaatgattggtgttaactataagggtgaggacaagcaatttgctgctgaggaaatttcgtcta 119  Q
    ||||| || ||||||||| |||| |||| ||| || |||||||| |  || ||||| ||||  ||||| ||||||||| ||||||| || || || || |    
T  23596224 tggccgttcaaggtcattcctggccctgctgacaaaccaatgatcgtggtgaactacaaggcagaggagaagcaattttctgctgaagagatatcttcca 23596323  T
Q  120 tggtgctaataaagatgcgagagattgctgaagcttatctcggttcaactgtgaagaatgctgttgttactgtccctgcttacttcaacgattctcaacg 219  Q
    |||| || || ||||||   ||||| || || ||||| || ||| ||||  | |||||||| ||||| || || ||||| |||||||||||||| |||||    
T  23596324 tggttcttatgaagatgaaggagatcgcagaggcttaccttggtacaacaattaagaatgccgttgtaaccgtgcctgcatacttcaacgattcacaacg 23596423  T
Q  220 tcaagcaactaaagatgctggtgttatcgctggtttgaatgttttgagaattattaacgagccaactgctgctgctattgcatacggtcttga 312  Q
    |||||| ||||| ||||||||||| ||  ||||  | |||||  ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || ||||||||    
T  23596424 tcaagctactaaggatgctggtgtcatttctggactcaatgtgatgagaattattaacgagcccactgctgccgctattgcttatggtcttga 23596516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 140 - 312
Target Start/End: Original strand, 23587492 - 23587664
Alignment:
Q  140 gagattgctgaagcttatctcggttcaactgtgaagaatgctgttgttactgtccctgcttacttcaacgattctcaacgtcaagcaactaaagatgctg 239  Q
    |||||||| || |||||||| ||| ||||  | |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||| |    
T  23587492 gagattgcagaggcttatcttggtacaacgattaagaatgccgttgtaactgtgcctgcttacttcaacgattcacaacgtcaagctacaaaagatgccg 23587591  T
Q  240 gtgttatcgctggtttgaatgttttgagaattattaacgagccaactgctgctgctattgcatacggtcttga 312  Q
    |||| ||  ||||  | ||||| |||||||||||||| || || || |||||||||||||| || ||||||||    
T  23587592 gtgtcatttctggactcaatgtgttgagaattattaatgaacctaccgctgctgctattgcttatggtcttga 23587664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 164 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 35132833 - 35132744
Alignment:
Q  164 tcaactgtgaagaatgctgttgttactgtccctgcttacttcaacgattctcaacgtcaagcaactaaagatgctggtgttatcgctggt 253  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| || |  |||||||||||  |||| |||| ||||||||||| ||| ||||||    
T  35132833 tcaactgttaagaatgcagttgttactgtgcctgcttattttagtgattctcaacgaaaagccactatagatgctggtgctattgctggt 35132744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 67 - 216
Target Start/End: Original strand, 9335577 - 9335726
Alignment:
Q  67 tgttaactataagggtgaggacaagcaatttgctgctgaggaaatttcgtctatggtgctaataaagatgcgagagattgctgaagcttatctcggttca 166  Q
    ||||||||| |||||| | || ||||| |||  |||||||||||| || |||||| |||| | ||||||| ||||| |||| || || ||| | || ||     
T  9335577 tgttaactacaagggtcaagagaagcacttttgtgctgaggaaatatcttctatgttgcttacaaagatgagagaggttgcggaggcatatttggggtcg 9335676  T
Q  167 actgtgaagaatgctgttgttactgtccctgcttacttcaacgattctca 216  Q
     | || |||||||| |||||||| || || ||||||||||| ||||||||    
T  9335677 ccggtcaagaatgccgttgttaccgtgccagcttacttcaatgattctca 9335726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 188 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 30775613 - 30775489
Alignment:
Q  188 actgtccctgcttacttcaacgattctcaacgtcaagcaactaaagatgctggtgttatcgctggtttgaatgttttgagaattattaacgagccaactg 287  Q
    ||||| |||||||| ||||| ||| | || ||  |||| ||||  ||||||||||  || |||||| | |||||| ||||||| ||||| ||||| ||||    
T  30775613 actgtgcctgcttatttcaatgatgcacagcgaaaagccactatggatgctggtgccattgctggtcttaatgttatgagaataattaatgagcccactg 30775514  T
Q  288 ctgctgctattgcatacggtcttga 312  Q
    | || ||||||||||| || |||||    
T  30775513 cagcagctattgcatatggacttga 30775489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 55; Significance: 1e-22; HSPs: 12)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 4 - 314
Target Start/End: Original strand, 17716316 - 17716626
Alignment:
Q  4 gagtgagatgaagctatggccttttaaggtcattgctggtcctggtgaaaagccaatgattggtgttaactataagggtgaggacaagcaatttgctgct 103  Q
    |||||| |||||| | |||||||||||| | ||| |||| || | ||||||||||||||||||||||||||| |  ||| | |  ||||||||||| ||     
T  17716316 gagtgatatgaagttgtggccttttaagataatttctggcccggatgaaaagccaatgattggtgttaactacagtggtaaagttaagcaatttgccgca 17716415  T
Q  104 gaggaaatttcgtctatggtgctaataaagatgcgagagattgctgaagcttatctcggttcaactgtgaagaatgctgttgttactgtccctgcttact 203  Q
    || || || || || ||||| || |  |||||||| ||| ||||||| || || || || ||  |  | |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  17716416 gaagagatctcttccatggtactcacgaagatgcgtgaggttgctgaggcctaccttggctctgccattaagaatgccgttgttactgtccctgcttact 17716515  T
Q  204 tcaacgattctcaacgtcaagcaactaaagatgctggtgttatcgctggtttgaatgttttgagaattattaacgagccaactgctgctgctattgcata 303  Q
    | ||   ||||||  | ||||| |||||  ||||||||| ||| |||||| | ||| |  ||||||||||||| ||||| |||||||| || ||||| ||    
T  17716516 ttaatttttctcagagacaagctactaagcatgctggtgctattgctggtcttaatttcatgagaattattaatgagcccactgctgcagccattgctta 17716615  T
Q  304 cggtcttgaca 314  Q
     ||| ||||||    
T  17716616 tggttttgaca 17716626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 6 - 216
Target Start/End: Original strand, 17717579 - 17717789
Alignment:
Q  6 gtgagatgaagctatggccttttaaggtcattgctggtcctggtgaaaagccaatgattggtgttaactataagggtgaggacaagcaatttgctgctga 105  Q
    |||| |||||| | |||||||||||| | ||| |||| |  ||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| || |||||||||||||| ||    
T  17717579 gtgatatgaagttgtggccttttaagataatttctggcctgggtgaaaagccaatgattggtgtaaactacaatggtgaagataagcaatttgctgcaga 17717678  T
Q  106 ggaaatttcgtctatggtgctaataaagatgcgagagattgctgaagcttatctcggttcaactgtgaagaatgctgttgttactgtccctgcttacttc 205  Q
     || || || || ||||| ||    |||||||| |||||||| || || ||  | ||||| ||  | | |||||| |||||||||||||||||||||||     
T  17717679 agagatctcttccatggtactctggaagatgcgtgagattgcagaggcctactttggttctaccattaggaatgccgttgttactgtccctgcttacttt 17717778  T
Q  206 aacgattctca 216  Q
    || ||||||||    
T  17717779 aatgattctca 17717789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 168 - 315
Target Start/End: Original strand, 16657304 - 16657451
Alignment:
Q  168 ctgtgaagaatgctgttgttactgtccctgcttacttcaacgattctcaacgtcaagcaactaaagatgctggtgttatcgctggtttgaatgttttgag 267  Q
    |||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| || ||  |||| || | |||||||||||  ||||||||  | |||||  |  |    
T  16657304 ctgtcaagaatgctgttgttactgtgccagcttacttcaatgattcgcagcgaaaagccaccatagatgctggtgccatcgctggccttaatgtcattcg 16657403  T
Q  268 aattattaacgagccaactgctgctgctattgcatacggtcttgacaa 315  Q
    |||||| || || || |||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  16657404 aattatcaatgaacctactgctgcagctattgcatatggtcttgacaa 16657451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 4 - 204
Target Start/End: Original strand, 17647658 - 17647858
Alignment:
Q  4 gagtgagatgaagctatggccttttaaggtcattgctggtcctgg-tgaaaagccaatgattggtgttaactataagggtgaggacaagcaatttgctgc 102  Q
    |||||| |||||| | |||||||||||| | ||| |||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||| || ||||| || ||||||||||| ||    
T  17647658 gagtgatatgaagttgtggccttttaagataatttctgg-cctggatgaaaagccaatgattgttgttaactacaatggtgaagataagcaatttgccgc 17647756  T
Q  103 tgaggaaatttcgtctatggtgctaataaagatgcgagagattgctgaagcttatctcggttcaactgtgaagaatgctgttgttactgtccctgcttac 202  Q
     || || || ||  | ||||| || || ||||| |||||| ||||||| || || || || ||  |  | ||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  17647757 agaagagatctctgccatggtactcatgaagattcgagaggttgctgaggcctaccttggctctgccattaaggatgctgttgttactttccctgcttac 17647856  T
Q  203 tt 204  Q
    ||    
T  17647857 tt 17647858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 173 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 12235065 - 12234986
Alignment:
Q  173 aagaatgctgttgttactgtccctgcttacttcaacgattctcaacgtcaagcaactaaagatgctggtgttatcgctgg 252  Q
    |||||||| |||||||| || |||||||| ||||| |||||||||||  ||||||||| |||||||||||| || |||||    
T  12235065 aagaatgcagttgttaccgtgcctgcttatttcaatgattctcaacgaaaagcaactatagatgctggtgtcattgctgg 12234986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 4 - 102
Target Start/End: Original strand, 17703672 - 17703770
Alignment:
Q  4 gagtgagatgaagctatggccttttaaggtcattgctggtcctggtgaaaagccaatgattggtgttaactataagggtgaggacaagcaatttgctgc 102  Q
    |||||| |||||| | |||||||||||| | ||| |||| || | ||| ||||||||||||||||||||||| || ||||| || ||||||||| ||||    
T  17703672 gagtgatatgaagttgtggccttttaagattatttctggcccggatgataagccaatgattggtgttaactacaatggtgaagataagcaatttactgc 17703770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 116 - 240
Target Start/End: Original strand, 12245141 - 12245265
Alignment:
Q  116 tctatggtgctaataaagatgcgagagattgctgaagcttatctcggttcaactgtgaagaatgctgttgttactgtccctgcttacttcaacgattctc 215  Q
    |||||||| |||| |||||||||||| |||||||| || ||| | |  ||| | || |||||||||||||||||||| |||||||| || |  |||||||    
T  12245141 tctatggtactaacaaagatgcgagaaattgctgaggcatatttagaatcaccggtaaagaatgctgttgttactgtacctgcttattttagtgattctc 12245240  T
Q  216 aacgtcaagcaactaaagatgctgg 240  Q
    | ||  ||||||| | |||||||||    
T  12245241 agcgaaaagcaacgatagatgctgg 12245265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 116 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 7542659 - 7542533
Alignment:
Q  116 tctatggtgctaataaagatgcgagagattgctgaagcttatctcggttcaactgtgaagaatgctgttgttactgtccctgcttacttcaacgattctc 215  Q
    |||||||| || | |||||||||||| ||||||||  | ||| | |   ||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||| || || |||||||    
T  7542659 tctatggtactcacaaagatgcgagaaattgctgagtcgtatttagaaacaactgtgacgaatgcagttgttactgtacctgcttattttaatgattctc 7542560  T
Q  216 aacgtcaagcaactaaagatgctggtg 242  Q
    ||||  |||| |||| |||||| ||||    
T  7542559 aacgaaaagccactatagatgcgggtg 7542533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 4 - 97
Target Start/End: Original strand, 17666312 - 17666405
Alignment:
Q  4 gagtgagatgaagctatggccttttaaggtcattgctggtcctggtgaaaagccaatgattggtgttaactataagggtgaggacaagcaattt 97  Q
    |||||| |||||| | ||||| |||||| | ||| |||| ||   ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||    
T  17666312 gagtgatatgaagttgtggccatttaagattatttctggcccgtatgaaaagcctatgattggtgttaactacaagggtgaagataagcaattt 17666405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 175 - 251
Target Start/End: Original strand, 17703843 - 17703919
Alignment:
Q  175 gaatgctgttgttactgtccctgcttacttcaacgattctcaacgtcaagcaactaaagatgctggtgttatcgctg 251  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| ||  |||||||  | ||||| ||||| ||||||| |||||| ||||    
T  17703843 gaatgctgttgttactgtccctgtttactttaataattctcagagacaagctactaaggatgctgctgttattgctg 17703919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000007
Query Start/End: Original strand, 49 - 96
Target Start/End: Original strand, 17719774 - 17719821
Alignment:
Q  49 tgaaaagccaatgattggtgttaactataagggtgaggacaagcaatt 96  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||| | || ||||||||    
T  17719774 tgaaaagccaatgattggtgttaactacaagggtaatgataagcaatt 17719821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 175 - 216
Target Start/End: Original strand, 17621745 - 17621786
Alignment:
Q  175 gaatgctgttgttactgtccctgcttacttcaacgattctca 216  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||    
T  17621745 gaatgctgttgttactgtccctgtttactttaatgattctca 17621786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 45; Significance: 1e-16; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 95 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 11133448 - 11133228
Alignment:
Q  95 tttgctgctgaggaaatttcgtctatggtgctaataaagatgcgagagattgctgaagcttatctcggttcaactgtgaagaatgctgttgttactgtcc 194  Q
    ||||||||||||||||| || || |||||  | | ||| || || |||||||| |||| ||| || || ||||| |||||| |||  ||| | ||||| |    
T  11133448 tttgctgctgaggaaatatcatcaatggtattgacaaaaattcgtgagattgcagaagtttaccttggatcaacagtgaaggatgtcgttataactgttc 11133349  T
Q  195 ctgcttacttcaacgattctcaacgtcaagcaactaaagatgctggtgttatcgctggtttgaatgttttgagaattattaacgagccaactgctgctgc 294  Q
    |||||||||| || || || ||||| ||||| |||| |||||| |||||||| || ||| | || ||| || |||| || |||||||| || || |||||    
T  11133348 ctgcttactttaatgactcgcaacgccaagctactagagatgcaggtgttattgcaggtctcaacgttatgcgaataatcaacgagcctacagcagctgc 11133249  T
Q  295 tattgcatacggtcttgacaa 315  Q
     |||||||| |||||||||||    
T  11133248 aattgcatatggtcttgacaa 11133228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 59 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 11197213 - 11196958
Alignment:
Q  59 atgattggtgttaactataagggtgaggacaagcaatttgctgctgaggaaatttcgtctatggtgctaataaagatgcgagagattgctgaagcttatc 158  Q
    ||||||| |||||||||||| |  ||||| ||||| ||||||||||| ||||| || || |||||  |   ||| |||   ||||| ||||||||||| |    
T  11197213 atgattgttgttaactataatgacgaggaaaagcattttgctgctgaagaaatctcatcgatggtattggcaaaaatggccgagatagctgaagcttacc 11197114  T
Q  159 tcggttcaactgtgaagaatgctgttgttactgtccctgcttacttcaacgattctcaacgtcaagcaactaaagatgctggtgttatcgctggtttgaa 258  Q
    | || ||||| |||||| ||| |||| | ||||| ||||||||||| || || || ||||| ||  | |||  |||||| |||||||| |||||  | ||    
T  11197113 ttggatcaacagtgaaggatgttgttataactgtgcctgcttactttaatgactcacaacgccagtccactcgagatgcgggtgttattgctggcctcaa 11197014  T
Q  259 tgttttgagaattattaacgagccaactgctgctgctattgcatacggtcttgaca 314  Q
    |||| || |||| || || |||||  |||| ||||| |||||||| ||||||||||    
T  11197013 tgttatgcgaataatcaatgagccttctgcagctgcaattgcatatggtcttgaca 11196958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 59 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 11156760 - 11156505
Alignment:
Q  59 atgattggtgttaactataagggtgaggacaagcaatttgctgctgaggaaatttcgtctatggtgctaataaagatgcgagagattgctgaagcttatc 158  Q
    ||||||| |||||||||||| |  ||||| ||||| ||||||||||| ||||| || || |||||  |   ||| |||   ||||| ||||||| ||| |    
T  11156760 atgattgttgttaactataaagacgaggaaaagcattttgctgctgaagaaatctcatcgatggtattggcaaaaatggccgagatagctgaagtttacc 11156661  T
Q  159 tcggttcaactgtgaagaatgctgttgttactgtccctgcttacttcaacgattctcaacgtcaagcaactaaagatgctggtgttatcgctggtttgaa 258  Q
    | || ||||| |||||| ||| |||| | ||||| ||||||||||| || || || ||||| ||  | ||  ||||||| |||||||| |||||  | ||    
T  11156660 ttggatcaacagtgaaggatgttgttataactgtgcctgcttactttaatgactcacaacgccagtccacccaagatgcgggtgttattgctggcctcaa 11156561  T
Q  259 tgttttgagaattattaacgagccaactgctgctgctattgcatacggtcttgaca 314  Q
    |||| || |||| || || |||||  |||| ||||| |||||||| ||||||||||    
T  11156560 tgttatgcgaataatcaatgagccttctgcagctgcaattgcatatggtcttgaca 11156505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 59 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 11200382 - 11200123
Alignment:
Q  59 atgattggtgttaactataagggtgaggacaagcaatttgctgctgaggaaatttcgtctatggtgctaataaagatgcgagagattgctgaagcttatc 158  Q
    ||||||| |||||||||||| |  ||||| ||||| |||||||| || ||||| || || |||||  | | ||| ||| | ||||||||||||||||| |    
T  11200382 atgattgttgttaactataatgacgaggaaaagcattttgctgcagaagaaatctcatccatggtattgacaaaaatgggcgagattgctgaagcttacc 11200283  T
Q  159 tcggttcaactgtgaagaatgctgttgttactgtccctgcttacttcaacgattctcaacgt----caagcaactaaagatgctggtgttatcgctggtt 254  Q
    | || ||||| |||||| ||| |||| | | ||| ||| | ||||| || ||||| ||||||    ||  | |||  |||||| |||| ||| |||||      
T  11200282 ttggatcaacagtgaaggatgttgttataattgtgcctacatactttaatgattcacaacgtacgccagtctacttgagatgcgggtgctattgctggcc 11200183  T
Q  255 tgaatgttttgagaattattaacgagccaactgctgctgctattgcatacggtcttgaca 314  Q
    | ||||||||| |||| || || |||||  |||| ||||| |||||||| ||||||||||    
T  11200182 tcaatgttttgcgaataatcaatgagccttctgcagctgcaattgcatatggtcttgaca 11200123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 59 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 11161639 - 11161514
Alignment:
Q  59 atgattggtgttaactataagggtgaggacaagcaatttgctgctgaggaaatttcgtctatggtgctaataaagatgcgagagattgctgaagcttatc 158  Q
    ||||||| |||||||||||| |  ||||| ||||| |||||||| || ||||| || || |||||  | | ||| ||| | ||||||||||||||||| |    
T  11161639 atgattgttgttaactataatgacgaggaaaagcattttgctgcagaagaaatctcatccatggtattgacaaaaatgggcgagattgctgaagcttacc 11161540  T
Q  159 tcggttcaactgtgaagaatgctgtt 184  Q
    | || ||||| |||||| ||| ||||    
T  11161539 ttggatcaacagtgaaggatgttgtt 11161514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000001; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 168 - 242
Target Start/End: Original strand, 4678345 - 4678419
Alignment:
Q  168 ctgtgaagaatgctgttgttactgtccctgcttacttcaacgattctcaacgtcaagcaactaaagatgctggtg 242  Q
    ||||||||||||  ||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||  |||| || | |||||||||||    
T  4678345 ctgtgaagaatgtcgttgttactgtgcctgcatacttcaatgattctcaacgaaaagctaccatagatgctggtg 4678419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University