View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14210_high_5 (Length: 584)

Name: NF14210_high_5
Description: NF14210
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14210_high_5
NF14210_high_5
[»] chr5 (22 HSPs)
chr5 (32-554)||(25542687-25543209)
chr5 (32-554)||(14192706-14193228)
chr5 (32-554)||(39882986-39883508)
chr5 (29-554)||(27880884-27881409)
chr5 (32-552)||(3689780-3690300)
chr5 (32-552)||(3876487-3877007)
chr5 (32-554)||(37372739-37373261)
chr5 (33-554)||(8428468-8428989)
chr5 (29-554)||(37261115-37261628)
chr5 (217-554)||(17871532-17871868)
chr5 (32-355)||(10024866-10025189)
chr5 (38-355)||(30346637-30346954)
chr5 (38-355)||(24629954-24630271)
chr5 (29-251)||(6089010-6089232)
chr5 (29-189)||(15032840-15033000)
chr5 (32-189)||(4051611-4051766)
chr5 (440-554)||(30346523-30346637)
chr5 (29-191)||(2261271-2261433)
chr5 (440-554)||(10025189-10025303)
chr5 (75-189)||(30314043-30314157)
chr5 (440-527)||(24629867-24629954)
chr5 (153-181)||(15032720-15032748)
[»] chr2 (13 HSPs)
chr2 (32-554)||(24268964-24269486)
chr2 (32-553)||(27509177-27509698)
chr2 (41-553)||(17683724-17684236)
chr2 (32-554)||(21395173-21395695)
chr2 (33-553)||(27192293-27192813)
chr2 (33-553)||(27842107-27842627)
chr2 (33-554)||(28666066-28666588)
chr2 (33-554)||(41920067-41920588)
chr2 (33-554)||(37824900-37825422)
chr2 (32-406)||(35609488-35609862)
chr2 (216-554)||(24245812-24246150)
chr2 (32-161)||(24245655-24245784)
chr2 (443-546)||(35609867-35609970)
[»] chr4 (12 HSPs)
chr4 (29-554)||(1860477-1861002)
chr4 (32-554)||(49709976-49710497)
chr4 (32-554)||(35855710-35856232)
chr4 (29-554)||(38517896-38518421)
chr4 (33-554)||(49786722-49787243)
chr4 (32-355)||(55559131-55559454)
chr4 (314-554)||(13337320-13337560)
chr4 (402-550)||(618122-618270)
chr4 (29-188)||(31921273-31921432)
chr4 (440-554)||(55559017-55559131)
chr4 (32-189)||(787683-787840)
chr4 (153-181)||(787932-787960)
[»] scaffold1139 (1 HSPs)
scaffold1139 (38-544)||(809-1315)
[»] chr7 (10 HSPs)
chr7 (29-554)||(21069956-21070481)
chr7 (38-554)||(5828449-5828965)
chr7 (32-554)||(9001039-9001561)
chr7 (32-554)||(7036523-7037045)
chr7 (33-554)||(12785872-12786394)
chr7 (74-554)||(12781042-12781523)
chr7 (217-554)||(22843792-22844128)
chr7 (32-355)||(42231887-42232210)
chr7 (440-554)||(42232210-42232324)
chr7 (358-403)||(18939139-18939184)
[»] scaffold0134 (1 HSPs)
scaffold0134 (32-553)||(5155-5675)
[»] chr8 (10 HSPs)
chr8 (32-554)||(21113638-21114160)
chr8 (32-554)||(25218459-25218981)
chr8 (32-554)||(7821641-7822163)
chr8 (32-554)||(30306980-30307502)
chr8 (32-554)||(25208941-25209448)
chr8 (32-442)||(31978533-31978943)
chr8 (29-188)||(33861640-33861799)
chr8 (29-191)||(14714065-14714227)
chr8 (32-135)||(14767366-14767469)
chr8 (32-82)||(7781551-7781601)
[»] chr6 (12 HSPs)
chr6 (29-554)||(2202073-2202598)
chr6 (41-553)||(10187356-10187868)
chr6 (33-547)||(18343929-18344443)
chr6 (38-553)||(15333451-15333967)
chr6 (122-529)||(29639947-29640355)
chr6 (217-554)||(30881315-30881651)
chr6 (122-529)||(31510118-31510525)
chr6 (32-363)||(12517191-12517522)
chr6 (29-189)||(12519407-12519567)
chr6 (32-127)||(29641668-29641763)
chr6 (475-551)||(12517520-12517596)
chr6 (32-127)||(31511832-31511927)
[»] scaffold0017 (1 HSPs)
scaffold0017 (40-554)||(186368-186879)
[»] chr1 (13 HSPs)
chr1 (29-554)||(2453011-2453534)
chr1 (32-553)||(2328972-2329490)
chr1 (32-554)||(16041828-16042350)
chr1 (33-552)||(48775231-48775750)
chr1 (32-554)||(18148491-18149013)
chr1 (32-554)||(36207018-36207540)
chr1 (32-554)||(6310888-6311411)
chr1 (32-554)||(37390046-37390561)
chr1 (29-406)||(48238519-48238896)
chr1 (38-355)||(52500478-52500795)
chr1 (349-554)||(48233498-48233703)
chr1 (32-189)||(25074114-25074269)
chr1 (440-527)||(52500795-52500882)
[»] scaffold0262 (1 HSPs)
scaffold0262 (40-553)||(18817-19329)
[»] chr3 (15 HSPs)
chr3 (32-554)||(10110403-10110925)
chr3 (32-562)||(10968668-10969197)
chr3 (40-554)||(13529851-13530364)
chr3 (32-554)||(10000210-10000732)
chr3 (32-554)||(50409975-50410493)
chr3 (32-554)||(10237360-10237879)
chr3 (32-552)||(11362061-11362584)
chr3 (32-552)||(11368449-11368962)
chr3 (38-554)||(10038449-10038955)
chr3 (120-554)||(32662-33096)
chr3 (32-403)||(46912874-46913245)
chr3 (157-494)||(52917994-52918330)
chr3 (29-375)||(47692769-47693115)
chr3 (29-188)||(41763622-41763781)
chr3 (32-135)||(15328876-15328979)
[»] scaffold0073 (3 HSPs)
scaffold0073 (46-554)||(31750-32257)
scaffold0073 (32-442)||(19260-19670)
scaffold0073 (481-554)||(3-76)
[»] scaffold0550 (1 HSPs)
scaffold0550 (32-554)||(466-988)
[»] scaffold0356 (1 HSPs)
scaffold0356 (54-554)||(17770-18263)
[»] scaffold0003 (2 HSPs)
scaffold0003 (32-552)||(182614-183134)
scaffold0003 (32-552)||(165333-165856)
[»] scaffold0002 (1 HSPs)
scaffold0002 (32-554)||(321230-321752)
[»] scaffold0090 (1 HSPs)
scaffold0090 (33-554)||(48830-49352)
[»] scaffold0025 (1 HSPs)
scaffold0025 (29-434)||(16485-16889)
[»] scaffold0118 (2 HSPs)
scaffold0118 (38-355)||(28727-29044)
scaffold0118 (440-554)||(28613-28727)
[»] scaffold0888 (1 HSPs)
scaffold0888 (29-326)||(24-321)
[»] scaffold0107 (1 HSPs)
scaffold0107 (410-554)||(39937-40081)
[»] scaffold1424 (2 HSPs)
scaffold1424 (153-284)||(1572-1703)
scaffold1424 (32-123)||(1484-1575)
[»] scaffold0022 (1 HSPs)
scaffold0022 (29-187)||(126029-126187)
[»] scaffold0012 (1 HSPs)
scaffold0012 (29-191)||(97080-97242)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 375; Significance: 0; HSPs: 22)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 375; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 32 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 25543209 - 25542687
Alignment:
Q  32 ctatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcctac 131  Q
    ||||| ||||||| | ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| | |||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||    
T  25543209 ctatcgtgctcttccttagatgtgtaactgtcagcctcgtaccattacacagtccattggcctgatcgatgtttctcatcagcataactggacatcccac 25543110  T
Q  132 ccttagtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgcccgat 231  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||    
T  25543109 ccttagtttcaaccggtgatttggaattccagagctcttaataccattaaggaatttcgttgtgaaccactcgctttggacatcataattttcacccgat 25543010  T
Q  232 cgacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaagcgttggtgcga 331  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  25543009 cgacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagtgacatcatatattcgttaacatgctcaactgaatcaagcgttggtgcga 25542910  T
Q  332 gtatgcccctttattggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtggcatcaacggatttgttgtgttcga 431  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||| |||    
T  25542909 gtattcccctttcttggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacatatttgttgtgtccga 25542810  T
Q  432 tatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagca 531  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||| |||||| ||||||    
T  25542809 tatgagaaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatccgaagcgttgttgccgtctccaattgagagtatccacttgccaaagttagca 25542710  T
Q  532 atttcttcctgctctgcaggtac 554  Q
    ||||||| ||||| |||||||||    
T  25542709 atttctttctgctttgcaggtac 25542687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 355; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 32 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 14193228 - 14192706
Alignment:
Q  32 ctatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcctac 131  Q
    ||||| ||||||| |||||| |||||||| ||||||| ||| || |||||| | |||||| |||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||| ||    
T  14193228 ctatcgtgctcttccctagacgtgtaactgtcagccttgtaccactacacagtccattggcctgatcaatgtttctcatcagcataactggacatccaac 14193129  T
Q  132 ccttagtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgcccgat 231  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  14193128 ccttagtttcaaccggtgatttggaattccagagctcttaataccattacgaaattccgtcgtgaaccactcgctttggacatcagaattttcacccgat 14193029  T
Q  232 cgacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaagcgttggtgcga 331  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  14193028 cgacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagtgacatcatatattcgttaacatgctcaactgaattaagcgttggtgcga 14192929  T
Q  332 gtatgcccctttattggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtggcatcaacggatttgttgtgttcga 431  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||    
T  14192928 gtattcccctttcttggaaaaatagcggatcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacagatttgttgtgtccga 14192829  T
Q  432 tatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagca 531  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||| | |||||||||||||||||| ||||||| |||| | |||||||||||    
T  14192828 tatgagcaaatcttcagaaatttctaccttcatttcaccattctgatccgaaacttcgttgccgtctccaattgagagtatccacttgtcaaaattagca 14192729  T
Q  532 atttcttcctgctctgcaggtac 554  Q
    |||||||||| |||| |||||||    
T  14192728 atttcttcctactctacaggtac 14192706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 331; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 32 - 554
Target Start/End: Original strand, 39882986 - 39883508
Alignment:
Q  32 ctatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcctac 131  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||| | |||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||    
T  39882986 ctatcgtgctcttccctagatgtgtaactgtcagcctagtaccattacacagtccattggcctgatcgatgtttctcatcagcataactggacatcccac 39883085  T
Q  132 ccttagtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgcccgat 231  Q
    | ||| |||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||| || ||||||    
T  39883086 ctttaatttcaacatgtgatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgatgtgaaccactcgctttggacatcataattgtcacccgat 39883185  T
Q  232 cgacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaagcgttggtgcga 331  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||   || || ||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  39883186 ctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacttggaatcaacgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcgttggtgcga 39883285  T
Q  332 gtatgcccctttattggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtggcatcaacggatttgttgtgttcga 431  Q
    |||| ||||||| |||| |||||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||    
T  39883286 gtattcccctttcttggcaaaatagctgggcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgttgtgtccga 39883385  T
Q  432 tatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagca 531  Q
    ||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||    
T  39883386 tatcagcaaatctttaggaatatctaccttcatttcaccattctcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattgagagtatccacttgccaaaattagca 39883485  T
Q  532 atttcttcctgctctgcaggtac 554  Q
    |||||||| ||||||||| ||||    
T  39883486 atttcttcatgctctgcatgtac 39883508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 326; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 29 - 554
Target Start/End: Original strand, 27880884 - 27881409
Alignment:
Q  29 caactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcc 128  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||| | |||| | |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  27880884 caactatcgtgctcttccctagatgtgtaactgtcagcctagtaccattacacagtccattagcctgatcgatgtttctcatcagcataactggacatcc 27880983  T
Q  129 tacccttagtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgccc 228  Q
     ||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||    
T  27880984 cacctttagtttcaacctgtgatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccagtgtgaaccactcgctttggacatcataattttcaccc 27881083  T
Q  229 gatcgacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaagcgttggtg 328  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | || || ||| || |||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  27881084 gatctacaaatagaatcagagcttaaatactctttctcttcacttggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcagctgaatcaagcgttggtg 27881183  T
Q  329 cgagtatgcccctttattggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtggcatcaacggatttgttgtgtt 428  Q
    ||||||| ||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||     
T  27881184 cgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgttgggtc 27881283  T
Q  429 cgatatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaatta 528  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||    
T  27881284 cgatatcagcaaatcttcaggagtttctacctttatttcaccattgtcatccgaagcatcgttgccgtctccaattgagagtatccacttgccaaaatta 27881383  T
Q  529 gcaatttcttcctgctctgcaggtac 554  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||    
T  27881384 gcaatttctacctgctctgcatgtac 27881409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 321; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 32 - 552
Target Start/End: Original strand, 3689780 - 3690300
Alignment:
Q  32 ctatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcctac 131  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| | |||||  |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||    
T  3689780 ctatcgtgctcttccctagatgtgtaactgtcagcctcgtaccattacacagtccattgacctgatcgatgtttctcatcagcataactggacatcccac 3689879  T
Q  132 ccttagtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgcccgat 231  Q
    | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  3689880 cattagtttcaaccggtgatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctagagatcagaattttcgcccgat 3689979  T
Q  232 cgacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaagcgttggtgcga 331  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||  ||| || |||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  3689980 cgacaaactgaatcagagcttaaatactctttctctccacttggaatcactgacatcatatattcgttaacatgctcaaccgaatcaagcgttggtgcga 3690079  T
Q  332 gtatgcccctttattggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtggcatcaacggatttgttgtgttcga 431  Q
    |||| | | ||| ||| ||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| || |||| |||||||| ||||||||| |  ||    
T  3690080 gtattcacttttcttgaaaaaagagtgggtcaccaatgttatcattcaaatcgggatatacaaagtccattagtgacatcaacgaatttgttgtatcgga 3690179  T
Q  432 tatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagca 531  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||    
T  3690180 tatgagcaaatctttgggaatttctaccttcatttcaccattctcattcgaagtgtcgttgccgtctccaattgagagtatccacttgccaaaattagca 3690279  T
Q  532 atttcttcctgctctgcaggt 552  Q
     ||||||||||||||||||||    
T  3690280 gtttcttcctgctctgcaggt 3690300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 321; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 32 - 552
Target Start/End: Complemental strand, 3877007 - 3876487
Alignment:
Q  32 ctatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcctac 131  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| | |||||  |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||    
T  3877007 ctatcgtgctcttccctagatgtgtaactgtcagcctcgtaccattacacagtccattgacctgatcgatgtttctcatcagcataactggacatcccac 3876908  T
Q  132 ccttagtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgcccgat 231  Q
    | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  3876907 cattagtttcaaccggtgatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctagagatcagaattttcgcccgat 3876808  T
Q  232 cgacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaagcgttggtgcga 331  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||  ||| || |||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  3876807 cgacaaactgaatcagagcttaaatactctttctctccacttggaatcactgacatcatatattcgttaacatgctcaaccgaatcaagcgttggtgcga 3876708  T
Q  332 gtatgcccctttattggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtggcatcaacggatttgttgtgttcga 431  Q
    |||| | | ||| ||| ||||| || ||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||| || |||| |||||||| ||||||||| |  ||    
T  3876707 gtattcacttttcttgaaaaaagagtgggtccccaatgttatcattcaaatcgggatatacaaagtccattagtgacatcaacgaatttgttgtatcgga 3876608  T
Q  432 tatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagca 531  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||    
T  3876607 tatgagcaaatctttgggaatttctaccttcatttcaccattctcattcgaagcgtcgttgccgtctccaattgagagtatccacttgccaaaattagca 3876508  T
Q  532 atttcttcctgctctgcaggt 552  Q
     ||||||||||||||||||||    
T  3876507 gtttcttcctgctctgcaggt 3876487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 319; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 32 - 554
Target Start/End: Original strand, 37372739 - 37373261
Alignment:
Q  32 ctatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcctac 131  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||| | ||||||| ||| ||||||||| | |||||| || ||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||    
T  37372739 ctatcgtgctcttccctagatgtgtaattgtcagcctagtaccattacacagtccattggcctaatcgatgtttctcatcagcataactggacatcccac 37372838  T
Q  132 ccttagtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgcccgat 231  Q
    | |||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||    
T  37372839 ctttagtttcaacctgtgatttggaattccaaagctcttaataccattaagaaattctggtgtgaaccactcgctttggacatcagaattatcacccgat 37372938  T
Q  232 cgacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaagcgttggtgcga 331  Q
    | | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||| ||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  37372939 ctaaaaatagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagtgacatcataaattggttaacatgctcaactgaatcaagcgttggtgcga 37373038  T
Q  332 gtatgcccctttattggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtggcatcaacggatttgttgtgttcga 431  Q
    |||| ||||||| || |||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||  ||    
T  37373039 gtattcccctttcttcgaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgttatgtctga 37373138  T
Q  432 tatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagca 531  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||| || ||||||||||    
T  37373139 tatcagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattgtcacccgaagcatcgttgccgtctccaattgagagtatccacttgcaaaaattagca 37373238  T
Q  532 atttcttcctgctctgcaggtac 554  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  37373239 atttcttcctgctctgcaggtac 37373261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 318; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 33 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 8428989 - 8428468
Alignment:
Q  33 tatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcctacc 132  Q
    |||| ||||||| ||||||||| ||||| ||||||| ||| ||||||||| | |||||| |||||||||||||||||  ||||||| ||||||||| |||    
T  8428989 tatcgtgctcttccctagatgtataactgtcagcctagtaccattacacagtccattggcctgatcgatgtttctcaacagcataactggacatcccacc 8428890  T
Q  133 cttagtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgcccgatc 232  Q
     |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||    
T  8428889 tttagtttcaacctgtgatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattctggtgtgaaccactcgctttggacatcagaatattcacccgatc 8428790  T
Q  233 gacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaagcgttggtgcgag 332  Q
     | ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | || || ||| || |||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  8428789 taaaaatagaatcagaggttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaattgaatcaagcgtgggtgcgag 8428690  T
Q  333 tatgcccctttattggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtggcatcaacggatttgttgtgttcgat 432  Q
    ||| ||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||    
T  8428689 tattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgttgtgtctgat 8428590  T
Q  433 atgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaa 532  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||| || |||||||||||    
T  8428589 atcagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattgtcacccgaagcatcgttgccgtctccaattgagagtatccacttgcaaaaattagcaa 8428490  T
Q  533 tttcttcctgctctgcaggtac 554  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  8428489 tttcttcctgctctgcaggtac 8428468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 280; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 29 - 554
Target Start/End: Original strand, 37261115 - 37261628
Alignment:
Q  29 caactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcc 128  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||| || |||||||||| || |||| | | |||||| |||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  37261115 caactatcgtgctcttccctagatgtgtaatttccagcctcgtaccactacatagtccattggcctgatcaatgtttctcatcagcataactggacatcc 37261214  T
Q  129 tacccttagtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgccc 228  Q
     ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||| ||||||| |||    
T  37261215 cacccttagtttcaaccggtgatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattcctttgtgaaccattcgctttggacatcaaaattttcaccc 37261314  T
Q  229 gatcgacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaagcgttggtg 328  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| || |||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  37261315 gatcgacaaacagaatcagagcttaaatactatttctcttcacctggaatcagtgacatcatatattcattaatatgctcaactgaatcaagtgttggcg 37261414  T
Q  329 cgagtatgcccctttattggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtggcatcaacggatttgttgtgtt 428  Q
    | ||||| ||||||| ||| ||||||| |||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||          | |||||||||  |||||||||     
T  37261415 caagtattcccctttcttgaaaaaataacgggtcattaaggttatcattcaaattgggatacacaaa----------gacatcaacgg--ttgttgtgtc 37261502  T
Q  429 cgatatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaatta 528  Q
    | |||| ||||||||||| | ||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||    
T  37261503 caatataagcaaatcttcggaaatttataccttcgtttcaccattctcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattgagagtatccacttgccaaaatta 37261602  T
Q  529 gcaatttcttcctgctctgcaggtac 554  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||||    
T  37261603 gcaatttcttcttgctctgcacgtac 37261628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 217 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 17871868 - 17871532
Alignment:
Q  217 gaattttcgcccgatcgacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaat 316  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||| |||||| ||||||||| ||||    
T  17871868 gaattttcacccgatcgacaaacagaaccagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagtgacatcatatattcgttaacatgctcaacagaat 17871769  T
Q  317 caagcgttggtgcgagtatgcccctttattggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtggcatcaacgg 416  Q
    |||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  17871768 caagcgttggtgcgagtatttccctttcttggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcatttaaatcgagatacacaatgtctataagtgacatcaacgg 17871669  T
Q  417 atttgttgtgttcgatatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagagtatgcac 516  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||| |||| |||| ||||||| ||     
T  17871668 atttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcacca-tctcatccgaagcgccgttgccttctctaattgagagtatccat 17871570  T
Q  517 tcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtac 554  Q
    | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  17871569 ttgccaaaattagcaatttattcctgctctgcaggtac 17871532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 32 - 355
Target Start/End: Original strand, 10024866 - 10025189
Alignment:
Q  32 ctatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcctac 131  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||| ||    
T  10024866 ctatcgtgctcttccctagatgtgtaactgtcagccttgtaccattacacagttcattggcctgatccatgtttctcatcagcataactggacatcccac 10024965  T
Q  132 ccttagtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgcccgat 231  Q
    | ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||     
T  10024966 ctttagtttcaaccggtgatttggaataccagagctcttaataccattaaggaattccgttgtgaaccactcactttggacatcagaattttcacccgag 10025065  T
Q  232 cgacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaagcgttggtgcga 331  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||  ||| || |||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  10025066 cgacaaacagaatcagagtttaaatactctttctcttcacttggaatcaatgacatcatatattcgttaacatgttcaactgaatcaagcgttggtgcga 10025165  T
Q  332 gtatgcccctttattggaaaaata 355  Q
    |||| ||||||| |||||||||||    
T  10025166 gtattcccctttcttggaaaaata 10025189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 38 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 30346954 - 30346637
Alignment:
Q  38 tgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcctacccttag 137  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||| ||| ||| ||||||||| | |||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||| ||||    
T  30346954 tgctcttccctagatgtgtaactgtcaaccttgtaccattacacagtccattggcctgatcgatgtttctcatcagcataactggacatcccacctttag 30346855  T
Q  138 tttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgcccgatcgacaa 237  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  30346854 tttcaaccggtgatttggaattccagagctcttaataccattaaggaattccgttgtgaaccactcactttggacatcagaattttcacccgagcgacaa 30346755  T
Q  238 acagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaagcgttggtgcgagtatgc 337  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||| |||||| ||| |||||| ||||||| |||||||||||||| |    
T  30346754 acagaatcagagtttaaatactctttctcttcacctggaatcagtgacatcatatattcgttaacatgttcaacttaatcaagtgttggtgcgagtattc 30346655  T
Q  338 ccctttattggaaaaata 355  Q
    |||||| |||||||||||    
T  30346654 ccctttcttggaaaaata 30346637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 198; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 38 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 24630271 - 24629954
Alignment:
Q  38 tgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcctacccttag 137  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||| | |||||| |||||||||||||||||| |||| || ||||||||| ||| ||||    
T  24630271 tgctcttccctagatgtgtaactgtcagccttgtaccattacacagtccattggcctgatcgatgtttctcatcagcacaactggacatcccacctttag 24630172  T
Q  138 tttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgcccgatcgacaa 237  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||  | ||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  24630171 tttcaaccggtgatttggaattccaaagctcttaataccattaaggaattccgttgtgaaccgctcattttggacatcagaattttcacccgagcgacaa 24630072  T
Q  238 acagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaagcgttggtgcgagtatgc 337  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  24630071 acagaatcagagtttaaatactctttctcttcacctggaatcagtgacatcatatattcgttaacatgttcaactgaatcaagcgttggtgcgagtattc 24629972  T
Q  338 ccctttattggaaaaata 355  Q
    |||||| |||||||||||    
T  24629971 ccctttcttggaaaaata 24629954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 127; E-Value: 3e-65
Query Start/End: Original strand, 29 - 251
Target Start/End: Original strand, 6089010 - 6089232
Alignment:
Q  29 caactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcc 128  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||| |||  |||| ||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  6089010 caactatcgtgctcttccctagatgtgtgactggcagcttcgtaccattacacagttcattggcctgatcgatgtttctcatcagcataactggacatcc 6089109  T
Q  129 tacccttagtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgccc 228  Q
     |||||||||||||||  || ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||| || | ||||||| |||    
T  6089110 cacccttagtttcaactagtgatttgaaatcccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcaccttggatattaaaattttcaccc 6089209  T
Q  229 gatcgacaaacagaatcagagct 251  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  6089210 gatcgacaaacagaatcagagct 6089232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 101; E-Value: 9e-50
Query Start/End: Original strand, 29 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 15033000 - 15032840
Alignment:
Q  29 caactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcc 128  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||  | |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||     
T  15033000 caactatcgtgctcttccctagatgtgtaattgtcagcctcgtaccattacacggtccattggcctgatcgatgtttctcatcagcataattggacatca 15032901  T
Q  129 tacccttagtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattcc 189  Q
     ||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  15032900 cacccttagtttcaaccgatgatttggaattctagagctcttaataccattaagaaattcc 15032840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 32 - 189
Target Start/End: Original strand, 4051611 - 4051766
Alignment:
Q  32 ctatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcctac 131  Q
    ||||| ||||||| |||||  ||||||||  |||||| |||  |||||||| | |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||    
T  4051611 ctatcgtgctcttccctag--gtgtaactgacagcctagtactattacacagtccatttgtctgatcgatgtttctcatcagcataattggacatcccac 4051708  T
Q  132 ccttagtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattcc 189  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4051709 ccttagtttcaaccggtgatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattcc 4051766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 91; E-Value: 8e-44
Query Start/End: Original strand, 440 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 30346637 - 30346523
Alignment:
Q  440 aatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttc 539  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||     
T  30346637 aatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatccgaagcgttgttgccgtctccaattcagagtatccacttgccaaaattagcaatttcttt 30346538  T
Q  540 ctgctctgcaggtac 554  Q
    |||||||||||||||    
T  30346537 ctgctctgcaggtac 30346523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 29 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 2261433 - 2261271
Alignment:
Q  29 caactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcc 128  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||   |||||  || ||| ||||||||||| ||| ||| |||||||||    
T  2261433 caactatcgtgctcttccctagatgtgtaactgtcagcctcgtaccattacacagaccattgacctcatcaatgtttctcatcagcctaactggacatcc 2261334  T
Q  129 tacccttagtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgt 191  Q
     |||||||||||||||| || ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  2261333 cacccttagtttcaacctgtgatttggaatgccaaagctcttaataccattaagaaattccgt 2261271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 440 - 554
Target Start/End: Original strand, 10025189 - 10025303
Alignment:
Q  440 aatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttc 539  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||| |||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||     
T  10025189 aatctttaggaatttctaccttcatttcaccattctcatccgaagcgttgttaccgtctctaattcagagtatccacttgccaaaattagcaatttcttt 10025288  T
Q  540 ctgctctgcaggtac 554  Q
    |||||||||||||||    
T  10025289 ctgctctgcaggtac 10025303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 75 - 189
Target Start/End: Original strand, 30314043 - 30314157
Alignment:
Q  75 attacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcctacccttagtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaata 174  Q
    |||||||| | |||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  30314043 attacacagtccatttgtttgatcgatgtttctcatcagcataattggacatcccacccttagtttcaatcggtgatttggaattccagaggtcttaata 30314142  T
Q  175 ccattaagaaattcc 189  Q
    |||| ||||||||||    
T  30314143 ccatgaagaaattcc 30314157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 440 - 527
Target Start/End: Complemental strand, 24629954 - 24629867
Alignment:
Q  440 aatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaatt 527  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||| ||||||| |||| ||| |||||    
T  24629954 aatcttcaggaatttctaccttcatttaaccattctcatccgaagcgttgttgtcgtctccaattcagagtatccacttgccgaaatt 24629867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #22
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 153 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 15032748 - 15032720
Alignment:
Q  153 tggaattccagagctcttaataccattaa 181  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  15032748 tggaattccagagctcttaataccattaa 15032720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 375; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 375; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 32 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 24269486 - 24268964
Alignment:
Q  32 ctatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcctac 131  Q
    ||||| || |||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| | |||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||    
T  24269486 ctatcgtggtcttccctagatgtgtaactgtcagcctcgtaccattacacagtccattggcctgatcgatgtttctcatcagcataactggacatcccac 24269387  T
Q  132 ccttagtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgcccgat 231  Q
    | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||     
T  24269386 ctttagtttcaaccggtgatttggaattccagagctcttaataccattaaggaattccgttgtgaaccactcactttggacatcagaattttcacccgag 24269287  T
Q  232 cgacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaagcgttggtgcga 331  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  24269286 cgacaaacagaatcagagtttaaatactctttctcttcacctggaatcagtgacatcatatattcgttaacatgttcaactgaatcaagcgttggtgcga 24269187  T
Q  332 gtatgcccctttattggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtggcatcaacggatttgttgtgttcga 431  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||    
T  24269186 gtattcccctttcttggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgagatacacaaagtctataagtgacatcaacagatttgttgtgtccga 24269087  T
Q  432 tatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagca 531  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||    
T  24269086 tatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatccgaagcgttgttgccgtctccaattcagagtatccacttgccaaaattagca 24268987  T
Q  532 atttcttcctgctctgcaggtac 554  Q
    ||||||| |||||||||||||||    
T  24268986 atttctttctgctctgcaggtac 24268964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 362; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 32 - 553
Target Start/End: Original strand, 27509177 - 27509698
Alignment:
Q  32 ctatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcctac 131  Q
    ||||| ||||||| |||||||| || ||| ||||||||||| ||||||||| | |||||| |||||||||||||||||| | ||||| ||||||||| ||    
T  27509177 ctatcgtgctcttccctagatgagtgactatcagcctcgtaccattacacagtccattggcctgatcgatgtttctcatcaacataactggacatcccac 27509276  T
Q  132 ccttagtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgcccgat 231  Q
    ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||    
T  27509277 ccttattttcaaccggtgatttgaaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctttggacattagaattttcacccgat 27509376  T
Q  232 cgacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaagcgttggtgcga 331  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  27509377 cgacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagtgacatcatatattcgttaacatgctcaactgaatcaagcgttgatgcga 27509476  T
Q  332 gtatgcccctttattggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtggcatcaacggatttgttgtgttcga 431  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||| |||    
T  27509477 gtattcccctttcttggaaaaatagcaggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtgatatcaacgaatttgttgtgtccga 27509576  T
Q  432 tatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagca 531  Q
     ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||  ||| |||||||||||||    
T  27509577 catgagcaaatctttaggaatttctaccttcatctcaccattctcatctgaagcgtcgttgctgtctccaattgagagtatctacttgccaaaattagca 27509676  T
Q  532 atttcttcctgctctgcaggta 553  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  27509677 atttcttcctgctctgcaggta 27509698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 361; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 41 - 553
Target Start/End: Complemental strand, 17684236 - 17683724
Alignment:
Q  41 tctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcctacccttagttt 140  Q
    |||| ||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||| | |||||  |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  17684236 tcttccctagatgtgtaactgttagcctcgtaccattacacagtccattgacctgatcgatgtttctcatcagcataactggacatcccacccttagttt 17684137  T
Q  141 caaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgcccgatcgacaaaca 240  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  17684136 caaccggtgatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcactttggacatcaaaattttcacccgatcgacaaaca 17684037  T
Q  241 gaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaagcgttggtgcgagtatgcccc 340  Q
     ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  17684036 aaatcatagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagtgacatcatatattcgttaacatgctcaattgaatcaagcgttggagcgagtattcccc 17683937  T
Q  341 tttattggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtggcatcaacggatttgttgtgttcgatatgagcaa 440  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||| |    
T  17683936 tttcttggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgttgtgtccaatatgagcga 17683837  T
Q  441 atcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcc 540  Q
    || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| || |||||||||||||||||||    
T  17683836 atattcaggaatttctaccttcattttaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattgagagtatccacttgcaaaaattagcaatttcttcc 17683737  T
Q  541 tgctctgcaggta 553  Q
    |||||| ||||||    
T  17683736 tgctctacaggta 17683724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 343; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 32 - 554
Target Start/End: Original strand, 21395173 - 21395695
Alignment:
Q  32 ctatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcctac 131  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||| | |||||| |||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||| ||    
T  21395173 ctatcgtgctcttccctagatgtgtaactgtcagcctagtaccattacacagtccattggcctgatctatgtttctcatcagcataactggacatcccac 21395272  T
Q  132 ccttagtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgcccgat 231  Q
    | |||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  21395273 ctttagcttcaacctgtgatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccggcgtgaaccactcgctttggacatcagaattttcacccgat 21395372  T
Q  232 cgacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaagcgttggtgcga 331  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || || ||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  21395373 ctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcgttggtgcga 21395472  T
Q  332 gtatgcccctttattggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtggcatcaacggatttgttgtgttcga 431  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||    
T  21395473 gtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatatacaaagtctataagcgacatcaacggatttgttgtgtccga 21395572  T
Q  432 tatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagca 531  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||| ||| |||||||||    
T  21395573 tatcagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatccgaagcatcgttgccgtctccaattgagagtatccacttgccgaaattagca 21395672  T
Q  532 atttcttcctgctctgcaggtac 554  Q
    ||||||||||| |||||||||||    
T  21395673 atttcttcctgatctgcaggtac 21395695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 333; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 33 - 553
Target Start/End: Original strand, 27192293 - 27192813
Alignment:
Q  33 tatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcctacc 132  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| | |||||| |||||||||||||||||| ||||||   |||||||| |||    
T  27192293 tatcgtgctcttccctagatgtgtaactgtcagcctcgtaccattacacagtccattggcctgatcgatgtttctcatcagcatagccggacatcccacc 27192392  T
Q  133 cttagtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgcccgatc 232  Q
    ||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||  ||||||| ||||||||| || |||| |||||||    
T  27192393 cttggtttcaaccggtgatttggaatttcagagctcttaataccattaagaaattctattgtgaaatactcgctttggacatcaaaaatttcacccgatc 27192492  T
Q  233 gacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaagcgttggtgcgag 332  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | || || |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27192493 gacaaatagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctagaatcagcgacatcatatattcgttaacatgctcaactgaatcaagcgttggtgcgag 27192592  T
Q  333 tatgcccctttattggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtggcatcaacggatttgttgtgttcgat 432  Q
    ||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||    
T  27192593 tattcccctttcttggaaaaatagagggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacagatttgttgtgtccgat 27192692  T
Q  433 atgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaa 532  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||| |||| | ||||||||  ||    
T  27192693 atgagcaaatctttaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtcaccagttgagagtatccacttgtcaaaattatgaa 27192792  T
Q  533 tttcttcctgctctgcaggta 553  Q
    |||||||||||||| ||||||    
T  27192793 tttcttcctgctctacaggta 27192813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 333; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 33 - 553
Target Start/End: Original strand, 27842107 - 27842627
Alignment:
Q  33 tatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcctacc 132  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| | |||||| |||||||||||||||||| ||||||   |||||||| |||    
T  27842107 tatcgtgctcttccctagatgtgtaactgtcagcctcgtaccattacacagtccattggcctgatcgatgtttctcatcagcatagccggacatcccacc 27842206  T
Q  133 cttagtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgcccgatc 232  Q
    ||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||  ||||||| ||||||||| || |||| |||||||    
T  27842207 cttggtttcaaccggtgatttggaatttcagagctcttaataccattaagaaattctattgtgaaatactcgctttggacatcaaaaatttcacccgatc 27842306  T
Q  233 gacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaagcgttggtgcgag 332  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | || || |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27842307 gacaaatagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctagaatcagcgacatcatatattcgttaacatgctcaactgaatcaagcgttggtgcgag 27842406  T
Q  333 tatgcccctttattggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtggcatcaacggatttgttgtgttcgat 432  Q
    ||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||    
T  27842407 tattcccctttcttggaaaaatagagggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacagatttgttgtgtccgat 27842506  T
Q  433 atgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaa 532  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||| |||| | ||||||||  ||    
T  27842507 atgagcaaatctttaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtcaccagttgagagtatccacttgtcaaaattatgaa 27842606  T
Q  533 tttcttcctgctctgcaggta 553  Q
    |||||||||||||| ||||||    
T  27842607 tttcttcctgctctacaggta 27842627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 303; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 33 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 28666588 - 28666066
Alignment:
Q  33 tatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcctacc 132  Q
    |||| ||||||| ||||||||| ||||| ||||||| ||| ||||||||| | |||||| |||||||||||||||||  ||||||| ||||||||| |||    
T  28666588 tatcgtgctcttccctagatgtataactgtcagcctagtaccattacacagtccattggcctgatcgatgtttctcaacagcataactggacatcccacc 28666489  T
Q  133 ctt-agtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgcccgat 231  Q
     || |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||    
T  28666488 ttttagtttcaacctgtgatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattctggtgtgaaccactcgctttggacatcagaattttcacctgat 28666389  T
Q  232 cgacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaagcgttggtgcga 331  Q
    | | ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| | || || ||| || |||||| |||||||| |||||||||||| |||||||    
T  28666388 ctaaaaatagaatcagaggttaaatactctttctcttcacctagaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaattgaatcaagcgtgggtgcga 28666289  T
Q  332 gtatgcccctttattggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtggcatcaacggatttgttgtgttcga 431  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||    
T  28666288 gtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacagagtctataagtgacatcaacggatttgttgtgtttga 28666189  T
Q  432 tatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagca 531  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||| || ||||||||||    
T  28666188 tatcagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattgtcacccgaagcatcgttgccgtctccaattgagagtatccacttgcaaaaattagca 28666089  T
Q  532 atttcttcctgctctgcaggtac 554  Q
    |||||||||||||||| ||||||    
T  28666088 atttcttcctgctctgtaggtac 28666066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 302; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 33 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 41920588 - 41920067
Alignment:
Q  33 tatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcctacc 132  Q
    |||| ||||||| ||||||||| ||||| ||||||| ||| ||||||||| | |||||| |||||||||||||||||  ||||||| ||||||||| |||    
T  41920588 tatcgtgctcttccctagatgtataactgtcagcctagtaccattacacagtccattggcctgatcgatgtttctcaacagcataactggacatcccacc 41920489  T
Q  133 cttagtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgcccgatc 232  Q
     |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  41920488 tttagtttcaacctgtgatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattctggtgtgaaccactcgctttggacatcagaattttcacccgatc 41920389  T
Q  233 gacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaagcgttggtgcgag 332  Q
     | ||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||   || || ||| || |||||| ||||| || |||||||||||| ||||||||    
T  41920388 taaaaatagaatcagaggttaaatactctttatcttcacctggaatcaacgacatcataaattcgttaacatgcttaattgaatcaagcgtgggtgcgag 41920289  T
Q  333 tatgcccctttattggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtggcatcaacggatttgttgtgttcgat 432  Q
    ||| ||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||    
T  41920288 tattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgttgtgtctgat 41920189  T
Q  433 atgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaa 532  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||| || ||||||| |||    
T  41920188 atcagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattgtcacccgaagcatcgttgccgtctccaattgagagtatccacttgcaaaaattatcaa 41920089  T
Q  533 tttcttcctgctctgcaggtac 554  Q
    |||||||||||||| |||||||    
T  41920088 tttcttcctgctctacaggtac 41920067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 299; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 33 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 37825422 - 37824900
Alignment:
Q  33 tatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcctacc 132  Q
    |||| ||||||| ||||||||| ||||| ||||||| ||| ||||||||| | |||||| |||||||||||||||||  ||||||| ||||||||| |||    
T  37825422 tatcgtgctcttccctagatgtataactgtcagcctagtaccattacacagtccattggcctgatcgatgtttctcaacagcataactggacatcccacc 37825323  T
Q  133 ctt-agtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgcccgat 231  Q
     || |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||    
T  37825322 ttttagtttcaacctgtgatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattctggtgtgaaccactcgctttggacatcagaattttcacctgat 37825223  T
Q  232 cgacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaagcgttggtgcga 331  Q
    | | ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| | || || ||| || |||||| |||||||| |||||||||||| |||||||    
T  37825222 ctaaaaatagaatcagaggttaaatactctttctcttcacctagaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaattgaatcaagcgtgggtgcga 37825123  T
Q  332 gtatgcccctttattggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtggcatcaacggatttgttgtgttcga 431  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||    
T  37825122 gtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcatttagatcgggatacacagagtctataagtgacatcaacggatttgttgtgtttga 37825023  T
Q  432 tatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagca 531  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||| || ||||||||||    
T  37825022 tatcagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattgtcacccgaagcatcgttgccgtctccaattgagagtatccacttgcaaaaattagca 37824923  T
Q  532 atttcttcctgctctgcaggtac 554  Q
    |||||||||||||||| ||||||    
T  37824922 atttcttcctgctctgtaggtac 37824900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 255; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 32 - 406
Target Start/End: Original strand, 35609488 - 35609862
Alignment:
Q  32 ctatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcctac 131  Q
    ||||| ||||||| |||||| |||||||| ||||||||||| || |||||| | |||||| |||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||| ||    
T  35609488 ctatcgtgctcttccctagacgtgtaactgtcagcctcgtaccactacacagtccattggcctgatcaatgtttctcatcagcataactggacatccaac 35609587  T
Q  132 ccttagtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgcccgat 231  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||    
T  35609588 ccttagtttcaaccagtgatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattctgttgtgaaccactcgctttggacatcagaattttcactcgat 35609687  T
Q  232 cgacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaagcgttggtgcga 331  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  35609688 cgacaaacataatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagtgacatcatatattcgttaacatactcaactgaatcaagcgttggtgcga 35609787  T
Q  332 gtatgcccctttattggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtg 406  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  35609788 gtattcccctttcttggaaaaatagcgggtcaccaatgttatcattcaaatcggaatacacaaagtctataagtg 35609862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 243; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 216 - 554
Target Start/End: Original strand, 24245812 - 24246150
Alignment:
Q  216 agaattttcgcccgatcgacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaa 315  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||| |||||| |||||||||||||    
T  24245812 agaattttcacccgatcgacaaacagaatcagatcttaaatactctttctcttcacctggaatcagtgacatcatatattcgttaacatgctcaactgaa 24245911  T
Q  316 tcaagcgttggtgcgagtatgcccctttattggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtggcatcaacg 415  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||    
T  24245912 tcaagcgttggtgcgagtattcccctttcttgaaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaggtctataagtgacatccacg 24246011  T
Q  416 gatttgttgtgttcgatatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagagtatgca 515  Q
    |||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||| || ||    
T  24246012 gatttgttgtgtccgttatgagcaaatctttaggaatttctaccttcatttcaccattctcatccaaagcgtcgttgccgtctccaattgagagaatcca 24246111  T
Q  516 ctcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtac 554  Q
    |  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24246112 catgccaacattagcaatttcttcctgctctgcaggtac 24246150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 86; E-Value: 8e-41
Query Start/End: Original strand, 32 - 161
Target Start/End: Original strand, 24245655 - 24245784
Alignment:
Q  32 ctatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcctac 131  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| | |||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||    
T  24245655 ctatcgtgctcttccctagatgtgtaactgtcagcctcgtaccattacacagtccattggcctgatcgatgtttctcatcagcataactggacatcccac 24245754  T
Q  132 ccttagtttcaaccggtcatttggaattcc 161  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  24245755 ccttagtttcaaccggtgatttggaattcc 24245784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 443 - 546
Target Start/End: Original strand, 35609867 - 35609970
Alignment:
Q  443 cttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctg 542  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||| | |||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  35609867 cttcagaaatttctaccttcatttcaccattctgatccgaaacttcgttgccgtctccaattgagagtatccacttgccaaaattagcaatttcttcctg 35609966  T
Q  543 ctct 546  Q
    ||||    
T  35609967 ctct 35609970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 370; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 370; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 29 - 554
Target Start/End: Original strand, 1860477 - 1861002
Alignment:
Q  29 caactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcc 128  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||  |||||||||||||| || ||||||| |||||||||    
T  1860477 caactatcgtgctcttccctagatgtgtaactgtcagcctcgtaccattacacaatccattggcatgatcgatgtttcttatcagcataactggacatcc 1860576  T
Q  129 tacccttagtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgccc 228  Q
     ||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  1860577 cacctttagtttcaaccggtgatttggaattccatagctcttaataccattaaggaattccgttgtgaaccactcgctttggacatcagaattttcaccc 1860676  T
Q  229 gatcgacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaagcgttggtg 328  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||| || |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  1860677 gatcaacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacccagaatcagtgacatcatatattcgttaacatgctcaactgaatcaagcgttggtg 1860776  T
Q  329 cgagtatgcccctttattggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtggcatcaacggatttgttgtgtt 428  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||     
T  1860777 cgagtattcccctttcttggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgagatacacaaagtctataagtgacatcaacagatttgttgtgtc 1860876  T
Q  429 cgatatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaatta 528  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||    
T  1860877 cgatatgagcaaatctttaggaatttctaccttcatttcaccattctcatccgaagcgttgttgtcgtctccaattcagagtatccacttgccaaaatta 1860976  T
Q  529 gcaatttcttcctgctctgcaggtac 554  Q
    |||||||||| |||||||||||||||    
T  1860977 gcaatttctttctgctctgcaggtac 1861002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 343; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 32 - 554
Target Start/End: Original strand, 49709976 - 49710497
Alignment:
Q  32 ctatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcctac 131  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||| | || ||| |||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||| ||    
T  49709976 ctatcgtgctcttccctagatgtgtaactgtcagcctagtaccattacacagtccaatggcctgatctatgtttctcatcagcataactggacatcccac 49710075  T
Q  132 ccttagtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgcccgat 231  Q
    | |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  49710076 ctttagtttcaacctgtgatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccggtgtgaaccactcgctttggacatcagaattttcacccgat 49710175  T
Q  232 cgacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaagcgttggtgcga 331  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || || ||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  49710176 ctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcgttggtgcga 49710275  T
Q  332 gtatgcccctttattggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtggcatcaacggatttgttgtgttcga 431  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||    
T  49710276 gtattcccctttcttggaaaaatagctggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaa-ggatttgttgtgtccga 49710374  T
Q  432 tatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagca 531  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||| ||||||| ||||||| |||| |||||||||||||    
T  49710375 tatcagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattttcatccgaagcatcgttgccgtgtccaattgagagtatccacttgccaaaattagca 49710474  T
Q  532 atttcttcctgctctgcaggtac 554  Q
    ||||||| ||| |||||||||||    
T  49710475 atttctttctgttctgcaggtac 49710497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 339; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 32 - 554
Target Start/End: Original strand, 35855710 - 35856232
Alignment:
Q  32 ctatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcctac 131  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||| | |||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||    
T  35855710 ctatcgtgctcttccctagatgtgtaactgtcagcctagtaccattacacagtccattggcctgatcgatgtttctcatcagcataactggacatcccac 35855809  T
Q  132 ccttagtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgcccgat 231  Q
    | |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  35855810 ctttagtttcaacctgtgatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattctggtgtgaaccactcgctttggacatcagaattttcacccgat 35855909  T
Q  232 cgacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaagcgttggtgcga 331  Q
    | | ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | || || ||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  35855910 ctaaaaatagaatcagaggttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcgttggtgcga 35856009  T
Q  332 gtatgcccctttattggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtggcatcaacggatttgttgtgttcga 431  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||    
T  35856010 gtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgttgtgtctga 35856109  T
Q  432 tatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagca 531  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||| || ||||||||||    
T  35856110 tatcagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattgtcacccgaagcatcgttgccgtctccaattgagagtatccacttgcaaaaattagca 35856209  T
Q  532 atttcttcctgctctgcaggtac 554  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  35856210 atttcttcctgctctgcaggtac 35856232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 330; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 29 - 554
Target Start/End: Original strand, 38517896 - 38518421
Alignment:
Q  29 caactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcc 128  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| | |||||  |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  38517896 caactatcgtgctcttccctagatgtgtaactttcagcctagtaccattacacagtccattgacctgatcgatgtttctcatcagcataactggacatcc 38517995  T
Q  129 tacccttagtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgccc 228  Q
     ||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  38517996 cacctttagtttcaacctgtgatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattttggtgtgaaccactcgctttggacatcagaattttcaccc 38518095  T
Q  229 gatcgacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaagcgttggtg 328  Q
    |||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || || ||| || |||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  38518096 gatctaaaaatagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaattgaatcaagcgttggtg 38518195  T
Q  329 cgagtatgcccctttattggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtggcatcaacggatttgttgtgtt 428  Q
    ||||||| ||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||     
T  38518196 cgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcatttagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgttgtgtc 38518295  T
Q  429 cgatatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaatta 528  Q
     ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |  |||| |||||||||||||||||| ||||||| |||| || |||||||    
T  38518296 tgatatcagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattgtcacccaaagcatcgttgccgtctccaattgagagtatccacttgcaaaaatta 38518395  T
Q  529 gcaatttcttcctgctctgcaggtac 554  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  38518396 gcaatttcttcctgctctgcaggtac 38518421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 310; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 33 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 49787243 - 49786722
Alignment:
Q  33 tatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcctacc 132  Q
    |||| ||||||| ||||||||| ||||| ||||||| ||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||  ||||||| ||||||||| |||    
T  49787243 tatcgtgctcttccctagatgtataactgtcagcctagtaccattacacaatccattggcctgatcgatgtttctcaacagcataactggacatcccacc 49787144  T
Q  133 cttagtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgcccgatc 232  Q
     |||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||    
T  49787143 tttagtttcaatctgtgatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattctggtgttaaccactcgctttggacatcagaattttcacctgatc 49787044  T
Q  233 gacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaagcgttggtgcgag 332  Q
     | ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | || || ||| || ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  49787043 taaaaatagaatcagaggttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaatatgctcaattgaatcaagcgtgggtgcgag 49786944  T
Q  333 tatgcccctttattggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtggcatcaacggatttgttgtgttcgat 432  Q
    ||| ||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||    
T  49786943 tattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacagagtctataagtgacatcaacggatttgttgtgtctgat 49786844  T
Q  433 atgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaa 532  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||| || |||||||||||    
T  49786843 atcagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattgtcacccgaagcatcgttgccgtctccaattgagagtatccacttgcaaaaattagcaa 49786744  T
Q  533 tttcttcctgctctgcaggtac 554  Q
    ||||||||||||||| ||||||    
T  49786743 tttcttcctgctctgtaggtac 49786722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 32 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 55559454 - 55559131
Alignment:
Q  32 ctatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcctac 131  Q
    ||||| || |||| ||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||| | |||||| |||||||||||||||||| | ||||| ||||||||| ||    
T  55559454 ctatcgtgatcttccctagatgtgtaactgtcagccttgtaccattacacagtccattggcctgatcgatgtttctcatcaacataactggacatcccac 55559355  T
Q  132 ccttagtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgcccgat 231  Q
    | ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||     
T  55559354 ctttagtttcaaccggtgatttgaaattccagagctctaaataccattaaggaattcagttgtgaaccactcactttggacatcagaattttcacccgag 55559255  T
Q  232 cgacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaagcgttggtgcga 331  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  55559254 cgacaaacagaatcagagtttaaatactctttctcttcacctggaatcagtgacatcatatattcgttaacatgttcaactgaatcaagcgttggtgcga 55559155  T
Q  332 gtatgcccctttattggaaaaata 355  Q
    |||| ||||||| |||||||||||    
T  55559154 gtattcccctttcttggaaaaata 55559131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 314 - 554
Target Start/End: Original strand, 13337320 - 13337560
Alignment:
Q  314 aatcaagcgttggtgcgagtatgcccctttattggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtggcatcaa 413  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||    
T  13337320 aatcaagcgttgatgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcaaatcgagatacacaaagtctataagtgacataaa 13337419  T
Q  414 cggatttgttgtgttcgatatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagagtatg 513  Q
    |||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| |||||| ||||||||||| |||||||     
T  13337420 cggatttgttgtgtccgatatcagcaaatcttcatgaatttctaccttcatttcaccattgtcacccgaagcatcgttgtcgtctccaattgagagtatc 13337519  T
Q  514 cactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtac 554  Q
    |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13337520 cacttgcaaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtac 13337560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 105; E-Value: 4e-52
Query Start/End: Original strand, 402 - 550
Target Start/End: Complemental strand, 618270 - 618122
Alignment:
Q  402 aagtggcatcaacggatttgttgtgttcgatatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctcca 501  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  618270 aagtgacatgaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcttcgttgtcgtctcca 618171  T
Q  502 attaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcag 550  Q
    ||| ||||||| |||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  618170 attgagagtattcacttgttaaaattaggaatttcttcctgctctgcag 618122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 96; E-Value: 9e-47
Query Start/End: Original strand, 29 - 188
Target Start/End: Original strand, 31921273 - 31921432
Alignment:
Q  29 caactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcc 128  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| | |||| |  ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||     
T  31921273 caactatcgtgctcttccctagatgtgtaactatcagcctcgtaccattacacagtccattagcatgatcgatgtttctcatcagcataactggacatct 31921372  T
Q  129 tacccttagtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattc 188  Q
     ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  31921373 cacccttagtttcaaccggtgatttggaattctagagctcttaataccattaaaaaattc 31921432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 440 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 55559131 - 55559017
Alignment:
Q  440 aatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttc 539  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||     
T  55559131 aatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgttgttgccgtctccaattcagagtatccacttgccaaaattagcaatttcttt 55559032  T
Q  540 ctgctctgcaggtac 554  Q
    |||||||||||||||    
T  55559031 ctgctctgcaggtac 55559017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 86; E-Value: 8e-41
Query Start/End: Original strand, 32 - 189
Target Start/End: Original strand, 787683 - 787840
Alignment:
Q  32 ctatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcctac 131  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||  | |||||| |||||||||||||||||| ||||||| || |||||  ||    
T  787683 ctatcgtgctcttccctagatgtgtaattgtcagcctcgtaccattacacgttccattggcctgatcgatgtttctcatcagcataactgaacatctcac 787782  T
Q  132 ccttagtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattcc 189  Q
    | |||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  787783 ctttagtttcaacctgtgatttggaattccatagctcttaataccattaagaaattcc 787840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 153 - 181
Target Start/End: Original strand, 787932 - 787960
Alignment:
Q  153 tggaattccagagctcttaataccattaa 181  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  787932 tggaattccagagctcttaataccattaa 787960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1139 (Bit Score: 367; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold1139
Description:

Target: scaffold1139; HSP #1
Raw Score: 367; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 38 - 544
Target Start/End: Original strand, 809 - 1315
Alignment:
Q  38 tgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcctacccttag 137  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||| |||||| |||||| |  |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  809 tgctcttccctagatgtgtaactgtcagccttgtaccattacacaatccattggcctgatcaacatttctcatcagcataactggacatcctacccttag 908  T
Q  138 tttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgcccgatcgacaa 237  Q
     |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  909 cttcaaccggtgatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggtcatcagaattttcgcccgattgacaa 1008  T
Q  238 acagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaagcgttggtgcgagtatgc 337  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| || |||||| |||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||| |    
T  1009 acaaaatcagagcttaaatactctttctcttcacttggaatcagtgacatcatatattcgttaacatgctcgactgaattaagcgttggtgcgagtattc 1108  T
Q  338 ccctttattggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtggcatcaacggatttgttgtgttcgatatgag 437  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  1109 ccctttcttggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgttgtgtccgatatgag 1208  T
Q  438 caaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttct 537  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||| |||||||    
T  1209 caaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatccgaagagtcgttgtcgtctccaattgagagtatccacttgccaaaattagaaatttct 1308  T
Q  538 tcctgct 544  Q
    |||||||    
T  1309 tcctgct 1315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 366; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 366; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 29 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 21070481 - 21069956
Alignment:
Q  29 caactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcc 128  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| | || |||||| | |||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  21070481 caactatcgtgctcttccctagatgtgtaactttcagcctcgcaacagtacacagtccattggcctgatcgatgtttctcatcagcataactggacatcc 21070382  T
Q  129 tacccttagtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgccc 228  Q
     ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||  ||||||| |||    
T  21070381 cacccttagtttcaaccggtgatttggaatttcagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcactttggacatctaaattttcaccc 21070282  T
Q  229 gatcgacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaagcgttggtg 328  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| || |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  21070281 gatcaacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcaccaggaatcagtgacatcatatattcgttaacatgctcaactgaatcaagcgttggtg 21070182  T
Q  329 cgagtatgcccctttattggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtggcatcaacggatttgttgtgtt 428  Q
    ||||||| ||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||     
T  21070181 cgagtattcccctttcttggaaaaatagcaggttaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgttgtgtc 21070082  T
Q  429 cgatatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaatta 528  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||| | ||||||||    
T  21070081 tgatatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatccgaaacgtcgttgccgtctccaattgagagtatccacttgtcaaaatta 21069982  T
Q  529 gcaatttcttcctgctctgcaggtac 554  Q
    |||||||||| |||||||||||||||    
T  21069981 gcaatttctttctgctctgcaggtac 21069956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 361; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 38 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 5828965 - 5828449
Alignment:
Q  38 tgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcctacccttag 137  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||| || | |||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||  |||    
T  5828965 tgctcttccctagatgtgtaactgtcagcctcgtaccattacgcagtccattggcctgatcgatgtttctcatcagcataactggacatcccacctctag 5828866  T
Q  138 tttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgcccgatcgacaa 237  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||| ||||    
T  5828865 tttcaaccggtgatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattacaatgtgaaccactcgctttggacatcataattttcacccgatctacaa 5828766  T
Q  238 acagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaagcgttggtgcgagtatgc 337  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||| |||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||| |    
T  5828765 acagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagtgacatcatatattcgttaacatgctcaactgagtcaagtgttggtgcgagtattc 5828666  T
Q  338 ccctttattggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtggcatcaacggatttgttgtgttcgatatgag 437  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||| |||||||||    
T  5828665 ccctttcttggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgagatacacaaagtctataagtgacatcaaaagatttgttgtgtccgatatgag 5828566  T
Q  438 caaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttct 537  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  5828565 caaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgttgttgccgtctccaattcagagtatccacttgccaaaattagcaatttct 5828466  T
Q  538 tcctgctctgcaggtac 554  Q
    | |||||||||||||||    
T  5828465 ttctgctctgcaggtac 5828449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 319; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 32 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 9001561 - 9001039
Alignment:
Q  32 ctatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcctac 131  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||| | ||||||| ||| |||||| || | |||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||| |||| ||    
T  9001561 ctatcgtgctcttccctagatgtgtaattgtcagcctagtaccattacgcagtccattggcctgatcgatgtttctcatcagcataactggatatcccac 9001462  T
Q  132 ccttagtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgcccgat 231  Q
    | |||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  9001461 ctttagtttcaacctgtgatttggaatttcagagctcttaataccattaagaaattccggtgtgaaccactcgctttggacatcagaattttcacccgat 9001362  T
Q  232 cgacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaagcgttggtgcga 331  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | || || ||| || |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  9001361 ctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctagaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcgttagtgcga 9001262  T
Q  332 gtatgcccctttattggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtggcatcaacggatttgttgtgttcga 431  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||    
T  9001261 gtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcaatcagatcgggataaacaaagtctataagagacatcaacggatttgttgtgtccga 9001162  T
Q  432 tatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagca 531  Q
    ||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||| ||||||| |||| |||||||||||||    
T  9001161 tatcaacaaatcttcaagaatttctaccttcatttcaccattctcatccgaagcatcgttgccgtatccaattgagagtatccacttgccaaaattagca 9001062  T
Q  532 atttcttcctgctctgcaggtac 554  Q
    ||||||||||||| |||||||||    
T  9001061 atttcttcctgctatgcaggtac 9001039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 303; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 32 - 554
Target Start/End: Original strand, 7036523 - 7037045
Alignment:
Q  32 ctatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcctac 131  Q
    ||||| ||||||| |||||| |||||| | ||||||| ||| ||||||||| | |||||   ||||||||||||||||| |||||||  |||||||| ||    
T  7036523 ctatcgtgctcttccctagacgtgtaattgtcagcctagtaccattacacagtccattgccttgatcgatgtttctcatcagcataaccggacatcccac 7036622  T
Q  132 ccttagtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgcccgat 231  Q
    | |||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  7036623 ctttagtttcaacctgtgatttggaattccaaagctcttaataccattaagaaattctggtgtgaaccactcgctttggacatcagaattttcacccgat 7036722  T
Q  232 cgacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaagcgttggtgcga 331  Q
    | | ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | || || ||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  7036723 ctaaaaatagaatcagaggttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcgttggtgcga 7036822  T
Q  332 gtatgcccctttattggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtggcatcaacggatttgttgtgttcga 431  Q
    |||| ||||||| |||||||| |||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||    
T  7036823 gtattcccctttcttggaaaagtagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgttgtgtctga 7036922  T
Q  432 tatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagca 531  Q
    ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||| || ||||||||||    
T  7036923 tatcagcgaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattgtcacccgaagcatcgttgccgtctccaattgagagtatccacttgcaaaaattagca 7037022  T
Q  532 atttcttcctgctctgcaggtac 554  Q
    |||||||| ||||||||||||||    
T  7037023 atttcttcttgctctgcaggtac 7037045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 303; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 33 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 12786394 - 12785872
Alignment:
Q  33 tatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcctacc 132  Q
    |||| ||||||| ||||||||| ||||| ||||||| ||| ||||||||| | |||||| |||||||||||||||||  ||||||| ||||||||| |||    
T  12786394 tatcgtgctcttccctagatgtataactgtcagcctagtaccattacacagtccattggcctgatcgatgtttctcaacagcataactggacatcccacc 12786295  T
Q  133 ctt-agtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgcccgat 231  Q
     || |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||    
T  12786294 ttttagtttcaacctgtgatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattctggtgtgaaccactcgctttggacatcagaattttcacctgat 12786195  T
Q  232 cgacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaagcgttggtgcga 331  Q
    | | ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| | || || ||| || |||||| |||||||| |||||||||||| |||||||    
T  12786194 ctaaaaatagaatcagaggttaaatactctttctcttcacctagaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaattgaatcaagcgtgggtgcga 12786095  T
Q  332 gtatgcccctttattggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtggcatcaacggatttgttgtgttcga 431  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||    
T  12786094 gtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacagagtctataagtgacatcaacggatttgttgtgtttga 12785995  T
Q  432 tatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagca 531  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||| || ||||||||||    
T  12785994 tatcagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattgtcacccgaagcatcgttgccgtctccaattgagagtatccacttgcaaaaattagca 12785895  T
Q  532 atttcttcctgctctgcaggtac 554  Q
    |||||||||||||||| ||||||    
T  12785894 atttcttcctgctctgtaggtac 12785872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 286; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 74 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 12781523 - 12781042
Alignment:
Q  74 cattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcctacccttagtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaat 173  Q
    ||||||||| | |||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||| |||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||    
T  12781523 cattacacagtccattggcctgatcgatgtttctcatcagcataactggacatcccaccattagtttcaacctgtgatttggaattccatagctcttaat 12781424  T
Q  174 accattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgcccgatcg-acaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacc 272  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||  | ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  12781423 accattaagaaattctggtgtgaaccactcgctttggacatcagaattttcacccgatctcaaaaatagaatcagaggttaaatactctttctcttcacc 12781324  T
Q  273 tggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaagcgttggtgcgagtatgcccctttattggaaaaatagcgggtcaccaaggtta 372  Q
    ||||||| | || || ||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||    
T  12781323 tggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcgttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggtta 12781224  T
Q  373 tcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtggcatcaacggatttgttgtgttcgatatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccat 472  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||   |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12781223 tcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgttgtgtcttatatcagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccat 12781124  T
Q  473 tctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtac 554  Q
    | ||| | ||||| || ||| ||||||||||| ||||||| |||| || |||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  12781123 tgtcacccgaagcatcattgtcgtctccaattgagagtatccacttgcaaaaattagcaatttcttcttgctctacaggtac 12781042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 217 - 554
Target Start/End: Original strand, 22843792 - 22844128
Alignment:
Q  217 gaattttcgcccgatcgacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaat 316  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||| |||||| ||||||||| ||||    
T  22843792 gaattttcacccgatcgacaaacagaaacagaacttaaatactctttctcttcacctggaatcagtgacatcatatattcgttaacatgctcaacagaat 22843891  T
Q  317 caagcgttggtgcgagtatgcccctttattggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtggcatcaacgg 416  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||| |    
T  22843892 caagcgttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagcaggtcaccaaggttatcatttaaatcgagatacacaatgtctataagtgacatcaacag 22843991  T
Q  417 atttgttgtgttcgatatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagagtatgcac 516  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||| |||| |||||||||||| ||     
T  22843992 atttgttgtgtcagatatgagcaaatcttcaagaatttctaccttcatttcacca-tctcatccgaagcgacgttgccttctctaattaagagtatccaa 22844090  T
Q  517 tcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtac 554  Q
    | ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||    
T  22844091 ttgccaaaattagcaatttattcctgctctacaggtac 22844128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 32 - 355
Target Start/End: Original strand, 42231887 - 42232210
Alignment:
Q  32 ctatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcctac 131  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||| | |||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||    
T  42231887 ctatcgtgctcttccctagatgtgtaactgtcagccttgtaccattacacagtccattggcctgatcgatgtttctcatcagcataactggacatcccac 42231986  T
Q  132 ccttagtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgcccgat 231  Q
    | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||     
T  42231987 ctttagtttcaaccggtgatttggaattccagagctctaaataccattaaggaattcagttgtgaaccactcactttggacatcagaattttcacccgag 42232086  T
Q  232 cgacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaagcgttggtgcga 331  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  42232087 cgacaaacaaaatcagagtttaaatactctttctcttcacctggaatcagtgacatcatatattcgttaacatgttcaactgaatcaagcgttggtgaga 42232186  T
Q  332 gtatgcccctttattggaaaaata 355  Q
    |||| ||||||| |||||||||||    
T  42232187 gtattcccctttcttggaaaaata 42232210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 440 - 554
Target Start/End: Original strand, 42232210 - 42232324
Alignment:
Q  440 aatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttc 539  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||     
T  42232210 aatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatccgaaccgttgttgccgtctccaattcagagtatccacttgccaaaattagcaatttcttt 42232309  T
Q  540 ctgctctgcaggtac 554  Q
    || ||||||||||||    
T  42232310 ctactctgcaggtac 42232324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 358 - 403
Target Start/End: Original strand, 18939139 - 18939184
Alignment:
Q  358 gggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataa 403  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  18939139 gggttaccaaagttatcattcaaatcgggatacacaaagtttataa 18939184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0134 (Bit Score: 362; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0134
Description:

Target: scaffold0134; HSP #1
Raw Score: 362; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 32 - 553
Target Start/End: Complemental strand, 5675 - 5155
Alignment:
Q  32 ctatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcctac 131  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||    
T  5675 ctatcgtgctcttccctagatgtgtaactgtcagcctcgtaccattacacagtccattggtctgatcgatgtttctcatcagcataactggacatcccac 5576  T
Q  132 ccttagtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgcccgat 231  Q
    | ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  5575 ctttagtatcaaccggtgatttggaattccagagctcttaataccattaaggaattctgttgtgaaccactcgctttggacatcagaattttcacccgat 5476  T
Q  232 cgacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaagcgttggtgcga 331  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| || |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  5475 cgacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctgaaatcagtgacatcatatattcgttaacatgctcaactgaatcaagcgttggtgcga 5376  T
Q  332 gtatgcccctttattggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtggcatcaacggatttgttgtgttcga 431  Q
    |||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||| |||    
T  5375 gtattcccctttcttgg-aaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgagatacacaaagtctataagtgacatcaatagatttgttgtgtccga 5277  T
Q  432 tatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagca 531  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||| | ||||||| |||| |||||||||||||    
T  5276 tatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgctgttgtcgtctccaagtcagagtatccacttgccaaaattagca 5177  T
Q  532 atttcttcctgctctgcaggta 553  Q
    ||||||| ||||| ||||||||    
T  5176 atttctttctgctttgcaggta 5155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 359; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 359; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 32 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 21114160 - 21113638
Alignment:
Q  32 ctatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcctac 131  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| | ||||||  ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||    
T  21114160 ctatcgtgctcttccctagatgtgtaactgtcagcctcgtaccattacacagtccattggcttgatcgatgtttctcatcagcataactggacatcccac 21114061  T
Q  132 ccttagtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgcccgat 231  Q
    | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||     
T  21114060 ctttagtttcaaccggtgatttggaattccagagctcttaataccattaaggaatttcgttgtgaaccactcactttggacatcagaattttcacccgag 21113961  T
Q  232 cgacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaagcgttggtgcga 331  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |    
T  21113960 cgacaaacagaatcagagtttaaatactctttctcttcacctggaatcagtgacatcatatattcgttaacatgttcaactgaatcaagcgttggtgcaa 21113861  T
Q  332 gtatgcccctttattggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtggcatcaacggatttgttgtgttcga 431  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||    
T  21113860 gtattccccttttttggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcaagatacacaaagtctataagtgacatcaacagatttgttgtgtccga 21113761  T
Q  432 tatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagca 531  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||    
T  21113760 tataagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatccgaagcgttgttgccgtctccaattcagagtatccacttgccaaaattagca 21113661  T
Q  532 atttcttcctgctctgcaggtac 554  Q
    ||||||| |||||||||||||||    
T  21113660 atttctttctgctctgcaggtac 21113638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 355; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 32 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 25218981 - 25218459
Alignment:
Q  32 ctatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcctac 131  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||| | |||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||    
T  25218981 ctatcgtgctcttccctagatgtgtaactgtcagcctagtaccattacacagtccattggcctgatcgatgtttctcatcagcataactggacatcccac 25218882  T
Q  132 ccttagtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgcccgat 231  Q
    | |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  25218881 ctttagtttcaacctgtgatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccggtgtgaaccactcgctttggacatcagaattttcacccgat 25218782  T
Q  232 cgacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaagcgttggtgcga 331  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || || ||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  25218781 ctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcgttggtgcga 25218682  T
Q  332 gtatgcccctttattggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtggcatcaacggatttgttgtgttcga 431  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||    
T  25218681 gtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgttgtgtctga 25218582  T
Q  432 tatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagca 531  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||| || ||||||||||    
T  25218581 tatcagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattgtcacccgaagcatcgttgccgtctccaattgagagtatccacttgcaaaaattagca 25218482  T
Q  532 atttcttcctgctctgcaggtac 554  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  25218481 atttcttcctgctctgcaggtac 25218459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 307; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 32 - 554
Target Start/End: Original strand, 7821641 - 7822163
Alignment:
Q  32 ctatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcctac 131  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||| | |||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||| || | ||    
T  7821641 ctatcgtgctcttccctagatgtgtaactatcagcctagtaccattacacagtccattggcctgatcgatgtttctcatcagcataactggaaattccac 7821740  T
Q  132 ccttagtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgcccgat 231  Q
    | |||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  7821741 ctttagtttcaacatgtgatttggaattccagagctcttaatacaattaagaaattctggtgtgaaccactcgctttggacatcagaattttcacccgat 7821840  T
Q  232 cgacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaagcgttggtgcga 331  Q
    | | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | || || ||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  7821841 ctaaaaatagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctgaaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcgttggtgcga 7821940  T
Q  332 gtatgcccctttattggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtggcatcaacggatttgttgtgttcga 431  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||    
T  7821941 gtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcggaatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgttgtgtttga 7822040  T
Q  432 tatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagca 531  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| |||||| ||||||||||| ||||||| ||||  | |||||| |||    
T  7822041 tatcagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattgtcacccgaagcatcgttgtcgtctccaattgagagtatccacttacaaaaattcgca 7822140  T
Q  532 atttcttcctgctctgcaggtac 554  Q
    ||||||||||||||| |||||||    
T  7822141 atttcttcctgctctacaggtac 7822163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 307; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 32 - 554
Target Start/End: Original strand, 30306980 - 30307502
Alignment:
Q  32 ctatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcctac 131  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||| | ||||| ||| ||||||||| | |||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||    
T  30306980 ctatcgtgctcttccctagatgtgtaactgttagcctagtaccattacacagtccattggcctgatcgatgtttctcatcagcataactggacatcccac 30307079  T
Q  132 ccttagtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgcccgat 231  Q
    | |||||||||||  || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  30307080 ctttagtttcaacttgtgatttggaattgcagagctcttaataccattaagaaattctggtgtgaaccactcgctttggacatcagaattttcacccgat 30307179  T
Q  232 cgacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaagcgttggtgcga 331  Q
    | | ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | || || ||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  30307180 ctaaaaatagaatcggagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcgttggtgcga 30307279  T
Q  332 gtatgcccctttattggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtggcatcaacggatttgttgtgttcga 431  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||    
T  30307280 gtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcgttcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgttgtgtccga 30307379  T
Q  432 tatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagca 531  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| | ||||| |||||| ||||||||||| |||||||  ||| || ||||||||||    
T  30307380 tatcagcaaatcttcaggaatttctacattcatttcaccattgtcacccgaagcatcgttgtcgtctccaattgagagtatctacttgcaaaaattagca 30307479  T
Q  532 atttcttcctgctctgcaggtac 554  Q
    |||||||||  ||||||||||||    
T  30307480 atttcttcccactctgcaggtac 30307502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 277; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 32 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 25209448 - 25208941
Alignment:
Q  32 ctatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcctac 131  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||| | |||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||    
T  25209448 ctatcgtgctcttccctagatgtgtaactgtcagcctagtaccattacacagtccattggcctgatcgatgtttctcatcagcataactggacatcccac 25209349  T
Q  132 ccttagtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgcccgat 231  Q
    | |||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  25209348 ctttagtttcaacctgtgatttggaataccagagctcttaataccattaagaaattctggtgtgaaccactagctttggacatcagaattttcgcccgat 25209249  T
Q  232 cgacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaagcgttggtgcga 331  Q
    | | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || || ||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  25209248 ctaaaaatagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcgttggtgcga 25209149  T
Q  332 gtatgcccctttattggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtggcatcaacggatttgttgtgttcga 431  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||               |||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||    
T  25209148 gtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcatt---------------aaagtctataagtgacatcaacggatttgttgtgtctga 25209064  T
Q  432 tatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagca 531  Q
     || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| |||||| ||||||||||| ||||||| |||| || |||||||| |    
T  25209063 catcagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattgtcacccgaagcatcgttgtcgtctccaattgagagtatccacttgcaaaaattagta 25208964  T
Q  532 atttcttcctgctctgcaggtac 554  Q
    ||||| |||||||||||||||||    
T  25208963 atttcgtcctgctctgcaggtac 25208941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 32 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 31978943 - 31978533
Alignment:
Q  32 ctatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcctac 131  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||| | ||||||  ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||    
T  31978943 ctatcgtgctcttccctagatgtgtaactgtcagcctagtaccattacacagtccattggcttgatcgatgtttctcatcagcataactggacatcccac 31978844  T
Q  132 ccttagtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgcccgat 231  Q
    | |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||    
T  31978843 ctttagtttcaacctgtgatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgatgtgaaccactcgctttggacatctgaattttcccccgat 31978744  T
Q  232 cgacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaagcgttggtgcga 331  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || || ||| ||  ||| | ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  31978743 ctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaatttgttgacatgctcaactgaatcaagcgttgatgcga 31978644  T
Q  332 gtatgcccctttattggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtggcatcaacggatttgttgtgttcga 431  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||  |||    
T  31978643 gtattcccctttcttggaaaaatagctggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtttataagtgacatcaacagatttgttgtgcccga 31978544  T
Q  432 tatgagcaaat 442  Q
    ||| |||||||    
T  31978543 tatcagcaaat 31978533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 96; E-Value: 9e-47
Query Start/End: Original strand, 29 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 33861799 - 33861640
Alignment:
Q  29 caactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcc 128  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| | |||| |  ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||     
T  33861799 caactatcgtgctcttccctagatgtgtaactatcagcctcgtaccattacacagtccattagcatgatcgatgtttctcatcagcataactggacatct 33861700  T
Q  129 tacccttagtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattc 188  Q
     ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  33861699 cacccttagtttcaaccggtgatttggaattctagagctcttaataccattaaaaaattc 33861640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 29 - 191
Target Start/End: Original strand, 14714065 - 14714227
Alignment:
Q  29 caactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcc 128  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||   |||||  || ||| ||||||||||| ||| ||| | |||||||    
T  14714065 caactatcgtgctcttccctagatgtgtaactgtcagcctcgtaccattacacagaccattgacctcatcaatgtttctcatcagcctaactagacatcc 14714164  T
Q  129 tacccttagtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgt 191  Q
     |||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14714165 cacccttagtttcaacctgtgatttggaatgccagagctcttaataccattaagaaattccgt 14714227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 32 - 135
Target Start/End: Original strand, 14767366 - 14767469
Alignment:
Q  32 ctatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcctac 131  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||| | ||||||  ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||    
T  14767366 ctatcgtgctcttccctagatgtgtaactgtcagcctcgcaccattacacagtccattggcatgatcgatgtttctcatcagcataactggacatcccac 14767465  T
Q  132 cctt 135  Q
    ||||    
T  14767466 cctt 14767469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 32 - 82
Target Start/End: Original strand, 7781551 - 7781601
Alignment:
Q  32 ctatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacaca 82  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||    
T  7781551 ctatcgtgctcttccctagatgtgtaactatcagcctagtaccattacaca 7781601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 354; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 354; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 29 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 2202598 - 2202073
Alignment:
Q  29 caactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcc 128  Q
    |||||||| ||||||| | ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| | |||| | ||||||||||||||||||  |||||| |||||||||    
T  2202598 caactatcgtgctcttccttagatgtgtaactgtcagcctcgtaccattacacagtccatttgcctgatcgatgtttctcatcggcataactggacatcc 2202499  T
Q  129 tacccttagtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgccc 228  Q
     |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||    
T  2202498 cacccttagtttcaaccagtgatttggaattccagagctctaaataccattaaggaattcagttgtgaaccactcactttggacatcagaattttcaccc 2202399  T
Q  229 gatcgacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaagcgttggtg 328  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||| |||||| ||| || ||||||| |||||||||||    
T  2202398 gatcgacaaatagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagtgacatcatatattcgttaacatgttctactgaattaagcgttggtg 2202299  T
Q  329 cgagtatgcccctttattggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtggcatcaacggatttgttgtgtt 428  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  2202298 cgagtattcccctttcttggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttattgtgtt 2202199  T
Q  429 cgatatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaatta 528  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||| ||||||||||    
T  2202198 cgatatgagcaaatcttcgggaatttctacattcatttcaccattctcatttgaagcgtcgttgccttctccaattgagagtatccacttgccaaaatta 2202099  T
Q  529 gcaatttcttcctgctctgcaggtac 554  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||||    
T  2202098 gcaatttcttcatgctctgcaagtac 2202073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 341; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 41 - 553
Target Start/End: Original strand, 10187356 - 10187868
Alignment:
Q  41 tctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcctacccttagttt 140  Q
    |||| ||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||| | |||||  |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  10187356 tcttccctagatgtgtaattgtcagcctcgtaccattacacagtccattgacctgatcgatgtttctcatcagcataactggacatcccacccttagttt 10187455  T
Q  141 caaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgcccgatcgacaaaca 240  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  10187456 caaccggtgatttggaattcaagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcactttggacatcaaaattttcacccgatcgacaaaca 10187555  T
Q  241 gaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaagcgttggtgcgagtatgcccc 340  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||| |||||| |||||||| ||||||||| ||||| |||||||| |||     
T  10187556 gaatcatagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagtgacatcatatattcgttaacatgctcaattgaatcaagtgttggagcgagtattccct 10187655  T
Q  341 tttattggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtggcatcaacggatttgttgtgttcgatatgagcaa 440  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| | ||||||||||    
T  10187656 tttcttggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggattttttgtgtccaatatgagcaa 10187755  T
Q  441 atcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcc 540  Q
    || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| || |||  || |||||||||||||||||||    
T  10187756 atattcaggaatttctaccttcattttaccattctcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattgagagcatccacgtgcgaaaattagcaatttcttcc 10187855  T
Q  541 tgctctgcaggta 553  Q
    |||||| ||||||    
T  10187856 tgctctacaggta 10187868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 307; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 33 - 547
Target Start/End: Original strand, 18343929 - 18344443
Alignment:
Q  33 tatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcctacc 132  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||| | ||||| ||| ||||||||| | |||||| |||||||||||||||||| ||||||   |||||||| |||    
T  18343929 tatcgtgctcttccctagatgtgtaactgttagccttgtaccattacacagtccattggcctgatcgatgtttctcatcagcatagccggacatcccacc 18344028  T
Q  133 cttagtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgcccgatc 232  Q
    ||| |||||||| ||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||  |||||||  ||||||| ||||||||| ||||||| |||||||    
T  18344029 cttggtttcaactggtgatttggaattttagagctcttaataccattaagaaattctattgtgaaatactcgctttggacatcaaaattttcacccgatc 18344128  T
Q  233 gacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaagcgttggtgcgag 332  Q
    |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| | || || |||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  18344129 gacaaatagaatcaaagcttaaatactctttctcttcgcctggaatcagcgacatcatatattcgtcaacatgctcaactgaatcaagcgttggtgcaag 18344228  T
Q  333 tatgcccctttattggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtggcatcaacggatttgttgtgttcgat 432  Q
    ||| ||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||    
T  18344229 tattcccctttcttggaaaaatagatggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtgacatgaacggatttgttgtgtccgat 18344328  T
Q  433 atgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaa 532  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||| |||| | ||||||||| ||    
T  18344329 atgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcactattctcatctgaagcttcgttgtcgtctccaattgagagtattcacttgtcaaaattaggaa 18344428  T
Q  533 tttcttcctgctctg 547  Q
    |||||||||||||||    
T  18344429 tttcttcctgctctg 18344443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 297; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 38 - 553
Target Start/End: Original strand, 15333451 - 15333967
Alignment:
Q  38 tgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctc-ataagcataattggacatcctaccctta 136  Q
    ||||||| |||||||| |||||| ||||||| ||| ||||||||| | |||||| |||||| |||||| || || | ||||| ||||||||| ||| |||    
T  15333451 tgctcttccctagatgagtaactgtcagcctagtaccattacacagtccattggcctgatcaatgtttttccatcaccataactggacatcccaccttta 15333550  T
Q  137 gtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgcccgatcgaca 236  Q
    |||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||| |||||| ||||||||||||||||| || |||| |||    
T  15333551 gttttaacctgtgatttggaattccagagctcttaataccattaagaaatttcgatatgaacctctcgctttggacatcagaattttcacctgatctaca 15333650  T
Q  237 aacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaagcgttggtgcgagtatg 336  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | || || ||| || |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||     
T  15333651 aacagaatcagagcctaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagtgttggtgcgagtatt 15333750  T
Q  337 cccctttattggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtggcatcaacggatttgttgtgttcgatatga 436  Q
    ||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||  || |||||| |    
T  15333751 cccatttgttggaaaaatagctggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctattagtgacatcaacggatttgttacgtacgatatca 15333850  T
Q  437 gcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttc 536  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  15333851 acaaatcttcaggaatttctaccttcatttcactattctcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattgagagtatccacttgccaaaattagcaatttc 15333950  T
Q  537 ttcctgctctgcaggta 553  Q
    ||| |||||||||||||    
T  15333951 ttcttgctctgcaggta 15333967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 122 - 529
Target Start/End: Complemental strand, 29640355 - 29639947
Alignment:
Q  122 gacatcctacccttagtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattcc-gttgtgaaccactcgctctggacatcagaat 220  Q
    ||||||| ||| |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||| | |||||||||||    
T  29640355 gacatcccacctttagtttcaacctgtgatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattcttggtgtgaaccactcgctttagacatcagaat 29640256  T
Q  221 tttcgcccgatcgacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaag 320  Q
    |||| ||||||| | ||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| | || || ||| || |||||| ||||||||||||||||||    
T  29640255 tttcacccgatctaaaaatagaattagaggttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaag 29640156  T
Q  321 cgttggtgcgagtatgcccctttattggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtggcatcaacggattt 420  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  29640155 cgttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcaggatacacaaagtctataagtgacatcaacagattt 29640056  T
Q  421 gttgtgttcgatatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagagtatgcactcgc 520  Q
    |||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||| ||    
T  29640055 gttgtggttgatatcagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattgtcacccgaagcatcgttgccgtctccaattgagagtatccacttgc 29639956  T
Q  521 caaaattag 529  Q
     ||||||||    
T  29639955 aaaaattag 29639947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 217 - 554
Target Start/End: Original strand, 30881315 - 30881651
Alignment:
Q  217 gaattttcgcccgatcgacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaat 316  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||| |||||| ||||||||| ||||    
T  30881315 gaattttcacccgatcgacaaacagaaccagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagtgacatcatatattcgttaacatgctcaacagaat 30881414  T
Q  317 caagcgttggtgcgagtatgcccctttattggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtggcatcaacgg 416  Q
    |||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  30881415 caagcgttggtgcgagtatttccctttcttggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcatttaaatcgagatacacaatgtctataagtgacatcaacgg 30881514  T
Q  417 atttgttgtgttcgatatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagagtatgcac 516  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||| |||| |||| ||||||| ||     
T  30881515 atttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcacca-tctcatccgaagcgccgttgccttctctaattgagagtatccat 30881613  T
Q  517 tcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtac 554  Q
    | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  30881614 ttgccaaaattagcaatttattcctgctctgcaggtac 30881651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 122 - 529
Target Start/End: Complemental strand, 31510525 - 31510118
Alignment:
Q  122 gacatcctacccttagtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaatt 221  Q
    ||||||| ||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  31510525 gacatcccacctttagtttcaacctgtgatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattctggtgtgaaccactcgctttagacatcagaatt 31510426  T
Q  222 ttcgcccgatcgacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaagc 321  Q
    ||| ||||||| | ||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| | || || ||| || |||||| |||||||||||||||||||    
T  31510425 ttcacccgatctaaaaatagaattagaggttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagc 31510326  T
Q  322 gttggtgcgagtatgcccctttattggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtggcatcaacggatttg 421  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||  ||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  31510325 gttggtgcgagtattcccctttcttgaaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagattaggatacacaaagtctataagtgacatcaacagatttg 31510226  T
Q  422 ttgtgttcgatatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagagtatgcactcgcc 521  Q
    ||||| | ||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||| | ||| | |||||||||||||||||| ||||||| |||| ||     
T  31510225 ttgtggttgatatcagcaaatcttaagaaatttctaccttcatttcaccattgtcacccgaaacatcgttgccgtctccaattgagagtatccacttgca 31510126  T
Q  522 aaaattag 529  Q
    ||||||||    
T  31510125 aaaattag 31510118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 180; E-Value: 6e-97
Query Start/End: Original strand, 32 - 363
Target Start/End: Original strand, 12517191 - 12517522
Alignment:
Q  32 ctatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcctac 131  Q
    ||||| ||||||| |||||| |||||| | |||| || ||| ||||||||| | |||||| |||||||||||||||||| | |||||  |||||||| ||    
T  12517191 ctatcgtgctcttccctagaagtgtaaatgtcagactagtaccattacacagtccattggcctgatcgatgtttctcatcaacataaccggacatcccac 12517290  T
Q  132 ccttagtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgcccgat 231  Q
    | |||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||    
T  12517291 ctttagtttcaacctgtgatttggaattccaaagctcttaataccattaagaaattccgatgtgaaccactcgctttggacatcagaattttcaccccat 12517390  T
Q  232 cgacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaagcgttggtgcga 331  Q
    |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || || ||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  12517391 catcaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcgttggtgcaa 12517490  T
Q  332 gtatgcccctttattggaaaaatagcgggtca 363  Q
     ||| ||||||| ||||||||||||| |||||    
T  12517491 atattcccctttcttggaaaaatagctggtca 12517522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 29 - 189
Target Start/End: Original strand, 12519407 - 12519567
Alignment:
Q  29 caactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcc 128  Q
    |||||||| ||||||| |||||| || ||| | ||| ||||||| ||||||||  | |||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  12519407 caactatcgtgctcttccctagacgtataattgtcaacctcgtaccattacacggtccattggcctgatcgatgcttctcatcagcataattggacatcc 12519506  T
Q  129 tacccttagtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattcc 189  Q
     ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12519507 cacccttagtttcaaccggtgatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattcc 12519567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 32 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 29641763 - 29641668
Alignment:
Q  32 ctatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatc 127  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||| | |||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  29641763 ctatcgtgctcttccctagatgtgtaactgtcagcctagtaccattacacagtccattggcctgatcgatgtttctcatcagcataactggacatc 29641668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 475 - 551
Target Start/End: Original strand, 12517520 - 12517596
Alignment:
Q  475 tcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcagg 551  Q
    ||||| |||| ||||||| ||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12517520 tcatccgaagtgtcgttgtcgtctccaattgagagtatccacttgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcagg 12517596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 32 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 31511927 - 31511832
Alignment:
Q  32 ctatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatc 127  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||| | | |||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  31511927 ctatcgtgctcttccctagatgtgtaactgtcagcctagtaccattacatagtccattggcctgatcgatgtttctcatcagcataactggacatc 31511832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0017 (Bit Score: 352; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0017
Description:

Target: scaffold0017; HSP #1
Raw Score: 352; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 40 - 554
Target Start/End: Original strand, 186368 - 186879
Alignment:
Q  40 ctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcctacccttagtt 139  Q
    ||||| |||||||||  |||| ||||||||||| ||||||||| | || ||| |||||||||||||||||| ||||||| | ||||||| ||| ||||||    
T  186368 ctcttccctagatgttaaactgtcagcctcgtaccattacacagtccactggcctgatcgatgtttctcatcagcataactagacatcccacctttagtt 186467  T
Q  140 tcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgcccgatcgacaaac 239  Q
    ||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  186468 tcaaccggtgatttggaa--ccagagctcttaataccattaaggaattccgttgagaaccactcgctttggacatcagaattt-cacccgatcgacaaac 186564  T
Q  240 agaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaagcgttggtgcgagtatgccc 339  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  186565 agaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagtgacatcatatattcgttaacatgctcagctgaatcaagcgttggtgcgagtattccc 186664  T
Q  340 ctttattggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtggcatcaacggatttgttgtgttcgatatgagca 439  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  186665 ctttattggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacagatttgttgtgtacgatatgagca 186764  T
Q  440 aatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttc 539  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||     
T  186765 aatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatccgaagcgttgttgccgtctccaattgagagtatccacttgccaaaattagcaatttcttt 186864  T
Q  540 ctgctctgcaggtac 554  Q
    |||||||||| ||||    
T  186865 ctgctctgcaagtac 186879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 351; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 351; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 29 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 2453534 - 2453011
Alignment:
Q  29 caactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcc 128  Q
    |||||||||||||||| | ||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||| |||| |  ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  2453534 caactatcttgctcttccatagatgtgtaactgtcaacctcgtaccattacacaatccatttgcatgatcgatgtttctcatcagcataactggacatcc 2453435  T
Q  129 tacccttagtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgccc 228  Q
     ||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |  ||| | ||||||||||||||||| |||    
T  2453434 caccgttagtttcaatcggtgatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccattgtgaatc--tcgttttggacatcagaattttcaccc 2453337  T
Q  229 gatcgacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaagcgttggtg 328  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||| || |||||| |||||| |||||||||| ||| |||||||||||    
T  2453336 gatcgacaaatagaatcagagcctaaatactctttctcttcacctggaattagtgacatcatatattcgttaacatgctcaactcaataaagcgttggtg 2453237  T
Q  329 cgagtatgcccctttattggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtggcatcaacggatttgttgtgtt 428  Q
    ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  2453236 cgagtattcccctttcttggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcggaattcacaaagtctataagtgacatcaacggatttgttgtgtt 2453137  T
Q  429 cgatatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaatta 528  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| | ||||||||    
T  2453136 cgatatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatttgaagcgtcgttgccgtctccaattgagagtatccacttgtcaaaatta 2453037  T
Q  529 gcaatttcttcctgctctgcaggtac 554  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||    
T  2453036 gcaatttcttcatgctctgcaggtac 2453011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 348; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 32 - 553
Target Start/End: Original strand, 2328972 - 2329490
Alignment:
Q  32 ctatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcctac 131  Q
    ||||| ||||||| |||| |||||||||  ||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||  |    
T  2328972 ctatcgtgctcttccctatatgtgtaacggtcagcctcgtaccattactcagtccattggtctgatcgatgtttctcatcagcataactggacatcccgc 2329071  T
Q  132 ccttagtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgcccgat 231  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||    
T  2329072 ccttagtttcaaccggtgatttggaattccatagctcttaataccatttagaaattccgttgtgaaccactctctttggacatcagaattttcacccgat 2329171  T
Q  232 cgacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaagcgttggtgcga 331  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  2329172 cgacaaagagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagtgacatcatatattcgttaacatgctcgactgaatcaagcgttggtgcga 2329271  T
Q  332 gtatgcccctttattggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtggcatcaacggatttgttgtgttcga 431  Q
    |||| ||||||| ||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||    
T  2329272 gtattcccctttcttgaaaaaatagtggatcaccaaggttatcattcaaatcgggatacac---gtctataagtgacatcaacggatttgttgtgtccga 2329368  T
Q  432 tatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagca 531  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||| |||||||||||||    
T  2329369 tatgagaaaatcttcaggaatttctaccttcattttaccattctcatccgaagcgtcgttgccgtctctaattgagagtatccacttgccaaaattagca 2329468  T
Q  532 atttcttcctgctctgcaggta 553  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  2329469 atttcttcctgctctgcaggta 2329490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 347; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 32 - 554
Target Start/End: Original strand, 16041828 - 16042350
Alignment:
Q  32 ctatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcctac 131  Q
    ||||| ||||||| |||| |||||||||| ||||||| ||| ||||||||| || ||||| || ||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||    
T  16041828 ctatcgtgctcttccctaaatgtgtaactgtcagcctagtaccattacacagtttattggcctaatcgatgtttctcatcagcataactggacatcccac 16041927  T
Q  132 ccttagtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgcccgat 231  Q
    | |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  16041928 ctttagtttcaacctgtgatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgatgtgaaccactcgctttggacatcagaattttcacccgat 16042027  T
Q  232 cgacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaagcgttggtgcga 331  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | || || ||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  16042028 ctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacttggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcgttggtgcga 16042127  T
Q  332 gtatgcccctttattggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtggcatcaacggatttgttgtgttcga 431  Q
    |||| ||||||| |||| |||||||| || |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||    
T  16042128 gtattcccctttcttggcaaaatagctgggcaccaaggttatcattcagattgggatacacaaagtctataagcgacatcaacggatttgttgtgtccga 16042227  T
Q  432 tatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagca 531  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||    
T  16042228 tatcagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattgagagtatccacttgccaaaattagca 16042327  T
Q  532 atttcttcctgctctgcaggtac 554  Q
    |||||||||||||||||| ||||    
T  16042328 atttcttcctgctctgcatgtac 16042350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 320; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 33 - 552
Target Start/End: Complemental strand, 48775750 - 48775231
Alignment:
Q  33 tatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcctacc 132  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| | || ||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  48775750 tatcgtgctcttccctagatgtgtaactgtcagcctcgtaccattacacagtccaatgacctgatcgatgtttctcatcagcataattggacatcccacc 48775651  T
Q  133 cttagtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgcccgatc 232  Q
    || ||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  48775650 ctcagtttcaactggtgatttggaattccatagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagactttttgcccgatc 48775551  T
Q  233 gacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaagcgttggtgcgag 332  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | | || |||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  48775550 gacaaactgaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcatttacatcatatattcgttaacatgctcaaccgaatcaagcgttggtgcgag 48775451  T
Q  333 tatgcccctttattggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtggcatcaacggatttgttgtgttcgat 432  Q
    ||| ||| ||| ||||||||| ||| ||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||| ||| |||| |||||| | |||||||||||  |||    
T  48775450 tattcccttttcttggaaaaagagcaggtcaccaatgttatcattctaatcgggatatacaaagtgtattagtgacatcaaagaatttgttgtgtcggat 48775351  T
Q  433 atgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaa 532  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||     
T  48775350 atgagcaaatcttcgggaatttctaccttcatttcaccattctcattcgaagcgtcgttgccgtctccaattgagagtatccacttgccaaaattagcag 48775251  T
Q  533 tttcttcctgctctgcaggt 552  Q
    |||||| |||||||| ||||    
T  48775250 tttctttctgctctgtaggt 48775231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 319; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 32 - 554
Target Start/End: Original strand, 18148491 - 18149013
Alignment:
Q  32 ctatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcctac 131  Q
    ||||| || |||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| | |||||| || |||||||||||| || ||||||| ||||||||  |     
T  18148491 ctatcatgatcttccctagatgtgtaactgtcagcctcgtaccattacacactccattggccttatcgatgtttctaatcagcataactggacatctcat 18148590  T
Q  132 ccttagtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgcccgat 231  Q
    | ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||  |||||    
T  18148591 ctttagtttcaaccggtgatttagaattccagagctcttaataccattaaggaattccgttgtgaaccacttgctttggacataagaattttcatccgat 18148690  T
Q  232 cgacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaagcgttggtgcga 331  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  18148691 cgacaaacagaataagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagtgacatcatatattcgttaacatgctcaaatgaatcaagcgttggtgcga 18148790  T
Q  332 gtatgcccctttattggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtggcatcaacggatttgttgtgttcga 431  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||| |||    
T  18148791 gtattcccctttcttggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaattgagatacacaaagtcgataagtgacatcaacagatttgttgtgtccga 18148890  T
Q  432 tatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagca 531  Q
    |||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||  ||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||    
T  18148891 tatgagaaaatcttcataaatttctaccttcatttcaccattctccttcgaagcgttattgccgtctccaattcagagtatccacttgccaaaattagca 18148990  T
Q  532 atttcttcctgctctgcaggtac 554  Q
    ||||||| |||||||||||||||    
T  18148991 atttctttctgctctgcaggtac 18149013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 319; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 32 - 554
Target Start/End: Original strand, 36207018 - 36207540
Alignment:
Q  32 ctatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcctac 131  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||||||  |||||||||| ||||||| | | ||||||  |||| |||||||||||| | ||||| ||||||||  |     
T  36207018 ctatcgtgctcttccctagatgtgtaactgccagcctcgtaccattacatagtccattggcttgattgatgtttctcatcaacataactggacatctcat 36207117  T
Q  132 ccttagtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgcccgat 231  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||| ||||||| ||||||    
T  36207118 ccttagtttcaaccggtgatttggagtttcagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaacaactcactttggacatcataattttcacccgat 36207217  T
Q  232 cgacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaagcgttggtgcga 331  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||| |||||| |||||||||||||||||  ||||| ||||    
T  36207218 cgacaaacataatcaaagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagtgacatcatatattcgttaacatgctcaactgaatcaattgttggggcga 36207317  T
Q  332 gtatgcccctttattggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtggcatcaacggatttgttgtgttcga 431  Q
    |||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||    
T  36207318 gtattcccctttcttgaaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgttgtgtcgga 36207417  T
Q  432 tatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagca 531  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||| |||||||||| ||    
T  36207418 tatgagaaaatcatcaggaatttctaccttcaattcaccattctcatccgaagcgtcgttgccgtcttcaattgagagtatccacttgccaaaattatca 36207517  T
Q  532 atttcttcctgctctgcaggtac 554  Q
    ||||||||||||| |||||||||    
T  36207518 atttcttcctgctttgcaggtac 36207540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 312; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 32 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 6311411 - 6310888
Alignment:
Q  32 ctatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcctac 131  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||| ||| ||| ||||||||| | |||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||    
T  6311411 ctatcgtgctcttccctagatgtgtaactgtcaacctagtaccattacacagtccattggcctgatcgatgtttctcatcagcataactggacatcccac 6311312  T
Q  132 ccttagtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgcccgat 231  Q
    | ||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  6311311 ctttagtttcaacctatgatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattctggtgtgaaccactcgctttggacatcagaattttcacccgat 6311212  T
Q  232 cg-acaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaagcgttggtgcg 330  Q
    |  | ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | || || ||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  6311211 ctcaaaaatagaatcagaggttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcgttggtgcg 6311112  T
Q  331 agtatgcccctttattggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtggcatcaacggatttgttgtgttcg 430  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |    
T  6311111 agtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgttgtgtctg 6311012  T
Q  431 atatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagc 530  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| |||||||||||||||||  ||| ||| |||| || |||||||||    
T  6311011 atatcagcgaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattgtcacccgaagcatcgttgccgtctccaatggagactatccacttgcaaaaattagc 6310912  T
Q  531 aatttcttcctgctctgcaggtac 554  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  6310911 aatttcttcctgctctgcaggtac 6310888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 297; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 32 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 37390561 - 37390046
Alignment:
Q  32 ctatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcctac 131  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||| ||| |||| || ||| ||||||||| | |||||| ||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| ||    
T  37390561 ctatcgtgctcttccctagatgtgtgactgtcagtctagtaccattacacagtccattggcctgatcgatatttctcatcagcataactggacatcccac 37390462  T
Q  132 ccttagtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgcccgat 231  Q
    | |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||       |||||||||||||| ||||||    
T  37390461 ctttagtttcaacctgtgatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattctggtgtgaaccactc-------acatcagaattttcacccgat 37390369  T
Q  232 cgacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaagcgttggtgcga 331  Q
    | | ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | || || ||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  37390368 ctaaaaatagaatcagaggttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcgttggtgcga 37390269  T
Q  332 gtatgcccctttattggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtggcatcaacggatttgttgtgttcga 431  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||    
T  37390268 gtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgttgtgtctga 37390169  T
Q  432 tatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagca 531  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| || ||||||||||||||| ||| ||| |||| || ||||||||||    
T  37390168 tatcagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattgtcacccgaagcatctttgccgtctccaattgagaatatccacttgcaaaaattagca 37390069  T
Q  532 atttcttcctgctctgcaggtac 554  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  37390068 atttcttcctgctctgcaggtac 37390046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 29 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 48238896 - 48238519
Alignment:
Q  29 caactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcc 128  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||||||  | |||| ||| ||||||||| | |||||| ||||||||||||||| || ||||||   | ||||||    
T  48238896 caactatcgtgctcttccctagatgtgtaactgccggccttgtaccattacacagtccattggcctgatcgatgtttcttatgagcatagccgcacatcc 48238797  T
Q  129 tacccttagtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgccc 228  Q
     |||||| |||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||  ||||||| ||||||||| | ||||| |||    
T  48238796 cacccttggtttcaaccggtgaattggaatttcagagctcttaataccattaagaaattctattgtgaaatactcgctttggacatcaaagttttcaccc 48238697  T
Q  229 gatcgacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaagcgttggtg 328  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | || || |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  48238696 gatcgacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcgcctggaatcagcgacatcatatattcgttaacatgctcaactgaatcaagcgttggtg 48238597  T
Q  329 cgagtatgcccctttattggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtg 406  Q
    ||||||| || |||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48238596 cgagtattcctctttcttggaaaaatagagggtcgccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtg 48238519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 198; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 38 - 355
Target Start/End: Original strand, 52500478 - 52500795
Alignment:
Q  38 tgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcctacccttag 137  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||| | |||||| |||||||||||||||||| |||| || ||||||||| ||| ||||    
T  52500478 tgctcttccctagatgtgtaactgtcagccttgtaccattacacagtccattggcctgatcgatgtttctcatcagcacaactggacatcccacctttag 52500577  T
Q  138 tttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgcccgatcgacaa 237  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||  | ||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  52500578 tttcaaccggtgatttggaattccaaagctcttaataccattaaggaattccgttgtgaaccgctcattttggacatcagaattttcacccgagcgacaa 52500677  T
Q  238 acagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaagcgttggtgcgagtatgc 337  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  52500678 acagaatcagagtttaaatactctttctcttcacctggaatcagtgacatcatatattcgttaacatgttcaactgaatcaagcgttggtgcgagtattc 52500777  T
Q  338 ccctttattggaaaaata 355  Q
    |||||| |||||||||||    
T  52500778 ccctttcttggaaaaata 52500795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 150; E-Value: 5e-79
Query Start/End: Original strand, 349 - 554
Target Start/End: Original strand, 48233498 - 48233703
Alignment:
Q  349 aaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtggcatcaacggatttgttgtgttcgatatgagcaaatcttcag 448  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  48233498 aaaaatagagggtcgccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtgacatcagcggatttgttgtgttcgatatgagtaaatcttcag 48233597  T
Q  449 gaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgc 548  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| | || ||||||| |||| | ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  48233598 gaatttctaccttcatttccccattctcatctgaagcgtcgttgtcgtctcaagttgagagtattcacttgtcaaaattaggaatttcttcctgctctgc 48233697  T
Q  549 aggtac 554  Q
    ||||||    
T  48233698 aggtac 48233703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 32 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 25074269 - 25074114
Alignment:
Q  32 ctatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcctac 131  Q
    ||||| ||||||| |||||  ||||||||  |||||| |||  |||||||| | |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||    
T  25074269 ctatcgtgctcttccctag--gtgtaactgacagcctagtactattacacagtccatttgtctgatcgatgtttctcatcagcataattggacatcccac 25074172  T
Q  132 ccttagtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattcc 189  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25074171 ccttagtttcaaccggtgatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattcc 25074114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 440 - 527
Target Start/End: Original strand, 52500795 - 52500882
Alignment:
Q  440 aatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaatt 527  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||| ||||||| |||| ||| |||||    
T  52500795 aatcttcaggaatttctaccttcatttaaccattctcatccgaagcgttgttgtcgtctccaattcagagtatccacttgccgaaatt 52500882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0262 (Bit Score: 346; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0262
Description:

Target: scaffold0262; HSP #1
Raw Score: 346; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 40 - 553
Target Start/End: Original strand, 18817 - 19329
Alignment:
Q  40 ctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcctacccttagtt 139  Q
    ||||| |||||||||||| || ||||||||||| ||||||||| | |||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||| ||||||    
T  18817 ctcttccctagatgtgtagctgtcagcctcgtaccattacacagtccattggcctgatcgatgtttctcatcagcataactggacatcccacctttagtt 18916  T
Q  140 tcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgcccgatcgacaaac 239  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| | ||||||||||||    
T  18917 tcaaccggtgatttggaattccagagctcttaataccattaaggaattccgttgtgaaccactcgctttgcacatcagaattttcactcgatcgacaaac 19016  T
Q  240 agaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaagcgttggtgcgagtatgccc 339  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  19017 agaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagtgacatcatatattcgttaacatgctcaactgaatcaagcgttggtgcgagtattccc 19116  T
Q  340 ctttattggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtggcatcaacggatttgttgtgttcgatatgagca 439  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||| |||||||||||    
T  19117 cttttttggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcaagatacacaaagtctataagtgacatcaacatatttgttgtgtccgatatgagca 19216  T
Q  440 aatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttc 539  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||| | ||||| | || ||| ||||||||||||||||     
T  19217 aatcttcagaaatttctaccttcatttcatcattctcatccgaagcgttgttgccgtctccaattcaaagtatccccttgcc-aaattagcaatttcttt 19315  T
Q  540 ctgctctgcaggta 553  Q
    ||||||||||||||    
T  19316 ctgctctgcaggta 19329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 339; Significance: 0; HSPs: 15)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 339; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 32 - 554
Target Start/End: Original strand, 10110403 - 10110925
Alignment:
Q  32 ctatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcctac 131  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||| || ||||||||| | |||||| | |||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||    
T  10110403 ctatcatgctcttccctagatgtgtaactgtcagcctcataccattacacagtccattggcccgatcgatgtttctcatcagcataactggacatcccac 10110502  T
Q  132 ccttagtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgcccgat 231  Q
    | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||| ||||||    
T  10110503 ctttagtttcaaccggtgatttggaattccagagctcttaatatcattaaggaattccgttgtgaaccacttgatttggacatcagaattttcacccgat 10110602  T
Q  232 cgacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaagcgttggtgcga 331  Q
    | ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  10110603 caacaaacataatcaaagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagtgacatcatatattcgttaacatgctcaactgaatcaagcgttggtgcga 10110702  T
Q  332 gtatgcccctttattggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtggcatcaacggatttgttgtgttcga 431  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||| ||  ||    
T  10110703 gtattcccctttcttggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgagatacacaaagtctgtaagtgacatcaacagatttgttgcgtctga 10110802  T
Q  432 tatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagca 531  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||| | ||||| |||| |||||||||||||    
T  10110803 tatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcctccgaagcgttgttgccgtctccaattcatagtatccacttgccaaaattagca 10110902  T
Q  532 atttcttcctgctctgcaggtac 554  Q
    ||||||| |||||||| ||||||    
T  10110903 atttctttctgctctgtaggtac 10110925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 331; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 32 - 562
Target Start/End: Complemental strand, 10969197 - 10968668
Alignment:
Q  32 ctatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcctac 131  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||| | ||||||||| ||||| ||| | |||||| ||||| |||||||||||| ||||||| | |||  || ||    
T  10969197 ctatcgtgctcttccctagatgtgtaactgtgagcctcgtaccattatacagtccattggcctgattgatgtttctcatcagcataactcgactccccac 10969098  T
Q  132 ccttagtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgcccgat 231  Q
    | ||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  10969097 cattagtttcaaccggtgatttgaaattctagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctttggacatcagaattttcacccgat 10968998  T
Q  232 cgacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaagcgttggtgcga 331  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  10968997 cgacaaacaaaataagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagtgacatcatatattcgttaacatgctaaactgaatcaagcgttggtgcga 10968898  T
Q  332 gtatgcccctttattggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtggcatcaacggatttgttgtgttcga 431  Q
    |||| ||||||  || |||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  10968897 gtattccccttgcttagaaaaatagcaggtcacgaagtttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtggcatcaacggatttgttgtgtccga 10968798  T
Q  432 tatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagca 531  Q
    ||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| | |||| |||||||||||||    
T  10968797 tatcagcaaatc-tcagaaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccatctccaattgagagtgtccacttgccaaaattagca 10968699  T
Q  532 atttcttcctgctctgcaggtactgatgatg 562  Q
    |||||||||||||||  ||||||||| ||||    
T  10968698 atttcttcctgctctataggtactgaagatg 10968668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 331; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 40 - 554
Target Start/End: Original strand, 13529851 - 13530364
Alignment:
Q  40 ctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcctacccttagtt 139  Q
    ||||| ||||||||||| ||| |||||||| || ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||| | | |||||| ||||||||||    
T  13529851 ctcttccctagatgtgtgactgtcagcctcataccattacacaatccattggcctgatcgatgtttctcatgagcatactag-acatcccacccttagtt 13529949  T
Q  140 tcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgcccgatcgacaaac 239  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||| || ||||||||| |    
T  13529950 tcaaccggtgatttggaattccagagctcttaataccactaagaaattccgttgtgaaccactcgctttggacaccaaaattttcacctgatcgacaagc 13530049  T
Q  240 agaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaagcgttggtgcgagtatgccc 339  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| || |||||| |||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||    
T  13530050 agaaccagagcttaaatactctttctcttcacctggactcagtgacatcatatattcgttaaaatgctcaactgaatgaagtgttggtgcgagtattccc 13530149  T
Q  340 ctttattggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtggcatcaacggatttgttgtgttcgatatgagca 439  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||| ||    
T  13530150 ctttcttggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgttgtgtctgatatgacca 13530249  T
Q  440 aatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttc 539  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||  ||| ||||||||||||||||| |||    
T  13530250 aatcttctagaatttctaccttcatttcaccattctcacctgatgcgtcgttgccgtctccaattgagagtatatacttgccaaaattagcaatttattc 13530349  T
Q  540 ctgctctgcaggtac 554  Q
    ||||||| |||||||    
T  13530350 ctgctctacaggtac 13530364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 323; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 32 - 554
Target Start/End: Original strand, 10000210 - 10000732
Alignment:
Q  32 ctatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcctac 131  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| | |||||| | |||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||    
T  10000210 ctatcatgctcttccctagatgtgtaactgtcagcctcgtaccattacacagtccattggcccgatcgatgtttctcatcagcataactggacatcccac 10000309  T
Q  132 ccttagtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgcccgat 231  Q
    | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||| ||||||    
T  10000310 ctttagtttcaaccggtgatttggaattccagagctcttaatatcattagggaattccgttgtgaaccacttgatttggacatcagaattttcacccgat 10000409  T
Q  232 cgacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaagcgttggtgcga 331  Q
    | ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  10000410 caacaaacataatcaaagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagtgacatcatatattcgttaacatgctcaactgaatcaagcgttggtgcga 10000509  T
Q  332 gtatgcccctttattggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtggcatcaacggatttgttgtgttcga 431  Q
    |||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||  |||||| |||||||||  |  ||    
T  10000510 gtattcctctttcttggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgagatacacaaagtctgtaagtgatatcaacagatttgttgcatctga 10000609  T
Q  432 tatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagca 531  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||| | ||||| |||| |||||||||| ||    
T  10000610 tatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcctccgaagcgttgttgccgtctccaattcatagtatccacttgccaaaattaaca 10000709  T
Q  532 atttcttcctgctctgcaggtac 554  Q
    ||||||| || ||||||||||||    
T  10000710 atttctttctactctgcaggtac 10000732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 318; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 32 - 554
Target Start/End: Original strand, 50409975 - 50410493
Alignment:
Q  32 ctatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcctac 131  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||  ||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||  ||    
T  50409975 ctatcgtgctcttccctagatgtgtaacggtcagcctcgtaccattactcagtccattggtctgatcgatgtttctcatcagcataactggacatctcac 50410074  T
Q  132 ccttagtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgcccgat 231  Q
    |||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |  ||||||||||||||||| ||||||    
T  50410075 ccttagtttcaaccagcgatttggaattccagagctcttaataccatttagaaattccgctgtgaaccactctcattggacatcagaattttcacccgat 50410174  T
Q  232 cgacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaagcgttggtgcga 331  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||  ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  50410175 cgacaaagagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagtgacatcatatatttgttaacatgctcgactgaatcaagcgttggtgcga 50410274  T
Q  332 gtatgcccctttattggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtggcatcaacggatttgttgtgttcga 431  Q
    |||| ||||||| ||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||    
T  50410275 gtattcccctttcttgaaaaaatagtgggtcgccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtgacatcagcggatttgttgtgtccga 50410374  T
Q  432 tatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagca 531  Q
    |||||| ||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||| |||| ||||||| |||| |||||||||||||    
T  50410375 tatgagaaaatcttcaggaattt----cttcatttcaccattctcatccaaagcgtcgttaccgtctctaattgagagtatccacttgccaaaattagca 50410470  T
Q  532 atttcttcctgctctgcaggtac 554  Q
    |||| |||||||||| |||||||    
T  50410471 atttattcctgctctacaggtac 50410493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 303; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 32 - 554
Target Start/End: Original strand, 10237360 - 10237879
Alignment:
Q  32 ctatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcctac 131  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| | |||||| | |||||||||||||||| |||||||  |||||||| ||    
T  10237360 ctatcatgctcttccctagatgtgtaactgtcagcctcgtaccattacacagtccattggcccgatcgatgtttctcatcagcataac-ggacatcccac 10237458  T
Q  132 ccttagtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgcccgat 231  Q
    | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||| ||||||    
T  10237459 ctttagtttcaaccggtgatttggaattccagagctcttaatatcattaaggaattccgttgtgaaccacttgatttggacatcagaattttcacccgat 10237558  T
Q  232 cgacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaagcgttggtgcga 331  Q
    | ||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| || | || |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  10237559 caacaaacataatcaaagcttaa-tactctttctcttcacctggaatcagtaacatcatatattcgttaacatgctcaactgaatcaagcgttggtgcga 10237657  T
Q  332 gtatgcccctttattggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtggcatcaacggatttgttgtgttcga 431  Q
    |||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||| ||  ||    
T  10237658 gtattcccctttcttgaaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgagatacacaaagtctgtaagtgacatcaacagatttgttgcgtctga 10237757  T
Q  432 tatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagca 531  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||| | || ||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||    
T  10237758 tatgagcaattcttcaggaatttctaccgttatttcaccattc-cctccgaagcgttgttgccgtctccaattcagagtatccacttgccaaaattagca 10237856  T
Q  532 atttcttcctgctctgcaggtac 554  Q
    ||||||| |||||| ||||||||    
T  10237857 atttctttctgctcagcaggtac 10237879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 32 - 552
Target Start/End: Original strand, 11362061 - 11362584
Alignment:
Q  32 ctatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcctac 131  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||  |||||||||||||||||| ||||| | ||||||||| ||    
T  11362061 ctatcatgctcttccctagatgtgtaactatcagcctcgtaccattacacaatccattgacctgatcgatgtttctcatcagcatgactggacatcccac 11362160  T
Q  132 ccttagtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgcccgat 231  Q
    | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  11362161 cattagtttcaaccggtgatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctagacatcagacttttcgcccgat 11362260  T
Q  232 cgacaaacagaatcagagctt-aaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaagcgttggtgcg 330  Q
    |||||||| |||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||  ||| || |||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  11362261 cgacaaactgaatcagagcttaaaaaaatctttctcttcacctggaatcactgacatcatatattcgttaacatgctcaaccgaatcaagcgttggtgcg 11362360  T
Q  331 agtatgcccctttattggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtggcatcaacggatttgttgtgttcg 430  Q
    ||||| ||| ||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||| ||||||||| |  |    
T  11362361 agtattcccttttcttggaaaaatagtgggtcaccaatgttatcatttaaatcgggatatacaaagtctattagtgacatcaacgaatttgttgtatcgg 11362460  T
Q  431 atatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagag--tatgcactcgccaaaatta 528  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||| ||||  ||| |||| ||||||||||    
T  11362461 atatgagtaaatcttcgggaatttcccccttcatttcaccattctcattcgaagcgtcgttgtcgtctccaattgagagtatatccacttgccaaaatta 11362560  T
Q  529 gcaatttcttcctgctctgcaggt 552  Q
    ||| ||| ||| ||||||||||||    
T  11362561 gcagtttattcttgctctgcaggt 11362584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 287; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 32 - 552
Target Start/End: Original strand, 11368449 - 11368962
Alignment:
Q  32 ctatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcctac 131  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| | |||||  |||||||||||||||||| | ||||| ||||||||| ||    
T  11368449 ctatcgtgctcttccctagatgtgtaactgtcagcctcgtaccattacacagtccattgacctgatcgatgtttctcatcaacataactggacatcccac 11368548  T
Q  132 ccttagtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcaga-attttcgcccga 230  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||| |    
T  11368549 ccttagtttcaaccggtgatttggaattctagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagactttttcacccaa 11368648  T
Q  231 tcgacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaagcgttggtgcg 330  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| || |||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  11368649 tcgacaaattgaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcactgacatcatatattcgttaacatgctcaaccgaatcaagcgttggtgcg 11368748  T
Q  331 agtatgcccctttattgg-aaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtggcatcaacggatttgttgtgttc 429  Q
    ||||| ||| ||| |||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||      
T  11368749 agtattcccttttcttggaaaaaagagcgggtcaccaatgttatcattcaaatcgggatatacaaagtctatgagtgacatcaacggatttgttgtgtcg 11368848  T
Q  430 gatatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattag 529  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||         |||||| | ||||||||| || |||| |||| ||||||||||     
T  11368849 gatatgagcaaatcttcgggaatttctacattcatttcaccattctca---------tcgttgtcctctccaattgagggtatccacttgccaaaattat 11368939  T
Q  530 caatttcttcctgctctgcaggt 552  Q
    || ||||||||| ||||||||||    
T  11368940 cagtttcttccttctctgcaggt 11368962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 274; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 38 - 554
Target Start/End: Original strand, 10038449 - 10038955
Alignment:
Q  38 tgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcctacccttag 137  Q
    ||||||| ||||||||||||| |  |||||||||| || |||||| | |||||| |||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||| | ||||||    
T  10038449 tgctcttccctagatgtgtaattgccagcctcgtaccactacacagtccattggcctgatcaatgtttctcatcagcataactggacatcccaaccttag 10038548  T
Q  138 tttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgcccgatcgacaa 237  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  10038549 tttcaaccggtgatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattcctttgtgaaccattcgctttgggcatcagaattttcacccgatcgacaa 10038648  T
Q  238 acagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaagcgttggtgcgagtatgc 337  Q
    ||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||| || |||||| | ||||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||| |    
T  10038649 acagaatgagagcttaaataatatttctcttcacctggaatcagtgacatcatatattcattaatatgctcaattgaatcaagtgttggcgcgagtattc 10038748  T
Q  338 ccctttattggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtggcatcaacggatttgttgtgttcgatatgag 437  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||          | ||||||| ||||||||||||  ||||| ||    
T  10038749 ccctttcttggaaaaatagcgggtcactaaggttatcattcaaattgggatacacaaa----------gacatcaacagatttgttgtgtctgatataag 10038838  T
Q  438 caaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttct 537  Q
    |||||||||   ||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  10038839 caaatcttcgaaaatttataccttcgtttcaccattctcatctaaagcgtcgttgccgtcttcaattgagagtatccacttgccaaaattagcaatttct 10038938  T
Q  538 tcctgctctgcaggtac 554  Q
    || ||||||||| ||||    
T  10038939 tcttgctctgcacgtac 10038955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 267; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 120 - 554
Target Start/End: Original strand, 32662 - 33096
Alignment:
Q  120 tggacatcctacccttagtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaa 219  Q
    ||||||||  ||| |||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  32662 tggacatctcacctttagtttcaacctgtgatttggatttccagagctcttaataccattaagaaattatggtgtgaaccactcgctttggacatcagaa 32761  T
Q  220 ttttcgcccgatcgacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaa 319  Q
    ||||| ||||||| | ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| | || || ||| || |||||| |||||||||||||||||    
T  32762 ttttcacccgatctaaaaatagaatcagaggttaaatactctttctcttcacttggaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaa 32861  T
Q  320 gcgttggtgcgagtatgcccctttattggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtggcatcaacggatt 419  Q
    |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  32862 gcgttggtgcgagtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtccataagtgacatcaacggatt 32961  T
Q  420 tgttgtgttcgatatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagagtatgcactcg 519  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| | ||||||||||| |||| ||||||| |||| |    
T  32962 tgttgtgtttgatatcagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattgtcacccgaagcattgttgccgtctctaattgagagtatccacttg 33061  T
Q  520 ccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtac 554  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33062 caaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtac 33096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 32 - 403
Target Start/End: Original strand, 46912874 - 46913245
Alignment:
Q  32 ctatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcctac 131  Q
    ||||| ||||||| |||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| ||    
T  46912874 ctatcatgctcttccctagatgggtaactgtcagcctcgtaccattacacaatccattggcctgatcgatatttctcatcagcataactggacatcccac 46912973  T
Q  132 ccttagtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgcccgat 231  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||    
T  46912974 ccttagtttcaaccggtgattttgaattccatagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctttggacatcagaatttccccccgat 46913073  T
Q  232 cgacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaagcgttggtgcga 331  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||| || |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  46913074 cgacaaacataatcaaagcttaaatactatttttcttcacctggaattggtgacatcatatattcgttaacatgctcaactgaatcaagcgttggtgcga 46913173  T
Q  332 gtatgcccctttattggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataa 403  Q
    |||| | ||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46913174 gtattctcctttcttggaaaaatagcgggtcgccaaagttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataa 46913245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 157 - 494
Target Start/End: Original strand, 52917994 - 52918330
Alignment:
Q  157 attccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgcccgatcgacaaacagaatcagagcttaaat 256  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  52917994 attccagagctcttagtaccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctttggacatcagaattttcacccgatcgacaaacaaaatcagagcttaaat 52918093  T
Q  257 actctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaagcgttggtgcgagtatgcccctttattggaaaaatag 356  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| || |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||    
T  52918094 actctttctcttcacctggaatcagtgacatcatatattcgttaacatgctcaactgaatcaagcgttggtgcgggtattcccctttcttggaaaaatag 52918193  T
Q  357 cgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtggcatcaacggatttgttgtgttcgatatgagcaaatcttcaggaatttct 456  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||   ||||||| ||||||||||||    
T  52918194 cgagtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacgaagtctataagtggcatcaacagatttgttgtgtccggtaacggcaaatc-tcaggaatttct 52918292  T
Q  457 accttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgcc 494  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  52918293 accttcatttcaccattcccatccgaagcgtcgttgcc 52918330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 29 - 375
Target Start/End: Original strand, 47692769 - 47693115
Alignment:
Q  29 caactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcc 128  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||| || ||||||||| | |||||  |||||||||| ||||||| ||||||| |||| | ||    
T  47692769 caactatcgtgctcttccctagatgtgtaactgtcagcctcataccattacacagtccattgacctgatcgatgcttctcatcagcataactggaaaacc 47692868  T
Q  129 tacccttagtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgccc 228  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  47692869 tacccctagtttcaaccggtgatttggaattccagagctcttaataccattaagaaatttcgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgtcc 47692968  T
Q  229 gatcgacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaagcgttggtg 328  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||| || || ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  47692969 gatcgacaaacagaatcagaggttaaatactctttctcttcacctggaattagtgacatcatgtattcgttaacatgctcaactgaatcaagcgttggtg 47693068  T
Q  329 cgagtatgcccctttattggaaaaatagcgggtcaccaaggttatca 375  Q
    |||| || ||||||| |||| ||||| | ||||||||||||||||||    
T  47693069 cgaggattcccctttcttgggaaaattgtgggtcaccaaggttatca 47693115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 96; E-Value: 9e-47
Query Start/End: Original strand, 29 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 41763781 - 41763622
Alignment:
Q  29 caactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcc 128  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| | |||| |  ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||     
T  41763781 caactatcgtgctcttccctagatgtgtaactatcagcctcgtaccattacacagtccattagcatgatcgatgtttctcatcagcataactggacatct 41763682  T
Q  129 tacccttagtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattc 188  Q
     ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  41763681 cacccttagtttcaaccggtgatttggaattctagagctcttaataccattaaaaaattc 41763622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 32 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 15328979 - 15328876
Alignment:
Q  32 ctatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcctac 131  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||| | ||||||  ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||    
T  15328979 ctatcgtgctcttccctagatgtgtaactgtcagcctcgcaccattacacagtccattggcatgatcgatgtttctcatcagcataactggacatcccac 15328880  T
Q  132 cctt 135  Q
    ||||    
T  15328879 cctt 15328876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0073 (Bit Score: 337; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: scaffold0073
Description:

Target: scaffold0073; HSP #1
Raw Score: 337; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 46 - 554
Target Start/End: Original strand, 31750 - 32257
Alignment:
Q  46 cctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcctacccttagtttcaacc 145  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||| | |||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||    
T  31750 cctagatgtgtaactgtcagcctagtaccattacacagtccattggcctgatcgatgtttctcatcagcataactggacatcccacctttagtttcaacc 31849  T
Q  146 ggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgcccgatcgacaaacagaatc 245  Q
     || |||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  31850 tgtgatttgggattccaaagatcttaataccattaagaaattccgatgtgaaccactcgctttggacatcagaattttcacccgatctacaaacagaatc 31949  T
Q  246 agagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaagcgttggtgcgagtatgcccctttat 345  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |  | || ||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |    
T  31950 agagtttaaatactctttctcttcacctggaatcagcaacatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcgttggtgcaagtat-cccctttct 32048  T
Q  346 tggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtggcatcaacggatttgttgtgttcgatatgagcaaatctt 445  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  32049 tggaaaaatagctggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgttgtgtccgatatcagcaaatctt 32148  T
Q  446 caggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctc 545  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  32149 caggaatttctaccttcatttcaccattctcatccgaagcatcgttgccgtatccaattgagagtatccacttgccaaaattagcaatttcttcctgctc 32248  T
Q  546 tgcaggtac 554  Q
    |||||||||    
T  32249 tgcaggtac 32257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0073; HSP #2
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 32 - 442
Target Start/End: Original strand, 19260 - 19670
Alignment:
Q  32 ctatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcctac 131  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||| | |||| |   |||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||    
T  19260 ctatcgtgctcttccctagatgtgtaactgtcagcctagtaccattacacagtccattagcaagatcgatgtttctcatcagcataactggacatcccac 19359  T
Q  132 ccttagtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgcccgat 231  Q
    | |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  19360 ctttagtttcaacctgtgatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgatgtgaaccactcgctttggacatcagaattttcacccgat 19459  T
Q  232 cgacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaagcgttggtgcga 331  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || || ||| ||  ||| | ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  19460 ctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcagcgacatcataaatttgttgacatgctcaactgaatcaagcgttgatgcga 19559  T
Q  332 gtatgcccctttattggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtggcatcaacggatttgttgtgttcga 431  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||| |||    
T  19560 gtattcccctttcttggaaaaatagctggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacaaagtttataagtgacatcaacagatttgttgtgtccga 19659  T
Q  432 tatgagcaaat 442  Q
    ||| |||||||    
T  19660 tatcagcaaat 19670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0073; HSP #3
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 481 - 554
Target Start/End: Original strand, 3 - 76
Alignment:
Q  481 gaagcgtcgttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtac 554  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  3 gaagcatcgttgccgtctccaattgagagtatccacttgcaaaaattagcaatttcttcttgctctgcaggtac 76  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0550 (Bit Score: 335; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0550
Description:

Target: scaffold0550; HSP #1
Raw Score: 335; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 32 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 988 - 466
Alignment:
Q  32 ctatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcctac 131  Q
    ||||| ||||||| ||||||| ||||||| ||||||| ||| ||||||||| | |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||    
T  988 ctatcgtgctcttccctagatttgtaactgtcagcctagtaccattacacagtccattggcctgatcgatgtttctcatcagcataattggacatcccac 889  T
Q  132 ccttagtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgcccgat 231  Q
      |||| ||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||    
T  888 ttttagcttcaacctgtgatttggaattccatagctcttaataccattaagaaattccgatgtgaaccactcgctttggacatcagaattttcacccaat 789  T
Q  232 cgacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaagcgttggtgcga 331  Q
    | |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| | || || ||| || | |||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  788 ctacaaacagaatcagaggttaaatactctttcttttcacctggaatcagcgacatcataaattcattaacatgctcaactgaatcaagcgttggtgcga 689  T
Q  332 gtatgcccctttattggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtggcatcaacggatttgttgtgttcga 431  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||  ||    
T  688 gtattcccctttattggaaaaatagctggtcaccaaggttatcatttagatcgggatacacaaagtttataagtgacatcaacgggtttgttgtgtctga 589  T
Q  432 tatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagca 531  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||    
T  588 tatcagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcatcattctcatccgaagcgtcgttgccgtctccaattgagagtatccacttgccaaaattagca 489  T
Q  532 atttcttcctgctctgcaggtac 554  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  488 atttcttcctgctctgcaggtac 466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0356 (Bit Score: 331; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0356
Description:

Target: scaffold0356; HSP #1
Raw Score: 331; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 54 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 18263 - 17770
Alignment:
Q  54 tgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcctacccttagtttcaaccggtcattt 153  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||| | |||| | |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  18263 tgtaactgtcagcctcgtaccattacacagtccattagcctgatcgatgtttctcatcagcataactggacatcccacccttagtttcaaccggtgattt 18164  T
Q  154 ggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgcccgatcgacaaacagaatcagagctta 253  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||    
T  18163 ggaattctagagctcttaataccattaagaaattctgttgtgaaccactcgctttggacatcataattttcacccgatcggcaaacagaatcaaagctta 18064  T
Q  254 aatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaagcgttggtgcgagtatgcccctttattggaaaaa 353  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| |||          
T  18063 aatactctttctcttcacctggaatcagtgacatcatatattcgttaacatgctcaactaaatcaagcgttggtgcgagtattcccctttcttg------ 17970  T
Q  354 tagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtggcatcaacggatttgttgtgttcgatatgagcaaatcttcaggaatt 453  Q
     ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |    
T  17969 -agcggatcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgttgtgtccgatatgagcaaatcttcaggaact 17871  T
Q  454 tctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggta 553  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||| ||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17870 tctaccttcatttcaccattctcatccgaagcttcgttgctgtctccaattgagagtatccacttgctaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggta 17771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003 (Bit Score: 325; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: scaffold0003
Description:

Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 325; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 32 - 552
Target Start/End: Original strand, 182614 - 183134
Alignment:
Q  32 ctatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcctac 131  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| | |||||  ||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||| ||    
T  182614 ctatcgtgctcttccctagatgtgtaactgtcagcctcgtaccattacacagtccattgacctgattgatgtttctcatcagcataactggacatcccac 182713  T
Q  132 ccttagtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgcccgat 231  Q
    | ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||| ||||||||||||    
T  182714 cattagtttcaaccggtgatttgaaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcactctagccatcagatttttcgcccgat 182813  T
Q  232 cgacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaagcgttggtgcga 331  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||| || |||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  182814 cgacaaactgaatcagagcttaaatactctttctcttcacttggaatcactgacatcatatattcgttaacatgctcaaccgaatcaagcgttggtgcga 182913  T
Q  332 gtatgcccctttattggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtggcatcaacggatttgttgtgttcga 431  Q
    |||| ||| ||| ||||||||| || |||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||| ||||||||| |  ||    
T  182914 gtattcccttttcttggaaaaagagtgggtcaccaatgatatcattcaaatcgggatatacaaagtctattagtgacatcaacgaatttgttgtatcgga 183013  T
Q  432 tatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagca 531  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||    
T  183014 tatgagcaaatcttcgggaatttctaccttcatttcaccattctcattcgaagcgtcgttgccgtctccaattgagagtatccacttgccaaaattagca 183113  T
Q  532 atttcttcctgctctgcaggt 552  Q
     ||||||||||||||||||||    
T  183114 gtttcttcctgctctgcaggt 183134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003; HSP #2
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 32 - 552
Target Start/End: Original strand, 165333 - 165856
Alignment:
Q  32 ctatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcctac 131  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||  |||||||||||||||||| ||||| | ||||||||| ||    
T  165333 ctatcatgctcttccctagatgtgtaactatcagcctcgtaccattacacaatccattgacctgatcgatgtttctcatcagcatgactggacatcccac 165432  T
Q  132 ccttagtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgcccgat 231  Q
    | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  165433 cattagtttcaaccggtgatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctagacatcagacttttcgcccgat 165532  T
Q  232 cgacaaacagaatcagagctt-aaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaagcgttggtgcg 330  Q
    |||||||| |||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||  ||| || |||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  165533 cgacaaactgaatcagagcttaaaaaaatctttctcttcacctggaatcactgacatcatatattcgttaacatgctcaaccgaatcaagcgttggtgcg 165632  T
Q  331 agtatgcccctttattggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtggcatcaacggatttgttgtgttcg 430  Q
    ||||| ||| ||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||| ||||||||| |  |    
T  165633 agtattcccttttcttggaaaaatagtgggtcaccaatgttatcatttaaatcgggatatacaaagtctattagtgacatcaacgaatttgttgtatcgg 165732  T
Q  431 atatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagag--tatgcactcgccaaaatta 528  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||| ||||  ||| |||| ||||||||||    
T  165733 atatgagtaaatcttcgggaatttcccccttcatttcaccattctcattcgaagcgtcgttgtcgtctccaattgagagtatatccacttgccaaaatta 165832  T
Q  529 gcaatttcttcctgctctgcaggt 552  Q
    ||| ||| ||| ||||||||||||    
T  165833 gcagtttattcttgctctgcaggt 165856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 311; Significance: 1e-175; HSPs: 1)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 311; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 32 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 321752 - 321230
Alignment:
Q  32 ctatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcctac 131  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||| | |||||| |||||||| |||||| || ||||||| ||||||||| ||    
T  321752 ctatcgtgctcttccctagatgtgtaactgtcagcctagtaccattacacagtccattggcctgatcgaggtttcttatcagcataactggacatcccac 321653  T
Q  132 ccttagtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgcccgat 231  Q
    | |||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  321652 ctttagtttcaacctgtgatttggaattccagagctctgaataccattaagaaattctgatgtgaaccactcgctttggacatcagaattttcacccgat 321553  T
Q  232 cgacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaagcgttggtgcga 331  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | || || ||| || |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  321552 ctacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctgaaatcagcgatatcataaattcgttaacatgctcaactgaatcaagcattggtgcga 321453  T
Q  332 gtatgcccctttattggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtggcatcaacggatttgttgtgttcga 431  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||    
T  321452 gtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacaaaaagtctataagtgacatcaacggatttgttttgtccga 321353  T
Q  432 tatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagca 531  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| |  |||||||||| |||| ||| ||| |||| || ||||||||||    
T  321352 tatcagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattatcaaccgaagcataattgccgtctcaaattgagaatatccacttgcaaaaattagca 321253  T
Q  532 atttcttcctgctctgcaggtac 554  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  321252 atttcttcctgctctgcaggtac 321230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0090 (Bit Score: 303; Significance: 1e-170; HSPs: 1)
Name: scaffold0090
Description:

Target: scaffold0090; HSP #1
Raw Score: 303; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 33 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 49352 - 48830
Alignment:
Q  33 tatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcctacc 132  Q
    |||| ||||||| ||||||||| ||||| ||||||| ||| ||||||||| | |||||| |||||||||||||||||  ||||||| ||||||||| |||    
T  49352 tatcgtgctcttccctagatgtataactgtcagcctagtaccattacacagtccattggcctgatcgatgtttctcaacagcataactggacatcccacc 49253  T
Q  133 ctt-agtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgcccgat 231  Q
     || |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||    
T  49252 ttttagtttcaacctgtgatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattctggtgtgaaccactcgctttggacatcagaattttcacctgat 49153  T
Q  232 cgacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaagcgttggtgcga 331  Q
    | | ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| | || || ||| || |||||| |||||||| |||||||||||| |||||||    
T  49152 ctaaaaatagaatcagaggttaaatactctttctcttcacctagaatcagcgacatcataaattcgttaacatgctcaattgaatcaagcgtgggtgcga 49053  T
Q  332 gtatgcccctttattggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtggcatcaacggatttgttgtgttcga 431  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||    
T  49052 gtattcccctttcttggaaaaatagttggtcaccaaggttatcattcagatcgggatacacagagtctataagtgacatcaacggatttgttgtgtttga 48953  T
Q  432 tatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagca 531  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||| || ||||||||||    
T  48952 tatcagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattgtcacccgaagcatcgttgccgtctccaattgagagtatccacttgcaaaaattagca 48853  T
Q  532 atttcttcctgctctgcaggtac 554  Q
    |||||||||||||||| ||||||    
T  48852 atttcttcctgctctgtaggtac 48830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0025 (Bit Score: 290; Significance: 1e-162; HSPs: 1)
Name: scaffold0025
Description:

Target: scaffold0025; HSP #1
Raw Score: 290; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 29 - 434
Target Start/End: Original strand, 16485 - 16889
Alignment:
Q  29 caactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcc 128  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  16485 caactatcgtgctctttcctagatgtgtaactttcagccttgtaccattgcacaattcattggcctgatcgatgtttctcagaagcataagtggacatcc 16584  T
Q  129 tacccttagtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgccc 228  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |    
T  16585 tacc-ttagtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattctgttgtgaaccactcgctttggacatcagaattttcgctc 16683  T
Q  229 gatcgacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaagcgttggtg 328  Q
    ||| || ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||| || ||| ||| ||| |||||||||||    
T  16684 gattgaaaaacagaatcatagcttaaaaactctttctcttcacctagaatcagtgaaatcatatatgcgttaacatactccactaaattaagcgttggtg 16783  T
Q  329 cgagtatgcccctttattggaaaaatagcgggtcaccaaggttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtggcatcaacggatttgttgtgtt 428  Q
    ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||     
T  16784 cgagtattcccctttcttggaaaaatagcgggtcaccaaagttatcattcaaatcgggatacacaaagtctataagtgacatcaacggatttgttgtgtc 16883  T
Q  429 cgatat 434  Q
    ||||||    
T  16884 cgatat 16889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0118 (Bit Score: 206; Significance: 1e-112; HSPs: 2)
Name: scaffold0118
Description:

Target: scaffold0118; HSP #1
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 38 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 29044 - 28727
Alignment:
Q  38 tgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcctacccttag 137  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||| || ||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||| ||||    
T  29044 tgctcttccctagatgtgtaactgtcagtcttgtaccattacacaatccattggcctgatcgatgtttctcatcagcataactggacatcccacctttag 28945  T
Q  138 tttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgcccgatcgacaa 237  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||| ||| | ||||||    
T  28944 tttcaaccggtgatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcactttggacatcaaaattttcacccaagcgacaa 28845  T
Q  238 acagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaagcgttggtgcgagtatgc 337  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||| || |||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  28844 acagaatcagagtttaaatactttttctcttcacctggaatcagtgacatcatatattcgttaacatgttcaactgaatcaagcgttggtgcgagtattc 28745  T
Q  338 ccctttattggaaaaata 355  Q
    |||||| |||||||||||    
T  28744 ccctttcttggaaaaata 28727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0118; HSP #2
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 440 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 28727 - 28613
Alignment:
Q  440 aatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagagtatgcactcgccaaaattagcaatttcttc 539  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||| ||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||     
T  28727 aatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatccgaagcgttgttgctgtcttcaattcagagtatccacttgccaaaattagcaatttcttt 28628  T
Q  540 ctgctctgcaggtac 554  Q
    |||||||||||||||    
T  28627 ctgctctgcaggtac 28613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0888 (Bit Score: 178; Significance: 1e-95; HSPs: 1)
Name: scaffold0888
Description:

Target: scaffold0888; HSP #1
Raw Score: 178; E-Value: 1e-95
Query Start/End: Original strand, 29 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 321 - 24
Alignment:
Q  29 caactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcc 128  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| | |||||| |||||||||||||||||| |||||||  ||||||||    
T  321 caactatcgtgctcttccctagatgtgtaactgtcagcctcgtaccattacacagtccattggcctgatcgatgtttctcatcagcataaccggacatcc 222  T
Q  129 tacccttagtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgccc 228  Q
     ||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||| |||||||||||| |||    
T  221 cacccttagtttcaactggtgatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccattgtgaaccactcgttttggaaatcagaattttcaccc 122  T
Q  229 gatcgacaaacagaatcagagcttaaatactctttctcttcacctggaatcggtgaaattatatatgcgttaatatgctcaactgaatcaagcgttgg 326  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||  |||||| |||| |||| ||  ||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  121 gatcgacatacaaaatcagagcttaaatactctttctcgccacctgaaatcagtgacatcgtatattcgttaacatgctcaactgaatcaagccttgg 24  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0107 (Bit Score: 97; Significance: 2e-47; HSPs: 1)
Name: scaffold0107
Description:

Target: scaffold0107; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 410 - 554
Target Start/End: Original strand, 39937 - 40081
Alignment:
Q  410 tcaacggatttgttgtgttcgatatgagcaaatcttcaggaatttctaccttcatttcaccattctcatctgaagcgtcgttgccgtctccaattaagag 509  Q
    |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||| ||||    
T  39937 tcaacggatttgttgtgtccgatatcagcaaatcttcaagaatttctacctttatttcaccattctcatccgaagcatcgttgccatctccaattgagag 40036  T
Q  510 tatgcactcgccaaaattagcaatttcttcctgctctgcaggtac 554  Q
    ||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  40037 tattcacttgccaaagttagcaatttcttcctgctctgtaggtac 40081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1424 (Bit Score: 92; Significance: 2e-44; HSPs: 2)
Name: scaffold1424
Description:

Target: scaffold1424; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 153 - 284
Target Start/End: Original strand, 1572 - 1703
Alignment:
Q  153 tggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctctggacatcagaattttcgcccgatcgacaaacagaatcagagctt 252  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||| ||||| |||||||| ||    
T  1572 tggaattctagtgctcttaataccattaagaaattccgttgtgaaccactcgctttggacatcaaaattttcacccgatcgataaacataatcagagttt 1671  T
Q  253 aaatactctttctcttcacctggaatcggtga 284  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  1672 aaatacgctttctcttcacctggaatcagtga 1703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1424; HSP #2
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 32 - 123
Target Start/End: Original strand, 1484 - 1575
Alignment:
Q  32 ctatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattgga 123  Q
    ||||| |||| || |||| |||||||||| ||||||| ||| ||||||||| | |||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  1484 ctatcgtgctattccctacatgtgtaactgtcagccttgtaccattacacagtccattggcctgatcgatgtttctcatcagcataactgga 1575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0022 (Bit Score: 91; Significance: 8e-44; HSPs: 1)
Name: scaffold0022
Description:

Target: scaffold0022; HSP #1
Raw Score: 91; E-Value: 8e-44
Query Start/End: Original strand, 29 - 187
Target Start/End: Original strand, 126029 - 126187
Alignment:
Q  29 caactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcc 128  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||| ||||    
T  126029 caactatcgtgctctttcctagatgtgtaactgtcagcctcgtaccattacacagtccattggtctgatcgatgtttctcatcaacataactggaaatcc 126128  T
Q  129 tacccttagtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaatt 187  Q
     ||||||| |||||||| || ||||||||   ||||||||||||||||||||| |||||    
T  126129 cacccttattttcaacctgtgatttggaacgtcagagctcttaataccattaaaaaatt 126187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012 (Bit Score: 87; Significance: 2e-41; HSPs: 1)
Name: scaffold0012
Description:

Target: scaffold0012; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 29 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 97242 - 97080
Alignment:
Q  29 caactatcttgctctttcctagatgtgtaactttcagcctcgtatcattacacaattcattggtctgatcgatgtttctcataagcataattggacatcc 128  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| | |||||  |||||| ||||||||||| ||| ||| |||||||||    
T  97242 caactatcgtgctcttccctagatgtgtaactatcagcctcgtaccattacacagtccattgacctgatcaatgtttctcatcagcctaactggacatcc 97143  T
Q  129 tacccttagtttcaaccggtcatttggaattccagagctcttaataccattaagaaattccgt 191  Q
     ||||||| |||||||| || ||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  97142 cacccttaatttcaacctgtgatttggaatgctggagctcttaataccattaagaaattccgt 97080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University