View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14211_low_1 (Length: 1000)

Name: NF14211_low_1
Description: NF14211
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14211_low_1
NF14211_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (18-1000)||(54472118-54473114)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 844; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 844; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 1000
Target Start/End: Complemental strand, 54473114 - 54472118
Alignment:
Q  18 actaacctggtgcggaggtgtcttttttgaaggtgtcatttttggaggtgtcttttttggaggtgttggagtccaaccaccaccttgagctggtggagga 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54473114 actaacctggtgcggaggtgtcttttttgaaggtgtcatttttggaggtgttttttttggaggtgttggagtccaaccaccaccttgagctggtggagga 54473015  T
Q  118 atattaagcacatgctcaccattgttgtacatatactgatttgcacctgcatgtttataatactagtcattttctgtacactatatatcggtagagtaga 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54473014 atattaagcacatgctcaccattgttgtacatatactgatttgcacctgcatgtttataatactagtcattttctgtacactatatatcggtagagtaga 54472915  T
Q  218 agcaagaaattccataagcagagaacacatatgtttggtaacaaagttataccaattgtgcagttcctttctatcatcgtcatcttaaaagattaggatt 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  54472914 agcaagaaattccataagcagagaacacatatgtttggtaacaaagttataccaattgtgcagttcctttctatcatcgtcatcttaaaagaataggatt 54472815  T
Q  318 taaattgtacaacttgtatttatatattacggttcaggcttcaaacccgcgcccctaatcaccccacgcaacttaccttcgtgtaactgtgttggttcaa 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54472814 taaattgtacaacttgtatttatatattacggttcaggcttcaaacccgcgtccctaatcacccctcgcaacttaccttcgtgtaactgtgttggttcaa 54472715  T
Q  418 aaaggcatgtcactctcgcttcgcttaattgactctcccacttattagcattataagacatactcaacatatacaactagccttttaacaaatgatttga 517  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54472714 aaaggcatgtcactctcgcttcgcttaattgactctcccacttattagcattataacacatactcaacatatacaactagccttttaacaaatgatttga 54472615  T
Q  518 acaaattagatcctttatgaccagggattgataaattcaaagataac--nnnnnnnnnatatctaacggtttctacatttgcaacaccatattgtagcta 615  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54472614 acaaattagatcctttatgaccagggattgataaattcaaagataacattttttttttatatcttacagtttctacatttgcaacaccatattgtagcta 54472515  T
Q  616 cataagattcaaatttggatcctctaccgcgtcgactatggcaccatgcaaaagctttagaggatccatttctgatcnnnnnnntaagaataggctatga 715  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||    
T  54472514 cataagattcaaatttggatcctctaccgcgtcgactatggcaccatgcaaaagctttagaggatccatttctgatcaaaaaaataagaataggctatga 54472415  T
Q  716 atcattaattaattaa------------cttcctccattaactattctaaacttcataacatgcttatttgcaaattcctattnnnnnnngaaataggag 803  Q
    ||||||||||||||||            ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||    
T  54472414 atcattaattaattaattaattaattagcttcccccattaactattctaaacttcataacatgcttatttgcaaattcctattaaaaaaagaaataggag 54472315  T
Q  804 atatataaaaatatataccgtgtgctggagtagggtagtaatgaatgtgatgaggttgtgatctcttcttccttcttgtacatataacgcagagtaggat 903  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54472314 atatataaaaatatataccgtgtgctggagtagggtagtaatgaatgtgatgaggttgtgatctcttcttccttcttgtacatataacgcagagtaggat 54472215  T
Q  904 aatgacaaggaggattatacaagctgcacctgcaactgctattataccacccacgctcaattgattcccattgttatcatttgtattgttgccgttg 1000  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54472214 aatgacaaggaggattatacaagctgcacctgcaactgctattataccacccacgctcaattgattcccattgttatcatttgtattgttgccgttg 54472118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University