View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1422-Insertion-12 (Length: 634)

Name: NF1422-Insertion-12
Description: NF1422
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1422-Insertion-12
NF1422-Insertion-12
[»] chr5 (14 HSPs)
chr5 (8-634)||(41366621-41367250)
chr5 (289-634)||(41328790-41329138)
chr5 (289-634)||(41332723-41333071)
chr5 (299-577)||(41286926-41287203)
chr5 (233-634)||(41316693-41317097)
chr5 (289-634)||(41324813-41325161)
chr5 (292-634)||(41337533-41337878)
chr5 (306-634)||(41310967-41311302)
chr5 (235-576)||(31177800-31178141)
chr5 (303-634)||(31187802-31188136)
chr5 (289-634)||(31225628-31225976)
chr5 (291-437)||(41431966-41432112)
chr5 (507-634)||(41305279-41305409)
chr5 (299-382)||(14235879-14235962)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (300-580)||(17248676-17248956)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 540; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 540; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 634
Target Start/End: Original strand, 41366621 - 41367250
Alignment:
Q  8 cttgaccgacgacaatataaaatcggtcatccaggttagtcaacaaatcgaatatgttaacacatttattttcacaatttaaaggatagttcataatttt 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41366621 cttgaccgacgacaatataaaatcggtcatccaggttagtcaacaaatcgaatatgttaacacatttattttcacaatttaaaggatagttcataatttt 41366720  T
Q  108 tcatttgcttaaaagtaaaatttccagtatagtaatttggagggaacatcaaattaataacannnnnnnnnngttgagcttgtatagaagaaattcattt 207  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            |||||| |||||||||||||||||||||    
T  41366721 tcatttgtttaaaagtaaaatttccagtatagtaatttggagggaacatcaaattaataattttttttttttgttgagtttgtatagaagaaattcattt 41366820  T
Q  208 tggtttgatattagacaaggctaccgttaatccatttgcaggacatgtttgttggtggcactcaatcatcttcggaagctatgttatggacgatgtctga 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  41366821 tggtttgatattagacaaggctaccgttaatccatttgcaggacatgtttgttggtggcactcaatcatcttctgaagctgtgttatggacgatgtctga 41366920  T
Q  308 gatggtaaagaatccgatggtaatggaagcagcacaagttgaggtaagaagagtgtttgataaaaagggatatgtgaatgagacagagttgcaccaattg 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41366921 gatggtaaagaatccgatggtaatggaagcagcacaagttgaggtaagaagagtgtttgataaaaagggatatgtgaatgagacagagttgcaccaattg 41367020  T
Q  408 atatacttaaagtccgtcatcaaagaaacaatgaggttgcatccttctataccattattgattccaagagaaagtacgaagccatgccaaataaatagat 507  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41367021 atatacttaaaatccgtcatcaaagaaacaatgaggttgcatccttctataccattattgattccaagagaaagtacgaagccatgccaaataaatagat 41367120  T
Q  508 atgatatcccagctaagacaagggtcattgttaatgcttgggctattggaagagatccgaggtattgggttgacgcc-agagttttaagcctgagagatt 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  41367121 atgatatcccagctaagacaagggtcattgttaatgcttgggctattggaagagatccgaggtattgggttgatgccaagagttttaagcctgagagatt 41367220  T
Q  607 tc-taatagcc-aaatgatttcaaaggcac 634  Q
    || |||||||| || |||||||||||||||    
T  41367221 tcttaatagccgaattgatttcaaaggcac 41367250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 169; E-Value: 3e-90
Query Start/End: Original strand, 289 - 634
Target Start/End: Original strand, 41328790 - 41329138
Alignment:
Q  289 tgttatggacgatgtctgagatggtaaagaatccgatggtaatggaagcagcacaagttgaggtaagaagagtgtttgataaaaagggatatgtgaatga 388  Q
    |||||||| |||||||||||||||| ||||| || | ||||||||||| |||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||  |||||| ||||    
T  41328790 tgttatgggcgatgtctgagatggtgaagaacccaaaggtaatggaagaagcacaagatgaagtaagtagagtgtttgataaaaaggagtatgtggatga 41328889  T
Q  389 gacagagttgcaccaattgatatacttaaagtccgtcatcaaagaaacaatgaggttgcatccttctataccattattgattccaagagaaagtacgaag 488  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||   |  |||||| ||  ||||||||||||||| | ||    
T  41328890 gacagagttgcaccaattgatatacttaaagtccgtcatcaaagaaacattgaggttgcatcccgttgcaccattgttagttccaagagaaagtagggag 41328989  T
Q  489 ccatgccaaataaatagatatgatatcccagctaagacaagggtcattgttaatgcttgggctattggaagagatccgaggtattgggttgacgc-caga 587  Q
      ||||||||| ||| | ||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||  |||    
T  41328990 agatgccaaatcaatgggtatgaaatcccagctaagacaagggtaatggttaatgcttgggctattggaagagattcaaggtattgggttgaagctgaga 41329089  T
Q  588 gttttaagcctgagagattt-ctaatag-ccaaatgatttcaaaggcac 634  Q
    ||||||| |||||||| |||  |||||| |||| |||||||||||||||    
T  41329090 gttttaaacctgagaggtttgttaatagtccaattgatttcaaaggcac 41329138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 169; E-Value: 3e-90
Query Start/End: Original strand, 289 - 634
Target Start/End: Original strand, 41332723 - 41333071
Alignment:
Q  289 tgttatggacgatgtctgagatggtaaagaatccgatggtaatggaagcagcacaagttgaggtaagaagagtgtttgataaaaagggatatgtgaatga 388  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| || | |||| |||||| ||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  41332723 tgttatgggcgatgtctgagatggtaaagaacccaaaggtattggaagaagcacagattgaagtaagaagagtgtttgataaaaaggggtatgtggatga 41332822  T
Q  389 gacagagttgcaccaattgatatacttaaagtccgtcatcaaagaaacaatgaggttgcatccttctataccattattgattccaagagaaagtacgaag 488  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||| |||||   |  |||||| || |||||||||||||||| ||||    
T  41332823 gtcagagttgcaccaattgatatacttaaagtctgtcgtcaaagaaacattgaggttacatcccgttgcaccattgttaattccaagagaaagtatgaag 41332922  T
Q  489 ccatgccaaataaatagatatgatatcccagctaagacaagggtcattgttaatgcttgggctattggaagagatccgaggtattgggttgacgc-caga 587  Q
    ||||||||||| ||| | ||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||  |||    
T  41332923 ccatgccaaattaatgggtatgaaatcccagctaagacaagggtaatggttaatgcttgggctattggaagagattcaaggtattgggttgaagctgaga 41333022  T
Q  588 gttttaagcctgagagattt-ctaatagc-caaatgatttcaaaggcac 634  Q
    ||||||| |||||||| |||  ||||||| ||| ||| |||||||||||    
T  41333023 gttttaaacctgagaggtttgttaatagcacaattgaattcaaaggcac 41333071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 167; E-Value: 4e-89
Query Start/End: Original strand, 299 - 577
Target Start/End: Original strand, 41286926 - 41287203
Alignment:
Q  299 gatgtctgagatggtaaagaatccgatggtaatggaagcagcacaagttgaggtaagaagagtgtttgataaaaagggatatgtgaatgagacagagttg 398  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||  |||||||||||||    
T  41286926 gatgtctgagatggtaaagaatccaaaggtgatggaaa-agcacaagctgaggtaagaagagtgtttgatagaaaggggtatgtggttgagacagagttg 41287024  T
Q  399 caccaattgatatacttaaagtccgtcatcaaagaaacaatgaggttgcatccttctataccattattgattccaagagaaagtacgaagccatgccaaa 498  Q
    ||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  41287025 caccaattgatatacttgaagtctgttatcaaagaaacaatgaggttgcatcctgctataccattgttgattccaagagaaagtatgaagccatgccaaa 41287124  T
Q  499 taaatagatatgatatcccagctaagacaagggtcattgttaatgcttgggctattggaagagatccgaggtattgggt 577  Q
    | ||| ||||||||||||| || ||||| |||||  |||| ||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||    
T  41287125 ttaatggatatgatatcccggccaagactagggttcttgtcaatgcttgggcaattggaagagatccaagatattgggt 41287203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 153; E-Value: 9e-81
Query Start/End: Original strand, 233 - 634
Target Start/End: Original strand, 41316693 - 41317097
Alignment:
Q  233 gttaatccatttgcaggacatgtttgttggtggcactcaatcatcttcggaagctatgttatggacgatgtctgagatggtaaagaatccgatggtaatg 332  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || ||| ||| || |||| || || ||| || | ||| ||||||||| ||||||||| ||  | |  ||||||    
T  41316693 gttaatccatttgcaggacatgtttggtgctggtactgaaacatcgtcagaggctgtgatttgggcgatgtctgcgatggtaaaaaactcaaatgtaatg 41316792  T
Q  333 gaagcagcacaagttgaggtaagaagagtgtttgataaaaagggatatgtgaatgagacagagttgcaccaattgatatacttaaagtccgtcatcaaag 432  Q
    |||  |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  41316793 gaacaagcacaagctgaagtaagaagagtgtttgataaaaagggatatgtggatgagacagagttgtaccaattgatatacttaaagtctgtcatcaaag 41316892  T
Q  433 aaacaatgaggttgcatccttctataccattattgattccaagagaaagtacgaagccatgccaaataaatagatatgatatcccagctaagacaagggt 532  Q
    ||||| |||||||| |||||  |   ||||| ||  ||||||||||||||| | ||  ||||||||| ||| | ||||| || ||||| |||||||||||    
T  41316893 aaacattgaggttgtatcctgttgctccattgttagttccaagagaaagtagggagagatgccaaatcaatggttatgagattccagccaagacaagggt 41316992  T
Q  533 cattgttaatgcttgggctattggaagagatccgaggtattgggttgacgc-cagagttttaagcctgagagattt-ctaatag-ccaaatgatttcaaa 629  Q
       ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||  |||||||||| |||||||| |||  |||||| |||| ||||||||||    
T  41316993 tgctgtcaatgcttgggctattggaagagatccaaggtattgggttgaagctgagagttttaaacctgagaggtttgttaatagcccaattgatttcaaa 41317092  T
Q  630 ggcac 634  Q
    |||||    
T  41317093 ggcac 41317097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 289 - 634
Target Start/End: Original strand, 41324813 - 41325161
Alignment:
Q  289 tgttatggacgatgtctgagatggtaaagaatccgatggtaatggaagcagcacaagttgaggtaagaagagtgtttgataaaaagggatatgtgaatga 388  Q
    |||||||| |||| |||||||||||||||||||| | ||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||  ||||| | |||| ||||    
T  41324813 tgttatgggcgatatctgagatggtaaagaatccaaaggtgatggaagaagcacaagctgaggtaagaagagtttttgataggaaggggtttgtggatga 41324912  T
Q  389 gacagagttgcaccaattgatatacttaaagtccgtcatcaaagaaacaatgaggttgcatccttctataccattattgattccaagagaaagtacgaag 488  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||| |||||||||||| | |||||  |  |||| || ||  ||||||||||||||| | ||    
T  41324913 gacagagttgcaccaattgatatacttaaaatctgtgatcaaggaaacaatgaggctacatccaaccgtaccgttgttacttccaagagaaagtagggag 41325012  T
Q  489 ccatgccaaataaatagatatgatatcccagctaagacaagggtcattgttaatgcttgggctattggaagagatccgaggtattgggttgacgc-caga 587  Q
      ||||||||| ||| | ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||  | |    
T  41325013 agatgccaaatcaatgggtatgaaatcccagctaagacaagggtcatggttaatgcttgggctattggaagagatccaaggtattgggttgatgctgaaa 41325112  T
Q  588 gttttaagcctgagagattt-ctaatag-ccaaatgatttcaaaggcac 634  Q
    ||||||| |||||||| |||  |||||| |||| |||||||||||||||    
T  41325113 gttttaaacctgagaggtttgttaatagtccaattgatttcaaaggcac 41325161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 122; E-Value: 3e-62
Query Start/End: Original strand, 292 - 634
Target Start/End: Original strand, 41337533 - 41337878
Alignment:
Q  292 tatggacgatgtctgagatggtaaagaatccgatggtaatggaagcagcacaagttgaggtaagaagagtgtttgataaaaagggatatgtgaatgagac 391  Q
    ||||| ||||||| |||||| ||||||| || || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  | |||||    
T  41337533 tatgggcgatgtcggagatgataaagaacccaatagtaatggaagaagcacaagttgaggtaagaagagtgtttgataaaaaggggtatgtagacgagac 41337632  T
Q  392 agagttgcaccaattgatatacttaaagtccgtcatcaaagaaacaatgaggttgcatccttctataccattattgattccaagagaaagtacgaagcca 491  Q
    ||||||||| || |||| |||||||||||  ||||||||||||||| | ||| | |||||| || |||| || ||| |||||||||||||||   ||  |    
T  41337633 agagttgcaacagttgacatacttaaagtgtgtcatcaaagaaacatttaggctacatcctactgtacctttgttggttccaagagaaagtagagagaga 41337732  T
Q  492 tgccaaataaatagatatgatatcccagctaagacaagggtcattgttaatgcttgggctattggaagagatccgaggtattgggttgacgc-cagagtt 590  Q
    ||  |||| ||| | ||||| ||||||||||||||||||||   ||| |||| |||||| |||||||||||||| | |||||||||||| ||  ||||||    
T  41337733 tgtgaaatcaatgggtatgagatcccagctaagacaagggttgctgtcaatgtttgggcaattggaagagatccaaagtattgggttgaagctgagagtt 41337832  T
Q  591 ttaagcctgagagattt-ctaatagc-caaatgatttcaaaggcac 634  Q
    |||| |||||||| |||  ||||||| ||| |||||||||||||||    
T  41337833 ttaaacctgagaggtttgttaatagctcaattgatttcaaaggcac 41337878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 306 - 634
Target Start/End: Original strand, 41310967 - 41311302
Alignment:
Q  306 gagatggtaaagaatccgatggtaatggaagcagcacaagttgaggtaagaagagtgtttgataaaaaggg----atatgtgaatgagacagagttgcac 401  Q
    |||||||||||||| || | ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    ||||||| ||||||  |||||||||    
T  41310967 gagatggtaaagaacccaaaggtaatggaagaagcacaagttgaagtaagaagagtgtttgataaaaaggggtatatatgtggatgagatggagttgcac 41311066  T
Q  402 caattgatatacttaaagtccgtcatcaaagaaacaatgaggttgcatccttctataccattattgattccaagagaaagtacgaagccatgccaaataa 501  Q
    |  ||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||   |  |||||| ||  ||||||||||||||| | ||  ||||||||| |    
T  41311067 ctgttgatatacttaaagtttgtcatcaaagaaacactgaggttgcatccagttgcaccattgttagttccaagagaaagtagggagagatgccaaatta 41311166  T
Q  502 atagatatgatatcccagctaagacaagggtcattgttaatgcttgggctattggaagagatccgaggtattgggttgacgc-cagagttttaagcctga 600  Q
    ||||  |||| ||||||  ||||||||| ||| || ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||  |||| ||||| |||||    
T  41311167 ataggcatgagatcccaattaagacaagagtcgttattattgcttgggctattggaagagatccaaggtattgggttgaagctgagagatttaaacctga 41311266  T
Q  601 gagattt-ctaatagc-caaatgatttcaaaggcac 634  Q
    ||| |||  ||||||| ||| ||| |||||||||||    
T  41311267 gaggtttgttaatagcacaattgaattcaaaggcac 41311302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 235 - 576
Target Start/End: Complemental strand, 31178141 - 31177800
Alignment:
Q  235 taatccatttgcaggacatgtttgttggtggcactcaatcatcttcggaagctatgttatggacgatgtctgagatggtaaagaatccgatggtaatgga 334  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||| ||  || |||| || | || | ||||||||  ||| ||||||||| ||||||| || | | ||||| |    
T  31178141 taatccatttgtaggatatgtttgttggtggtaccgaaacatcatcaggagttgtgttatgggggatatctgagatgataaagaacccaaagataatgaa 31178042  T
Q  335 agcagcacaagttgaggtaagaagagtgtttgataaaaagggatatgtgaatgagacagagttgcaccaattgatatacttaaagtccgtcatcaaagaa 434  Q
     | |||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||  ||||  |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||  | |||||||||    
T  31178041 ggaagcacaagctgaagtaagaaaagtgtttgataaaaaggggcatgtcgatgaaacagagttgcaccatttgatatacttaaagtctataatcaaagaa 31177942  T
Q  435 acaatgaggttgcatccttctataccattattgattccaagagaaagtacgaagccatgccaaataaatagatatgatatcccagctaagacaagggtca 534  Q
    ||| | ||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||   ||  ||||||||| ||| | ||||| ||||||||||| ||||| ||      
T  31177941 acattaaggttgcatccttctttacctttgttgattccaagagaaagtagagagagatgccaaatcaatgggtatgaaatcccagctaaaacaagagttg 31177842  T
Q  535 ttgttaatgcttgggctattggaagagatccgaggtattggg 576  Q
     | | |||| |||||| ||||||||||||   ||||||||||    
T  31177841 ctatcaatgtttgggcaattggaagagatgaaaggtattggg 31177800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 95; E-Value: 4e-46
Query Start/End: Original strand, 303 - 634
Target Start/End: Complemental strand, 31188136 - 31187802
Alignment:
Q  303 tctgagatggtaaagaatccgatggtaatggaagcagcacaagttgaggtaagaagagtgtttgataaaaagggatatgtgaatgagacagagttgcacc 402  Q
    ||||||||||||||||| || | | |||||||   |||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||  |||| |||||||||||||    
T  31188136 tctgagatggtaaagaacccaaagataatggagaaagcacaagctgaagtaagaaaagtgtttgataaaaaggggtatgtcgatgaaacagagttgcacc 31188037  T
Q  403 aattgatatacttaaagtccgtcatcaaagaaacaatgaggttgcatccttctataccattattgattccaagagaaagtacgaagccatgccaaataaa 502  Q
    |||||||||||||||||||  | |||| ||||||| ||||| | ||||||||| | || || ||| |||||||||||||||   ||  ||||||||| ||    
T  31188036 aattgatatacttaaagtctataatcagagaaacattgaggctacatccttctgtgcctttgttggttccaagagaaagtagagagagatgccaaatcaa 31187937  T
Q  503 tagatatgatatcccagctaagacaagggtcattgttaatgcttgggctattggaagagatccgaggtattgggttgacgc-cagagttttaagcctgag 601  Q
    | | ||||| ||||||||||| ||||| ||   | | |||| |||||| ||||||||||||   ||||||||||  || ||  |||||||||| ||||||    
T  31187936 tgggtatgaaatcccagctaaaacaagagttgctatcaatgtttgggcaattggaagagatgaaaggtattgggcagaagctgagagttttaaacctgag 31187837  T
Q  602 agatttct-aatagc-caaatgatttcaaaggcac 634  Q
    || ||||| |||||| ||| |||||||||||||||    
T  31187836 aggtttctcaatagcacaattgatttcaaaggcac 31187802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 81; E-Value: 8e-38
Query Start/End: Original strand, 289 - 634
Target Start/End: Original strand, 31225628 - 31225976
Alignment:
Q  289 tgttatggacgatgtctgagatggtaaagaatccgatggtaatggaagcagcacaagttgaggtaagaagagtgtttgataaaaagggatatgtgaatga 388  Q
    ||||||||  ||| ||||||||||||||||| || | | ||||||| | |||||||| ||| |||||||   ||||||||||||||||| ||||  ||||    
T  31225628 tgttatgggggatatctgagatggtaaagaacccaaagataatggaggaagcacaagctgaagtaagaaacatgtttgataaaaagggacatgtcgatga 31225727  T
Q  389 gacagagttgcaccaattgatatacttaaagtccgtcatcaaagaaacaatgaggttgcatccttctataccattattgattccaagagaaagtacgaag 488  Q
     ||||||||||||||||| ||||||||||||||  | || | ||||||| |||| || ||||| |||  ||| || ||| |||||||||||||||   ||    
T  31225728 aacagagttgcaccaattaatatacttaaagtctataattagagaaacattgagattacatccatctgcacctttgttggttccaagagaaagtagagag 31225827  T
Q  489 ccatgccaaataaatagatatgatatcccagctaagacaagggtcattgttaatgcttgggctattggaagagatccgaggtattgggttgacgc-caga 587  Q
      ||||||||| ||| | ||||| ||||||||||| ||||| ||   | | |||| |||||| ||||||||||||   ||||||||||  || ||  |||    
T  31225828 agatgccaaatcaatgggtatgaaatcccagctaaaacaagagttgctatcaatgtttgggcaattggaagagatgaaaggtattgggcagaagctgaga 31225927  T
Q  588 gttttaagcctgagagatttct-aatagc-caaatgatttcaaaggcac 634  Q
    ||||||| |||||||| ||||| |||||| ||| |||||||||||||||    
T  31225928 gttttaaacctgagaggtttctcaatagcacaattgatttcaaaggcac 31225976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 71; E-Value: 8e-32
Query Start/End: Original strand, 291 - 437
Target Start/End: Original strand, 41431966 - 41432112
Alignment:
Q  291 ttatggacgatgtctgagatggtaaagaatccgatggtaatggaagcagcacaagttgaggtaagaagagtgtttgataaaaagggatatgtgaatgaga 390  Q
    |||||| |||||||||||||||  ||||| ||||  || ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||  || || |||||| ||||||    
T  41431966 ttatgggcgatgtctgagatggcgaagaacccgaatgtgatggaagaagcacaagctgaggtaagaagagtgtttgatatgaaagggtatgtggatgaga 41432065  T
Q  391 cagagttgcaccaattgatatacttaaagtccgtcatcaaagaaaca 437  Q
    | ||||||||| ||||||||||||| |||||  ||||||||||||||    
T  41432066 ctgagttgcactaattgatatacttgaagtctatcatcaaagaaaca 41432112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 51; E-Value: 7e-20
Query Start/End: Original strand, 507 - 634
Target Start/End: Original strand, 41305279 - 41305409
Alignment:
Q  507 tatgatatcccagctaagacaagggtcattgttaatgcttgggctattggaagagatccgaggtattgggttgacgc-cagagttttaagcctgagagat 605  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||| ||  |||||||||| || ||||| |    
T  41305279 tatgatattccagctaagactagggttattgtcaatgcttgggcgattggaagagatccaaagtattgggttgaagctgagagttttaaacccgagaggt 41305378  T
Q  606 tt-ctaatagc-caaatgatttcaaaggcac 634  Q
    ||  ||||||| ||| |||||||||||||||    
T  41305379 ttgttaatagctcaattgatttcaaaggcac 41305409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 299 - 382
Target Start/End: Original strand, 14235879 - 14235962
Alignment:
Q  299 gatgtctgagatggtaaagaatccgatggtaatggaagcagcacaagttgaggtaagaagagtgtttgataaaaagggatatgt 382  Q
    |||||||||||| |||||||| || | ||| ||||||| |||||||| |||||||||||| | |||||||| |||||| |||||    
T  14235879 gatgtctgagattgtaaagaaccctagggtgatggaagaagcacaagctgaggtaagaagggagtttgatagaaaggggtatgt 14235962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 89; Significance: 1e-42; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 300 - 580
Target Start/End: Complemental strand, 17248956 - 17248676
Alignment:
Q  300 atgtctgagatggtaaagaatccgatggtaatggaagcagcacaagttgaggtaagaagagtgtttgataaaaagggatatgtgaatgagacagagttgc 399  Q
    |||||||||||  |||| || || | ||| |||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||| |||||| |||||  |||| || ||||||     
T  17248956 atgtctgagataataaaaaacccaaaggtgatggaagcagcacaagctgaggtaagaagtgtttttgatagaaaggggtatgtagatgaaacggagttgg 17248857  T
Q  400 accaattgatatacttaaagtccgtcatcaaagaaacaatgaggttgcatccttctataccattattgattccaagagaaagtacgaagccatgccaaat 499  Q
    | ||||| ||||||||||| || ||||||||||||||| ||||| ||||||||  | ||||||| |||||||| ||| |||||| | |   ||| | |||    
T  17248856 atcaattaatatacttaaattctgtcatcaaagaaacactgaggctgcatcctattgtaccattgttgattcctagacaaagtagggaaaaatgtcgaat 17248757  T
Q  500 aaatagatatgatatcccagctaagacaagggtcattgttaatgcttgggctattggaagagatccgaggtattgggttga 580  Q
     ||  | |||||||| |||||||||||||||||   |||||||| |||||| |||||||||||||  ||||||||||||||    
T  17248756 caacgggtatgatattccagctaagacaagggttgctgttaatgtttgggcaattggaagagatcaaaggtattgggttga 17248676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University