View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14223_low_1 (Length: 820)

Name: NF14223_low_1
Description: NF14223
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14223_low_1
NF14223_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (19-811)||(54847660-54848500)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 641; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 641; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 811
Target Start/End: Complemental strand, 54848500 - 54847660
Alignment:
Q  19 actgagattgtcagaattatggtgaacataataattttgacaaaaactacgttttagagcttgaataa-------------------atttgtcaatcaa 99  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                   |||||||||||||    
T  54848500 actgagattgtcagaattatggtgaacataataattttgacaaaaactacgttttagagcttgaataagataacagtgtcacgctaaatttgtcaatcaa 54848401  T
Q  100 ggtcaatccaaacatgtactgattcttgtgaacatccaaataattttaagcattgacgtatgaggtagttaattgagtgcaacttggcgcccttcgacaa 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54848400 ggtcaatccaaacatgtactgattcttgtgaacatccaaataattttaagcattgacgtatgaggtagttaattgagtgcaacttggcgcccttcgacaa 54848301  T
Q  200 tgatatggattaaggttgatgaattcctttctatgagaatgtttctttcttttctttgcatcaggatgttttggtttcttcaaatcctcaaccgaatgta 299  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54848300 tgatatggattaaggttgatgaattccttcctatgagaatgtttctttcttttctttgcatcaggatgttttggtttcttcaaatcctcaaccgaatgta 54848201  T
Q  300 catcttccatacaaacaaatgatcttgctttccctgagtaataccttgataatcctcctctcctgctcatacatataacacaaaatttaatcaagcaaaa 399  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54848200 catcttccatacaaacaaatgatcttgctttccctgagtaataccttgataatcctcctctcctgctcatacatataacacaaaatttaatcaagcaaaa 54848101  T
Q  400 ttaa------------ttaaacaaacaattaaatgctcttacttttgtgagaaacttgttccaagtgaactcatgttgaatatcatgttttcgatttctt 487  Q
    ||||            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54848100 ttaattaattaattaattaaacaaacaattaaatgctcttacttttgtgagaaacttgttccaagtgaactcatgttgaatatcatgttttcgatttctt 54848001  T
Q  488 gttccatttgttcagcttaagagaaaaattataaaatacaattgttaaaaaatgttgattatgaatttgtgatattgagtttctttactgttgattatat 587  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54848000 cttccatttgttcagcttaagagaaaaattataaaatacaattgtt-aaaaatgttgattatgaatttgtgatattgagtttctttactgttgattatat 54847902  T
Q  588 atgggaagctggtgaatcaactaaatataaaattatggtatgagaggcacattccgttacttaagaaaatgattggattggattggatttagattcaata 687  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54847901 atgggaagctggtgaatcaactaaatataaaattatggtatgagaggcacatt-cgttacttaagaaaatgattggattggattggatttagattcaata 54847803  T
Q  688 attaaatat----------------ggtaaaagagttgtatgttatcaccgcatccttgtctacacttactctcaatcattcaagagactactaatttca 771  Q
    |||||||||                ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54847802 attaaatatgggaatggtgtttataggtaaaagagttgtatgttatcaccgcatccttgtctacactttctctcaatcattcaagagactactaatttca 54847703  T
Q  772 gatg---aataaaaatatatgcaatgagcctccctttgcttct 811  Q
    ||||   ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  54847702 gatgaataataaaaatatatgcaatgagcctccctttgtttct 54847660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University