View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14225_low_2 (Length: 767)

Name: NF14225_low_2
Description: NF14225
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14225_low_2
NF14225_low_2
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (1-716)||(7608828-7609543)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 672; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 672; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 716
Target Start/End: Complemental strand, 7609543 - 7608828
Alignment:
Q  1 tcacatatctctctttcatcttcaacagacccatcagtaacaagaaaaataagagggactgaatcacttgatttccgtagtagggtcattgcctaagaca 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  7609543 tcacatatctctctttcatcttcaacagacccatcagtaacaagaaaaataagagggactgaatcacttgatttccgtagtagggtcattgcctgagaca 7609444  T
Q  101 gcaaaaataggacatcaaataaacactgcattgtacttgctacttaatataaggagagtactccataccagcaatccatctaccttccacagtcatggtt 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7609443 gcaaaaataggacatcaaataaacactgcattgtacttactacttaatataaggaaagtactccataccagcaatccatctaccttccacagtcatggtt 7609344  T
Q  201 aacattataagcagattatacagggacatcaagaagtaagagaggttttgattaacaagccatgaagtaagaaaagatggcacatcatttggaaaatgta 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7609343 aacattataagcagattatacagggacatcaagaagtaagagaggttttgattaacaagccatgaagtaagaaaagatggcacatcatttggaaaatgta 7609244  T
Q  301 aattaattagaattacctgagttaagggaagcatgatgtttgtaccaccatttgctataaaagtagtgtcaacccacttggcagcctttaaaattgcttc 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7609243 aattaattagaattacctgagttaagggaagcatgatgtttgtaccaccatttgctataaaagtagtgtcaacccacttggcagcctttaaaattgcttc 7609144  T
Q  401 cactgtagctggttccattgattgcgagaataaataggcctccccattgaaagctataatgttaaatctatcttgcgggtttaattgagagagtgatcct 500  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7609143 cactgtagctggttccatcgattgcgagaataaataggcctccccattgaaagctataatgttaaatctatcttgcgggtttaattgagagagtgatcct 7609044  T
Q  501 acgagtgcattctttacattttcaagaggacttcccttcatgcttgcacttatatctactacgaacaccacatcctttttaaaaacctatcaatgtataa 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7609043 acgagtgcattctttacattttcaagaggacttcccttcatgcttgcacttatatctactacgaacaccacatcctttttaaaaacctatcaatgtataa 7608944  T
Q  601 acgttccattaaatttgcttaagtttgaaacaaacatggacctgtgcaaactacaatgtagccatttgatgttacacccacaccatcgtacctagctatt 700  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||| | ||||||| ||    
T  7608943 acgttccattaaatttgcttaagtttgaaacaaacatggacctgtgcaaactacaatgtaaccatttgatgttacacacacactatctttcctagctttt 7608844  T
Q  701 ctgtctgaacaatcat 716  Q
    |||||| |||||||||    
T  7608843 ctgtcttaacaatcat 7608828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University