View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14227_high_5 (Length: 433)

Name: NF14227_high_5
Description: NF14227
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14227_high_5
NF14227_high_5
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (8-417)||(44733828-44734237)
chr8 (9-148)||(44731786-44731925)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (11-417)||(45338247-45338653)
chr2 (11-150)||(45336202-45336341)
chr2 (31-102)||(14662318-14662389)
chr2 (38-149)||(17648811-17648923)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (11-417)||(32799994-32800400)
chr5 (11-149)||(32797950-32798088)
[»] chr3 (8 HSPs)
chr3 (31-411)||(48025197-48025579)
chr3 (31-411)||(48024086-48024464)
chr3 (31-409)||(48024637-48025019)
chr3 (8-149)||(28784457-28784598)
chr3 (8-149)||(48707754-48707901)
chr3 (278-411)||(48027073-48027206)
chr3 (87-171)||(5907696-5907781)
chr3 (31-102)||(48027377-48027448)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (31-411)||(13108909-13109291)
chr7 (31-149)||(13111202-13111321)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (11-150)||(1550099-1550238)
chr1 (11-149)||(9535199-9535337)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (8-149)||(22804553-22804696)
chr4 (31-102)||(7231049-7231118)
chr4 (87-149)||(44640115-44640179)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (31-107)||(6723446-6723522)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 382; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 382; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 44734237 - 44733828
Alignment:
Q  8 gacatcatcacctaggactcttgcttaccaaataagcaacaatctaactatgacacttaaacttaaacaagcaacacattaattatgacagaaaataaca 107  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44734237 gacatcattacctaggactcttacttaccaaataagcaacaacctaactatgacacttaaacttaaacaagcaacacattaattatgacagaaaataaca 44734138  T
Q  108 acacaattaattattaaatcagaaaaatatcaatctccaacactcctccttgatatttttcttgaaaaaactccaaacattgatctcatctttcaaacct 207  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  44734137 acacaattaatttttaaatcagaaaaatatcaatctccaacactcctccttgatatttttcttgaaaaaactccaaacattgatctcatctttccaacct 44734038  T
Q  208 tcatctgataaaacttcactggccaaatttctttatctgttgcagcggaaacacattgagctttagttgatgattgggtgatcccttcttgcttcttcga 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44734037 tcatctgataaaacttcactggccaaatttctgtatctgttgcagcggaaacacattgagctttagttgatgattgggtgatcccttcttgcttcttcga 44733938  T
Q  308 attccaatcagacacaacatgaccaaatgaaaaaacacaatcagatgcagtcttgacatcatcgctttctgcataatctaggaggtatccactttcattt 407  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44733937 attccaatcagacagaacatgaccaaatgaaaaaacacaatcagatgcagtcttgacatcatcgctttctgcataatctaggaggtatccactttcattt 44733838  T
Q  408 tgaataaaac 417  Q
    ||||||||||    
T  44733837 tgaataaaac 44733828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 128; E-Value: 5e-66
Query Start/End: Original strand, 9 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 44731925 - 44731786
Alignment:
Q  9 acatcatcacctaggactcttgcttaccaaataagcaacaatctaactatgacacttaaacttaaacaagcaacacattaattatgacagaaaataacaa 108  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44731925 acatcattacctaggactcttacttaccaaataagcaacaatctaactatgacacttaaacttaaacaagcaacacattaattatgacagaaaataacaa 44731826  T
Q  109 cacaattaattattaaatcagaaaaatatcaatctccaac 148  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  44731825 cacaattaatttttaaatcagaaaaatatcaatctccaac 44731786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 379; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 379; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 45338653 - 45338247
Alignment:
Q  11 atcatcacctaggactcttgcttaccaaataagcaacaatctaactatgacacttaaacttaaacaagcaacacattaattatgacagaaaataacaaca 110  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45338653 atcattacctaggactcttacttaccaaataagcaacaatctaactatgacacttaaacttaaacaagcaacacattaattatgacagaaaataacaaca 45338554  T
Q  111 caattaattattaaatcagaaaaatatcaatctccaacactcctccttgatatttttcttgaaaaaactccaaacattgatctcatctttcaaaccttca 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  45338553 caattaattattaaatcagaaaaatatcaatctccaacactcctccttgatatttttcttgaaaaaactccaaacattgatctcatctttccaaccttca 45338454  T
Q  211 tctgataaaacttcactggccaaatttctttatctgttgcagcggaaacacattgagctttagttgatgattgggtgatcccttcttgcttcttcgaatt 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  45338453 tctgataaaacttcactggccaaatttctgtatctgttgcagcggaaacacattgagctttagttgatgattgggtgatcccttcttgcttcttcaaatt 45338354  T
Q  311 ccaatcagacacaacatgaccaaatgaaaaaacacaatcagatgcagtcttgacatcatcgctttctgcataatctaggaggtatccactttcattttga 410  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45338353 ccaatcagacacaacatgaccaaatgaaaaaacacaatcagatgcagtcttgacatcatcgctttcagcataatctaggaggtatccactttcattttga 45338254  T
Q  411 ataaaac 417  Q
    | |||||    
T  45338253 aaaaaac 45338247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 11 - 150
Target Start/End: Complemental strand, 45336341 - 45336202
Alignment:
Q  11 atcatcacctaggactcttgcttaccaaataagcaacaatctaactatgacacttaaacttaaacaagcaacacattaattatgacagaaaataacaaca 110  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45336341 atcattacctaggactcttacttaccaaataagcaacaatctaaatatgacacttaaacttacacaagcaacacattaattatgacagaaaataacaaca 45336242  T
Q  111 caattaattattaaatcagaaaaatatcaatctccaacac 150  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45336241 caattaattattaaatcagaaaaatatcaatctccaacac 45336202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 31 - 102
Target Start/End: Complemental strand, 14662389 - 14662318
Alignment:
Q  31 cttaccaaataagcaacaatctaactatgacacttaaacttaaacaagcaacacattaattatgacagaaaa 102  Q
    ||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  14662389 cttactaaataagcaacgatctaattatgacacttatacataaacaagcaacactttaattatgacagaaaa 14662318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 38 - 149
Target Start/End: Complemental strand, 17648923 - 17648811
Alignment:
Q  38 aataagcaacaatctaactatgacacttaaacttaaacaagcaacacattaattatgacagaaaataa-ca--acacaattaattattaaatcagaaaaa 134  Q
    ||||||||||||||||| ||||||| |  |||||||||||||||||   ||||||||||||||||  | ||  |||||| ||||||  ||| ||||||||    
T  17648923 aataagcaacaatctaattatgacatt--aacttaaacaagcaacaagctaattatgacagaaaaacagcagcacacaagtaattaacaaaacagaaaaa 17648826  T
Q  135 tatcaatctccaaca 149  Q
    |||||||||||||||    
T  17648825 tatcaatctccaaca 17648811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 375; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 375; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 32800400 - 32799994
Alignment:
Q  11 atcatcacctaggactcttgcttaccaaataagcaacaatctaactatgacacttaaacttaaacaagcaacacattaattatgacagaaaataacaaca 110  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32800400 atcattacctaggactcttacttaccaaataagcaacaatctaattatgacacttaaacttaaacaagcaacacattaattatgacagaaaataacaaca 32800301  T
Q  111 caattaattattaaatcagaaaaatatcaatctccaacactcctccttgatatttttcttgaaaaaactccaaacattgatctcatctttcaaaccttca 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  32800300 caattaattattaaatcagaaaaatatcaatctccaacactcctccttgatatttttcttgaaaaaactccaaacattgatctcatctttccaaccttca 32800201  T
Q  211 tctgataaaacttcactggccaaatttctttatctgttgcagcggaaacacattgagctttagttgatgattgggtgatcccttcttgcttcttcgaatt 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  32800200 tctgataaaacttcactggccaaatttctgtatctgttgcagcggaaacacattgagctttagttgatgattgggtgatcccttcttgcttcttcaaatt 32800101  T
Q  311 ccaatcagacacaacatgaccaaatgaaaaaacacaatcagatgcagtcttgacatcatcgctttctgcataatctaggaggtatccactttcattttga 410  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32800100 ccaatcagacacaacatgaccaaatgaaaaaacacaatcagatgcagtcttgacatcatcgctttcagcataatctaggaggtatccactttcattttga 32800001  T
Q  411 ataaaac 417  Q
    | |||||    
T  32800000 aaaaaac 32799994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 11 - 149
Target Start/End: Complemental strand, 32798088 - 32797950
Alignment:
Q  11 atcatcacctaggactcttgcttaccaaataagcaacaatctaactatgacacttaaacttaaacaagcaacacattaattatgacagaaaataacaaca 110  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32798088 atcattacctaggactcttacttaccaaataagcaacaatctaattatgacacttaaacttaaacaagcaacacattaattatgacagaaaataacaaca 32797989  T
Q  111 caattaattattaaatcagaaaaatatcaatctccaaca 149  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32797988 caattaattattaaatcagaaaaatatcaatctccaaca 32797950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 187; Significance: 1e-101; HSPs: 8)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 31 - 411
Target Start/End: Original strand, 48025197 - 48025579
Alignment:
Q  31 cttaccaaataagcaacaatctaactatgacacttaaacttaaacaagcaacacattaattatgacagaaaataacaacacaat-taattattaaatcag 129  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||  | ||  ||||||  ||| |||    
T  48025197 cttactaaataagcaacaatctaattatgacatttatacataaacaagcaacactttaattatgacagaaaacagcagtagaaaataattaacaaaacag 48025296  T
Q  130 aaaaatatcaatctccaacactcctccttgatatttttcttgaaaaaactccaaacattgatctcatctttcaaaccttcatctgataaaacttcactgg 229  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |  ||||||||||||||||||||||| |||    
T  48025297 aaaaatatcaatctccaacactcatccttgatatttttcttgaaaaaactccaagcattgacctcatctcttcaaccttcatctgataaaacttcattgg 48025396  T
Q  230 ccaaatttcttt-atctgttgcagcggaaacacattgagctttagttgatgattgggtgatcccttcttgcttcttcgaattccaatcagacacaacatg 328  Q
    |||| ||| ||| || |||||||  || |||||| | | |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||      
T  48025397 ccaagtttttttgatttgttgcattggtaacacactcaactttagttgaagattgggtgatccgttcttgcttctttgaattccaaccagacacaacaca 48025496  T
Q  329 accaaatgaaaaaacacaatcagatgcagtcttgacatcatcgctttctgcataatctaggaggtatccactttcattttgaa 411  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||| ||| ||||| ||||||||| ||||||||||| |||||    
T  48025497 accaaatgaaaaaacacaatcagaagcaatcttgacatcgtcgctatctacataaactaggaggtctccactttcatcttgaa 48025579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 174; E-Value: 2e-93
Query Start/End: Original strand, 31 - 411
Target Start/End: Original strand, 48024086 - 48024464
Alignment:
Q  31 cttaccaaataagcaacaatctaactatgacacttaaacttaaacaagcaacacattaattatgacagaaaataacaacacaat-taattattaaatcag 129  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||  | ||  ||||||  |||  ||    
T  48024086 cttactaaataagcaacaatctaattatgacacttatacataaacaagtaacactttaattatgacagaaaacagcagtagaaaataattaacaaaagag 48024185  T
Q  130 aaaaatatcaatctccaacactcctccttgatatttttcttgaaaaaactccaaacattgatctcatctttcaaaccttcatctgataaaacttcactgg 229  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | | ||| |  ||| ||||||||||||||||||| |||    
T  48024186 aaaaatatcaatctccaacactcatccttgatatttttcttgaaaaaactccaagcattgaccccgtctcttcaacattcatctgataaaacttcattgg 48024285  T
Q  230 ccaaatttcttta-tctgttgcagcggaaacacattgagctttagttgatgattgggtgatcccttcttgcttcttcgaattccaatcagacacaacatg 328  Q
    |||| ||| |||  | ||||||| ||| |||||| |    || |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||      
T  48024286 ccaattttttttggtttgttgcatcggtaacacaat----ttcagttgatgattgggtgatccgttcttgcttctttgaattccaaccagacacaacaca 48024381  T
Q  329 accaaatgaaaaaacacaatcagatgcagtcttgacatcatcgctttctgcataatctaggaggtatccactttcattttgaa 411  Q
    ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  48024382 accaaataaaaaaacacaatcagaagcagtcttgacatcgtcgctttctgcataaactaggaggtctccactttcattttgaa 48024464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 160; E-Value: 4e-85
Query Start/End: Original strand, 31 - 409
Target Start/End: Original strand, 48024637 - 48025019
Alignment:
Q  31 cttaccaaataagcaacaatctaactatgacacttaaacttaaacaagcaacacattaattatgacagaaaataacaacacaat-taattattaaatcag 129  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||| ||||||  ||||||||||||||||| | ||  | ||  ||||||  ||| ||     
T  48024637 cttactaaataagcaacaatctaattatgacacttatacataaacatgcaacattttaattatgacagaaaacagcagtagaaaataattaacaaaacat 48024736  T
Q  130 aaaaatatcaatctccaacactcctccttgatatttttcttgaaaaaactccaaacattgatctcatctttcaaaccttcatctgataaaacttcactgg 229  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |  ||| ||||||||||||||||||| |||    
T  48024737 aaaaatatcaatctccaacactcatccttgatatttttcttgaaaaaactccaagcattgacctcatctcttcaacattcatctgataaaacttcattgg 48024836  T
Q  230 ccaaatttcttta-tctgttgcagcgga--aacacattgagctttagttgatgattgggtgatcccttcttgcttcttcgaattccaatcagacacaaca 326  Q
    |||| ||| |||  | ||||||| |||   |||||| | | |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||| |  || | ||||||    
T  48024837 ccaattttttttggtttgttgcatcggtgtaacacaatcaactttagttgatgattgggtgatccgttcttccttctttgaattctatccatatacaaca 48024936  T
Q  327 tgaccaaatgaaaaaacacaatcagatgcagtcttgacatcatcgctttctgcataatctaggaggtatccactttcattttg 409  Q
      |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| | |||||||||||||||    
T  48024937 caaccaaatgaaaaaacacaatcagaagcagtcttgacatcatcactttctgcataaactaggagatctccactttcattttg 48025019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 8 - 149
Target Start/End: Complemental strand, 28784598 - 28784457
Alignment:
Q  8 gacatcatcacctaggactcttgcttaccaaataagcaacaatctaactatgacacttaaacttaaacaagcaacacattaattatgacagaaaataaca 107  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  28784598 gacatcattacctaggactcttacttaccaaataagcaacaatctaactataacacttaaacttaaacaagcaacacattaattatgagagaaaataaca 28784499  T
Q  108 acacaattaattattaaatcagaaaaatatcaatctccaaca 149  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  28784498 acacaattaatttttaaatcagaaaaatatcaatctccaaca 28784457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 8 - 149
Target Start/End: Original strand, 48707754 - 48707901
Alignment:
Q  8 gacatcatcacctaggactcttgcttaccaaataagcaacaatctaactatgacactt------aaacttaaacaagcaacacattaattatgacagaaa 101  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48707754 gacatcattacctaggactcttacttaccaaataaacaacaatctaactatgacacttaaacttaaacttaaacaagcaacacattaattatgacagaaa 48707853  T
Q  102 ataacaacacaattaattattaaatcagaaaaatatcaatctccaaca 149  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48707854 ataacaacacaattaattattaaatcagaaaaatatcaatctccaaca 48707901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 278 - 411
Target Start/End: Original strand, 48027073 - 48027206
Alignment:
Q  278 tgattgggtgatcccttcttgcttcttcgaattccaatcagacacaacatgaccaaatgaaaaaacacaatcagatgcagtcttgacatcatcgctttct 377  Q
    |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| | |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  48027073 tgattgggtgatccgttcttgcttctttgaattccaaccggacacaacacaaccaaatgaaaaaacacaatcagatgcagtctagacatcgtcgctttct 48027172  T
Q  378 gcataatctaggaggtatccactttcattttgaa 411  Q
    |||||||||||||||| | || ||||||||||||    
T  48027173 gcataatctaggaggtcttcattttcattttgaa 48027206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 87 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 5907781 - 5907696
Alignment:
Q  87 taattatgacagaaaataacaa-cacaattaattattaaatcagaaaaatatcaatctccaacactcctccttgatatttttcttg 171  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  5907781 taattatgacagaaaattacaaacacaagtaattattaaaccagaaaaatatcaatctccaacactcatccttaatatttttcttg 5907696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 31 - 102
Target Start/End: Original strand, 48027377 - 48027448
Alignment:
Q  31 cttaccaaataagcaacaatctaactatgacacttaaacttaaacaagcaacacattaattatgacagaaaa 102  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||| | ||||||| |||||||    
T  48027377 cttactaaataagcaacaatctaattatgacacttatacataaacaagcaacacttaaattatggcagaaaa 48027448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 179; Significance: 2e-96; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 31 - 411
Target Start/End: Original strand, 13108909 - 13109291
Alignment:
Q  31 cttaccaaataagcaacaatctaactatgacacttaaacttaaacaagcaacacattaattatgacagaaaataacaacacaat-taattattaaatcag 129  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |  |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||   ||  ||||||  ||| ||     
T  13108909 cttactaaataagcaacaatctaattatgacacttataaataaacaagcaacactttaattatgacagaaaacaacaatggaaaataattaacaaaacaa 13109008  T
Q  130 aaaa-atatcaatctccaacactcctccttgatatttttcttgaaaaaactccaaacattgatctcatctttcaaaccttcatctgataaaacttcactg 228  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||| ||||||| |  ||||| ||||||||||||||||| ||    
T  13109009 aaaaaatatcaatctccaacactcctccttgatatttctcttgaaaaaacttcaagcattgacctcatctcttcaacctccatctgataaaacttcattg 13109108  T
Q  229 gccaaatttctttatctgttgcagcggaaacacattgagctttagttgatgattgggtgatcccttcttgcttcttcgaattccaatcagacacaacatg 328  Q
    | ||| ||| |  || ||||||||||| |||||| | | ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||| | |||||||||      
T  13109109 gtcaagtttttggatttgttgcagcggtaacacactcaactttagttgataattgggtgatccgttcttgcttctttgaattccaaccggacacaacaca 13109208  T
Q  329 accaaatgaaaaaacacaatcagatgcagtcttgacatcatcgctttctgcataatctaggaggtatccactttcattttgaa 411  Q
     ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  13109209 cccaaatgaaaaaacacaatcaaatgtagtcttgacatcgtcgctttttgcataatctaggaggtctccactttcattttgaa 13109291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 31 - 149
Target Start/End: Original strand, 13111202 - 13111321
Alignment:
Q  31 cttaccaaataagcaacaatctaactatgacacttaaacttaaacaagcaacacattaattatgacagaaaataaca-acacaattaattattaaatcag 129  Q
    ||||| |||||||||||||||||| |||| |||||  || |||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||   | || ||||||  ||| |||    
T  13111202 cttactaaataagcaacaatctaattatggcacttctacataaacaagcaacactttaattatgacagaaaacagcagtaaaaagtaattaacaaaacag 13111301  T
Q  130 aaaaatatcaatctccaaca 149  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  13111302 aaaaatatcaatctccaaca 13111321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 124; Significance: 1e-63; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 11 - 150
Target Start/End: Complemental strand, 1550238 - 1550099
Alignment:
Q  11 atcatcacctaggactcttgcttaccaaataagcaacaatctaactatgacacttaaacttaaacaagcaacacattaattatgacagaaaataacaaca 110  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  1550238 atcattacctaggactcttacttaccaaataagcaacaatctaactatgacacttaaacttatacaagcaacacattaattatgacataaaataacaaca 1550139  T
Q  111 caattaattattaaatcagaaaaatatcaatctccaacac 150  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1550138 caattaattattaaatcagaaaaatatcaatctccaacac 1550099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 11 - 149
Target Start/End: Complemental strand, 9535337 - 9535199
Alignment:
Q  11 atcatcacctaggactcttgcttaccaaataagcaacaatctaactatgacacttaaacttaaacaagcaacacattaattatgacagaaaataacaaca 110  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  9535337 atcattacctaggactcttacttaccaaataagcaacaatctaattatgacacttaaacttaaacaagcaacacattaattttgacagaaaataacaaca 9535238  T
Q  111 caattaattattaaatcagaaaaatatcaatctccaaca 149  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  9535237 caattaattattaaaccagaaaaatatcaatctccaaca 9535199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 101; Significance: 6e-50; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 6e-50
Query Start/End: Original strand, 8 - 149
Target Start/End: Complemental strand, 22804696 - 22804553
Alignment:
Q  8 gacatcatcacctaggactcttg--cttaccaaataagcaacaatctaactatgacacttaaacttaaacaagcaacacattaattatgacagaaaataa 105  Q
    |||||||| |||||||||||||   ||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||    
T  22804696 gacatcattacctaggactcttttacttaccaaataagcagcaatctaattatggcacttaaacttaaacaagcaacgcattaattatgagagaaaataa 22804597  T
Q  106 caacacaattaattattaaatcagaaaaatatcaatctccaaca 149  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  22804596 caacacaattaattattaaaccagaaaaatatcaatctccaaca 22804553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 31 - 102
Target Start/End: Original strand, 7231049 - 7231118
Alignment:
Q  31 cttaccaaataagcaacaatctaactatgacacttaaacttaaacaagcaacacattaattatgacagaaaa 102  Q
    ||||| ||||||||| |||||||| |||||||||  |||||||||||||||||   ||||||||||||||||    
T  7231049 cttactaaataagcagcaatctaattatgacact--aacttaaacaagcaacaatctaattatgacagaaaa 7231118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 87 - 149
Target Start/End: Complemental strand, 44640179 - 44640115
Alignment:
Q  87 taattatgacagaaaat-aacaacacaattaatt-attaaatcagaaaaatatcaatctccaaca 149  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||| | ||| |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  44640179 taattatgacagaaaaacaacaacacaaatcatttattaaaccagaaaaatatcaatctccaaca 44640115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 57; Significance: 1e-23; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 31 - 107
Target Start/End: Complemental strand, 6723522 - 6723446
Alignment:
Q  31 cttaccaaataagcaacaatctaactatgacacttaaacttaaacaagcaacacattaattatgacagaaaataaca 107  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  6723522 cttactaaataagcaacaatctaattatgacacttacacttaaacaagcaacactttaattatgacagaaaacaaca 6723446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University