View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14229_low_4 (Length: 662)

Name: NF14229_low_4
Description: NF14229
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14229_low_4
NF14229_low_4
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (20-651)||(18317075-18317706)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 551; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 551; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 651
Target Start/End: Complemental strand, 18317706 - 18317075
Alignment:
Q  20 cgtaggtcagttcaacttacctgatcttatagtgcatcgattaggtcactgtcactgctagctgnnnnnnnaattaacttgtgaaatttgtatttgtgat 119  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||    
T  18317706 cgtagctcaattcaacttacctgatcttatagtgcatcgattaggtcaccgtcactgctagctgtttttttaattaacttgtgaaatttgtatttgtgat 18317607  T
Q  120 tttggttgaacttcaattgtcatgagatccgtgatttgattggtttctgatctgcattttgtgtgagttcatggcaatttgacgggaaggctttgatgtt 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18317606 tttggttgaacttcaattgtcatgagattcgtgatttgattggtttctgatctgcattttgtgtgagttcatggcaatttgacgggaaggctttgatgtt 18317507  T
Q  220 ctgattgtgtctccaagcgaccctcgatgatgacaccaacaacaactatggtggatacagttatcatcaccattacaattacacattcacattccttatt 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18317506 ctgattgtgtctccaagcgaccctcgatgatgacaccaacaacaactatggtggatacagttatcatcaccattacaattacacattcacattccttatt 18317407  T
Q  320 gcaccatgaactgaacacactatcttagaaacagttagaagccagttacttacacagcaagtaatctgctaaatggctctaattacttggcttggaatca 419  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  18317406 gcaccatgaactgaacacactatcttagaaacagttagaagccagatacttacacagcaagtaatctactaaatggctccaattacttggcttggaatca 18317307  T
Q  420 ttctatgcgttgtgctttggaagaaaagaacaagcttgcgttcattgatggatcaatacgtgttcctgaactcaaggatctgaatctgcaatatatctaa 519  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |      
T  18317306 ttctatgcgttgtgctttggaagcaaagaacaagcttgcgttcattgatggatcaatacgtgttcctgaactcaaggatctgaatctgcaatatattt-- 18317209  T
Q  520 gctacaatacaagacactatct--gagatgagaaaactcttgctctagcagtcctatagactaaaatggccatattttgtgaaaccaaggtataaggaac 617  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  18317208 gctacaatacaagacactatctgagagatgagaaaactcttgctctagcagtcctatagactaaaatggccatattttgtgaatccaaggtataaggaac 18317109  T
Q  618 tcattgctatttttacttctgaatccaagagtat 651  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18317108 tcattgctatttttacttctgaatccaagagtat 18317075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University