View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1422R-Insertion-6 (Length: 573)

Name: NF1422R-Insertion-6
Description: NF1422R
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1422R-Insertion-6
NF1422R-Insertion-6
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (9-573)||(17781837-17782401)
chr2 (12-573)||(20582185-20582746)
chr2 (24-565)||(20563034-20563575)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 476; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 476; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 573
Target Start/End: Original strand, 17781837 - 17782401
Alignment:
Q  9 tctctaaccatttgaaatgcattcatttgttgctctgcatacaccggccacgtagcaattggcgcaccataccacaaactctccaatatcgagttccaac 108  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17781837 tctctaaccatttgaaacgcgttcatttgttgctctgcatacaccggccacgtagcaattggcacaccataccacaaactctccaatatcgagttccaac 17781936  T
Q  109 cacaatgcgacacgaatccacccaccgccttatgggccaataccttggcttgtgggacccaaccacaaactatacccatccccgcagtccgttccaaaaa 208  Q
    |||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||  ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||    
T  17781937 cacaatgcgagacgaatccacccacggccttgtgggccagaaccttcgcttgtgggacccacccacaaactatacccatccccgcagcccgtgtcaaaaa 17782036  T
Q  209 cccgtccggtagaacattgtcgtaacttgtgtaatctcttgggtccgctgactgggccttcggaggtccacgtaaagcccataaaaatctaaccccaaca 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  17782037 cccgtccggtagaacattgtcgtaacttgtgtaatctcttgggtccgctgactgggccttcggaggtccacgtaaagcccataaaaatctaaccccagca 17782136  T
Q  309 cgttcaagaccaatagcaattttctcaacctgtttgacttcaagacttcccaaactaccaaaacatnnnnnnnccacagaagcaagaggctgcaaatcga 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||    
T  17782137 cgttcaagaccaatagcaattttctcaacctgtttgacttcaagacttcccaaactaccaaaacataaaaaaaccacagaagcaagaggctgcaaatcga 17782236  T
Q  409 gccactgcattatataattatattggactgggtttggatcccattcagccggtccaacaagatcaataaccggcccaattgtgtaaaccggtggaagttg 508  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  17782237 gccactccattatataattatattggactgggtttggatcccattcagccggtccaacaagatcaataaccggcccaattgtgtaaaccggtggaagctg 17782336  T
Q  509 tgaatcatcataaagtgattgaagagcgtagggttcaagctcttgtaacgtatttaccacgatac 573  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17782337 cgaatcatcataaagtgattgaagagcgtagggttcaagctcttgtaacgtatttaccacgatac 17782401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 12 - 573
Target Start/End: Original strand, 20582185 - 20582746
Alignment:
Q  12 ctaaccatttgaaatgcattcatttgttgctctgcatacaccggccacgtagcaattggcgcaccataccacaaactctccaatatcgagttccaaccac 111  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  20582185 ctaaccatctggaatgcattcatttgttgctctgcatagaccggccacgtggcaattggcacaccaaaccacaaactctctaaaatcgagttccaaccac 20582284  T
Q  112 aatgcgacacgaatccacccaccgccttatgggccaataccttggcttgtgggacccaaccacaaactatacccatccccgcagtccgttccaaaaaccc 211  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||    
T  20582285 aatgcgacacgaatccacccactgccttgtgggccagtaccttggcttgtgggacccatccacatactatacccattcccacagtccgctccaaaaaccc 20582384  T
Q  212 gtccggtagaacattgtcgtaacttgtgtaatctcttgggtccgctgactgggccttcggaggtccacgtaaagcccataaaaatctaaccccaacacgt 311  Q
     |||||||||||||| |||||||| |  || ||||| ||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||    
T  20582385 atccggtagaacattctcgtaactcgcatagtctctcgggtctgctaattgggccttcggaggtccacgtaaagcccataaaaatctaatcccaacccgt 20582484  T
Q  312 tcaagaccaatagcaattttctcaacctgtttgacttcaagacttcccaaactaccaaaacatnnnnnnnccacagaagcaagaggctgcaaatcgagcc 411  Q
    ||||| ||||||||||||| ||  || ||||| ||||  ||||| ||||| |||||||| ||        |||||||  ||| || ||||||||| | ||    
T  20582485 tcaagtccaatagcaatttcctgtacttgttttacttttagactacccaagctaccaaagcaaagaaaaaccacagacccaacagactgcaaatctaacc 20582584  T
Q  412 actgcattatataattatattggactgggtttggatcccattcagccggtccaacaagatcaataaccggcccaattgtgtaaaccggtggaagttgtga 511  Q
    ||| ||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||   ||||||||||||| || | |||||| ||||||| |||||| |||||||| ||  |    
T  20582585 actccatgatataattatactggactgggtttgggtcccattggaccggtccaacaaggtcgagaaccggtccaattgggtaaacaggtggaagctgcaa 20582684  T
Q  512 atcatcataaagtgattgaagagcgtagggttcaagctcttgtaacgtatttaccacgatac 573  Q
    ||| |  ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  20582685 atccttgtaaagtgattgtagagcataaggttcaagctcttgtaatgtatttaccacaatac 20582746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 24 - 565
Target Start/End: Original strand, 20563034 - 20563575
Alignment:
Q  24 aatgcattcatttgttgctctgcatacaccggccacgtagcaattggcgcaccataccacaaactctccaatatcgagttccaaccacaatgcgacacga 123  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20563034 aatgcattcatttgttgctccgcataaactggccacgtggcaattggcacaccataccacaaactctccaatatcgagttccaaccacaatgcgacacga 20563133  T
Q  124 atccacccaccgccttatgggccaataccttggcttgtgggacccaaccacaaactatacccatccccgcagtccgttccaaaaacccgtccggtagaac 223  Q
    |||||||||| ||||||||||| |  ||||| |||||||| | ||| ||||| || ||||||||||||   || |||  |||||| || |||||||||||    
T  20563134 atccacccactgccttatgggctagcacctttgcttgtggaatccacccacacacaatacccatccccatggttcgtctcaaaaatccatccggtagaac 20563233  T
Q  224 attgtcgtaacttgtgtaatctcttgggtccgctgactgggccttcggaggtccacgtaaagcccataaaaatctaaccccaacacgttcaagaccaata 323  Q
    ||| || |||||  |  |||||||||||||| |  | |||||||| |||||| | | || |||||| |||||||||| |||| |  ||||||| ||||||    
T  20563234 attctcataactcataaaatctcttgggtcctccaattgggccttaggaggttcccttatagcccacaaaaatctaatcccagcctgttcaagcccaata 20563333  T
Q  324 gcaattttctcaacctgtttgacttcaagacttcccaaactaccaaaacatnnnnnnnccacagaagcaagaggctgcaaatcgagccactgcattatat 423  Q
    ||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||| || ||||||       |||||||   || |||||||||||| ||||||| ||  || |    
T  20563334 gcaatttgctcaacctgttttgcttcaagacttcccaaacttccgaaacatagaaaaaccacagatttaacaggctgcaaatcaagccactccacgatgt 20563433  T
Q  424 aattatattggactgggtttggatcccattcagccggtccaacaagatcaataaccggcccaattgtgtaaaccggtggaagttgtgaatcatcataaag 523  Q
    ||||||| || || ||||||||||||||||   |||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||| |||||||| ||  ||||||  | |||    
T  20563434 aattatactgtaccgggtttggatcccattggaccggtccaacaagatcaagaaccggtccaattgggtaaacaggtggaagctgcaaatcattgtgaag 20563533  T
Q  524 tgattgaagagcgtagggttcaagctcttgtaacgtatttac 565  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||    
T  20563534 tgattcaagagcgtatggttcaagctcttttaatgtatttac 20563575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University