View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14231_low_2 (Length: 714)

Name: NF14231_low_2
Description: NF14231
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14231_low_2
NF14231_low_2
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (1-709)||(27794550-27795260)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 583; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 583; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 709
Target Start/End: Original strand, 27794550 - 27795260
Alignment:
Q  1 tatctttcactatgctggattctctctatgtttctcatctatttgaattgttaaaaaatgtagaaggaaagaaactcaaattgtgtgcatgggtgtaggg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27794550 tatctttcactatgctggattctctctatgtttctcatctttttgaagtgttaaaaaatgtagaaggaaagaaactcaaattgtgtgcatgggtgtaggg 27794649  T
Q  101 gtaa--gtgcaatcaaaagcatgtgaaaacaaaataaagcattatttacttggacttgttatgcttcttaaaaattattttgcaattgtatatacagtaa 198  Q
    ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  27794650 gtaaaagtgcaatcaaaagcatgtgaaaacaaaataaagcatt---tacttgcacttgttatgcttcttacaaattattttgcaattgtatatacagtaa 27794746  T
Q  199 aaatttatatttcttgatattttaatcaa-ccctagaaaaatatttaatcaattaattttttgaccaaatttaataaattaattagtaagtatataccaa 297  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  27794747 aaatttatatttcgtgatattttaatcaaaccctagaaaaatatttaatcaattaattttttgaccaaatttaataaattaattagtaattatataccaa 27794846  T
Q  298 tacacagataaaatctggctaaataacttatatcacacaaatatttttcaaaataaaaaatttatattacacaaccagttcctaatttcctcaaattatg 397  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  27794847 tacacagataaaatctggctaattaacttatatcacacaaatatttttcaaaataaaaaacttatattacacaaccagttcctaatttcctgaaattatg 27794946  T
Q  398 atctagctgtgtgtgtaattgcaacagaatttttctaatatgaagctattatatgtataaaataaaacgtatttatattatacaaaactattacaaatct 497  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  27794947 atctagctgtgtgtgtaattgcaacataatttttctaatatgaagctattatatgtataaaataaaacgtatttatattatacaaaactattaaaaatct 27795046  T
Q  498 ctacctaagagttaagtatgctatcattttcttgtatacatactccatgtttgttgaa--nnnnnnnnncttgaatttgttatttttagttgaatgaata 595  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||           |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27795047 ctacctaagagttaagtatgctatcattttcttgtatacatactccatggttgttgaaatattttttttcttgaatttgttatttttagttgaatgaata 27795146  T
Q  596 attacaataattaagtatatgatcattaattttacctgatcttcctcggagattttcagctatggcgttccaattatgaggtccatagctttccaccaac 695  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27795147 atcacaataattaagtatatgatcattaattttacctgatcttcctcggagattttcagctatggcgttccaattatgaggtccatagctttccaccaac 27795246  T
Q  696 tccctttgcttctc 709  Q
    |||||  |||||||    
T  27795247 tccctaagcttctc 27795260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University