View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14236_low_38 (Length: 353)

Name: NF14236_low_38
Description: NF14236
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14236_low_38
NF14236_low_38
[»] chr1 (22 HSPs)
chr1 (17-353)||(35295483-35295819)
chr1 (133-353)||(35190574-35190794)
chr1 (102-343)||(35225155-35225396)
chr1 (177-353)||(35147560-35147736)
chr1 (133-353)||(35270647-35270867)
chr1 (86-353)||(35263222-35263489)
chr1 (135-353)||(45531809-45532027)
chr1 (135-353)||(45525699-45525917)
chr1 (102-266)||(35474217-35474379)
chr1 (133-324)||(35208367-35208560)
chr1 (193-342)||(35216173-35216322)
chr1 (135-260)||(35476642-35476767)
chr1 (133-353)||(35200137-35200363)
chr1 (95-260)||(8639232-8639398)
chr1 (135-266)||(35205243-35205373)
chr1 (179-265)||(34309696-34309782)
chr1 (74-172)||(35245283-35245380)
chr1 (127-260)||(35219395-35219528)
chr1 (181-257)||(35252395-35252471)
chr1 (197-260)||(35248592-35248655)
chr1 (183-267)||(35212284-35212368)
chr1 (231-343)||(19266468-19266580)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (134-347)||(38632095-38632308)
chr7 (108-307)||(38634871-38635070)
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (103-266)||(19246686-19246846)
chr3 (139-267)||(23332083-23332211)
chr3 (195-254)||(53924101-53924160)
chr3 (213-268)||(17664390-17664445)
chr3 (179-260)||(899467-899548)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (182-259)||(33138405-33138482)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 317; Significance: 1e-179; HSPs: 22)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 317; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 17 - 353
Target Start/End: Original strand, 35295483 - 35295819
Alignment:
Q  17 acgaggaatgtcgaaaattggtttttattcattgtcatccggctgatggctggcttgtctacatgtgctcttttctcatttcctatattcttatctttgc 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  35295483 acgaggaatgtcgaaaattggtttttattcattgtcatccggctgatggctggcttatctacatgtgctcttttctcacttcatatattcttatctttgc 35295582  T
Q  117 aacttttgcacacaaattttggacaggttccccgaagttgctgagcttcgtgctgtgctatggcttgaaattcgtgggatgataaacacccctgccttgt 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35295583 aacttttgcacacaaattttggacaggttccccgaagttgctgagcttcgtgctgtgctatggcttgaaattcgtgggatgataaacacccctgccttgt 35295682  T
Q  217 ccccacatactcaatatgcagcttatcttgtgttcaagatgattaatgcccgaggatttcaaaactgtcctgttgagttatcagttggtgtcgaaggtgg 316  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35295683 ccccaaatactcaatatgcagcttatcttgtgttcaagatgattaatgcccgaggatttcaaaattgtcctgttgagttatcagttggtgtcgaaggtgg 35295782  T
Q  317 ccatagtattactaacattgtctgtttggattcaaat 353  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35295783 ccatagtattactaacattgtctgtttggattcaaat 35295819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 133 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 35190794 - 35190574
Alignment:
Q  133 ttttggacaggttccccgaagttgctgagcttcgtgctgtgctatggcttgaaattcgtgggatgataaacacccctgccttgtccccacatactcaata 232  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||  |||   |||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||| || ||    
T  35190794 ttttggacaggttccctgaagttgctgagcttcttgaagtgtggtggcttgatattcgtgggatgataaatacccttgccttgtccccaaatacccagta 35190695  T
Q  233 tgcagcttatcttgtgttcaagatgattaatgcccgaggatttcaaaactgtcctgttgagttatcagttggtgtcgaaggtggccatagtattactaac 332  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||     
T  35190694 tgcggcttatcttgtgttcaagatgattgatgccgaaggatttcagaactgtcctatagagttatcagttggtgtcgaaggtggccacagtaatactaaa 35190595  T
Q  333 attgtctgtttggattcaaat 353  Q
    ||||||||||||||| |||||    
T  35190594 attgtctgtttggatccaaat 35190574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 106; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 102 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 35225396 - 35225155
Alignment:
Q  102 tattcttatctttgcaacttttgcacacaaattttggacaggttccccgaagttgctgagcttcgtgctgtgctatggcttgaaattcgtgggatgataa 201  Q
    |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| || || |||||||| || |||| |  ||||   ||||||||||||||||||| | |||    
T  35225396 tattcttatctttgcaacttttgtgcacaaattttggacagatttcctgaagttgccgaacttcttcatgtgtgttggcttgaaattcgtgggaagttaa 35225297  T
Q  202 acacccctgccttgtccccacatactcaatatgcagcttatcttgtgttcaagatgattaatgcccgaggatttcaaaactgtcctgttgagttatcagt 301  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||||  |||| | |||||||||||||||||||||| ||||||   |||||| |  ||| |||||| |||||||||||    
T  35225296 acacccttgccttgtccccaaatactcggtatgtaacttatcttgtgttcaagatgatcaatgcctatggatttgagtactttcctgtggagttatcagt 35225197  T
Q  302 tggtgtcgaaggtggccatagtattactaacattgtctgttt 343  Q
    |||| ||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||    
T  35225196 tggtatcgaaggtggccatagtagcactaaaattgtctgttt 35225155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 89; E-Value: 8e-43
Query Start/End: Original strand, 177 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 35147736 - 35147560
Alignment:
Q  177 tggcttgaaattcgtgggatgataaacacccctgccttgtccccacatactcaatatgcagcttatcttgtgttcaagatgattaatgcccgaggatttc 276  Q
    |||||||| ||| |||||| ||||||||||| |  |||||||||| |||| || ||||| |||||||||||||||||||||||| | |||  ||||||||    
T  35147736 tggcttgatattagtgggacgataaacacccttagcttgtccccaaatacccagtatgcggcttatcttgtgttcaagatgattgaagccgaaggatttc 35147637  T
Q  277 aaaactgtcctgttgagttatcagttggtgtcgaaggtggccatagtattactaacattgtctgtttggattcaaat 353  Q
    | ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||| ||||||||||||||| |||||    
T  35147636 agaactgtcctatagagttatcagttggtgtcgaaggtggccagagtggtactaaaattgtctgtttggatccaaat 35147560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 89; E-Value: 8e-43
Query Start/End: Original strand, 133 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 35270867 - 35270647
Alignment:
Q  133 ttttggacaggttccccgaagttgctgagcttcgtgctgtgctatggcttgaaattcgtgggatgataaacacccctgccttgtccccacatactcaata 232  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||| |||||  || ||||   ||||||||||||| |||  |||||||||||   | | |||||||| ||||||||||    
T  35270867 ttttggacaggttccctgaagtcgctaagcttgttgatgtgtgttggcttgaaattcatggtgtgataaacaccatcgtcctgtccccaaatactcaata 35270768  T
Q  233 tgcagcttatcttgtgttcaagatgattaatgcccgaggatttcaaaactgtcctgttgagttatcagttggtgtcgaaggtggccatagtattactaac 332  Q
    |||||||||| |||||||||| |||||||||||    |||||||| ||| ||||||  || |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||     
T  35270767 tgcagcttatgttgtgttcaaaatgattaatgcttcgggatttcagaaccgtcctgcggatttatcagttggtgtcgaaggtggccagagtagtactaaa 35270668  T
Q  333 attgtctgtttggattcaaat 353  Q
    ||||||||||||||| |||||    
T  35270667 attgtctgtttggatccaaat 35270647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 86 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 35263489 - 35263222
Alignment:
Q  86 cttttctcatttcctatattcttatctttgcaacttttgcacacaaattttggacaggttccccgaagttgctgagcttcgtgctgtgctatggcttgaa 185  Q
    ||||||||| ||  ||| |||| ||||||||| ||||||   || | ||||| |||||||||| ||||||||| |||||  ||  ||    |||||||||    
T  35263489 cttttctcagttattatgttctaatctttgcatcttttgtgtactacttttgaacaggttccctgaagttgctaagcttgttgacgtatgttggcttgaa 35263390  T
Q  186 attcgtgggatgataaacacccctgccttgtccccacatactcaatatgcagcttatcttgtgttcaagatgattaatgcccgaggatttcaaaactgtc 285  Q
    ||||||||  |||||||||||  ||   |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||  | |||||||| ||| |||    
T  35263389 attcgtggtgtgataaacaccattgttctgtccccatatactcaatatgcagcttatgttgtgttcaaaatgattgatgcttggggatttcagaaccgtc 35263290  T
Q  286 ctgttgagttatcagttggtgtcgaaggtggccatagtattactaacattgtctgtttggattcaaat 353  Q
    |||| || ||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||| |||||    
T  35263289 ctgtggacttatcagtttgtgtcgaaggtggccagagtagtactaaaattgtctgtttggatccaaat 35263222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 79; E-Value: 7e-37
Query Start/End: Original strand, 135 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 45532027 - 45531809
Alignment:
Q  135 ttggacaggttccccgaagttgctgagcttcgtgctgtgctatggcttgaaattcgtgggatgataaacacccctgccttgtccccacatactcaatatg 234  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||| ||  ||||   ||||| ||||||||||||||||| ||||  | ||||||||||||| ||||||||||||    
T  45532027 ttggacaggttccccgaagttgctaaactttgtcttgtgtggtggctcgaaattcgtgggatgattaacaatcttgccttgtccccaaatactcaatatg 45531928  T
Q  235 cagcttatcttgtgttcaagatgattaatgcccgaggatttcaaaactgtcctgttgagttatcagttggtgtcgaaggtggccatagtattactaacat 334  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| || ||   || ||| | |||  |||||| || ||||| || |||||| |||||||||||||||  ||||| ||    
T  45531927 cagcttatcttgtgttcaaaatgattgattcctatgggtttgagaaccttcctgtggatttatctgtcggtgtcaaaggtggccatagtagcactaaaat 45531828  T
Q  335 tgtctgtttggattcaaat 353  Q
    ||| ||||||||| |||||    
T  45531827 tgtttgtttggatccaaat 45531809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 135 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 45525917 - 45525699
Alignment:
Q  135 ttggacaggttccccgaagttgctgagcttcgtgctgtgctatggcttgaaattcgtgggatgataaacacccctgccttgtccccacatactcaatatg 234  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||||||  ||||   ||||| ||||||||||||||||| ||||  | ||||||||| ||| ||||||| ||||    
T  45525917 ttggacaggttccccgaagttgctaatcttcgtcttgtgtggtggctcgaaattcgtgggatgattaacaatcttgccttgtctccaaatactcagtatg 45525818  T
Q  235 cagcttatcttgtgttcaagatgattaatgcccgaggatttcaaaactgtcctgttgagttatcagttggtgtcgaaggtggccatagtattactaacat 334  Q
    |||||||||| ||||||||  ||||| ||| |   || ||| | | |  |||||| || ||||| || |||||||||||||||||||||| |||||| ||    
T  45525817 cagcttatctcgtgttcaaattgattgatggctatgggtttgagacccttcctgtggatttatctgtcggtgtcgaaggtggccatagtagtactaaaat 45525718  T
Q  335 tgtctgtttggattcaaat 353  Q
    ||||||||||||| |||||    
T  45525717 tgtctgtttggatccaaat 45525699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 102 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 35474379 - 35474217
Alignment:
Q  102 tattcttatctttgcaacttttgcacacaaattttggacaggttccccgaagttgctgagcttcgtgctgtgctatggcttgaaattcgtgggatgataa 201  Q
    |||||||| ||||||||||||||   |||| |||||||||||| ||| ||| ||| |||||||| |  |||| | |||||||| |||||||||| |||||    
T  35474379 tattcttagctttgcaacttttgtgaacaatttttggacaggt-ccctgaatttgttgagcttcttaatgtggt-tggcttgagattcgtgggaagataa 35474282  T
Q  202 acacccctgccttgtccccacatactcaatatgcagcttatcttgtgttcaagatgattaatgcc 266  Q
    |||||| |||||||||||||||||| | ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  35474281 acacccttgccttgtccccacatacactatatggaacttatcttgtgttcaagatgattaatgcc 35474217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 133 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 35208560 - 35208367
Alignment:
Q  133 ttttggacaggttccccgaagttgctgagcttcgtgctgtgctatggcttgaaattc-gtgggatgataaacacccctgccttgtcccc-acatactcaa 230  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||| |   |||   |||||||| |||| || |||||||||| | || |||||||||||| | ||||  |     
T  35208560 ttttggacaggttccctgaagttgctgagcttcttaaagtgtggtggcttgatattccgtaggatgataaatatccttgccttgtcccccaaataccaag 35208461  T
Q  231 tatgcagcttatcttgtgttcaagatgattaatgcccgaggatttcaaaactgtcctgttgagttatcagttggtgtcgaaggtggccatagta 324  Q
     |||||| ||| |||||||||||||||||| |||||  ||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  35208460 gatgcagtttaacttgtgttcaagatgattgatgccgaaggatttcagaactgtcctatggagttatcagttggtgtcggaggtggccatagta 35208367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 193 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 35216322 - 35216173
Alignment:
Q  193 ggatgataaacacccctgccttgtccccacatactcaatatgcagcttatcttgtgttcaagatgattaatgcccgaggatttcaaaactgtcctgttga 292  Q
    |||||||||| | || ||||||||| ||| ||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||  ||||||||| ||||||||| | ||    
T  35216322 ggatgataaatatccttgccttgtctccaaatactcagtatgcaacttatcttgtgtttaagatgattgatgccgaaggatttcagaactgtcctctgga 35216223  T
Q  293 gttatcagttggtgtcgaaggtggccatagtattactaacattgtctgtt 342  Q
    ||||||||||||||| | |||| |||||| || |||| | ||||||||||    
T  35216222 gttatcagttggtgttggaggtagccataatagtactgaaattgtctgtt 35216173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 135 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 35476767 - 35476642
Alignment:
Q  135 ttggacaggttccccgaagttgctgagcttcgtgctgtgctatggcttgaaattcgtgggatgataaacacccctgccttgtccccacatactcaatatg 234  Q
    ||||| ||||||||| |||||||| |||||| |  |||||  ||||||||||||| ||| | ||||||||||  ||||||||||||| ||||||| ||||    
T  35476767 ttggataggttccccaaagttgctaagcttcttcatgtgcgttggcttgaaattcatggaaagataaacaccaatgccttgtccccaaatactcagtatg 35476668  T
Q  235 cagcttatcttgtgttcaagatgatt 260  Q
    | ||||||||||||||||||||||||    
T  35476667 cggcttatcttgtgttcaagatgatt 35476642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 133 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 35200363 - 35200137
Alignment:
Q  133 ttttggacaggttccccgaagttgctgagcttcgtgctgtgctatggcttgaaattcgtgggatgataaacacccctgccttgtccccacatactcaata 232  Q
    ||||||| |||||||| ||||| |||||||||| || |||    |||||| | ||| |||||||||||||||  | ||| ||||||||| ||||||| ||    
T  35200363 ttttggataggttccctgaagtcgctgagcttcttgttgtttgttggcttcatattagtgggatgataaacatgcttgcattgtccccaaatactcagta 35200264  T
Q  233 tgcagcttatcttgtgttcaagatgattaatgcccgaggatt------tcaaaactgtcctgttgagttatcagttggtgtcgaaggtggccatagtatt 326  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  || |   |||||      || ||| ||||| || | ||||||| || ||||||||||||||||||  | |    
T  35200263 tgcagcttatcttgtgttcaagatgattggtggctttggatttcggaatccaaattgtcccgtggtgttatcaatttgtgtcgaaggtggccataaaagt 35200164  T
Q  327 actaacattgtctgtttggattcaaat 353  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||||    
T  35200163 actaaaattgtctgtttggatccaaat 35200137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 59; E-Value: 6e-25
Query Start/End: Original strand, 95 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 8639398 - 8639232
Alignment:
Q  95 tttcctatattcttatctttgc-aacttttgcacacaaattttggacaggttccccgaagttgctgagcttcgtgctgtgctatggcttgaaattcgtgg 193  Q
    |||||| |||||||||||| |  || |||||  |||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||| |  ||||    ||||| ||||||||||    
T  8639398 tttcctgtattcttatcttgggtaatttttgtgcacaaattttggacaggttccctgaagttgttgagattcttaatgtgtgtcggcttaaaattcgtgg 8639299  T
Q  194 gatgataaacacccctgccttgtccccacatactcaatatgcagcttatcttgtgttcaagatgatt 260  Q
     | ||||||||||| ||||||||||||  |||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  8639298 aaagataaacacccgtgccttgtccccgaatactacatatgcaacttatcttgtgttcaagatgatt 8639232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 135 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 35205373 - 35205243
Alignment:
Q  135 ttggacaggttccccgaagttgctgagcttcgtgctgtgctatggcttgaaattcgtgggatgataaacacccctgccttgtccccacatactcaatatg 234  Q
    ||||||||| ||||||| |||||| | ||||||  ||||   ||||| ||||||||||||||||| ||||  | ||| ||||| ||| ||||||||||||    
T  35205373 ttggacaggctccccga-gttgcttatcttcgtcatgtgtggtggctcgaaattcgtgggatgattaacaatcttgcattgtctccaaatactcaatatg 35205275  T
Q  235 cagcttatcttgtgttcaagatgattaatgcc 266  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  35205274 cagcttatcttgtgttcaagatgattgatgcc 35205243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 179 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 34309782 - 34309696
Alignment:
Q  179 gcttgaaattcgtgggatgataaacacccctgccttgtccccacatactcaatatgcagcttatcttgtgttcaagatgattaatgc 265  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| | | ||||||||||| ||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  34309782 gcttgaaattcgtgggatgattaacactctttccttgtccccaaatactcagtatgcggcttatctcgtgttcaagatgattaatgc 34309696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 74 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 35245380 - 35245283
Alignment:
Q  74 tctacatgtgctcttttctcatttcctatattcttatctttgcaacttttgcacacaaattttggacaggttccccgaagttgctgagcttcgtgctgt 172  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||   ||||| ||||| ||||||| || |||||||||||||||| ||||||    
T  35245380 tctacatatgctcttttctcagttcctatattcttacctttgcaacttttctgcacaacttttgaacaggtt-cctgaagttgctgagcttcatgctgt 35245283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 127 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 35219528 - 35219395
Alignment:
Q  127 cacaaattttggacaggttccccgaagttgctgagcttcgtgctgtgctatggcttgaaattcgtgggatgataaacacccctgccttgtccccacatac 226  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |    ||    ||||||||||| |||| | ||||||||||| | ||||||| ||| ||||    
T  35219528 cacaaattttggacaggttccctgaagttgttgagcttcttaacatgtgtcggcttgaaatttgtggcaagataaacacccttaccttgtctccaaatac 35219429  T
Q  227 tcaatatgcagcttatcttgtgttcaagatgatt 260  Q
    ||  |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  35219428 tctgtatgcaacttatcttgtgttcaagatgatt 35219395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 181 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 35252471 - 35252395
Alignment:
Q  181 ttgaaattcgtgggatgataaacacccctgccttgtccccacatactcaatatgcagcttatcttgtgttcaagatg 257  Q
    |||| ||| |||| ||||||||||||  ||||||||||||| ||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||    
T  35252471 ttgacatttgtggtatgataaacaccattgccttgtccccaaatactcagtatgtagcgtatcttgtgttcaagatg 35252395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 197 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 35248655 - 35248592
Alignment:
Q  197 gataaacacccctgccttgtccccacatactcaatatgcagcttatcttgtgttcaagatgatt 260  Q
    ||||||||||  || |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  35248655 gataaacaccattgacttgtccccaaatactcagtatgcagcttatcttgtgttcaaggtgatt 35248592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 183 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 35212368 - 35212284
Alignment:
Q  183 gaaattcgtgggatgataaacacccctgccttgtccccacatactcaatatgcagcttatcttgtgttcaagatgattaatgccc 267  Q
    |||||||||||| |||| |||   | ||||||||| ||| ||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  35212368 gaaattcgtggggtgattaacgatcttgccttgtctccaaatactcgctatgcggcttatcttgtgttcaagatgattgatgccc 35212284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 231 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 19266580 - 19266468
Alignment:
Q  231 tatgcagcttatcttgtgttcaagatgattaatgcccgaggatttcaaaactgtcctgttgagttatcagttggtgtcgaaggtggccatagtattacta 330  Q
    |||||||||| |||||||||||| ||||||  ||| | || |||| | |||| ||  ||   |||||||||||||||| | |||||||||  ||||||||    
T  19266580 tatgcagcttttcttgtgttcaatatgattgctgctcaagaatttaagaactatctcgtgatgttatcagttggtgtcaatggtggccattatattacta 19266481  T
Q  331 acattgtctgttt 343  Q
    |||||| ||||||    
T  19266480 acattggctgttt 19266468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 94; Significance: 8e-46; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 94; E-Value: 8e-46
Query Start/End: Original strand, 134 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 38632308 - 38632095
Alignment:
Q  134 tttggacaggttccccgaagttgctgagcttcgtgctgtgctatggcttgaaattcgtgggatgataaacacccctgccttgtccccacatactcaatat 233  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| | | ||||||||||||||| | |||| |||| | ||||||||| | | ||||||| |||    
T  38632308 tttggacaggttccctgaagttgctgagcttcgtgatgtgttttcgcttgaaattcgtggaaggatagacactcttgccttgtctcgaaatactcagtat 38632209  T
Q  234 gcagcttatcttgtgttcaagatgattaatgcccgaggatttcaaaactgtcctgttgagttatcagttggtgtcgaaggtggccatagtattactaaca 333  Q
    | ||||||||||||||||||| ||||| |||| | ||||||  | |||  |||||| |||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||     
T  38632208 gtagcttatcttgtgttcaagttgattgatgctcaaggattggagaaccatcctgtggagttatcagttggtgtcaaaggtggccttaatattactaacg 38632109  T
Q  334 ttgtctgtttggat 347  Q
    ||| ||||||||||    
T  38632108 ttggctgtttggat 38632095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 108 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 38635070 - 38634871
Alignment:
Q  108 tatctttgcaacttttgcacacaaattttggacaggttccccgaagttgctgagcttcgtgctgtgctatggcttgaaattcgtgggatgataaacaccc 207  Q
    |||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||  || | | | ||||||||||||||| |  |||||||| |    
T  38635070 tatcattgcaacttttgtgcacaaattttggacaggttccctgaagttgttgagattcgtaatgcgttttcgcttgaaattcgtggaagaataaacactc 38634971  T
Q  208 ctgccttgtccccacatactcaatatgcagcttatcttgtgttcaagatgattaatgcccgaggatttcaaaactgtcctgttgagttatcagttggtgt 307  Q
     |  |||||||| | ||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||| |||| | | ||||| | ||||||| | |   |||||||||||||||    
T  38634970 tttacttgtcccgaaatactcagtatgtagcttatcttgtgttccagatgattgatgctcaacgatttaagaactgtcttatgaggttatcagttggtgt 38634871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000005; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 103 - 266
Target Start/End: Original strand, 19246686 - 19246846
Alignment:
Q  103 attcttatctttgcaac-ttttgcacacaaattttggacaggttccccgaagttgctgagcttcgtgctgtgctatggcttgaaattcgtgggatgataa 201  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||   |||||  |||||||||| ||||||||| ||||  ||  |||| | | || |||||||||||| || || |    
T  19246686 attcttatctttgcaacgttttgcaca---attttt-acaggttcccggaagttgctaagctcagtcttgtgttctcgcatgaaattcgtggtattatta 19246781  T
Q  202 acacccctgccttgtccccacatactcaatatgcagcttatcttgtgttcaagatgattaatgcc 266  Q
    | || | | ||||||||||| ||||||| |||||||||||||| || |||||||| ||| |||||    
T  19246782 agactctttccttgtccccaaatactcagtatgcagcttatctcgtcttcaagataattgatgcc 19246846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 139 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 23332211 - 23332083
Alignment:
Q  139 acaggttccccgaagttgctgagcttcgtgctgtgctatggcttgaaattcgtgggatgataaacacccctgccttgtccccacatactcaatatgcagc 238  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||||  | || | | || ||||||| ||||||| || ||||| | | | ||||||||| ||||||| ||||||||    
T  23332211 acaggttccctgaagttgctaagcttcgtcttttgttctcgcatgaaatttgtgggattattaacactctttcattgtccccaaatactcagtatgcagc 23332112  T
Q  239 ttatcttgtgttcaagatgattaatgccc 267  Q
    ||| || ||||| ||||| ||| ||||||    
T  23332111 ttacctcgtgtttaagataatttatgccc 23332083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 195 - 254
Target Start/End: Original strand, 53924101 - 53924160
Alignment:
Q  195 atgataaacacccctgccttgtccccacatactcaatatgcagcttatcttgtgttcaag 254  Q
    ||||||||||||| || |||||||||| ||||||  ||||| ||||||||||||||||||    
T  53924101 atgataaacacccttgtcttgtccccaaatactcggtatgcggcttatcttgtgttcaag 53924160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 213 - 268
Target Start/End: Original strand, 17664390 - 17664445
Alignment:
Q  213 ttgtccccacatactcaatatgcagcttatcttgtgttcaagatgattaatgcccg 268  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||||| || |||||||| ||| |||||||    
T  17664390 ttgtccccaaatactcagtatgcagcttatctcgtcttcaagataattgatgcccg 17664445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 179 - 260
Target Start/End: Original strand, 899467 - 899548
Alignment:
Q  179 gcttgaaattcgtgggatgataaacacccctgccttgtccccacatactcaatatgcagcttatcttgtgttcaagatgatt 260  Q
    ||||||||||||||| || || |||||   | ||||||||| | |||||   ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  899467 gcttgaaattcgtggaataattaacactttttccttgtcccaaaatacttggtatgcggcttatcttgtgttcaagatgatt 899548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000005; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 182 - 259
Target Start/End: Original strand, 33138405 - 33138482
Alignment:
Q  182 tgaaattcgtgggatgataaacacccctgccttgtccccacatactcaatatgcagcttatcttgtgttcaagatgat 259  Q
    ||||||||||||||  || ||||| | | ||||||||||| ||||||| || || |||||||| ||||||||||||||    
T  33138405 tgaaattcgtgggactattaacactctttccttgtccccaaatactcagtacgcggcttatctcgtgttcaagatgat 33138482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University