View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14236_low_4 (Length: 853)

Name: NF14236_low_4
Description: NF14236
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14236_low_4
NF14236_low_4
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (17-840)||(4996055-4996891)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 713; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 713; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 840
Target Start/End: Complemental strand, 4996891 - 4996055
Alignment:
Q  17 aaagagaagaatgaaaatgagttttttcatgttgtgaattttt--ggtagtgtgtgtgagaggatgagaatgatcatgtttttt-gaaggggtgttaatt 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  4996891 aaagagaagaatgaaaatgagttttttcatgttgtgaatttttttggtagtgtgtgtgagaggatgagaatgatcgtgtttttttgaaggggtgttaatt 4996792  T
Q  114 ttgtatttgtatagttgaagatgctgaagtttggtagtatgcgtcacacacttcttagtgattttcctcgtgaataagtagaagctcctcttattcatgc 213  Q
    | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4996791 t-gtatttgtatagttgaagatgctaaagtttggtagtatgagtcacacacttcttagtgattttcctcgtgaataagtagaagctcctcttattcatgc 4996693  T
Q  214 atgaagatagagacagttcacaagattcactttagttgttgaacttgaagatagtaacaaaaaaggtcttgnnnnnnnnngggattattatggagaaaag 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||||||    
T  4996692 atgaagatagagacagttcacaagattcactttagttgttgaacttgaagatagtaacaaaaaaggtcttgatttttt--gggattattatggagaaaag 4996595  T
Q  314 tgtgcaatcaatgatgaacggttggaaaaaggtttgaaagtggagggggaaacgtgattaagatttggattcttttgaaaagttgaaaaagtgaatactt 413  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  4996594 tgtgcaatcaatgatgaacggttggaaaaaggtttgaaagtggagggggaaacgtgattaagatttggattcttttgaaaagttgaaaaagtgattactt 4996495  T
Q  414 gaaagcaataagaattttgcatgagaaaccataagtgaagaacaagacacagccaaaggtagagtgtaaggggtaaagcattattacttccagaagaaga 513  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4996494 gaaatcaataagaattttgcatgagaaaccataagtgaagaacaagacacagccaaaggtagagtgtaaggggtaaagcattattacttccagaagaaga 4996395  T
Q  514 atcattcttggggataggataaggttaagaaatttggacaacctatgaaatttgtatagtactagagagagatgtgaaacattttggagatgatttgatg 613  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4996394 atcattcttggggataggataaggttaagaaatttggacaacctatgaaatttgtatagtactagagagagatgtgaaacattttggagatgatttgatg 4996295  T
Q  614 aacatgttgactatgttattgtctctttgtttgtgatttttgta-------------ataggtggctacagtaagaatattttgcttaggagaataagga 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||             |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4996294 aacatgttgactatgttattgtctctttgtttgtgatttttgtaatagagctatagtataggtggctacagtaagaatattttgcttaggagaataagga 4996195  T
Q  701 atggtgcattctaaagaaaggaaaatgacatttaatttatgtactctaatctatttcaatttccaaccactaatgcagcatggtagattttgaaagaaaa 800  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4996194 atggtgcattctaaagaaaggaaaatgacatttaatttatgtactctaatctatttcaatttccaaccactaatgcagcatggtagattttgaaagaaaa 4996095  T
Q  801 gaaacaaaagttaatggttggaaagattctgttccctttg 840  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  4996094 gaaacaaaagttaatggttggaaagaatctgttccctttg 4996055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University