View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14236_low_5 (Length: 784)

Name: NF14236_low_5
Description: NF14236
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14236_low_5
NF14236_low_5
[»] chr8 (14 HSPs)
chr8 (19-427)||(33993028-33993436)
chr8 (19-427)||(33976109-33976517)
chr8 (29-427)||(33953518-33953916)
chr8 (22-427)||(33960817-33961222)
chr8 (450-767)||(33953913-33954216)
chr8 (450-767)||(33976514-33976819)
chr8 (450-767)||(33961219-33961522)
chr8 (450-566)||(33993433-33993550)
chr8 (24-428)||(33914335-33914736)
chr8 (19-318)||(33943047-33943346)
chr8 (355-470)||(33983454-33983569)
chr8 (510-566)||(33983677-33983733)
chr8 (205-258)||(33983300-33983353)
chr8 (582-777)||(33983751-33983947)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (22-470)||(8275468-8275916)
chr7 (472-644)||(8275222-8275392)
[»] scaffold0391 (1 HSPs)
scaffold0391 (22-457)||(13075-13510)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (26-105)||(6736648-6736727)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 337; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 337; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 427
Target Start/End: Original strand, 33993028 - 33993436
Alignment:
Q  19 attatctcattaaagaagctcaatgttactaattgccacaagctttcttcacttccccaagatattggaaaattggagaatttggaacttctaagcctca 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  33993028 attatctcattaaagaagctcaatgttactaattgccacaagctttcttcacttccccaagatattggaaaattggagaatttggaacttctaagcttca 33993127  T
Q  119 gttcatgtactgacttggaagctataccgacttccattggaaatctgttaaatctaaaacatcttgacatttcaaactgcatcagcctttcaagtttacc 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33993128 gttcatgtactgacttggaagctataccgacttccattggaaagctgttaaatctaaaacatcttgacatttcaaactgcatcagcctttcaagtttacc 33993227  T
Q  219 tgaggaatttggtaatttgtgcaatttaaggaatctgtacatggcaagttgtgcaggtattgaattgccattttcagttgtcaatcttcagaacttaaag 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||    
T  33993228 tgaggaatttggtaatttgtgcaatctaaagaatctggacatggcaagttgtgcaagtattgaattgccattctcagttgtcaatcttcagaatttgaag 33993327  T
Q  319 acaataacttctgatgaagagacatcagctacatgggaaggtttccagcatatgcttcccaatatgaagatagaggttcctcatgttgatgttaacttaa 418  Q
    || ||||| |  |||||||||||  | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  33993328 acgataacctgcgatgaagagacggctgctacatgggaagatttccagcatatgcttcccaatatgaagatagaggttcttcatgttgatgttaacttaa 33993427  T
Q  419 attggcttc 427  Q
    |||||||||    
T  33993428 attggcttc 33993436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 329; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 427
Target Start/End: Original strand, 33976109 - 33976517
Alignment:
Q  19 attatctcattaaagaagctcaatgttactaattgccacaagctttcttcacttccccaagatattggaaaattggagaatttggaacttctaagcctca 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33976109 attatctcattaaagaagctcaatgttactaattgccacaagctttcttcacttccccaagatattggaaaattggagaatttggaacttctaagcctca 33976208  T
Q  119 gttcatgtactgacttggaagctataccgacttccattggaaatctgttaaatctaaaacatcttgacatttcaaactgcatcagcctttcaagtttacc 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  33976209 gttcatgtactgacttggaagctataccgacttccattggaaagctgttaaatctaaaacatcttgacatttcaaactgcataagcctttcaagtttacc 33976308  T
Q  219 tgaggaatttggtaatttgtgcaatttaaggaatctgtacatggcaagttgtgcaggtattgaattgccattttcagttgtcaatcttcagaacttaaag 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||    
T  33976309 tgaggaatttggtaatttgtgcaatctaaagaatctggacatggcaacttgtgcaagtattgaattgccattctcagttgtcaatcttcagaatttgaag 33976408  T
Q  319 acaataacttctgatgaagagacatcagctacatgggaaggtttccagcatatgcttcccaatatgaagatagaggttcctcatgttgatgttaacttaa 418  Q
    || ||||| |  |||||||||||  | ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  33976409 acgataacctgcgatgaagagacggctgctacatgggaagatttccagcatatgcttcacaatatgaagatagaggttcttcatgttgatgttaacttaa 33976508  T
Q  419 attggcttc 427  Q
    |||||||||    
T  33976509 attggcttc 33976517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 323; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 29 - 427
Target Start/End: Original strand, 33953518 - 33953916
Alignment:
Q  29 taaagaagctcaatgttactaattgccacaagctttcttcacttccccaagatattggaaaattggagaatttggaacttctaagcctcagttcatgtac 128  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33953518 taaagaagctcagggttactaattgccacaagctttcttcacttccccaagatattggaaaattggagaatttggaacttctaagcctcagttcatgtac 33953617  T
Q  129 tgacttggaagctataccgacttccattggaaatctgttaaatctaaaacatcttgacatttcaaactgcatcagcctttcaagtttacctgaggaattt 228  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33953618 tgacttggaagctataccgacttccattggaaagctgttaaatctaaaacatcttgacatttcaaactgcatcagcctttcaagtttacctgaggaattt 33953717  T
Q  229 ggtaatttgtgcaatttaaggaatctgtacatggcaagttgtgcaggtattgaattgccattttcagttgtcaatcttcagaacttaaagacaataactt 328  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||| ||||| |    
T  33953718 ggtaatttgtgcaatctaaagaatctggacatggcaagttgtgcaagtattgaattgccattctcagttgtcaatcttcagaatttgaagacgataacct 33953817  T
Q  329 ctgatgaagagacatcagctacatgggaaggtttccagcatatgcttcccaatatgaagatagaggttcctcatgttgatgttaacttaaattggcttc 427  Q
      |||||||||||  | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  33953818 gcgatgaagagacggctgctacatgggaagatttccagcatatgcttcccaatatgaagatagaggttcttcatgttgatgttaacttaaattggcttc 33953916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 318; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 22 - 427
Target Start/End: Original strand, 33960817 - 33961222
Alignment:
Q  22 atctcattaaagaagctcaatgttactaattgccacaagctttcttcacttccccaagatattggaaaattggagaatttggaacttctaagcctcagtt 121  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33960817 atctcactaaagaagctcaatgttactaattgccacaagcttttttcacttccccaagatattggaaaattggagaatttggaacttctaagcctcagtt 33960916  T
Q  122 catgtactgacttggaagctataccgacttccattggaaatctgttaaatctaaaacatcttgacatttcaaactgcatcagcctttcaagtttacctga 221  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33960917 catgtactgacttggaagctataccgacttccattggaaagctgttaaatctaagacatcttgacatttcaaactgcatcagcctttcaagtttacctga 33961016  T
Q  222 ggaatttggtaatttgtgcaatttaaggaatctgtacatggcaagttgtgcaggtattgaattgccattttcagttgtcaatcttcagaacttaaagaca 321  Q
    ||||||||||||| | |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| || |||||     
T  33961017 ggaatttggtaatctttgcaatctaagaaatctgtacatggcaagttgtgcaggtattgaattgccattctcagttttcaatcttcagaatttgaagacg 33961116  T
Q  322 ataacttctgatgaagagacatcagctacatgggaaggtttccagcatatgcttcccaatatgaagatagaggttcctcatgttgatgttaacttaaatt 421  Q
    ||||| |  |||||||||||  | ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  33961117 ataacctgcgatgaagagacggctgctacatgggaagattttcagcatatgcttcccaatatgaagatagaggttcttcatgttgatgttaacttaaatt 33961216  T
Q  422 ggcttc 427  Q
    ||||||    
T  33961217 ggcttc 33961222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 195; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 450 - 767
Target Start/End: Original strand, 33953913 - 33954216
Alignment:
Q  450 cttctttgaatgacttttgtacagtatataattaaaattcttttgtaatattttgtaatttctttt-gtataaatacatgatttgtattagctattctca 548  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33953913 cttctttgaatgacttttgtatagcatataattaaaattcttttgtaatattttgtaatttctttttgtataaatacatgatttgtattagctattctca 33954012  T
Q  549 atcaataaattcaattttaaannnnnnnatcagctcattctattgatttatttacatgacaataaggtggtagtaaacccttctatgcttctccaactct 648  Q
    |||||||||||||||||| ||       |||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  33954013 atcaataaattcaatttttaatttttttatcagctcattctattgatttatttacattctaataaggtggtagtaaatccttctatgcttctccaactct 33954112  T
Q  649 aaaaagcttttcgtagtccttaggttcatactttcttgttcctttgtttccgagttcttcaatcatagatcaaagtcggcaagaagcagttgatcctcaa 748  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||||             ||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33954113 aaaaagctttttgtagtcctttggttc-------------cc--tgtttctgagttcttcaatcatagatcaaagtcggcaagaagcagttgatcctcaa 33954197  T
Q  749 aatttgtcaagcatggtct 767  Q
    |||||||||||||||||||    
T  33954198 aatttgtcaagcatggtct 33954216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 164; E-Value: 3e-87
Query Start/End: Original strand, 450 - 767
Target Start/End: Original strand, 33976514 - 33976819
Alignment:
Q  450 cttctttgaatgacttttgtacagtatataattaaaattcttttgtaatattttgtaatttcttttgtataaatacatgatttgtattagctattctcaa 549  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33976514 cttctttgaatgacttttgtatagcatataattaaaattcttttgtaatattttgtaatttcttttgtataaatacatgatttgtattagctattctcaa 33976613  T
Q  550 tcaataaattcaattttaaannnnnnnatcagctcattctattgatttatttacatgacaataaggtggtagtaaacccttctatgcttctccaactcta 649  Q
    |||||| |||||||||| ||       | |  ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||          ||||||||||||  ||||    
T  33976614 tcaatatattcaatttttaa---ttttaactactcattctaatgatttatttacatgataataaggtggtag----------tatgcttctccagttcta 33976700  T
Q  650 aaaagcttttcgtagtccttaggttc--atactttcttgttcctttgtttccgagttcttcaatcatagatcaaagtcggcaagaagcagttgatcctca 747  Q
    ||||||||||||||||||||||||||   |  ||| ||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  33976701 aaaagcttttcgtagtccttaggttcctttttttttttgttcc-ttgtttctgagttcttcagtcatagatcaaagtcggctagaagcagttgatcctca 33976799  T
Q  748 aaatttgtcaagcatggtct 767  Q
    ||||||| ||||||||||||    
T  33976800 aaatttgccaagcatggtct 33976819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 157; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 450 - 767
Target Start/End: Original strand, 33961219 - 33961522
Alignment:
Q  450 cttctttgaatgacttttgtacagtatataattaaaattcttttgtaatattttgtaatttcttttgtataaatacatgatttgtattagctattctcaa 549  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33961219 cttctttgaatgacttttgtatagcatataattaaaattcttttgtaatattttgtaatttcttttgtataaatacatgatttgtattagctattctcaa 33961318  T
Q  550 tcaataaattcaattttaaannnnnnnatcagctcattctattgatttatttacatgacaataaggtggtagtaaacccttctatgcttctccaactcta 649  Q
    |||||| |||||||||| ||       | |  ||||||||| ||||||||||||| || |||||| ||||||          ||||||||||||  ||||    
T  33961319 tcaatatattcaatttttaa---ttttaactactcattctaatgatttatttacaagataataagctggtag----------tatgcttctccagttcta 33961405  T
Q  650 aaaagcttttcgtagtccttaggttcatactttcttgttcctttgtttccgagttcttcaatcatagatcaaagtcggcaagaagcagttgatcctcaaa 749  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| |  ||| ||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  33961406 aaaagtttttcgtagtccttaggttcctttttttttgttcc-ttgtttctgagttcttcagtcatagatcaaagtcggctagaagcagttgatcctcaaa 33961504  T
Q  750 atttgtcaagcatggtct 767  Q
    ||||  ||||||||||||    
T  33961505 attttccaagcatggtct 33961522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 98; E-Value: 7e-48
Query Start/End: Original strand, 450 - 566
Target Start/End: Original strand, 33993433 - 33993550
Alignment:
Q  450 cttctttgaatgacttttgtacagtatataattaaaattcttttgtaatattttgtaatttc-ttttgtataaatacatgatttgtattagctattctca 548  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33993433 cttctttgaatgacttttgtatagcatataattaaaattcttttgtaatattttgtaatttctttttgtataaatacatgatttgtattagctattctca 33993532  T
Q  549 atcaataaattcaatttt 566  Q
    ||||||| ||||||||||    
T  33993533 atcaatatattcaatttt 33993550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 95; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 24 - 428
Target Start/End: Original strand, 33914335 - 33914736
Alignment:
Q  24 ctcattaaagaagctcaatgttactaattgccacaagctttcttcacttccccaagatattggaaaattggagaatttggaacttctaagcctcagttca 123  Q
    ||||||||| ||||||| | ||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||| |||  ||||||||||||  | ||||| |  |||    
T  33914335 ctcattaaaaaagctcagtattactaattgccataagctttcttcgctgccccaagatattggaaagttgatgaatttggaactcttgagcctgatctca 33914434  T
Q  124 tgtactgacttggaagctataccgacttccattggaaatctgttaaatctaaaacatcttgacatttcaaactgcatcagcctttcaagtttacctgagg 223  Q
    || ||||| |||| ||   | ||   ||| |||||||  || |||||||||| ||  |||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  33914435 tgcactgatttggtagagttgccagattctattggaaggcttttaaatctaagactacttgacatctccaactgcataagcctttcaagtttacctgagg 33914534  T
Q  224 aatttggtaatttgtgcaatttaaggaatctgtacatggcaagttgtgcaggtattgaattgccattttcagttgtcaatcttcagaacttaaagacaat 323  Q
    | || || ||| |||| ||| |||| ||||| |||||| | |||||| || ||  ||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||   ||    
T  33914535 acttcggcaatctgtgtaatctaagaaatctatacatgtctagttgtacaagttgtgaattgccattttcagttgtcaatcttgcgaatttaaaggtgat 33914634  T
Q  324 aacttctgatgaagagacatcagctacatgggaaggtttccagcatatgcttcccaatatgaagatagaggttcctcatgttgatgttaacttaaattgg 423  Q
    |   | ||||||||||||  | ||| ||||||||  ||||||   |||| || ||||| | |  |||||||||||||| ||||| || ||||||||||||    
T  33914635 a---tgtgatgaagagacggctgcttcatgggaatctttccaatctatgatttccaatctcactatagaggttcctcaagttgaagtcaacttaaattgg 33914731  T
Q  424 cttca 428  Q
    |||||    
T  33914732 cttca 33914736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 80; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 19 - 318
Target Start/End: Original strand, 33943047 - 33943346
Alignment:
Q  19 attatctcattaaagaagctcaatgttactaattgccacaagctttcttcacttccccaagatattggaaaattggagaatttggaacttctaagcctca 118  Q
    |||||||| || || ||||||| | ||||||||||||| ||||||||||  || |||||||| |||||||| |||||||||||||||||  | ||||| |    
T  33943047 attatctcgttgaaaaagctcagtattactaattgccataagctttctttgctgccccaagaaattggaaagttggagaatttggaactcttgagcctga 33943146  T
Q  119 gttcatgtactgacttggaagctataccgacttccattggaaatctgttaaatctaaaacatcttgacatttcaaactgcatcagcctttcaagtttacc 218  Q
     ||| || ||||| |||| ||   ||||   ||| |||||||  || | |||||||| ||  |||||||| || |||||||| |||||||||||||||||    
T  33943147 tttcctgcactgatttggtagagctaccagattctattggaaggctttcaaatctaagactacttgacatctccaactgcataagcctttcaagtttacc 33943246  T
Q  219 tgaggaatttggtaatttgtgcaatttaaggaatctgtacatggcaagttgtgcaggtattgaattgccattttcagttgtcaatcttcagaacttaaag 318  Q
     ||||| ||||| ||| |||| ||| || | |||||  ||||| | ||||||||| ||  |||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||    
T  33943247 cgaggactttggcaatctgtgtaatctacgaaatctcgacatgactagttgtgcaagttgtgaattgccattctccgttgtcaatcttcagaatttaaag 33943346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 355 - 470
Target Start/End: Original strand, 33983454 - 33983569
Alignment:
Q  355 gaaggtttccagcatatgcttcccaatatgaagatagaggttcctcatgttgatgttaacttaaattggcttcaataaatgatctgctaagacctcttct 454  Q
    |||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |  ||| | ||||||||||  |||||||||||||    
T  33983454 gaagatttccagcttatgcttcctaatatgaagatagaggttcctcaggttgatgctaacttaaactaactttagtaaatgatctcataagacctcttct 33983553  T
Q  455 ttgaatgacttttgta 470  Q
    ||||||||||| ||||    
T  33983554 ttgaatgacttctgta 33983569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 510 - 566
Target Start/End: Original strand, 33983677 - 33983733
Alignment:
Q  510 tcttttgtataaatacatgatttgtattagctattctcaatcaataaattcaatttt 566  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33983677 tcttttgtataactacatgatttgtattagctattctcaatcaataaattcaatttt 33983733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 205 - 258
Target Start/End: Original strand, 33983300 - 33983353
Alignment:
Q  205 ctttcaagtttacctgaggaatttggtaatttgtgcaatttaaggaatctgtac 258  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  33983300 ctttcaaatttatctgaggaatttggtaatttgtgcaatctaaggaatctgtac 33983353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 582 - 777
Target Start/End: Original strand, 33983751 - 33983947
Alignment:
Q  582 ctcattctattgatttatttacatgacaataaggtggtagtaaacccttctat--gcttctccaactct-aaaaagcttttcgt-agtccttaggttcat 677  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||| ||||| |   ||||||| ||||||||  | |||||||||||| |||||||||||  | ||| ||||||||  |    
T  33983751 ctcattctatagatttttttacatgataataaagc--tagtaaatccttctatatggttctccaactcttaaaaagcttttttttagtacttaggtttct 33983848  T
Q  678 actttcttgttcctttgtttccgagttcttcaatcatagatcaaagtcggcaagaagcagttgatcctcaaaatttgtcaagcatggtctctgctgctcc 777  Q
    | |||||| |||| |  |||  ||||||||||||||||||||||| | ||||| |||  || ||||||| ||| ||||||| |||||||| || ||||||    
T  33983849 attttctttttccctattttt-gagttcttcaatcatagatcaaatttggcaaaaagttgtcgatcctccaaacttgtcaaacatggtctttgttgctcc 33983947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 261; Significance: 1e-145; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 22 - 470
Target Start/End: Complemental strand, 8275916 - 8275468
Alignment:
Q  22 atctcattaaagaagctcaatgttactaattgccacaagctttcttcacttccccaagatattggaaaattggagaatttggaacttctaagcctcagtt 121  Q
    |||||| |||||| ||||  |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||    ||||||||||||||||||||| |||    
T  8275916 atctcactaaagatgctcggtgttactatttgccacaagctttcttcaattccccaagatattggaaagtttacaaatttggaacttctaagcctcggtt 8275817  T
Q  122 catgtactgacttggaagctataccgacttccattggaaatctgttaaatctaaaacatcttgacatttcaaactgcatcagcctttcaagtttacctga 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  8275816 catgtactgacttggaagctataccgacttccattggaaagttgttaaatctaagacatcttgacatttcaaactgcatcagcctttcaagtttacccga 8275717  T
Q  222 ggaatttggtaatttgtgcaatttaaggaatctgtacatggcaagttgtgcaggtattgaattgccattttcagttgtcaatcttcagaacttaaagaca 321  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||  | |||||||||| ||||||||||||||| || |||||     
T  8275716 ggaatttggtaatttgtgcaacctaaggaatctatacatggcaagttgtgcaagtattgagcttccattttcagatgtcaatcttcagaatttgaagacg 8275617  T
Q  322 ataacttctgatgaagagacatcagctacatgggaaggtttccagcatatgcttcccaatatgaagatagaggttcctcatgttgatgttaacttaaatt 421  Q
    | ||| |  |||||||||||  | ||||||||||||| |||||| |||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8275616 aaaacctgcgatgaagagacggctgctacatgggaagatttccatcatacgcttcctagtatgaagatagaggttcctcatgttgatgttaacttaaatt 8275517  T
Q  422 ggcttcaataaatgatctgctaagacctcttctttgaatgacttttgta 470  Q
    | | ||| |||| ||||||||| |||| ||||||||||||  |||||||    
T  8275516 gccatcattaaaggatctgctacgaccgcttctttgaatggattttgta 8275468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 83; E-Value: 7e-39
Query Start/End: Original strand, 472 - 644
Target Start/End: Complemental strand, 8275392 - 8275222
Alignment:
Q  472 agtatataattaaaattcttttgtaatattttgtaatttcttttgtataaatacatgatttgtattagctattctcaatcaataaattcaattttaaann 571  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||| ||      
T  8275392 agtatataactaaaattcttttgtaatcttttgtaaattcttttgtataaatgcatgatttgtattagctattcttaatcaatagattaaatttttaa-- 8275295  T
Q  572 nnnnnatcagctcattctattgatttatttacatgacaataaggtggtagtaaacccttctatgcttctccaa 644  Q
         |||  |||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||    
T  8275294 tttttatctactcattctatagatttgtttacatgataataaggtgctagtaaatcctcctatgcttctccaa 8275222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0391 (Bit Score: 248; Significance: 1e-137; HSPs: 1)
Name: scaffold0391
Description:

Target: scaffold0391; HSP #1
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 22 - 457
Target Start/End: Original strand, 13075 - 13510
Alignment:
Q  22 atctcattaaagaagctcaatgttactaattgccacaagctttcttcacttccccaagatattggaaaattggagaatttggaacttctaagcctcagtt 121  Q
    ||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||| ||| ||||| |  |||| ||||||||||| ||||| |    
T  13075 atctcattagagaagcttagtgttactaattgccacaaactttctgaacttccccaagatatcggagaattgaaatatttagaacttctaaggctcagct 13174  T
Q  122 catgtactgacttggaagctataccgacttccattggaaatctgttaaatctaaaacatcttgacatttcaaactgcatcagcctttcaagtttacctga 221  Q
    | |||||||| ||| |||| ||||||| |||||||||||| || || ||| ||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  13175 cctgtactgatttgaaagcgataccgagttccattggaaagcttttcaatttaagacatcttgacatctcaaactgcataagcctttcaagtttacctga 13274  T
Q  222 ggaatttggtaatttgtgcaatttaaggaatctgtacatggcaagttgtgcaggtattgaattgccattttcagttgtcaatcttcagaacttaaagaca 321  Q
    ||||||||||||| | |||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||     
T  13275 ggaatttggtaatctttgcaatctaagaaatctgtacatggcaagttgtgcaagtattgaattgccattctcagttgtcaatcttcagaacttgaagacg 13374  T
Q  322 ataacttctgatgaagagacatcagctacatgggaaggtttccagcatatgcttcccaatatgaagatagaggttcctcatgttgatgttaacttaaatt 421  Q
    |||||||  |||||||||||| | ||  ||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13375 ataacttgcgatgaagagacagctgcctcatgggaagattttcagcctatgcttcccaatatgaagatagaggttcctcatgttgatgttaacttaaatt 13474  T
Q  422 ggcttcaataaatgatctgctaagacctcttctttg 457  Q
    ||||||| |||||||||| | |||||||||| ||||    
T  13475 ggcttcagtaaatgatctcccaagacctcttatttg 13510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000002; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 26 - 105
Target Start/End: Complemental strand, 6736727 - 6736648
Alignment:
Q  26 cattaaagaagctcaatgttactaattgccacaagctttcttcacttccccaagatattggaaaattggagaatttggaa 105  Q
    |||| |||||||||| | | || ||||| ||||||||||||| | | || | |||||||||||| |||||||||||||||    
T  6736727 cattgaagaagctcagtatcacaaattgtcacaagctttctttaatgcctcgagatattggaaagttggagaatttggaa 6736648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University