View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14239_low_2 (Length: 643)

Name: NF14239_low_2
Description: NF14239
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14239_low_2
NF14239_low_2
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (11-630)||(26217852-26218482)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 501; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 501; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 630
Target Start/End: Original strand, 26217852 - 26218482
Alignment:
Q  11 catagggtgaagcttgagtgatgcaaaatatttttaaaacttaagaagacatgtcaggccagtcaatcaattttcaaaagttagaaatatagcgtagtag 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  26217852 catagggtgaagcttgagtgatgcaaaatatttttaaaacttaagaagacatgtcaggccagtcaatcaattttcaaaagttaaaaatatagcatagtag 26217951  T
Q  111 gaatatcacatcaccgatgaaagattctaattcttacattcttgggatgagacaagttttaggtagtggaaaatatcttggtctcctattactggtaatt 210  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |    
T  26217952 gaatatcacatcaccggtgaaagattctaattcttacattcttggggtgagacaagttttaggtagtggaaaatatctgggtctcctattactggtaagt 26218051  T
Q  211 cgagnnnnnnnnncaccttcaaattcatctaagatagaatttgaaaaaagatcaactcatgaagtaatcaatgtctttctcaagtaggtagagaaatctt 310  Q
    ||||         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26218052 cgagaaaaaaaa-caccttcaaattcatctaagatagaatttgaaaaaagat-aactcatgaagtaatcgatgtctttctcaagtaggtagagaaatctt 26218149  T
Q  311 aattaaatatgtcctgcattcgatctcgtccaatgtgttgagcatattattactaccaactaatctttgtgtcaaaattgacaaaaatgatgaatttatt 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26218150 aattaaatatgtcctgcattcgatctcgtccaatgtgttgagcatattattactaccaactaatctttgtgtcaaaattgacaaaaatgatgaatttatt 26218249  T
Q  411 ttggtga----------------ggtcaaatagatcttgggatagtttagatacacacaagaatgaatgtggtttcggatttaagtgcatatccactttc 494  Q
    |||||||                |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26218250 ttggtgaggtcaaatagatgtgaggtcaaatagatcttgggatagtttagatacacacaagaatgaatgtggtttcggatttaagtgcatatccactttc 26218349  T
Q  495 agtaatgccatattgccaaacagattggaaactactgtgatgtatggcgaagtataaggagtaataaattcattgtatgtgatggtcataggtggagcgt 594  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26218350 agtaatgccatattgccaaacagattggaaactactgtgatgtatggcgaagtataaggagtaataaattcattgtatgtgatggtcataggtggagcgt 26218449  T
Q  595 aggcacaacatgcatattggtacagggaactaaatg 630  Q
    ||||   |||||||||||||||||||||||||||||    
T  26218450 aggc---acatgcatattggtacagggaactaaatg 26218482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University