View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14242_low_1 (Length: 772)

Name: NF14242_low_1
Description: NF14242
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14242_low_1
NF14242_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (52-764)||(52035632-52036350)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 558; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 558; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 52 - 764
Target Start/End: Original strand, 52035632 - 52036350
Alignment:
Q  52 tttttaaaaaagtgtcattttttagagaatgaaataaataaagtagctaaaatttaatacacattcattgcatcgttttgtcaatgttgtgatcaaaagc 151  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  52035632 tttttacaaaagtgtcattttttagagaatgaaataaataaagtagctaaaatttaatacacactcattgcatcgttttgtcaatattgtgatcaaaagc 52035731  T
Q  152 atctcatgtcatttttaactcgactcaacttgccgtatgagctatgatatacattgtcgggagagaacttattatctgtgaagcttctacaatattagta 251  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52035732 atctcatgtcatttttaactcgactcaacttgccgtatgagcgatgatatacattgtcgggagagaacttattatctgtgaagcttctacaatattagta 52035831  T
Q  252 tttgtcaacaaaataattcgaagtaattgacannnnnnnataggtgttcttgcaagttgtttggataattgatgaaaagaatgaatgaaaaatgtaagag 351  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| |       ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52035832 tttgtaaacaaaataattcgaagtaattgatatttttt-atacgtgttcttgcaagttgtttggataattgatgaaaagaatgaatgaaaaatgtaagag 52035930  T
Q  352 gatggaattgataaaccactcaatagattacattaaccattatttaaccgttttctgtgggaacaggggatgcctcaacattaggcaaggcaactactgt 451  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  52035931 gatggaattgataaaccactcaatagattacattaaccatt---taaccgttttctgtgggaacaggggatgcctcaacataaggcaaggcaactactgt 52036027  T
Q  452 tgttagtctgtttgagattctatacagcaagtaaacaataattgcgaatgctaattaagttcacaacaacgagcaattgcatttattccatttaataaga 551  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  52036028 tgttagtctgtttgagattctatacaacaagtaaacaataattgcgaatgctaattaagttcacaacaacgaccaattgcatttattccatttaataaga 52036127  T
Q  552 atctctattggtgttgcacaaattcactatacacaggttcagattaatacaaccatcgatgcatcaaacatgaataatttctacaaccatatgattattt 651  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52036128 atctctattggtgttgcacaaattcactatacacaggttcagattaatacaaccattgatgcatcaaacatgaataatttctacaaccatatgattattt 52036227  T
Q  652 taactacnnnnnnnnnngtctcaagatatagc----------aaccgtaatttaaaaccatgttatctccgaaaacacttctataaaaattatatcattg 741  Q
    |||||||          |||||||||||||||          |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  52036228 taactacaaaaaaaaaagtctcaagatatagcaaaaggtatgaaccgtaattgaaaaccatgttatctccgaaaacacttctataaaccttatatcattg 52036327  T
Q  742 cttgagtgttttagctgatgatg 764  Q
    |||||||||||||||||| ||||    
T  52036328 cttgagtgttttagctgaagatg 52036350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University