View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14245_high_2 (Length: 787)

Name: NF14245_high_2
Description: NF14245
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14245_high_2
NF14245_high_2
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (18-774)||(4817616-4818378)
chr2 (464-493)||(18622416-18622445)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 649; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 649; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 774
Target Start/End: Complemental strand, 4818378 - 4817616
Alignment:
Q  18 gtttgtgacactgatcctagcagcttgttgtaggtgagcttctgagtcaacctctgagcaatctttccttggactcttgcaaagaataacttcacatgtt 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4818378 gtttgtgacactgatcctagcagcttgttgtaggtgagcttctgagtcaacctctgagcaatctttccttggactcttgcaaagaataacttcacatgtt 4818279  T
Q  118 tcatcttcatggtctccatctatctccacactgtattttcctgatttatctgttgttgcttctttgttgaatgtcaatgttccattatcttctttgcatt 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4818278 tcatcttcatggtctccatctatctccacactgtattttcctgatttatctgttgttgcttctttgttgaatgtcaatgttccattatcttctttgcatt 4818179  T
Q  218 ccacacgcaccgttgcaccttcattacatat--ggccacacaaattattatttatatatgtcaagttgcaagacattcgatatgctaaggcacaagttag 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  4818178 ccacacgcaccgttgcaccttcattacatatatggccacacaaattattatttatatatgtcaatttgcaagacattggatatgctaaggcacgagttag 4818079  T
Q  316 aactcctaattctccacttcttagtaataaatgtgtgtgagtttcatcgttagactctttnnnnnnn-taataatcaatagtcttaatttcacttttagg 414  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4818078 aactcctaattctccgcttcttagtaataaatgtgtgtgagtttcatcgttagactcttttaaaaaaataataatcaatagtcttaatttcacttttagg 4817979  T
Q  415 tatcat---gaggcacagactatacagacactagacacgacataacatgtgaacatcgataataatttaagaaaatgacatatatgtgacggtgtgtgtt 511  Q
    ||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  4817978 tatcatcatgaggcacagactatacagacactagacacgacatgacatgtgaacatcgataataatttaagaaattgacatatatgtgacagtgtgtgtt 4817879  T
Q  512 ggtatcgaacactatatatatttgataccggaacacacataattcaataagtatatgtgcttcatagattcatgttaaaaaatatgcgcgtaccttcaat 611  Q
    ||| |||||||  ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  4817878 ggtgtcgaacatgatacatatttgataccggaacacgcataattcaatgagtatatgtgcttcatagattcatgttaaaaaatatgtacgtaccttcaat 4817779  T
Q  612 gaactcggtcaatctggtgatgaattgggtgcgacatgtgtcacagtaaacaacaccttctacaaagaagcgatcagacttggaataagccgaacctaag 711  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4817778 gaactcggtcaatctggtgatgaattgggtgcgacatgtgtcacagtaaacaacaccttctacaaagaagcgatcagacttggaataagccgaacctaag 4817679  T
Q  712 aaggataaaaagcaaagggtgaagacaagggggattgtagactttgccattgttcttgatatt 774  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4817678 aaggataaaaagcaaagggtgaagacaagggggattgtagactttgccattgttcttgatatt 4817616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 464 - 493
Target Start/End: Original strand, 18622416 - 18622445
Alignment:
Q  464 acatcgataataatttaagaaaatgacata 493  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18622416 acatcgataataatttaagaaaatgacata 18622445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University