View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14245_low_1 (Length: 1408)

Name: NF14245_low_1
Description: NF14245
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14245_low_1
NF14245_low_1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (13-1408)||(43365261-43366656)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 1321; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 1321; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 1408
Target Start/End: Original strand, 43365261 - 43366656
Alignment:
Q  13 aacctgtgtaatgcaattaaatgttattcaatcatatggcatcaacacaacaataactagcatgttggacacctaacttacaatgttggaaccacaaatt 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43365261 aacctgtgtaatgcaattaaatgttattcaatcatatggcatcaacacaacaataactagcatgttggacacctaacttacaatgttggaaccacaaatt 43365360  T
Q  113 ttattaataaaattgaggcacacaattttgatgaaagcttccaattagggacctttaatgaaacacttacacgtttcttgatcagcactggtaaaacacg 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43365361 ttattaataaaattgaggcacacaattttgatgaaagcttccaattagggacctttaattaaacacttacacgtttcttgatcagcactggtaaaacacg 43365460  T
Q  213 accctcgtagcatttgggggtgcatttccttggaacacgcactgtatatggagtcgcaaatttctctcccatatttggtagttgctttacaactcttatg 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43365461 accctcgtagcatttgggggtgcatttccttggaacacgcactgtatatggagtcgcaaatttctctcccatatttggtagttgctttacaactcttatg 43365560  T
Q  313 tcattccggagggatgttataaaccaatcggcatcaaataattgagaaaaattgctgcaagaaaataataatcaaatattacttacaaattaaggggtac 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43365561 tcattccggagggatgttataaaccaatcggcatcaaataattgagaaaaattgctgcaagaaaataataatcaaatattacttacaaattaaggggtac 43365660  T
Q  413 aatgaaaatgtgttctgctaccaaagaaaatattatatgtgatttaagagacattcttcctgatatgatagaagtaaattgtaaacacagacctgttgtc 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43365661 aatgaaaatgtgttctgctaccaaagaaaatattatatgtgatttaagagacattcttcctgatatgatagaagtaaattgtaaacacagacctgttgtc 43365760  T
Q  513 tttccagaaagatgtatgatccaatgctggaataacaagagtagcattcaaaagataggcagccacaacagcatcaattatctgcacccacaaacaatct 612  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43365761 tttccagaaagatgtatgatccaatgctggaataacaagagtagcattcaaaagataggcagccacaacagcatcaattatctgcacccacaaacaatct 43365860  T
Q  613 gtattttttcaataccagaaatattgcatccacataacattatttatcattcatatttgtatcaccaatcattcatcaaattcgattgagaaaatcctaa 712  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43365861 gtattttttcaataccagaaatattgcatccacataacattatttatcattcatatttgtatcaccaatcattcatcaaattcgattgagaaaatcctaa 43365960  T
Q  713 ttgagnnnnnnnagccgaacggcacatacaaaatctgtatatcaatcaccaatttgtgcagacctataattattgggtagaaatttcatcctatactttt 812  Q
    |||||       ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43365961 ttgagtttttttagccgaacggcacatacaaaatctgtatatcgatcaccaatttgtgcagacctataattattgggtagaaatttcatcctatactttt 43366060  T
Q  813 ttgcaaatgaccacggtcccactctatgaaataaagttatagcatattacatattacatgttttagattgcagcatagttatattagtactcagaatgca 912  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43366061 ttgcaaatgaccagggtcccactctatgaaataaagttatagcatattacatattacatgttttagattgcagcatagttatattagtactcagaatgca 43366160  T
Q  913 attatgtctactaatgaaatggaagaactattcatgcttaaataaaacaatttggttacataaagaaagatatacatattccaagtaatactttaacctc 1012  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43366161 attatgtctactaatgaaatggaagaactattcatgcttaaataaaaaaaattggttacataaagaaagatatacatattccaagtaatactttaacctc 43366260  T
Q  1013 actgaactccttccttta----tatttatttgatcaaaaggattgcaaaaacaaacaaatgccacagttcattaataaagaagcttagcttacccctgtt 1108  Q
    ||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43366261 actgaactccttcctttatatttatttatttgatcaaaaggattgcaaaaacaaacaaatgccacagttcattaataaagaagcttagcttacccctgtt 43366360  T
Q  1109 ctctgttgatttaagcctccactggttgcgattaacaagtatcggtccggatgagttttgctattagcctctgcaacaattagaaatataaataaataca 1208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43366361 ctctgttgatttaagcctccactggttgcgattaacaagtatcggtccggatgagttttgctattagcctctgcaacaattagaaatataaataaataca 43366460  T
Q  1209 ctcaatcaaaattaaattgatgagatgaaaaaaggactagctaggagtctaggatgaagtttacttgcaaagttgacaccggcattactgcaggcagaga 1308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  43366461 ctcaatcaaaattaaattgatgagatgaaaaaagga----ctaggagtctaggatgaagtttacttgcaaagttgacaccggcataactgcaggcagaga 43366556  T
Q  1309 aaagctgcgagttcctcgaattccatagatcatgcttgtaagtaccttcacttgtcttcaaattcgaagaaacaaaaggaagatattagcaacataacaa 1408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43366557 aaagctgcgagttcctcgaattccatagatcatgcttgtaagtaccttcacttgtcttcaaattcgaagaaacaaaaggaagatattagcaacataacaa 43366656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University