View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14246_high_8 (Length: 455)

Name: NF14246_high_8
Description: NF14246
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14246_high_8
NF14246_high_8
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (13-437)||(1501353-1501777)
chr5 (13-128)||(25955944-25956059)
chr5 (13-127)||(38280257-38280371)
chr5 (13-128)||(42250116-42250231)
chr5 (20-129)||(7886354-7886463)
[»] chr7 (11 HSPs)
chr7 (13-128)||(496683-496798)
chr7 (13-129)||(11765706-11765822)
chr7 (13-130)||(7527248-7527365)
chr7 (13-129)||(2286457-2286573)
chr7 (13-128)||(25185917-25186032)
chr7 (13-128)||(48057683-48057798)
chr7 (13-128)||(42535198-42535313)
chr7 (13-121)||(23844642-23844750)
chr7 (13-129)||(31427244-31427362)
chr7 (73-129)||(4649481-4649537)
chr7 (13-128)||(40855135-40855251)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (13-128)||(52055132-52055247)
chr4 (13-128)||(1158239-1158354)
chr4 (20-107)||(49866671-49866758)
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (13-129)||(49786392-49786508)
chr3 (13-134)||(47940820-47940941)
chr3 (13-128)||(8152977-8153094)
chr3 (13-128)||(8436880-8436995)
chr3 (13-128)||(29836754-29836868)
chr3 (28-122)||(48778972-48779066)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (13-128)||(13922185-13922300)
chr2 (13-125)||(11828960-11829072)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (13-123)||(3780343-3780453)
chr8 (13-128)||(4076928-4077043)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (13-128)||(20186825-20186940)
chr1 (13-128)||(30339636-30339751)
chr1 (13-128)||(51787272-51787387)
chr1 (28-128)||(43740406-43740506)
chr1 (13-106)||(9672956-9673046)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (13-128)||(33594503-33594618)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 368; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 368; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 437
Target Start/End: Original strand, 1501353 - 1501777
Alignment:
Q  13 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttatggggtttaggctacatgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgaatgt 112  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |    
T  1501353 gagatggatgaaagagaagagagacaaagtgtatatggggtctaggctacatgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgtcacctatggatct 1501452  T
Q  113 gcatgtatcaccactcaaaattatgaaccacagtaacgaaatcttttgcacctgaagagggagctttattagagcctagaggatcctcaaacatcaaaat 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1501453 gcatgtatcaccactcaaaattatgaaccacagtaatgaaatcttttgcacctgaagagggagctttattagagcctagaggatcctcaaacatcaaaat 1501552  T
Q  213 gatttgattcaatgttgttaccnnnnnnncattgaggaaaaacttttacttgctcaggattgctctgaacttcaattacttgtgtctccaatgtgaattc 312  Q
    ||||||||||||||||||||||       |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1501553 gatttgattcaatgttgttacctttttttcattaaggaaaaacttttacttgctcaggattgctctgaacttcaattacttgtgtctccaatgtgaattc 1501652  T
Q  313 aagaacatttgtctagtatatatatgccaattttgttaagtttcttggtggtgtgcctaatcttgagagagtttcatggctttatggatttcaaaagtta 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1501653 aagaacatttgtctagtatatatatgccaattttgttaagtttcttggtggtgtgtctaatcttgagagagtttcatggctttatggatttcaaaagtta 1501752  T
Q  413 accttttgttgttattatttaaagt 437  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  1501753 accttttgttgttattatttaaagt 1501777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 13 - 128
Target Start/End: Original strand, 25955944 - 25956059
Alignment:
Q  13 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttatggggtttaggctacatgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgaatgt 112  Q
    |||||| ||||||  ||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||    
T  25955944 gagatggatgaaaaggaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaaatgtgtatgccacctatgagtgt 25956043  T
Q  113 gcatgtatcaccactc 128  Q
    ||||||||||||||||    
T  25956044 gcatgtatcaccactc 25956059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 13 - 127
Target Start/End: Original strand, 38280257 - 38280371
Alignment:
Q  13 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttatggggtttaggctacatgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgaatgt 112  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||  || ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  38280257 gagatggatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtataccacctatggatgt 38280356  T
Q  113 gcatgtatcaccact 127  Q
     ||||||||||||||    
T  38280357 acatgtatcaccact 38280371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 13 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 42250231 - 42250116
Alignment:
Q  13 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttatggggtttaggctacatgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgaatgt 112  Q
    |||||| ||||||  ||||||||||||||||||| |||||| || || |||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||| ||  ||||  |||    
T  42250231 gagatggatgaaaaggaagagagacaaagtgtttgtggggtctaagccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtctatgtcatttatgggtgt 42250132  T
Q  113 gcatgtatcaccactc 128  Q
    ||||||||||||||||    
T  42250131 gcatgtatcaccactc 42250116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 20 - 129
Target Start/End: Complemental strand, 7886463 - 7886354
Alignment:
Q  20 atgaaagagaagagagacaaagtgtttatggggtttaggctacatgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgaatgtgcatgta 119  Q
    ||||||| ||||||||||||| | | | |||| ||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| | | |||||| |    
T  7886463 atgaaagggaagagagacaaaatatatgtgggatttaggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgtcacctataagtatgcatgaa 7886364  T
Q  120 tcaccactca 129  Q
    ||||||||||    
T  7886363 tcaccactca 7886354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 84; Significance: 1e-39; HSPs: 11)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 13 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 496798 - 496683
Alignment:
Q  13 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttatggggtttaggctacatgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgaatgt 112  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  496798 gagatggatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatggatgt 496699  T
Q  113 gcatgtatcaccactc 128  Q
     |||||||||||||||    
T  496698 acatgtatcaccactc 496683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 13 - 129
Target Start/End: Complemental strand, 11765822 - 11765706
Alignment:
Q  13 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttatggggtttaggctacatgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgaatgt 112  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||  || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  11765822 gagatggatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtcaaggacacgtgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatggatgt 11765723  T
Q  113 gcatgtatcaccactca 129  Q
     ||||||||||||||||    
T  11765722 acatgtatcaccactca 11765706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 13 - 130
Target Start/End: Original strand, 7527248 - 7527365
Alignment:
Q  13 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttatggggtttaggctacatgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgaatgt 112  Q
    |||||| |||||| | || ||||||||||||||||||| || ||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |    
T  7527248 gagatggatgaaaaaaaaaagagacaaagtgtttatggagtctaggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccaccaatgaatat 7527347  T
Q  113 gcatgtatcaccactcaa 130  Q
    |||||||||||| |||||    
T  7527348 gcatgtatcacccctcaa 7527365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 13 - 129
Target Start/End: Complemental strand, 2286573 - 2286457
Alignment:
Q  13 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttatggggtttaggctacatgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgaatgt 112  Q
    |||||| ||||||  ||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||   |||    
T  2286573 gagatggatgaaaaggaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccaccaataggtgt 2286474  T
Q  113 gcatgtatcaccactca 129  Q
    ||||||||||| |||||    
T  2286473 gcatgtatcactactca 2286457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 13 - 128
Target Start/End: Original strand, 25185917 - 25186032
Alignment:
Q  13 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttatggggtttaggctacatgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgaatgt 112  Q
    |||||| ||||||  ||||||||| ||||| ||| |||||| ||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||    
T  25185917 gagatggatgaaaaggaagagagataaagtatttgtggggtctaggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgtcacctatgagtgt 25186016  T
Q  113 gcatgtatcaccactc 128  Q
    ||||| ||||||||||    
T  25186017 gcatgcatcaccactc 25186032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 13 - 128
Target Start/End: Original strand, 48057683 - 48057798
Alignment:
Q  13 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttatggggtttaggctacatgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgaatgt 112  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||  || ||||| ||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||  |||    
T  48057683 gagatggatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaagtttaaatatgtatgccacctatgggtgt 48057782  T
Q  113 gcatgtatcaccactc 128  Q
     |||||||||||||||    
T  48057783 acatgtatcaccactc 48057798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 13 - 128
Target Start/End: Original strand, 42535198 - 42535313
Alignment:
Q  13 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttatggggtttaggctacatgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgaatgt 112  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| | || |  || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||    
T  42535198 gagatggatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtgggatataagacacgtgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgtcacctatgagtgt 42535297  T
Q  113 gcatgtatcaccactc 128  Q
     ||| ||||| |||||    
T  42535298 acatatatcatcactc 42535313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 13 - 121
Target Start/End: Complemental strand, 23844750 - 23844642
Alignment:
Q  13 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttatggggtttaggctacatgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgaatgt 112  Q
    |||||| ||||||  ||||||||||||||||||| || ||| ||||  |||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||  ||||||| ||||    
T  23844750 gagatggatgaaaaggaagagagacaaagtgtttgtgaggtctagggcacatgtcacatgtttatgtggagatttgagtgtgtatgttacctatggatgt 23844651  T
Q  113 gcatgtatc 121  Q
    |||||||||    
T  23844650 gcatgtatc 23844642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 13 - 129
Target Start/End: Original strand, 31427244 - 31427362
Alignment:
Q  13 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttatggggtttaggctacatgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgc--cacctatgaat 110  Q
    |||||| |||| || ||||||||||||||||||| ||| || ||  | |||||||| || |||||| |||||||||| | |||||||  |||||||| ||    
T  31427244 gagatggatgagagggaagagagacaaagtgtttgtggagtctaaaccacatgtcacatatttatgcggaggtttaattatgtatgccacacctatggat 31427343  T
Q  111 gtgcatgtatcaccactca 129  Q
    |||||||||||||||||||    
T  31427344 gtgcatgtatcaccactca 31427362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 73 - 129
Target Start/End: Original strand, 4649481 - 4649537
Alignment:
Q  73 tttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgaatgtgcatgtatcaccactca 129  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||    
T  4649481 tttatgtggagttttaaatgtgtatgccacttatgaatttgcatctatcaccactca 4649537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 13 - 128
Target Start/End: Original strand, 40855135 - 40855251
Alignment:
Q  13 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttatggggtttag-gctacatgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgaatg 111  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||||||| || ||| |||  | ||| |||| |||||| ||| ||||||||||||| ||| |||| |||| ||     
T  40855135 gagatgaatgaaagggaaaagagacaaagtgtttgtgaggtctagacccacaggtcacatgtttgtgtagaggtttaagtgtatataccacatatggata 40855234  T
Q  112 tgcatgtatcaccactc 128  Q
    |||||| |||| |||||    
T  40855235 tgcatgcatcatcactc 40855251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 80; Significance: 2e-37; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 13 - 128
Target Start/End: Original strand, 52055132 - 52055247
Alignment:
Q  13 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttatggggtttaggctacatgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgaatgt 112  Q
    |||||| ||||||  ||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52055132 gagatggatgaaaaggaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggccacatgtcacatgtttgtgtagaggtttaagtgtgtatgccacctatgaatgt 52055231  T
Q  113 gcatgtatcaccactc 128  Q
    ||||||||||||||||    
T  52055232 gcatgtatcaccactc 52055247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 13 - 128
Target Start/End: Original strand, 1158239 - 1158354
Alignment:
Q  13 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttatggggtttaggctacatgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgaatgt 112  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| ||||| | |||| ||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||  ||||  ||||    
T  1158239 gagatgaatgaaagggaagagagacaaaatgtttgtagggtctaggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtacgccttctatcgatgt 1158338  T
Q  113 gcatgtatcaccactc 128  Q
    |||||||||| |||||    
T  1158339 gcatgtatcatcactc 1158354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 20 - 107
Target Start/End: Complemental strand, 49866758 - 49866671
Alignment:
Q  20 atgaaagagaagagagacaaagtgtttatggggtttaggctacatgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatg 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |  |||||||| || ||| |||| ||||||||| |||||| |||||||||    
T  49866758 atgaaagagaagagagacaaagtgtttatgtggtctaagtcacatgtcacatatttgtgtgaaggtttaagcgtgtataccacctatg 49866671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 77; Significance: 1e-35; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 13 - 129
Target Start/End: Complemental strand, 49786508 - 49786392
Alignment:
Q  13 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttatggggtttaggctacatgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgaatgt 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||  || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  49786508 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgt 49786409  T
Q  113 gcatgtatcaccactca 129  Q
     ||||||||||| ||||    
T  49786408 acatgtatcaccgctca 49786392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 13 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 47940941 - 47940820
Alignment:
Q  13 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttatggggtttaggctacatgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgaatgt 112  Q
    |||||| ||||||  ||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||   |||    
T  47940941 gagatggatgaaaaggaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccaccaataggtgt 47940842  T
Q  113 gcatgtatcaccactcaaaatt 134  Q
    ||||||||||| ||||| ||||    
T  47940841 gcatgtatcactactcataatt 47940820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 13 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 8153094 - 8152977
Alignment:
Q  13 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttatggggtttaggctacatgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgaatgt 112  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||||||| ||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||   |||    
T  8153094 gagatggataaaagagaagagagacaaagtgtttgtggagtctaggccacatgtcacatgtttatgtggaggtttaggtgtgtatgccacctataggtgt 8152995  T
Q  113 gc--atgtatcaccactc 128  Q
    ||  ||||||||||||||    
T  8152994 gcatatgtatcaccactc 8152977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 13 - 128
Target Start/End: Original strand, 8436880 - 8436995
Alignment:
Q  13 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttatggggtttaggctacatgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgaatgt 112  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |  || |||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||  |||    
T  8436880 gagatggatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaagacacgtgtcatatatttatgtagaggtttaaatgtgtatgccacctatgggtgt 8436979  T
Q  113 gcatgtatcaccactc 128  Q
     ||| |||||||||||    
T  8436980 acatatatcaccactc 8436995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 13 - 128
Target Start/End: Original strand, 29836754 - 29836868
Alignment:
Q  13 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttatggggtttaggctacatgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgaatgt 112  Q
    |||| |||||| |||||||||||||||||| ||| |||||| ||||  | |||| | || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  29836754 gagacgaatgagagagaagagagacaaagt-tttgtggggtgtaggtcatatgttacatatttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgagtgt 29836852  T
Q  113 gcatgtatcaccactc 128  Q
    ||||||||||||||||    
T  29836853 gcatgtatcaccactc 29836868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 28 - 122
Target Start/End: Original strand, 48778972 - 48779066
Alignment:
Q  28 gaagagagacaaagtgtttatggggtttaggctacatgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgaatgtgcatgtatca 122  Q
    ||||||||| ||||||||||||| || ||| | |||||||| || |||||||||| |||||| || |||||||||||||   |||||||||||||    
T  48778972 gaagagagataaagtgtttatggagtctagaccacatgtcacatatttatgtggatgtttaaatgagtatgccacctataggtgtgcatgtatca 48779066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 76; Significance: 6e-35; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 13 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 13922300 - 13922185
Alignment:
Q  13 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttatggggtttaggctacatgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgaatgt 112  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||  || ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  13922300 gagatggatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttacgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatggatgt 13922201  T
Q  113 gcatgtatcaccactc 128  Q
     |||||||||||||||    
T  13922200 acatgtatcaccactc 13922185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 69; E-Value: 9e-31
Query Start/End: Original strand, 13 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 11829072 - 11828960
Alignment:
Q  13 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttatggggtttaggctacatgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgaatgt 112  Q
    |||||| ||||||||| |||||| |||||||||| |||||| ||||  |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  11829072 gagatggatgaaagaggagagaggcaaagtgtttgtggggtctaggacacatgtcacatatttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgagtgt 11828973  T
Q  113 gcatgtatcacca 125  Q
    |||||| ||||||    
T  11828972 gcatgtctcacca 11828960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 75; Significance: 2e-34; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 13 - 123
Target Start/End: Original strand, 3780343 - 3780453
Alignment:
Q  13 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttatggggtttaggctacatgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgaatgt 112  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  3780343 gagatggatgaaagggaagagagacaaagtgtttctcgggtttaggctacatgtcacatgtttgtgtggaggtttgagtgtgtatgccacctatggatgt 3780442  T
Q  113 gcatgtatcac 123  Q
     ||||||||||    
T  3780443 acatgtatcac 3780453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 13 - 128
Target Start/End: Original strand, 4076928 - 4077043
Alignment:
Q  13 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttatggggtttaggctacatgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgaatgt 112  Q
    |||||| ||||||  ||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  | |    
T  4076928 gagatggatgaaaaggaagagagacaaattgtttgtggggtctaggctacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtat 4077027  T
Q  113 gcatgtatcaccactc 128  Q
    |||||||||| |||||    
T  4077028 gcatgtatcatcactc 4077043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 72; Significance: 1e-32; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 13 - 128
Target Start/End: Original strand, 20186825 - 20186940
Alignment:
Q  13 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttatggggtttaggctacatgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgaatgt 112  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||  || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  20186825 gagatggatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtgggatctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgt 20186924  T
Q  113 gcatgtatcaccactc 128  Q
     |||||||||||||||    
T  20186925 acatgtatcaccactc 20186940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 13 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 30339751 - 30339636
Alignment:
Q  13 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttatggggtttaggctacatgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgaatgt 112  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||  || ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  30339751 gagatggatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtagaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgt 30339652  T
Q  113 gcatgtatcaccactc 128  Q
     |||||||||||||||    
T  30339651 acatgtatcaccactc 30339636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 13 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 51787387 - 51787272
Alignment:
Q  13 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttatggggtttaggctacatgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgaatgt 112  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||   || ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  51787387 gagatgcatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctagagcacgtgtcacatgtttatgtgaaggtttaagtgtgtatgccacctatggatgt 51787288  T
Q  113 gcatgtatcaccactc 128  Q
     |||||||||||||||    
T  51787287 acatgtatcaccactc 51787272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 28 - 128
Target Start/End: Original strand, 43740406 - 43740506
Alignment:
Q  28 gaagagagacaaagtgtttatggggtttaggctacatgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgaatgtgcatgtatcaccact 127  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||||||| |||| ||| |||||| |||||||||||||||||| |||  | ||||| |||| |||| |||||||||    
T  43740406 gaagagagacaaagtgtttgtgaggtttaggccacatatcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgcatgtgatctatggatgttcatggatcaccact 43740505  T
Q  128 c 128  Q
    |    
T  43740506 c 43740506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 13 - 106
Target Start/End: Original strand, 9672956 - 9673046
Alignment:
Q  13 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttatggggtttaggctacatgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctat 106  Q
    |||||| |||||||||||||||||||  |||||| |||  | ||||  || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9672956 gagatggatgaaagagaagagagaca--gtgtttgtgga-tctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctat 9673046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 64; Significance: 8e-28; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 8e-28
Query Start/End: Original strand, 13 - 128
Target Start/End: Original strand, 33594503 - 33594618
Alignment:
Q  13 gagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttatggggtttaggctacatgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgaatgt 112  Q
    |||||| ||||||  ||||||||||||||| ||| |||||| ||||| |||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  33594503 gagatggatgaaaaggaagagagacaaagtatttgtggggtctaggccacatgtcacatgtttgtgtgaaggtttaagtgtgtatgccaccaatggatgt 33594602  T
Q  113 gcatgtatcaccactc 128  Q
    ||||||||||| ||||    
T  33594603 gcatgtatcactactc 33594618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University