View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14254_low_1 (Length: 623)

Name: NF14254_low_1
Description: NF14254
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14254_low_1
NF14254_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-618)||(46939103-46939742)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 485; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 485; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 618
Target Start/End: Original strand, 46939103 - 46939742
Alignment:
Q  1 tatgcacttaaccaaattttatggtaccactctgctcacttaaaaaaa-ttaattcttttnnnnnnnn-gttaaacaagataatcaaatgcctcaattcg 98  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||         |||||||||| |||||||| | ||||||| |    
T  46939103 tatgcacttaacaaaactttatggtaccactctgctcacttaaaaaaaattaattcttttttaagaaaagttaaacaagttaatcaaacgtctcaatttg 46939202  T
Q  99 atgtagttcgatccagtatggttgaaccaaccaatagactgacgggtccttggttcaaacatccggtttggtccaattctataaacactagttacaagat 198  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46939203 atgtagttcgatccagtatggttgaaccaaccaatagactgacgggtccttggttcaaacatccggtttggtccaattctataaacactagttacaagat 46939302  T
Q  199 catgcttta-gtgtctccacagtcggataaaactatgattgattttgcatcattagtatttgactgcgattatgtgcaatattatagatttcaaatctaa 297  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  46939303 catgctttaggtgtctccacagtcggataaaactatgattgattttgcatcattagtatttgactgcgattatgtgcaatattatagattccaaatctaa 46939402  T
Q  298 aatcttgttgaca-ttaaatactaaattagttttgatgaagtgaaatgaacaaactaacatcttaatt------------------aatatataaataga 378  Q
    ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||                  ||||||||||||||    
T  46939403 aattttgttgacatttaaatactaaattagttttgatgcagtgaaatgaacaaactaacatcttaattaatttaatggtaataataaatatataaataga 46939502  T
Q  379 gatgtgaaaattaaagcataattagcatataccttcttaatgttatgagcaatgtgtttggagctaaactcctcaagactatcatatgtccttcttgcac 478  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46939503 gatgtgaaaattaaagcataattagcatataccttcttaatgttatgagcaatgtgtttggagctaaactcctcaagactatcatatgtccttcttgcac 46939602  T
Q  479 aacgaaaagcatgcacttgcatgaaacttggcatgtctgagaccaaaaccttcacttgaagtttttcaataacagaagacaatgtttcaatatgggacac 578  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46939603 aacgaaaagcatgcacttgcatgaaacttggcatgtctgagaccaaaaccttcacttgaagtttttcaataacagaagacaatgtttcaatatgggacac 46939702  T
Q  579 tgattttcttgcctcaacaaatttacctacctttgcttct 618  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  46939703 tgattttcttgcctcaacaaatttacctaccttttcttct 46939742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University