View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14259_low_22 (Length: 328)

Name: NF14259_low_22
Description: NF14259
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14259_low_22
NF14259_low_22
[»] chr4 (16 HSPs)
chr4 (1-317)||(4026465-4026781)
chr4 (5-314)||(3952865-3953172)
chr4 (1-310)||(4011708-4012017)
chr4 (1-317)||(4003229-4003545)
chr4 (5-289)||(3821497-3821781)
chr4 (5-313)||(3811924-3812232)
chr4 (6-299)||(3915836-3916129)
chr4 (5-299)||(3926830-3927124)
chr4 (5-315)||(4220735-4221045)
chr4 (1-314)||(3988118-3988431)
chr4 (1-290)||(4019505-4019794)
chr4 (8-285)||(3962286-3962563)
chr4 (8-208)||(3825755-3825955)
chr4 (82-210)||(3792676-3792804)
chr4 (120-186)||(4318238-4318304)
chr4 (1-94)||(3805781-3805874)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (5-303)||(13399074-13399372)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (82-168)||(42862304-42862390)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (71-164)||(7069945-7070038)
chr8 (8-165)||(7086948-7087105)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 225; Significance: 1e-124; HSPs: 16)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 1 - 317
Target Start/End: Original strand, 4026465 - 4026781
Alignment:
Q  1 cccatagaaaacaggtattacaatctgtccatatttctctttgcactcaattattttcgcaagttcttctaaacaccaacgtgaagaaccatagtttttt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |    
T  4026465 cccatagaaaacaggtattacaatctgtccatatttctctttgcaatcaattattttcaaaagttcttctaaacaccaacttgaagaagcatagttttct 4026564  T
Q  101 gagaatatgatcaaagaaatgaatgatccttcaattgcttcaacaagtgaatgtgatatgtcatctcccctcttaagtttctcatcaacaaaggcattta 200  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  4026565 gagaatatgatcaatgaaatgaatgatccttctattgcttctacaagtgaattcgatatgtcatctcccctcttaagtttgtcatcaacaaaggcattta 4026664  T
Q  201 tttgctttcgaggaaaagccttagccaaatggctaagaaagtcgtggcggatatccttgcccctaaagcttacaaaaacatcatactttggatggggagc 300  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||  ||||||||| |||| ||||||||||||||||| || |||||    
T  4026665 tttgctttcgagaaaaagccttagccaaatggccaagaaagccgtggcggatgtcctcacccctaaagtttacgaaaacatcatactttggttgaggagc 4026764  T
Q  301 attgtttgacattgcct 317  Q
    |||||| ||||||||||    
T  4026765 attgttagacattgcct 4026781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 5 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 3953172 - 3952865
Alignment:
Q  5 tagaaaacaggtattacaatctgtccatatttctctttgcactcaattattttcgcaagttcttctaaacaccaacgtgaagaaccatagttttttgaga 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  3953172 tagaaaacaggtattacaatctgtccatttttctctctgcactcaattattttcacaagttcttctaaacaccaacgtgaagaagcatagttttctgaga 3953073  T
Q  105 atatgatcaaagaaatgaatgatccttcaattgcttcaacaagtgaatgtgatatgtcatctcccctcttaagtttctcatcaacaaaggcatttatttg 204  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  3953072 atatgatcaatgaaatgaacgatccttcaattgcttcaaaaattgaatg--atatgtcatctcccctcttaagtttgtcatcaacaaaggcatttatttg 3952975  T
Q  205 ctttcgaggaaaagccttagccaaatggctaagaaagtcgtggcggatatccttgcccctaaagcttacaaaaacatcatactttggatggggagcattg 304  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||| ||||    
T  3952974 cttttgaggaaaagccttagccaaatgaccaagaaagccgtggcggatgtcctctcccctaaagcttacaaaaacatcatactttgattcgggagaattg 3952875  T
Q  305 tttgacattg 314  Q
    ||||||||||    
T  3952874 tttgacattg 3952865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 1 - 310
Target Start/End: Original strand, 4011708 - 4012017
Alignment:
Q  1 cccatagaaaacaggtattacaatctgtccatatttctctttgcactcaattattttcgcaagttcttctaaacaccaacgtgaagaaccatagtttttt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||| |    
T  4011708 cccatagaaaacaggtattacaatctgtccatatttctctttgcactcaattattttcgcaagttcttctaaacaccaatgtgaacaagcatagttttat 4011807  T
Q  101 gagaatatgatcaaagaaatgaatgatccttcaattgcttcaacaagtgaatgtgatatgtcatctcccctcttaagtttctcatcaacaaaggcattta 200  Q
    |||||||||| ||| ||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4011808 gagaatatgaccaatgaaatgggagatccttcaattgcttcaacaagtgaatgtgacatgtcatctcccctcttaagtttctcatcaacaaaggcattta 4011907  T
Q  201 tttgctttcgaggaaaagccttagccaaatggctaagaaagtcgtggcggatatccttgcccctaaagcttacaaaaacatcatactttggatggggagc 300  Q
    |||||||||||||||||||  || ||||||||| || |||  |||||||||| || |  || |||||||||||||||||||||| |||||  |||||||     
T  4011908 tttgctttcgaggaaaagcgataaccaaatggccaaaaaatccgtggcggatgtcttcacctctaaagcttacaaaaacatcatcctttgattggggaga 4012007  T
Q  301 attgtttgac 310  Q
    | ||||||||    
T  4012008 aatgtttgac 4012017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 1 - 317
Target Start/End: Original strand, 4003229 - 4003545
Alignment:
Q  1 cccatagaaaacaggtattacaatctgtccatatttctctttgcactcaattattttcgcaagttcttctaaacaccaacgtgaagaaccatagtttttt 100  Q
    |||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |    
T  4003229 cccatagaaaacaggtaaaacaatccgtccatatttctctttgcactcaattattttcacaagttcttctaaacaccaatgtgaagaagcatagttttct 4003328  T
Q  101 gagaatatgatcaaagaaatgaatgatccttcaattgcttcaacaagtgaatgtgatatgtcatctcccctcttaagtttctcatcaacaaaggcattta 200  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  4003329 gagaatatgaccaatgaaatgaatgatccttcaattgcttctacaagtgcatgtgatatatcatctcccctcttaagtttttcgtcaacaaaggcattta 4003428  T
Q  201 tttgctttcgaggaaaagccttagccaaatggctaagaaagtcgtggcggatatccttgcccctaaagcttacaaaaacatcatactttggatggggagc 300  Q
    |||| || ||||||||||| |||  |||||||| ||||||  |||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||    
T  4003429 tttgtttacgaggaaaagctttaatcaaatggccaagaaatccgtgacggatgtcctcgcccctaaagcttacaaaaacatcatactttaattggggagc 4003528  T
Q  301 attgtttgacattgcct 317  Q
    || ||||||||||||||    
T  4003529 atcgtttgacattgcct 4003545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 5 - 289
Target Start/End: Original strand, 3821497 - 3821781
Alignment:
Q  5 tagaaaacaggtattacaatctgtccatatttctctttgcactcaattattttcgcaagttcttctaaacaccaacgtgaagaaccatagttttttgaga 104  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| || |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  3821497 tagaaaataggtaatacaatctgtccatatttctctttgcactcgattattttcacaagctcatctaaacaccaatgtgaagaagcatagttttttgaga 3821596  T
Q  105 atatgatcaaagaaatgaatgatccttcaattgcttcaacaagtgaatgtgatatgtcatctcccctcttaagtttctcatcaacaaaggcatttatttg 204  Q
    |||||| ||| ||||||   ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||   |||||||||||||||||||||||    
T  3821597 atatgaccaatgaaatgggagatccttcaattgcttcaaaaagtgaatgtgatatgtcatctcccctcgtaagtgcgtcatcaacaaaggcatttatttg 3821696  T
Q  205 ctttcgaggaaaagccttagccaaatggctaagaaagtcgtggcggatatccttgcccctaaagcttacaaaaacatcatacttt 289  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3821697 ctttcgaggaaaagccttaaccaaatggctaagaaagctgtggcggatatcctcgcccctaaagcttacaaaaacatcatacttt 3821781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 5 - 313
Target Start/End: Original strand, 3811924 - 3812232
Alignment:
Q  5 tagaaaacaggtattacaatctgtccatatttctctttgcactcaattattttcgcaagttcttctaaacaccaacgtgaagaaccatagttttttgaga 104  Q
    ||||||| |||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||    
T  3811924 tagaaaataggtattacaaaatgtccatatgtctctttgcactcaattattttcacaagctcatctaaacaccaatgtgaagaagcatagttttctgaga 3812023  T
Q  105 atatgatcaaagaaatgaatgatccttcaattgcttcaacaagtgaatgtgatatgtcatctcccctcttaagtttctcatcaacaaaggcatttatttg 204  Q
    |||||| ||| ||||||   |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  3812024 atatgaccaatgaaatgggagatccttccattgcttctacaagtgaatgtgatatgtcatctcccctcttaagtttctcatcaagaaaggcatttatttg 3812123  T
Q  205 ctttcgaggaaaagccttagccaaatggctaagaaagtcgtggcggatatccttgcccctaaagcttacaaaaacatcatactttggatggggagcattg 304  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||   | |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||| ||||    
T  3812124 ctttcgagaaaaagcctcagccaaatggctaagaaagaacttgcggatgtcctcgcccctaaagcttacaaaaacatcatactttgattgaggagtattg 3812223  T
Q  305 tttgacatt 313  Q
    |||| ||||    
T  3812224 tttggcatt 3812232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 182; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 6 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 3916129 - 3915836
Alignment:
Q  6 agaaaacaggtattacaatctgtccatatttctctttgcactcaattattttcgcaagttcttctaaacaccaacgtgaagaaccatagttttttgagaa 105  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||| ||||| || ||||||||| ||||||    
T  3916129 agaaaacaggtattacaatttgtgcatatttctctttacactcaactattttcacaagttcttttaaacaccaatgtgaacaagcatagttttctgagaa 3916030  T
Q  106 tatgatcaaagaaatgaatgatccttcaattgcttcaacaagtgaatgtgatatgtcatctcccctcttaagtttctcatcaacaaaggcatttatttgc 205  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  3916029 tatgatcaatgaaatgaatgatccttcgattgcttcaccaagtgaatctgatatgtcatctcccctcttaagtttgtcatcaacaaaagcatttatttgc 3915930  T
Q  206 tttcgaggaaaagccttagccaaatggctaagaaagtcgtggcggatatccttgcccctaaagcttacaaaaacatcatactttggatggggag 299  Q
    ||| ||  |||||||||| ||||||||||||||||| ||   ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  3915929 ttttgacaaaaagccttaaccaaatggctaagaaagccgctacggatttccttgccactaaagcttacaaaaacatcatactttgaatgaggag 3915836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 155; E-Value: 3e-82
Query Start/End: Original strand, 5 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 3927124 - 3926830
Alignment:
Q  5 tagaaaacaggtattacaatctgtccatatttctctttgcactcaattattttcgcaagttcttctaaacaccaacgtgaagaaccatagttttttgaga 104  Q
    |||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||| || |||| |||| ||| |    
T  3927124 tagaaaacgggtattacaatttgtgcatatttctctttacactcaactattttcacaagttcttctaaacaccaatgtgaacaagcatatttttctgaaa 3927025  T
Q  105 atatgatcaaagaaatgaatgatccttcaattgcttcaacaagtgaatgtgatatgtcatctcccctcttaagtttctcatcaacaaaggcatttatttg 204  Q
    ||||||||||  ||||| |||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  3927024 atatgatcaacaaaatggatgatcctttgattgcttcaacaagtgaatctgatatgtcatctcccctgtgaagtttgtcatcaacaaaagcatttatttg 3926925  T
Q  205 ctttcgaggaaaagccttagccaaatggctaagaaagtcgtggcggatatccttgcccctaaagcttacaaaaacatcatactttggatggggag 299  Q
    |||| || ||||||||||| |||||||||||||||||  |   || || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  3926924 cttttgaagaaaagccttaaccaaatggctaagaaagctgctacgaatgtccttgccactaaagcttacaaaaacatcatactttgaatgaggag 3926830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 151; E-Value: 7e-80
Query Start/End: Original strand, 5 - 315
Target Start/End: Original strand, 4220735 - 4221045
Alignment:
Q  5 tagaaaacaggtattacaatctgtccatatttctctttgcactcaattattttcgcaagttcttctaaacaccaacgtgaagaaccatagttttttgaga 104  Q
    ||||||| |||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||  ||||    
T  4220735 tagaaaataggtattacaagttgtccatatttctctctgcactcaattatttttacaagttcttctaaacaccaatgtgaagaagcatagttttcagaga 4220834  T
Q  105 atatgatcaaagaaatgaatgatccttcaattgcttcaacaagtgaatgtgatatgtcatctcccctcttaagtttctcatcaacaaaggcatttatttg 204  Q
    |||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||| | ||||||||||  |||||||||    
T  4220835 atatgaccaatgaaatggatgatccttcaattgcttcaccaagtgaatgtgatatgtcatctcctttcttaagtttgtaatcaacaaagatatttatttg 4220934  T
Q  205 ctttcgaggaaaagccttagccaaatggctaagaaagtcgtggcggatatccttgcccctaaagcttacaaaaacatcatactttggatggggagcattg 304  Q
     ||||||  |||||||| |  ||| | || ||||||| ||| ||||| ||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||  |  |||| ||||    
T  4220935 ttttcgaataaaagcctcatacaatttgccaagaaagccgtcgcggacatcatttcccctaaagcttacaaaaacatcaaactttgatttaggagtattg 4221034  T
Q  305 tttgacattgc 315  Q
    |||||||||||    
T  4221035 tttgacattgc 4221045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 138; E-Value: 4e-72
Query Start/End: Original strand, 1 - 314
Target Start/End: Original strand, 3988118 - 3988431
Alignment:
Q  1 cccatagaaaacaggtattacaatctgtccatatttctctttgcactcaattattttcgcaagttcttctaaacaccaacgtgaagaaccatagtttttt 100  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||   | || ||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||  ||| ||||||    
T  3988118 cccatagaaaacaggtattataatctgtccacgatcctttttgcactcgattattttcacaagttcatctaaacaccaatgtgaagaagaataatttttt 3988217  T
Q  101 gagaatatgatcaaagaaatgaatgatccttcaattgcttcaacaagtgaatgtgatatgtcatctcccctcttaagtttctcatcaacaaaggcattta 200  Q
    |||||||||| ||| ||||| || || |||||||||||||||||||||||||||   || |||||||||||||||| | | |  || |||||| ||||||    
T  3988218 gagaatatgaccaatgaaattaacgagccttcaattgcttcaacaagtgaatgtttgatttcatctcccctcttaattatgttgtctacaaagacattta 3988317  T
Q  201 tttgctttcgaggaaaagccttagccaaatggctaagaaagtcgtggcggatatccttgcccctaaagcttacaaaaacatcatactttggatggggagc 300  Q
    ||| |||| || ||||||||||| ||||||||| ||||||| |||  ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||  ||||||||    
T  3988318 ttttcttttgacgaaaagccttaaccaaatggccaagaaagccgtctcggatgtccttgcccctaaagctcacaaaaacatcatattttgattggggagc 3988417  T
Q  301 attgtttgacattg 314  Q
     ||| |||||||||    
T  3988418 gttggttgacattg 3988431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 94; E-Value: 7e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 290
Target Start/End: Original strand, 4019505 - 4019794
Alignment:
Q  1 cccatagaaaacaggtattacaatctgtccatatttctctttgcactcaattattttcgcaagttcttctaaacaccaacgtgaagaaccatagtttttt 100  Q
    |||||| |||| |||||  ||||| ||||||||||||||| |||| | || |||| |  |||||||||| |||||||| ||||||||| |||||| || |    
T  4019505 cccataaaaaataggtacaacaatttgtccatatttctctctgcattgaagtattgtgacaagttcttccaaacaccagcgtgaagaagcatagtcttgt 4019604  T
Q  101 gagaatatgatcaaagaaatgaatgatccttcaattgcttcaacaagtgaatgtgatatgtcatctcccctcttaagtttctcatcaacaaaggcattta 200  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||   |||||||| |||  ||| ||||||||||||||||| |  |||||||||||||| ||||    
T  4019605 gagaatatgatcaaggaaattaatgatccttcaattcctctgacaagtgattgtagtatttcatctcccctcttaagctcatcatcaacaaaggctttta 4019704  T
Q  201 tttgctttcgaggaaaagccttagccaaatggctaagaaagtcgtggcggatatccttgcccctaaagcttacaaaaacatcatactttg 290  Q
    ||| ||||||| | ||||||| |  ||||||||||||||| ||   |||||| || || || | |||||| || ||||||||||| ||||    
T  4019705 ttttctttcgacgtaaagcctcaatcaaatggctaagaaaatccccgcggatgtcttttccacgaaagctaacgaaaacatcatattttg 4019794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 8 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 3962563 - 3962286
Alignment:
Q  8 aaaacaggtattacaatctgtccatatttctctttgcactcaattattttcgcaagttcttctaaacaccaacgtgaagaaccatagttttttgagaata 107  Q
    |||| |||||| || |||||||||||||||||| |||| | || | || |  ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||  | ||| ||||    
T  3962563 aaaataggtataacgatctgtccatatttctctctgcattgaagtgttgtaacaagttcttctaaacaccaacatgaagaagcatagtcgtgtgaaaata 3962464  T
Q  108 tgatcaaagaaatgaatgatccttcaattgcttcaacaagtgaatgtgatatgtcatctcccctcttaagtttctcatcaacaaaggcatttatttgctt 207  Q
    ||||||| ||||| || |||||||||||||||   |||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||| |||    
T  3962463 tgatcaaggaaattaacgatccttcaattgctctgacaagtgattgtggtatttcatctcccctcttaagtttatcatctacaaaggcttttattttctt 3962364  T
Q  208 tcgaggaaaagccttagccaaatggctaagaaagtcgtggcggatatccttgcccctaaagcttacaaaaacatcata 285  Q
    ||||  |||| ||| |  |||||| |||||||| |    |||||| || | ||| | |||||| ||||||||||||||    
T  3962363 tcgatcaaaatcctcaatcaaatgactaagaaaattcgcgcggatgtcttcgccgcgaaagctaacaaaaacatcata 3962286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 8 - 208
Target Start/End: Original strand, 3825755 - 3825955
Alignment:
Q  8 aaaacaggtattacaatctgtccatatttctctttgcactcaattattttcgcaagttcttctaaacaccaacgtgaagaaccatagttttttgagaata 107  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||| | |  |||| |  || |||||||||||||||||| ||||||| |||||| || ||||||||    
T  3825755 aaaacaggtataacaatttgtccatatttctctctgcattgacgtattgtgacatgttcttctaaacaccaacatgaagaagcatagtcttgtgagaata 3825854  T
Q  108 tgatcaaagaaatgaatgatccttcaattgcttcaacaagtgaatgtgatatgtcatctcccctcttaagtttctcatcaacaaaggcatttatttgctt 207  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||| || ||   |||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||| |||    
T  3825855 tgatcaaggaaattaatgatccttcatttcctcttacaagtgattgtggtatttcatctcccctcttaagttcatcatcaacaaaggcttttatttcctt 3825954  T
Q  208 t 208  Q
    |    
T  3825955 t 3825955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 82 - 210
Target Start/End: Original strand, 3792676 - 3792804
Alignment:
Q  82 tgaagaaccatagttttttgagaatatgatcaaagaaatgaatgatccttcaattgcttcaacaagtgaatgtgatatgtcatctcccctcttaagtttc 181  Q
    ||||||| |||||| || ||||||||||||||| ||||| |||||||||||| || ||   |||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||      
T  3792676 tgaagaagcatagtcttgtgagaatatgatcaaggaaattaatgatccttcatttcctcttacaagtgattgtggtatttcatctcccctcttaagttca 3792775  T
Q  182 tcatcaacaaaggcatttatttgctttcg 210  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  3792776 tcatcaacaaaggcttttatttcctttcg 3792804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 120 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 4318304 - 4318238
Alignment:
Q  120 tgaatgatccttcaattgcttcaacaagtgaatgtgatatgtcatctcccctcttaagtttctcatc 186  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||| || |||||    
T  4318304 tgaatgatcctttaattgcttcaacaaatgaatgtgatatttcatcccccctcttaagcttgtcatc 4318238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 1 - 94
Target Start/End: Original strand, 3805781 - 3805874
Alignment:
Q  1 cccatagaaaacaggtattacaatctgtccatatttctctttgcactcaattattttcgcaagttcttctaaacaccaacgtgaagaaccatag 94  Q
    |||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||| | |||| | || |||| |  ||||||| || |||||||||| ||||||| |||||    
T  3805781 cccataaaaaataggtataacaatctgtccatatttctttctgcattgaagtattgtgacaagttcgtccaaacaccaacatgaagaagcatag 3805874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 191; Significance: 1e-104; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 191; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 5 - 303
Target Start/End: Original strand, 13399074 - 13399372
Alignment:
Q  5 tagaaaacaggtattacaatctgtccatatttctctttgcactcaattattttcgcaagttcttctaaacaccaacgtgaagaaccatagttttttgaga 104  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  13399074 tagaaaacaggtattacaatttgtccatatttctctttgcactcaattattttcacaagttcttctaaacaccaacgtgaagaagcatagttttctgaga 13399173  T
Q  105 atatgatcaaagaaatgaatgatccttcaattgcttcaacaagtgaatgtgatatgtcatctcccctcttaagtttctcatcaacaaaggcatttatttg 204  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||    
T  13399174 atatgatcaatgaaataaatgatccttcgattgcttcaaaaagtgaatgtgatatgtcatttcccctcttaagtttgtcgtcaacaaagacatttatttg 13399273  T
Q  205 ctttcgaggaaaagccttagccaaatggctaagaaagtcgtggcggatatccttgcccctaaagcttacaaaaacatcatactttggatggggagcatt 303  Q
    |||| ||| ||||||||||  |||||||| ||||||| ||||| |||| ||||  ||||||||||||||||||||||| ||  |||  |||||||||||    
T  13399274 cttttgagaaaaagccttaaacaaatggccaagaaagccgtggtggatgtcctcacccctaaagcttacaaaaacatcgtatattgattggggagcatt 13399372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000003; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 82 - 168
Target Start/End: Original strand, 42862304 - 42862390
Alignment:
Q  82 tgaagaaccatagttttttgagaatatgatcaaagaaatgaatgatccttcaattgcttcaacaagtgaatgtgatatgtcatctcc 168  Q
    ||||||| |||||| ||| || ||||| |||||||| |||| |||||||||||| ||||  |||||||  | |||||| ||||||||    
T  42862304 tgaagaagcatagtctttggaaaatattatcaaagacatgagtgatccttcaatggctttgacaagtgcttttgatatttcatctcc 42862390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000001; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 71 - 164
Target Start/End: Original strand, 7069945 - 7070038
Alignment:
Q  71 aaacaccaacgtgaagaaccatagttttttgagaatatgatcaaagaaatgaatgatccttcaattgcttcaacaagtgaatgtgatatgtcat 164  Q
    |||||||||  ||||||| |||||||||  ||||||||||  || |||||  | |||  |||||||||||||| |||||| |||||||| ||||    
T  7069945 aaacaccaagatgaagaagcatagttttgagagaatatgactaatgaaattgaagatgtttcaattgcttcaaaaagtgactgtgatatttcat 7070038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 8 - 165
Target Start/End: Original strand, 7086948 - 7087105
Alignment:
Q  8 aaaacaggtattacaatctgtccatatttctctttgcactcaattattttcgcaagttcttctaaacaccaacgtgaagaaccatagttttttgagaata 107  Q
    |||||||| | || ||||||||||| ||||||| | |||||||  |||||  |||| || || ||||||||   ||||||| |||||||||  |||||||    
T  7086948 aaaacaggcaataaaatctgtccatctttctctctacactcaacaattttgacaagctcatccaaacaccattttgaagaagcatagttttgagagaata 7087047  T
Q  108 tgatcaaagaaatgaatgatccttcaattgcttcaacaagtgaatgtgatatgtcatc 165  Q
    |||  || |||||  | |||  |||||| ||||||| |||||| |||| ||| |||||    
T  7087048 tgactaatgaaattgaagatgtttcaatagcttcaaaaagtgattgtgctatttcatc 7087105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University