View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14267_high_54 (Length: 250)

Name: NF14267_high_54
Description: NF14267
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14267_high_54
NF14267_high_54
[»] chr6 (49 HSPs)
chr6 (16-250)||(27604025-27604260)
chr6 (18-250)||(27717820-27718053)
chr6 (16-250)||(27610441-27610676)
chr6 (16-250)||(28786864-28787099)
chr6 (16-249)||(28792985-28793219)
chr6 (16-250)||(28781727-28781962)
chr6 (16-250)||(27592342-27592577)
chr6 (28-250)||(27676941-27677164)
chr6 (19-238)||(27530634-27530854)
chr6 (16-249)||(27426934-27427168)
chr6 (28-242)||(27705733-27705948)
chr6 (16-242)||(26803072-26803299)
chr6 (49-242)||(27337424-27337617)
chr6 (49-242)||(27398164-27398357)
chr6 (16-242)||(27679576-27679803)
chr6 (49-242)||(26647139-26647332)
chr6 (49-242)||(26656625-26656818)
chr6 (49-242)||(26753107-26753300)
chr6 (49-242)||(26762596-26762789)
chr6 (51-242)||(26824481-26824672)
chr6 (16-242)||(27697915-27698142)
chr6 (49-239)||(25492651-25492841)
chr6 (49-242)||(26623931-26624124)
chr6 (49-242)||(26729908-26730101)
chr6 (49-239)||(25580382-25580572)
chr6 (49-239)||(26862240-26862430)
chr6 (27-242)||(31285196-31285412)
chr6 (49-205)||(26884730-26884886)
chr6 (49-239)||(25483719-25483909)
chr6 (49-239)||(26143528-26143718)
chr6 (49-239)||(25539203-25539393)
chr6 (114-250)||(27215177-27215313)
chr6 (49-239)||(26056582-26056772)
chr6 (49-239)||(26076552-26076742)
chr6 (149-242)||(28140295-28140388)
chr6 (148-239)||(25511651-25511742)
chr6 (91-218)||(29843340-29843467)
chr6 (157-240)||(26950511-26950594)
chr6 (150-203)||(26937790-26937843)
chr6 (157-241)||(28097773-28097857)
chr6 (144-218)||(29826741-29826815)
chr6 (169-240)||(25074647-25074718)
chr6 (169-240)||(26636426-26636497)
chr6 (169-240)||(26742392-26742463)
chr6 (142-205)||(26849465-26849528)
chr6 (142-239)||(26724321-26724418)
chr6 (148-205)||(26975710-26975767)
chr6 (157-218)||(28243563-28243624)
chr6 (104-184)||(29845851-29845931)
[»] scaffold0349 (1 HSPs)
scaffold0349 (18-250)||(2860-3093)
[»] scaffold0419 (1 HSPs)
scaffold0419 (16-250)||(8113-8348)
[»] scaffold0277 (2 HSPs)
scaffold0277 (16-250)||(12996-13231)
scaffold0277 (16-250)||(4033-4268)
[»] chr4 (7 HSPs)
chr4 (16-248)||(18678879-18679112)
chr4 (16-248)||(18698719-18698952)
chr4 (16-248)||(18723404-18723637)
chr4 (16-248)||(18730823-18731056)
chr4 (16-248)||(18654796-18655029)
chr4 (16-249)||(18074387-18074621)
chr4 (132-239)||(5090285-5090392)
[»] scaffold0003 (1 HSPs)
scaffold0003 (16-249)||(60195-60429)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (49-239)||(28163707-28163897)
chr1 (16-242)||(267669-267896)
chr1 (30-239)||(28127007-28127217)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (27-242)||(29273167-29273383)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (142-241)||(3280412-3280511)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (150-239)||(16691628-16691717)
[»] scaffold0038 (1 HSPs)
scaffold0038 (157-218)||(43725-43786)
[»] scaffold0237 (1 HSPs)
scaffold0237 (104-184)||(2056-2136)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 208; Significance: 1e-114; HSPs: 49)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 16 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 27604260 - 27604025
Alignment:
Q  16 atcagtcgtaagcccttacaagttgccaattatc-tgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaaagatctgatgatggag 114  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  27604260 atcagtcgtcagcccttacatgttgccaattatcctattggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatctcttcttgatgaaagatctgatgatggag 27604161  T
Q  115 tccacatggtaggactttatggtacttgaggattgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttt 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27604160 tccacatggtaggactttatggtactggaggattgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttt 27604061  T
Q  215 tcttgaaaatgtgagagagaattcagcttcaaataa 250  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27604060 tcttgaaaatgtgagagagaattcagcttcaaataa 27604025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 18 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 27718053 - 27717820
Alignment:
Q  18 cagtcgtaagcccttacaagttgccaattatc-tgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaaagatctgatgatggagtc 116  Q
    ||||||| | |||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27718053 cagtcgtcaacccttacatgttgccaattaccctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaaagatctgatgatggagtc 27717954  T
Q  117 cacatggtaggactttatggtacttgaggattgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttc 216  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27717953 cacatggtaggactttatggtactggaggattgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttc 27717854  T
Q  217 ttgaaaatgtgagagagaattcagcttcaaataa 250  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  27717853 ttgaaaatgtgagagagaattcaacttcaaataa 27717820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 196; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 16 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 27610676 - 27610441
Alignment:
Q  16 atcagtcgtaagcccttacaagttgccaattatc-tgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaaagatctgatgatggag 114  Q
    ||||||||| | |||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27610676 atcagtcgtcaacccttacatgttgccaattaccctgttggattgcagtctcaagtacaagaagtgaaatcgcttcttgatgaaagatctgatgatggag 27610577  T
Q  115 tccacatggtaggactttatggtacttgaggattgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttt 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27610576 tccacatggtaggactttatggtactggaggattgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttt 27610477  T
Q  215 tcttgaaaatgtgagagagaattcagcttcaaataa 250  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  27610476 tcttgaaaatgtgagagagaattcaacttcaaataa 27610441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 16 - 250
Target Start/End: Original strand, 28786864 - 28787099
Alignment:
Q  16 atcagtcgtaagcccttacaagttgccaattatc-tgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaaagatctgatgatggag 114  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  28786864 atcagtcgtcagcccttacatgttgccaattaccctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaaggatctgatgatggag 28786963  T
Q  115 tccacatggtaggactttatggtacttgaggattgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttt 214  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  28786964 tccgcatggtaggactttatggtactggaggcttgggtaaatcaacacttggaaaagcaatttataattttatttctgatcaatttgaatgctcatgttt 28787063  T
Q  215 tcttgaaaatgtgagagagaattcagcttcaaataa 250  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28787064 tcttgaaaatgtgagagagaattcagcttcaaataa 28787099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 16 - 249
Target Start/End: Original strand, 28792985 - 28793219
Alignment:
Q  16 atcagtcgtaagcccttacaagttgccaattatc-tgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaaagatctgatgatggag 114  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  28792985 atcagtcgtcagcccttacatgttgccaattaccctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaaggatctgatgatggag 28793084  T
Q  115 tccacatggtaggactttatggtacttgaggattgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttt 214  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  28793085 tccgcatggtaggactttatggtactggaggcttgggtaaatcaacacttggaaaagcaatttataattttatttctgatcaatttgaatgctcatgttt 28793184  T
Q  215 tcttgaaaatgtgagagagaattcagcttcaaata 249  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  28793185 tcttgaaaatgtgagagagagttcagcttcaaata 28793219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 16 - 250
Target Start/End: Original strand, 28781727 - 28781962
Alignment:
Q  16 atcagtcgtaagcccttacaagttgccaattatc-tgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaaagatctgatgatggag 114  Q
    ||||||||| ||| |||||| ||||||||||| | ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||| ||||||    
T  28781727 atcagtcgtcagcacttacatgttgccaattaccctgttggattacagtcccgagtacaacaagtgaaatcgcttcttggtgaaggatatgataatggag 28781826  T
Q  115 tccacatggtaggactttatggtacttgaggattgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttt 214  Q
    ||   ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  28781827 tcaggatggtaggactttatggtactggaggcttgggtaaatcaacacttgtaaaagcagtttataacttaattgctgatcaatttgaatgctcatgttt 28781926  T
Q  215 tcttgaaaatgtgagagagaattcagcttcaaataa 250  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28781927 tcttgaaaatgtgagagagaattcagcttcaaataa 28781962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 144; E-Value: 8e-76
Query Start/End: Original strand, 16 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 27592577 - 27592342
Alignment:
Q  16 atcagtcgtaagcccttacaagttgccaattatc-tgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaaagatctgatgatggag 114  Q
    ||||||||  |||||||| | ||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |    
T  27592577 atcagtcgacagcccttaaatgttgccacttaccctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaaggatctgatcatgggg 27592478  T
Q  115 tccacatggtaggactttatggtacttgaggattgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttt 214  Q
    |||| ||||| ||| ||||||| | | |||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27592477 tccatatggttggaatttatgggattggaggcttgggaaaatcaacacttgcgaaagcaatttataactttattgctgatcaatttgaatgctcatgttt 27592378  T
Q  215 tcttgaaaatgtgagagagaattcagcttcaaataa 250  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  27592377 tcttgaaaatgtgaaagagagttcagcttcaaataa 27592342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 144; E-Value: 8e-76
Query Start/End: Original strand, 28 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 27677164 - 27676941
Alignment:
Q  28 cccttacaagttgccaattatc-tgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaaagatctgatgatggagtccacatggtag 126  Q
    |||||||| ||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||| ||||| |    
T  27677164 cccttacatgttgccacttaccctgttggattgcagtctcgagtacaacaaatgaaatcgcttcttgatgaaggatctgatcatggggtccatatggttg 27677065  T
Q  127 gactttatggtacttgaggattgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgt 226  Q
    || ||||||| | | |||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27677064 gaatttatgggattggaggcttgggaaaatcaacacttgcgaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgt 27676965  T
Q  227 gagagagaattcagcttcaaataa 250  Q
    || ||||| |||||||||||||||    
T  27676964 gaaagagagttcagcttcaaataa 27676941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 19 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 27530854 - 27530634
Alignment:
Q  19 agtcgtaagcccttacaagttgccaattatc-tgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaaagatctgatgatggagtcc 117  Q
    |||||| |||||||| | |||||||| |||| ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||  || ||||||||||| |||||||||||  ||||    
T  27530854 agtcgtgagcccttagatgttgccaaatatcctgttggattacagtcccgagtacaacatgtgaaagggcatcttgatgaaaaatctgatgatgaggtcc 27530755  T
Q  118 acatggtaggactttatggtacttgaggattgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttct 217  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||   | |||||||||    
T  27530754 acatggtaggactttatggtactggaggcataggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaagttttatgttttct 27530655  T
Q  218 tgaaaatgtgagagagaattc 238  Q
     ||||||||||||| ||||||    
T  27530654 agaaaatgtgagagtgaattc 27530634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 16 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 27427168 - 27426934
Alignment:
Q  16 atcagtcgtaagcccttacaagttgccaattatc-tgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaaagatctgatgatggag 114  Q
    ||||||||  || ||||||| ||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||| |    
T  27427168 atcagtcgacagtccttacatgttgccacttaccctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgagggacctgatgatgggg 27427069  T
Q  115 tccacatggtaggactttatggtacttgaggattgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttt 214  Q
    |||| ||||| ||| ||||||| | | |||| |  ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||| | | ||||||    
T  27427068 tccatatggttggaatttatgggattggaggctcaggtaaatcaacacttgcaagagcaatctataattttgttgctgatcaatttgaaggtttatgttt 27426969  T
Q  215 tcttgaaaatgtgagagagaattcagcttcaaata 249  Q
    ||||||| | || ||||||||||||||||||||||    
T  27426968 tcttgaacaagtcagagagaattcagcttcaaata 27426934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 28 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 27705948 - 27705733
Alignment:
Q  28 cccttacaagttgccaattatc-tgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaaagatctgatgatggagtccacatggtag 126  Q
    |||||||| ||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  || |||||||||| ||||| ||||| |    
T  27705948 cccttacatgttgccacttaccctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcacttcttgatgagggacctgatgatggggtccatatggttg 27705849  T
Q  127 gactttatggtacttgaggattgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgt 226  Q
    || ||| ||| | | |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| | | |||||||||| |  ||||    
T  27705848 gaatttttggcattggaggcttgggtaaatcaacacttgcaagagcaatttataattttgttgctgatcaatttgaaggtttatgttttcttcatgatgt 27705749  T
Q  227 gagagagaattcagct 242  Q
    ||||||||||||||||    
T  27705748 gagagagaattcagct 27705733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 16 - 242
Target Start/End: Original strand, 26803072 - 26803299
Alignment:
Q  16 atcagtcgtaagcccttacaagttgccaattatc-tgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaaagatctgatgatggag 114  Q
    |||| |||| |||||||||| ||||| ||||| | |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||  || |||||||||| |    
T  26803072 atcaatcgtcagcccttacatgttgctaattaccctgttggattgcactctcgagtacaagaagtgaaatcgcttcttgatgagggacctgatgatgggg 26803171  T
Q  115 tccacatggtaggactttatggtacttgaggattgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttt 214  Q
    |||| ||||| ||| ||||||| | | |||| |||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||| | | ||||||    
T  26803172 tccatatggttggaatttatgggattggaggcttgggtaaatcagcacttgcaagagcaatctataattttgttgctgatcaatttgaaggtttatgttt 26803271  T
Q  215 tcttgaaaatgtgagagagaattcagct 242  Q
    |||| |  ||||||||||||||||||||    
T  26803272 tcttcatgatgtgagagagaattcagct 26803299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 49 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 27337617 - 27337424
Alignment:
Q  49 ctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaaagatctgatgatggagtccacatggtaggactttatggtacttgaggatt 148  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||   ||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||    
T  27337617 ctgttggattacagtcccgagtacaacaagtaaaattgcttcttgatgaggaatctgatgaaggggtcaacatggtaggactttatggtactagaggctt 27337518  T
Q  149 gggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagagagaattcagct 242  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |   ||| |||||| | ||||| |||||||||||||||    
T  27337517 gggaaaatcaacacttgcaaaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggagtatgctttcttcataatgttagagagaattcagct 27337424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 49 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 27398357 - 27398164
Alignment:
Q  49 ctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaaagatctgatgatggagtccacatggtaggactttatggtacttgaggatt 148  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||   ||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||    
T  27398357 ctgttggattacagtcccgagtacaacaagtaaaattgcttcttgatgaggaatctgatgaaggggtcaacatggtaggactttatggtactagaggctt 27398258  T
Q  149 gggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagagagaattcagct 242  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |   ||| |||||| | ||||| |||||||||||||||    
T  27398257 gggaaaatcaacacttgcaaaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggagtatgctttcttcataatgttagagagaattcagct 27398164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 16 - 242
Target Start/End: Original strand, 27679576 - 27679803
Alignment:
Q  16 atcagtcgtaagcccttacaagttgccaattatc-tgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaaagatctgatgatggag 114  Q
    ||||||||  |||||||||| ||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||| |    
T  27679576 atcagtcgacagcccttacatgttgccacttaccctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgagggatccgatgatgggg 27679675  T
Q  115 tccacatggtaggactttatggtacttgaggattgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttt 214  Q
    |||| ||||| ||| ||||||| | | |||| ||||| |||||||||||||||| |  ||| ||||||||| |||| |||||||| ||| | ||||||||    
T  27679676 tccatatggttggaatttatggcattggaggtttggggaaatcaacacttgcaagacaaatctataattttgttgcagatcaattcgaaggttcatgttt 27679775  T
Q  215 tcttgaaaatgtgagagagaattcagct 242  Q
    |||| |  ||||||||||||||||||||    
T  27679776 tcttcatgatgtgagagagaattcagct 27679803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 49 - 242
Target Start/End: Original strand, 26647139 - 26647332
Alignment:
Q  49 ctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaaagatctgatgatggagtccacatggtaggactttatggtacttgaggatt 148  Q
    ||||||||||  |||| ||| || |||||||||||| |||||||||| ||  ||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||    
T  26647139 ctgttggattagagtcccgattagaacaagtgaaattgcttcttgataaagaatctgatgaaggggtccatatggtaggactttatggtactggaggttt 26647238  T
Q  149 gggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagagagaattcagct 242  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |   ||| |||||| | ||||| |||||||||||||||    
T  26647239 gggtaaatcaacacttgccaaagcgatttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgctttcttcataatgtcagagagaattcagct 26647332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 49 - 242
Target Start/End: Original strand, 26656625 - 26656818
Alignment:
Q  49 ctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaaagatctgatgatggagtccacatggtaggactttatggtacttgaggatt 148  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |  ||||| | ||||  || | |||||||||||||||||||||| ||||  |    
T  26656625 ctgttggattagagtctcgagtacaacaagtgaaattgcttcttgataagggatctaaggatgaggttctcatggtaggactttatggtactggaggcat 26656724  T
Q  149 gggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagagagaattcagct 242  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |   |||||||||| | ||||| |||||||||||||||    
T  26656725 gggtaaatcaacacttgccaaagcaatttataattttgtcgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcacaatgtcagagagaattcagct 26656818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 49 - 242
Target Start/End: Original strand, 26753107 - 26753300
Alignment:
Q  49 ctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaaagatctgatgatggagtccacatggtaggactttatggtacttgaggatt 148  Q
    ||||||||||  |||| ||| || |||||||||||| |||||||||| ||  ||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||    
T  26753107 ctgttggattagagtcccgattagaacaagtgaaattgcttcttgataaagaatctgatgaaggggtccatatggtaggactttatggtactggaggttt 26753206  T
Q  149 gggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagagagaattcagct 242  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |   ||| |||||| | ||||| |||||||||||||||    
T  26753207 gggtaaatcaacacttgccaaagcgatttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgctttcttcataatgtcagagagaattcagct 26753300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 49 - 242
Target Start/End: Original strand, 26762596 - 26762789
Alignment:
Q  49 ctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaaagatctgatgatggagtccacatggtaggactttatggtacttgaggatt 148  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |  ||||| | ||||  || | |||||||||||||||||||||| ||||  |    
T  26762596 ctgttggattagagtctcgagtacaacaagtgaaattgcttcttgataagggatctaaggatgaggttctcatggtaggactttatggtactggaggcat 26762695  T
Q  149 gggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagagagaattcagct 242  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |   |||||||||| | ||||| |||||||||||||||    
T  26762696 gggtaaatcaacacttgccaaagcaatttataattttgtcgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcacaatgtcagagagaattcagct 26762789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 51 - 242
Target Start/End: Original strand, 26824481 - 26824672
Alignment:
Q  51 gttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaaagatctgatgatggagtccacatggtaggactttatggtacttgaggattgg 150  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |   |||||||||||  ||||| |||||||||||||| |||| | |||| || |    
T  26824481 gttggattacagtcccgagtacaacaagtgaaatctcttcttgataacgaatctgatgatgtggtccatatggtaggactttacggtattggaggtttag 26824580  T
Q  151 gtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagagagaattcagct 242  Q
    |||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||| ||||||||   |  ||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  26824581 gtaaatcaacacttgcaaaagcaacttttaattctattgctgataaatttgaagttttttgttttcttgagaacgtgagagagaattcagct 26824672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 16 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 27698142 - 27697915
Alignment:
Q  16 atcagtcgtaagcccttacaagttgccaattatc-tgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaaagatctgatgatggag 114  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||||||||| | ||||||||| ||||||| |||||||  |||||||||  |||||||| |  ||||||||||||| |    
T  27698142 atcagtcgtcagcccttacatgttgccaattaccctgttggattacagtctcaagtacaaagagtgaaatcaattcttgataatggatctgatgatgggg 27698043  T
Q  115 tccacatggtaggactttatggtacttgaggattgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttt 214  Q
    |||| ||||| ||| ||| ||| | | |||| ||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||  ||||||||||||||||| | | ||||||    
T  27698042 tccatatggttggaatttttgggattggaggcttgggaaaatcaacacttgcaagagcaatctataatttggttgctgatcaatttgaaggtttatgttt 27697943  T
Q  215 tcttgaaaatgtgagagagaattcagct 242  Q
    |||| | |||||||||  ||||||||||    
T  27697942 tcttcataatgtgagaatgaattcagct 27697915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 87; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 49 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 25492841 - 25492651
Alignment:
Q  49 ctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaaagatctgatgatggagtccacatggtaggactttatggtacttgaggatt 148  Q
    |||||||||| || || ||||||||||| ||||||| |||||| |||||   |||||| ||||   |||||||||||||||||||||||||| |||| ||    
T  25492841 ctgttggattacaatcccgagtacaacacgtgaaattgcttctagatgaggtatctgaggatgagttccacatggtaggactttatggtactggaggctt 25492742  T
Q  149 gggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagagagaattca 239  Q
     ||||||||||||||||||||| |||| ||||| || |||||||||||||||||| | | ||||||||| | | |||||||||||||||||    
T  25492741 aggtaaatcaacacttgcaaaatcaatctataacttcattgctgatcaatttgaaggtttatgttttctaggagatgtgagagagaattca 25492651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 49 - 242
Target Start/End: Original strand, 26623931 - 26624124
Alignment:
Q  49 ctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaaagatctgatgatggagtccacatggtaggactttatggtacttgaggatt 148  Q
    |||||||||| ||||||| | |||||||||||||||| ||||||||| |  ||||||||||||| ||||| ||||| ||| | ||||| | | |||| ||    
T  26623931 ctgttggattacagtctcaactacaacaagtgaaatcacttcttgataatggatctgatgatggggtccatatggttggaatgtatgggattggaggctt 26624030  T
Q  149 gggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagagagaattcagct 242  Q
    ||| |||||||||||||||| |||||| ||||| ||| ||||||||||||||||| | | |||||||||| |  ||||||||||||||||||||    
T  26624031 gggcaaatcaacacttgcaagagcaatctataactttgttgctgatcaatttgaaggtttatgttttcttcatgatgtgagagagaattcagct 26624124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 49 - 242
Target Start/End: Original strand, 26729908 - 26730101
Alignment:
Q  49 ctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaaagatctgatgatggagtccacatggtaggactttatggtacttgaggatt 148  Q
    |||||||||| ||||||| | |||||||||||||||| ||||||||| |  ||||||||||||| ||||| ||||| ||| | ||||| | | |||| ||    
T  26729908 ctgttggattacagtctcaactacaacaagtgaaatcacttcttgataatggatctgatgatggggtccatatggttggaatgtatgggattggaggctt 26730007  T
Q  149 gggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagagagaattcagct 242  Q
    ||| |||||||||||||||| |||||| ||||| ||| ||||||||||||||||| | | |||||||||| |  ||||||||||||||||||||    
T  26730008 gggcaaatcaacacttgcaagagcaatctataactttgttgctgatcaatttgaaggtttatgttttcttcatgatgtgagagagaattcagct 26730101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 49 - 239
Target Start/End: Original strand, 25580382 - 25580572
Alignment:
Q  49 ctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaaagatctgatgatggagtccacatggtaggactttatggtacttgaggatt 148  Q
    |||||||||| ||||| ||| || |||||||||||| |||||||||     | ||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||  |    
T  25580382 ctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgtggtccacatggtaggactttatggtactggaggcat 25580481  T
Q  149 gggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagagagaattca 239  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |   |||||||||| | ||||| ||||||| ||||    
T  25580482 gggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagatttca 25580572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 49 - 239
Target Start/End: Original strand, 26862240 - 26862430
Alignment:
Q  49 ctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaaagatctgatgatggagtccacatggtaggactttatggtacttgaggatt 148  Q
    ||||||||||  |||| |||||| |||||||||||| ||||||||||     ||||||||| || || |||||||||||||||||||||||| ||||  |    
T  26862240 ctgttggattaaagtcccgagtagaacaagtgaaattgcttcttgatatggaatctgatgaaggggtacacatggtaggactttatggtactggaggcat 26862339  T
Q  149 gggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagagagaattca 239  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |   |||||||||| | || || ||||||||||||    
T  26862340 ggggaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttgttgccgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataaagttagagagaattca 26862430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #27
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 27 - 242
Target Start/End: Original strand, 31285196 - 31285412
Alignment:
Q  27 gcccttacaagttgccaattatc-tgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaaagatctgatgatggagtccacatggta 125  Q
    ||||||||| ||||||||||| | |||||||||  ||| |||| ||||||||||||||| |||||||||| |   | || || | || || |||||||||    
T  31285196 gcccttacatgttgccaattaccctgttggatttaagtttcgaatacaacaagtgaaattgcttcttgataaggaaactaataaaggggtacacatggta 31285295  T
Q  126 ggactttatggtacttgaggattgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatg 225  Q
    ||||||||||| |   |||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||  | | |||||||||| |  |||    
T  31285296 ggactttatgggataggaggcttgggtaaatcaacacttgcaagagcaatctataattttattggtgatcaatttgacggattatgttttcttcatgatg 31285395  T
Q  226 tgagagagaattcagct 242  Q
    |||||||||||||||||    
T  31285396 tgagagagaattcagct 31285412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #28
Raw Score: 77; E-Value: 8e-36
Query Start/End: Original strand, 49 - 205
Target Start/End: Original strand, 26884730 - 26884886
Alignment:
Q  49 ctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaaagatctgatgatggagtccacatggtaggactttatggtacttgaggatt 148  Q
    |||||||||| ||||  |||||||||||| | |||| |||||||||| |   |||| | || || || |||||||||||| ||||||||||| |||| ||    
T  26884730 ctgttggattacagtaccgagtacaacaattaaaattgcttcttgataaggaatctaacgaaggggtacacatggtaggaatttatggtactggaggctt 26884829  T
Q  149 gggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatg 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  26884830 gggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattatgttgctgatcaatttgaatg 26884886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #29
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 49 - 239
Target Start/End: Original strand, 25483719 - 25483909
Alignment:
Q  49 ctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaaagatctgatgatggagtccacatggtaggactttatggtacttgaggatt 148  Q
    |||||||||| ||||| ||| || |||||||||||| |||||||||     | ||||| ||||  |||| |||||||||||||| ||||||| ||||  |    
T  25483719 ctgttggattacagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttttggtactggaggcat 25483818  T
Q  149 gggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagagagaattca 239  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||| |   |||||||||| | ||||| ||||||||||||    
T  25483819 gggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttttaattttcttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 25483909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #30
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 49 - 239
Target Start/End: Original strand, 26143528 - 26143718
Alignment:
Q  49 ctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaaagatctgatgatggagtccacatggtaggactttatggtacttgaggatt 148  Q
    |||||||||| ||||| ||| || || ||||||||| |||||||||     | ||||| ||||  |||| |||||||||||||| ||||||| ||||  |    
T  26143528 ctgttggattacagtcccgaatagaagaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttttggtactggaggcat 26143627  T
Q  149 gggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagagagaattca 239  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |   |||||||||| | ||||| ||||||||||||    
T  26143628 gggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttataattttgttgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 26143718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #31
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 49 - 239
Target Start/End: Original strand, 25539203 - 25539393
Alignment:
Q  49 ctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaaagatctgatgatggagtccacatggtaggactttatggtacttgaggatt 148  Q
    |||||||||| ||||| | | || |||||||||||| |||||||||     | ||||| ||||  |||| |||||||||||||||||||||| ||||  |    
T  25539203 ctgttggattacagtccccaatagaacaagtgaaattgcttcttgacttgggctctgaggatgaggtccgcatggtaggactttatggtactggaggcat 25539302  T
Q  149 gggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagagagaattca 239  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||     |||||||||| | ||||| ||||||||||||    
T  25539303 gggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttttaattttgttgctgatcaatttgaagttgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 25539393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #32
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 114 - 250
Target Start/End: Original strand, 27215177 - 27215313
Alignment:
Q  114 gtccacatggtaggactttatggtacttgaggattgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgtt 213  Q
    |||||||||||||||||| ||||  || ||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||| | |||| ||    
T  27215177 gtccacatggtaggacttcatggagctggaggcatgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttttaatttcattgctgatcagtttgaaggttcatatt 27215276  T
Q  214 ttcttgaaaatgtgagagagaattcagcttcaaataa 250  Q
    |||| ||| |||||| |||||||||| ||| ||||||    
T  27215277 ttctagaagatgtgaaagagaattcaactttaaataa 27215313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #33
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 49 - 239
Target Start/End: Original strand, 26056582 - 26056772
Alignment:
Q  49 ctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaaagatctgatgatggagtccacatggtaggactttatggtacttgaggatt 148  Q
    |||||||||||||||| ||| || |||||||||||| |||||||||     | |||||  |||  |||| |||||||||| ||| ||||||  ||||  |    
T  26056582 ctgttggattgcagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgagaatgaggtccgcatggtaggaatttttggtaccggaggcat 26056681  T
Q  149 gggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagagagaattca 239  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||| |   |||||||||| | ||||| ||||||||||||    
T  26056682 gggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttttaattctattgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 26056772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #34
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 49 - 239
Target Start/End: Original strand, 26076552 - 26076742
Alignment:
Q  49 ctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaaagatctgatgatggagtccacatggtaggactttatggtacttgaggatt 148  Q
    |||||||||||||||| ||| || |||||||||||| |||||||||     | |||||  |||  |||| |||||||||| ||| ||||||  ||||  |    
T  26076552 ctgttggattgcagtcccgaatagaacaagtgaaattgcttcttgacatgggctctgagaatgaggtccgcatggtaggaatttttggtaccggaggcat 26076651  T
Q  149 gggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagagagaattca 239  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||| |   |||||||||| | ||||| ||||||||||||    
T  26076652 gggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttttaattctattgctgatcaatttgaaggtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 26076742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #35
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 149 - 242
Target Start/End: Original strand, 28140295 - 28140388
Alignment:
Q  149 gggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagagagaattcagct 242  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |  ||||||||| | ||||||||||| | |||||||    
T  28140295 gggtaaaacaacacttgcacaagcaatttataattttattgccgatcaatttgaatgtttgtgttttcttcataatgtgagagaaatttcagct 28140388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #36
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 148 - 239
Target Start/End: Original strand, 25511651 - 25511742
Alignment:
Q  148 tgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagagagaattca 239  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||| |   |||||||||| | ||||| ||||||||||||    
T  25511651 tgggtaaatcaacacttgcaaaagcagtttttaattctattgctgatcaatttgaaagtgtatgttttcttcataatgtcagagagaattca 25511742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #37
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 91 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 29843467 - 29843340
Alignment:
Q  91 ttgatgaaagatctgatgatggagtccacatggtaggactttatggtacttgaggattgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgc 190  Q
    |||||| || || ||||||| ||||||| ||||| ||  ||||||| | | | |||||||||||| ||||||||||   ||||||||||||||| |||||    
T  29843467 ttgatgcaaaatttgatgatcgagtccagatggtggggatttatggaattggtggattgggtaaaacaacacttgctcgagcaatttataatttgattgc 29843368  T
Q  191 tgatcaatttgaatgctcatgttttctt 218  Q
    |||| |||||||||| |  |||||||||    
T  29843367 tgataaatttgaatgtttgtgttttctt 29843340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #38
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 157 - 240
Target Start/End: Original strand, 26950511 - 26950594
Alignment:
Q  157 caacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagagagaattcag 240  Q
    ||||||||||  ||||| ||||||| || |||||| ||||||||||||||  |||||||||| | ||||||||||| |||||||    
T  26950511 caacacttgctcaagcagtttataacttgattgctaatcaatttgaatgcaaatgttttcttcacaatgtgagagaaaattcag 26950594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #39
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 150 - 203
Target Start/End: Original strand, 26937790 - 26937843
Alignment:
Q  150 ggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaa 203  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  26937790 ggtaaatcaacacttgcacgagcaatttataatttgattggtgatcaatttgaa 26937843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #40
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 157 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 28097857 - 28097773
Alignment:
Q  157 caacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagagagaattcagc 241  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||| ||||||| ||||||||||||    ||||| ||| | ||||||||||| ||||||||    
T  28097857 caacacttgcaaaagcggtttataatttcattgctggtcaatttgaatgtgtctgtttccttcacaatgtgagagaaaattcagc 28097773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #41
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 144 - 218
Target Start/End: Original strand, 29826741 - 29826815
Alignment:
Q  144 ggattgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttctt 218  Q
    |||||||||||| ||||||||||   ||||||||||||| | |||| |||| ||||||||||||  |||||||||    
T  29826741 ggattgggtaaaacaacacttgctcgagcaatttataatatgattggtgataaatttgaatgcttgtgttttctt 29826815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #42
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 169 - 240
Target Start/End: Original strand, 25074647 - 25074718
Alignment:
Q  169 aagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagagagaattcag 240  Q
    |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||    ||||| ||| | ||||||||||| |||||||    
T  25074647 aagcaatttataatttgattgctaatcaatttgaatgtaagtgtttccttcacaatgtgagagaaaattcag 25074718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #43
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 169 - 240
Target Start/End: Original strand, 26636426 - 26636497
Alignment:
Q  169 aagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagagagaattcag 240  Q
    |||||||||||||||| ||| || ||||||||||||| |  ||||| ||| | ||||||||||| |||||||    
T  26636426 aagcaatttataatttgatttctaatcaatttgaatgtttgtgtttccttcacaatgtgagagaaaattcag 26636497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #44
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 169 - 240
Target Start/End: Original strand, 26742392 - 26742463
Alignment:
Q  169 aagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagagagaattcag 240  Q
    |||||||||||||||| ||| || ||||||||||||| |  ||||| ||| | ||||||||||| |||||||    
T  26742392 aagcaatttataatttgatttctaatcaatttgaatgtttgtgtttccttcacaatgtgagagaaaattcag 26742463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #45
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 142 - 205
Target Start/End: Original strand, 26849465 - 26849528
Alignment:
Q  142 gaggattgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatg 205  Q
    ||||| |||| ||| ||||||||||  ||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  26849465 gaggaatgggaaaaacaacacttgctcaagcagtttataattcgattgctgatcaatttgaatg 26849528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #46
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 142 - 239
Target Start/End: Original strand, 26724321 - 26724418
Alignment:
Q  142 gaggattgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagagagaattca 239  Q
    |||||||||||||| | |||||| |   |||| ||||| |||| |||||||||||||||||| | |  ||||| ||| | ||||||||||| ||||||    
T  26724321 gaggattgggtaaaacgacacttactcgagcagtttatgatttgattgctgatcaatttgaagggttgtgtttccttcacaatgtgagagaaaattca 26724418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #47
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 148 - 205
Target Start/End: Original strand, 26975710 - 26975767
Alignment:
Q  148 tgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatg 205  Q
    |||||||  ||||||||||  ||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  26975710 tgggtaagacaacacttgctcaagcagtttataatttgattgctaatcaatttgaatg 26975767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #48
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 157 - 218
Target Start/End: Original strand, 28243563 - 28243624
Alignment:
Q  157 caacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttctt 218  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||  || |||||||||||||| || | ||||||||||    
T  28243563 caacacttgcaagagcagtttataattccatagctgatcaatttgattgtttatgttttctt 28243624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #49
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 104 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 29845931 - 29845851
Alignment:
Q  104 tgatgatggagtccacatggtaggactttatggtacttgaggattgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattt 184  Q
    ||||||| ||||||| ||||| ||  ||||||| | | | |||||||||||| ||||||||||   |||||||||||||||    
T  29845931 tgatgatcgagtccagatggtggggatttatggaattggtggattgggtaaaacaacacttgctcgagcaatttataattt 29845851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0349 (Bit Score: 198; Significance: 1e-108; HSPs: 1)
Name: scaffold0349
Description:

Target: scaffold0349; HSP #1
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 18 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 3093 - 2860
Alignment:
Q  18 cagtcgtaagcccttacaagttgccaattatc-tgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaaagatctgatgatggagtc 116  Q
    ||||||| | |||||||| ||||||||||| | ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3093 cagtcgtcaacccttacatgttgccaattaccctgttggaatgaagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaaagatctgatgatggagtc 2994  T
Q  117 cacatggtaggactttatggtacttgaggattgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttc 216  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2993 cacatggtaggactttatggtactggaggattgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttc 2894  T
Q  217 ttgaaaatgtgagagagaattcagcttcaaataa 250  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2893 ttgaaaatgtgagagagaattcagcttcaaataa 2860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0419 (Bit Score: 188; Significance: 1e-102; HSPs: 1)
Name: scaffold0419
Description:

Target: scaffold0419; HSP #1
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 16 - 250
Target Start/End: Original strand, 8113 - 8348
Alignment:
Q  16 atcagtcgtaagcccttacaagttgccaattatc-tgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaaagatctgatgatggag 114  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  8113 atcagtcgtcagcccttacatgttgccaattaccctgttggattacagtctcgagtacaacatgtgaaatcgcttcttgatgaaggatctgatgatggag 8212  T
Q  115 tccacatggtaggactttatggtacttgaggattgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttt 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  8213 tccacatggtaggactttatggtactggaggcttgggtaaatcaacacttggaaaagcaatttataattttatttctgatcaatttgaatgctcatgttt 8312  T
Q  215 tcttgaaaatgtgagagagaattcagcttcaaataa 250  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8313 tcttgaaaatgtgagagagaattcagcttcaaataa 8348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0277 (Bit Score: 188; Significance: 1e-102; HSPs: 2)
Name: scaffold0277
Description:

Target: scaffold0277; HSP #1
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 16 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 13231 - 12996
Alignment:
Q  16 atcagtcgtaagcccttacaagttgccaattatc-tgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaaagatctgatgatggag 114  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  13231 atcagtcgtcagcccttacatgttgccaattaccctgttggattacagtctcgagtacaacatgtgaaatcgcttcttgatgaaggatctgatgatggag 13132  T
Q  115 tccacatggtaggactttatggtacttgaggattgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttt 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  13131 tccacatggtaggactttatggtactggaggcttgggtaaatcaacacttggaaaagcaatttataattttatttctgatcaatttgaatgctcatgttt 13032  T
Q  215 tcttgaaaatgtgagagagaattcagcttcaaataa 250  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13031 tcttgaaaatgtgagagagaattcagcttcaaataa 12996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0277; HSP #2
Raw Score: 176; E-Value: 6e-95
Query Start/End: Original strand, 16 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 4268 - 4033
Alignment:
Q  16 atcagtcgtaagcccttacaagttgccaattatc-tgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaaagatctgatgatggag 114  Q
    ||||||| | |||||||||| ||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  4268 atcagtcatcagcccttacatgttgccaattaccctgttggattacagtctcgagtacaacatgtgaaatcgcttcttgatgaaggatctgatcatggag 4169  T
Q  115 tccacatggtaggactttatggtacttgaggattgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttt 214  Q
     ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  4168 cccacatggtaggactttatggtactggaggcttgggtaaatcaacacttggaaaagcaatttataattttattgctgatgaatttgaatgctcatgttt 4069  T
Q  215 tcttgaaaatgtgagagagaattcagcttcaaataa 250  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4068 tcttgaaaatgtgagagagaattcagcttcaaataa 4033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 174; Significance: 1e-93; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 174; E-Value: 1e-93
Query Start/End: Original strand, 16 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 18679112 - 18678879
Alignment:
Q  16 atcagtcgtaagcccttacaagttgccaattatc-tgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaaagatctgatgatggag 114  Q
    ||||||||  |||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  18679112 atcagtcggcagcccttacatgttgccaattaccctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaatgatcttatgatggag 18679013  T
Q  115 tccacatggtaggactttatggtacttgaggattgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttt 214  Q
    ||| |||||||||||||||||| | | ||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18679012 tccgcatggtaggactttatggcattggaggcatgggtaaattaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttt 18678913  T
Q  215 tcttgaaaatgtgagagagaattcagcttcaaat 248  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18678912 tcttgaaaatgtgagagagaattcagcttcaaat 18678879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 170; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 16 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 18698952 - 18698719
Alignment:
Q  16 atcagtcgtaagcccttacaagttgccaattatc-tgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaaagatctgatgatggag 114  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||    
T  18698952 atcagtcgtcagcccttacatgttgccaattaccctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaagcgcttcttgataaaggatctgatgatggag 18698853  T
Q  115 tccacatggtaggactttatggtacttgaggattgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttt 214  Q
    ||| |||| ||||||||||||| | | ||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18698852 tccgcatgttaggactttatggcattggaggcatgggtaaatcaacacttgcgaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttt 18698753  T
Q  215 tcttgaaaatgtgagagagaattcagcttcaaat 248  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18698752 tcttgaaaatgtgagagagaattcagcttcaaat 18698719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 154; E-Value: 9e-82
Query Start/End: Original strand, 16 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 18723637 - 18723404
Alignment:
Q  16 atcagtcgtaagcccttacaagttgccaattatc-tgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaaagatctgatgatggag 114  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||||| ||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||| |||||    
T  18723637 atcagtcgtcagcccttacatgttgccacttaccctgttgggttgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgataaaggatctaatggtggag 18723538  T
Q  115 tccacatggtaggactttatggtacttgaggattgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttt 214  Q
    ||| |||| ||||||||||||||| | ||||  |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18723537 tccgcatgataggactttatggtattggaggcatgggaaaatcaacacttgcaaaaggaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttt 18723438  T
Q  215 tcttgaaaatgtgagagagaattcagcttcaaat 248  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  18723437 tcttgaaaacgtgagagagaattcagcttcaaat 18723404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 154; E-Value: 9e-82
Query Start/End: Original strand, 16 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 18731056 - 18730823
Alignment:
Q  16 atcagtcgtaagcccttacaagttgccaattatc-tgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaaagatctgatgatggag 114  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||||| ||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||| |||||    
T  18731056 atcagtcgtcagcccttacatgttgccatttaccctgttgggttgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgataaaggatcttatggtggag 18730957  T
Q  115 tccacatggtaggactttatggtacttgaggattgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttt 214  Q
    ||| |||| ||||||||||||||| | ||||  |||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18730956 tccgcatgataggactttatggtattggaggcatgggaaaatcaacacttgctaaagtaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttt 18730857  T
Q  215 tcttgaaaatgtgagagagaattcagcttcaaat 248  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18730856 tcttgaaaatgtgagagagaattcagcttcaaat 18730823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 16 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 18655029 - 18654796
Alignment:
Q  16 atcagtcgtaagcccttacaagttgccaattatc-tgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaaagatctgatgatggag 114  Q
    ||||||||| |||||||||| | ||||| ||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||    
T  18655029 atcagtcgtcagcccttacatgctgccagttaccctgttgggttgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgataaaggatctgatggtggag 18654930  T
Q  115 tccacatggtaggactttatggtacttgaggattgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttt 214  Q
    ||| |||| ||||||||||||||| | ||||  |||| |||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18654929 tccgcatgataggactttatggtattggaggcatgggaaaatcaacacttgcaaaatcaattaataattgtattgctgatcaatttgaatgctcatgttt 18654830  T
Q  215 tcttgaaaatgtgagagagaattcagcttcaaat 248  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  18654829 tcttgaaaatgtgagagaaaattcatcttcaaat 18654796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 16 - 249
Target Start/End: Original strand, 18074387 - 18074621
Alignment:
Q  16 atcagtcgtaagcccttacaagttgccaattatc-tgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaaagatctgatgatggag 114  Q
    ||||||||  || ||||||| ||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||| |    
T  18074387 atcagtcgacagtccttacatgttgccacttaccctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgagggacctgatgatgggg 18074486  T
Q  115 tccacatggtaggactttatggtacttgaggattgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttt 214  Q
    |||| ||||| ||| ||||||| | | |||| |  ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||| | | ||||||    
T  18074487 tccatatggttggaatttatgggattggaggctcaggtaaatcaacacttgcaagagcaatctataattttgttgctgatcaatttgaaggtttatgttt 18074586  T
Q  215 tcttgaaaatgtgagagagaattcagcttcaaata 249  Q
    ||||||| | || ||||||||||||||||||||||    
T  18074587 tcttgaacaagtcagagagaattcagcttcaaata 18074621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 132 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 5090392 - 5090285
Alignment:
Q  132 tatggtacttgaggattgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagag 231  Q
    ||||| ||| ||||| |||||||| | ||||||| |||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||    |||||||||   ||||||||||    
T  5090392 tatgggactggaggaatgggtaaaaccacacttggaaaagcaatttacaatttcattgctcatcaatttgaatgtctttgttttcttcccaatgtgagag 5090293  T
Q  232 agaattca 239  Q
    | ||||||    
T  5090292 aaaattca 5090285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003 (Bit Score: 115; Significance: 2e-58; HSPs: 1)
Name: scaffold0003
Description:

Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 16 - 249
Target Start/End: Original strand, 60195 - 60429
Alignment:
Q  16 atcagtcgtaagcccttacaagttgccaattatc-tgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaaagatctgatgatggag 114  Q
    ||||||||  || ||||||| ||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||| |    
T  60195 atcagtcgacagtccttacatgttgccacttaccctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgagggacctgatgatgggg 60294  T
Q  115 tccacatggtaggactttatggtacttgaggattgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttt 214  Q
    |||| ||||| ||| ||||||| | | |||| |  ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||| | | ||||||    
T  60295 tccatatggttggaatttatgggattggaggctcaggtaaatcaacacttgcaagagcaatctataattttgttgctgatcaatttgaaggtttatgttt 60394  T
Q  215 tcttgaaaatgtgagagagaattcagcttcaaata 249  Q
    ||||||| | || ||||||||||||||||||||||    
T  60395 tcttgaacaagtcagagagaattcagcttcaaata 60429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 111; Significance: 4e-56; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 49 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 28163897 - 28163707
Alignment:
Q  49 ctgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaaagatctgatgatggagtccacatggtaggactttatggtacttgaggatt 148  Q
    |||||||||| || |||| ||||||||||||||||| |||||| ||| |  ||| ||||||||  |||||||||||||||||||||| |||| |||| ||    
T  28163897 ctgttggattacaatctcaagtacaacaagtgaaattgcttctcgataagggatatgatgatgaggtccacatggtaggactttatgatactggaggctt 28163798  T
Q  149 gggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagagagaattca 239  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | | ||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  28163797 gggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggtttatgttttctagaagatgtgagagagaattca 28163707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 16 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 267896 - 267669
Alignment:
Q  16 atcagtcgtaagcccttacaagttgccaattatc-tgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaaagatctgatgatggag 114  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||||||||| | |||||||||   ||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |  ||||||||||||| |    
T  267896 atcagtcgtgagcccttacatgttgccaattaccctgttggattatggtctcaagtacaacaagtgaaattgcttcttgataatggatctgatgatgggg 267797  T
Q  115 tccacatggtaggactttatggtacttgaggattgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttt 214  Q
    |||| ||||| ||| ||||||| | | |||| |||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||    
T  267796 tccatatggttggaatttatgggattggaggcttgggtaaatcaacccttgcaagagcaatctataattttattgctgatcaatttgaaggattatgttt 267697  T
Q  215 tcttgaaaatgtgagagagaattcagct 242  Q
    |||| |  |||||||||| |||||||||    
T  267696 tcttcatgatgtgagagaaaattcagct 267669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 99; E-Value: 6e-49
Query Start/End: Original strand, 30 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 28127217 - 28127007
Alignment:
Q  30 cttacaagttgccaattatc-tgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaaagatctgatgatggagtccacatggtagga 128  Q
    |||||| |||||||| |||| ||||||||| |||   | ||||||||||||||| | |||||| ||| |  ||| ||||||||  |||||||||||||||    
T  28127217 cttacatgttgccaaatatcctgttggattacaggaccaagtacaacaagtgaatttgcttctcgataagggatatgatgatgaggtccacatggtagga 28127118  T
Q  129 ctttatggtacttgaggattgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtga 228  Q
    |||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | | ||||||||| ||| ||||||    
T  28127117 ctttatggtattggaggcttgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataatttcattgctgatcaatttgaaggtttatgttttctagaagatgtga 28127018  T
Q  229 gagagaattca 239  Q
    |||||| ||||    
T  28127017 gagagatttca 28127007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 89; Significance: 5e-43; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 27 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 29273383 - 29273167
Alignment:
Q  27 gcccttacaagttgccaattatc-tgttggattgcagtctcgagtacaacaagtgaaatcgcttcttgatgaaagatctgatgatggagtccacatggta 125  Q
    ||||||||| |||||||| || | ||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |  |||||||||||||  |||| |||||     
T  29273383 gcccttacatgttgccaaataccctgttggattacagtctcaagtacaacaagtcaaatcgcttcttgataatggatctgatgatgggatccatatggtt 29273284  T
Q  126 ggactttatggtacttgaggattgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatg 225  Q
    ||| ||||||| | | | || |||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||   | |||||||||| |  |||    
T  29273283 ggaatttatgggattggtggcttgggtaaatcaacccttgcaagagcaatctataatttttttgctgatcaatttgaagatttatgttttcttcatgatg 29273184  T
Q  226 tgagagagaattcagct 242  Q
    |||||||||||||||||    
T  29273183 tgagagagaattcagct 29273167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 44; Significance: 4e-16; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 142 - 241
Target Start/End: Original strand, 3280412 - 3280511
Alignment:
Q  142 gaggattgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagagagaattcagc 241  Q
    ||||| |||||||  |||| ||||||| |||| |||||||||| |||||| |||||||||||||   |||||||||| | ||||||||||| ||||||||    
T  3280412 gaggaatgggtaagacaactcttgcaagagcagtttataatttcattgctaatcaatttgaatgtgtatgttttcttcacaatgtgagagaaaattcagc 3280511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000001; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 150 - 239
Target Start/End: Original strand, 16691628 - 16691717
Alignment:
Q  150 ggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttcttgaaaatgtgagagagaattca 239  Q
    |||||| ||||||||||   ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |  ||||||||| |  | |||||||| ||||||    
T  16691628 ggtaaaacaacacttgctcgagcaatttataatttgattgctgatcaatttgaatgtttgtgttttcttcatgacgtgagagaaaattca 16691717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0038 (Bit Score: 30; Significance: 0.00000008; HSPs: 1)
Name: scaffold0038
Description:

Target: scaffold0038; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 157 - 218
Target Start/End: Original strand, 43725 - 43786
Alignment:
Q  157 caacacttgcaaaagcaatttataattttattgctgatcaatttgaatgctcatgttttctt 218  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||  || |||||||||||||| || | ||||||||||    
T  43725 caacacttgcaagagcagtttataattccatagctgatcaatttgattgtttatgttttctt 43786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0237 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0237
Description:

Target: scaffold0237; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 104 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 2136 - 2056
Alignment:
Q  104 tgatgatggagtccacatggtaggactttatggtacttgaggattgggtaaatcaacacttgcaaaagcaatttataattt 184  Q
    ||||||| ||||||| ||||| ||  ||||||| | | | |||||||||||| ||||||||||   |||||||||||||||    
T  2136 tgatgatcgagtccagatggtggggatttatggaattggtggattgggtaaaacaacacttgctcgagcaatttataattt 2056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University