View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14267_low_14 (Length: 471)

Name: NF14267_low_14
Description: NF14267
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14267_low_14
NF14267_low_14
[»] chr6 (9 HSPs)
chr6 (13-471)||(5883152-5883610)
chr6 (5-471)||(5830045-5830511)
chr6 (13-471)||(5852988-5853446)
chr6 (13-461)||(5761161-5761609)
chr6 (36-471)||(5880456-5880891)
chr6 (13-308)||(5755683-5755978)
chr6 (223-471)||(5820928-5821176)
chr6 (284-471)||(5889599-5889786)
chr6 (13-202)||(5827167-5827356)
[»] scaffold0087 (6 HSPs)
scaffold0087 (5-471)||(34117-34583)
scaffold0087 (13-444)||(55367-55798)
scaffold0087 (13-471)||(19761-20219)
scaffold0087 (13-471)||(30109-30567)
scaffold0087 (40-471)||(40193-40624)
scaffold0087 (13-461)||(12727-13175)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 447; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 447; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 471
Target Start/End: Original strand, 5883152 - 5883610
Alignment:
Q  13 aatatgtttacatggcccatatattctttttgtacatcctcatctcatagtttagtttatctggacttgtctagtaatatgctagcggggcagctttcag 112  Q
    ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5883152 aatatgtttacatggtccatatcttctttttgtacatcctcatctcatagtttagtttatctggacttgtctagtaatatgctagcggggcagctttcag 5883251  T
Q  113 attgttggggaaagtttcaatctttagtagttttgaatttggcagaaaatagaatatctgggaaagttcccaactcattcggcactttacaacaaattga 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5883252 attgttggggaaagtttcaatctttagtagttttgaatttggcagaaaatagaatatctgggaaagttcccaactcattcggcactttacaacaaattga 5883351  T
Q  213 atcaatccatttaaataacaacaacttctctggtaaaattccatctttgattctttgccagaacttgaaattaattgatgttggtgataacaatcttcaa 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5883352 atcaatccatttaaataacaacaacttctctggtgaaattccatctttgattctttgccagaacttgaaattaattgatgttggtgataacaatcttcaa 5883451  T
Q  313 ggaactttaccgatgtggataggtcatcatcttcaaaagttgattattttacgcctgcgggcaaataagcttcaaggaaacattccaacaagcatgtgta 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5883452 ggaactttaccgatgtggataggtcatcatcttcaaaagttgattattttacgcctgcgggcaaataagcttcaaggaaacattccaacaagcatgtgta 5883551  T
Q  413 atctatcatttcttcaagtattggatctctctataaataatattacaggggaaatacca 471  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5883552 atctatcatttcttcaagtattggatctctctataaataatattacaggggaaatacca 5883610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 5 - 471
Target Start/End: Original strand, 5830045 - 5830511
Alignment:
Q  5 tctcgaagaatatgtttacatggcccatatattctttttgtacatcctcatctcatagtttagtttatctggacttgtctagtaatatgctagcggggca 104  Q
    |||| ||||||||||| ||| || |  ||| ||||||||| |||||||||||||| |||||| |  |  ||||| ||||||||||| | |||| ||| ||    
T  5830045 tctcaaagaatatgttaacagggtctctatcttctttttgcacatcctcatctcaaagtttaatacaattggacatgtctagtaattttctagagggaca 5830144  T
Q  105 gctttcagattgttggggaaagtttcaatctttagtagttttgaatttggcagaaaatagaatatctgggaaagttcccaactcattcggcactttacaa 204  Q
     ||||| |||||||||||||||||| ||||| ||| |||| | |||||||| |||||||   |||| |||||| | ||||||||||| ||  ||  || |    
T  5830145 actttctgattgttggggaaagtttaaatctctagaagttctaaatttggccgaaaataatttatcagggaaactacccaactcatttggtgctcgacga 5830244  T
Q  205 caaattgaatcaatccatttaaataacaacaacttctctggtaaaattccatctttgattctttgccagaacttgaaattaattgatgttggtgataaca 304  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || || ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  5830245 caaattaaatcactccatttaaatagaaacaacttctctggtgaaattccatctttgattctttgtcacaaattgcaattaattgatgttggtgataaca 5830344  T
Q  305 atcttcaaggaactttaccgatgtggataggtcatcatcttcaaaagttgattattttacgcctgcgggcaaataagcttcaaggaaacattccaacaag 404  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||   |||||| || ||||||  |||||||||||||| | |||||||||||||| |||||    
T  5830345 atcttcaaggaactttacctatgtggataggtcatcatcttcttcagttgagtaatttacgtatgcgggcaaataagttccaaggaaacattcctacaag 5830444  T
Q  405 catgtgtaatctatcatttcttcaagtattggatctctctataaataatattacaggggaaatacca 471  Q
      | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||| ||||| | |||||||||||||    
T  5830445 tctttgtaatctatcatttcttcaggtattggatctctctcaaaacaatataataggggaaatacca 5830511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 13 - 471
Target Start/End: Original strand, 5852988 - 5853446
Alignment:
Q  13 aatatgtttacatggcccatatattctttttgtacatcctcatctcatagtttagtttatctggacttgtctagtaatatgctagcggggcagctttcag 112  Q
    |||||||||||| || || | | |||||||||||||||||||||||| | |||| || || | |||||||||||||||||| ||| |||||  ||| |||    
T  5852988 aatatgtttacagggtccttgtcttctttttgtacatcctcatctcaaaatttaattcatttagacttgtctagtaatatgttagtggggccacttccag 5853087  T
Q  113 attgttggggaaagtttcaatctttagtagttttgaatttggcagaaaatagaatatctgggaaagttcccaactcattcggcactttacaacaaattga 212  Q
    |||||||||  |||||||||||||||  |||| | ||||||||| | |||    | || |||||||| ||||||||| | ||  || || || |||||||    
T  5853088 attgttgggagaagtttcaatctttaagagttctaaatttggcacagaattatttgtcagggaaagtacccaactcacttggtgctctagaaaaaattga 5853187  T
Q  213 atcaatccatttaaataacaacaacttctctggtaaaattccatctttgattctttgccagaacttgaaattaattgatgttggtgataacaatcttcaa 312  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  5853188 atcactccatttaaataataacaacttctccggtgaaattccatctttgatcctttgtcaaaacttgaaattaattgatgttggagataacaatcttcaa 5853287  T
Q  313 ggaactttaccgatgtggataggtcatcatcttcaaaagttgattattttacgcctgcgggcaaataagcttcaaggaaacattccaacaagcatgtgta 412  Q
    ||| | ||||| ||||||||||| |||||||||||  | |||||| |||||||  |||||| ||||||  |||||||||||||||| |||||  ||||||    
T  5853288 ggagcattacctatgtggataggccatcatcttcatcaattgattgttttacgtatgcggggaaataaatttcaaggaaacattcctacaagtttgtgta 5853387  T
Q  413 atctatcatttcttcaagtattggatctctctataaataatattacaggggaaatacca 471  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||  ||| ||||| || ||||||||||||    
T  5853388 atctatcatttcttcaagtattggatctttctgaaaacaatataaccggggaaatacca 5853446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 13 - 461
Target Start/End: Original strand, 5761161 - 5761609
Alignment:
Q  13 aatatgtttacatggcccatatattctttttgtacatcctcatctcatagtttagtttatctggacttgtctagtaatatgctagcggggcagctttcag 112  Q
    |||||||||||| || || | | |||||||||| ||||||||||||| |||||| || || | |||||||||||||||||| ||| |||||   || |||    
T  5761161 aatatgtttacagggaccctgtcttctttttgttcatcctcatctcaaagtttaattcatttagacttgtctagtaatatgttagtggggccagttccag 5761260  T
Q  113 attgttggggaaagtttcaatctttagtagttttgaatttggcagaaaatagaatatctgggaaagttcccaactcattcggcactttacaacaaattga 212  Q
    |||||||||  |||||||||||||||  |||| | ||||||||||| ||||   | || |||||||| ||||||||| | ||  || || || | |||||    
T  5761261 attgttgggagaagtttcaatctttaagagttctaaatttggcagagaataatttctcagggaaagtacccaactcacttggtgctctagaaaatattga 5761360  T
Q  213 atcaatccatttaaataacaacaacttctctggtaaaattccatctttgattctttgccagaacttgaaattaattgatgttggtgataacaatcttcaa 312  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  5761361 atcactccatttaaataataacaacttctccggtgaaattccatctttgatcctttgtcaaaacttgaaattaattgatgttggagataacaatctccaa 5761460  T
Q  313 ggaactttaccgatgtggataggtcatcatcttcaaaagttgattattttacgcctgcgggcaaataagcttcaaggaaacattccaacaagcatgtgta 412  Q
    ||| | ||||| || ||| |||| ||| |||||||  |||||||| ||||||| || |||||||||||| | ||||||| |||||| ||||| |||||||    
T  5761461 ggatcattacctatttggctaggccattatcttcatcagttgattgttttacgtctacgggcaaataagttccaaggaagcattcctacaagtatgtgta 5761560  T
Q  413 atctatcatttcttcaagtattggatctctctataaataatattacagg 461  Q
    |||||||| |||||||| |  |||||||||||  ||| ||||| |||||    
T  5761561 atctatcacttcttcaaattctggatctctctcaaaacaatataacagg 5761609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 160; E-Value: 4e-85
Query Start/End: Original strand, 36 - 471
Target Start/End: Original strand, 5880456 - 5880891
Alignment:
Q  36 ttctttttgtacatcctcatctcatagtttagtttatctggacttgtctagtaatatgctagcggggcagctttcagattgttggggaaagtttcaatct 135  Q
    |||||| ||||| ||||  ||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||| | ||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||   |    
T  5880456 ttctttctgtacttccttgtctcataatttaatttatctagacttgtctagtaattttctagcggggaaactttcagattgttggggaaagttccaggat 5880555  T
Q  136 ttagtagttttgaatttggcagaaaatagaatatctgggaaagttcccaactcattcggcactttacaacaaattgaatcaatccatttaaataacaaca 235  Q
    ||||||||| | ||||||||| | ||||   |||| || ||||| ||||| ||||| || ||||||  | |||| |||||  ||||||||||||||||||    
T  5880556 ttagtagttctaaatttggcaaagaataatttatcaggaaaagtccccaaatcatttggaactttaggaaaaatagaatcgctccatttaaataacaaca 5880655  T
Q  236 acttctctggtaaaattccatctttgattctttgccagaacttgaaattaattgatgttggtgataacaatcttcaaggaactttaccgatgtggatagg 335  Q
    |||||| |||| |||||||||||||||| |||||  | |||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||   |||| | |||||||||    
T  5880656 acttctttggtgaaattccatctttgatcctttgtaacaacttgaaattaattgatattggtgataacaatctacaaggaataataccaacgtggatagg 5880755  T
Q  336 tcatcatcttcaaaagttgattattttacgcctgcgggcaaataagcttcaaggaaacattccaacaagcatgtgtaatctatcatttcttcaagtattg 435  Q
     |||||||||||  | |||||| |||||||| | |||| ||||||  | || ||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||    
T  5880756 ccatcatcttcatcaattgattgttttacgcttacgggaaaataatttccatggaaacattcccacaagtatgtgcaatctatcatttcttcaagtgttg 5880855  T
Q  436 gatctctctataaataatattacaggggaaatacca 471  Q
    |||||||| | ||| || || ||||| |||||||||    
T  5880856 gatctctcaaaaaacaacataacaggtgaaatacca 5880891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 13 - 308
Target Start/End: Original strand, 5755683 - 5755978
Alignment:
Q  13 aatatgtttacatggcccatatattctttttgtacatcctcatctcatagtttagtttatctggacttgtctagtaatatgctagcggggcagctttcag 112  Q
    |||||||||||| || || | | |||||||||| ||||||||||||| |||||| || || | |||||||||||||||||| ||| |||||   || |||    
T  5755683 aatatgtttacagggaccctgtcttctttttgttcatcctcatctcaaagtttaattcatttagacttgtctagtaatatgttagtggggccagttccag 5755782  T
Q  113 attgttggggaaagtttcaatctttagtagttttgaatttggcagaaaatagaatatctgggaaagttcccaactcattcggcactttacaacaaattga 212  Q
    |||||||||  |||||||||||||||  |||| | ||||||||||| ||||   | || |||||||| ||||||||| | ||  || || || | |||||    
T  5755783 attgttgggagaagtttcaatctttaagagttctaaatttggcagagaataatttctcagggaaagtacccaactcacttggtgctctagaaaatattga 5755882  T
Q  213 atcaatccatttaaataacaacaacttctctggtaaaattccatctttgattctttgccagaacttgaaattaattgatgttggtgataacaatct 308  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  5755883 atcactccatttaaataataacaacttctccggtgaaattccatctttgatcctttgtcaaaacttgaaattaattgatgttggagataacaatct 5755978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 223 - 471
Target Start/End: Original strand, 5820928 - 5821176
Alignment:
Q  223 ttaaataacaacaacttctctggtaaaattccatctttgattctttgccagaacttgaaattaattgatgttggtgataacaatcttcaaggaactttac 322  Q
    ||||||||||| ||||| |||||| |||||||| |||| |  |||||    | ||| | | |||||||||| || ||||||||||| |||||||  ||||    
T  5820928 ttaaataacaataacttttctggtgaaattccacctttaacactttgtagtagcttaacactaattgatgtcggagataacaatctccaaggaatattac 5821027  T
Q  323 cgatgtggataggtcatcatcttcaaaagttgattattttacgcctgcgggcaaataagcttcaaggaaacattccaacaagcatgtgtaatctatcatt 422  Q
    | |||||||||||   |||||||||   ||||||| ||||||| || || | ||||||| | |||||||||||||| ||||| ||||||||  |||||||    
T  5821028 caatgtggataggctctcatcttcatcggttgattgttttacgtctacgagtaaataagttccaaggaaacattcctacaagtatgtgtaacttatcatt 5821127  T
Q  423 tcttcaagtattggatctctctataaataatattacaggggaaatacca 471  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||| ||||||||    
T  5821128 tcttcaagtattggatctctctgaaaacaatattacagggaaaatacca 5821176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 76; E-Value: 6e-35
Query Start/End: Original strand, 284 - 471
Target Start/End: Complemental strand, 5889786 - 5889599
Alignment:
Q  284 taattgatgttggtgataacaatcttcaaggaactttaccgatgtggataggtcatcatcttcaaaagttgattattttacgcctgcgggcaaataagct 383  Q
    |||||||| | || ||||||||||| |||||||  ||||| |||||||||||   |||||||||  || ||||| ||||||| || || ||||||||| |    
T  5889786 taattgatctcggggataacaatctccaaggaatattaccaatgtggataggctctcatcttcatcagctgattgttttacgtctacgagcaaataagtt 5889687  T
Q  384 tcaaggaaacattccaacaagcatgtgtaatctatcatttcttcaagtattggatctctctataaataatattacaggggaaatacca 471  Q
     ||||| || ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||| ||||||| |||||||||||||    
T  5889686 ccaaggtaatattcctacaagtatgtgtaacctatcatttcttcaagtattggatctctctgaaaacaatattataggggaaatacca 5889599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 13 - 202
Target Start/End: Original strand, 5827167 - 5827356
Alignment:
Q  13 aatatgtttacatggcccatatattctttttgtacatcctcatctcatagtttagtttatctggacttgtctagtaatatgctagcggggcagctttcag 112  Q
    |||||||||||| || || ||| ||| ||||| | |||||| || |||| |||| ||||||| ||||||||||||||| | ||||| ||| |  ||||      
T  5827167 aatatgtttacagggtccttatcttccttttgaaaatcctcgtcacataatttaatttatctagacttgtctagtaattttctagcagggaaagtttcca 5827266  T
Q  113 attgttggggaaagtttcaatctttagtagttttgaatttggcagaaaatagaatatctgggaaagttcccaactcattcggcactttac 202  Q
    ||| |||||| |||||||||  ||||||| |||| ||||||||| | |||||  | || |||||||| ||||||||||| || |||||||    
T  5827267 attcttgggggaagtttcaaagtttagtacttttaaatttggcaaagaatagtttttcagggaaagtccccaactcatttggaactttac 5827356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0087 (Bit Score: 203; Significance: 1e-110; HSPs: 6)
Name: scaffold0087
Description:

Target: scaffold0087; HSP #1
Raw Score: 203; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 5 - 471
Target Start/End: Original strand, 34117 - 34583
Alignment:
Q  5 tctcgaagaatatgtttacatggcccatatattctttttgtacatcctcatctcatagtttagtttatctggacttgtctagtaatatgctagcggggca 104  Q
    |||| ||||||||||| ||| || |  ||| ||||||||| |||||||||||||| |||||| |  |  ||||| ||||||||||| | |||| ||| ||    
T  34117 tctcaaagaatatgttaacagggtcactatcttctttttgcacatcctcatctcaaagtttaatacaattggacatgtctagtaattttctagagggaca 34216  T
Q  105 gctttcagattgttggggaaagtttcaatctttagtagttttgaatttggcagaaaatagaatatctgggaaagttcccaactcattcggcactttacaa 204  Q
     |||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||| | |||||||| |||||||   |||| |||||| | ||||||||||| ||  || ||| |    
T  34217 actttcagattgttggggaaagtttaaatctctagaagttctaaatttggccgaaaataatttatcagggaaactacccaactcatttggtgctctacga 34316  T
Q  205 caaattgaatcaatccatttaaataacaacaacttctctggtaaaattccatctttgattctttgccagaacttgaaattaattgatgttggtgataaca 304  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||  || |||||||||||| |||||||||||||||||||||| || || ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  34317 caaattaaatcactccatttaaatagaaataacttctctggtgaaattccatctttgattctttgtcacaaattgcaattaattgatgttggtgataaca 34416  T
Q  305 atcttcaaggaactttaccgatgtggataggtcatcatcttcaaaagttgattattttacgcctgcgggcaaataagcttcaaggaaacattccaacaag 404  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||   |||||| || ||||||  |||||||||||||| | |||||||||||||| |||||    
T  34417 atcttcaaggaactttaccaatgtggataggtcatcatcttcttcagttgagtaatttacgtatgcgggcaaataagttccaaggaaacattcctacaag 34516  T
Q  405 catgtgtaatctatcatttcttcaagtattggatctctctataaataatattacaggggaaatacca 471  Q
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||| ||||| | |||||||||||||    
T  34517 tctgtgtaatctatcatttcttcaggtattggatctctctcaaaacaatataataggggaaatacca 34583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0087; HSP #2
Raw Score: 172; E-Value: 3e-92
Query Start/End: Original strand, 13 - 444
Target Start/End: Original strand, 55367 - 55798
Alignment:
Q  13 aatatgtttacatggcccatatattctttttgtacatcctcatctcatagtttagtttatctggacttgtctagtaatatgctagcggggcagctttcag 112  Q
    |||||||||||| || || | | |||||||||| |||||||||||||  ||||| || || | |||||||||||||||||| ||| |||||  ||| |||    
T  55367 aatatgtttacagggaccctgtcttctttttgttcatcctcatctcaacgtttaattaatttagacttgtctagtaatatgttagtggggccacttccag 55466  T
Q  113 attgttggggaaagtttcaatctttagtagttttgaatttggcagaaaatagaatatctgggaaagttcccaactcattcggcactttacaacaaattga 212  Q
    |||||||||  ||||||||||||||| ||||| | ||||||||||| ||||   | || |||||||| ||||| ||| | ||  || ||  |||||||||    
T  55467 attgttgggagaagtttcaatctttaatagttctaaatttggcagagaataatttctcagggaaagtacccaaatcacttggtgctctaggacaaattga 55566  T
Q  213 atcaatccatttaaataacaacaacttctctggtaaaattccatctttgattctttgccagaacttgaaattaattgatgttggtgataacaatcttcaa 312  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||| || || |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  55567 atcactccatttaaataataacaacttctccggtgaaattccatctttgatcctttgtcaaaaattgaaattaattgatgttggagataacaatctccaa 55666  T
Q  313 ggaactttaccgatgtggataggtcatcatcttcaaaagttgattattttacgcctgcgggcaaataagcttcaaggaaacattccaacaagcatgtgta 412  Q
    ||| | ||||| |||||| |||| |||||||||||  |||||||| ||||||| || |||||||||||| | ||||||| |||||||||||| |||||||    
T  55667 ggatcattacctatgtggctaggccatcatcttcatcagttgattgttttacgtctacgggcaaataagttccaaggaagcattccaacaagtatgtgta 55766  T
Q  413 atctatcatttcttcaagtattggatctctct 444  Q
    |||||||| |||||||| |  |||||||||||    
T  55767 atctatcacttcttcaaattctggatctctct 55798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0087; HSP #3
Raw Score: 163; E-Value: 7e-87
Query Start/End: Original strand, 13 - 471
Target Start/End: Original strand, 19761 - 20219
Alignment:
Q  13 aatatgtttacatggcccatatattctttttgtacatcctcatctcatagtttagtttatctggacttgtctagtaatatgctagcggggcagctttcag 112  Q
    |||||||||||| || || | | ||| |||||||||||||||||||| | |||| || || | |||||||||||||||||| |||  ||||  ||| |||    
T  19761 aatatgtttacagggtccctgtcttcgttttgtacatcctcatctcaaaatttaattcatttagacttgtctagtaatatgttagtagggccacttccag 19860  T
Q  113 attgttggggaaagtttcaatctttagtagttttgaatttggcagaaaatagaatatctgggaaagttcccaactcattcggcactttacaacaaattga 212  Q
    |||||||||  |||||||||||||||  |||| | ||||||||||| ||||   | || |||||||| ||||| ||| | ||  || ||  |||||||||    
T  19861 attgttgggagaagtttcaatctttaagagttctaaatttggcagagaataatttctcagggaaagtacccaaatcacttggtgctctaggacaaattga 19960  T
Q  213 atcaatccatttaaataacaacaacttctctggtaaaattccatctttgattctttgccagaacttgaaattaattgatgttggtgataacaatcttcaa 312  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||| || || |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  19961 atcactccatttaaataataacaacttctccggtgaaattccatctttgatcctttgtcaaaaattgaaattaattgatgttggagataacaatctccaa 20060  T
Q  313 ggaactttaccgatgtggataggtcatcatcttcaaaagttgattattttacgcctgcgggcaaataagcttcaaggaaacattccaacaagcatgtgta 412  Q
    ||| | ||||| |||||| |||| |||||||||||  |||||||| ||||||| || |||||||||||| | ||||||| |||||| ||||| ||||| |    
T  20061 ggatcattacctatgtggctaggccatcatcttcatcagttgattgttttacgtctacgggcaaataagttccaaggaagcattcctacaagtatgtgca 20160  T
Q  413 atctatcatttcttcaagtattggatctctctataaataatattacaggggaaatacca 471  Q
    |||||||| |||||||| || |||||||||||  ||| ||||| || |||| |||||||    
T  20161 atctatcacttcttcaaatactggatctctctcaaaacaatataactgggggaatacca 20219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0087; HSP #4
Raw Score: 163; E-Value: 7e-87
Query Start/End: Original strand, 13 - 471
Target Start/End: Original strand, 30109 - 30567
Alignment:
Q  13 aatatgtttacatggcccatatattctttttgtacatcctcatctcatagtttagtttatctggacttgtctagtaatatgctagcggggcagctttcag 112  Q
    |||||||||||| || || | | ||| |||||||||||||||||||| | |||| || || | |||||||||||||||||| |||  ||||  ||| |||    
T  30109 aatatgtttacagggtccctgtcttcgttttgtacatcctcatctcaaaatttaattcatttagacttgtctagtaatatgttagtagggccacttccag 30208  T
Q  113 attgttggggaaagtttcaatctttagtagttttgaatttggcagaaaatagaatatctgggaaagttcccaactcattcggcactttacaacaaattga 212  Q
    |||||||||  |||||||||||||||  |||| | ||||||||||| ||||   | || |||||||| ||||| ||| | ||  || ||  |||||||||    
T  30209 attgttgggagaagtttcaatctttaagagttctaaatttggcagagaataatttctcagggaaagtacccaaatcacttggtgctctaggacaaattga 30308  T
Q  213 atcaatccatttaaataacaacaacttctctggtaaaattccatctttgattctttgccagaacttgaaattaattgatgttggtgataacaatcttcaa 312  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||| || || |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  30309 atcactccatttaaataataacaacttctccggtgaaattccatctttgatcctttgtcaaaaattgaaattaattgatgttggagataacaatctccaa 30408  T
Q  313 ggaactttaccgatgtggataggtcatcatcttcaaaagttgattattttacgcctgcgggcaaataagcttcaaggaaacattccaacaagcatgtgta 412  Q
    ||| | ||||| |||||| |||| |||||||||||  |||||||| ||||||| || |||||||||||| | ||||||| |||||| ||||| ||||| |    
T  30409 ggatcattacctatgtggctaggccatcatcttcatcagttgattgttttacgtctacgggcaaataagttccaaggaagcattcctacaagtatgtgca 30508  T
Q  413 atctatcatttcttcaagtattggatctctctataaataatattacaggggaaatacca 471  Q
    |||||||| |||||||| || |||||||||||  ||| ||||| || |||| |||||||    
T  30509 atctatcacttcttcaaatactggatctctctcaaaacaatataactgggggaatacca 30567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0087; HSP #5
Raw Score: 148; E-Value: 6e-78
Query Start/End: Original strand, 40 - 471
Target Start/End: Original strand, 40193 - 40624
Alignment:
Q  40 ttttgtacatcctcatctcatagtttagtttatctggacttgtctagtaatatgctagcggggcagctttcagattgttggggaaagtttcaatctttag 139  Q
    ||||||||||| ||| | ||||  ||| ||||| ||||||||||||||||| | |||| |||| | ||||||||||||||| | |||||| ||  |||||    
T  40193 ttttgtacatcttcaccacataacttaatttatttggacttgtctagtaattttctaggggggaaactttcagattgttggaggaagtttgaacatttag 40292  T
Q  140 tagttttgaatttggcagaaaatagaatatctgggaaagttcccaactcattcggcactttacaacaaattgaatcaatccatttaaataacaacaactt 239  Q
    ||||| |  |||| | | | ||||   |||| || ||||| || |||||||| ||| |||||| | ||||  ||||  || |||||||||||||||||||    
T  40293 tagttctagattttggaaagaataatttatcgggaaaagtaccaaactcatttggcgctttacgagaaataaaatcgctctatttaaataacaacaactt 40392  T
Q  240 ctctggtaaaattccatctttgattctttgccagaacttgaaattaattgatgttggtgataacaatcttcaaggaactttaccgatgtggataggtcat 339  Q
    ||| ||| || ||||||||||||  ||||| || |||||| ||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||| || |||||||||||||| |||    
T  40393 ctcaggtgaacttccatctttgaacctttgtcacaacttggaattatttgatgttgctgataacaatctccaaggaacgttgccgatgtggataggccat 40492  T
Q  340 catcttcaaaagttgattattttacgcctgcgggcaaataagcttcaaggaaacattccaacaagcatgtgtaatctatcatttcttcaagtattggatc 439  Q
    ||||||||  | || ||||||||||| || |||||||||||  | |||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  40493 catcttcagcaattaattattttacgtctacgggcaaataaattccaaggaaatattccaacaagtatgtgcaatctatcatttcttcaagtactggatc 40592  T
Q  440 tctctataaataatattacaggggaaatacca 471  Q
    | |||| ||| |||||||||||| ||||||||    
T  40593 tttctacaaacaatattacagggcaaatacca 40624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0087; HSP #6
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 13 - 461
Target Start/End: Original strand, 12727 - 13175
Alignment:
Q  13 aatatgtttacatggcccatatattctttttgtacatcctcatctcatagtttagtttatctggacttgtctagtaatatgctagcggggcagctttcag 112  Q
    |||||||||||| || || | | |||||| ||||||||||||||||||||||||   ||| ||||||||||| ||||| ||||||  ||| | |||||||    
T  12727 aatatgtttacagggtccctgtcttctttgtgtacatcctcatctcatagtttaaggtatttggacttgtcttgtaatttgctagaagggaaactttcag 12826  T
Q  113 attgttggggaaagtttcaatctttagtagttttgaatttggcagaaaatagaatatctgggaaagttccc-aactcattcggcactttacaacaaattg 211  Q
    ||||||||   ||||||||||| |||| |||| | ||||||||| | || |   |||| || |||||| || |||||| | ||| |||| | ||||||||    
T  12827 attgttggaagaagtttcaatcattagaagttctaaatttggcaaataacaatttatcagg-aaagttgcctaactcacttggcgctttgcgacaaattg 12925  T
Q  212 aatcaatccatttaaataacaacaacttctctggtaaaattccatctttgattctttgccagaacttgaaattaattgatgttggtgataacaatcttca 311  Q
    ||||  | |||||||| |||||||| ||||| ||| ||||||||||||| || ||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||    
T  12926 aatcgcttcatttaaacaacaacaaattctccggtgaaattccatctttaatcctttgtcaaaacttgaaattaattgatgttggagataacaatctcca 13025  T
Q  312 aggaactttaccgatgtggataggtcatcatcttcaaaagttgattattttacgcctgcgggcaaataagcttcaaggaaacattccaacaagcatgtgt 411  Q
    |||| | ||||| |||||| |||| |||||||||||  |||||||| ||||||| || |||||||||||| | ||||||| |||||| ||||| |||||     
T  13026 aggatcattacctatgtggctaggccatcatcttcatcagttgattgttttacgtctacgggcaaataagttccaaggaagcattcctacaagtatgtgc 13125  T
Q  412 aatctatcatttcttcaagtattggatctctctataaataatattacagg 461  Q
    ||||||||| |||||||| || |||||||||||  ||| ||||| |||||    
T  13126 aatctatcacttcttcaaatactggatctctctcaaaacaatataacagg 13175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University