View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14268_low_1 (Length: 725)

Name: NF14268_low_1
Description: NF14268
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14268_low_1
NF14268_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (17-712)||(51196386-51197081)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 680; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 680; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 712
Target Start/End: Original strand, 51196386 - 51197081
Alignment:
Q  17 gaagaaaggagaatgttcaaactttttagaaaaatacactatcaatttattgactttttgaatagttggttaattatgctcttgtatcaacggttatggt 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51196386 gaagaaaggagaatgttcaaactttttagaaaaatacactatcaatttattgactttttgaatagttggttaattatgctcttgtatcaacggttatggt 51196485  T
Q  117 tattctcatcacttgcaattatttttattaatccataacaacatacaaagagaaacactatgaatcttaaaatccatgaacaaaaggatgaatgaagttt 216  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51196486 tattctcatcacttgcaattattgttattaatccataacaacatacaaagagaaacactatgaatcttaaaatccatgaacaaaaggatgaatgaagttt 51196585  T
Q  217 atttagttactctactaacacagttgctgcatttttaaaatttagtaatatgatctcaggttttaaggcatatatgttgatatataaacaaatgcattta 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51196586 atttagttactctactaacacagttgctgcattttcaaaatttagtaatatgatctcaggttttaaggcatatatgttgatatataaacaaatgcattta 51196685  T
Q  317 ataagaatcctggaatgagattggcatgaaggctccatgaaacccatatggaactctgaaaggaatttcaattttggcaaccgtctcgccagaaaaattc 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51196686 ataagaatcctggaatgagattggcatgaaggctccatgaaacccatatggaactctgaaaggaatttcaattttggcaaccgtctcgccagaaaaattc 51196785  T
Q  417 tttgtatcgattatatgaacctgaaagaaaattgataaatgagttaataactatcctaattttcaacaagtgtaattaatttcaagaatacaaagctact 516  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51196786 tttgtatcgattatatgaacctgaaagaaaatcgataaatgagttaataactatcctaattttcaacaagtgtaattaatttcaagaatacaaagctact 51196885  T
Q  517 caacctacttgagatgtgttagtatcttcattgtgaacaaaagtaatgatccaaccatcatcttcttcgacacctccatctctaggcacaaacgctgccc 616  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51196886 caacctacttgagatgtgttagtatcttcattgtgaacaaaagtaatgatcaaaccatcatcttcttcgacacctccatctctaggcacaaacgctgccc 51196985  T
Q  617 cattgcaaaatgtattcttctcaaacatatggtattccatccttataggttcttctttttctctctgcttcaaaaaatctatgttatgacactgat 712  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51196986 cattgcaaaatgtattcttctcaaacatatggtattccatccttataggttcttctttttctctctgcttcaaaaaatctatgttatgacactgat 51197081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University