View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14269_low_4 (Length: 731)

Name: NF14269_low_4
Description: NF14269
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14269_low_4
NF14269_low_4
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (75-712)||(38930954-38931593)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 589; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 589; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 75 - 712
Target Start/End: Complemental strand, 38931593 - 38930954
Alignment:
Q  75 acaaaaactaaagagcattgtcaccatggtgaaaaagaaagaagccatggtgagagaacaagaaccagagaacatgaagaacaacacaacttcttcgatg 174  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  38931593 acaaaaactaaagagcattgtcaccatggtgaaaaagaaagaagccatggtgagagaacaagaaccagagaacatgaaggacaacacaacttcttcgatg 38931494  T
Q  175 aaaccgtttgcacattgaagcttcatgagaacatagctgatccttcacgtgccgatgtgtttaacccaagagcaggtcgtataacgaatgtcaatagttt 274  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38931493 aaactgtttgcacattgaagcttcatgagaacatagctgatccttcacgtgccgatgtgtttaacccaagagcaggtcgtataacgaatgtcaatagttt 38931394  T
Q  275 gactctcccagttctcaaattgcttcatcttagtgcccaatgggtttacctctacaaggtaactaaataagtgcatcattctgcaattctgtattgcaga 374  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  38931393 gactctcccagttctcaaattgcttcatcttagtgcccaatgggtttacctctacaaggtaattaaataagtgcatcattctgcaattatgaattgcaga 38931294  T
Q  375 agtcacgtgtta--cattgaactatatcatttaaatttaacttaactgatatttcgcttatgtgcaggatggtatatttgtgccacattggaacatgaat 472  Q
    |||||||||| |  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38931293 agtcacgtgtcagacactgaactatatcatttaaatttaacttaactgatatttcgcttatgtgcaggatggtatatttgtgccacattggaacatgaat 38931194  T
Q  473 gcgaacagcataatgtatgtaacaagaggaagagggagggttcaagtggtgaatagtgagggaaaatcggtgttcaatggagaggtaaaaaggggaagat 572  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38931193 gcgaacagcataatgtacgtaacaagaggaagagggagggttcaagtggtgaatagtgagggaaaatcagtgttcaatggagaggtaaaaaggggaagat 38931094  T
Q  573 tgttggtggtgccgcagaatttcgcggtggcagaacaggcggagagtgagggattggaatacatagttttcaaaacaaatgatagagctgagattagtac 672  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38931093 tgttggtggtgccgcagaatttcgcagtggcagaacaggcggagagtgagggattggaatacatagttttcaaaacaaatgatagagctgagattagtac 38930994  T
Q  673 aatgatagggcgtgattcagcgattagtgcaacacctggg 712  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38930993 aatgatagggcgtgattcagcgattagtgcaacacctggg 38930954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University