View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14283_low_8 (Length: 468)

Name: NF14283_low_8
Description: NF14283
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14283_low_8
NF14283_low_8
[»] scaffold0029 (1 HSPs)
scaffold0029 (1-467)||(77416-77884)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (1-468)||(15940280-15940749)
chr7 (123-331)||(1825892-1826102)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (1-468)||(19902198-19902672)
chr8 (224-331)||(19352253-19352364)
[»] scaffold0226 (1 HSPs)
scaffold0226 (1-468)||(2799-3269)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (47-464)||(50882163-50882582)
chr4 (1-210)||(14232809-14233013)
chr4 (76-330)||(11194086-11194343)
[»] scaffold0453 (1 HSPs)
scaffold0453 (1-267)||(8897-9164)
[»] scaffold0158 (1 HSPs)
scaffold0158 (1-153)||(31765-31917)
[»] scaffold0035 (1 HSPs)
scaffold0035 (1-151)||(88698-88849)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (1-210)||(18478522-18478722)
[»] scaffold0513 (1 HSPs)
scaffold0513 (1-210)||(968-1171)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (69-284)||(17334822-17335035)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (69-331)||(26307039-26307301)


Alignment Details
Target: scaffold0029 (Bit Score: 417; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0029
Description:

Target: scaffold0029; HSP #1
Raw Score: 417; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 77884 - 77416
Alignment:
Q  1 ttaataaagggaccactaatggtgaaccttgaataaagggcaaccaggttaaccttgaatatctattcaaaaatgcatctatgcgcaaaatgtgcaaatt 100  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  77884 ttaataaagggaccaataatggtgaaccttgaataaagggcaaccaggttaaccttgaatatctattcaaaaatgcatctatgcgcaaaatgtgcaaatt 77785  T
Q  101 caaagaaagatgtgttaaaacgacgctaaccggttagcctaccatgtgtgtgacaatattatagataataaaggatcttaatgtgactgtctggaatgaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  77784 caaagaaagatgtgttaaaacgacgctaaccggttagcctaccatgtgtgtgacaatattatagataattaaggatcttaatgtgactgtctcgaatgaa 77685  T
Q  201 agaggatgaacgaaatggggggttaagagactaagatacaacgacat-atttgaattagtatgctaggagggagacttttgtccgctaatggttcgtgtt 299  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  77684 agaggatgaacgaaatggggggttaagagactaagatacaacgacatgatttgaattagtatgctaggagggagacttttgtccgctaacggttcgtgtt 77585  T
Q  300 gttacaatacccttgatgttgattctagtaccaagacgattagcctttatctttttaaatttggaaccacgtgtatttacttgtgatgctattttcccaa 399  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  77584 gttacaatacccttgatgttgattctagtaccaagacgattaacctttatctttttgaatttggaaccacgtgtatttacttgtgatgctattttcctaa 77485  T
Q  400 gtctatgtgtgaaagttgctgcattatactg-tttttatatgcaagataagttgcttgaggacaagcaa 467  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  77484 gtctgtgtgtgaaagttgctgcattatactgttttttatatgcaagctaagttgcttgaggacaagcaa 77416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 414; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 414; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 468
Target Start/End: Original strand, 15940280 - 15940749
Alignment:
Q  1 ttaataaagggaccactaatggtgaaccttgaataaagggcaaccaggttaaccttgaatatctattcaaaaatgcatctatgcgcaaaatgtgcaaatt 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  15940280 ttaataaagggaccaataatggtgaaccttgaataaagggcaaccaggttaaccttgaatatctattcaaaaatgcatctatgcgcgaaatgtgcaaatt 15940379  T
Q  101 caaagaaagatgtgttaaaacgacgctaaccggttagcctaccatgtgtgtgacaatattatagataataaaggatcttaatgtgactgtctggaatgaa 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  15940380 caaagaaagatgtgttaaaacgacgctaaccggttagcctaccatgtgtgcgacaatattatagataattaaggatcttaatgtgactgtctcgaatgaa 15940479  T
Q  201 agaggatgaacgaaatggggggttaagagactaagatacaacgacat-atttgaattagtatgctaggagggagacttttgtccgctaatggttcgtgtt 299  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  15940480 agaggatgaacgaaatggggggttaagagactaagatacaacgacatgatttgaattagtatgctaggagggagacttttgtccgctaacggttcgtgtt 15940579  T
Q  300 gttacaatacccttgatgttgattctagtaccaagacgattagcctttatctttttaaatttggaaccacgtgtatttacttgtgatgctattttcccaa 399  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  15940580 gttacaatacccttgatgttgattctagtaccaagacgattagcctttatctttttgaatttggaaccacgtgtatttacttgtgatgctattttcctaa 15940679  T
Q  400 gtctatgtgtgaaagttgctgcattatactg-tttttatatgcaagataagttgcttgaggacaagcaac 468  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  15940680 gtctgtgtgtgaaagttgctgcattatactgttttttatatgcaagctaagttgcttgaggacaagcaac 15940749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 123 - 331
Target Start/End: Original strand, 1825892 - 1826102
Alignment:
Q  123 acgctaaccggttagcctaccatgtgtgtgacaatattatagataataaaggatcttaatgtgactgtctggaatgaaagaggatgaacgaaatgggggg 222  Q
    |||||||||||||  ||||| || | |||||||||| |||||||| | |||| ||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||| | ||  |||     
T  1825892 acgctaaccggttttcctacgatttatgtgacaataatatagatactcaagggtcttagtgtgactatctcgaatgaaagaggatgaacaagataaggg- 1825990  T
Q  223 ttaagagactaagatacaacgacat-atttgaattagtatgctaggagggagacttttgtccgctaa---tggttcgtgttgttacaatacccttgatgt 318  Q
     ||||||||||||||||||||| || |||| | |||||||||||||||||||| ||||||| || ||   ||||| || ||||||||||||||||| |||    
T  1825991 -taagagactaagatacaacgagatgatttaagttagtatgctaggagggagagttttgtcggcaaaatgtggtttgtattgttacaatacccttggtgt 1826089  T
Q  319 tgattctagtacc 331  Q
    |||||||||||||    
T  1826090 tgattctagtacc 1826102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 375; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 375; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 19902672 - 19902198
Alignment:
Q  1 ttaataaagggaccactaatggtgaaccttgaataaagggcaaccaggttaaccttgaatatctattcaaaaatgcatctatgcgcaaaatgtgcaaatt 100  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  19902672 ttaataaagggaccaataatggtgaaccttgaataaaggacaacccggttaaccttgaatatctattcaaaaatgcatttatgtgcaaaatgtgcaaatt 19902573  T
Q  101 caaagaaagatgtgttaaaacgacgctaaccggttagcctaccatgtgtgtgacaatattatagataataaaggatcttaatgtgactgtctggaatgaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  19902572 caaagaaagatgtgttaaaacgacgctaaccggttagcctaccatgtgtgtgacaatattatagataattaaggatcttaatgtgactgtctcgaatgaa 19902473  T
Q  201 agaggatgaacgaaatggggggttaagagactaagatacaacgacat-atttgaattagtatgctaggagggagacttttgtccgctaa--tggttcgtg 297  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||| ||    
T  19902472 agaggatgaacgaaatggggggttaagagactaagatacaacgacatgatttgaattagtatgctaggagggagacttttgtccgctaacgcggttcatg 19902373  T
Q  298 ttgttacaatacccttgatgttgattctagtaccaagacgattagcctttatctttttaaatttggaaccacgtgtatttacttgtgatgctattttccc 397  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  19902372 ttgttacaatacccttgatgttgattctagtaccaagacgattagcctttatccttttgaatttggaaccacgtgtatttacttgtgatgctattttcct 19902273  T
Q  398 aagtctatgtgtgaaagttgctgcattatac----tgtttttatatgcaagataagttgcttgaggacaagcaac 468  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||||||    | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  19902272 aagtctgtgtgtggaagttgctgcattatactttttttttttatatgcaagctaagttgcttgaggacaagcaac 19902198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 224 - 331
Target Start/End: Original strand, 19352253 - 19352364
Alignment:
Q  224 taagagactaagatacaacgacat-atttgaattagtatgctaggagggagacttttgtccgctaatgg---ttcgtgttgttacaatacccttgatgtt 319  Q
    ||||||||||||||||| |||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |   || |||||||||||||||| ||| ||||    
T  19352253 taagagactaagatacagcgacgtgatttaaattagtatgctaggagggagacttttgtccacaaatcgcattttgtgttgttacaataccattggtgtt 19352352  T
Q  320 gattctagtacc 331  Q
    ||||||||||||    
T  19352353 gattctagtacc 19352364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0226 (Bit Score: 371; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0226
Description:

Target: scaffold0226; HSP #1
Raw Score: 371; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 468
Target Start/End: Original strand, 2799 - 3269
Alignment:
Q  1 ttaataaagggaccactaatggtgaaccttgaataaagggcaaccaggttaaccttgaatatctattcaaaaatgcatctatgcgcaaaatgtgcaaatt 100  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  2799 ttaataaagggaccaataatggtgaaccttgaataaagggcaaccaggttaaccttgaatatctattcaaaaatgcatctatgcgcaaaatgtacaaatt 2898  T
Q  101 caaagaaagatgtgttaaaacgacgctaaccggttagcctaccatgtgtgtgacaatattatagataataaaggatcttaatgtgactgtctggaatgaa 200  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  2899 caaagaaagatgtgttaaaacgacactaaccggttagcctaccatgtgtgtgacactattatatataattaaggatcttaatgtgactgtctcgaatgaa 2998  T
Q  201 agaggatgaacgaaatggggggttaagagactaagatacaacgacat-atttgaattagtatgctaggagggagacttttgtccgctaatggttcgtgtt 299  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  2999 agaggatgaacgaaatggggggttaagagactaagatacaacgacatgatttgaattagtatgctaggagggagacttttgtccgcaaacggttcgtgtt 3098  T
Q  300 gttacaatacccttgatgttgattctagtaccaagacgattagcc-tttatctttttaaatttggaaccacgtgtatttacttgtgatgctattttccca 398  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |    
T  3099 gttacaatacccttgatgttgattctagtaccaagacgattagccttttatctttttgaatttggaaccacgtgtatttatttgtgatgctattttccta 3198  T
Q  399 agtctatgtgtgaaagttgctgcattatactg-tttttatatgcaagataagttgcttgaggacaagcaac 468  Q
    | ||| ||||||||| || || |||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  3199 attctgtgtgtgaaacttcctacattatactgttttttatatgcaagcaaagttgcttgaggacaagcaac 3269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 268; Significance: 1e-149; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 268; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 47 - 464
Target Start/End: Complemental strand, 50882582 - 50882163
Alignment:
Q  47 ggttaaccttgaatatctattcaaaaatgcatctatgcgcaaaatgtgcaaattcaaagaaagatgtgttaaaacgacgctaaccggttagcctaccatg 146  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  50882582 ggttaaccttgaatatctattaaaaaatacatctatgcacaaaatgtgcaaattcaaagaaagatgtgtgaaaacgacgttaaccggttggcctaccatg 50882483  T
Q  147 tgtgtgacaatattatagataataaaggatcttaatgtgactgtctggaatgaaagaggatgaacgaaatggggggttaagagactaagatacaacgaca 246  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  50882482 tgtgtgacaatattatagataattaaggatcttaatgtgactatctcgaatgaaagaggatgaatgaaat-gggggtttagagactaggatacaacgaca 50882384  T
Q  247 t-atttgaattagtatgctaggagggagacttttgtccgctaa---tggttcgtgttgttacaatacccttgatgttgattctagtaccaagacgattag 342  Q
    | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50882383 tgatttaaattagtatgctaggagggagacttttgtccgcaaagtgtggttcgtgttgttacaatacccttgatgttgattctagtaccaagacgattag 50882284  T
Q  343 ccttt-atctttttaaatttggaaccacgtgtatttacttgtgatgctattttcccaagtctatgtgtgaaagttgctgcattatactg-tttttatatg 440  Q
    | ||| |||||||  ||||||||||||||| ||||   ||||||||||||||||| |||| | |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  50882283 cttttgatcttttcgaatttggaaccacgtatatt---ttgtgatgctattttcctaagtttgtgtgtgtaagttgctgcattatactgctttttatatg 50882187  T
Q  441 caagataagttgcttgaggacaag 464  Q
    |||| |||||||||||| ||||||    
T  50882186 caagctaagttgcttgaagacaag 50882163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 1 - 210
Target Start/End: Original strand, 14232809 - 14233013
Alignment:
Q  1 ttaataaagggaccactaatggtgaaccttga-ataaa----gggcaaccaggttaaccttgaatatctattcaaaaatgcatctatgcgcaaaatgtgc 95  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||    |||||| |  | ||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  14232809 ttaataaagggaccaataatggttaaccttgagataaaaaaggggcaaactagctaaccttgattatctatttataaatgcatctatgcgcaaaatgtgc 14232908  T
Q  96 aaattcaaagaaagatgtgttaaaacgacgctaaccggttagcctaccatgtgtgtgacaatattatagataataaaggatcttaatgtgactgtctgga 195  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||| ||           ||||||| ||||||||||| ||||| ||    
T  14232909 aaattcaaagaaagatgtgttaaaaagacgctaaccggttttcctaccatgtgtgtgataa----------gataaagggtcttaatgtgattgtctaga 14232998  T
Q  196 atgaaagaggatgaa 210  Q
    |||||||||||||||    
T  14232999 atgaaagaggatgaa 14233013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 76 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 11194343 - 11194086
Alignment:
Q  76 catctatgcgcaaaatgtgcaaattcaaagaaa-gatgtgttaaaacgacgctaaccggttagcctaccatgtgtgtgacaatattatagataataaagg 174  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |   ||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||| ||| | |||     
T  11194343 catctctgcgcaaaatgtgcaaattcaaagaaaagatgtgttaaaagg---ctaaccggttttcctaccatgtgtgtgacaataatatatatacttaaga 11194247  T
Q  175 atcttaatgtgactgtctggaatgaaagaggatgaacgaaatggggggttaagagactaagatacaacgacat-atttgaa---ttagtatgctaggagg 270  Q
     ||||||| | | ||||| |||||||||| ||||||||||||  |||  |||||||||||  ||||||||||| |||||||   ||| ||||||||||||    
T  11194246 gtcttaatatcattgtcttgaatgaaagaagatgaacgaaataaggg--taagagactaaattacaacgacatgatttgaatttttattatgctaggagg 11194149  T
Q  271 gagacttttgtccgctaa---tggttcgtgttgttacaatacccttgatgttgattctagtac 330  Q
    || |||||||||| | ||   ||||  | |||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  11194148 gatacttttgtccacaaaatgtggtatgggttgttacaatacccttggtgttgattctagtac 11194086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0453 (Bit Score: 220; Significance: 1e-121; HSPs: 1)
Name: scaffold0453
Description:

Target: scaffold0453; HSP #1
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 1 - 267
Target Start/End: Original strand, 8897 - 9164
Alignment:
Q  1 ttaataaagggaccactaatggtgaaccttgaataaagggcaaccaggttaaccttgaatatctattcaaaaatgcatctatgcgcaaaatgtgcaaatt 100  Q
    |||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||     
T  8897 ttaacaaagggaccaataatggttaaccttgaataaagggaaacccggttaaccttgaatatctattaaaaaatgcatctatgcgcaaaatgtgcaaata 8996  T
Q  101 caaagaaagatgtgttaaaacgacgctaaccggttagcctaccatgtgtgtgacaatattatagataataaaggatcttaatgtgactgtctggaatgaa 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  8997 caaagaaagatgtgttaaaacgacgctaaccggttagcctaccatgtgtgagacaatattatagataattaaggatcttaatgtgactgtctcgaatgaa 9096  T
Q  201 agaggatgaacgaaatggggggttaagagactaagatacaacgacat-atttgaattagtatgctagg 267  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  9097 agaggatgaacgaaatggggggttaagagactaagatacaacgacatgatttgaattagtatgctagg 9164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0158 (Bit Score: 125; Significance: 3e-64; HSPs: 1)
Name: scaffold0158
Description:

Target: scaffold0158; HSP #1
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 1 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 31917 - 31765
Alignment:
Q  1 ttaataaagggaccactaatggtgaaccttgaataaagggcaaccaggttaaccttgaatatctattcaaaaatgcatctatgcgcaaaatgtgcaaatt 100  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31917 ttaataaagggaccaataatggttaaccttgaataaagggcaacctagttaaccttgaatatctattcataaatgcatctatgcgcaaaatgtgcaaatt 31818  T
Q  101 caaagaaagatgtgttaaaacgacgctaaccggttagcctaccatgtgtgtga 153  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  31817 caaagaaagatgtgttaaaacgacgctaaccggttttcctaccatgtgtgtga 31765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0035 (Bit Score: 100; Significance: 3e-49; HSPs: 1)
Name: scaffold0035
Description:

Target: scaffold0035; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 88849 - 88698
Alignment:
Q  1 ttaataaagggaccactaatggtgaaccttgaataaaggg-caaccaggttaaccttgaatatctattcaaaaatgcatctatgcgcaaaatgtgcaaat 99  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  88849 ttaataaagggaccaataatggttaaccttgaataaaggggcaacctagttaaccttgaatatctattcataaatgcatctatgcgcaaaatgtgcaaat 88750  T
Q  100 tcaaagaaagatgtgttaaaacgacgctaaccggttagcctaccatgtgtgt 151  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||  ||||||||| ||||    
T  88749 tcaaagaaagatgtgttaaaaagacgcgaaccgattttcctaccatgcgtgt 88698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 92; Significance: 2e-44; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 1 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 18478722 - 18478522
Alignment:
Q  1 ttaataaagggaccactaatggtgaaccttgaataaaggg-caaccaggttaaccttgaatatctattcaaaaatgcatctatgcgcaaaatgtgcaaat 99  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||| ||| |  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  18478722 ttaataaagggaccaataatggttaaccttgagtaaaggggcaaactagttaaccttgaatatctattcataaatgcatctatgtgcaaaatgtgcaaat 18478623  T
Q  100 tcaaagaaagatgtgttaaaacgacgctaaccggttagcctaccatgtgtgtgacaatattatagataataaaggatcttaatgtgactgtctggaatga 199  Q
    || |||||||||||||||||| ||| |||| |||||  |||||||||||||||| ||           ||||||| ||||||||||| ||||| ||||||    
T  18478622 tctaagaaagatgtgttaaaaagacactaatcggttttcctaccatgtgtgtgataa----------gataaagggtcttaatgtgattgtctagaatga 18478533  T
Q  200 aagaggatgaa 210  Q
    |||||||||||    
T  18478532 aagaggatgaa 18478522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0513 (Bit Score: 89; Significance: 1e-42; HSPs: 1)
Name: scaffold0513
Description:

Target: scaffold0513; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 1 - 210
Target Start/End: Original strand, 968 - 1171
Alignment:
Q  1 ttaataaagggaccactaatggtgaaccttgaa--taaa--gggcaaccaggttaaccttgaatatctattcaaaaatgcatctatgcgcaaaatgtgca 96  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||||||  ||||  |||||| |  | ||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  968 ttaataaagggaccaataatggttaaccttgaaaataaaaggggcaaactagctaaccttgattatccattcataaatgcatctatgcgcaaaatgtgca 1067  T
Q  97 aattcaaagaaagatgtgttaaaacgacgctaaccggttagcctaccatgtgtgtgacaatattatagataataaaggatcttaatgtgactgtctggaa 196  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||| ||           ||||||| ||||||||||| ||||| |||    
T  1068 aattcaaagaaagatgtgttaaaaagacgctaaccggttttcctaccatgtgtgtgataa----------gataaagggtcttaatgtgattgtctagaa 1157  T
Q  197 tgaaagaggatgaa 210  Q
    ||||||||||||||    
T  1158 tgaaagaggatgaa 1171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 88; Significance: 4e-42; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 69 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 17335035 - 17334822
Alignment:
Q  69 aaaaatgcatctatgcgcaaaatgtgcaaattcaaa-gaaagatgtgttaaaacgacgctaaccggttagcctaccatgtgtgtgacaatattatagata 167  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||  || |||| ||| |  ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  17335035 aaaaatgcatctttgcgcaaaatgtgcaaattcaaaagaaatatgtgttaaaa--acactaatcggctttcctaccatgtgtgtgacaataatatagata 17334938  T
Q  168 ataaaggatcttaatgtgactgtctggaatgaaagaggatgaacgaaatggggggttaagagactaagatacaacgacat-atttgaattagtatgctag 266  Q
     | |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||  |||  ||||||| ||||||||| ||  || |||| | ||||||||||||    
T  17334937 ctcaagggtcttaatgtgactgtctcgaatgaaagaggatgaccaaaataaggg--taagagaataagatacagcgggatgatttaagttagtatgctag 17334840  T
Q  267 gagggagacttttgtccg 284  Q
     |||||||||||||||||    
T  17334839 aagggagacttttgtccg 17334822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 67; Significance: 1e-29; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 69 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 26307301 - 26307039
Alignment:
Q  69 aaaaatgcatctatgcgcaaaatgtgcaaattcaaa-gaaagatgtgttaaaacgacgctaaccggttagcctaccatgtgtgtgacaatattatagata 167  Q
    ||||| || ||||||| |||| |||||||||||||| |||||| |||||||||  | |||||||  ||  |||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  26307301 aaaaacgcttctatgcacaaagtgtgcaaattcaaaagaaagacgtgttaaaa--atgctaaccaattttcctaccatatgtgtgacaataatatagata 26307204  T
Q  168 ataaaggatcttaatgtgactgtctggaatgaaagaggatgaacgaaatggggggttaagagactaagatacaacgacat-atttgaattagtatgctag 266  Q
     | |||| ||||||||| || ||||  |||||||||||||||| |||||  | |  |||||||||||||||||||   || |||| | |||||||| | |    
T  26307203 ctcaagggtcttaatgtaaccgtctcaaatgaaagaggatgaatgaaataagag--taagagactaagatacaacatgatgatttaagttagtatg-tcg 26307107  T
Q  267 gagggagacttttgtccgctaa-tg--gttcgtgttgttacaatacccttgatgttgattctagtacc 331  Q
    | ||||||||||||||||| || ||  ||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  26307106 gggggagacttttgtccgcaaagtgcagtttgtgttgttacaatacccttggtgttgatcctagtacc 26307039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University