View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14285_high_8 (Length: 491)

Name: NF14285_high_8
Description: NF14285
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14285_high_8
NF14285_high_8
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (1-476)||(10602687-10603162)
chr5 (1-465)||(10599034-10599502)
chr5 (1-465)||(10590227-10590691)
chr5 (1-459)||(10578958-10579416)
chr5 (1-34)||(19607665-19607698)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 448; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 448; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 476
Target Start/End: Complemental strand, 10603162 - 10602687
Alignment:
Q  1 aagacaagaaggaaatgtaccagacaatttgttgacatccactgctatagcccataactgttttaggaagcacatttcttgtggaaaatttcccatcaag 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  10603162 aagacaagaaggaaatgtaccagacaatttgttgacatccattgctatagcccataactgttttaggaagcacatttcttgtggaatatttcccatcaag 10603063  T
Q  101 ttattataactgatcgataaaatagcaagggatgaaagattacctattgatggtgggatttttccggataaattgtttctctcgatgaagaaattttgaa 200  Q
    |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10603062 ttattataaccgattgataaaatagcaagggatgaaagattacctattgatggtgggatttttccggataaattgtttctctcgatgaagaaattttgaa 10602963  T
Q  201 gcttttgaagagagccaatttggctaggtaatttaccaataaatttgtttccttctaagtctatggttttgagctcatagcactttgtcaagtttatagg 300  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10602962 gcttttgaagagaaccaatttggctaggtaatttaccaataaatttgtttccttctaagtctatggttttgagctcatagcactttgtcaagtttatagg 10602863  T
Q  301 aaattccccaaccaacgagttgttgagtagaaggagataacttaattttgacaaacgacccaattcttgtggaatgtttccattgaagctgttatttcca 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10602862 aaattccccaaccaacgagttgttgagtagaaggagataccttaattttgacaaacgacccaattcttgtggaatgtttccattgaagctgttatttcca 10602763  T
Q  401 aggttgaggtatctcatttgagagagattgccaatatacggagatattgatccatgcaatttgtaccctttcaact 476  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  10602762 aggttgaggtatctcatttgagagagattgccaatatacggagatattgatccatgcaatttgtacccttgcaact 10602687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 364; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 465
Target Start/End: Complemental strand, 10599502 - 10599034
Alignment:
Q  1 aagacaagaaggaaatgtaccagacaatttgttgacatccactgctatagcccataactgttttaggaagcacatttcttgtggaaaatttcccatcaag 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||| ||||    
T  10599502 aagacaagaaggaaatgtaccagacaatttgttgacatccactgctatagcccataaatgttttaggaaacacatttcctgtggaatatttcccaccaag 10599403  T
Q  101 ttattataactgatcgataaaatagcaagggatgaaagattacctattgatggtgggatttttccggataaattgtttctctcgatgaagaaattttgaa 200  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  10599402 ttattataactgatcgataaaacagcaagggatgaaagattacctatggatggtgggatttttctggataaattgtttctctcaatgaagaaattttgaa 10599303  T
Q  201 gcttttgaagagagccaatttggctaggtaatttaccaataaatttgtttccttctaagtctatggttttgagctcatagcactttgtcaagtttatagg 300  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10599302 gcttttgaagagaaccaatttggctaggtaatttaccaatcaaattgtttccttccaagtctatggttttgagctcatagcactttgtcaagtttatagg 10599203  T
Q  301 aaattccccaaccaacgagttgttgagtagaaggagataacttaattttgacaaacgacccaattcttgtggaatgtttccattgaagctgttatttcca 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  10599202 aaattccccaaccaacgagttgttgagtagaaggagataccctaattttgacaaacgacccaattcttgtggaatgtttccattgtagctgttgtttcca 10599103  T
Q  401 aggttgaggtatctcatt----tgagagagattgccaatatacggagatattgatccatgcaatttgta 465  Q
    | |||||||||||||| |    |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||    
T  10599102 atgttgaggtatctcactcaaatgagagagattgccaatatatggagatatggatccatgcaacttgta 10599034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 1 - 465
Target Start/End: Original strand, 10590227 - 10590691
Alignment:
Q  1 aagacaagaaggaaatgtaccagacaatttgttgacatccactgctatagcccataactgttttaggaagcacatttcttgtggaaaatttcccatcaag 100  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||  |   |||||||||| |||||| |||||  |||||| |||||| | ||||    
T  10590227 aagacaagaaagaaatgtaccagacaatttgttggcatgcactgctataaacttcaactgttttaagaagcaaatttcacgtggaatatttcctaccaag 10590326  T
Q  101 ttattataactgatcgataaaatagcaagggatgaaagattacctattgatggtgggatttttccggataaattgtttctctcgatgaagaaattttgaa 200  Q
    ||||||||||  || || ||||||  ||| ||||||||||| | ||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |  ||||  ||||| | ||||    
T  10590327 ttattataaccaattgaaaaaatattaagagatgaaagattccttatggatggtgggatttttccagataaattgtttgttccgatatagaaaatgtgaa 10590426  T
Q  201 gcttttgaagagagccaatttggctaggtaatttaccaataaatttgtttccttctaagtctatggttttgagctcatagcactttgtcaagtttatagg 300  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||| || |||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||| ||||||||||||| |||    
T  10590427 gcttttgaagagagccaaattggctaggtatttttccaaaaagtttgtttccttctaagtctacgcttttgagctcagagcagtttgtcaagtttaaagg 10590526  T
Q  301 aaattccccaaccaacgagttgttgagtagaaggagataacttaattttgacaaacgacccaattcttgtggaatgtttccattgaagctgttatttcca 400  Q
    |||||| |||||||  |||||||||  |||||| | ||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||| ||| ||    
T  10590527 aaattctccaaccagagagttgttggatagaagaaaatatcttaatcttgacaaacgacccaactcttgtggaatgtttccattgaaattgttgttttca 10590626  T
Q  401 aggttgaggtatctcatttgagagagattgccaatatacggagatattgatccatgcaatttgta 465  Q
    ||||| ||  ||||||   |||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| |||||    
T  10590627 aggttaagaaatctcaaacgagaaagattaccaatatatggagatatggatccatgcaacttgta 10590691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 175; E-Value: 5e-94
Query Start/End: Original strand, 1 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 10579416 - 10578958
Alignment:
Q  1 aagacaagaaggaaatgtaccagacaatttgttgacatccactgctatagcccataactgttttaggaagcacatttcttgtggaaaatttcccatcaag 100  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||  |   |||||||||| |||||| |||||  |||||| |||||| | ||||    
T  10579416 aagacaagaaagaaatgtaccagacaacttgttggcatgcactgctataaacttcaactgttttaagaagcaaatttcacgtggaatatttcctaccaag 10579317  T
Q  101 ttattataactgatcgataaaatagcaagggatgaaagattacctattgatggtgggatttttccggataaattgtttctctcgatgaagaaattttgaa 200  Q
    ||||||||||  || || ||||||  ||| ||||||||||| | ||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |  ||||  ||||| | ||||    
T  10579316 ttattataaccaattgaaaaaatattaagagatgaaagattccttatggatggtgggatttttcccgataaattgtttgttccgatatagaaaatgtgaa 10579217  T
Q  201 gcttttgaagagagccaatttggctaggtaatttaccaataaatttgtttccttctaagtctatggttttgagctcatagcactttgtcaagtttatagg 300  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||| || |||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||| ||||||||| ||| |||    
T  10579216 gcttttgaagagagccaaattggctaggtatttttccaaaaagtttgtttccttctaagtctacgcttttgagctcagagcagtttgtcaaggttaaagg 10579117  T
Q  301 aaattccccaaccaacgagttgttgagtagaaggagataacttaattttgacaaacgacccaattcttgtggaatgtttccattgaagctgttatttcca 400  Q
    |||||| |||||||  |||||||||  |||||| | ||| ||||||  ||| |||||||||  |||||||||||||||||| | |||||  || ||||||    
T  10579116 aaattctccaaccagagagttgttggatagaagaaaatatcttaatcgtgataaacgacccgtttcttgtggaatgtttccgtagaagccattgtttcca 10579017  T
Q  401 aggttgaggtatctcatttgagagagattgccaatatacggagatattgatccatgcaa 459  Q
    ||||||||| ||||||   |||| |||||||||| ||| |||||||| |||||||||||    
T  10579016 aggttgaggaatctcaaacgagaaagattgccaacatatggagatatggatccatgcaa 10578958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 34
Target Start/End: Original strand, 19607665 - 19607698
Alignment:
Q  1 aagacaagaaggaaatgtaccagacaatttgttg 34  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  19607665 aagacaagaaggaaatgtaccagataatttgttg 19607698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University