View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14289_high_1 (Length: 740)

Name: NF14289_high_1
Description: NF14289
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14289_high_1
NF14289_high_1
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (1-723)||(33480751-33481478)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 653; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 653; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 723
Target Start/End: Complemental strand, 33481478 - 33480751
Alignment:
Q  1 gccacataaagtgaaatccaaaaataacatgagcattgaaaaattattgcatatcaagaaaattacgcagtattccaaatgatagaaaacatcagctaaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  33481478 gccacataaagtgaaatccaaaaataacatgagcattgaaaaattattgcatatcaagaaaattacgcagtattccaaatgatagaaaacattagctaaa 33481379  T
Q  101 aaatttcacctttaataacacatcaaattgcatttccattgaggcaacattacaatcaaggatctaaataaaggaaacattacaagttggaccgcaacat 200  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  33481378 aagtttcacctttaataacacatcaaattgcatttccattgaggcaacattacaatcaaggatctaaataaaggaaacattacaagttggaccgcgacat 33481279  T
Q  201 caggtttttctccatggcactgtcaaaaacgacgaagcaacctcaagcattatttaaaacattgattaaagtctcgtaacgttgttagtctgattgttgt 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33481278 caggtttttctccatggcactgtcaaaaacgacgaagcaacctcaagcattatttaaaacattgattacagtctcgtaacgttgttagtctgattgttgt 33481179  T
Q  301 tgtttaaacaggtgtatatataacagccattttaattccaaactcaacttgtacataaaacaaagtgtgcagcaattatgttgtaccattcaaatggtaa 400  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  33481178 tgtttaaacaagtgtatatataacagccattttaattccaaactcaacttgtacctaaaacaaagtgtgcagcaattatgttggacccttcaaatggtaa 33481079  T
Q  401 tcctcaaatatactaaaacgttcaatttgacattccctaaaaagtccac-----atgatgaatatgataaagcagcaattaaagattaatgaagatgaaa 495  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  33481078 tcctcaaatatactaaaacgttcaatttgacattccctaaaaagtccacatgacatgatgaatatgataaagcagcaattaaaga-taatgaagatgaaa 33480980  T
Q  496 gtttaaccattccagtcttcactcttcacataggtttcctgagtctcagcttcattcagaaacacaaattgtcaagagagtacgacgagtgtcaatgtca 595  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  33480979 gtttaaccattccagtcttcactcttcacagaggtttcctgagtctcagcttcattcagaaacacaaattgtcaagagagtacgacgagtgtcaacgtca 33480880  T
Q  596 tcttcggagaagagccatgat-ggagagaagatagctattaccatttgttatgaaaatcagtgttatgaagagtattaattcgtcaactccagaattcga 694  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33480879 tcttcggagaagagccatgatgggagagaagatagctattaccatttgttatgaaaatcagtgttatgaagagtattaattcgtcaactccagaattcga 33480780  T
Q  695 tttatgtccttaaacaaactttccttact 723  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  33480779 tttatgtccttaaacaaactttccttact 33480751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University