View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14289_low_35 (Length: 347)

Name: NF14289_low_35
Description: NF14289
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14289_low_35
NF14289_low_35
[»] chr4 (10 HSPs)
chr4 (1-335)||(5468187-5468521)
chr4 (3-335)||(5392816-5393148)
chr4 (3-335)||(5412265-5412597)
chr4 (1-335)||(5502017-5502351)
chr4 (36-334)||(5378531-5378829)
chr4 (1-334)||(5346577-5346910)
chr4 (1-334)||(5354151-5354484)
chr4 (220-335)||(5363217-5363332)
chr4 (1-334)||(5423897-5424230)
chr4 (264-335)||(5356534-5356605)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (250-334)||(20328921-20329005)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 311; Significance: 1e-175; HSPs: 10)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 311; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 1 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 5468521 - 5468187
Alignment:
Q  1 ccaagtgttttgcaaccctgagtagcaaactgaggatgttgaactttggaggaaacaagcttcgtggtcatatccctgatactatttccccaaattcatg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5468521 ccaagtgttttgcaaccctgagtagcaaactggggatgttgaactttggaggaaacaagcttcgtggtcatatccctgatactatttccccaaattcatg 5468422  T
Q  101 tgcactaagatatttgaatctgaatgacaatctgttgaatggtaccataccgaaatctttagtcaattgcaataaactgcaagtcctaaaccttggagat 200  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5468421 tgcacgaagatatttgaatctgaatgacaatttgttgaacggtaccataccgaaatctttagtcaattgcaataaactgcaagtcctaaaccttggagat 5468322  T
Q  201 aattttttaagtgatagatttccatgtttcttgagaaatatttccaccctgagaatcatgattttaaggtcaaataagctccatgggtctattgaatttc 300  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  5468321 aattttttcagtgatagatttccatgtttcttgagaaatatttccaccctgagaatcatgattttaaggtcaaataagctccatgggtctattgaatgtc 5468222  T
Q  301 caaatagcactggtgattgggagatgcttcatatt 335  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5468221 caaatagcactggtgattgggagatgcttcatatt 5468187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 3 - 335
Target Start/End: Original strand, 5392816 - 5393148
Alignment:
Q  3 aagtgttttgcaaccctgagtagcaaactgaggatgttgaactttggaggaaacaagcttcgtggtcatatccctgatactatttccccaaattcatgtg 102  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| ||||  |||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  5392816 aagtgttttgcaaccttgagtagcagactgttgatgttgaactttgaaggtaacaagcttcatggtcatatccctgatattatatccccaaattcatgtg 5392915  T
Q  103 cactaagatatttgaatctgaatgacaatctgttgaatggtaccataccgaaatctttagtcaattgcaataaactgcaagtcctaaaccttggagataa 202  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  5392916 cactaagatatttgaatctgaatgacaatctattgaacggtagcatacccaaatctttggtcaattgcaataaactgcaagtcctaaaccttggaaataa 5393015  T
Q  203 ttttttaagtgatagatttccatgtttcttgagaaatatttccaccctgagaatcatgattttaaggtcaaataagctccatgggtctattgaatttcca 302  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||    
T  5393016 ttttttaagtgacagatttccatgtttcttaagcaatatttccaccctgagaatcatggttttaaggtcaaataagctccatgggtctattggatgccca 5393115  T
Q  303 aatagcactggtgattgggagatgcttcatatt 335  Q
    | ||| |||||||| ||| ||||||||||||||    
T  5393116 actagaactggtgactggaagatgcttcatatt 5393148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 3 - 335
Target Start/End: Original strand, 5412265 - 5412597
Alignment:
Q  3 aagtgttttgcaaccctgagtagcaaactgaggatgttgaactttggaggaaacaagcttcgtggtcatatccctgatactatttccccaaattcatgtg 102  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  5412265 aagtgttttgcaaccctgagtagcaaactgaggatgttgaactttggaggtaacaagcttcatggtcatatccctgatactatatctccaaattcatgtg 5412364  T
Q  103 cactaagatatttgaatctgaatgacaatctgttgaatggtaccataccgaaatctttagtcaattgcaataaactgcaagtcctaaaccttggagataa 202  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||| | ||| | |||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||    
T  5412365 cactgagatatttgaatctaaatgacaatttattggacggtagcataccaaaatctttggtcaattgcaataaacttcaagtcttaaaccttggaaataa 5412464  T
Q  203 ttttttaagtgatagatttccatgtttcttgagaaatatttccaccctgagaatcatgattttaaggtcaaataagctccatgggtctattgaatttcca 302  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||| ||  |||    
T  5412465 ttttttaagtgacagatttccatgtttcttaagcaatatttccaacctgcgaatcatgattttaaggtcaaataagatgcatggatctattggatgccca 5412564  T
Q  303 aatagcactggtgattgggagatgcttcatatt 335  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5412565 aatagcactggtgattgggagatgcttcatatt 5412597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 143; E-Value: 4e-75
Query Start/End: Original strand, 1 - 335
Target Start/End: Original strand, 5502017 - 5502351
Alignment:
Q  1 ccaagtgttttgcaaccctgagtagcaaactgaggatgttgaactttggaggaaacaagcttcgtggtcatatccctgatactatttccccaaattcatg 100  Q
    ||||||||||||||||  ||||||| |  || |||||||||||  |||| |||||||||||||| || |||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  5502017 ccaagtgttttgcaacattgagtagtagtctcaggatgttgaatcttggtggaaacaagcttcgagggcatatccctgatacaatatccccaaattcatg 5502116  T
Q  101 tgcactaagatatttgaatctgaatgacaatctgttgaatggtaccataccgaaatctttagtcaattgcaataaactgcaagtcctaaaccttggagat 200  Q
    |||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||| ||||||  ||||| |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||  |     
T  5502117 tgcactaagatatttggatctaaatgacaatctcttggatggtagtataccaaaatctttggtcaattgcaagaaactacaagtcctaaaccttgggaac 5502216  T
Q  201 aattttttaagtgatagatttccatgtttcttgagaaatatttccaccctgagaatcatgattttaaggtcaaataagctccatgggtctattgaatttc 300  Q
    |||  ||||  ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| | || |||||| |||| ||||| ||||||||||| || |||||||  |  |    
T  5502217 aatgctttagttgacagatttccatgtttcttgagaaacatttccaccattaggatcatggttttgaggtctaataagctccacggttctattgggtgcc 5502316  T
Q  301 caaatagcactggtgattgggagatgcttcatatt 335  Q
    || ||| ||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  5502317 cacataacacgggtgattgggatatgcttcatatt 5502351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 36 - 334
Target Start/End: Original strand, 5378531 - 5378829
Alignment:
Q  36 atgttgaactttggaggaaacaagcttcgtggtcatatccctgatactatttccccaaattcatgtgcactaagatatttgaatctgaatgacaatctgt 135  Q
    ||||| || ||||| |||||||||||||| |||||||| |||  || |||||  |||||||||||||||||||| | |||| |||| ||||||||||| |    
T  5378531 atgttaaattttggtggaaacaagcttcgaggtcatattcctagtagtatttttccaaattcatgtgcactaaggtttttggatctaaatgacaatcttt 5378630  T
Q  136 tgaatggtaccataccgaaatctttagtcaattgcaataaactgcaagtcctaaaccttggagataattttttaagtgatagatttccatgtttcttgag 235  Q
    |    ||| | ||||| ||||| || ||||| || ||  |||| |||||  | ||||||||| | |||   ||||  |  |||||||||| ||| |||||    
T  5378631 taggaggtcctataccaaaatccttggtcaactgtaaggaactacaagttattaaccttggaaagaatgcattaaccggcagatttccatattttttgag 5378730  T
Q  236 aaatatttccaccctgagaatcatgattttaaggtcaaataagctccatgggtctattgaatttccaaatagcactggtgattgggagatgcttcatat 334  Q
     || ||| | ||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  5378731 taaaattccaacattgagaatcatgattttaaggtcaaataagctgcatgggtctattggatgcccaaatagcactggtgattggaagatgcttcatat 5378829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 74; E-Value: 7e-34
Query Start/End: Original strand, 1 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 5346910 - 5346577
Alignment:
Q  1 ccaagtgttttgcaaccctgagtagcaaactgaggatgttgaactttggaggaaacaagcttcgtggtcatatccctgatactatttccccaaattcatg 100  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||  || || |||||||| || || |||||||||||||| |||||||| |||  || ||| |  ||||||| |||    
T  5346910 ccaagtgttttgaaacactgagtagcagtctaagaatgttgaatttcggtggaaacaagcttcgaggtcatattcctagtagtatgtttccaaatttatg 5346811  T
Q  101 tgcactaagatatttgaatctgaatgacaatctgttgaatggtaccataccgaaatctttagtcaattgcaataaactgcaagtcctaaaccttggagat 200  Q
    ||||||||| | |||| |||| ||||||||||  ||    ||| | ||||| ||||| || |||||||| ||  |||| || ||| ||||||||||| |     
T  5346810 tgcactaaggtttttggatctaaatgacaatcatttaggaggtcctataccaaaatcattggtcaattgtaaggaactacaggtcttaaaccttggaaag 5346711  T
Q  201 aattttttaagtgatagatttccatgtttcttgagaaatatttccaccctgagaatcatgattttaaggtcaaataagctccatgggtctattgaatttc 300  Q
    |||    |||  |  | |||||||||||| ||||| || ||| | ||  ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||| | ||  |    
T  5346710 aatgcaataacaggcaaatttccatgttttttgagtaaaattccaacattgagaatcatggttttaaggtcaaataagctgcatggctctatcggatgcc 5346611  T
Q  301 caaatagcactggtgattgggagatgcttcatat 334  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  5346610 caaatagcactggtgattggaagatgcttcatat 5346577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 1 - 334
Target Start/End: Original strand, 5354151 - 5354484
Alignment:
Q  1 ccaagtgttttgcaaccctgagtagcaaactgaggatgttgaactttggaggaaacaagcttcgtggtcatatccctgatactatttccccaaattcatg 100  Q
    |||||||||| ||| | |||||||| |  || | ||||||||| ||||| ||||||||||| || |||||||| |||  |||||| |  |  || |||||    
T  5354151 ccaagtgtttcgcagcactgagtagtagtctcaagatgttgaattttggtggaaacaagctccgaggtcatattcctactactatgtttcagaactcatg 5354250  T
Q  101 tgcactaagatatttgaatctgaatgacaatctgttgaatggtaccataccgaaatctttagtcaattgcaataaactgcaagtcctaaaccttggagat 200  Q
    |||||||||   ||||||||| ||||||||||| ||  |  |||   |||| ||||| || |||||||||||  ||||  ||||||| ||||||||| |     
T  5354251 tgcactaaggcttttgaatctaaatgacaatcttttagacagtagtgtaccaaaatcattggtcaattgcaaagaactagaagtccttaaccttggaaag 5354350  T
Q  201 aattttttaagtgatagatttccatgtttcttgagaaatatttccaccctgagaatcatgattttaaggtcaaataagctccatgggtctattgaatttc 300  Q
    ||||  ||||  |  | |||||||||||| ||||| || |||||| |||| ||| | ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||       
T  5354351 aattcattaaccggaaaatttccatgttttttgagcaaaatttcctccctaagagtaatggttttaaggtcaaataagttccatgggtctattaaatgct 5354450  T
Q  301 caaatagcactggtgattgggagatgcttcatat 334  Q
    | ||||||  |||||||||| |||||||||||||    
T  5354451 ctaatagctttggtgattggaagatgcttcatat 5354484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 220 - 335
Target Start/End: Original strand, 5363217 - 5363332
Alignment:
Q  220 ttccatgtttcttgagaaatatttccaccctgagaatcatgattttaaggtcaaataagctccatgggtctattgaatttccaaatagcactggtgattg 319  Q
    |||||||||||||||| || ||| | ||| ||||||||||| ||||||||||||||||  |||| |||| ||||| ||  ||||||||||||||||||||    
T  5363217 ttccatgtttcttgagtaaaattccaaccttgagaatcatggttttaaggtcaaataaattccacgggtttattggatgcccaaatagcactggtgattg 5363316  T
Q  320 ggagatgcttcatatt 335  Q
    | ||||||||||||||    
T  5363317 gaagatgcttcatatt 5363332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 1 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 5424230 - 5423897
Alignment:
Q  1 ccaagtgttttgcaaccctgagtagcaaactgaggatgttgaactttggaggaaacaagcttcgtggtcatatccctgatactatttccccaaattcatg 100  Q
    |||||||||||| | | ||||||||||| || ||  ||||||| || || ||||||||||| || ||||| || |||  || ||| |  ||||||| |||    
T  5424230 ccaagtgttttgaagcactgagtagcaatctaagagtgttgaatttcggtggaaacaagctccgaggtcaaattcctagtagtatgtttccaaatttatg 5424131  T
Q  101 tgcactaagatatttgaatctgaatgacaatctgttgaatggtaccataccgaaatctttagtcaattgcaataaactgcaagtcctaaaccttggagat 200  Q
     |||||||| | | |  |||| ||||||||||| ||    ||| | ||||| ||||| ||  ||||||| ||  |||| |||||| ||||||||||| |     
T  5424130 cgcactaaggtttgttgatctaaatgacaatcttttaggaggtcctataccaaaatccttgatcaattgtaaggaactacaagtcttaaaccttggaaag 5424031  T
Q  201 aattttttaagtgatagatttccatgtttcttgagaaatatttccaccctgagaatcatgattttaaggtcaaataagctccatgggtctattgaatttc 300  Q
    |||   ||||  |  ||||||||||||||  | || || ||| | ||  ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||   ||  |    
T  5424030 aatgcattaacaggcagatttccatgttttctaagtaaaattccaacattgagaatcatggttttaaggtcaaataagctgcatgggtctatcagatgcc 5423931  T
Q  301 caaatagcactggtgattgggagatgcttcatat 334  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  5423930 caaatagcactggttattggaagatgcttcatat 5423897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 264 - 335
Target Start/End: Original strand, 5356534 - 5356605
Alignment:
Q  264 ttaaggtcaaataagctccatgggtctattgaatttccaaatagcactggtgattgggagatgcttcatatt 335  Q
    |||||||| ||||| |||||||| |||||||  |  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  5356534 ttaaggtctaataaactccatggttctattgggtgcccaaataacactggtgattgggagatgcttcatatt 5356605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 49; Significance: 6e-19; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 250 - 334
Target Start/End: Original strand, 20328921 - 20329005
Alignment:
Q  250 tgagaatcatgattttaaggtcaaataagctccatgggtctattgaatttccaaatagcactggtgattgggagatgcttcatat 334  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||   ||  ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  20328921 tgagaatcatggttttaaggtcaaataagctgcatgggtctatcagatgcccaaatagcactggttattggaagatgcttcatat 20329005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University