View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14289_low_4 (Length: 672)

Name: NF14289_low_4
Description: NF14289
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14289_low_4
NF14289_low_4
[»] chr8 (8 HSPs)
chr8 (17-658)||(2919425-2920066)
chr8 (20-654)||(37794299-37794928)
chr8 (26-643)||(3013237-3013846)
chr8 (27-277)||(2928937-2929184)
chr8 (176-384)||(2945724-2945927)
chr8 (425-525)||(2929327-2929427)
chr8 (427-495)||(2945970-2946038)
chr8 (331-389)||(2929233-2929291)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (20-654)||(28023312-28023941)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (26-277)||(1507931-1508179)
chr3 (428-495)||(1507718-1507785)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (182-277)||(4917279-4917374)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 634; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 634; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 658
Target Start/End: Original strand, 2919425 - 2920066
Alignment:
Q  17 cataggcttatccatcttctggatgaagaacttagaacttttctttttccagcgtaccattttgtcttctttctttgtaatgatgtcccctgatgacagc 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2919425 cataggcttatccatcttctggatgaagaacttagaacttttcttttcccagcgtaccattttgtcttctttctttgtaatgatgtcccctgatgacagc 2919524  T
Q  117 gacaaactataacttaccgtgaccggcaccactgtctcaaggaaggtgatcaggttaataagaccttgaacagcttcatgcctcttatctggttccattt 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2919525 gacaaactataacttaccgtgaccggcaccactgtctcaaggaaggtgatcaggttaataagaccttgaacagcttcatgcctcttatctggttccattt 2919624  T
Q  217 tcagtcttgaacaagcaaggaaaccaagaacgagcttaaccaaaccttttaagttgaaaattctattatgatcaacttgcaccggaccctttcaacacca 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2919625 tcagtcttgaacaagcaaggaaaccaagaacgagcttaaccaaaccttttaagttgaaaattctattatgatcaacttgcaccggaccctttcaacacca 2919724  T
Q  317 tcattaactaaagatgatacttttttgcacagcgattcagagatatttcgagcaccaatgtttctgtagatgttatataactttgaaatggatgatggcc 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2919725 tcattaactaaagatgatacttttttgcacagcgattcagagatatttcgagcaccaatgtttctgtagatgttatataactttgaaatggatgatggcc 2919824  T
Q  417 caaagttttgctgaggataccacacaaatatcttctcctgctcaaaaagcttcttcagatgaagattatcaggaataaacaagtcttttttatgcaacag 516  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2919825 caaagttttgctgaggataccacacaaatatcttctcctgctcaaaaagcttcttcagatgaagattatcaggaataaacaagtcttttttatgcaacag 2919924  T
Q  517 aaatatttctttgctgcctgttgttacagatagtttgatcagcctctcagaaagttctttctctggattttcgcccaagtgtttcaggataaacatccag 616  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2919925 aaatatttctttgctgcctgttgttacaggtagtttgatcagcctctcagaaagttctttctctggattttcgcccaagtgtttcaggataaacatccag 2920024  T
Q  617 aatttccagcacttttcatatgacaatccttccgatgatctt 658  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2920025 aatttccagcacttttcatatgacaatccttccgatgatctt 2920066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 20 - 654
Target Start/End: Original strand, 37794299 - 37794928
Alignment:
Q  20 aggcttatccatcttctggatgaagaacttagaacttttctttttccagcgtaccattttgtcttctttctttgtaatgatgtcccctgatgacagcgac 119  Q
    ||||| ||||| |||||||||||| ||||| ||||||| | ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||     
T  37794299 aggctcatccaacttctggatgaaaaacttggaactttgcctttcccagcgtaccattttgtcatctttctttgtaatgatgtcccctgatgacagtgat 37794398  T
Q  120 aaactataacttaccgtgaccggcaccactgtctcaaggaaggtgatcaggttaataagaccttgaacagcttcatgcctcttatctggttccattttca 219  Q
    | | |||| |||||||||||||| |||  ||||||||||||  |   |||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  37794399 agattatagcttaccgtgaccgggacctttgtctcaaggaaact---caggttgagaagaccttgaacagcttcatgcctcttgtctggttccatcttca 37794495  T
Q  220 gtcttgaacaagcaaggaaaccaagaacgagcttaaccaaaccttttaagttgaaaa---ttctattatgatcaacttgcaccggaccctttcaacacca 316  Q
    | || |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||   | | |||||||||||||||||||      |||||||||||    
T  37794496 ggctagaacaagcaaggaaaccaagaatgagcttaatcaaaccttttaagttgaaaagaataccattatgatcaacttgcacca-----tttcaacacca 37794590  T
Q  317 tcattaactaaagatgatacttttttgcacagcgattcagagatatttcgagcaccaatgtttctgtagatgttatataactttgaaatggatgatggcc 416  Q
    || || |  || || ||| ||| |||||| || |||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||| |||||||| || ||||    
T  37794591 tcgttcagcaaggaagattcttctttgcatagtgattcagatatatttcgagcaccgatttttctgtagatgtcatataacttagaaatggacgaaggcc 37794690  T
Q  417 caaagttttgctgaggataccacacaaatatcttctcctgctcaaaaagcttcttcagatgaagattatcaggaataaacaagtcttttttatgcaacag 516  Q
    ||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |  ||||| || | || |||    
T  37794691 caaagtcctgctgaggataccacacaaaaatcttctcctgctcaaaaagcttcttcagatgaaggttatcaggtataaaaacatctttcttgtccagcag 37794790  T
Q  517 aaatatttctttgctgcctgttgttacagatagtttgatcagcctctcagaaagttctttctctggattttcgcccaagtgtttcaggataaacatccag 616  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||  ||||| | ||||  |||||| |||||||||||||||||||||    
T  37794791 aaatatctctttgcttcctgttgttacaggtagtttgctcaacctctcagaaagtttcttctcagtatttgtgcccaaatgtttcaggataaacatccag 37794890  T
Q  617 aatttccagcacttttcatatgacaatccttccgatga 654  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||| ||||| ||||    
T  37794891 aatttccagcacttgtcatacgacaattcttccaatga 37794928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 68; E-Value: 5e-30
Query Start/End: Original strand, 26 - 643
Target Start/End: Complemental strand, 3013846 - 3013237
Alignment:
Q  26 atccatcttctggatgaagaacttagaacttttctttttccagcgtaccattttgtcttctttctttgtaatgatgtcccctgatgacagcgacaaacta 125  Q
    |||||||||||||||||  |||||  ||||||   ||| ||| |||||| |||||| |  |||||| |||||||||||||||||||| |  || ||||||    
T  3013846 atccatcttctggatgataaacttgcaactttgactttcccaacgtacccttttgtttgatttcttggtaatgatgtcccctgatgataatgataaacta 3013747  T
Q  126 taacttaccgtgaccggcaccactgtctcaaggaaggtgatcaggttaataagaccttgaacagcttcatgcctcttatctggttccattttcagtcttg 225  Q
    || |||||  |||  ||| |   ||||||| ||||  |   || ||| ||||||| |||||||||||| || ||| | | ||||||||||||||| || |    
T  3013746 tagcttacattgattggctctgttgtctcatggaaact---caagttgataagactttgaacagcttcttgtctcctttttggttccattttcaggctag 3013650  T
Q  226 aacaagcaaggaaaccaagaacgagcttaaccaaaccttttaagttgaaaattctattatgatcaacttgcaccggaccctttcaacaccatcattaact 325  Q
    |||| ||||| ||||||||||  ||||||||||| || ||||||||||||||  ||||  ||||||| | |  | |     || | |||||||||| ||     
T  3013649 aacatgcaagaaaaccaagaataagcttaaccaacccctttaagttgaaaatattatttggatcaacatacttcag-----tttaccaccatcattcacc 3013555  T
Q  326 aaagatgatacttttttgcacagcgattcagagatatttcgagcaccaatgtttctgtagatgttatataactttgaaatggatgatggcccaaagtttt 425  Q
    || || ||| ||| |||||| || |||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||  |||  || ||  ||||  ||||    | ||| |    
T  3013554 aaggacgattcttctttgcatagtgattcagagatatttctagcaccaatttttctgtaaatgttggatagtttagacttggacaatggtgtcatgttat 3013455  T
Q  426 gctgaggataccacacaaatatcttctcctgctcaaaaagcttcttcagatgaagattatcaggaataaacaagtcttttttatgcaacagaaatatttc 525  Q
     |||||||||||| ||||| |  || |||| ||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||| |  ||||  ||||  | ||||||||||||    
T  3013454 actgaggataccatacaaaaactttttccttctcaaaaagcttcttcatatgaaggctatcaggaataaaaacatcttccttatctaccagaaatatttc 3013355  T
Q  526 tttgctgcctgttgttacagatagtttgatcagcctctcagaaagttctttctctggattttcgcccaagtgtttcaggataaacatccagaatttccag 625  Q
     ||  | |||| ||||  || |||||| ||||  ||||||| ||||| |||||||  ||||  || ||| ||||||  |||| ||||||||||  | |||    
T  3013354 attatttcctgatgttgtaggtagtttcatcaaactctcagcaagttttttctcttcatttgtgctcaaatgtttcgagatagacatccagaacctgcag 3013255  T
Q  626 cacttttcatatgacaat 643  Q
    ||||  ||||| ||||||    
T  3013254 cactcatcataggacaat 3013237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 27 - 277
Target Start/End: Original strand, 2928937 - 2929184
Alignment:
Q  27 tccatcttctggatgaagaacttagaacttttctttttccagcgtaccattttgtcttctttctttgtaatgatgtcccctgatgacagcgacaaactat 126  Q
    ||||||||||||||||  |||||  | ||||   ||| ||| |||||| |||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||    
T  2928937 tccatcttctggatgataaacttgcagctttgactttcccaacgtacccttttgtttgctttctttgtaatgatttcccctgatgacaatgacaaactat 2929036  T
Q  127 aacttaccgtgaccggcaccactgtctcaaggaaggtgatcaggttaataagaccttgaacagcttcatgcctcttatctggttccattttcagtcttga 226  Q
    | |||||  ||| |||| |   ||||||| ||||     ||  ||| ||||||| ||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||| |    |     
T  2929037 agcttacattgatcggctctgttgtctcatggaa---actcgagttgataagactttgaacagcttcatgtctcttctttggttccattttcgggaaagc 2929133  T
Q  227 acaagcaaggaaaccaagaacgagcttaaccaaaccttttaagttgaaaat 277  Q
    ||||||||| ||||||||||  ||||||||||| || ||||||||||||||    
T  2929134 acaagcaagaaaaccaagaataagcttaaccaacccctttaagttgaaaat 2929184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 176 - 384
Target Start/End: Original strand, 2945724 - 2945927
Alignment:
Q  176 aagaccttgaacagcttcatgcctcttatctggttccattttcagtcttgaacaagcaaggaaaccaagaacgagcttaaccaaaccttttaagttgaaa 275  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||| | ||||| |||||||||  | | ||| ||||| ||||||||||  ||||||||||| || ||||||||||||    
T  2945724 aagactttgaacagcttcatgtctcttttttggtttcattttcaggttaggacatgcaagaaaaccaagaataagcttaaccaacccctttaagttgaaa 2945823  T
Q  276 attctattatgatcaacttgcaccggaccctttcaacaccatcattaactaaagatgatacttttttgcacagcgattcagagatatttcgagcaccaat 375  Q
    ||  ||||  ||||||| |||  | |     || | |||||||||| ||  | |||||| ||| |||||| || |||||||||||||||| |||||||||    
T  2945824 atattatttggatcaacatgcttcag-----tttaccaccatcattcaccgaggatgattcttctttgcaaagtgattcagagatatttctagcaccaat 2945918  T
Q  376 gtttctgta 384  Q
     ||||||||    
T  2945919 ttttctgta 2945927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 425 - 525
Target Start/End: Original strand, 2929327 - 2929427
Alignment:
Q  425 tgctgaggataccacacaaatatcttctcctgctcaaaaagcttcttcagatgaagattatcaggaataaacaagtcttttttatgcaacagaaatattt 524  Q
    ||||| |||||||| ||||| |  ||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||    ||||||||||  | |||||||||||    
T  2929327 tgctggggataccatacaaaaactttctccctctcaaaaagcttcttcatatgaagattatcgggaataaaagcatcttttttatctaccagaaatattt 2929426  T
Q  525 c 525  Q
    |    
T  2929427 c 2929427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 427 - 495
Target Start/End: Original strand, 2945970 - 2946038
Alignment:
Q  427 ctgaggataccacacaaatatcttctcctgctcaaaaagcttcttcagatgaagattatcaggaataaa 495  Q
    |||||||||||| ||||| |  || |||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  2945970 ctgaggataccatacaaaaactttttccttctcaaaaagcttcttcatatgaagactatcaggaataaa 2946038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 331 - 389
Target Start/End: Original strand, 2929233 - 2929291
Alignment:
Q  331 tgatacttttttgcacagcgattcagagatatttcgagcaccaatgtttctgtagatgt 389  Q
    |||| ||| ||||||||| |||||||||||||||| | ||||||| |||||||| ||||    
T  2929233 tgattcttctttgcacagtgattcagagatatttctaacaccaatttttctgtaaatgt 2929291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 274; Significance: 1e-153; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 274; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 20 - 654
Target Start/End: Original strand, 28023312 - 28023941
Alignment:
Q  20 aggcttatccatcttctggatgaagaacttagaacttttctttttccagcgtaccattttgtcttctttctttgtaatgatgtcccctgatgacagcgac 119  Q
    ||||| ||||| |||||||||||| ||||| ||||||| | ||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||  |     
T  28023312 aggctcatccaacttctggatgaaaaacttggaactttgcctttcccagcgaaccattttgtcatctttctttgtaacgatgtcccctgatgacagtaat 28023411  T
Q  120 aaactataacttaccgtgaccggcaccactgtctcaaggaaggtgatcaggttaataagaccttgaacagcttcatgcctcttatctggttccattttca 219  Q
    | |||||| || ||||||||||| |||  || |||||||||| | ||   ||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  28023412 agactatagctaaccgtgaccgggacctttgcctcaaggaagctcat---gttgagaagaccttgaacagcttcatgcctcttgtctggttccatcttca 28023508  T
Q  220 gtcttgaacaagcaaggaaaccaagaacgagcttaaccaaaccttttaagttgaaaattctat---tatgatcaacttgcaccggaccctttcaacacca 316  Q
    | || |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||   |||   |||||||||||||||||      |||||||||||    
T  28023509 ggctagaacaagcaaggaaaccaagaatgagcttaatcaaaccttttaagttgaaaagaatatcgttatgatcaacttgcacca-----tttcaacacca 28023603  T
Q  317 tcattaactaaagatgatacttttttgcacagcgattcagagatatttcgagcaccaatgtttctgtagatgttatataactttgaaatggatgatggcc 416  Q
    |||||    || || ||| ||| |||||| || |||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||| |||||||| || ||||    
T  28023604 tcattccgcaaggaagattcttctttgcatagtgattcagatatatttcgagcaccgatttttctgtagatgtcatataacttagaaatggacgaaggcc 28023703  T
Q  417 caaagttttgctgaggataccacacaaatatcttctcctgctcaaaaagcttcttcagatgaagattatcaggaataaacaagtcttttttatgcaacag 516  Q
    ||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |  ||||| || | || |||    
T  28023704 caaagtcctgctgaggataccacacaaaaatcttctcctgctcaaaaagcttcttcagatgaaggttatcaggtataaaaacatctttcttgtccagcag 28023803  T
Q  517 aaatatttctttgctgcctgttgttacagatagtttgatcagcctctcagaaagttctttctctggattttcgcccaagtgtttcaggataaacatccag 616  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||| ||| |||||| |||||||  ||||||| ||||  |||||| |||||||||||||||||||||    
T  28023804 aaatatctctttgcttcctgttgttacaggtagtttgctcaacctctccgaaagtttcttctctgtatttgtgcccaaatgtttcaggataaacatccag 28023903  T
Q  617 aatttccagcacttttcatatgacaatccttccgatga 654  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||| ||||| ||||    
T  28023904 aatttccagcacttgtcatacgacaattcttccaatga 28023941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 46; Significance: 7e-17; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 26 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 1508179 - 1507931
Alignment:
Q  26 atccatcttctggatgaagaacttagaacttttctttttccagcgtaccattttgtcttctttctttgtaatgatgtcccctgatgacagcgacaaacta 125  Q
    |||||||||||||||||  ||||| |||||||   ||| ||| || ||| |||||| | ||||||||||||||||||| || ||||| || | || ||||    
T  1508179 atccatcttctggatgataaacttggaactttgactttcccaacgcacccttttgtttgctttctttgtaatgatgtctccggatgatagtggcagacta 1508080  T
Q  126 taacttaccgtgaccggcaccactgtctcaaggaaggtgatcaggttaataagaccttgaacagcttcatgcctcttatctggttccattttcagtcttg 225  Q
    || |||||  |||  ||  ||| ||||||| ||||| | |    ||| | ||||  ||||||||||||||| ||||||  |||||||||||| ||  | |    
T  1508079 tagcttacattgattggttccattgtctcatggaagcttaa---gttgagaagagtttgaacagcttcatgtctcttacttggttccattttaaggttag 1507983  T
Q  226 aacaagcaaggaaaccaagaacgagcttaaccaaaccttttaagttgaaaat 277  Q
    |||| ||||| ||||||||||  |||||| |||| || ||||||||||||||    
T  1507982 aacatgcaagaaaaccaagaataagcttagccaacccctttaagttgaaaat 1507931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 428 - 495
Target Start/End: Complemental strand, 1507785 - 1507718
Alignment:
Q  428 tgaggataccacacaaatatcttctcctgctcaaaaagcttcttcagatgaagattatcaggaataaa 495  Q
    ||||||||||| ||||| || ||||||  ||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||    
T  1507785 tgaggataccagacaaaaattttctccctctcaaaaagcttcttcatatgaaagttatcaggaataaa 1507718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000002; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 182 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 4917374 - 4917279
Alignment:
Q  182 ttgaacagcttcatgcctcttatctggttccattttcagtcttgaacaagcaaggaaaccaagaacgagcttaaccaaaccttttaagttgaaaat 277  Q
    ||||||||||||||| ||||| | |||||||||||  || || ||||| ||||| ||||||||||  |||||| | || || | ||||||||||||    
T  4917374 ttgaacagcttcatgtctcttttttggttccatttcaaggctagaacatgcaagaaaaccaagaataagcttagctaacccctgtaagttgaaaat 4917279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University