View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14294_high_2 (Length: 570)

Name: NF14294_high_2
Description: NF14294
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14294_high_2
NF14294_high_2
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (18-563)||(24990465-24991010)
chr3 (18-563)||(25014002-25014547)
chr3 (18-471)||(25012985-25013426)
chr3 (66-390)||(24971868-24972193)
chr3 (65-390)||(25027012-25027340)
chr3 (66-164)||(25017767-25017865)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (18-411)||(33532352-33532743)
chr5 (271-451)||(26103902-26104085)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (18-411)||(16868604-16868995)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 501; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 501; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 563
Target Start/End: Complemental strand, 24991010 - 24990465
Alignment:
Q  18 acctatgacaataagggcattcacaacttgtaatagcacggcctgcttcgtcattcaccaataaaagagaacaattcttgtaaggacagtaaattttttc 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  24991010 acctatgacaataagggcattcacaactagtaatagcacggcctgcttcatcattcaccaataaaagagaacaattcttgtaaggacagtaaaatttttc 24990911  T
Q  118 cttcaaagcaatggaagcctcgcagtttgcagattcccaatcaacaatgannnnnnnaggtaaaatgcattgcaaatgttctggtttgagttcaacagaa 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24990910 cttcaaagcaatggaagcctcgcagtttgcagattcccaatcaacaatgatttttttaggtaaaatgcattgcaaatgttctggtttgagttcaacagaa 24990811  T
Q  218 cattctggatccggacacttgattttaatcactttttcttttatttgaatcttcacatacttggatatgcacttagtacaaaagggatgattgcataaac 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24990810 cattctggatccggacacttgattttaaccactttttcttttatttaaatcttcacatacttggatatgcacttagtacaaaagggatgattgcataaac 24990711  T
Q  318 cggttgaaaacatattagagtttgttacagaatcaaagcatataccacaacagattttagaggattgaccttgttctatagctgtctttgttttgctttt 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24990710 cggttgaaaacatattagagtttgttacagaatcaaagcatataccacaacagattttagaggattgaccttgttctatagctgtctttgttttgctttt 24990611  T
Q  418 atctttttctggcttgatctgtatctgtttgttggtctgagtgattgcttgcttgatgagctttgaaagagatttggtcttcattgtgttttgagatcgt 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24990610 atctttttctggcttgatctgtatctgtttgttggtctgagtgattgcttgcttgatgagctttgaaagagatttggtcttcattgtgttttgagatcgt 24990511  T
Q  518 tttgtgtaaagaagttgaagttgctttcattggtttcttcatttca 563  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  24990510 tttgtgtaaagaagttgaagttgctttcattggtttcttcttttca 24990465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 501; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 563
Target Start/End: Complemental strand, 25014547 - 25014002
Alignment:
Q  18 acctatgacaataagggcattcacaacttgtaatagcacggcctgcttcgtcattcaccaataaaagagaacaattcttgtaaggacagtaaattttttc 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  25014547 acctatgacaataagggcattcacagctagtaatagcacggcctgcttcgtcattcaccaataaaagagaacaattcttgtaaggacagtaaaatttttc 25014448  T
Q  118 cttcaaagcaatggaagcctcgcagtttgcagattcccaatcaacaatgannnnnnnaggtaaaatgcattgcaaatgttctggtttgagttcaacagaa 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25014447 cttcaaagcaatggaagcctcgcagtttgcagattcccaatcaacaatgatttttttaggtaaaatgcattgcaaatgttctggtttgagttcaacagaa 25014348  T
Q  218 cattctggatccggacacttgattttaatcactttttcttttatttgaatcttcacatacttggatatgcacttagtacaaaagggatgattgcataaac 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25014347 cattctggatccggacacttgattttaaccactttttcttttatttcaatcttcacatacttggatatgcacttagtacaaaagggatgattgcataaac 25014248  T
Q  318 cggttgaaaacatattagagtttgttacagaatcaaagcatataccacaacagattttagaggattgaccttgttctatagctgtctttgttttgctttt 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25014247 cggttgaaaacatattagagtttgttacagaatcaaagcatataccacaacagattttagaggattgaccttgttctatagctgtctttgttttgctttt 25014148  T
Q  418 atctttttctggcttgatctgtatctgtttgttggtctgagtgattgcttgcttgatgagctttgaaagagatttggtcttcattgtgttttgagatcgt 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25014147 atctttttctggcttgatctgtatctgtttgttggtctgagtgattgcttgcttgatgagctttgaaagagatttggtcttcattgtgttttgagatcgt 25014048  T
Q  518 tttgtgtaaagaagttgaagttgctttcattggtttcttcatttca 563  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  25014047 tttgtgtaaagaagttgaagttgctttcattggtttcttcttttca 25014002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 18 - 471
Target Start/End: Complemental strand, 25013426 - 25012985
Alignment:
Q  18 acctatgacaataagggcattcacaacttgtaatagcacggcctgcttcgtcattcaccaataaaagagaacaattcttgtaaggacagtaaattttttc 117  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  25013426 acctatgacaagaagggcattcacaacttgtaacagcac---ctgcttcgtcattcaccaataaaagagaacaattcttataaggacagtaaattttttc 25013330  T
Q  118 cttcaaagcaatggaagcctcgcagtttgcagattcccaatcaacaatgannnnnnnaggtaaaatgcattgcaaatgttctggtttgagttcaacagaa 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  25013329 cttcaaagcaatggaagcctcgcagtttgcagattcccaatcaacaatgatttcgttaggtaaaatggattgcaaatgttcttgtttgagttcaactgaa 25013230  T
Q  218 cattctggatccggacacttgattttaatcactttttcttttatttgaatcttcacatacttggatatgcacttagtacaaaagggatgattgcataaac 317  Q
    ||||||||||| || ||||| | ||| |  |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||    
T  25013229 cattctggatctgggcacttcactttcacaactttttcttttatttgaatctttgcatacttggatatgcttatagtacaaaagggatgattgcataaac 25013130  T
Q  318 cggttgaaaacatattagagtttgttacagaatcaaagcatataccacaacagattttagaggattgaccttgttctatagctgtctttgttttgctttt 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||  ||||||| |||||||| |||||||| ||| |||| ||||| ||| ||||    
T  25013129 cggttgaaaacatattagagtttgtt---------aagcatataccacagaagatttttgaggattggccttgttcgatatctgtatttgtgttgttttt 25013039  T
Q  418 atctttttctggcttgatctgtatctgtttgttggtctgagtgattgcttgctt 471  Q
     | || || ||||||||||||||||||||||||||||  |||  ||||||||||    
T  25013038 gttttcttttggcttgatctgtatctgtttgttggtcctagtagttgcttgctt 25012985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 113; E-Value: 6e-57
Query Start/End: Original strand, 66 - 390
Target Start/End: Original strand, 24971868 - 24972193
Alignment:
Q  66 cgtcattcaccaataaaagagaacaattcttgtaaggacagtaaattttttccttcaaagcaatggaagcctcgcagtttgcagattcccaatcaacaat 165  Q
    ||||||||||||| | |||| |||||||||| |||||||| | |||||||| | ||  |||||| |||| |||  |  ||||||||||||||||||||||    
T  24971868 cgtcattcaccaacagaagaaaacaattcttataaggacaatgaattttttgcctctgagcaatagaagactcataaattgcagattcccaatcaacaat 24971967  T
Q  166 gannnnnnn-aggtaaaatgcattgcaaatgttctggtttgagttcaacagaacattctggatccggacacttgattttaatcactttttcttttatttg 264  Q
    ||        ||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| | || |||||||||| ||||    
T  24971968 gactttttttaggtaaaatgggttgcaaatgttctggtttcagttcaacagaacattctggatccggacacttcactttcaccattttttcttttctttg 24972067  T
Q  265 aatcttcacatacttggatatgcacttagtacaaaagggatgattgcataaaccggttgaaaacatattagagtttgttacagaatcaaagcatatacca 364  Q
    ||  ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||  || || ||||||| | ||||||||||||  ||||||||     
T  24972068 aactttcgcattcttggatatgcacttagtacaaaaggggtgattgcatgaaccagttgcgaatattttagagtctattacagaatcaagacatataccg 24972167  T
Q  365 caacagattttagaggattgaccttg 390  Q
    ||  || |||| ||||||||| ||||    
T  24972168 cataagctttttgaggattgagcttg 24972193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 65 - 390
Target Start/End: Complemental strand, 25027340 - 25027012
Alignment:
Q  65 tcgtcattcaccaataaaagagaacaattcttgtaaggacagtaaattttttccttcaaagcaatggaagcctcgcagtttgcagattcccaatcaacaa 164  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||||  ||||| ||||| ||||||| | ||| |||||| ||||  ||  |  ||||||||||||| |||||||    
T  25027340 tcgtcgttcaccaacaaaagagaacaattctcataagggcagtacattttttgcatcatagcaatagaagattcataaattgcagattcccattcaacaa 25027241  T
Q  165 tgannnnnnnaggtaaaatgcattgcaaatgttctggtttgagttcaacagaacattctggatccggacacttgattttaatcactttttcttttatttg 264  Q
    |||       ||||| |||| ||| || |||||||||||| ||||| |||||||| |||||||  ||||| || | ||| | ||| ||||||||| | ||    
T  25027240 tgacttgtttaggtataatggattccacatgttctggtttcagttccacagaacaatctggatttggacaatttagtttcaccacgttttcttttctctg 25027141  T
Q  265 aatcttcacatacttggatatgcacttagtacaaaagggatgattgcataaaccggttgaaaacatattagagtttgttacagaatcaaagcatatacca 364  Q
    ||  | ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||  ||||  ||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  25027140 aacatccacatacatggatatgcaattagtacaaaagggatgattgcatgaacttgttgtgaacattttagagactgttacagaatcaaagcatatacca 25027041  T
Q  365 caac---agattttagaggattgaccttg 390  Q
    || |   || |||| ||||||||||||||    
T  25027040 cagctgaagcttttcgaggattgaccttg 25027012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 66 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 25017865 - 25017767
Alignment:
Q  66 cgtcattcaccaataaaagagaacaattcttgtaaggacagtaaattttttccttcaaagcaatggaagcctcgcagtttgcagattcccaatcaacaa 164  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||| | ||||| |||| |||| |||| |  |||||||||||||||||||||    
T  25017865 cgtcattcaccaacagaagagaacaattcttataagggcagtatattttttgcctcaaaacaatagaagactcgtaaattgcagattcccaatcaacaa 25017767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 184; Significance: 3e-99; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 184; E-Value: 3e-99
Query Start/End: Original strand, 18 - 411
Target Start/End: Original strand, 33532352 - 33532743
Alignment:
Q  18 acctatgacaataagggcattcacaacttgtaatagcacggcctgcttcgtcattcaccaataaaagagaacaattcttgtaaggacagtaaattttttc 117  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||    |||  ||||||||||||  |||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||    
T  33532352 acctatgacaagaagagcattcacaacttgtaacagcaca---tgccgcgtcattcaccatcaaaagagaacaattgttataaggacagtaaattttgtc 33532448  T
Q  118 cttcaaagcaatggaagcctcgcagtttgcagattcccaatcaacaatgannnnnnnaggtaaaatgcattgcaaatgttctggtttgagttcaaca--- 214  Q
    |||||||| ||| |||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||        
T  33532449 cttcaaagaaatagaattctcacagtttgcagattcccaatcaacaatgatttttttaggtaaaatgtattgcaaatgttctggtttcagttcaacgtac 33532548  T
Q  215 -gaacattctggatccggacacttgattttaatcactttttcttttatttgaatcttcacatacttggatatgcacttagtacaaaagggatgattgcat 313  Q
     |||||||||||||| ||||| || | ||| | |||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||     
T  33532549 ggaacattctggatcaggacaattcagtttcaccactttttctgttatttgattcttcacatacttgcatatgcatttagtacaaaagggatgattgcag 33532648  T
Q  314 aaaccggttgaaaacatattagagtttgttacagaatcaaagcatataccacaacagattttagaggattgaccttgttctatagctgtctttgtttt 411  Q
       || ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  33532649 ---ccagttgaaaacatgttagagtctgttacagaatcaaagcatataccacagaagatttttgaggattgaccttgttctataactgtctttgtttt 33532743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 271 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 26104085 - 26103902
Alignment:
Q  271 cacatacttggatatgcacttagtacaaaagggatgattgcataaaccggttgaaaacatattagagtttgttacagaatcaaagcatataccaca---a 367  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||  |  |  |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||   |    
T  26104085 cacatacttggatatgcaattagtacaaaatggatgattgcatgaactagcagtgaacatattagtgttttttacagaatcaaagcatataccgcagtta 26103986  T
Q  368 cagattttagaggattgaccttgttctatagctgtctttgttttgcttttatctttttctggcttgatctgtatctgtttgttg 451  Q
     || |||| ||||||| ||||||||| ||| | || ||||||||| || | |||| |||||||||| |||| ||| ||||||||    
T  26103985 aagctttttgaggattcaccttgttccataacagtgtttgttttgtttgtttcttcttctggcttgttctgaatcagtttgttg 26103902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 184; Significance: 3e-99; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 184; E-Value: 3e-99
Query Start/End: Original strand, 18 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 16868995 - 16868604
Alignment:
Q  18 acctatgacaataagggcattcacaacttgtaatagcacggcctgcttcgtcattcaccaataaaagagaacaattcttgtaaggacagtaaattttttc 117  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||    |||  ||||||||||||  |||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||    
T  16868995 acctatgacaagaagagcattcacaacttgtaacagcaca---tgccgcgtcattcaccatcaaaagagaacaattgttataaggacagtaaattttgtc 16868899  T
Q  118 cttcaaagcaatggaagcctcgcagtttgcagattcccaatcaacaatgannnnnnnaggtaaaatgcattgcaaatgttctggtttgagttcaaca--- 214  Q
    |||||||| ||| |||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||        
T  16868898 cttcaaagaaatagaattctcacagtttgcagattcccaatcaacaatgatttttttaggtaaaatgtattgcaaatgttctggtttcagttcaacgtac 16868799  T
Q  215 -gaacattctggatccggacacttgattttaatcactttttcttttatttgaatcttcacatacttggatatgcacttagtacaaaagggatgattgcat 313  Q
     |||||||||||||| ||||| || | ||| | |||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||     
T  16868798 ggaacattctggatcaggacaattcagtttcaccactttttctgttatttgattcttcacatacttgcatatgcatttagtacaaaagggatgattgcag 16868699  T
Q  314 aaaccggttgaaaacatattagagtttgttacagaatcaaagcatataccacaacagattttagaggattgaccttgttctatagctgtctttgtttt 411  Q
       || ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  16868698 ---ccagttgaaaacatgttagagtctgttacagaatcaaagcatataccacagaagatttttgaggattgaccttgttctataactgtctttgtttt 16868604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University