View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14295_low_4 (Length: 559)

Name: NF14295_low_4
Description: NF14295
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14295_low_4
NF14295_low_4
[»] chr1 (11 HSPs)
chr1 (20-545)||(15016406-15016931)
chr1 (17-537)||(15024405-15024925)
chr1 (17-537)||(15031746-15032266)
chr1 (17-534)||(15001395-15001912)
chr1 (17-534)||(15036308-15036825)
chr1 (17-534)||(15010288-15010805)
chr1 (130-534)||(14467204-14467608)
chr1 (50-534)||(14503303-14503787)
chr1 (154-544)||(14522921-14523311)
chr1 (130-534)||(14533052-14533456)
chr1 (134-376)||(15040161-15040403)
[»] scaffold0400 (2 HSPs)
scaffold0400 (157-534)||(12207-12584)
scaffold0400 (130-534)||(5892-6296)
[»] scaffold0365 (2 HSPs)
scaffold0365 (157-534)||(12850-13227)
scaffold0365 (130-534)||(6536-6940)
[»] chr7 (5 HSPs)
chr7 (130-448)||(16102283-16102601)
chr7 (130-448)||(16171961-16172279)
chr7 (157-288)||(17847959-17848090)
chr7 (158-314)||(15665775-15665931)
chr7 (130-467)||(16024482-16024819)
[»] scaffold0289 (1 HSPs)
scaffold0289 (158-314)||(18643-18799)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 430; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 430; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 545
Target Start/End: Original strand, 15016406 - 15016931
Alignment:
Q  20 aataggcttaccgatttggaagcactccatttatatgataataattttgttggtcatttacctcaaaatatttgtgtcggtgggaagttgagacgattca 119  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |  ||||     
T  15016406 aataggcttaccgatttgaaagcactcgatttgtatgataataattttgttggtcatttacctcataatatttgtgtcggtgggaagttggaaaaattct 15016505  T
Q  120 ctgcagcacttaaccagttcacaggcctagttcaagagagtttgaagaattgctccagccttaagagagtgaggattgaacaaaaccaattgactggaaa 219  Q
    |||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  15016506 ctgctgctcttaaccagttcacaggcctagttccagagagtttgaagaattgctcaagccttaagagactgaggcttgaacaaaaccaactgactggaaa 15016605  T
Q  220 tataacagatagttttggtgtgtatccaaacttggactacatggacttaagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgcaag 319  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  15016606 tataacaaatagttttggtgtgtatccaaacttggactacatggaattgagtgataataatttgtatggtcaaatttctccaaattggggaaagtgcaag 15016705  T
Q  320 aatctcacaagccttaaaatctccaacaataatttgacaggaagcataccaccagaactaggcagagcaacaaatttacatgaacttaacttgtcttcaa 419  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15016706 aatctcacaagccttaaaatctccaacaataatttgacaggaagcataccaccagaactaggcagagcaacaaatttacatgaacttaacttgtcttcaa 15016805  T
Q  420 accatcttacggggaaaattccaaaggagctagaaaacttatctttgttgatcaaactctcgttaagtaacaatcatctttctggagaagtccctgagca 519  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  15016806 accatcttacggggaaaattccaaaggagctagaaaacttatctttgttgatcaaactctcgttaagtaacaatcatctttctggagaagttcctgaaca 15016905  T
Q  520 aattgaatcattgcacgaattaactg 545  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  15016906 aattgaatcattgcacgaattaactg 15016931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 361; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 537
Target Start/End: Original strand, 15024405 - 15024925
Alignment:
Q  17 atgaataggcttaccgatttggaagcactccatttatatgataataattttgttggtcatttacctcaaaatatttgtgtcggtgggaagttgagacgat 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | | |  ||    
T  15024405 atgaataggcttaccgatttggaagcactccatttagatgttaataattttgttggtcatttacctcacaatatttgtgtcggtgggaagataaaaaaat 15024504  T
Q  117 tcactgcagcacttaaccagttcacaggcctagttcaagagagtttgaagaattgctccagccttaagagagtgaggattgaacaaaaccaattgactgg 216  Q
    ||||||| | ||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||| |||| ||||||||| |||||||    
T  15024505 tcactgctggacttaaccagttcactggcttagttccagagagtttgaagaattgcttaagccttaaaagagtgaggcttgatcaaaaccaactgactgg 15024604  T
Q  217 aaatataacagatagttttggtgtgtatccaaacttggactacatggacttaagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgc 316  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15024605 aaatataacaaatagttttggtgtgtatccaaacttgtactacatggacttgaatgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgc 15024704  T
Q  317 aagaatctcacaagccttaaaatctccaacaataatttgacaggaagcataccaccagaactaggcagagcaacaaatttacatgaacttaacttgtctt 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    |||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||    
T  15024705 aagaatctcacaagccttaaaatctctggtaataatttaacaggaagaataccaccagagctaggcagcgcaacaaatttacaggagcttaacttgtctt 15024804  T
Q  417 caaaccatcttacggggaaaattccaaaggagctagaaaacttatctttgttgatcaaactctcgttaagtaacaatcatctttctggagaagtccctga 516  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||     
T  15024805 caaaccatctaacgggaaaaattccaaaggagctagaaaacttatctttgttgatcaaactctcgttaagtaacaatcacctttctggagaagttcctgt 15024904  T
Q  517 gcaaattgaatcattgcacga 537  Q
     ||||||| ||||||||||||    
T  15024905 acaaattgcatcattgcacga 15024925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 361; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 537
Target Start/End: Original strand, 15031746 - 15032266
Alignment:
Q  17 atgaataggcttaccgatttggaagcactccatttatatgataataattttgttggtcatttacctcaaaatatttgtgtcggtgggaagttgagacgat 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | | |  ||    
T  15031746 atgaataggcttaccgatttggaagcactccatttagatgttaataattttgttggtcatttacctcacaatatttgtgtcggtgggaagataaaaaaat 15031845  T
Q  117 tcactgcagcacttaaccagttcacaggcctagttcaagagagtttgaagaattgctccagccttaagagagtgaggattgaacaaaaccaattgactgg 216  Q
    ||||||| | ||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||| |||| ||||||||| |||||||    
T  15031846 tcactgctggacttaaccagttcactggcttagttccagagagtttgaagaattgcttaagccttaaaagagtgaggcttgatcaaaaccaactgactgg 15031945  T
Q  217 aaatataacagatagttttggtgtgtatccaaacttggactacatggacttaagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgc 316  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15031946 aaatataacaaatagttttggtgtgtatccaaacttgtactacatggacttgaatgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgc 15032045  T
Q  317 aagaatctcacaagccttaaaatctccaacaataatttgacaggaagcataccaccagaactaggcagagcaacaaatttacatgaacttaacttgtctt 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    |||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||    
T  15032046 aagaatctcacaagccttaaaatctctggtaataatttaacaggaagaataccaccagagctaggcagcgcaacaaatttacaggagcttaacttgtctt 15032145  T
Q  417 caaaccatcttacggggaaaattccaaaggagctagaaaacttatctttgttgatcaaactctcgttaagtaacaatcatctttctggagaagtccctga 516  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||     
T  15032146 caaaccatctaacgggaaaaattccaaaggagctagaaaacttatctttgttgatcaaactctcgttaagtaacaatcacctttctggagaagttcctgt 15032245  T
Q  517 gcaaattgaatcattgcacga 537  Q
     ||||||| ||||||||||||    
T  15032246 acaaattgcatcattgcacga 15032266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 358; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 534
Target Start/End: Original strand, 15001395 - 15001912
Alignment:
Q  17 atgaataggcttaccgatttggaagcactccatttatatgataataattttgttggtcatttacctcaaaatatttgtgtcggtgggaagttgagacgat 116  Q
    |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||| | |   |    
T  15001395 atgaataggcttacagatttggaagtactccatttatctgataataattttgttggtcatttacctcacaatatttgtaacggtgggaagttaaaaatgt 15001494  T
Q  117 tcactgcagcacttaaccagttcacaggcctagttcaagagagtttgaagaattgctccagccttaagagagtgaggattgaacaaaaccaattgactgg 216  Q
    ||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||  || ||||||||||| |||||||    
T  15001495 tcactgttgcacttaaccagttcacaggcctagttccagagagtttgaagaattgctcaagccttacgagagtgagacttcaacaaaaccaactgactgg 15001594  T
Q  217 aaatataacagatagttttggtgtgtatccaaacttggactacatggacttaagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgc 316  Q
    |||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15001595 aaatataacagacagctttggtgtgtatccaaatttggaatacatggatttgagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgc 15001694  T
Q  317 aagaatctcacaagccttaaaatctccaacaataatttgacaggaagcataccaccagaactaggcagagcaacaaatttacatgaacttaacttgtctt 416  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  15001695 aagaatctcacaagcctaaaaatctccaacaataatttgacaggaagcataccaccagaactaggcagagcaacaaatttacaggagcttaacttgtctt 15001794  T
Q  417 caaaccatcttacggggaaaattccaaaggagctagaaaacttatctttgttgatcaaactctcgttaagtaacaatcatctttctggagaagtccctga 516  Q
    |||||||||| | | | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |     
T  15001795 caaaccatctaatgcgaaaaattccaaaggagttagaaaacttatctttgttgatcaaactctcgttaagtaacaatcatctttatggagaagttccagt 15001894  T
Q  517 gcaaattgaatcattgca 534  Q
     ||||||| |||||||||    
T  15001895 acaaattgcatcattgca 15001912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 342; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 534
Target Start/End: Original strand, 15036308 - 15036825
Alignment:
Q  17 atgaataggcttaccgatttggaagcactccatttatatgataataattttgttggtcatttacctcaaaatatttgtgtcggtgggaagttgagacgat 116  Q
    |||||||||||||| |||||||||| |||| | |||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |  ||    
T  15036308 atgaataggcttacggatttggaagtactcgaattatatgataataaatttattggtcatttacctcacaatatttgtgtcggtgggaagttaaaaacat 15036407  T
Q  117 tcactgcagcacttaaccagttcacaggcctagttcaagagagtttgaagaattgctccagccttaagagagtgaggattgaacaaaaccaattgactgg 216  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||| || | ||||||||| |||||||    
T  15036408 tcactgctgcacttaaccagttcagaggcctagttccagagagtttgaagaattgctcaagccttgagagattgaggcttaaccaaaaccaactgactgg 15036507  T
Q  217 aaatataacagatagttttggtgtgtatccaaacttggactacatggacttaagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgc 316  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15036508 aaatataacagagagttttggtgtgtatccaaacttggactacatggacttgagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgc 15036607  T
Q  317 aagaatctcacaagccttaaaatctccaacaataatttgacaggaagcataccaccagaactaggcagagcaacaaatttacatgaacttaacttgtctt 416  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||   |||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  15036608 aagaatctcacaagcctaaaaatctccggtaataatttaactggaagaataccaccagaactaggcagagcaacaaatttacaggagcttaacttgtctt 15036707  T
Q  417 caaaccatcttacggggaaaattccaaaggagctagaaaacttatctttgttgatcaaactctcgttaagtaacaatcatctttctggagaagtccctga 516  Q
    ||||| |||| | ||| |||||||||||||||||| || | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||     
T  15036708 caaacgatctaatgggaaaaattccaaaggagctaaaatatttatctttgttgttcaaactctcgttaagtaacaatcatctttctggagaagttcctgt 15036807  T
Q  517 gcaaattgaatcattgca 534  Q
     ||||||| |||||||||    
T  15036808 acaaattgcatcattgca 15036825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 338; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 534
Target Start/End: Original strand, 15010288 - 15010805
Alignment:
Q  17 atgaataggcttaccgatttggaagcactccatttatatgataataattttgttggtcatttacctcaaaatatttgtgtcggtgggaagttgagacgat 116  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| | |  ||    
T  15010288 atgaataggcttatcgatttggaagtactccatttatctgataatatttttgttggtcatttacctcacaatatttgtgttggtgggaagttaaaaacat 15010387  T
Q  117 tcactgcagcacttaaccagttcacaggcctagttcaagagagtttgaagaattgctccagccttaagagagtgaggattgaacaaaaccaattgactgg 216  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||| |||| ||||||||| | |||||    
T  15010388 tcactgctgcacttaaccagttcacaggcctagttccagagagtttgaagaattgctcaagccttacgagactgaggcttgatcaaaaccaacttactgg 15010487  T
Q  217 aaatataacagatagttttggtgtgtatccaaacttggactacatggacttaagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgc 316  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15010488 aaatataacagagagttttggtgtgtatccaaacttggactacatggaattgagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgc 15010587  T
Q  317 aagaatctcacaagccttaaaatctccaacaataatttgacaggaagcataccaccagaactaggcagagcaacaaatttacatgaacttaacttgtctt 416  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||    |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||| || |||||||||||||    
T  15010588 aagattctcacaagcctaaaaatctctggtaataatttaacaggaagaataccaccagaactaggaagtgcaacaaatttacaggagcttaacttgtctt 15010687  T
Q  417 caaaccatcttacggggaaaattccaaaggagctagaaaacttatctttgttgatcaaactctcgttaagtaacaatcatctttctggagaagtccctga 516  Q
    |||||||||| | ||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||     
T  15010688 caaaccatctaatgggaaaaattccaaaggagttagaatacttatctttgttgttcaaactctccttaagtaacaatcatctttctggagaagttcctgt 15010787  T
Q  517 gcaaattgaatcattgca 534  Q
     ||||||| |||||||||    
T  15010788 acaaattgcatcattgca 15010805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 130 - 534
Target Start/End: Original strand, 14467204 - 14467608
Alignment:
Q  130 taaccagttcacaggcctagttcaagagagtttgaagaattgctccagccttaagagagtgaggattgaacaaaaccaattgactggaaatataacagat 229  Q
    |||||| |||||||||| | ||| | ||||||||||||| ||||| |||||| | ||||| ||| || ||||||| ||| | ||||  |||||||| |||    
T  14467204 taaccaattcacaggcccaattccaaagagtttgaagaactgctctagcctttatagagtaaggcttcaacaaaatcaactaactgacaatataactgat 14467303  T
Q  230 agttttggtgtgtatccaaacttggactacatggacttaagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgcaagaatctcacaa 329  Q
       ||||| ||| ||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||| || || ||||||||||| |||| ||||||||||     
T  14467304 gcctttggcgtgcatccaaaattggactacatggaattgagtgataataatttgtatggccatctatcaccgaattggggaaaatgcatgaatctcacat 14467403  T
Q  330 gccttaaaatctccaacaataatttgacaggaagcataccaccagaactaggcagagcaacaaatttacatgaacttaacttgtcttcaaaccatcttac 429  Q
    |||||||||||| ||| || ||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  14467404 gccttaaaatcttcaataacaatttaacaggaagcataccgccagaactaggccgagcaacaaatttacatgaactaaacctgtcttcaaaccatcttac 14467503  T
Q  430 ggggaaaattccaaaggagctagaaaacttatctttgttgatcaaactctcgttaagtaacaatcatctttctggagaagtccctgagcaaattgaatca 529  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||  ||| ||| ||||    
T  14467504 gggaaaaattccaaaggagctagaaagcttatctttgttgatccaactctcggtaagtaacaatcatctttcaggagaagttcctgcacaagttgcatca 14467603  T
Q  530 ttgca 534  Q
    |||||    
T  14467604 ttgca 14467608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 50 - 534
Target Start/End: Original strand, 14503303 - 14503787
Alignment:
Q  50 ttatatgataataattttgttggtcatttacctcaaaatatttgtgtcggtgggaagttgagacgattcactgc-agcacttaaccagttcacaggccta 148  Q
    |||| ||||||||||||  | || ||||||||||| || |||||||| ||||| | ||||| |   |||||||| || | | ||||| |||||||| | |    
T  14503303 ttatctgataataatttcataggccatttacctcacaacatttgtgttggtggaatgttgacaaatttcactgctagtaat-aaccaattcacagggcca 14503401  T
Q  149 gttcaagagagtttgaagaattgctccagccttaagagagtgaggattgaacaaaaccaattgactggaaatataacagatagttttggtgtgtatccaa 248  Q
     ||| | ||||||| |||||||||||||||||||  ||||| ||| || || |||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||     
T  14503402 attccaaagagtttaaagaattgctccagccttattagagttaggcttcaaaaaaatcaattaactggaaatataacagatggttttggtgtttatccac 14503501  T
Q  249 acttggactacatggacttaagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgcaagaatctcacaagccttaaaatctccaacaa 348  Q
    | |||||||||||||| || ||||| |||||||| ||||| ||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||    
T  14503502 atttggactacatggaattgagtgaaaataatttgtatggccatctatcaccaaattggggaaagtgcaagagtctcacaagccttaaaatctccaataa 14503601  T
Q  349 taatttgacaggaagcataccaccagaactaggcagag-caacaaatttacatgaacttaacttgtcttcaaaccatcttacggggaaaattccaaagga 447  Q
     ||||| |||||||  ||||||| |||| | ||| ||| |||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  14503602 caatttaacaggaaatataccacaagaa-ttggctgagacaattaatttacatgaacttaacttgtcatcaaaccatcttactggaaaaattccaaagga 14503700  T
Q  448 gctagaaaacttatctttgttgatcaaactctcgttaagtaacaatcatctttctggagaagtccctgagcaaattgaatcattgca 534  Q
     |||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||   ||||||| |||||||||    
T  14503701 tctaggaaacttgtctttgttgatcaaactctcgataagtaacaatcatctttctggagaggttcctatacaaattgcatcattgca 14503787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 172; E-Value: 4e-92
Query Start/End: Original strand, 154 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 14523311 - 14522921
Alignment:
Q  154 agagagtttgaagaattgctccagccttaagagagtgaggattgaacaaaaccaattgactggaaatataacagatagttttggtgtgtatccaaacttg 253  Q
    ||||||||||||||| || || |||||||  ||| ||||  || | |||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  14523311 agagagtttgaagaactgttctagccttataagattgagacttaaccaaaacaaaatgacaggaaatataacagatagttttggtgtgtatccaaatttg 14523212  T
Q  254 gactacatggacttaagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgcaagaatctcacaagccttaaaatctccaacaataatt 353  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  14523211 gactacatagaattaagtgataataatttttatggttatctttctccaaattgggggaagtgcaagaatctgacaagccttaaaatctccaataataatt 14523112  T
Q  354 tgacaggaagcataccaccagaactaggcag-agcaacaaatttacatgaacttaacttgtcttcaaaccatcttacggggaaaattccaaaggagctag 452  Q
    | | ||||||||||||||||||| | ||| | |||||| |||||||||  |||| ||||||| ||||| || ||||  || |||||||||||||| ||||    
T  14523111 taataggaagcataccaccagaa-ttggctgaagcaaccaatttacatatacttgacttgtcctcaaatcaacttataggaaaaattccaaaggatctag 14523013  T
Q  453 aaaacttatctttgttgatcaaactctcgttaagtaacaatcatctttctggagaagtccctgagcaaattgaatcattgcacgaattaact 544  Q
     ||||||||||    ||||| |||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||| |||  ||| |||| ||||||||| ||| |||||    
T  14523012 gaaacttatctgcactgatccaactctcgataagtaataatcatctttcgggagaagttcctatgcagattgcatcattgcatgaactaact 14522921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 165; E-Value: 5e-88
Query Start/End: Original strand, 130 - 534
Target Start/End: Complemental strand, 14533456 - 14533052
Alignment:
Q  130 taaccagttcacaggcctagttcaagagagtttgaagaattgctccagccttaagagagtgaggattgaacaaaaccaattgactggaaatataacagat 229  Q
    |||||| |||||||||| | ||| | ||||||||||||| |||||||| ||||  ||||| ||  || ||||||| ||| | ||||  |||||||| |||    
T  14533456 taaccaattcacaggcccaattccaaagagtttgaagaagtgctccagtcttatcagagtaagacttcaacaaaatcaaataactgacaatataactgat 14533357  T
Q  230 agttttggtgtgtatccaaacttggactacatggacttaagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgcaagaatctcacaa 329  Q
       ||||| ||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||| | || ||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  14533356 gcctttggcgtgtatccaaatttggactacatggaattgagtgataataatttttatggccatatatcaccaaattggggtaagtgcaagaaactcacaa 14533257  T
Q  330 gccttaaaatctccaacaataatttgacaggaagcataccaccagaactaggcagagcaacaaatttacatgaacttaacttgtcttcaaaccatcttac 429  Q
    | ||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||| | |||||||||  |||||||| | ||||| ||||||||  |||||||||||||||||||    
T  14533256 gtcttcaaatctccaacaataatttaactggaagcatacctcaagaactaggtggagcaacacaattacaagaacttaatctgtcttcaaaccatcttac 14533157  T
Q  430 ggggaaaattccaaaggagctagaaaacttatctttgttgatcaaactctcgttaagtaacaatcatctttctggagaagtccctgagcaaattgaatca 529  Q
     || ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||| ||||||  |||||||| ||||  ||||||| ||||    
T  14533156 tggaaaaattccagaggagctaggaaacttatctttgttaatcaaactctcgataaataacaataatcttttgggagaagttcctgtacaaattgcatca 14533057  T
Q  530 ttgca 534  Q
     ||||    
T  14533056 ctgca 14533052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 134 - 376
Target Start/End: Original strand, 15040161 - 15040403
Alignment:
Q  134 cagttcacaggcctagttcaagagagtttgaagaattgctccagccttaagagagtgaggattgaacaaaaccaattgactggaaatataacagatagtt 233  Q
    ||||||||||| | | ||| | |||||||||||||||| || || || |||||||||||  |||||||||||||| |  ||||||||||||||||||| |    
T  15040161 cagttcacaggtccaattccaaagagtttgaagaattgttcaagtctaaagagagtgagacttgaacaaaaccaacttgctggaaatataacagatagct 15040260  T
Q  234 ttggtgtgtatccaaacttggactacatggacttaagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgcaagaatctcacaagcct 333  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||||||| || |||| |||||| | || ||| ||| |||| || |||||||||||  |||||||||||| ||||||    
T  15040261 ttggtgtgtgtccaaacttgtactacatggaattgagtggtaataaatattttggccatatttcacctaattggggaaaacgcaagaatctcataagcct 15040360  T
Q  334 taaaatctccaacaataatttgacaggaagcataccaccagaa 376  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||| ||||    
T  15040361 taaaatctccaacaataatttaacagggagtataccactagaa 15040403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0400 (Bit Score: 190; Significance: 1e-103; HSPs: 2)
Name: scaffold0400
Description:

Target: scaffold0400; HSP #1
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 157 - 534
Target Start/End: Original strand, 12207 - 12584
Alignment:
Q  157 gagtttgaagaattgctccagccttaagagagtgaggattgaacaaaaccaattgactggaaatataacagatagttttggtgtgtatccaaacttggac 256  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||| || || |||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||| | |||| |    
T  12207 gagtttgaagaattgctccagccttattagagttaggcttcaaaaaaatcaattaactggaaatataacagatggttttggtgtttatccacatttggtc 12306  T
Q  257 tacatggacttaagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgcaagaatctcacaagccttaaaatctccaacaataatttga 356  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| | || ||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||| |    
T  12307 tacatggaattaagtgataataatttttatggccatatatcaccaaattggggtaagtgcaagaaactcacaagtcttcaaatctccaacaataatttaa 12406  T
Q  357 caggaagcataccaccagaactaggcagagcaacaaatttacatgaacttaacttgtcttcaaaccatcttacggggaaaattccaaaggagctagaaaa 456  Q
    | ||||||||||| | |||||||||  |||||||| | ||||| ||||||||  ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||    
T  12407 ctggaagcataccgcaagaactaggtggagcaacacaattacaagaacttaatctgtcttcaaaccatcttactggaaaaattccaaaggagctaggaaa 12506  T
Q  457 cttatctttgttgatcaaactctcgttaagtaacaatcatctttctggagaagtccctgagcaaattgaatcattgca 534  Q
    |||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||| ||||||  |||||||| ||||  ||||||| |||| ||||    
T  12507 cttatctttgttaatcaaactctcgataaataacaataatcttttgggagaagttcctgtacaaattgcatcactgca 12584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0400; HSP #2
Raw Score: 137; E-Value: 3e-71
Query Start/End: Original strand, 130 - 534
Target Start/End: Original strand, 5892 - 6296
Alignment:
Q  130 taaccagttcacaggcctagttcaagagagtttgaagaattgctccagccttaagagagtgaggattgaacaaaaccaattgactggaaatataacagat 229  Q
    |||||||||||  || ||||||| | ||||||| || |||||||| |||||||||||||||||  || ||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  5892 taaccagttcattggtctagttccaaagagtttaaaaaattgctcaagccttaagagagtgagacttcaacaaaaccaactgactgcaaatataacagat 5991  T
Q  230 agttttggtgtgtatccaaacttggactacatggacttaagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgcaagaatctcacaa 329  Q
    || |||||||||||||| || ||||| || ||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5992 agctttggtgtgtatccgaatttggaatatatggaattgagtgataataatttttatggtcatctctctccaaattggggaaagtgcaagaatctcacaa 6091  T
Q  330 gccttaaaatctccaacaataatttgacaggaagcataccaccagaactaggcagagcaacaaatttacatgaacttaacttgtcttcaaaccatcttac 429  Q
    |||||||| | | ||| |||||| |  |||||||||||||||| ||| | | |  |||||| ||||||  |  |||  || | || || || || || ||    
T  6092 gccttaaagttttcaataataatatatcaggaagcataccacccgaattggccgaagcaaccaatttaactatactggacctttcctcgaatcaactcac 6191  T
Q  430 ggggaaaattccaaaggagctagaaaacttatctttgttgatcaaactctcgttaagtaacaatcatctttctggagaagtccctgagcaaattgaatca 529  Q
     ||  |||||||||||||||||| ||||||||| |  |||||| | |||| | |||||| ||||||||||   |||||||| ||||| ||||||| || |    
T  6192 aggagaaattccaaaggagctaggaaacttatcctcattgatccagctcttgataagtagcaatcatcttgtaggagaagttcctgaacaaattgcatta 6291  T
Q  530 ttgca 534  Q
    |||||    
T  6292 ttgca 6296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0365 (Bit Score: 190; Significance: 1e-103; HSPs: 2)
Name: scaffold0365
Description:

Target: scaffold0365; HSP #1
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 157 - 534
Target Start/End: Original strand, 12850 - 13227
Alignment:
Q  157 gagtttgaagaattgctccagccttaagagagtgaggattgaacaaaaccaattgactggaaatataacagatagttttggtgtgtatccaaacttggac 256  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||| || || |||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||| | |||| |    
T  12850 gagtttgaagaattgctccagccttattagagttaggcttcaaaaaaatcaattaactggaaatataacagatggttttggtgtttatccacatttggtc 12949  T
Q  257 tacatggacttaagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgcaagaatctcacaagccttaaaatctccaacaataatttga 356  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| | || ||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||| |    
T  12950 tacatggaattaagtgataataatttttatggccatatatcaccaaattggggtaagtgcaagaaactcacaagtcttcaaatctccaacaataatttaa 13049  T
Q  357 caggaagcataccaccagaactaggcagagcaacaaatttacatgaacttaacttgtcttcaaaccatcttacggggaaaattccaaaggagctagaaaa 456  Q
    | ||||||||||| | |||||||||  |||||||| | ||||| ||||||||  ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||    
T  13050 ctggaagcataccgcaagaactaggtggagcaacacaattacaagaacttaatctgtcttcaaaccatcttactggaaaaattccaaaggagctaggaaa 13149  T
Q  457 cttatctttgttgatcaaactctcgttaagtaacaatcatctttctggagaagtccctgagcaaattgaatcattgca 534  Q
    |||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||| ||||||  |||||||| ||||  ||||||| |||| ||||    
T  13150 cttatctttgttaatcaaactctcgataaataacaataatcttttgggagaagttcctgtacaaattgcatcactgca 13227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0365; HSP #2
Raw Score: 137; E-Value: 3e-71
Query Start/End: Original strand, 130 - 534
Target Start/End: Original strand, 6536 - 6940
Alignment:
Q  130 taaccagttcacaggcctagttcaagagagtttgaagaattgctccagccttaagagagtgaggattgaacaaaaccaattgactggaaatataacagat 229  Q
    |||||||||||  || ||||||| | ||||||| || |||||||| |||||||||||||||||  || ||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  6536 taaccagttcattggtctagttccaaagagtttaaaaaattgctcaagccttaagagagtgagacttcaacaaaaccaactgactgcaaatataacagat 6635  T
Q  230 agttttggtgtgtatccaaacttggactacatggacttaagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgcaagaatctcacaa 329  Q
    || |||||||||||||| || ||||| || ||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6636 agctttggtgtgtatccgaatttggaatatatggaattgagtgataataatttttatggtcatctctctccaaattggggaaagtgcaagaatctcacaa 6735  T
Q  330 gccttaaaatctccaacaataatttgacaggaagcataccaccagaactaggcagagcaacaaatttacatgaacttaacttgtcttcaaaccatcttac 429  Q
    |||||||| | | ||| |||||| |  |||||||||||||||| ||| | | |  |||||| ||||||  |  |||  || | || || || || || ||    
T  6736 gccttaaagttttcaataataatatatcaggaagcataccacccgaattggccgaagcaaccaatttaactatactggacctttcctcgaatcaactcac 6835  T
Q  430 ggggaaaattccaaaggagctagaaaacttatctttgttgatcaaactctcgttaagtaacaatcatctttctggagaagtccctgagcaaattgaatca 529  Q
     ||  |||||||||||||||||| ||||||||| |  |||||| | |||| | |||||| ||||||||||   |||||||| ||||| ||||||| || |    
T  6836 aggagaaattccaaaggagctaggaaacttatcctcattgatccagctcttgataagtagcaatcatcttgtaggagaagttcctgaacaaattgcatta 6935  T
Q  530 ttgca 534  Q
    |||||    
T  6936 ttgca 6940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 47; Significance: 1e-17; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 130 - 448
Target Start/End: Original strand, 16102283 - 16102601
Alignment:
Q  130 taaccagttcacaggcctagttcaagagagtttgaagaattgctccagccttaagagagtgaggattgaacaaaaccaattgactggaaatataacagat 229  Q
    |||||| ||||| |||| |||||   ||||||||||||||||||| ||| |||  ||| | ||  |||| ||||||||| | ||||||||||||||| |     
T  16102283 taaccacttcaccggccgagttcctaagagtttgaagaattgctctagcattataagacttagacttgaccaaaaccaacttactggaaatataacacaa 16102382  T
Q  230 agttttggtgtgtatccaaacttggactacatggacttaagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgcaagaatctcacaa 329  Q
      |||| |||| |||||||| ||| | ||||| ||||||||||| || |||||||| || || |||||  | ||||||||||||||  | || || ||||    
T  16102383 gattttagtgtttatccaaatttgaattacatagacttaagtgaaaacaatttttacggacacctttcatcgaattggggaaagtgtcaaaacctaacaa 16102482  T
Q  330 gccttaaaatctccaacaataatttgacaggaagcataccaccagaactaggcagagcaacaaatttacatgaacttaacttgtcttcaaaccatcttac 429  Q
    || | | ||| ||| | |||||| |  ||||    |||||||||||| |||| || ||| | |||||   |  |||| |||| |||||||||||||| ||    
T  16102483 gcttcataatttcccataataatatatcaggtcatataccaccagaaataggaagggcacccaatttgggtatacttgacttatcttcaaaccatctcac 16102582  T
Q  430 ggggaaaattccaaaggag 448  Q
     ||||||||||| ||||||    
T  16102583 agggaaaattccgaaggag 16102601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 130 - 448
Target Start/End: Original strand, 16171961 - 16172279
Alignment:
Q  130 taaccagttcacaggcctagttcaagagagtttgaagaattgctccagccttaagagagtgaggattgaacaaaaccaattgactggaaatataacagat 229  Q
    |||||| ||||| |||| |||||   ||||||||||||||||||| ||| |||  ||| | ||  |||| ||||||||| | ||||||||||||||| |     
T  16171961 taaccacttcaccggccgagttcctaagagtttgaagaattgctctagcattataagacttagacttgaccaaaaccaacttactggaaatataacacaa 16172060  T
Q  230 agttttggtgtgtatccaaacttggactacatggacttaagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgcaagaatctcacaa 329  Q
      |||| |||| |||||||| ||| | ||||| ||||||||||| || |||||||| || || |||||  | ||||||||||||||  | || || ||||    
T  16172061 gattttagtgtttatccaaatttgaattacatagacttaagtgaaaacaatttttacggacacctttcatcgaattggggaaagtgtcaaaacctaacaa 16172160  T
Q  330 gccttaaaatctccaacaataatttgacaggaagcataccaccagaactaggcagagcaacaaatttacatgaacttaacttgtcttcaaaccatcttac 429  Q
    || | | ||| ||| | |||||| |  ||||    |||||||||||| |||| || ||| | |||||   |  |||| |||| |||||||||||||| ||    
T  16172161 gcttcataatttcccataataatatatcaggtcatataccaccagaaataggaagggcatccaatttgggtatacttgacttatcttcaaaccatctcac 16172260  T
Q  430 ggggaaaattccaaaggag 448  Q
     ||||||||||| ||||||    
T  16172261 agggaaaattccgaaggag 16172279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 157 - 288
Target Start/End: Original strand, 17847959 - 17848090
Alignment:
Q  157 gagtttgaagaattgctccagccttaagagagtgaggattgaacaaaaccaattgactggaaatataacagatagttttggtgtgtatccaaacttggac 256  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||   ||| | ||| |||||||||||||| |  |||||||||||||||||   |||||||||||||| || |||||     
T  17847959 gagtttgaagaattgctcaagcattgtaagaattaggcttgaacaaaaccaactttctggaaatataacagatttctttggtgtgtatccgaatttggat 17848058  T
Q  257 tacatggacttaagtgataataatttttatgg 288  Q
    |||||| | || ||| | ||||||||||||||    
T  17848059 tacatgcatttgagtcaaaataatttttatgg 17848090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 158 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 15665931 - 15665775
Alignment:
Q  158 agtttgaagaattgctccagccttaagagagtgaggattgaacaaaaccaattgactggaaatataacagatagttttggtgtgtatccaaacttggact 257  Q
    ||||||||||||||||| |||||||  ||| | ||| ||||||| |||||  ||  |||||| |||||||||  ||| ||||| || ||||| ||||| |    
T  15665931 agtttgaagaattgctctagccttattagacttaggcttgaacataaccatatggatggaaacataacagatgatttgggtgtatacccaaatttggagt 15665832  T
Q  258 acatggacttaagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagt 314  Q
     |||||  ||   ||| ||||||||||||||||| |||||  | |||||||||||||    
T  15665831 tcatgggattggatgacaataatttttatggtcacctttcatccaattggggaaagt 15665775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 130 - 467
Target Start/End: Original strand, 16024482 - 16024819
Alignment:
Q  130 taaccagttcacaggcctagttcaagagagtttgaagaattgctccagccttaagagagtgaggattgaacaaaaccaattgactggaaatataacagat 229  Q
    |||||| ||||| ||||  |||| | ||||||||||||||||||| ||| |||  ||| |  |  |||||||||||||| | |||||||||||||| ||     
T  16024482 taaccacttcactggccgcgttccaaagagtttgaagaattgctctagcattataagacttcgacttgaacaaaaccaacttactggaaatataaccgaa 16024581  T
Q  230 agttttggtgtgtatccaaacttggactacatggacttaagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagtgcaagaatctcacaa 329  Q
       |||||||| |||||| | ||||  |||||| | |||||| | || ||||||||||| || |||||  | ||||||| ||||| | | || || ||||    
T  16024582 gactttggtgtatatccagatttggtttacatgcaattaagtcaaaacaatttttatggacacctttcatccaattgggaaaagttccataacctgacaa 16024681  T
Q  330 gccttaaaatctccaacaataatttgacaggaagcataccaccagaactaggcagagcaacaaatttacatgaacttaacttgtcttcaaaccatcttac 429  Q
     | | || || ||||| |||||| |  ||||    |||||||||||| ||||  | ||| | |||||   |  |||| |||| |||||||||||||| ||    
T  16024682 ccttcaatatttccaataataatatatcaggccatataccaccagaaataggaggggcacccaatttgggttcacttgacttatcttcaaaccatctcac 16024781  T
Q  430 ggggaaaattccaaaggagctagaaaacttatctttgt 467  Q
     ||| |||||||||||||| ||   |||||||||||||    
T  16024782 aggggaaattccaaaggagttaagcaacttatctttgt 16024819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0289 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0289
Description:

Target: scaffold0289; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 158 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 18799 - 18643
Alignment:
Q  158 agtttgaagaattgctccagccttaagagagtgaggattgaacaaaaccaattgactggaaatataacagatagttttggtgtgtatccaaacttggact 257  Q
    ||||||||||||||||| |||||||  ||| | ||| ||||||| |||||  ||  |||||| |||||||||  ||| ||||| || ||||| ||||| |    
T  18799 agtttgaagaattgctctagccttattagacttaggcttgaacataaccatatggatggaaacataacagatgatttgggtgtatacccaaatttggagt 18700  T
Q  258 acatggacttaagtgataataatttttatggtcatctttctccaaattggggaaagt 314  Q
     |||||  ||   ||| ||||||||||||||||| |||||  | |||||||||||||    
T  18699 tcatgggattggatgacaataatttttatggtcacctttcatctaattggggaaagt 18643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University