View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF14297_high_8 (Length: 604)
Name: NF14297_high_8
Description: NF14297
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF14297_high_8 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 533; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 533; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 593
Target Start/End: Complemental strand, 45271537 - 45270945
Alignment:
| Q |
1 |
ctgctgatatgaggaattggttgagtgcagttatctcttacaaacaaggttgtatggaaggatttgacgatgcaaatgatggtgagaagaagatcaagga |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45271537 |
ctgctgatatgaggaattggttgagtgcagttatctcttacaaacaaggttgtatggaaggatttgacgatgcaaatgatggtgagaagaagatcaagga |
45271438 |
T |
|
| Q |
101 |
gcaattccatgttcagagtttgtacagcgtacaaaaggtcaccgccgttgcccttgacattgtgactggtttgtctgacatcctccagcaattcaacttg |
200 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45271437 |
gcaattccatgttcagagtttgtacagcgtacaaaaggtcacagccgttgcccttgacattgtgactggtttgtctgacatcctccagcaattcaacttg |
45271338 |
T |
|
| Q |
201 |
aactttgatatcaaacctccttcccgtcgtcttcttaattctgaggtgactgttgatgatcaaggatacccttcatggatctcttcttctggtcgcaagc |
300 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45271337 |
aactttgatatcaaacctccttcccgtcgtcttcttaattctgaggtgactgttgacgatcaaggatacccttcatggatctcttcttctggtcgcaagc |
45271238 |
T |
|
| Q |
301 |
ttttggctaaaatgcaacgaaaaggatggagagaaaatattaggcctaatgttgttgttgccaaggatggtagcggccaatttaaaaccatccaggctgc |
400 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45271237 |
ttttggctaaaatgcaacgaaaaggatggagagcaaatattaggcctaatgctgttgttgccaatgatggtagcggccaatttaaaaccatccaggctgc |
45271138 |
T |
|
| Q |
401 |
tcttgcctcttaccctaagggaaacaaaggcagatatgttatctacgttaaggccggtgtctatgacgaatacatcactgtccccaaggatgctgttaac |
500 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
45271137 |
tcttgcctcttaccctaagggaaacaaagacagatatgttatctacgttaaggccggtgtctatgacgaatacatcactgtccccaaggaggctgttaac |
45271038 |
T |
|
| Q |
501 |
attcttatgtatggtgatggccctgcaaaaaccattgtcactggtagtaagaaccaaaacgccggtaccaatatacagaacagtgcccccttt |
593 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| | |||||||| |||| ||||| |
|
|
| T |
45271037 |
attcttatgtatggtgatggccctgcaaagaccattgtcactggtagaaagaaccaaatggccggtaccaacacacagaacactgccaccttt |
45270945 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 466; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 552
Target Start/End: Complemental strand, 45283309 - 45282760
Alignment:
| Q |
3 |
gctgatatgaggaattggttgagtgcagttatctcttacaaacaaggttgtatggaaggatttgacgatgcaaatgatggtgagaagaagatcaaggagc |
102 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45283309 |
gctgatatgaggaattggttgagtgcggttatctcttacagacaagcttgtatggaaggatttgacgatgcaaatgatggtgagaagaagatcaaggagc |
45283210 |
T |
|
| Q |
103 |
aattccatgttcagagtttgtacagcgtacaaaaggtcaccgccgttgcccttgacattgtgactggtttgtctgacatcctccagcaattcaacttgaa |
202 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45283209 |
aattccatgttcagagtttggacagcgtacaaaaggttaccgctgttgcccttgacattgtgactggtttgtccgacatcctccagcaattcaacttgaa |
45283110 |
T |
|
| Q |
203 |
ctttgatatcaaacctccttcccgtcgtcttcttaattctgaggtgactgttgatgatcaaggatacccttcatggatctcttcttctggtcgcaagctt |
302 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
45283109 |
gtttgatgtcaaacctgcttcccgtcgtcttcttaattctgaggtgactgttgacgatcaaggatacccttcatggatctcttcttctgatcgcaagctt |
45283010 |
T |
|
| Q |
303 |
ttggctaaaatgcaacgaaaaggatggagagaaaatattaggcctaatgttgttgttgccaaggatggtagcggccaatttaaaaccatccaggctgctc |
402 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45283009 |
ttggctaaaatgcaacgaaaaaattggagagcaaatattatgcctaatgctgttgttgccaaggatggtagcggccaatttaaaaccatccaggctgctc |
45282910 |
T |
|
| Q |
403 |
ttgcctcttaccctaagggaaacaaaggcagatatgttatctacgttaaggccggtgtctatgacgaatacatcactgtccccaaggatgctgttaacat |
502 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45282909 |
ttgcctcttaccctaagggaaacaaaggcagatatgttatctacgttaaggccggtgtctatgacgaatacatcactgtccccaaggatgctgttaacat |
45282810 |
T |
|
| Q |
503 |
tcttatgtatggtgatggccctgcaaaaaccattgtcactggtagtaaga |
552 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
45282809 |
tcttatgtatggtgatggccctgcaaggaccattgtcactggtagaaaga |
45282760 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 426; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 554
Target Start/End: Complemental strand, 45275070 - 45274517
Alignment:
| Q |
1 |
ctgctgatatgaggaattggttgagtgcagttatctcttacaaacaaggttgtatggaaggatttgacgatgcaaatgatggtgagaagaagatcaagga |
100 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |
|
|
| T |
45275070 |
ctgctgatatgaggaattggttgagtgcagtcatatcctacagacaagcctgtatggaaggatttgacgatgcaaatgatggtgagaagaaaatcaaaga |
45274971 |
T |
|
| Q |
101 |
gcaattccatgttcagagtttgtacagcgtacaaaaggtcaccgccgttgcccttgacattgtgactggtttgtctgacatcctccagcaattcaacttg |
200 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45274970 |
gcaattccatgttcagagtttggacagcgtacaaaagatcaccgcggttgcccttgacattgtgactggtttgtccgacatcctccagcaattcaacttg |
45274871 |
T |
|
| Q |
201 |
aactttgatatcaaacctccttcccgtcgtcttcttaattctgaggtgactgttgatgatcaaggatacccttcatggatctcttcttctggtcgcaagc |
300 |
Q |
| |
|
|| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |
|
|
| T |
45274870 |
aagtttgatatcaaacctctttcccgtcgtcttcttaattctgaggtgactgttgacgatcaaggatacccttcatggatctctgcttctgatcgcaagc |
45274771 |
T |
|
| Q |
301 |
ttttggctaaaatgcaacgaaaaggatggagagaaaatattaggcctaatgttgttgttgccaaggatggtagcggccaatttaaaaccatccaggctgc |
400 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45274770 |
ttttggctaaaatgcaacgaaaaaattggagagcaaatattaggcctaatgctgttgttgccaatgatggtagcggccaatttaaaaccatccaggctgc |
45274671 |
T |
|
| Q |
401 |
tcttgcctcttaccctaagggaaacaaaggcagatatgttatctacgttaaggccggtgtctatgacgaatacatcactgtccccaaggatgctgttaac |
500 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45274670 |
tcttgcctcttatcctaagggaaacaaaggcaggtattttatctacgttaaggctggtgtctatgacgaatacatcactgtacccaaggatgctgttaac |
45274571 |
T |
|
| Q |
501 |
attcttatgtatggtgatggccctgcaaaaaccattgtcactggtagtaagaac |
554 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||| |
|
|
| T |
45274570 |
attcttatgtatggtgatggccctgcaaggaccattgtcaccggtagaaagaac |
45274517 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 380; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 538
Target Start/End: Complemental strand, 45294697 - 45294162
Alignment:
| Q |
3 |
gctgatatgaggaattggttgagtgcagttatctcttacaaacaaggttgtatggaaggatttgacgatgcaaatgatggtgagaagaagatcaaggagc |
102 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45294697 |
gctgatatgaggaattggttgagtgcagttatctcttacagacaagcttgtatggaaggatttgacgatgaaaatgacggtgagaagaagatcaaggagc |
45294598 |
T |
|
| Q |
103 |
aattccatgttcagagtttgtacagcgtacaaaaggtcaccgccgttgcccttgacattgtgactggtttgtctgacatcctccagcaattcaacttgaa |
202 |
Q |
| |
|
|||| | |||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45294597 |
aattagacgttcagagtttggacagcgtacaaaaggttaccgctgttgcccttgacattgtgactggtttgtccgacatcctccagcaattcaacttgaa |
45294498 |
T |
|
| Q |
203 |
ctttgatatcaaacctccttcccgtcgtcttcttaattctgaggtgactgttgatgatcaaggatacccttcatggatctcttcttctggtcgcaagctt |
302 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |
|
|
| T |
45294497 |
gtttgatatcaaacctgcttcccgtcgtcttcttaattctgaggtgactgttgatgatcaaggatacccttcatggatctctgcttctgatcgcaagctt |
45294398 |
T |
|
| Q |
303 |
ttggctaaaatgcaacgaaaaggatggagagaaaatattaggcctaatgttgttgttgccaaggatggtagcggccaatttaaaaccatccaggctgctc |
402 |
Q |
| |
|
|||||||||||| || |||| |||||||||| |||| || || |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45294397 |
ttggctaaaatgaaaggaaacggatggagagcaaatgttggggctaatgctgttgttgccaaggatggtagcggtcaatttaaaaccatccaggctgcta |
45294298 |
T |
|
| Q |
403 |
ttgcctcttaccctaagggaaacaaaggcagatatgttatctacgttaaggccggtgtctatgacgaatacatcactgtccccaaggatgctgttaacat |
502 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||| | ||||| || ||||||||||| |
|
|
| T |
45294297 |
ttgccgcttaccctaaggggaacaaaggcagatatactatctacgttaaggctggcgtctatgatgaatacatcactattcccaaagacgctgttaacat |
45294198 |
T |
|
| Q |
503 |
tcttatgtatggtgatggccctgcaaaaaccattgt |
538 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| | ||| |||||||| |
|
|
| T |
45294197 |
tcttatgtatggtgatggccccggaaagaccattgt |
45294162 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 380; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 3 - 538
Target Start/End: Complemental strand, 45303657 - 45303122
Alignment:
| Q |
3 |
gctgatatgaggaattggttgagtgcagttatctcttacaaacaaggttgtatggaaggatttgacgatgcaaatgatggtgagaagaagatcaaggagc |
102 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45303657 |
gctgatatgaggaattggttgagtgcagttatctcttacagacaagcttgtatggaaggatttgacgatgaaaatgacggtgagaagaagatcaaggagc |
45303558 |
T |
|
| Q |
103 |
aattccatgttcagagtttgtacagcgtacaaaaggtcaccgccgttgcccttgacattgtgactggtttgtctgacatcctccagcaattcaacttgaa |
202 |
Q |
| |
|
|||| | |||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45303557 |
aattagacgttcagagtttggacagcgtacaaaaggttaccgctgttgcccttgacattgtgactggtttgtccgacatcctccagcaattcaacttgaa |
45303458 |
T |
|
| Q |
203 |
ctttgatatcaaacctccttcccgtcgtcttcttaattctgaggtgactgttgatgatcaaggatacccttcatggatctcttcttctggtcgcaagctt |
302 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |
|
|
| T |
45303457 |
gtttgatatcaaacctgcttcccgtcgtcttcttaattctgaggtgactgttgatgatcaaggatacccttcatggatctctgcttctgatcgcaagctt |
45303358 |
T |
|
| Q |
303 |
ttggctaaaatgcaacgaaaaggatggagagaaaatattaggcctaatgttgttgttgccaaggatggtagcggccaatttaaaaccatccaggctgctc |
402 |
Q |
| |
|
|||||||||||| || |||| |||||||||| |||| || || |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45303357 |
ttggctaaaatgaaaggaaacggatggagagcaaatgttggggctaatgctgttgttgccaaggatggtagcggtcaatttaaaaccatccaggctgcta |
45303258 |
T |
|
| Q |
403 |
ttgcctcttaccctaagggaaacaaaggcagatatgttatctacgttaaggccggtgtctatgacgaatacatcactgtccccaaggatgctgttaacat |
502 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||| | ||||| || ||||||||||| |
|
|
| T |
45303257 |
ttgccgcttaccctaaggggaacaaaggcagatatactatctacgttaaggctggcgtctatgatgaatacatcactattcccaaagacgctgttaacat |
45303158 |
T |
|
| Q |
503 |
tcttatgtatggtgatggccctgcaaaaaccattgt |
538 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| | ||| |||||||| |
|
|
| T |
45303157 |
tcttatgtatggtgatggccccggaaagaccattgt |
45303122 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000001; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 407 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 38588302 - 38588231
Alignment:
| Q |
407 |
ctcttaccctaagggaaacaaaggcagatatgttatctacgttaaggccggtgtctatgacgaatacatcac |
478 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||| || ||||| || ||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
38588302 |
ctcttatcctaagggattcaaaggcagatacattatctatgtcaaggctggggtctatgacgagtacatcac |
38588231 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 427 - 472
Target Start/End: Complemental strand, 38583289 - 38583244
Alignment:
| Q |
427 |
aaggcagatatgttatctacgttaaggccggtgtctatgacgaata |
472 |
Q |
| |
|
|||| |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
38583289 |
aaggtagatatgtcatctacgtcaaggctggtgtctatgacgaata |
38583244 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University