View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF14297_low_16 (Length: 454)
Name: NF14297_low_16
Description: NF14297
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF14297_low_16 |
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Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 380; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 380; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 437
Target Start/End: Original strand, 33520115 - 33520535
Alignment:
| Q |
15 |
caaagggcatggagaatattgtaggctacataaagataaaatatcataacatgcccatgtatattacagaaaatggtgcgtgaatactcaataacattat |
114 |
Q |
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| T |
33520115 |
caaagggcatggagaagattgtagactacataaagataaaatatcataacatgcccatgtatattacagaaaatggtgcgtgaatactcaataacattat |
33520214 |
T |
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| Q |
115 |
atgatctcattannnnnnnnnatatgtttttgcttgatcacttgtgtgatatcaaacacttcaatatgaattaagagataaagaaaggagtgactatttg |
214 |
Q |
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| T |
33520215 |
atgatctcatt--ttttttttatatgtttttgcttgatcacttgtgtgatatcaaacacttcaatatgaattaagagataaagaaaggagtgactatttg |
33520312 |
T |
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| Q |
215 |
aaggtagttttttggtatgtaaatttgggctggagttatgaattggttaatatatcatggatgactgctcaaaatttgttgcaggatattcttcgccact |
314 |
Q |
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| T |
33520313 |
aaggtagttttttggtatgtaaatttgggctggagttatgaattggttaatatatcatggatgactgctcaaaatttgttgcaggatattcttcgccact |
33520412 |
T |
|
| Q |
315 |
caacgcaggcatgacaatgaatgatttactacatgatttcaaacggatagagtatcataaagcttaccttgcagctttgcttagagccatgaggtgagtg |
414 |
Q |
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| T |
33520413 |
caacgcaggcatgacaatgaatgatttactacatgatttcaaacggatagagtatcataaagcttaccttgcagctttgcttagagccatgaggtgagtg |
33520512 |
T |
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| Q |
415 |
atgatgaaaacaaatatatgagt |
437 |
Q |
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| T |
33520513 |
atgatgaaaacaaatatatgagt |
33520535 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 15 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 33495940 - 33495519
Alignment:
| Q |
15 |
caaagggcatggagaatattgtaggctacataaagataaaatatcataacatgcccatgtatattacagaaaatggtgcgtgaatactcaataacattat |
114 |
Q |
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| T |
33495940 |
caaagggcatggagaagattgtagactacataaagataaaataccaaaacctgcccatgtatattacagaaaatggtgtgtgaatactcaataacattat |
33495841 |
T |
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| Q |
115 |
atgatctcattannnnnnnnnatatgtttttgcttgatcacttgtgtgatatcaaacacttcaatatgaattaagagataaagaaaggagtgactatttg |
214 |
Q |
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| T |
33495840 |
atgatctcatt--ttctttttatatgtttttgcttgatcacttgtttaatatcaaacactttaatatgcattatgagacaaagaaaggagtgactctttg |
33495743 |
T |
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| Q |
215 |
aaggtagttttttggtatgtaaatttgggc-tggagttatgaattggttaatatatcatggatgactgctcaaaatttgttgcaggatattcttcgccac |
313 |
Q |
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| T |
33495742 |
aaggtggttttttgttatgtaaatttgggtatggaagtttgaattggttaatatatgatggatggctatacaaaatttgttgcaggatattcttcgccac |
33495643 |
T |
|
| Q |
314 |
tcaacgcaggcatgacaatgaatgatttactacatgatttcaaacggatagagtatcataaagcttaccttgcagctttgcttagagccatgaggtgagt |
413 |
Q |
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| T |
33495642 |
tcaacgcaagcatgacaatgcatgatttactacatgatttcaaacggatagagtatcataaagcttaccttgcagctttgcttagagccataaggtgagt |
33495543 |
T |
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| Q |
414 |
gatgatgaaaacaaatatatgagt |
437 |
Q |
| |
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| T |
33495542 |
gatgatgaagacaaatatatgagt |
33495519 |
T |
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