View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14297_low_2 (Length: 944)

Name: NF14297_low_2
Description: NF14297
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14297_low_2
NF14297_low_2
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (15-928)||(34888571-34889500)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (15-161)||(38365813-38365959)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 820; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 820; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 928
Target Start/End: Original strand, 34888571 - 34889500
Alignment:
Q  15 atgaaataaccatcaaaagcaagatatttgatgtcagcagcatcacgaagccaatcaccactcatatcaaaaagagcattaaaatagccagaaggaattt 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34888571 atgaaataaccatcaaaagcaagatatttgatgtcagcagcatcacgaagccaatcaccactcatatcaaaaagagcattaaaatagccagaaggaattt 34888670  T
Q  115 ttccttgtacagctgacttttgattcagcaactcagacatctgcaaggaaagaaaaat---------------atgcacaaaaagaaacacatcaaatta 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||               |||||||||||||||||||||||||||    
T  34888671 ttccttgtacagctgacttttgattcagcaactcagacatctgcaaggaaagaaaaattagatatatgacaatatgcacaaaaagaaacacatcaaatta 34888770  T
Q  200 gacacccag-tttcttaatcattgatgtcttccaaacttgtcaacttcttatataaccagggtttttaaaacacaaatgatattagaatatgaatttgtg 298  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  34888771 gacacccagatttcttaatcattgatatctttcaaactagtcaacctcttatataaccagggtttttaaaacaaaaatgttattagaatatgaatttgtg 34888870  T
Q  299 acaacaaagttcaacaactttctttttgaatggttagcgcagtattcaaacatgtctaatgaagtggtagattagagttggtcaatagatattaaccaca 398  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34888871 acaacaaaattcaacaactttctttttgaatggttagcgcagttttcaaacatgtctaatgaagtggtagattagagttggtcaatagatattaaccaca 34888970  T
Q  399 aatttaaatgcgattaacctcaattttcaacttttcaaatctaccacatgtgtgaactgcattaacaatttaaaaagttgtcaaatttttctgtcccaaa 498  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  34888971 aatttaaatgcgactaacctcaattttcaacttttcaaatctaccacatgtgtgaactgcattaacaatttaaaaagttgtctaatttttctgtcccaaa 34889070  T
Q  499 tttaacattcaaataacatttctgtatgaaaataaatcttgtgactacgatttgaccaccaacatcaaagtttttgtttatgatatctctgcgactgcaa 598  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34889071 tttaacattcaaataacatttctgtttgaaaataaatcttgtgactgcgatttgaccaccaacatcaaagtttttgtttatgatatctctgcgactgcaa 34889170  T
Q  599 tacaaacagctatcaatcaccaaccacattgaagtatgattctcatcaatatcaataattgaggcttaacaacaatttaaatacattgcttattaaaata 698  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34889171 tacaaacagctatcaatcaccaaccacattgaagtatgattctcatcaatatcaataattgaggcttaacaacaatttaaatacattgcttattaaaata 34889270  T
Q  699 ctaacagagaaaaagaatgaaaatgaacctgattgaattcaagtacatcagacttaaaccgaattcgatcccctttatcacaccgaatattctcagaaac 798  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34889271 ctaacagagaagaagaatgaaaatgaacctgattgaattcaagtacatcagacttaaaccgaattcgatcccctttatcacaccgaatattctcagaaac 34889370  T
Q  799 ccctttgattacagtagctcctccaactccaggaatcaaaatatccctcttgttttgttcatcaagcaccaccaaccttttactaccactattactatta 898  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34889371 ccctttgattacagtagctcctccaactccaggaatcaaaatatccctcttgttttgttcatcaagcaccaccaaccttttactaccactattactatta 34889470  T
Q  899 ccacccccacgaattccctttgcaaacctt 928  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34889471 ccacccccacgaattccctttgcaaacctt 34889500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 75; Significance: 5e-34; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 75; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 15 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 38365959 - 38365813
Alignment:
Q  15 atgaaataaccatcaaaagcaagatatttgatgtcagcagcatcacgaagccaatcaccactcatatcaaaaagagcattaaaatagccagaaggaattt 114  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||   ||||||||||| |||||||||||| | |||||| | |||||||||||| |||||||||||||    
T  38365959 atgaagtaaccatcaaaagcaagagatttgatgtcttgagcatcacgaaaccaatcaccacttagatcaaatacagcattaaaatatccagaaggaattt 38365860  T
Q  115 ttccttgtacagctgacttttgattcagcaactcagacatctgcaag 161  Q
    |||||||||  ||||| || || |||||||  |||||||||||||||    
T  38365859 ttccttgtatggctgatttctggttcagcatttcagacatctgcaag 38365813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University