View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1429_low_3 (Length: 713)

Name: NF1429_low_3
Description: NF1429
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1429_low_3
NF1429_low_3
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (18-698)||(35079373-35080054)
chr5 (188-692)||(35074410-35074911)
[»] chr1 (7 HSPs)
chr1 (207-691)||(23914698-23915179)
chr1 (178-691)||(23922335-23922858)
chr1 (285-691)||(25802757-25803163)
chr1 (248-512)||(24436008-24436275)
chr1 (391-667)||(24435853-24436129)
chr1 (288-499)||(23995237-23995448)
chr1 (209-278)||(25803209-25803278)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (226-517)||(13435801-13436089)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 654; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 654; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 698
Target Start/End: Complemental strand, 35080054 - 35079373
Alignment:
Q  18 gaacaaagagtattaatggctggtggatttgcttgactcgatttacgcaaaaaactgtctttactctttagtattcttttgttaaaaagaacggttttaa 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35080054 gaacaaagagtattaatggctggtggatttgcttgactcgatttacgcaaaaaactgtctttactctttagtattcttttgttaaaaagaacggttttaa 35079955  T
Q  118 aaccgtcatttttgagat-acatgtaaaatttgcctataaattaagaaccataaagtaagttctatagttcattataattaacaaaagtgaaatggcacc 216  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  35079954 aaccgtcatttttgagatgacatgtaaaatttgcctataaattaagaaccataaagtaagttctatagttcattataattaacaaaagagaaatggcacc 35079855  T
Q  217 ttcagcttgtttatccgttttgctcgctatttcaatgatctttatttcccatgccatttcactaccaacaccaagccccaagttgtacaaaagtgtatgt 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35079854 ttcagcttgtttatccgttttgctcgttatttcaatgatctttatttcccatgccatttcactaccaacaccaagccccaagttgtacaaaagtgtatgt 35079755  T
Q  317 aaagaacctcgtcagaaagaattcgaacaacgttgtctcaaacttatagaagcttaccctaaaattaccttgatcaaagattatctaaccttttgcaggt 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35079754 aaagaacctcgtcagaaagaattcgaacaacgttgtctcaaacttatagaagcttaccctaaaattaccttgatcaaagattatctaaccttttgcaggt 35079655  T
Q  417 cctttttaaagattgtggcaataaagaaggcaataaaatcccaacatcgagtcaaagaaattgtgaaaaaatatccttcttctcaacctatcaaagaatg 516  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35079654 cctttttaaagactgtggcaataaagaaggcaataaaatcccaacatcgagtcaaagaaattgtgaaaaaatatccttcttctcaacctatcaaagaatg 35079555  T
Q  517 cggtgatgattacaatacggtggttagcgaggtacaaggtgcattgcgcgaggatccggaaacgataagcttggctgtcaaatatgctagcgatgcactt 616  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35079554 cggtgatgattacaatacggtggttagcgaggtacaaggtgcattgcgcgaggatccggaaatgataagcttggctgtcaaatatgctagcgatgcactt 35079455  T
Q  617 gacatgtgtgaacgtagcttggctaacgaaaggattgttaatacttcttccattgctgcattgaatcatgagatgatgttgt 698  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35079454 gacatgtgtgaacgtagcttggctaacgaaaagattgttaatacttcttccattgctgcattgaatcatgagatgatgttgt 35079373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 283; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 188 - 692
Target Start/End: Complemental strand, 35074911 - 35074410
Alignment:
Q  188 attataattaacaaaagtgaaatggcaccttcagcttgtttatccgttttgctcgctatttcaatgatctttatttcccatgccatttcactaccaacac 287  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||||| | |  |||||| ||||  ||  ||||||||||||||||||||  |||||| ||||||   ||||||    
T  35074911 attataattaacaaaatagaaatggcaccttcaacatacttatccttttttatcattatttcaatgatctttatttgtcatgccctttcac---caacac 35074815  T
Q  288 caagccccaagttgtacaaaagtgtatgtaaagaacctcgtcagaaagaattcgaacaacgttgtctcaaacttatagaagcttaccctaaaattacctt 387  Q
    ||||||| ||||||||| || || |||| |||||| || |||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  35074814 caagccctaagttgtacgaacgtatatgcaaagaatctggtcaaaaagactttgaacaacgttgtctcaaacttatagaagcttaccctcaaattacttt 35074715  T
Q  388 gatcaaagattatctaaccttttgcaggtcctttttaaagattgtggcaataaagaaggcaataaaatcccaacatcgagtcaaagaaattgtgaaaaaa 487  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| | ||| ||||| ||| |||| |||    
T  35074714 gatcgaagattatctaactttttgcaggtcatttttaaagattgtggcaatagagaaggcagtaaaatcccaacaacaagttaaagagattatgaacaaa 35074615  T
Q  488 tatccttcttctcaacctatcaaagaatgcggtgatgattacaatacggtggttagcgaggtacaaggtgcattgcgcgaggatccggaaacgataagct 587  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||     
T  35074614 tatccttcttctcaacccatcaaagaatgtggggatgattacaatacggtggttatcgaggtacaaggtgcattgcgtgaggatccggaaatgataagca 35074515  T
Q  588 tggctgtcaaatatgctagcgatgcacttgacatgtgtgaacgtagcttggctaacgaaaggattgttaatacttcttccattgctgcattgaatcatga 687  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  35074514 tggctgtcaattatgctagcgatgcacttgacatgtgtgaacgtagcttggctgatgaaaagattgtcaatacttcttccattgttgcactgaatcatga 35074415  T
Q  688 gatga 692  Q
     ||||    
T  35074414 catga 35074410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 179; Significance: 3e-96; HSPs: 7)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 179; E-Value: 3e-96
Query Start/End: Original strand, 207 - 691
Target Start/End: Complemental strand, 23915179 - 23914698
Alignment:
Q  207 aaatggcaccttcagcttgtttatccgttttgctcgctatttcaatgatctttatttcccatgccatttcactaccaacaccaagccccaagttgtacaa 306  Q
    |||||||| ||||| | | ||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||   |||||||||||| |||||||||| |    
T  23915179 aaatggcatcttcaacctatttatccattttgctcaccatttcaatgatctttatttcccatgccaattcac---caacaccaagcctcaagttgtacca 23915083  T
Q  307 aagtgtatgtaaagaacctcgtcagaaagaattcgaacaacgttgtctcaaacttatagaagcttaccctaaaattaccttgatcaaagattatctaacc 406  Q
    || |||||| ||| ||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||  |||||| ||||||||||||||||| |||    
T  23915082 aaatgtatgcaaacaacctggtcagaaagacttcgaacaacgctgtctcaaactaatagaaggttaccctccaattactttgatcaaagattatcttacc 23914983  T
Q  407 ttttgcaggtcctttttaaagattgtggcaataaagaaggcaataaaatcccaacatcgagtcaaagaaattgtgaaaaaatatccttcttctcaaccta 506  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |    
T  23914982 ttttgcaggtcatttttaaagattgcggcaatagggaaggcaataaaatcccaacaacaagttaaagaaattatgaaaaaatatccttcttctcaaccca 23914883  T
Q  507 tcaaagaatgcggtgatgattacaatacggtggttagcgaggtacaaggtgcattgcgcgaggatccggaaacgataagcttggctgtcaaatatgctag 606  Q
    |||||||||| | | ||||||| ||||  |||||| |  |  || ||| |||||||   || || |||||    |||  ||||| | ||| |||||||||    
T  23914882 tcaaagaatgtgctaatgattataatagtgtggttggtcaattaaaagttgcattgattgaagaaccggaccttatagacttggatatcagatatgctag 23914783  T
Q  607 cgatgcacttgacatgtgtgaacgtagcttggctaacgaaaggattgttaatacttcttccattgctgcattgaatcatgagatg 691  Q
     ||||||||||  | |||||||  |||||| |||   |||| || ||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  23914782 tgatgcacttggaaggtgtgaagatagcttagctcgtgaaaagaatgttaatacgtctgccattgctacattgaatcatgagatg 23914698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 176; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 178 - 691
Target Start/End: Complemental strand, 23922858 - 23922335
Alignment:
Q  178 tctatagttcattataattaacaaaagtgaaa-tggcaccttcagcttgtttatccgttttgctcgctatttcaatgatctttatttcccatgccatttc 276  Q
    ||||| || |||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||| | ||||||| |||||||| | ||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  23922858 tctattgtccattataattaacaaaagagaaaatggcatcttcagcctatttatccattttgctcaccatttcaatgatctttgtttctcatgccatttc 23922759  T
Q  277 acta---------ccaacaccaagccccaagttgtacaaaagtgtatgtaaagaacctcgtcagaaagaattcgaacaacgttgtctcaaacttatagaa 367  Q
    || |         ||| |||||||||||||||||||| ||| |||||| |||| |||| |||| ||||| || |||||||||||| | ||||||||||||    
T  23922758 accaacaccaacaccagcaccaagccccaagttgtaccaaaatgtatgcaaagcacctggtcaaaaagactttgaacaacgttgtttgaaacttatagaa 23922659  T
Q  368 gcttaccctaaaattaccttgatcaaagattatctaaccttttgcaggtcctttttaaagattgtggcaataaagaaggcaataaaatcccaacatcgag 467  Q
    |||||||| |||||||| |||||  |||||||||| ||||||  |||||| |||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||| | ||    
T  23922658 gcttaccccaaaattactttgattgaagattatcttacctttgtcaggtcatttttaaagaatgcggcaataaagaaggcagtaaaatcccaacaacaag 23922559  T
Q  468 tcaaagaaattgtgaaaaaatatccttcttctcaacctatcaaagaatgcggtgatgattacaatacggtggttagcgaggtacaaggtgcattgcgcga 567  Q
    | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||| ||||  |||||| |  |  || ||| |||||||   ||    
T  23922558 ttaaagaaattatgaaaaaatatccttcttctcaaccaatcaaagaatgtgttgatgattataatagtgtggttggtcaattaaaagttgcattgattga 23922459  T
Q  568 ggatccggaaacgataagcttggctgtcaaatatgctagcgatgcacttgacatgtgtgaacgtagcttggctaacgaaaggattgttaatacttcttcc 667  Q
     || ||||| || |||  ||||| | ||||||||||||| ||||||||||  | |||||||  |||||| |||   |||| || ||||||||| ||| ||    
T  23922458 agaaccggacactatagacttggatatcaaatatgctagtgatgcacttggtaggtgtgaagatagcttagctcgtgaaaagaatgttaatacgtctgcc 23922359  T
Q  668 attgctgcattgaatcatgagatg 691  Q
    |||||| |||||||||||||||||    
T  23922358 attgctacattgaatcatgagatg 23922335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 159; E-Value: 3e-84
Query Start/End: Original strand, 285 - 691
Target Start/End: Complemental strand, 25803163 - 25802757
Alignment:
Q  285 caccaagccccaagttgtacaaaagtgtatgtaaagaacctcgtcagaaagaattcgaacaacgttgtctcaaacttatagaagcttaccctaaaattac 384  Q
    |||||||||| ||||||||| |||  ||||||||||||||  | || ||||| |||||||||||||| || || || |||||| |||||||| |||| ||    
T  25803163 caccaagccctaagttgtaccaaaacgtatgtaaagaacccggccaaaaagacttcgaacaacgttgcctgaagctaatagaatcttaccctcaaatcac 25803064  T
Q  385 cttgatcaaagattatctaaccttttgcaggtcctttttaaagattgtggcaataaagaaggcaataaaatcccaacatcgagtcaaagaaattgtgaaa 484  Q
     |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||   ||||| |||||||    ||    
T  25803063 tttgatcgaagattatctaaccttttgcaggtcatttttaaagattgtggcaatagacaaggcaataaaatcccaacaagtagtcagagaaattactgaa 25802964  T
Q  485 aaatatccttcttctcaacctatcaaagaatgcggtgatgattacaatacggtggttagcgaggtacaaggtgcattgcgcgaggatccggaaacgataa 584  Q
    ||||||||||||||| | || |||| ||| ||   ||||||||||| ||| ||||||   |||||| |||| ||||||   ||||||||||||  ||||     
T  25802963 aaatatccttcttctgatcccatcagagagtgttttgatgattacagtaccgtggttgttgaggtaaaaggagcattggctgaggatccggaattgatag 25802864  T
Q  585 gcttggctgtcaaatatgctagcgatgcacttgacatgtgtgaacgtagcttggctaacgaaaggattgttaatacttcttccattgctgcattgaatca 684  Q
    | |||||||||||||||||| | |||||| | |||||||| ||||||||||| ||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||| || |||||||    
T  25802863 ggttggctgtcaaatatgctggtgatgcagtcgacatgtgcgaacgtagcttagctaatgaaaagattgttaatatttcttccattgctacactgaatca 25802764  T
Q  685 tgagatg 691  Q
    |||||||    
T  25802763 tgagatg 25802757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 248 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 24436275 - 24436008
Alignment:
Q  248 tcaatgatctttatttcccatgccatttcactaccaacaccaagccccaagttgtacaaaagtgtatgtaaagaacctcgtcagaaag------aattcg 341  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||||||   ||||| ||||||| || ||||| |||||||||||||||||| ||  | |  |||      | |  |    
T  24436275 tcaatgatctttatttctcacgccatttcac---caacatcaagccctaacttgtataaaagtgtatgtaaagaaactaataaacaagacccccactatg 24436179  T
Q  342 aacaacgttgtctcaaacttatagaagcttaccctaaaattaccttgatcaaagattatctaaccttttgcaggtcctttttaaagattgtggcaataaa 441  Q
    |||||| ||| || |||||| ||||| | |||||  ||||||| |    ||||||||||||||| ||||  || |  ||||||| ||||||||||||| |    
T  24436178 aacaaccttgcctgaaacttttagaaccctacccacaaattacttctgccaaagattatctaactttttcaagattatttttaaggattgtggcaataga 24436079  T
Q  442 gaaggcaataaaatcccaacatcgagtcaaagaaattgtgaaaaaatatccttcttctcaacctatcaaag 512  Q
    ||| |||| |||| ||||||||| ||||||||||||   |||||| ||||||||||||||| | |||||||    
T  24436078 gaatgcaacaaaagcccaacatcaagtcaaagaaatgaagaaaaagtatccttcttctcaaaccatcaaag 24436008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 391 - 667
Target Start/End: Complemental strand, 24436129 - 24435853
Alignment:
Q  391 caaagattatctaaccttttgcaggtcctttttaaagattgtggcaataaagaaggcaataaaatcccaacatcgagtcaaagaaattgtgaaaaaatat 490  Q
    ||||||||||||||| ||||  || |  ||||||| ||||||||||||| |||| |||| |||| ||||||||| ||||||||||||   |||||| |||    
T  24436129 caaagattatctaactttttcaagattatttttaaggattgtggcaatagagaatgcaacaaaagcccaacatcaagtcaaagaaatgaagaaaaagtat 24436030  T
Q  491 ccttcttctcaacctatcaaagaatgcggtgatgattacaatacggtggttagcgaggtacaaggtgcattgcgcgaggatccggaaacgataagcttgg 590  Q
    |||||||||||| | ||||||| ||| |      ||||  |||  ||||||   ||| |||||  ||| |||   ||| || ||||||| ||||||||||    
T  24436029 ccttcttctcaaaccatcaaaggatgtgccctaaattatgataaagtggttgatgagttacaaattgcgttggatgagtattcggaaactataagcttgg 24435930  T
Q  591 ctgtcaaatatgctagcgatgcacttgacatgtgtgaacgtagcttggctaacgaaaggattgttaatacttcttcc 667  Q
     |||   ||||||||| |||||||||||   ||| |||| |||||| | ||| |||| |||||||||||||||||||    
T  24435929 atgttgcatatgctagtgatgcacttgaagagtgcgaacatagcttagttaatgaaaagattgttaatacttcttcc 24435853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 288 - 499
Target Start/End: Original strand, 23995237 - 23995448
Alignment:
Q  288 caagccccaagttgtacaaaagtgtatgtaaagaacctcgtcagaaagaattcgaacaacgttgtctcaaacttatagaagcttaccctaaaattacctt 387  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||| |||| || ||||| || |||||||| ||  | |||    ||||||| |||||| ||||||| |     
T  23995237 caagccctaagttgtaccaaagtgtatgtaaggaatctcgccacaaagattttgaacaacgctgcttgaaaacattagaagcctaccctcaaattacttc 23995336  T
Q  388 gatcaaagattatctaaccttttgcaggtcctttttaaagattgtggcaataaagaaggcaataaaatcccaacatcgagtcaaagaaattgtgaaaaaa 487  Q
    || | |||||||||| || |||| ||| |  | | |||||||||||||||||||||| |||  |||| | ||||||| ||||||||||||   ||| |||    
T  23995337 gaccgaagattatcttacattttccagattatatctaaagattgtggcaataaagaatgcaggaaaagctcaacatcaagtcaaagaaatgaagaacaaa 23995436  T
Q  488 tatccttcttct 499  Q
    || |||||||||    
T  23995437 tacccttcttct 23995448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 209 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 25803278 - 25803209
Alignment:
Q  209 atggcaccttcagcttgtttatccgttttgctcgctatttcaatgatctttatttcccatgccatttcac 278  Q
    |||||||||||| | | ||||||  |||||||| | ||||||||||| |||||||| ||||| |||||||    
T  25803278 atggcaccttcaacatatttatcatttttgctcaccatttcaatgatgtttatttctcatgctatttcac 25803209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 46; Significance: 7e-17; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 226 - 517
Target Start/End: Original strand, 13435801 - 13436089
Alignment:
Q  226 tttatccgttttgctcgctatttcaatgatctttatttcccatgccatttcactaccaacaccaagccccaagttgtacaaaagtgtatgtaaagaacct 325  Q
    ||||||| | |||||| | || ||||||||||||||||| || |||||||||| |   ||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||  |    
T  13435801 tttatccttattgctcaccatatcaatgatctttatttctcacgccatttcacga---acatcaagccctaatttgtacaaaagtgtatgtaaagaaatt 13435897  T
Q  326 cgtcagaaagaattcgaacaacgttgtctcaaacttatagaagcttaccctaaaattaccttgatcaaagattatctaaccttttgcaggtcctttttaa 425  Q
     || || ||   |  ||||||| |||  | |||||| ||||| | |||||  ||||||| |    || ||||||||| |||||||  || |  |||||||    
T  13435898 ggtaaggaaccctatgaacaaccttgcttgaaacttttagaaacctacccacaaattacttcagccatagattatcttaccttttcaagattatttttaa 13435997  T
Q  426 agattgtggcaataaagaaggcaataaaatcccaacatcgagtcaaagaaattgtgaaaaaatatccttcttctcaacctatcaaagaatgc 517  Q
     ||||||||||||| | || |||| ||||  |||||||  ||||||||||||   |||||||||||| ||||||||| | ||||||| ||||    
T  13435998 ggattgtggcaatagataatgcaacaaaagtccaacataaagtcaaagaaatgacgaaaaaatatccctcttctcaagccatcaaaggatgc 13436089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University