View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14307_high_13 (Length: 541)

Name: NF14307_high_13
Description: NF14307
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14307_high_13
NF14307_high_13
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (2-531)||(18736030-18736559)
chr4 (2-531)||(18669709-18670238)
chr4 (2-531)||(18647730-18648262)
chr4 (2-446)||(18708560-18709003)
chr4 (181-531)||(18715670-18716021)
chr4 (261-301)||(922410-922450)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 490; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 490; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 531
Target Start/End: Original strand, 18736030 - 18736559
Alignment:
Q  2 tggacttgaagctggaatatggccaagcaaggaaaagacattgtgtgtttcttgtggggacttggatgtggaattctattctacaaaagacactggaaaa 101  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18736030 tggatttgaagctggaatatggccaagcaaggaaaagacattgtgtgtttcttgtggggacttggatgtggaattctattctacaaaagacactggaaaa 18736129  T
Q  102 ctattgggtattgggaagaactgcaacgtagttgaagccaaaccatagttagctattgaagattgattaattataagtggaatattagcataatctaacg 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18736130 ctattgggtattgggaagaactgcaacgtagttgaagccaaaccatagttagctattgaagattgattaattataagtggaatattagcataatctaacg 18736229  T
Q  202 ctctttttagtttttacacaccactactctttatcttattgaataaaatgtatgtgagattgttggaaatcaagcgagtgtttaagtcccacatcgacta 301  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  18736230 ctctttttagtttttacacaccactactctttatcttattgaataaaatgtttgtaagattgttggaaatcaagcgagtgcttaagtcccacatcgacta 18736329  T
Q  302 caaagtgatgaaaatgttggatatactaaatagacggtccacacacctaatgtcttaagatttttggtaaatatatgatgttaaggtctcgtaggagttc 401  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |    
T  18736330 caaaatgatgaaaatgttggatatactaaatagacggtccacacacctaatgtcttaaggtttttggtaaatatatggtgttaaggtctcgtaggagtcc 18736429  T
Q  402 tatacgtttcgctaattgttgcttcttggagtccgcaacaaagatccttcaaatcatataggttttactttttctttgattgaattaatataaattttaa 501  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18736430 tatacgtttcgctaattgttgcttcttagagtccgcaacaaagatccttcaaatcatataggttttactttttctttgattgaattaatataaattttaa 18736529  T
Q  502 attaatatttaagagcgtgtagatatcatg 531  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  18736530 attaatatttaagagcgtctagatatcatg 18736559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 474; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 531
Target Start/End: Original strand, 18669709 - 18670238
Alignment:
Q  2 tggacttgaagctggaatatggccaagcaaggaaaagacattgtgtgtttcttgtggggacttggatgtggaattctattctacaaaagacactggaaaa 101  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  18669709 tggatttgaagctggaatatggccaagcaaggaaaagacattgtgtgtttcttgtggggacttggatgtggaattatattctacaaaaaacactggaaaa 18669808  T
Q  102 ctattgggtattgggaagaactgcaacgtagttgaagccaaaccatagttagctattgaagattgattaattataagtggaatattagcataatctaacg 201  Q
     |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18669809 ttattgggtattgggaagaactgcaacatagttgaagcaaaaccatagttagatattgaagattgattaattataagtggaatattagcataatctaacg 18669908  T
Q  202 ctctttttagtttttacacaccactactctttatcttattgaataaaatgtatgtgagattgttggaaatcaagcgagtgtttaagtcccacatcgacta 301  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  18669909 ctctttttagtttttacacaccactactctttatcttattgaataaaatgtatgtgagattgttggaaatcaagcgagtgcttaagtcccacatcgacta 18670008  T
Q  302 caaagtgatgaaaatgttggatatactaaatagacggtccacacacctaatgtcttaagatttttggtaaatatatgatgttaaggtctcgtaggagttc 401  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |    
T  18670009 caaaatgatgaaaatgttggatatactaaatagacggtccacacacctaatgtcttaaggtttttggtaaatatatggtgttaaggtctcgtaggagtcc 18670108  T
Q  402 tatacgtttcgctaattgttgcttcttggagtccgcaacaaagatccttcaaatcatataggttttactttttctttgattgaattaatataaattttaa 501  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  18670109 tatacgtttcgctaattgttgcttcttggagtccgcaacaatgatccttcaaatcatataggttttactttttctttgattgaattaatagaaattttaa 18670208  T
Q  502 attaatatttaagagcgtgtagatatcatg 531  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18670209 attaatatttaagagcgtgtagatatcatg 18670238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 309; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 2 - 531
Target Start/End: Original strand, 18647730 - 18648262
Alignment:
Q  2 tggacttgaagctggaatatggccaagcaaggaaaagacattgtgtgtttcttgtggggacttggatgtggaattctattctacaaaagacactggaaaa 101  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18647730 tggatttgaagctggaatatggccaagcaaggaaaagacattgtgtgtttcttgtggggacttggatgtggaattctattctacaaaagacactggaaaa 18647829  T
Q  102 ctattgggtattgggaagaactgcaacgtagttgaagccaaacca----tagttagctattgaagattgattaattataagtggaatattagcataatct 197  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||    ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  18647830 ctattgggtattgggaagaactgcaacatagttgaagctaaaccatagttagttagttattgaagattgcttaattataagtggaatgttagcataatct 18647929  T
Q  198 aacgctctttttagtttttacacaccactactctttatcttattgaataaaatgtatgtgagattgttggaaatcaagcgagtgtttaagtcccacatcg 297  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||| |||  | ||||||||    
T  18647930 aacgctatttttagtttttacacaccactactctttatcttattgaataaaatgtacgtgaaattgttagaaatcaagcgagtggttatattccacatcg 18648029  T
Q  298 actacaaagtgatgaaaatgttggatatactaaatagacggtccacacacctaatgtcttaagatttttggtaaatatatgatgttaaggtctcgtagga 397  Q
    |||  ||| ||  |||||||| ||||||| || |||||||||||  ||||||| |||||| || ||||||| |||||| || ||||||||||| |||  |    
T  18648030 acttgaaa-tggagaaaatgtcggatataatagatagacggtccgtacacctagtgtctttaggtttttgggaaatatgtggtgttaaggtcttgtacca 18648128  T
Q  398 gttctatacgtttcgctaattgttgcttcttggagtccgcaacaaagatccttcaaatcatataggttttactttttctttgattgaattaatataaatt 497  Q
    || ||  |||||| | ||| ||  ||||||  || || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  18648129 gtcctggacgtttagttaactgccgcttctaagactctgcaacaaagatccttcaaatcatataggttttaccttttctttgattgaattcatataaatt 18648228  T
Q  498 ttaaattaatatttaagagcgtgtagatatcatg 531  Q
    ||| |||||||||| |||| ||||| ||||||||    
T  18648229 ttacattaatatttgagagtgtgtaaatatcatg 18648262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 289; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 2 - 446
Target Start/End: Original strand, 18708560 - 18709003
Alignment:
Q  2 tggacttgaagctggaatatggccaagcaaggaaaagacattgtgtgtttcttgtggggacttggatgtggaattctattctacaaaagacactggaaaa 101  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18708560 tggatttgaagctggaatatggccaagcaaggaaaagacattgtgtgtttcttgtggggacttggatgtggaattctattctacaaaagacactggaaaa 18708659  T
Q  102 ctattgggtattgggaagaactgcaacgtagttgaagccaaaccatagttagctattgaagattgattaattataagtggaatattagcataatctaacg 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18708660 ctattgggtattgggaagaactgcaacgtagttgaagccaaaccatagttagctattgaagattgattaattataagtggaatattagcataatctaacg 18708759  T
Q  202 ctctttttagtttttacacaccactactctttatcttattgaataaaatgtatgtgagattgttggaaatcaagcgagtgtttaagtcccacatcgacta 301  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||  | |||| ||||||     
T  18708760 ctctttttagtttttacacaccactactctttatcttattgaataaaatgtacgtgaaattgttggaaatcaagcgagtggttatattccacctcgactt 18708859  T
Q  302 caaagtgatgaaaatgttggatatactaaatagacggtccacacacctaatgtcttaagatttttggtaaatatatgatgttaaggtctcgtaggagttc 401  Q
     |||  || |||||||| ||||||| || |||||||||||  ||||||| |||||| || ||||||| |||||| || ||||||||||| |||  ||| |    
T  18708860 gaaatgga-gaaaatgtcggatatattagatagacggtccgtacacctagtgtcttgaggtttttgggaaatatgtggtgttaaggtcttgtaccagtcc 18708958  T
Q  402 tatacgtttcgctaattgttgcttcttggagtccgcaacaaagat 446  Q
    |  |||||| | ||||||  ||||||  || || |||||||||||    
T  18708959 tggacgtttagttaattgccgcttctaagactctgcaacaaagat 18709003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 288; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 181 - 531
Target Start/End: Original strand, 18715670 - 18716021
Alignment:
Q  181 gaatattagcataatctaacgctctttttagtttttacacaccactactctttatcttattgaataaaatgtatgtgagattgttggaaatcaagcgagt 280  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  18715670 gaatattagcataatctaacgccctttttagtttttacacgccagtactctttatcttattgaataaaatgtatgtgagattgttggaaatcaagtgagt 18715769  T
Q  281 gtttaagtcccacatcgactacaaagtgatgaaaatgttggatatactaaatagacggtccacacacctaatgtcttaagatttttggtaaatatatgat 380  Q
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||| |    
T  18715770 acttaagtcccacatcgactacaaaatgatgaaaatgttggatatactaaatagacggtccacacacttaatgtcttaaggtttttgttaaatatatggt 18715869  T
Q  381 gttaaggtctcgtaggagttctatacgtttcgctaattgttgcttcttggagtccgcaacaaagatccttcaaatcatataggttttactttttctttga 480  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  18715870 gttaaggtctcgtaggagtcctatacgtttcgctaattgtagcttcttggagtccgcaacaaagatccttcaaatcatataggttttactttttctatga 18715969  T
Q  481 ttgaattaatat-aaattttaaattaatatttaagagcgtgtagatatcatg 531  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18715970 ttgaattaatataaaattttaaattaatatttaagagcgtgtagatatcatg 18716021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 261 - 301
Target Start/End: Original strand, 922410 - 922450
Alignment:
Q  261 ttgttggaaatcaagcgagtgtttaagtcccacatcgacta 301  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  922410 ttgttggaaatcaagtgagtgtttatgtcccacatcgacta 922450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University