View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14307_high_6 (Length: 656)

Name: NF14307_high_6
Description: NF14307
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14307_high_6
NF14307_high_6
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (1-638)||(18736029-18736664)
chr4 (1-638)||(18669708-18670345)
chr4 (1-627)||(18647729-18648349)
chr4 (181-601)||(18715670-18716091)
chr4 (1-446)||(18708559-18709003)
chr4 (261-301)||(922410-922450)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 567; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 567; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 638
Target Start/End: Original strand, 18736029 - 18736664
Alignment:
Q  1 ttggatttgaagctggaatatggccaagcaaggaaaagacattgtgtgtttcttgtggggacttggatgtggaattctattctacaaaagacactggaaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18736029 ttggatttgaagctggaatatggccaagcaaggaaaagacattgtgtgtttcttgtggggacttggatgtggaattctattctacaaaagacactggaaa 18736128  T
Q  101 actattgggtattgggaagaactgcaacgtagttgaagccaaaccatagttagctattgaagattgattaattataagtggaatattagcataatctaac 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18736129 actattgggtattgggaagaactgcaacgtagttgaagccaaaccatagttagctattgaagattgattaattataagtggaatattagcataatctaac 18736228  T
Q  201 gctctttttagtttttacacaccactactctttatcttattgaataaaatgtatgtgagattgttggaaatcaagcgagtgtttaagtcccacatcgact 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  18736229 gctctttttagtttttacacaccactactctttatcttattgaataaaatgtttgtaagattgttggaaatcaagcgagtgcttaagtcccacatcgact 18736328  T
Q  301 acaaagtgatgaaaatgttggatatactaaatagacggtccacacacctaatgtcttaagatttttggtaaatatatgatgttaaggtctcgtaggagtt 400  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||     
T  18736329 acaaaatgatgaaaatgttggatatactaaatagacggtccacacacctaatgtcttaaggtttttggtaaatatatggtgttaaggtctcgtaggagtc 18736428  T
Q  401 ctatacgtttcgctaattgttgcttcttggagtccgcaacaaagatccttcaaatcatataggttttactttttctttgattgaattaatataaatttta 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18736429 ctatacgtttcgctaattgttgcttcttagagtccgcaacaaagatccttcaaatcatataggttttactttttctttgattgaattaatataaatttta 18736528  T
Q  501 aattaatatttaagagcgtgtagatatcatgnnnnnnnnnnatatgaagtcatttttggtggtgtgttagaatataatgtgttggctagggagcatgtgc 600  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18736529 aattaatatttaagagcgtctagatatcatg--ttttttttatatgaagtcatttttggtggtgtgttagaatataatgtgttggctagggagcatgtgc 18736626  T
Q  601 tcacatttttgttgcttgtaattttgtcacgtgagttt 638  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18736627 tcacatttttgttgcttgtaattttgtcacgtgagttt 18736664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 556; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 638
Target Start/End: Original strand, 18669708 - 18670345
Alignment:
Q  1 ttggatttgaagctggaatatggccaagcaaggaaaagacattgtgtgtttcttgtggggacttggatgtggaattctattctacaaaagacactggaaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  18669708 ttggatttgaagctggaatatggccaagcaaggaaaagacattgtgtgtttcttgtggggacttggatgtggaattatattctacaaaaaacactggaaa 18669807  T
Q  101 actattgggtattgggaagaactgcaacgtagttgaagccaaaccatagttagctattgaagattgattaattataagtggaatattagcataatctaac 200  Q
    | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18669808 attattgggtattgggaagaactgcaacatagttgaagcaaaaccatagttagatattgaagattgattaattataagtggaatattagcataatctaac 18669907  T
Q  201 gctctttttagtttttacacaccactactctttatcttattgaataaaatgtatgtgagattgttggaaatcaagcgagtgtttaagtcccacatcgact 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  18669908 gctctttttagtttttacacaccactactctttatcttattgaataaaatgtatgtgagattgttggaaatcaagcgagtgcttaagtcccacatcgact 18670007  T
Q  301 acaaagtgatgaaaatgttggatatactaaatagacggtccacacacctaatgtcttaagatttttggtaaatatatgatgttaaggtctcgtaggagtt 400  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||     
T  18670008 acaaaatgatgaaaatgttggatatactaaatagacggtccacacacctaatgtcttaaggtttttggtaaatatatggtgttaaggtctcgtaggagtc 18670107  T
Q  401 ctatacgtttcgctaattgttgcttcttggagtccgcaacaaagatccttcaaatcatataggttttactttttctttgattgaattaatataaatttta 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  18670108 ctatacgtttcgctaattgttgcttcttggagtccgcaacaatgatccttcaaatcatataggttttactttttctttgattgaattaatagaaatttta 18670207  T
Q  501 aattaatatttaagagcgtgtagatatcatgnnnnnnnnnnatatgaagtcatttttggtggtgtgttagaatataatgtgttggctagggagcatgtgc 600  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18670208 aattaatatttaagagcgtgtagatatcatgttttttttttatatgaagtcatttttggtggtgtgttagaatataatgtgttggctagggagcatgtgc 18670307  T
Q  601 tcacatttttgttgcttgtaattttgtcacgtgagttt 638  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18670308 tcacatttttgttgcttgtaattttgtcacgtgagttt 18670345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 330; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 627
Target Start/End: Original strand, 18647729 - 18648349
Alignment:
Q  1 ttggatttgaagctggaatatggccaagcaaggaaaagacattgtgtgtttcttgtggggacttggatgtggaattctattctacaaaagacactggaaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18647729 ttggatttgaagctggaatatggccaagcaaggaaaagacattgtgtgtttcttgtggggacttggatgtggaattctattctacaaaagacactggaaa 18647828  T
Q  101 actattgggtattgggaagaactgcaacgtagttgaagccaaacca----tagttagctattgaagattgattaattataagtggaatattagcataatc 196  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||    ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  18647829 actattgggtattgggaagaactgcaacatagttgaagctaaaccatagttagttagttattgaagattgcttaattataagtggaatgttagcataatc 18647928  T
Q  197 taacgctctttttagtttttacacaccactactctttatcttattgaataaaatgtatgtgagattgttggaaatcaagcgagtgtttaagtcccacatc 296  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||| |||  | |||||||    
T  18647929 taacgctatttttagtttttacacaccactactctttatcttattgaataaaatgtacgtgaaattgttagaaatcaagcgagtggttatattccacatc 18648028  T
Q  297 gactacaaagtgatgaaaatgttggatatactaaatagacggtccacacacctaatgtcttaagatttttggtaaatatatgatgttaaggtctcgtagg 396  Q
    ||||  ||| ||  |||||||| ||||||| || |||||||||||  ||||||| |||||| || ||||||| |||||| || ||||||||||| |||      
T  18648029 gacttgaaa-tggagaaaatgtcggatataatagatagacggtccgtacacctagtgtctttaggtttttgggaaatatgtggtgttaaggtcttgtacc 18648127  T
Q  397 agttctatacgtttcgctaattgttgcttcttggagtccgcaacaaagatccttcaaatcatataggttttactttttctttgattgaattaatataaat 496  Q
    ||| ||  |||||| | ||| ||  ||||||  || || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  18648128 agtcctggacgtttagttaactgccgcttctaagactctgcaacaaagatccttcaaatcatataggttttaccttttctttgattgaattcatataaat 18648227  T
Q  497 tttaaattaatatttaagagcgtgtagatatcatgnnnnnnnnnnatatgaagtcatttttggtggtgtgttagaatataatgtgttggctagggagcat 596  Q
    |||| |||||||||| |||| ||||| ||||||||           | |||||||||||||||||  ||||||||  |||||| ||||||||||||||||    
T  18648228 tttacattaatatttgagagtgtgtaaatatcatgttttttt----tgtgaagtcatttttggtg--gtgttaga--ataatgcgttggctagggagcat 18648319  T
Q  597 gtgctcacatttttgttgcttgtaattttgt 627  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  18648320 gtgctcaca-ttttgttgcttgtaactttgt 18648349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 328; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 181 - 601
Target Start/End: Original strand, 18715670 - 18716091
Alignment:
Q  181 gaatattagcataatctaacgctctttttagtttttacacaccactactctttatcttattgaataaaatgtatgtgagattgttggaaatcaagcgagt 280  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  18715670 gaatattagcataatctaacgccctttttagtttttacacgccagtactctttatcttattgaataaaatgtatgtgagattgttggaaatcaagtgagt 18715769  T
Q  281 gtttaagtcccacatcgactacaaagtgatgaaaatgttggatatactaaatagacggtccacacacctaatgtcttaagatttttggtaaatatatgat 380  Q
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||| |    
T  18715770 acttaagtcccacatcgactacaaaatgatgaaaatgttggatatactaaatagacggtccacacacttaatgtcttaaggtttttgttaaatatatggt 18715869  T
Q  381 gttaaggtctcgtaggagttctatacgtttcgctaattgttgcttcttggagtccgcaacaaagatccttcaaatcatataggttttactttttctttga 480  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  18715870 gttaaggtctcgtaggagtcctatacgtttcgctaattgtagcttcttggagtccgcaacaaagatccttcaaatcatataggttttactttttctatga 18715969  T
Q  481 ttgaattaatat-aaattttaaattaatatttaagagcgtgtagatatcatgnnnnnnnnnnatatgaagtcatttttggtggtgtgttagaatataatg 579  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18715970 ttgaattaatataaaattttaaattaatatttaagagcgtgtagatatcatgttttttttttatatgaagtcatttttggtggtgtgttagaatataatg 18716069  T
Q  580 tgttggctagggagcatgtgct 601  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  18716070 tgttggctagggagcatgtgct 18716091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 1 - 446
Target Start/End: Original strand, 18708559 - 18709003
Alignment:
Q  1 ttggatttgaagctggaatatggccaagcaaggaaaagacattgtgtgtttcttgtggggacttggatgtggaattctattctacaaaagacactggaaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18708559 ttggatttgaagctggaatatggccaagcaaggaaaagacattgtgtgtttcttgtggggacttggatgtggaattctattctacaaaagacactggaaa 18708658  T
Q  101 actattgggtattgggaagaactgcaacgtagttgaagccaaaccatagttagctattgaagattgattaattataagtggaatattagcataatctaac 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18708659 actattgggtattgggaagaactgcaacgtagttgaagccaaaccatagttagctattgaagattgattaattataagtggaatattagcataatctaac 18708758  T
Q  201 gctctttttagtttttacacaccactactctttatcttattgaataaaatgtatgtgagattgttggaaatcaagcgagtgtttaagtcccacatcgact 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||  | |||| ||||||    
T  18708759 gctctttttagtttttacacaccactactctttatcttattgaataaaatgtacgtgaaattgttggaaatcaagcgagtggttatattccacctcgact 18708858  T
Q  301 acaaagtgatgaaaatgttggatatactaaatagacggtccacacacctaatgtcttaagatttttggtaaatatatgatgttaaggtctcgtaggagtt 400  Q
      |||  || |||||||| ||||||| || |||||||||||  ||||||| |||||| || ||||||| |||||| || ||||||||||| |||  |||     
T  18708859 tgaaatgga-gaaaatgtcggatatattagatagacggtccgtacacctagtgtcttgaggtttttgggaaatatgtggtgttaaggtcttgtaccagtc 18708957  T
Q  401 ctatacgtttcgctaattgttgcttcttggagtccgcaacaaagat 446  Q
    ||  |||||| | ||||||  ||||||  || || |||||||||||    
T  18708958 ctggacgtttagttaattgccgcttctaagactctgcaacaaagat 18709003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 261 - 301
Target Start/End: Original strand, 922410 - 922450
Alignment:
Q  261 ttgttggaaatcaagcgagtgtttaagtcccacatcgacta 301  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  922410 ttgttggaaatcaagtgagtgtttatgtcccacatcgacta 922450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University