View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF14307_low_75 (Length: 314)
Name: NF14307_low_75
Description: NF14307
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF14307_low_75 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 222; Significance: 1e-122; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 1 - 303
Target Start/End: Original strand, 3856917 - 3857221
Alignment:
| Q |
1 |
ttttcagaaaacacactcccagaagaatggtcacctagaacaaaaactggtacaatttatatgttgtggatactnnnnnnnngttaatcacgtccttcaa |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3856917 |
ttttcagaaaacacactcccagaagaatggtcacctagaacaaaaactggtacaatttatatgttgtggatactaaaaaaa-gttaatcacgtccttcaa |
3857015 |
T |
|
| Q |
101 |
ctatgttttaccatattttacatgtttttgtataattttgtcatgcatgaaagtcaatatggtcttcatacatattgacaaaatatatatgactatatga |
200 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3857016 |
ctatgttttaccatattttacatgtttttgtataatgttgtcatgcatgaaagtcaatatggtcttcatacatattgacaaaatatatatgactatatga |
3857115 |
T |
|
| Q |
201 |
gaaactatagaatttataaaaattaccnnnnnnngcacaagttataa---cacttgatttatagattatttctattattttaaatcatttgatgtgtaca |
297 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| ||||||| | | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3857116 |
gaaactatagaatttattaaaattatctttttttggacaagttataaaatcacttgatttatagattatttctattagtttaaatcatttgatgtgtaca |
3857215 |
T |
|
| Q |
298 |
tcacat |
303 |
Q |
| |
|
|||||| |
|
|
| T |
3857216 |
tcacat |
3857221 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 1 - 303
Target Start/End: Original strand, 3865674 - 3865978
Alignment:
| Q |
1 |
ttttcagaaaacacactcccagaagaatggtcacctagaacaaaaactggtacaatttatatgttgtggatactnnnnnnnngttaatcacgtccttcaa |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3865674 |
ttttcagaaaacacactcccagaagaatggtcacctagaacaaaaactggtacaatttatatgttgtggatactaaaaaaa-gttaatcacgtccttcaa |
3865772 |
T |
|
| Q |
101 |
ctatgttttaccatattttacatgtttttgtataattttgtcatgcatgaaagtcaatatggtcttcatacatattgacaaaatatatatgactatatga |
200 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3865773 |
ctatgttttaccatattttacatgtttttgtataatgttgtcatgcatgaaagtcaatatggtcttcatacatattgacaaaatatatatgactatatga |
3865872 |
T |
|
| Q |
201 |
gaaactatagaatttataaaaattaccnnnnnnngcacaagttataa---cacttgatttatagattatttctattattttaaatcatttgatgtgtaca |
297 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| ||||||| | | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3865873 |
gaaactatagaatttattaaaattatctttttttggacaagttataaaatcacttgatttatagattatttctattagtttaaatcatttgatgtgtaca |
3865972 |
T |
|
| Q |
298 |
tcacat |
303 |
Q |
| |
|
|||||| |
|
|
| T |
3865973 |
tcacat |
3865978 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University