View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF14313_low_5 (Length: 490)
Name: NF14313_low_5
Description: NF14313
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF14313_low_5 |
 | |
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| [»] scaffold1415 (1 HSPs) |
| | |
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| [»] scaffold0070 (3 HSPs) |
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| [»] scaffold0830 (1 HSPs) |
| | |
|
Alignment Details
Target: scaffold1415 (Bit Score: 412; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold1415
Description:
Target: scaffold1415; HSP #1
Raw Score: 412; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 465
Target Start/End: Original strand, 49 - 496
Alignment:
| Q |
18 |
aagttgatgttttgaagatacaaaagtgattctaaggattttggaataacaccggttaacatattttgggataagtccaaggagatcaagcttaccattt |
117 |
Q |
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| T |
49 |
aagttgatgttttgaagatacaaaagtgattctaaggattttggaataacaccagttaacatattttgggacaagtccaaggagatcaagcttaccattt |
148 |
T |
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| Q |
118 |
caccaagtgatttgggaattgatccattcagtttattatctgctaaggagagattctgcaatgtttgtaaggaacttatggttgttggaatgttgcttga |
217 |
Q |
| |
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| T |
149 |
gagcaagtgatttgggaattgatccattcagtttattatctgctaaggagagattctgcaatgtttgtaaggaactgatggttgttggaatgttgcttga |
248 |
T |
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| Q |
218 |
aatctgatttcttgataggtctaatagtataattgctctcaaattcccaatctcaggtggaagattaccaatgaaggcattagaggacaaatctagctct |
317 |
Q |
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| T |
249 |
aatctgatttcttgataggtctaatagtataattgctctcaaattcccaatctcagttggaagattaccaatgaaggcattagaggacaaatctagctct |
348 |
T |
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| Q |
318 |
aagatatctatgacactccaaagagaggaaggtatcttagagttgagactgttagatcctatgtataaccttataatagaactcatatttcccaaacatg |
417 |
Q |
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| T |
349 |
aagatatctatgacactccaaagagaggaaggtatcttagagttgagactgttagatccaatgtataaccttataatagaagtcatatttcccaaacatg |
448 |
T |
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| Q |
418 |
ttggtaaaactccagagagcttattattgtttagatacaactcaccca |
465 |
Q |
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|
| T |
449 |
ttggtaaaactccagagagcttattattgtctagatacaactcaccca |
496 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 379; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 379; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 480
Target Start/End: Original strand, 25605650 - 25606112
Alignment:
| Q |
18 |
aagttgatgttttgaagatacaaaagtgattctaaggattttggaataacaccggttaacatattttgggataagtccaaggagatcaagcttaccattt |
117 |
Q |
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| T |
25605650 |
aagttgatgttttggagatacacaagtgattctaaggattttggaataacaccagttaacatattttgggacaagtccaaagagatcaagcttatcattt |
25605749 |
T |
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| Q |
118 |
caccaagtgatttgggaattgatccattcagtttattatctgctaaggagagattctgcaatgtttgtaaggaacttatggttgttggaatgttgcttga |
217 |
Q |
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| T |
25605750 |
gaccaagtgattcaggaattgatccattcagtttattatctgctaaggagagcttctgcaatgtttgtaagggactgatggttgttggaatgttgcttga |
25605849 |
T |
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| Q |
218 |
aatctgatttcttgataggtctaatagtataattgctctcaaattcccaatctcaggtggaagattaccaatgaaggcattagaggacaaatctagctct |
317 |
Q |
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| T |
25605850 |
aatctgatttcttgataggtctaatagtataattgctctcaaattcccaatctcaggtggcagattaccgatgaacgcattagaggacaaatctacctgt |
25605949 |
T |
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| Q |
318 |
aagatatctatgacactccaaagagaggaaggtatcttagagttgagactgttagatcctatgtataaccttataatagaactcatatttcccaaacatg |
417 |
Q |
| |
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| T |
25605950 |
aagatatctatgacactccaaagagaggaaggtatcttagagttcagactgttagatcctatgtataaccttataatagaactcatatttcccaaacatg |
25606049 |
T |
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| Q |
418 |
ttggtaaaactccagagagcttattattgtttagatacaactcacccaaacccttcatctcac |
480 |
Q |
| |
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| T |
25606050 |
ttggtaaaactccagagagctttttattgtttagatacaactcacccaaactcttcatttcac |
25606112 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 311; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 18 - 480
Target Start/End: Original strand, 25453995 - 25454457
Alignment:
| Q |
18 |
aagttgatgttttgaagatacaaaagtgattctaaggattttggaataacaccggttaacatattttgggataagtccaaggagatcaagcttaccattt |
117 |
Q |
| |
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|
| T |
25453995 |
aagttgatgttttgaagatacaaaagtgattctaaggattttggaataacaccagttaacatattttgggacaagtccaaagagatcaagcttaccattt |
25454094 |
T |
|
| Q |
118 |
caccaagtgatttgggaattgatccattcagtttattatctgctaaggagagattctgcaatgtttgtaaggaacttatggttgttggaatgttgcttga |
217 |
Q |
| |
|
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|
| T |
25454095 |
gaccaagtgatttgggaattgatccaatcagtttattttgtgctaagacgagattctgcaatgtttgtaaggaactgattattgttggaatgttgcttga |
25454194 |
T |
|
| Q |
218 |
aatctgatttcttgataggtctaatagtataattgctctcaaattcccaatctcaggtggaagattaccaatgaaggcattagaggacaaatctagctct |
317 |
Q |
| |
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| T |
25454195 |
aatctgatttcttgataggtctaatagtataattgctctcaaattcccaatctcaggtggaagattaccaattaaagaatttgaagaaaaatttatctct |
25454294 |
T |
|
| Q |
318 |
aagatatctatgacactccaaagagaggaaggtatcttagagttgagactgttagatcctatgtataaccttataatagaactcatatttcccaaacatg |
417 |
Q |
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|
| T |
25454295 |
aatatatctctaagactccaaagagataaaggtattctagagtttaaactgttagatcctacatttatccttataatagaagtcatatttcccaaacatg |
25454394 |
T |
|
| Q |
418 |
ttggtaaaactccagagagcttattattgtttagatacaactcacccaaacccttcatctcac |
480 |
Q |
| |
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|
| T |
25454395 |
ttggtaaaactccagagagcttattattgtctagatacaactcacccaaactcttcatttcac |
25454457 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 303; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 18 - 480
Target Start/End: Original strand, 25696373 - 25696835
Alignment:
| Q |
18 |
aagttgatgttttgaagatacaaaagtgattctaaggattttggaataacaccggttaacatattttgggataagtccaaggagatcaagcttaccattt |
117 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |
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|
| T |
25696373 |
aagttgatgttttgaagatacaaaagtgattctaaggattttggaataacaccagttaacatattttgggacaagtccaaagagatcaagcttaccattt |
25696472 |
T |
|
| Q |
118 |
caccaagtgatttgggaattgatccattcagtttattatctgctaaggagagattctgcaatgtttgtaaggaacttatggttgttggaatgttgcttga |
217 |
Q |
| |
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|
|
| T |
25696473 |
caccaagtgatttgggaactgaaccattcagtttattatctgctaaggagagattctgcaatgttaataaggaattaatggttgttggaatgttgcttga |
25696572 |
T |
|
| Q |
218 |
aatctgatttcttgataggtctaatagtataattgctctcaaattcccaatctcaggtggaagattaccaatgaaggcattagaggacaaatctagctct |
317 |
Q |
| |
|
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| T |
25696573 |
aatctgatttcttgataggtctaatagtataattgctctcaaattcccaatctcaggtggaagattaccaattaaagaatttgaagaaaaatttatctct |
25696672 |
T |
|
| Q |
318 |
aagatatctatgacactccaaagagaggaaggtatcttagagttgagactgttagatcctatgtataaccttataatagaactcatatttcccaaacatg |
417 |
Q |
| |
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| T |
25696673 |
aatatatctctaagactccaaagagataaaggtattctagagtttaaactgttagatcctacatttatccttataagagaaatcatatttcctaaacatg |
25696772 |
T |
|
| Q |
418 |
ttggtaaaactccagagagcttattattgtttagatacaactcacccaaacccttcatctcac |
480 |
Q |
| |
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|
|
| T |
25696773 |
ttggtaaaactccagaaagcttattattttcaagatacaactcacccaaactcttcatttcac |
25696835 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 291; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 18 - 480
Target Start/End: Original strand, 25323669 - 25324131
Alignment:
| Q |
18 |
aagttgatgttttgaagatacaaaagtgattctaaggattttggaataacaccggttaacatattttgggataagtccaaggagatcaagcttaccattt |
117 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||| ||||| || |||||||||| |
|
|
| T |
25323669 |
aagttgatgttttgaagatacaaaagtgattctaaggattttggaataacacctgttaacatatttttggacaagtccaaagagattaatcttaccattt |
25323768 |
T |
|
| Q |
118 |
caccaagtgatttgggaattgatccattcagtttattatctgctaaggagagattctgcaatgtttgtaaggaacttatggttgttggaatgttgcttga |
217 |
Q |
| |
|
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|
| T |
25323769 |
caccaagtgatttgggaattgaaccattcagtttattatctgctaaggagagattctgcaatgttaataaggaattaatggttgttggaatgttgcttga |
25323868 |
T |
|
| Q |
218 |
aatctgatttcttgataggtctaatagtataattgctctcaaattcccaatctcaggtggaagattaccaatgaaggcattagaggacaaatctagctct |
317 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || | ||| || || |||| || |||| |
|
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| T |
25323869 |
aatctgatttcttgatagttctaatagtacaattgctctcaaattcccaatctcaggtggaagaataccaattaaagaatttgatgaaaaatttatctct |
25323968 |
T |
|
| Q |
318 |
aagatatctatgacactccaaagagaggaaggtatcttagagttgagactgttagatcctatgtataaccttataatagaactcatatttcccaaacatg |
417 |
Q |
| |
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| T |
25323969 |
aatatatctctaagcctccaaagagataaaggtattctagagttcaaactgttagatcctacatgtatccttataagagaaatcatatttcccaaacatg |
25324068 |
T |
|
| Q |
418 |
ttggtaaaactccagagagcttattattgtttagatacaactcacccaaacccttcatctcac |
480 |
Q |
| |
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|
|
| T |
25324069 |
ttggtaaaactccagagagcttattattttgtagatacaactcacccaaactcttcatttcac |
25324131 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 289; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 44 - 480
Target Start/End: Original strand, 25392331 - 25392767
Alignment:
| Q |
44 |
tgattctaaggattttggaataacaccggttaacatattttgggataagtccaaggagatcaagcttaccatttcaccaagtgatttgggaattgatcca |
143 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25392331 |
tgattctaaggattttggaataacaccagttaacatattttgggacaagtccaaagagatcaagcttaccatttgaccaattgatttgggaattgatcca |
25392430 |
T |
|
| Q |
144 |
ttcagtttattatctgctaaggagagattctgcaatgtttgtaaggaacttatggttgttggaatgttgcttgaaatctgatttcttgataggtctaata |
243 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
25392431 |
ttcagtttattatctgctaaggagagtttctgcaatgttagtaaggaattaatggttgttggaatgttgcttgaaatctgatttcttgataggtctaatc |
25392530 |
T |
|
| Q |
244 |
gtataattgctctcaaattcccaatctcaggtggaagattaccaatgaaggcattagaggacaaatctagctctaagatatctatgacactccaaagaga |
343 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
25392531 |
gtataattgctctcaaattcccaatctcaggtggaagattaccaattaaagaatttgaagaaaaatttatctctaataaatctcttagactccaaagaga |
25392630 |
T |
|
| Q |
344 |
ggaaggtatcttagagttgagactgttagatcctatgtataaccttataatagaactcatatttcccaaacatgttggtaaaactccagagagcttatta |
443 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||| |||||||||||||| | || |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25392631 |
taaaggtattctagagttgaaactgttagatcctacatttatccttataagagaaatcatatttcccaaacatgttggtaaaactccagagagcttatta |
25392730 |
T |
|
| Q |
444 |
ttgtttagatacaactcacccaaacccttcatctcac |
480 |
Q |
| |
|
|| |||||||||||||||||||||| |||||| |||| |
|
|
| T |
25392731 |
ttttttagatacaactcacccaaactcttcatttcac |
25392767 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 18 - 463
Target Start/End: Original strand, 25476674 - 25477119
Alignment:
| Q |
18 |
aagttgatgttttgaagatacaaaagtgattctaaggattttggaataacaccggttaacatattttgggataagtccaaggagatcaagcttaccattt |
117 |
Q |
| |
|
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||| |
|
|
| T |
25476674 |
aagttgatgttttcaagatacaaaagtgattctaaggattttggaataataccggttagcatattttgggacaagtccaaggaggtcaagctcaccattt |
25476773 |
T |
|
| Q |
118 |
caccaagtgatttgggaattgatccattcagtttattatctgctaaggagagattctgcaatgtttgtaaggaacttatggttgttggaatgttgcttga |
217 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||| || || || ||||| ||| ||||||||| ||||||| |||||||| ||||| |
|
|
| T |
25476774 |
caccaagtgatgatggaattgatccattcagtttgttatgcgctaatgataggttttgcaaagttactaaggaactaatggttgaaggaatgtttcttga |
25476873 |
T |
|
| Q |
218 |
aatctgatttcttgataggtctaatagtataattgctctcaaattcccaatctcaggtggaagattaccaatgaaggcattagaggacaaatctagctct |
317 |
Q |
| |
|
||| | ||||| |||||| ||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||| |||| |
|
|
| T |
25476874 |
aatattatttcctgatagatctaaaactacaattgctctcaaattcccaatctcaggtggaagattcccaatgaaggcattataagacaaatctacctct |
25476973 |
T |
|
| Q |
318 |
aagatatctatgacactccaaagagaggaaggtatcttagagttgagactgttagatcctatgtataaccttataatagaactcatatttcccaaacatg |
417 |
Q |
| |
|
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|
| T |
25476974 |
aagatatctatgacactccaaagagaggaaggtatcttagagttcagactattagatcctatgtctatcattctaagagaagtcatattttccaagcatg |
25477073 |
T |
|
| Q |
418 |
ttggtaaaactccagagagcttattattgtttagatacaactcacc |
463 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |
|
|
| T |
25477074 |
ttggtaaaacaccagagagcttattattttctagatacaactcacc |
25477119 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 18 - 480
Target Start/End: Original strand, 25312012 - 25312474
Alignment:
| Q |
18 |
aagttgatgttttgaagatacaaaagtgattctaaggattttggaataacaccggttaacatattttgggataagtccaaggagatcaagcttaccattt |
117 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
25312012 |
aagttgatgttttgaaggtacaaaagtgattctaaggattttggaataacaccagttaacatattttgagacaagtccaaagagatcaagcttaacattc |
25312111 |
T |
|
| Q |
118 |
caccaagtgatttgggaattgatccattcagtttattatctgctaaggagagattctgcaatgtttgtaaggaacttatggttgttggaatgttgcttga |
217 |
Q |
| |
|
|| |||||| ||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
25312112 |
cattcagtgatgcgggaattgacccattcaatttattatgagctaaggagagattctgcaaattttgtaaggaactgatggttgtaggaatgttgcttga |
25312211 |
T |
|
| Q |
218 |
aatctgatttcttgataggtctaatagtataattgctctcaaattcccaatctcaggtggaagattaccaatgaaggcattagaggacaaatctagctct |
317 |
Q |
| |
|
||| |||||||||||||| ||||||| || || | ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| || ||||| ||||| ||||||| | | |
|
|
| T |
25312212 |
aatttgatttcttgatagatctaatattacaagttctctcaaattcccaatctcgagtggaagatcaccaataaatgcattggaggataaatctaccatt |
25312311 |
T |
|
| Q |
318 |
aagatatctatgacactccaaagagaggaaggtatcttagagttgagactgttagatcctatgtataaccttataatagaactcatatttcccaaacatg |
417 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| | | ||||||||||||| || || || ||| |||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
25312312 |
aagatatctatgagactccaaagagaggaaggtatcatagagttaaaattgttagatcctatatacaattttctaagagaagtcatatttcccaaacatg |
25312411 |
T |
|
| Q |
418 |
ttggtaaaactccagagagcttattattgtttagatacaactcacccaaacccttcatctcac |
480 |
Q |
| |
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|
|
| T |
25312412 |
ttggtaaaactccagaaagcttattattttctagatacaattcacccaaactcttcatttcac |
25312474 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #8
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Query Start/End: Original strand, 18 - 480
Target Start/End: Original strand, 25716206 - 25716668
Alignment:
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Q |
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T |
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217 |
Q |
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25716405 |
T |
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317 |
Q |
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T |
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318 |
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417 |
Q |
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25716506 |
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T |
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418 |
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480 |
Q |
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T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 223; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 18 - 468
Target Start/End: Original strand, 25341993 - 25342443
Alignment:
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117 |
Q |
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T |
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217 |
Q |
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T |
|
| Q |
218 |
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317 |
Q |
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T |
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318 |
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417 |
Q |
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25342293 |
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T |
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418 |
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468 |
Q |
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| T |
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T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 18 - 468
Target Start/End: Original strand, 25570896 - 25571346
Alignment:
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18 |
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Q |
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217 |
Q |
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317 |
Q |
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T |
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417 |
Q |
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T |
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Q |
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| T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 18 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 24874511 - 24874061
Alignment:
| Q |
18 |
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117 |
Q |
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217 |
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taccaagtgatgtgggaattggcccattcaatttattatgagccaaggagagattctgcaaattttgtaaggaactgatggttgtaggaatgttgcttga |
24874312 |
T |
|
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aatctgatttcttgataggtctaatagtataattgctctcaaattcccaatctcaggtggaagattaccaatgaaggcattagaggacaaatctagctct |
317 |
Q |
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T |
|
| Q |
318 |
aagatatctatgacactccaaagagaggaaggtatcttagagttgagactgttagatcctatgtataaccttataatagaactcatatttcccaaacatg |
417 |
Q |
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| T |
24874211 |
aatatatcagtgagaccccaaagagatgaaggtatcttagagttcaaattgttagatcctacgttcaattttctaagagaagtcatatttcccaaacatg |
24874112 |
T |
|
| Q |
418 |
ttggtaaaactccagagagcttattattgtttagatacaactcacccaaac |
468 |
Q |
| |
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| T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 21 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 22899854 - 22899408
Alignment:
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T |
|
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caagtgatttgggaattgatccattcagtttattatctgctaaggagagattctgcaatgtttgtaaggaacttatggttgttggaatgttgcttgaaat |
220 |
Q |
| |
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22899655 |
T |
|
| Q |
221 |
ctgatttcttgataggtctaatagtataattgctctcaaattcccaatctcaggtggaagattaccaatgaaggcattagaggacaaatctagctctaag |
320 |
Q |
| |
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| T |
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atgatttctagataggtctaatagtataattgctttgaaatttccaatctcaagtggaatattaccaatgaaagcattagaggacaaatctacttgtaag |
22899555 |
T |
|
| Q |
321 |
atatctatgacactccaaagagaggaaggtatcttagagttgagactgttagatcctatgtataaccttataatagaactcatatttcccaaacatgttg |
420 |
Q |
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| T |
22899554 |
atatctctgagactccaaagagaggaaggtatcgtagagttcaaattgttatatcctatgtataattttcttagagaagtcatgtttcccaaacatgttg |
22899455 |
T |
|
| Q |
421 |
gtaaaactccagagagcttattattgtttagatacaactcacccaaa |
467 |
Q |
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gtaaaacaccaaaaagcttattactttctaaatacaactcatccaaa |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 18 - 480
Target Start/End: Original strand, 23259202 - 23259664
Alignment:
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Q |
| |
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| T |
23259202 |
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23259301 |
T |
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caccaagtgatttgggaattgatccattcagtttattatctgctaaggagagattctgcaatgtttgtaaggaacttatggttgttggaatgttgcttga |
217 |
Q |
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| T |
23259302 |
taccaagtgatgtgggaattgatccatttagcatattgtgtgctaaggagagattttgcaaagtatttagcgaactgatggacgttggaatgttgcttga |
23259401 |
T |
|
| Q |
218 |
aatctgatttcttgataggtctaatagtataattgctctcaaattcccaatctcaggtggaagattaccaatgaaggcattagaggacaaatctagctct |
317 |
Q |
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| T |
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23259501 |
T |
|
| Q |
318 |
aagatatctatgacactccaaagagaggaaggtatcttagagttgagactgttagatcctatgtataaccttataatagaactcatatttcccaaacatg |
417 |
Q |
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23259502 |
aatatatctctaagactccaaagagataaaggtactctagagttgaaactgttatatcctatgtgtactcttataagagaagtcatatttccgaaacatg |
23259601 |
T |
|
| Q |
418 |
ttggtaaaactccagagagcttattattgtttagatacaactcacccaaacccttcatctcac |
480 |
Q |
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23259602 |
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T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 98; E-Value: 5e-48
Query Start/End: Original strand, 259 - 480
Target Start/End: Original strand, 25652552 - 25652773
Alignment:
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Q |
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T |
|
| Q |
359 |
gttgagactgttagatcctatgtataaccttataatagaactcatatttcccaaacatgttggtaaaactccagagagcttattattgtttagatacaac |
458 |
Q |
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| T |
25652652 |
gtttaaactgttagatcctacatttattcttctaagagaaatcatatttcccatacatgttggtaaaactccagagagcttattattttgtagatacaac |
25652751 |
T |
|
| Q |
459 |
tcacccaaacccttcatctcac |
480 |
Q |
| |
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25652752 |
tcacccaaactcttcatttcac |
25652773 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0070 (Bit Score: 367; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: scaffold0070
Description:
Target: scaffold0070; HSP #1
Raw Score: 367; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 480
Target Start/End: Complemental strand, 49612 - 49151
Alignment:
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18 |
aagttgatgttttgaagatacaaaagtgattctaaggattttggaataacaccggttaacatattttgggataagtccaaggagatcaagcttaccattt |
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Q |
| |
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49612 |
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49513 |
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|
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caccaagtgatttgggaattgatccattcagtttattatctgctaaggagagattctgcaatgtttgtaaggaacttatggttgttggaatgttgcttga |
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Q |
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49512 |
caccaagtgatgtgggaattgatccatacagtttattatctgctaatgagagcatctgcaatgtttgtaaggaattgatggttgttggaatgtt-cttga |
49414 |
T |
|
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218 |
aatctgatttcttgataggtctaatagtataattgctctcaaattcccaatctcaggtggaagattaccaatgaaggcattagaggacaaatctagctct |
317 |
Q |
| |
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| T |
49413 |
aatctgatttcttgataggtctaatagtataattgctctcaaattgccaatctcaggtggaagattaccaatgaaggcattagaggacaaatctatctct |
49314 |
T |
|
| Q |
318 |
aagatatctatgacactccaaagagaggaaggtatcttagagttgagactgttagatcctatgtataaccttataatagaactcatatttcccaaacatg |
417 |
Q |
| |
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| T |
49313 |
aagatatctatgacactccaaagagaggaaggcatcttagagttcagactgttagatccaatgtataaccttataatagaactcatatttcccaaacatg |
49214 |
T |
|
| Q |
418 |
ttggtaaaactccagagagcttattattgtttagatacaactcacccaaacccttcatctcac |
480 |
Q |
| |
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| T |
49213 |
ttggtaaaccaccagagagcttattattttctagatacaactcacccaaactcttcatttcac |
49151 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0070; HSP #2
Raw Score: 295; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 18 - 480
Target Start/End: Complemental strand, 16091 - 15629
Alignment:
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15992 |
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|
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caccaagtgatttgggaattgatccattcagtttattatctgctaaggagagattctgcaatgtttgtaaggaacttatggttgttggaatgttgcttga |
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caccaagtgatgatggaattgattcattcagtttgttatttgctaaggagagagtttctaaagtcttcaataaaccaatggttgaaggaatgtttcttga |
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| Q |
218 |
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317 |
Q |
| |
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| T |
15891 |
aatattatttcctgatagatctaaagctataattgctctcaaattcccaatctcaggcggaagattaccaatgaaggcattagaggacaaatctagctct |
15792 |
T |
|
| Q |
318 |
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417 |
Q |
| |
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|
|
| T |
15791 |
aagatatctatgacactccaaagagaggaaggtatcttagagttcagactgttagatccaatgtataaccttataatagaactcatatttcccaaacatg |
15692 |
T |
|
| Q |
418 |
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480 |
Q |
| |
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| T |
15691 |
tcggtaaaactcccgagagcttattattgtttagatacaactcacccaaactcttcatttcac |
15629 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0070; HSP #3
Raw Score: 135; E-Value: 4e-70
Query Start/End: Original strand, 162 - 468
Target Start/End: Complemental strand, 35987 - 35681
Alignment:
| Q |
162 |
aaggagagattctgcaatgtttgtaaggaacttatggttgttggaatgttgcttgaaatctgatttcttgataggtctaatagtataattgctctcaaat |
261 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| || || | ||||||||| |
|
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| T |
35987 |
aaggagagattctgcaaattttgtaaggaactgatggttgtaggaatgttgcttgaaatttgatttcttgatagatctaatattacaagttctctcaaat |
35888 |
T |
|
| Q |
262 |
tcccaatctcaggtggaagattaccaatgaaggcattagaggacaaatctagctctaagatatctatgacactccaaagagaggaaggtatcttagagtt |
361 |
Q |
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| T |
35887 |
tcccaatatcgggtggaaaatcaccaataaaagcattggaggacaaatctaacattaatatatcagtgagaccccaaagagatgaaggtatcttagagtt |
35788 |
T |
|
| Q |
362 |
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461 |
Q |
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| | |||||||||||| || || || ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| | || |||||||||| |
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| T |
35787 |
caaattgttagatcctacgttcaattttctaagagaagtcatatttcccaaacatgttggtaaaacaccagaaagcttattattttctatatacaactca |
35688 |
T |
|
| Q |
462 |
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468 |
Q |
| |
|
|| |||| |
|
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| T |
35687 |
cctaaac |
35681 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 235; Significance: 1e-130; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 18 - 480
Target Start/End: Original strand, 10324857 - 10325319
Alignment:
| Q |
18 |
aagttgatgttttgaagatacaaaagtgattctaaggattttggaataacaccggttaacatattttgggataagtccaaggagatcaagcttaccattt |
117 |
Q |
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|
|
| T |
10324857 |
aagttgatgttttcaagatacaaaagtgattctaaggattttggaataacactagttaacatattttgggacaagtccaaggagatcaagcctgccattt |
10324956 |
T |
|
| Q |
118 |
caccaagtgatttgggaattgatccattcagtttattatctgctaaggagagattctgcaatgtttgtaaggaacttatggttgttggaatgttgcttga |
217 |
Q |
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| T |
10324957 |
gaccaagtaatttgggaattgatccattcagttcattttctgctaaggagagaatctgcaatgtgattaaggagttgatggttgttggaatgttgcttga |
10325056 |
T |
|
| Q |
218 |
aatctgatttcttgataggtctaatagtataattgctctcaaattcccaatctcaggtggaagattaccaatgaaggcattagaggacaaatctagctct |
317 |
Q |
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| T |
10325057 |
aatatgatttcttgataggtctaacaatataattgctctcaaattctcaatctgaggtggaagattaccacttaaagaatttgaagaaaaatttatctct |
10325156 |
T |
|
| Q |
318 |
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417 |
Q |
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| T |
10325157 |
aatatatccctaagactccaaagagataaaggtattttagagttcaaattgttggatcctacatgtatccttataagagaagtcatatttcccatacatg |
10325256 |
T |
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| Q |
418 |
ttggtaaaactccagagagcttattattgtttagatacaactcacccaaacccttcatctcac |
480 |
Q |
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| T |
10325257 |
ttggtaaaactccagagagcttattcttttcaagatacaagtcacccaaactcttcatttcac |
10325319 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0830 (Bit Score: 225; Significance: 1e-124; HSPs: 1)
Name: scaffold0830
Description:
Target: scaffold0830; HSP #1
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 18 - 462
Target Start/End: Complemental strand, 3580 - 3136
Alignment:
| Q |
18 |
aagttgatgttttgaagatacaaaagtgattctaaggattttggaataacaccggttaacatattttgggataagtccaaggagatcaagcttaccattt |
117 |
Q |
| |
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|
| T |
3580 |
aagttgatgttttgaaggtacaaaagtgattctaaggattttggaataacaccagttagcatattttgagacaagtccaaggagatcaagcttaccattt |
3481 |
T |
|
| Q |
118 |
caccaagtgatttgggaattgatccattcagtttattatctgctaaggagagattctgcaatgtttgtaaggaacttatggttgttggaatgttgcttga |
217 |
Q |
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| T |
3480 |
catcaagtgatgtgggaattgatccatacagtttgttatcggctaaggagagattctgcaaagtttttaaggaactgatggtttcaggaatgttgcttga |
3381 |
T |
|
| Q |
218 |
aatctgatttcttgataggtctaatagtataattgctctcaaattcccaatctcaggtggaagattaccaatgaaggcattagaggacaaatctagctct |
317 |
Q |
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| T |
3380 |
aatatgatttctagatagatctaataatgtaattgctctcaaatttgcaatctcaggtggaagattaccactgaaaccattagaggacaaatttaacttt |
3281 |
T |
|
| Q |
318 |
aagatatctatgacactccaaagagaggaaggtatcttagagttgagactgttagatcctatgtataaccttataatagaactcatatttcccaaacatg |
417 |
Q |
| |
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| T |
3280 |
aagatatatgtaagactccaaagagacgaaggaatcctagagttaaaattgttagatcctatgtccaaatttctaagaaaagtcatatttcccaaacatg |
3181 |
T |
|
| Q |
418 |
ttggtaaaactccagagagcttattattgtttagatacaactcac |
462 |
Q |
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| T |
3180 |
gtgacaaaacaccagatagcttattattttgtagatataactcac |
3136 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 99; Significance: 1e-48; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 48 - 442
Target Start/End: Original strand, 14413101 - 14413495
Alignment:
| Q |
48 |
tctaaggattttggaataacaccggttaacatattttgggataagtccaaggagatcaagcttaccatttcaccaagtgatttgggaattgatccattca |
147 |
Q |
| |
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|
|
| T |
14413101 |
tctaaggattttgggatcacaccggttaaaagattttgagacaagtccaagaaacttaagcttaacatttcaccaagtgattttggaatagatccattca |
14413200 |
T |
|
| Q |
148 |
gtttattatctgctaaggaga--gattctgcaatgtttgtaaggaacttatggttgttggaatgttgcttgaaatctgatttcttgataggtctaatagt |
245 |
Q |
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| T |
14413201 |
atttgttagatgctaaagaaaaagattct--aaagttgtcaagaaacttatggctgttggaatgtttcttgaaatttgatttcttgacaagtccaacagt |
14413298 |
T |
|
| Q |
246 |
ataattgctctcaaattcccaatctcaggtggaagattaccaatgaaggcattagaggacaaatctagctctaagatatctatgacactccaaagagagg |
345 |
Q |
| |
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|
| T |
14413299 |
ataacagctctcaaattcttaatctcaggtggaagatttccaattaaagcattggaggataggtttacctctaaaatatcttcaagattccaaaaggagg |
14413398 |
T |
|
| Q |
346 |
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442 |
Q |
| |
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| T |
14413399 |
aaggtatactagaggttaacctgttagatcctaagtaaagctttctaagtgaagtcatatttcccaaacatgttggtaacactccaaaaagcttatt |
14413495 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 94; Significance: 1e-45; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 17 - 430
Target Start/End: Original strand, 5080765 - 5081178
Alignment:
| Q |
17 |
aaagttgatgttttgaagatacaaaagtgattctaaggattttggaataacaccggttaacatattttgggataagtccaaggagatcaagcttaccatt |
116 |
Q |
| |
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| T |
5080765 |
aaagttaatgtatttaagataagaaagtgactctaaggattttgggatcacaccagtaagaagattttgagacaagtccaagaaactcaagcctaccatt |
5080864 |
T |
|
| Q |
117 |
tcaccaagtgatttgggaattgatccattcagtttattatctgctaaggagagattctgcaatgtttgtaaggaacttatggttgttggaatgttgcttg |
216 |
Q |
| |
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| T |
5080865 |
tcaccaagtgattctggaattagccctttcaatttgttatctgccaaggacagagtttctaaagttctcaagaaacttatggttgccggaatgttgcttg |
5080964 |
T |
|
| Q |
217 |
aaatctgatttcttgataggtctaatagtataattgctctcaaattcccaatctcaggtggaagattaccaatgaaggcattagaggacaaatctagctc |
316 |
Q |
| |
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| T |
5080965 |
aaatttgatttcttgacaaatctaacagtataagagctctaaaattcttaatctcaggtggaataattccagttaaagcattggaggacaagtttacctc |
5081064 |
T |
|
| Q |
317 |
taagatatctatgacactccaaagagaggaaggtatcttagagttgagactgttagatcctatgtataaccttataatagaactcatatttcccaaacat |
416 |
Q |
| |
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| T |
5081065 |
taagatatcattgagattccaaaatgaggaaggtatctcagaggctaacctattagatcctatgtaaaactttctaagagaagtcatatttcccaaacat |
5081164 |
T |
|
| Q |
417 |
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430 |
Q |
| |
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|
| T |
5081165 |
gtcggtaacactcc |
5081178 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 91; E-Value: 7e-44
Query Start/End: Original strand, 40 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 5118757 - 5118355
Alignment:
| Q |
40 |
aaagtgattctaaggattttggaataacaccggttaacatattttgggataagtccaaggagatcaagcttaccatttcaccaagtgatttgggaattga |
139 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||||| || ||||| || | | |||||| || ||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||| | || || | |
|
|
| T |
5118757 |
aaagtgactctaaggattttgggatcacaccagtaagaagattttgagacaagtccaagaaactcaagcttagcatttcaccaagtgatgtcgggatagg |
5118658 |
T |
|
| Q |
140 |
tccattcagtttattatctgctaaggagagattctgcaatgtttgtaaggaacttatggttgttggaatgttgcttgaaatctgatttcttgataggtct |
239 |
Q |
| |
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|| |||| ||| |||| ||||||||| | | | | || ||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||| |
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|
| T |
5118657 |
ccctttcaatttgttatatgctaaggaaaaagtttctaaagttgtcaagaaacttatgaatgttggaatgttgcttgaaatttgatttcttgacaagtcc |
5118558 |
T |
|
| Q |
240 |
aatagtataattgctctcaaattcccaatctcaggtggaagattaccaatgaaggcattagaggacaaatctagctctaagatatctatgacactccaaa |
339 |
Q |
| |
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|
| T |
5118557 |
aacagtataacagctctcaaattcttaatctcaggtggaagttttccaattaaagcattggaggatacgtttacctctaaaatatctccgagattccaaa |
5118458 |
T |
|
| Q |
340 |
gagaggaaggtatcttagagttgagactgttagatcctatgtataaccttataatagaactcatatttcccaaacatgttggtaaaactccagagagctt |
439 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
5118457 |
atgaggaaggtatcgcagaggttaacctattagatcctatgtgaaactttctaagagaagtcatatttcccaaacatgttggtaacactccagaaagctt |
5118358 |
T |
|
| Q |
440 |
att |
442 |
Q |
| |
|
||| |
|
|
| T |
5118357 |
att |
5118355 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 17 - 442
Target Start/End: Complemental strand, 5101221 - 5100796
Alignment:
| Q |
17 |
aaagttgatgttttgaagatacaaaagtgattctaaggattttggaataacaccggttaacatattttgggataagtccaaggagatcaagcttaccatt |
116 |
Q |
| |
|
|||||| |||| || |||||| ||||||| |||||||||||||| || |||| || | | |||||| || ||||||||| | ||||||||| |||| |
|
|
| T |
5101221 |
aaagttaatgtatttaagataagaaagtgactctaaggattttgggatcgcaccagtaagaagattttgagacaagtccaagaaactcaagcttaacatt |
5101122 |
T |
|
| Q |
117 |
tcaccaagtgatttgggaattgatccattcagtttattatctgctaaggagagattctgcaatgtttgtaaggaacttatggttgttggaatgttgcttg |
216 |
Q |
| |
|
|||||||||||| | || || | ||| ||| ||| ||| |||| ||||||||| | | || || | || ||||||||| |||||||||||| |||| |
|
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| T |
5101121 |
tcaccaagtgatgttgggataggcccactcaatttgttagctgccaaggagagagtttctaaagtgttcaataaacttatggctgttggaatgtttcttg |
5101022 |
T |
|
| Q |
217 |
aaatctgatttcttgataggtctaatagtataattgctctcaaattcccaatctcaggtggaagattaccaatgaaggcattagaggacaaatctagctc |
316 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||| | ||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||| |||| || |||||||| || | |||| ||| |
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|
| T |
5101021 |
aaatttgatttcttgacaagtctaatagtacaagaactctcaaattcttaatctcaggtggaagatttgcaattaaagcattagaagataggtctacctc |
5100922 |
T |
|
| Q |
317 |
taagatatctatgacactccaaagagaggaaggtatcttagagttgagactgttagatcctatgtataaccttataatagaactcatatttcccaaacat |
416 |
Q |
| |
|
||| |||||| || | |||||| || |||||||||| |||| | | || ||||||||||||| ||| || ||| |||| ||||||||||||||||| |
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| T |
5100921 |
taaaatatcttcgagattccaaaaggaagaaggtatctcagaggttaacctattagatcctatgtgaaactttctaagagaagtcatatttcccaaacat |
5100822 |
T |
|
| Q |
417 |
gttggtaaaactccagagagcttatt |
442 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||| | |||||||| |
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| T |
5100821 |
gttggtaacactccaaaaagcttatt |
5100796 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 53; Significance: 3e-21; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 190 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 16885320 - 16885080
Alignment:
| Q |
190 |
aacttatggttgttggaatgttgcttgaaatctgatttcttgataggtctaatagtataattgctctcaaattcccaatctcaggtggaagattaccaat |
289 |
Q |
| |
|
|||| |||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||| || ||| |||||||||||| |||||| |||||||||| || | |
|
|
| T |
16885320 |
aactgatggttgtaggaatattgcttgaaaattgatttcttgataaatctaatattacaatagctctcaaattcttgatctcaagtggaagatttccggt |
16885221 |
T |
|
| Q |
290 |
gaaggcattagaggacaaatctagctctaagatatctatgacactccaaagagaggaaggtatcttagagttgagactgttagatcctatgtataacctt |
389 |
Q |
| |
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|| |||| || || || | | ||||| |||||| ||| | |||||| ||||||||||||| ||| | | || |||||||||||||| ||| || |
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| T |
16885220 |
taaatcattggaagataagtacacctctagaatatctttgagattccaaaaggaggaaggtatctctgaggttaacctattagatcctatgtacaacttt |
16885121 |
T |
|
| Q |
390 |
ataatagaactcatatttcccaaacatgttggtaaaactcc |
430 |
Q |
| |
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||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |
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| T |
16885120 |
ctaagagaactcatatttcccaagcatgttggtaacactcc |
16885080 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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