View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF14314_high_3 (Length: 497)
Name: NF14314_high_3
Description: NF14314
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF14314_high_3 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 425; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 425; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 482
Target Start/End: Original strand, 33520115 - 33520580
Alignment:
| Q |
15 |
caaagggcatggagaatattgtaggctacataaagataaaatatcataacatgcccatgtatattacagaaaatggtgcgtgaatactcaataacattat |
114 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33520115 |
caaagggcatggagaagattgtagactacataaagataaaatatcataacatgcccatgtatattacagaaaatggtgcgtgaatactcaataacattat |
33520214 |
T |
|
| Q |
115 |
atgatctcattannnnnnnnnatatgtttttgcttgatcacttgtgtgatatcaaacacttcaatatgaattaagagataaagaaaggagtgactatttg |
214 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33520215 |
atgatctcatt--ttttttttatatgtttttgcttgatcacttgtgtgatatcaaacacttcaatatgaattaagagataaagaaaggagtgactatttg |
33520312 |
T |
|
| Q |
215 |
aaggtagttttttggtatgtaaatttgggctggagttatgaattggttaatatatcatggatgactgctcaaaatttgttgcaggatattcttcgccact |
314 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33520313 |
aaggtagttttttggtatgtaaatttgggctggagttatgaattggttaatatatcatggatgactgctcaaaatttgttgcaggatattcttcgccact |
33520412 |
T |
|
| Q |
315 |
caacgcaggcatgacaatgaatgatttactacatgatttcaaacggatagagtatcataaagcttaccttgcagctttgcttagagccatgaggtgagtg |
414 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33520413 |
caacgcaggcatgacaatgaatgatttactacatgatttcaaacggatagagtatcataaagcttaccttgcagctttgcttagagccatgaggtgagtg |
33520512 |
T |
|
| Q |
415 |
atgatgaaaacaaatatatgagtagcaaccttgttttctatgaatgttttcaattatactttgtttgt |
482 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33520513 |
atgatgaaaacaaatatatgagtagcaaccttgttttctatgaatgttttcaattatactttgtttgt |
33520580 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 15 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 33495940 - 33495478
Alignment:
| Q |
15 |
caaagggcatggagaatattgtaggctacataaagataaaatatcataacatgcccatgtatattacagaaaatggtgcgtgaatactcaataacattat |
114 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33495940 |
caaagggcatggagaagattgtagactacataaagataaaataccaaaacctgcccatgtatattacagaaaatggtgtgtgaatactcaataacattat |
33495841 |
T |
|
| Q |
115 |
atgatctcattannnnnnnnnatatgtttttgcttgatcacttgtgtgatatcaaacacttcaatatgaattaagagataaagaaaggagtgactatttg |
214 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||| |||| |||| |||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
33495840 |
atgatctcatt--ttctttttatatgtttttgcttgatcacttgtttaatatcaaacactttaatatgcattatgagacaaagaaaggagtgactctttg |
33495743 |
T |
|
| Q |
215 |
aaggtagttttttggtatgtaaatttgggc-tggagttatgaattggttaatatatcatggatgactgctcaaaatttgttgcaggatattcttcgccac |
313 |
Q |
| |
|
||||| |||||||| |||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33495742 |
aaggtggttttttgttatgtaaatttgggtatggaagtttgaattggttaatatatgatggatggctatacaaaatttgttgcaggatattcttcgccac |
33495643 |
T |
|
| Q |
314 |
tcaacgcaggcatgacaatgaatgatttactacatgatttcaaacggatagagtatcataaagcttaccttgcagctttgcttagagccatgaggtgagt |
413 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
33495642 |
tcaacgcaagcatgacaatgcatgatttactacatgatttcaaacggatagagtatcataaagcttaccttgcagctttgcttagagccataaggtgagt |
33495543 |
T |
|
| Q |
414 |
gatgatgaaaacaaatatatgagtagcaaccttgttttctatgaatgttttcaattatactttgt |
478 |
Q |
| |
|
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||| ||||| |
|
|
| T |
33495542 |
gatgatgaagacaaatatatgagtagcaaccttgttttttatgaatgtttttagttatagtttgt |
33495478 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University