View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF14315_low_1 (Length: 858)

Name: NF14315_low_1
Description: NF14315
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF14315_low_1
NF14315_low_1
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (1-841)||(16299842-16300682)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (1-841)||(22897339-22898179)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 765; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 765; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 841
Target Start/End: Complemental strand, 16300682 - 16299842
Alignment:
Q  1 ttaaagaagagaaaggctaatgcaaatggtcctaggcaaacagcggcttgctgggaacactttataaggttacctgatagtgaggttgacaaaccaactg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16300682 ttaaagaagagaaaggctaatgcaaatggtcctaggcaaacagcggcttgctgggaacactttataaggttacctgatagtgaggttgacaaaccaactg 16300583  T
Q  101 cttcttgtaaacattgtcaccaaagatacctgtgtgaccctaagactcatggtaccaaaaacttgaacacacatatcactaaatgtcttatccttcaatg 200  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  16300582 ctgcttgtaaacattgtcaccaaagatacctgtgtgaccctaagactcatggtaccaaaaacttgaacacacatataactaaatgtcttatccttcaatg 16300483  T
Q  201 ttttctaaaaaatggccccaaccaaaccattctctcatatccagctattgagggttctagtttggttccggttagctctagatttaaccagcttgcttgt 300  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16300482 ttttttaaaaaatggccccaaccaaaccattctttcatatccagctgttgagggttctagtttggttccggttagctctagatttaaccagcttgcttgt 16300383  T
Q  301 atgaagtctttggcagtttatataattttagatgagaagccatttaggacagttgagggagaaggatttaaacactacagtaatacgatgcaacctttgt 400  Q
    | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16300382 aggaagtctttggcagtttatatagttttagatgagaagccatttaggacagttgagggagaaggatttaaacactacagtaatacgatgcaacctttgt 16300283  T
Q  401 ttattattccttctaggaggacaattgccagggattgttttcagttgtacttggatgaaaaactaaaattaaaagctttctttcagtctgactgcaatag 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||    
T  16300282 ttattattccttctaggaggacaattgccagggattgttttcagttgtacttggatgaaaaactaaaattaaaagatttctttaagtctgactgcaaaag 16300183  T
Q  501 ggtagcacttactaccgattgttagacctctcttcaaaaccttaactacttgacccttatggcacattttgtggataatgattggaagtatcaaaaaaga 600  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16300182 ggtagcacttactaccgattgttggacctctcttcaaaaccttaactacttgacccttacggcacattttgtggataatgattggaagtatcaaaaaaga 16300083  T
Q  601 ataatcagcttcgctgtaatcccaaaccacaagggtgagactgtaggtaggaagattgaagaggtgttaagggattgggggattagatgtgtgtcctctg 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  16300082 ataatcagcttcgctgtaatcccaaaccacaagggtgagactgtaggtaggaagattgaagaggtgttaagggattgggggattagatgtgtgtcatctg 16299983  T
Q  701 taactgttgataatgcatcagctaatgatgtagccgtgacatatttgnnnnnnnngattaaaacaatgaatgggctgatgggggatgggtcttatttcca 800  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16299982 taactgttgataatgcatcagctaatgatgtagccgtgacatatttgaaaaaaaagattaaaacaatgaatgggctgatgggggatgggtcttatttcca 16299883  T
Q  801 tatgaggtgttgttcacatatcttgaacttggtggttttgg 841  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16299882 tatgaggtgttgttcacatatcttgaacttggtggttttgg 16299842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 757; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 757; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 841
Target Start/End: Complemental strand, 22898179 - 22897339
Alignment:
Q  1 ttaaagaagagaaaggctaatgcaaatggtcctaggcaaacagcggcttgctgggaacactttataaggttacctgatagtgaggttgacaaaccaactg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22898179 ttaaagaagagaaaggctaatgcaaatggtcctaggaaaacagcggcttgctgggaacactttataaggttacctgatagtgaggttgacaaaccaactg 22898080  T
Q  101 cttcttgtaaacattgtcaccaaagatacctgtgtgaccctaagactcatggtaccaaaaacttgaacacacatatcactaaatgtcttatccttcaatg 200  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  22898079 ctgcttgtaaacattgtcaccaaagatacctgtgtgaccctaagactcatggtaccattaacttgaacacacatattactaaatgtcttatccttcaatg 22897980  T
Q  201 ttttctaaaaaatggccccaaccaaaccattctctcatatccagctattgagggttctagtttggttccggttagctctagatttaaccagcttgcttgt 300  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22897979 ttttttaaaaaatggccccaaccaaaccattttttcatatccagctattgagggttctagtttggttccggttagctctagatttaaccagcttgcttgt 22897880  T
Q  301 atgaagtctttggcagtttatataattttagatgagaagccatttaggacagttgagggagaaggatttaaacactacagtaatacgatgcaacctttgt 400  Q
    | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22897879 aggaagtctttggcagtttatatagttttagatgagaagccatttaggacagttgagggagaaggatttaaacactacagtaatacgatgcaacctttgt 22897780  T
Q  401 ttattattccttctaggaggacaattgccagggattgttttcagttgtacttggatgaaaaactaaaattaaaagctttctttcagtctgactgcaatag 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  22897779 ttattattccttctaggaggacaattgccagggattgttttcagttgtacttggatgaaaaactaaaattaaaagttttctttaagtctgactgcaatag 22897680  T
Q  501 ggtagcacttactaccgattgttagacctctcttcaaaaccttaactacttgacccttatggcacattttgtggataatgattggaagtatcaaaaaaga 600  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22897679 ggtagcacttactaccgattgttggacctctcttcaaaaccttaactacttgacccttacggcacattttgtggataatgattggaagtatcaaaaaaga 22897580  T
Q  601 ataatcagcttcgctgtaatcccaaaccacaagggtgagactgtaggtaggaagattgaagaggtgttaagggattgggggattagatgtgtgtcctctg 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  22897579 ataatcagcttcgctgtaatcccaaaccacaagggtgagactgtaggtaggaagattgaagaggtgttaagggattgggggattagatgtgtgtcatctg 22897480  T
Q  701 taactgttgataatgcatcagctaatgatgtagccgtgacatatttgnnnnnnnngattaaaacaatgaatgggctgatgggggatgggtcttatttcca 800  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22897479 taactgttgataatgcatcagctaatgatgtagccgtgacatatttgaaaaaaaagattaaaacaatgaatgggctgatgggggatgggtcttatttcca 22897380  T
Q  801 tatgaggtgttgttcacatatcttgaacttggtggttttgg 841  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22897379 tatgaggtgttgttcacatatcttgaacttggtggttttgg 22897339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University